2Keragaman Haplotipe (h)
UCAPAN TERIMAKASIH
Alhamdulillahirobbil’alamin...Puji syukur dan sembah sujud Penulis panjatkan ke hadirat Allah SWT, karena atas nikmat, rahmat dan karunia-Nya penulis dapat menyelesaikan skripsi ini.
Rasa hormat serta terima kasih yang tak terhingga Penulis sembahkan untuk Mamah dan Bapak yang dengan kesabaran dan ketulusan hatinya selalu memberikan dorongan baik berupa materil, kasih sayang, doa dan selalu bersedia mendengarkan segala keluh kesah sehingga menjadikan sumber motivasi utama untuk senantiasa sabar dan semangat untuk menjalankan perjuangan ini. Penulis juga mengucapkan terima kasih kepada adik-adikku tersayang Yandi dan Lia yang telah memberikan semangat, doa dan perhatiannya.
Penulis mengucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya kepada Bapak Dr. Ir. Cece Sumantri, M.Agr. Sc. sebagai pembimbing utama dan Bapak Dr. Ir. Achmad Farajallah, M.Si. sebagai pembimbing anggota yang dengan sabar membimbing, memberi motivasi dan masukan berarti bagi Penulis dalam menyelesaikan skripsi ini. Terima kasih kepada Ir. Sri Darwati, M.Si sebagai dosen penguji seminar dan Prof. Dr. Ir. Pollung H. Siagian, MS. serta Ir. Kukuh Budi Satoso, MS. sebagai dosen penguji sidang atas kritik dan masukannya. Terimakasih kepada Ir. Sri Rahayu, M.Si sebagai dosen pembimbing akademik Penulis selama menjadi mahasiswa di FAPET IPB. Kepada teman-teman sepenelitian (Neng, Lidi dan Ires) Penulis ucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya atas kebersamaan, semangat dan dukungan yang diberikan kepada Penulis. Terima kasih kepada rekan-rekan Lab Zoologi (Pak Khoirul, Bu Bibah, Bu Ria, Kak Wildan, Kak Ogi, Mba Muli) dan A’Eryk Andreas yang telah membimbing dan membantu Penulis selama penelitian. Sahabatku tercinta (Anggie, Rina dan Adri) yang teramat berarti bagi Penulis, terimakasih atas semua kasih sayang, dukungan dan doa yang kalian berikan. Tak lupa Penulis ucapkan terima kasih kepada teman-teman seperjuangan IPTP 42. Mudah-mudahan kebersamaan selama ini menjadi kenangan yang berharga untuk masa depan kita.
Bogor, April 2009 Penulis DAFTAR PUSTAKA
Amano, T., Katsumata, S. Suzuki, K. Nozawa. Y., Kawamoto, T. Namikawa, H. Martojo, I.K. Abdulgani dan H. Nadjib. 1981. Morphological and geneticals survey of water buffalous in Indonesia. The origin and phylogeny of Indonesia native livestock. Report by Grant-in-Aid for Overseas Scientific Survey, No. 504353. Hal : 31 - 54.
Asoen, N.J.F. 2008. Studi craniometrics dan pendugaan jarak genetik kerbau sungai, kerbau rawa dan silangannya di Sumatera Utara. Skripsi. Fakultas Peternakan Institut Pertanian Bogor, Bogor.
Avise J.C. 1994. Molecular Markers, Natural History and Evolution. New York: Chapman and Hall : 361-380p.
Ausabel. 1995. Short Protocol in Molecular Biology. 3rd edition, New York.
Badan Pusat Statistik. 2006. Statistik Peternakan 2006. Direktorat Jendral Peternakan, Jakarta.
Diwyanto, K. dan E. Handiwirawan. 2006. Strategi pengembangan ternak kerbau: Aspek penjaringan dan distribusi. Prosiding lokakarya nasional usaha ternak kerbau mendukung program kecukupan daging sapi. Pusat Penelitian dan Pengembangan Peternakan, Bogor.
Elseth, G. D. dan Kandy, D. Baumgerner . 1984. Genetics. Adison-Wealey Publishing, USA.
Erdiansyah, E. 2008. Studi keragaman fenotipe dan pendugaan jarak genetik antara kerbau lokal di Kabupaten Dompu Nusa Tenggara Barat. Skripsi. Fakultas Peternakan Institut Pertanian Bogor, Bogor.
