ISOLASI DAN IDENTIFIKASI BAKTERI PADA SALURAN
PENCERNAAN UDANG VANNAME (Litopenaeaus vannamei)
MELALUI UJI GRAM DAN UJI METIL RED
SKRIPSI
Diajukan Sebagai Persyaratan Memperoleh Gelar Sarjana Strata Satu (S1) pada Program Studi Budidaya Perairan
Oleh:
AYU NOVITA PUTRI NIM : 07930014
JURUSAN PERIKANAN
FAKULTAS PERTANIAN-PETERNAKAN
UNIVERSITAS MUHAMMDIYAH MALANG
HALAMAN PENGESAHAN
Nama : AYU NOVITA PUTRI NIM : 07930014
Jurusan : Perikanan
Fakultas : Pertanian – Peternakan
Judul : ISOLASI DAN IDENTIFIKASI BAKTERI PADA SALURAN PENCERNAAN UDANG VANNAME (Litopenaeus
vannamei) MELALUI UJI GRAM DAN UJI METIL RED
Skripsi ini telah diterima sebagai persyaratan untuk memperoleh gelar Sarjana Perikanan pada Program Studi Budidaya Perairan Fakultas Pertanian – Peternakan
Universitas Muhammadiyah Malang
Mengesahkan,
Dekan, Ketua Jurusan
SKRIPSI
ISOLASI DAN IDENTIFIKASI BAKTERI PADA SALURAN
PENCERNAAN UDANG VANNAME (Litopenaeaus vannamei) MELALUI UJI GRAM DAN UJI METIL RED
Oleh :
AYU NOVITA PUTRI NIM : 07930014
Telah Dipertahankan di depan Dewan Penguji Pada tanggal...
Dewan Penguji:
Pembimbing Utama Pembimbing Pendamping
Drh. Sri Samsundari, M. M Riza Rahman Hakim, S.Pi
NIPUMM. 110.8903.0100 NIPUMM. 105.0501.0424
Penguji Utama Penguji Pendamping
Sri Dwi Hastuti, S.Pi, M.Aqua Hany Handajani, S.Pi, M.Si
NIPUMM. 110.9911.0353 NIPUMM. 110.0309.0406
Malang,...2011 Universitas Muhammadiyah Malang
Fakultas Pertanian Peternakan Dekan,
SURAT PERNYATAAN
Saya yang bertandatangan di bawah ini: NAMA : AYU NOVITA PUTRI NIM : 07930014
JURUSAN : PERIKANAN
FAKULTAS : PERTANIAN – PETERNAKAN
UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH MALANG
Menyatakan bahwa skripsi yang berjudul “Isolasi dan Identifikasi Bakteri
Pada Saluran Pencernaan Udang Vanname (Litopenaeus vannamei) Melalui Uji
Gram dan Uji Metil Red” adalah bukan karya orang lain baik sebagian maupun
keseluruhan kecuali dalam bentuk kutipan yang diacu dalam naskah ini dan telah dituliskan sumbernya.
Demikian pernyataan ini saya buat dengan sebenar-benarnya dan apabila pernyataan ini tidak benar, maka saya bersedia mendapatkan sanksi akademik.
Malang,... Yang membuat pernyataan,
i
KATA PENGANTAR
Syukur Alhamdulillah kehadirat Allah SWT atas segala rahmat, taufik dan hidayah-Nya, sehingga penulis dapat menyelesaikan skripsi dengan judul “Isolasi Dan Identifikasi Bakteri Pada Saluran Pencernaan Udang Vanname
(Litopenaeus Vannamei) Melalui Uji Gram Dan Uji Metil Red”. Shalawat
serta salam selalu kita panjatkan kepada baginda Rasulullah SAW yang telah membawa kita dari jalan yang gelap gulita menuju jalan yang terang benderang. Skripsi ini disusun sebagai salah satu persyaratan dalam memperoleh gelar Sarjana Perikanan di Jurusan Budidaya Perairan Fakultas Pertanian Peternakan Universitas Muhammadiyah Malang.
