Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis Analisis dan Evaluasi Genetik Kuda Pacu Indonesia adalah karya saya sendiri dan belum diajukan dalam bentuk apapun kepada perguruan tinggi manapun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam tesis dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka dibagian akhir tesis ini.
Bogor, April 2007
Dian Berliana NIM D051030131
ABSTRAK
DIAN BERLIANA. Analisis dan Evaluasi Genetik Kuda Pacu Indonesia. Dibimbing oleh MULADNO dan RUDY PRIYANTO
Kuda Pacu Indonesia adalah kuda Indonesia hasil grading up dari kuda betina lokal Indonesia dengan pejantan Thoroughbred sampai generasi ketiga (G3) dan generasi keempat (G4) dan memiliki sertifikat kuda pacu Indonesia serta terdaftar pada biro registrasi kuda yang ditetapkan pemerintah. Penelitian analisis genetik telah dilakukan di daerah Sumatera Barat, Jawa Tengah, Jawa Barat dan Pamulang (Jakarta Selatan). Tujuan penelitian ini adalah menganalisis kuda lokal Indonesia pada level molekuler dan mengevaluasi performance KPI. Delapan belas sampel darah diekstraksi untuk memperoleh DNA total. Fragmen DNA diampifikasi dengan teknik PCR pada daerah 12SrRNA dan diperoleh pita (band) sepanjang 450-500 bp. Sekuensing menggunakan mesin ABI 3130 Genetic Analyzer menghasilkan panjang urutan nukleotida sebesar 321 bp. Hasil multiple aligment dari 18 sampel menunjukan adanya 9 kelompok haplotipe yang mempunyai dua basa yang spesifik yaitu thymin dan adenin. Jarak genetik antara kuda indonesia berkisar antara 0.003-0.0187 dengan rata–rata keragaman nukleotida sebesar 0.0091. Model persamaan regresi yang diperoleh untuk jarak pendek adalah kecepatan (m/mnt) = -870.408 + 13.931 Lebar Dada – 26.952 Panjang Bahu + 26.188 Tinggi Punggung dengan nilai R2 sebesar 99.7%. Model persamaan regresi yang diperoleh untuk jarak jauh adalah kecepatan (m/mnt) = 15019 + 100.358 Tinggi Badan – 104.866 Panjang Badan – 13394 TB/PB dengan nilai R2 sebesar 53.9%.
ABSTRAK
DIAN BERLIANA. Analysis and Evaluation Genetic of Indonesian Ridding Horse. Under the direction of MULADNO and RUDY PRIYANTO
Indonesian ridding horse is a result of grading up from Indonesian local horse with Thoroughbred stallion until third and fourth generation and have a certificate Indonesian ridding horse and also enlisted at office of registration horse which specified by goverment. The research on genetic analysis of the Indonesian horse was conducted in West Sumatera, Central Java, West Java and Pamulang (South Jakarta). The objective of this research was to analysis genetic Indonesian horse at molecular level and evaluate performance KPI. Eighteen DNA total from blood were extracted and 450-500 bp of the 12SrRNA fragment of mitochondrial DNA were amplified by Polymerase Chain Reaction (PCR). Nucleotide sequence of the PCR products were determined by automated sequencer (ABI 3130 Genetic Analyzer). The result of research showed that 9 haplotipe were found among 18 sample and have two specifik base thymin and adenin. Genetic distance value of the Indonesian horse range from 0.003 – 0.0187 and nucleotide diversity 0.0091. The regression equation for short range is speed (m/mnt) = -870.408 + 13.931 Width of Chest – 26.952 Length of Shoulder + 26.188 Height of Back with R2 value is 99.7%. The regression equation for long range is speed (m/mnt) = 15019 + 100.358 Height at Withers – 104.866 Body Length – 13394 HW/BL with R2 value is 53.9%.
© Hak cipta milik Institut Pertanian Bogor, Tahun 2007 Hak cipta dilindungi
Dilarang mengutip dan memperbanyak tanpa izin tertulis dari Institut Pertanian Bogor, sebagian atau seluruhnya dalam bentuk apapun, baik cetak, fotocopi, mikrofilm dan sebagainya
ANALISIS DAN EVALUASI GENETIK
KUDA PACU INDONESIA
DIAN BERLIANA
Tesis
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Magister Sains pada
Program Studi Ilmu Ternak
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2007
Judul Tesis : Analisis dan Evaluasi Genetik Kuda Pacu Indonesia Nama : Dian Berliana
NIM : D051030131
Disetujui
Komisi Pembimbing
Dr.Ir. Muladno, MSA Dr.Ir. Rudy Priyanto
Ketua Anggota
Diketahui
Ketua Program Studi Dekan Sekolah Pascasarjana Ilmu Ternak
Dr.Ir. Nahrowi, M.Sc Prof.Dr.Ir. Khairil Anwar Notodiputro, MS
PRAKATA
Puji dan syukur penulis panjatkan kehadirat Allah SWT atas segala rahmat dan karunia-NYA sehingga penulis dapat menyelesaikan penelitian dan penulisan tesis yang berjudul Analisis dan evaluasi genetik kuda pacu Indonesia.
Terima kasih penulis ucapkan kepada Bapak Dr. Ir. Muladno, MSA dan Dr. Ir. Rudy Priyanto selaku ketua dan anggota komisi pembimbing yang telah banyak meluangkan waktu, tenaga dan pikiran untuk memberikan arahan dan bimbingan mulai dari perencanaan penelitian sampai dengan penyelesaian penulisan tesis ini.
Penulis mengucapkan terima kasih kepada Pengurus Pusat PORDASI di Jakarta, Sumatera Barat, Jawa Barat dan Jawa Tengah serta Pengurus Pusat Biro Registrasi Kuda di Jakarta atas segala bantuannya selama pengambilan data sekunder dan sampel darah kuda pacu Indonesia.
Penulis mengucapkan terima kasih kepada Kepala Laboratorium Genetika Bidang Zoologi Pusat Penelitian Biologi LIPI Cibinong, Bogor dan Kepala Laboratorium Bioteknologi PUSPITEK Serpong, Tangerang yang telah mengizinkan penulis untuk melaksanakan penelitian di laboratorium kedua instansi tersebut dan atas segala saran dan bimbingan yang telah diberikan kepada penulis selama menyelesaikan penelitian.
Ungkapan terima kasih penulis sampaikan kepada Ayahanda H. Azwar dan Ibunda Hj. Ermayati serta Suamiku tercinta Kapten Marinir Moh. Maftukin yang selalu memberikan segala kasih sayang, dukungan moril maupun materiil serta doa restu dan nasehatnya agar penulis selalu tabah dan tawakal dalam menghadapi kesulitan dan senantiasa selalu bekerja keras. Kepada kakakku Haris Alfarobi dan Aulia Arselan serta adikku Farli Salim dan Moh. Alkadri penulis ucapkan terima kasih atas dorongan semangatnya untuk menyelesaikan studi.
Ucapan terima kasih penulis sampaikan kepada Romi Zamhir Islami sebagai rekan penelitian dan rekan – rekan Sekolah Pascasarjana IPB program studi Ilmu Ternak angkatan 2003, beserta semua pihak yang telah mendukung dan membantu selama penulis menempuh studi S-2.
Akhir kata, jika pembaca merasa tesis ini masih banyak kekurangan maka penulis sangat mengharapkan kritik dan sarannya yang bersifat membangun agar dapat dicapai hasil penulisan yang lebih baik pada masa yang akan datang.
Semoga karya ilmiah ini dapat memberikan manfaat bagi semua pihak.
Bogor, April 2007