Frankham, R., J.D. Ballou dan D.A. Briscoe. 2002. Introduction to conservation genetics. Cambrigde University Press. 100-105p.
Hardjosubroto, W. 2006. Kerbau, Mutiara yang Terlupakan. Fakultas Peternakan Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta.
Hardjosubroto, W. dan J.M. Astuti. 1993. Buku Pintar Peternakan. PT Gramedia Widiasarana Indonesia, Jakarta.
Hasinah. H. dan E. Handiwirawan. 2006. Keragaman genetik ternak kerbau di Indonesia. Prosiding lokakarya nasional usaha ternak kerbau mendukung program kecukupan daging sapi. Pusat Penelitian dan Pengembangan Peternakan, Bogor.
Hidayat, U. 2007. Karakteristik fenotipik kerbau Banten dan Sumatera Utara. Skripsi. Fakultas Peternakan Institut Pertanian Bogor, Bogor.
Lamb, T. dan M.F. Osentoski. 1995. Intraspesifik phylogeography of the gopher tortoise, gopher polyphemus : RFLP analysis of amplified mtDNA segments. Molecular Ecology 4:709-718.
Lewin, B. 1994. Genes V. Oxford University Press, New York.
Moioli, B., A. Georgoudis, F. Napolitano, G. Catillo, E. Giubiloei, Ch. Ligda, dan M. Hassanane. 2001. Genetic diversity between Italian, Greek and Egyptian buffalo populations. Elseiver Science. Livestock Production Science 70:203-211.
Montgomery, G.W. dan Kinghorn. 1997. Recent developments in gene mapping and progress towards marker-assisted selection in sheep. Aust. J. Agric. Res. 48:729-741.
Mukherjee, T.K., J.S.F. Baker, S.G. Tan, O.S. Salvaraj, J.M. Panadm, Y. Yusharyati dan Sreetaram. 1991. Genetic relationships among population of swamp buffalo in Southeast Asia, Australia.
Muladno. 2002. Teknologi Rekayasa Genetik. Pustaka Wirausaha Muda, Bogor. Muladno. 2006. Polimorfisme dan analisis keterpautan mikrosatelit pada genom
babi. Hayati, Bogor.
Nataraj, A. J., I. O. Glander, N. Kusukawa, dan W. E. Highsmith Jr. 1999. Single-strand conformation polymorphism and heteroduplex analysis for gel-based mutation detection. Electrophoresis. 20:1177-1185.
Nei, M. 1987. Moleculer Evolutionary Genetics. Columbia University Press, New York.
Nei, M. dan S. Kumar. 2000. Molecular Evolution and Phylogenetics. Oxford University Press, United States.
Qian, J.X., K.J. Dong, , Y.J. Huang, B.Z. Yang, , M. He, Z.J. Liu, dan J. Li, 2004. [Unplubish]. Laboratory, Hainan Medical College, Chengxi Road, Haikou, Hainan, China.
Sitorus, A.J. 2008. Studi keragaman fenotipe dan pendugaan jarak genetik kerbau sungai, kerbau rawa dan silangannya di Sumatera Utara. Skripsi. Fakultas Peternakan Institut Pertanian Bogor, Bogor.
Solihin, D. 1994. Peran DNA mitokondria (mtDNA) dalam studi keragaman genetik dan biologi populasi pada hewan. Jurnal Hayati. 1:(1):1-4.
Subandryo, 2008. Pengelolaan dan pemanfaatan data plasma nutfah ternak kerbau. Balai Penelitian Ternak, Bogor.
Subandriyo dan B. Setiadi, 2003. Pengelolaan plasma nutfah hewani sebagai aset dalam pemenuhan kebutuhan manusia. Komisi Nasional Plasma Nutfah, Bogor.
Tanaka, K., T. Yamagata, S. Masangkay, M. O. Faruque, Salundik, S. S. Mansjoer, Y. Kawamoto dan T. Namikawa. 1995. Nucleotide diversity of mitochondrial DNA between the swamp and the river types of domestic water buffaloes, Bubalus bubalis, based on restrcition endonuclease cleavage patterns. Biochemical Genetics. 33 (5/6) : 137-148.
Wikimedia. 2009. Aufbau der menschlichen mitochondrialen DNA. 2009. http://commons.wikimedia.org/wiki/Image:Mitochondrial_DNA_it.png [15 Januari 2009].