Pada kesempatan kali ini penulis ingin mengucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya kepada:
1. Bapak Dr. Ir. Damat, M.P selaku dekan Fakultas Pertanian Peternakan Universitas Muhammadiyah Malang.
2. Ibu Sri Dwi Hastuti, S.Pi, M.Aqua selaku ketua Jurusan Perikanan Fakultas Pertanian Perternakan Universitas Muhammadiyah Malang. 3. Ibu Drh. Sri Samsundari, M.M dan bapak Riza Rahman Hakim, S.Pi
selaku dosen pembimbing I dan II yang telah memberikan kesabaran, bimbingan, arahan, petunjuk dan perhatiannya selama proses penyusunan skripsi ini.
4. Drs, Joko Trisilo Wahono yang telah banyak memberikan waktu untuk membimbing penelitian saya dengan sabardan penuh arahan sehingga penelitian ini bisa berjalan dengan lancar.
5. Ibunda dan ayah tercinta, adikku tersayang dan seluruh keluarga yang telah memberikan motivasi dan doa untuk menyelesaikan skripsi ini. 6. Teman-teman Perikanan 2007 dan seperjuangan yang tidak dapat
ii
Penulis menyadari penyusunan skripsi ini masih jauh dari sempurna. Kritik dan saran dari pembaca sangat penulis harapakan, sehingga dapat membantu dalam penyusunan berikutnya. Namun penulis tetap berharap skripsi ini dapat bermanfaat bagi seluruh pembaca.
Malang, Mei 2011
iii DAFTAR ISI Halaman HALAMAN JUDUL HALAMAN PENGESAHAN HALAMAN PERNYATAAN
KATA PENGANTAR ... i
DAFTAR ISI ... iii
DAFTAR GAMBAR ... vi
DAFTAR TABEL ... vii
DAFTAR LAMPIRAN ... viii
ABSTRAK ... ix
ABSTRACT ... x
BAB I. PENDAHULUAN 1.1. Latar Belakang ... 1
1.2. Rumusan Masalah ... 2
1.3. Tujuan Penelitian ... 3
1.4. Kegunaan Penelitian... 3
BAB II. TINJAUAN PUSTAKA 2.1. Taksonomi dan Morfologi Udang Vanname ... 4
2.2. Penyebaran dan Habitat ... 5
2.3. Pakan dan Kebiasaan Makan ... 6
2.4. Kualitas Air ... 7
2.5.Penyakit pada Udang Vanname ... 8
2.6. Bakteri ... 9
2.6.1. Morfologi Sel Bakteri ... 9
2.6.2. Struktur Sel Bakteri ... 13
2.7. Uji Biokimia Biakan Bakteri ... 16
2.7.1. Uji Pewarnaan Gram ... 16
2.7.2. Uji Metil Red ... 17
BAB III. METODOLOGI PENELITIAN 3.1. Waktu dan Tempat Penelitian ... 19
3.2. Materi Penelitian ... 19
3.2.1. Bahan ... 19
3.2.2. Alat ... 20
3.3. Batasan Variabel ... 20
3.4. Metode Penelitian... 21
3.5. Analisis Data ... 22
3.6. Prosedur Penelitian... 22
iv BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1. Hasil Isolasi ... 26 4.2. Uji Gram ... 33 4.3. Uji Metil Red ... 38
BAB V. KESIMPULAN DAN SARAN
5.2. Kesimpulan ... 40 5.3. Saran ... 40 DAFTAR PUSTAKA
v
DAFTAR GAMBAR
Gambar Teks Halaman
2.1. Udang Vanname ... 3
2.2. Anatomi Tubuh Udang Vanname ... 4
2.3. Bakteri Bentuk Kokus ... 12
2.4. Bakteri Bentuk Basil ... 13
2.5. Bakteri Bentuk Spiral ... 14
vi
DAFTAR TABEL
Tabel Teks Halaman
1. Standart Parameter Kualitas Air ... 8
2. Alat Penelitian ... 21
3. Hasil Isolasi ... 26
4. Identifikasi Hasil Isolasi ... 29
5. Hasil Pewarnaan Gram ... 34
vii
DAFTAR LAMPIRAN
Tabel Teks Halaman
1. Cara Pembuatan Media Pada Uji Metil Red ... 44
viii ABSTRAK
Ayu Novita Putri, 07930014. Isolasi Dan Identifikasi Bakteri Pada Saluran Pencernaan Udang Vanname (Litopenaeus Vannamei) Melalui Uji Gram Dan Uji Metil Red. Skripsi. Di bawah bimbingan Ibu Drh. Sri Samsundari,M.M dan Bapak Riza Rahman Hakim,S.Pi.
