Berdasarkan informasi yang bersumber dari staff PT. KAI dan pengamatan yang telah penulis lakukan, maka dapat ditemukan beberapa permasalahan yang terjadi di dalam perusahaan, yaitu sebagai berikut :
1. Sebagian besar masyarakat belum mengetahui bahwa prosedur pembelian smart card baik berlangganan maupun harian dan juga cara penggunaannya. Ditambah lagi, masyarakat yang telah mengetahui penggunaan smart card tersebut menilai bahwa smart card yang digunakan oleh PT. KAI tidak mempunyai perbedaan keuntungan yang siginifikan dengan penggunaan tiket manual, yang berbeda hanyalah media atau alat pembayarannya saja. Kurangnya pemberitahuan dan penyebaran informasi prosedur pembelian dan penggunaan smart card terjadi karena kurangnya asosiasi terhadap masyarakat mengenai penggunaan smart card dan pembeliannya serta strategi pemasaran dinilai belum maksimal. Akibatnya, smart card tersebut belum banyak diminati oleh sebagian besar pelanggan PT. KAI.
2. Kebijakan pemberlakuan uang jaminan sebesar 15.000,- membuat masyarakat enggan membeli tiket elektronik, karena hanya dengan menggunakan tiket manual biasa tanpa uang jaminan-pun penumpang dapat masuk ke dalam kereta tanpa harus menyerahkan uang sebesar 15.000,- sebagai jaminan. Walaupun di negara lain seperti Cina yaitu tepatnya di Hongkong yang juga menggunakan uang jaminan terhadap octopus card yang mereka keluarkan untuk penggunaan bus dan kereta dan bahkan octopus card yang telah diterbitkan 10 tahun yang lalu tersebut telah diterima oleh 300 institusi, termasuk perparkiran, jaringan fast food, supermarket, pembayaran telepon, fotocopy, tempat bermain, bioskop dan lain sebagainya. Tetapi tetap saja penerapan kebijakan uang jaminan belum dapat diterima oleh masyarakat di negara ini, karena dinilai penggunaan smart card berdampak sangat kecil atau bahkan hanya sebagai sarana media pengganti dari tket manual sehingga masyarakat enggan untuk menggunakan smart card. PT. KAI menerapkan uang jaminan dikarenakan sejak diberlakukannya tiket elektronik pada tanggal 7 Juli 2007 s/d 22
Juli 2007, tiket yang sudah hilang mencapai 1.732 kartu, sehingga PT. KAI mengalami kerugian sebesar Rp20.890.000,- dan kemudian pada tanggal 23 Juli 2007 PT. KAI memberlakukan sistem uang jaminan sebesar Rp15.000,- kepada pelanggan KRL.
3. Sistem saldo hangus dalam jangka waktu satu bulan untuk smart card langganan harian menyebabkan masyarakat enggan untuk menggunakan smart card. Hal ini dikarenakan kebijakan tersebut dinilai sangat merugikan pelanggan terlebih untuk pelanggan yang menggunakan saldo smart card tersebut lebih dari 1 bulan.
4. Sensor pada gate way kurang sensitif sehingga mempersulit penumpang dan memakan waktu lebih lama untuk memasuki peron. Bahkan ada beberapa penumpang yang sengaja meninggalkan mesin sensor meski mesin sensor belum memprosesnya.
5. Tarif flat yang diberlakukan oleh PT. KAI untuk jalur antara Tanah Abang hingga Serpong dinilai memberatkan dan tidak menguntungkan pelanggan sehingga untuk pelanggan yang menempuh perjalanan jarak dekat tetap harus membayar sama dengan pelanggan yang menempuh perjalanan lebih jauh pada jalur Tanah abang -Serpong, maka sebagian besar pelanggan enggan untuk membeli smart card berlangganan maupun harian.
6. Pencatatan akuntansi untuk setiap smart card yang terjual masih menggunakan sistem manual, sehingga pencatatannya kurang efektif dan efisien. Ditambah lagi, pengelola stasiun pusat tidak dapat mengetahui jumlah transaksi dan pendapatan yang diterima setiap harinya secara up to date karena transaksi yang dicatat secara manual tersebut juga diserahkan setiap 4 hari sekali ke stasiun pengelola pusat. Selain itu, data yang diberikan oleh tiap stasiun harus di entry ulang ke dalam
komputer oleh bagian akuntansi stasiun pusat yang menyebabkan informasi tidak dapat diperoleh seefisien dan seefektif mungkin.
7. Pengakuan pendapatan yang masih dilakukan oleh PT. KAI terhadap transaksi penjualan smart card berlangganan masih menggunakan akuntansi dasar kas (cash basis) dimana penerimaan kas langsung diakui sebagai pendapatan pada saat kas tersebut diterima dari pelanggan. Hal ini menyebabkan pembukuan yang ada tidak memberikan informasi yang lebih jelas kepada para pemakainya. Terlebih lagi cash basis juga tidak sesuai dengan standar GAAP (Generally Accepted Accounting Principles).
8. Waktu penjualan smart card lima kali lebih lama daripada waktu penjualan tiket manual, sehingga menimbulkan antrian panjang. Terlebih, loket yang melayani penjualan smart card umumnya hanya 1 loket dengan satu orang petugas sehingga menimbulkan antrian yang panjang.
9. Pencatatan akuntansi yang dilakukan dipengelola pusat masih menyatukan pembukuan pencatatan antara tiket manual dengan tiket elektronik. Sehingga tidak terlihat informasi yang jelas mengenai jumlah pendapatan yang berasal dari tiket elektronik dan tiket manual. Hal ini menyulitkan manajemen dalam mengambil bahan pertimbangan pembuat keputusan.
10. Tidak ada pencatatan yang jelas mengenai uang jaminan dan uang jaminan sebesar Rp.15.000,- tersebut hanya disimpan dengan fotocopy KTP. Dan berdasarkan informasi yang diperoleh dari staff PT. KAI dapat diketahui bahwa belum ada peraturan dan kebijakan mengenai uang jaminan tersebut, sehingga bila ada smart card yang rusak atau hilang berarti uang jaminannya pun ikut hangus, tetapi belum ada kebijakan mengenai alokasi uang jaminan tersebut.
11. Staff stasiun kereta api masih menggunakan pembukuan peninggalan Belanda, sehingga banyak dokumen dan laporan yang digunakan tetapi informasi yang ada didalamnya sebenarnya dapat disatukan atau berisi informasi yang sama. Hal ini jelas membuat dokumentasi menjadi redudancy dan menghasilkan dokumen yang terlalu banyak dengan isi minim informasi. Terlebih lagi, pencatatan dokumen dan laporan manual tersebut sebenarnya tidak perlu dilakukan karena semua data penjualan smart card sudah ter-record didalam database dan jika ingin menggunakan informasi tersebut, maka petugas yang berwenang dapat langsung mencetak data yang dibutuhkan.
12. Kurangnya sosialisasi informasi mengenai expired date sehingga ada beberapa pelanggan yang merasa dirugikan karena smart card tersebut masih berisi saldo yang belum digunkakan tetapi smart card tersebut sudah expired sehinga saldo yang terdapat didalamnya menjadi hangus atau hilang.