Lampiran 1. Modifikasi Metode Isolasi DNA Menggunakan Genomic DNA Mini Kit Geneiad
Sampel darah ↓
Sentrifugasi 3500 rpm, 10 menit Sel darah putih dipindahkan ke tabung 1,5 ml
↓
+ Etoh absolut sampai 1 ml Masukkan ke freezer, 2 jam
↓ Sentrifugasi 7000 rpm, 10 menit Supernatan dibuang + TE sampai 500 µl ↓ Sentrifugasi 7000 rpm, 10 menit Supernatan dibuang + 1 x STE sampai 350 µl + 5 mg/ml proteinase K 10 µl ↓ Inkubasi 56°C, 1 jam + 10 % SDS 40 µl + Bufer GB 250 µl ↓ Inkubasi 70°C, 10 menit + Ethanol 250 µl ↓ Pindahkan ke GD Column ↓ Sentrifugasi 10000 rpm, 3 menit Cairan ditabung penampung dibuang
+ Bufer W1 400 µl ↓
Sentrifugasi 10000 rpm, 1 menit Cairan ditabung penampung dibuang
+ Bufer pencuci 600 µl ↓
Sentrifugasi 10000 rpm, 1 menit Cairan ditabung penampung dibuang Pindahkan GD Column ke tabung 1,5 ml
↓
+ Bufer pengelusi 100 µl ↓
Sentrifugasi 10000 rpm, 1 menit
Lampiran 2. Hasil Penjajaran (Alignment) DNA d-loop Genom Mitokondria (Nomor Posisi Nukleotida Dibaca Secara Vertikal)
1 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890
swamp GCATACGCAA TCTTACGATC AATTCCTAAC AAACTAGGAG GGGTTCTAGC
water1 GCATACGCAA TCTTACGATC AATTCCTAAC AAACTAGGAG GGGTTCTAGC
water2 GCATACGCAA TCTTACGATC AATTCCTAAC AAACTAGGAG GGGTTCTAGC
taurus GCATACGCAA TCTTACGATC AATCCCCAAC AAACTAGGAG GAGTACTAGC
indicus GCATACGCAA TCTTACGATC AATCCCCAAC AAACTAGGAG GAGTACTAGC yak GCATACGCAA TTTTACGATC AATCCCCAAT AAACTAGGAG GAGTGCTAGC
aries GCGTACGCAA TCTTACGATC AATCCCTAAT AAACTAGGAG GAGTCCTCGC
capra GCATACGCAA TCCTACGATC AATCCCCAAC AAACTAGGAG GAGTCCTAGC
1
5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890
swamp CCTAGTTCTC TCTATCCTAA TCCTCATTCT CATGCCCCTG CTACATACAT
water1 CCTAGTTCTC TCTATCCTAA TCCTCATTCT CATGCCCCTG CTACATACAT water2 CCTAGTTCTC TCCATCCTAA TCCTCATTCT CATGCCCCTG CTACACACAT
taurus CCTAGCCTTC TCTATCCTAA TTCTTGCTCT AATCCCCCTA CTACACACCT
indicus CCTAGCCTTC TCTATCCTAA TTCTTGCTCT AATCCCCCTA CTACACACCT yak CCTAGCTTTC TCTATCCTAA TCCTTGCTCT TATTCCCCTA CTGCACACTT aries CCTAATCCTC TCAATCCTAG TCCTAGTAAT TATACCCCTC CTCCATACAT
capra CCTAGTCCTC TCAATCCTAA TCTTAGTACT TGTACCCTTC CTCCACACAT
1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890
swamp CCAAACAACG AAGTATGATG TTCCGGCCAT TCAGCCAATG CCTATTCTGA
water1 CCAAACAACG AAGTATGATG TTCCGGCCAT TCAGCCAATG CCTATTCTGA water2 CCAAACAACG AAGTATGATG TTCCGACCAT TCAGCCAATG CCTATTCTGA
taurus CCAAACAACG AAGCATAATA TTCCGACCAC TCAGCCAATG CCTATTCTGA indicus CCAAACAACG AAGCATAATA TTCCGACCAC TCAGCCAATG CCTATTCTGA yak CCAAACAACG AAGCATAATC TTCCGACCAC TCAGCCAATG CCTATTCTGA
aries CAAAGCAACG GAGCATAATA TTCCGACCAA TCAGTCAATG TATATTCTGA capra CTAAACAACG AAGCATAATA TTCCGCCCAA TCAGCCAATG CATATTCTGA
1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111112 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890
swamp ATTCTAGTAG CAAACCTGCT AACACTCACA TGGATTGGAG GACAGCCAGT
water1 ATTCTAGTAG CAAACCTGCT AACACTCACA TGGATTGGAG GACAGCCAGT water2 ATCCTAGTAG CAAACCTGCT AACACTCACA TGAATTGGAG GACAGCCAGT taurus GCCCTAGTAG CAGACCTACT GACACTCACA TGAATTGGAG GACAACCAGT indicus GCCCTAGTAG CAGACCTACT GACACTCACA TGAATTGGAG GACAACCAGT yak ACTCTAGTAG CAGACCTACT AACACTCACA TGAATCGGAG GACAACCAGT
aries ATCCTAGTAG CCGACCTATT AACACTCACA TGAATTGGAG GCCAGCCAGT capra ATCCTGGTAG CAGATCTATT AACACTCACA TGAATTGGAG GACAGCCAGT
2222222222 2222222222 2222222222 2222222222 2222222222 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890
swamp CGAACACCCA TATATTATCA TTGGACAACT AGCATCTATC ACATACTTCC
water1 CGAACACCCA TATATTATCA TTGGACAACT AGCATCTATC ACATACTTCC water2 CGAACACCCA TATATTATCA TCGGACAACT AGCATCCATC ACATATTTCC taurus CGAACACCCA TATATCACCA TCGGACAACT AGCATCTATC CTATACTTTC indicus CGAACACCCA TATATCACCA TTGGACAACT AGCATCTATC CTATACTTTC yak CGAACACCCA TACATTATCA TTGGACAACT AGCATCTATT ATATACTTCC
aries TGAACACCCC TACATCATTA TTGGACAACT AGCATCTATT ATATATTTCC capra CGAACATCCC TACATTATTA TTGGACAACT AGCATCTATT ATATATTTCC
2222222222 2222222222 2222222222 2222222222 2222222223 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890
swamp TCCTCATCCT AGTGCTAATA CCAACGGCCA GCATAATCGA AAATAATCTC
water1 TCCTCATCCT AGTGCTAATA CCAACGGCCA GCATAATCGA AAATAATCTC water2 TTCTCATCCT AGTGCTAATA CCAACGGCCA GCATAATCGA AAATAATCTC taurus TCCTCATCCT AGTGCTAATA CCAACGGCCG GCACAATCGA AAACAAATTA
indicus TTCTCATCCT AGTACTAATA CCAACAGCCG GCACAGTTGA AAACAAATTA
yak TTCTCATCCT AGTACTAATA CCAACAGCCG GCACAATTGA AAACAAACTA aries TTATCATTCT AGTCATAATA CCAGTAGCTA GCATCATCGA AAACAACCTC capra TCATCATTCT AGTAATAATA CCAGCAGCTA GCACCATTGG AAACAACCTT
2222222222 2222222222 2222222222 2222222222 2222222223 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890
swamp TTAAAATGAA GACAAGTCTT TGTAGTATAC TAAATACACT GGTCTTGTAA
water1 TTAAAATGAA GACAAGTCTT TGTAGTATAT TAAATACACT GGTCTTGTAA water2 TTAAAATGAA GACAAGTCTT TGTAGTATAT TAAATACACT GGTCTTGTAA taurus CTAAAATGAA GACAGGTCTT TGTAGTACAT CTAATATACT GGTCTTGTAA indicus CTAAAATGAA GACAGGTCTT TGTAGTACAT CTAATATACT GGTCTTGTAA yak CTAAAATGAA GACAAGTCTT TGTAGTACAT CTAATACACT GGTCTTGTAA
aries CTAAAATGAA GACAAGTCTT TGTAGTACAA TCAATATACT GGTCTTGTAA capra CTAAAATGAA GACAAGTCTT TGTAGTACAA TCAATACACT GGTCTTGTAA
3333333333 3333333333 3333333333 3333333333 3333333334 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890
swamp ACCAGAAAAG GAGAACAACC AACCTCCCCA AGACTCAGGG AAGAGGCTAT
water1 ACCAGAAAAG GAGAACAACC AACCTCCCCA AGACTCAGGG AAGAGGCTAT water2 ACCAGAAAAG GAGAACAACC AACCTCCCCA AGACTCAGGG AAGAGGCTAT taurus ACCAGAGAAG GAGAACAACT AACCTCCCTA AGACTCAAGG AAGAAACTGC
indicus ACCAGAGAAG GAGAACAACT AACCTCCCTA AGACTCAAGG AAGAAACTGT yak ACCAGAAAAG GAGAACAACC AACCTCCCTA AGACTCAAGG AAGAAACTAC
aries ACCAGAGAAG GAGAACAACC AACCTCCCTA AGACTCAAGG AAGAAGCTAT capra ACCAGAAAAG GAGAATAGCC AATCTCCCTA AGACTCAAGG AAGAAGCCAT
3333333333 3333333333 3333333333 3333333333 3333333334 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890
swamp AGCCCCACTA CCAACACCCA AAGCTGAAGT TCTATTTAAA CTACTCCCTG
water1 AGCCCCACTA CCAACACCCA AAGCTGAAGT TCTATTTAAA CTACTCCCTG water2 AGCCCCACTA CCAACACCCA AAGCTGAAGT TCTATTTAAA CTACTCCCTG
taurus AGTCTCACCA TCAACCCCCA AAGCTGAAGT TCTATTTAAA CTATTCCCTG
indicus AGTCTCACCG TCAACCCCCA AAGCTGAAGT TCTATTTAAA CTATTCCCTG yak AGTCTCACCG TCAACCCCCA AAGCTGAAGT TCTATTTAAA CTATTCCCTG
aries AGCCCCACTA TCAACACCCA AAGCTGAAGT TCTACTTAAA CTATTCCCTG
4444444444 4444444444 4444444444 4444444444 4444444445 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890
swamp AATACTATTA ATATAGCTCC ACAAATGCAA AGAGCCTTCT CAGTATCAAA
water1 AATATTATTA ATATACCTCC ACAAATGCAA AGAGCCTTCT CAGTATTAAA water2 AATATTATTA ATATACCTCC ACAAATGCAA AGAGCCTTCT CAGTATTAAA taurus AACACTATTA ATATAGTTCC ATAAATACAA AGAGCCTTAT CAGTATTAAA indicus AACACTATTA ATATAGTTCC ATAAATGCAA AGAGCCTTAT CAGTATTAAA yak AACGCTATTA ATATAGTTCC ATAAATGTAA AGAGCCTCAC CAGTATTAAA aries AATCATTATC AACGATACTT ATCAATATAT TTCCAAAAAT ATAAAGAGCC
capra AACCACTATT AACCACATCT ATTAATATAC CCCCAAAAAT ATTAAGAGCC
5555555555 5555555555 5555555555 5555555555 5555555555 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890
swamp TTCACTAAAA CTTGCAACAA CTTAACACTG ACTTTACACT CTAGCCTAAC
water1 TTCACTAAAA CTTGCAACAA CTTAACACTG ACTTTACACT CTAACCTAAC water2 TTCACTAAAA CTTGCAACAA CTTAACACTG ACTTTACACT CTAACCTAAC taurus TTTATCAAAA ATCCCAATAA CTCAACACAG AATTTGCACC CTAACCAAAT
indicus TTTATCAAAA ATCCCAATAA CTCAACACAG AATTTGCACC CTAACCAAAT
yak TTTACTAAAA ATTCCAATAA CTCAACACAA ACTTTGTACT CTAACCAAAT
aries TCTCCAGTAT TAAACTTGCT AAAACTCCCA AACATACAAC ACGGACTTCC capra TCCCCAGTAT TAAATTTACT AAAAATTTCA AATATACAAC ACAAACTTCC
5555555555 5555555555 5555555555 5555555555 5555555556 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890
swamp ATTAGAAATA ACTACAACCA TCAACACACC TGACCTCATA TGTACAACAC
water1 ATTAGAAATA ACTGCAACCA TCAACACACC TAACCTCGCA TGTACGGCAT
water2 ATTAGAAATA ACTGCAACCA TCAACACACC TAACCTCGCA TGTACGGCAT
taurus ATTACAAACA CCACTAGCTA ACATAACACG CCCATACACA GACCACAGAA
indicus ATTACAAACA CCACTAGCTA ACATAACACG CCCATACACA GACCACAGAA
yak ATTACAAACA CCACTAGCTA ACAACACACA TCCCCAAAAA TGCATTGTCC aries CACTCCACAA GCCCACATAA CAACCCATAC AAGAAAAGCA CAACCACCCA
6666666666 6666666666 6666666666 6666666666 6666666666 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890
swamp ACAACATATG ACCCTACTAC TCCGAATGGG GGGGGGGACA TAACATTAAT
water1 ACAACATATG GTCTTACCAC TCCGAATGGG GGAATGTACA TAACATTAAT water2 ACAACATATG GTCTTACCAC TCCGAATGGG GAACGTACAT AACATTAATG
taurus TGAATTACCT ACGCAAGGGG TAATGTACAT AACATTAATG TAATAAAGAC
indicus TGAATTACCC AGGCAAGAGG TAATGTACAT AACATTAATG TAATAAAGAC
yak AAACGGGGGA TACGTACATA ATATTAATGT AATAAAGACA TATTATGTAT
aries CCCACGGACA TGAGCGTTCA TAAACCCAAC ATATCTTATG TCTGTCTTAA
capra CCAATCCTAA CCCAACTTAG ATACCCACAC AAACGCCAAC ACCACACAAT
6666666666 6666666666 6666666666 6666666666 6666666667 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890
swamp GTAATAAGGA CATAATATGT ATATAGTACA TTATATTATA TGCCCCATGC
water1 GTAACAAGGA CATAATATGT ATATAGTACA TTACATTATA TGCCCCATGC water2 TAACAAGGAC ATAATATGTA TATAGTACAT TACATTATAT GCCCCATGCG
taurus ATAATATGTA TATAGTACAT TAAATTATAT GCCCCATGCA TATAAGCAAG
indicus ATGATATGTA TATAGTACAT TAAATTATAT ACCCCATGCA TATAAGCAAG
yak ATAGTACATT AAATTATATG CCCCATGCAT ATAAGCAAGT ACATAACTCC
aries ACATGCAAAC GAGTACATAG TATTAATGTA ATATAGACAT TATATGTATA
capra ATTACGTGTA TGCAAGTACA TTACACCGCT CGCCTACACA CAAATACATT
7777777777 7777777777 7777777777 7777777777 7777777777 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890
swamp ATATAAGCGG GTACACAAAC ATGCATGATA GTACATAGTA CATTCAATTA
water1 GTATAAGCAA GTACATAAAC ATGCATGATA GTACATAGTA CATATAATTA water2 TATAAGCAAG TACATAGACA TGCATGATAG TACATAGTAC ATATAATTAT
taurus TACATGACCT CTATAGCAGT ACATAATGCA TATAATTATT GACTGTACAT
indicus TACATGATCT CTATAATAGT ACATAATACA TACAATTATT AACCGTACAT
yak TATTGATAGT ACATAATACA TGAAATTATT AATCGTACAT AACACATTAT
aries AAGTACATTA AATGATTTAC CTCATGCATA TAAGTACGTA CATAGTATTA capra TACTAACATC CATATAACGC GGACATACAG CCTTCATATA GTTTACTGTA
7777777777 7777777777 7777777777 7777777777 7777777778 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890
swamp TTGATCGTAC ATAGTGCATT CAAGTCAAAT CCGTCCTCGC CAACATGCAT
water1 TTGATCGTAC ATAGCACATT TAAGTCAAAT CCATTCTTAT CAACATGCGT water2 TGATCGTACA TAGCACATTT AAGTCAAATC CATTCTTATC AACATGCGTA
taurus AGTACATTAT GTCAAATTCA TTCTTGATAG TATATCTATT ATATATTCCC
indicus AGTACATTAT ATCAAATCCA TCCTCAACAA CATATCTACT ATATACCCCC
yak GTCAAACCTA CTCCTAACAA CATGTATACC CCCTCCACTA GATCACGAGC
aries ATGTAATATA GACATTATAT GTATAAAGTA CATTAAATGA TTTACCCCAT capra TATCTACCCT ACACATATGC AGTACTAATC CAGCATAAAC GTAATGTATG
8888888888 8888888888 8888888888 8888888888 8888888888 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890
swamp ATCCCCTCCA CTAGATCACG AGCTTGGTCA CCATGCCGCG TGAAACCAGC
water1 ATCCCTTCCA CTAGATCACG AGCTTGATCA CCATGCCGCG TGAAACCAGC water2 TCCCTTCCAC TAGATCACGA GCTTGATCAC CATGCCGCGT GAAACCAGCA
taurus TACCATTAGA TCACGAGCTT AATTACCATG CCGCGTGAAA CCAGCAACCC indicus TCCACTAGAT CACGAGCTTA ATTACCATGC CGCGTGAAAC CAGCAACCCG
yak TTAACTACCA TGCCGCGTGA AACCAGCAAC CCGCTAGGCG GAGGACCCCT
aries GCATATAAGC ACGCACATAG TATTAATGTA ATACAGACAT TATATGTATA
capra TACATTACAT TTTATGATCT ACTTCATGTG TACGTACATA ATATTAATGT
8888888888 8888888888 8888888888 8888888888 8888888889 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890
swamp AACCCTTCAG ACAGGGATCC CTCTTCTCGC TCCGGGCCCA TGTCTTGTGG
water1 AACCCTTCAG GCAAGGATCC CTCTTCTCGC TCCGGGCCCA TGTTATGTGG water2 ACCCTTCAGG CAAGGATCCC TCTTCTCGCT CCGGGCCCAT GTTATGTGGG taurus GCTAGGCAGG GATCCCTCTT CTCGCTCCGG GCCCATAAAC CGTGGGGGTC
indicus CTAAGCAGAG GATCCCTCTT CTCGCTCCGG GCCCATAGAC TGTGGGGGTC
yak CTTCTCGCTC CGGGCCCATG AACTGTGGGG GTCGCTATTT AATGAACTTT
aries AAGTACATTA AATGATTTAC CTCATGCATA TAAGCACGTA CATAGTATTA
9999999999 9999999999 9999999999 9999999999 9999999999 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890
swamp GGGTAGCTAT TCAATGAACT TTAACAGGCA TCTGGTTCTT TCTTCAGGGC
water1 GGGTAGCTAT TTAATGAATT TTAACAGGCA TCTGGTTCTT TCTTCAGGGC water2 GGTAGCTACT TAATGAACTT TAACAGACAT CTGGTTCTTT CTTCAGGGCC
taurus GCTATCCAAT GAATTTTACC AGGCATCTGG TTCTTTCTTC AGGGCCATCT
indicus GCTATTTAAT GAATTTTACC AGGCATCTGG TTCTTTCTTC AGGGCCATCT
yak ATCAGACATC TGGTTCTTTC TTCAGGGCCA TCTCACCTAA AACCGTCCAC
aries ATGTAATATA GACATTATAT GTATAAAGTA CATTAAATGA TTTACCCCAT capra ATTAAGGACG TACATCAGTA TTAATGTAAT AAGGACATAG TATGTATATT
1 9999999999 9999999999 9999999999 9999999999 9999999990 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890
swamp CATCTCACCT AAAATCGCCC ACTCTTTCCC CTTAAATAAG ACATCTCGAT
water1 CATCTCATCT AAAATCGCCC ATTCTTTCCT CTTAAATAAG ACATCTCGAT water2 ATCTCACCTA AAGTCGCCCA TTCTTTCCTC TTAAATAAGA CATCTCGATG
taurus CATCTAAAAC GGTCCATTCT TTCCTCTTAA ATAAGACATC TCGATGGACT indicus CATCTAAAGT GGTCCATTCT TTCCTCTTAA ATAAGACATC TCGATGGACT
yak TCTTTCCTCT TAAATAAGAC ATCTCGATGG ACTAATGGCT AATCAGCCCA
aries GCATATAAGC ATGTACATTT GTTTCACTGA AGCATGTAGG GTATTAAACT capra GTACATTAAA CGATCTTCCT CATGCATATA AGCATGTATA ATATTTCTAT
1 0000000000 0000000000 0000000000 0000000000 0000000000 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890
swamp GGACTAATGT CTAATCAGCC CATGCTCACA CATAACTGTG CTGTCATACA
water1 GGACTAATGT CTAATCAGCC CATGCTCACA CATAACTGTG CTGTCATACA water2 GACTAATGTC TAATCAGCCC ATGCTCACAC ATAACTGTGC TGTCATACAT
taurus AATGGCTAAT CAGCCCATGC TCACACATAA CTGTGCTGTC ATACATTTGG
indicus AATGACTAAT CAGCCCATGC TCACACATAA CTGTGTTGTC ATACATTTGG
yak TGCTCACACA TAACTGTGCT GTCATACATT TGGTATTTTT TTATTTTGGG
aries GCTTGACCGT ACATAGTACA TGAAGTCAAA TCCATTCTAG TCAACATGCG
1
0000000000 0000000000 0000000000 0000000000 0000000001 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 swamp TTTGGTATTT TTTTATTTTG GGGGATGCTT GGACTCAGCT ATGGCCGTCA water1 TTTGGTATTT TTTTATTTTG GGGGATGCTT GGACTCAGCT ATGGCCGTCA water2 TTGGTATTTT TTTATTTTGG GGGATGCTTG GACTCAGCTA TGGCCGTCAA taurus TATTTTTTTA TTTTGGGGGA TGCTTGGACT CAGCTATGGC CGTCAAAGGC indicus TATTTTTTTA TTTTGGGGGA TGCTTGGACT CAGCTATGGC CGTCAAAGGC yak GGATGCTTGG ACTCAGCTAT GGCCGTCAAA GGCCCCGACC CGGAGCATCT aries TATCCTGTCC ATTAGATCAC GAGCTTGTTC ACCATGCCGC GTGAAACCAA capra CAAATCCATT CTTGCCAACA TGCGTATCCC GTCCACTAGA TCACGAGCTT 1
1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 swamp AAGGCCCCGA CCCGGAGCAT GAATTGTAGC TGGACTTAAC TGCAT---
water1 AAGGCCCCGA CCCGGAGCAT AAATTGTAGC TGGACTTAAC TGCAT---
water2 AGGCCCCGAC CCGGAGCATA AATTGTAGCT GGACTTAACT GCAT---
taurus CCTGACCCGG AGCATCTATT GTAGCTGGAC TTAACTGCAT ---
indicus CCCGACCCGG AGCATCTATT GTAGCTGGAC TTAACTGCAT ---
yak ATTGTAGCTG GACTTAACTG CAT--- --- ---
aries CAACCCGCTC AGCAAGGATC CCTCTTCTCG CTCCGGGCCC ACTAACTGTG capra GTTGACCATG CCGCGTGAAA CCAGCAACCC GCTTGGCAGG GATCCCTCTT 1 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111112 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 swamp ---water1 ---water2 ---taurus ---indicus ---yak
---aries GGGGTAACTA TTTAATGAAC TTTAACAGGC ATCTGGTTCT TTCTTCAGGG capra CTCGCTCCGG GCCCATTAAC CGTGGGGGTC GCTATTTAAT GAACTTTATC
1 2222222222 2222222222 2222222222 2222222222 2222222222 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 swamp ---water1 ---water2 ---taurus ---indicus ---yak
---aries CCATCTCATC TAAAATCGCC CACTCTTTCC CCTTAAATAA GACATCTCGA capra AGACATCTGG TTCTTTCTTC AGGGCCATCT CACCTAAAAT CGCCCACTCT 1 2222222222 2222222222 2222222222 2222222222 2222222223 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 swamp ---water1 ---water2 --- --- --- --- --- taurus ---indicus --- --- --- --- --- yak --- --- --- --- ---
aries TGGACTAATG ACTAATCAGC CCATGCCTAA CATAACTGTG GTGTCATGCA capra TCCCTCTTAA ATAAGACATC TCGATGGACT AATGACTAAT CAGCCCATGC 1 3333333333 3333333333 3333333333 3333333333 3333333333 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 swamp ---water1 ---water2 --- --- --- --- --- taurus ---indicus --- --- --- --- --- yak --- --- --- --- ---
aries TTTGGTATTT TTTAATTTTT GGGGATGCTT GGACT--- --- capra TCACACATAA CTGTGCTGTC ATACATTTGG TATTTTTTAA TTTTCGGGGA
1 3333333333 3333333333 3333333333 3333333333 3333333334 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 swamp --- water1 --- water2 --- taurus --- indicus --- yak --- aries --- capra TGCTTGGACT
Keterangan : fragmen kerbau rawa (swamp) (cetak hitam tebal) dijadikan pembanding untuk melihat perbedaan (cetak merah) nukleotida antar spesies yang berbeda.