Kegiatan penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Biomedik Fakultas Kedokteran Universitas Muhammadiyah Malang, yang dimulai pada bulan Februari sampai dengan Maret 2011.
Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui koloni bakteri pada hasil isolasi saluran pencernaan (usus dan hepatopankreas) udang vanname (Litopenaeus vannamei) dan untuk mengetahui bakteri yang ditemukan berdasarkan hasil isolasi dan identifikasi saluran pencernaan (usus dan hepatopankreas) udang vanname (Litopenaeus vannamei) melalui uji gram dan uji metil red.
Metode yang digunakan dari penelitian ini adalah metode eksperimen, pengumpulan data dengan cara observasi dan studi literatur serta dengan analisis data secara deskriptif. Materi yang digunakan dalam penelitian ini yaitu udang vanname (Litopenaeus Vannamei) dengan ukuran ±20cm dengan berat 50gr yang diperoleh dari tambak semi intensif di daerah Lamongan.
Hasil yang didapat dari penelitian ini adalah ditemukannya lima (5) koloni bakteri yaitu bakteri genus Enterobacter (bakteri yang bertanda A, B, D, dan E) dan Streptococcus (bakteri yang bertanda C). Sedangkan hasil uji gram pada koloni A, B, D dan E adalah negatif dan positif pada koloni C. Hasil uji metil red pada semua koloni adalah negatif.
Saran dari hasil penelitian ini yaitu melakukan uji-uji yang lain seperti uji katalase dan uji gula-gula untuk mendapatkan hasil yang lebih detail serta pada penelitian lebih lanjut dilakukan dengan menggunakan materi selain udang vanname misalkan udang windu atau jenis ikan lainnya.
ix ABSTRACT
Ayu Novita Putri, 07930014. Isolation and identification of bacteria in gastrointestinal Vanname shrimp (Litopenaeus vannamei) through the test of Gram and methyl red test. Thesis. Under the direction of the Mrs. Sri Samsundari, MM and Mr. Hakim Rahman Riza, S.Pi.
These research activities conducted in the Biomedical Laboratory of the Faculty of Medicine University of Muhammadiyah Malang, which began in February to March 2011.
The purpose of this study was to determine the bacterial colonies isolated on the digestive tract (intestine and hepatopankreas) vanname shrimp (Litopenaeus vannamei) and to identify the bacteria found on isolation and identification of the digestive tract (intestine and hepatopankreas) vanname shrimp (Litopenaeus vannamei) in grams test and methyl red test.
The method used in this research is the experimental method, data collection through observation and study of literature and descriptive data analysis. Materials used in this research that vanname shrimp (Litopenaeus Vannamei) with a size of ± 20 cm with a weight of 50gr get from semi-intensive pond in Lamongan.
The results of this research is the discovery of five (5) colonies of bacteria are bacteria of the genus Enterobacter (bacteria that marked A, B, D and E) and Streptococcus (bacteria that marked C). While the results of the review of the grams of colonies A, B, D and E are the negative and positive in the colony results C. of methyl red test were negative in all the colonies.
The suggestions of this research is to make other evidence such as proof of catalase and sweets of test for more details and research that have been carried out by the use of other materials for example, tiger shrimp or other species of fish.
DAFTAR PUSTAKA
Anonimuous, 2008. Bakteri – Ciri ciri, Struktur, Perkembangbiakan, Bentuk dan Manfaatnya.http://gurungeblog.wordpress.com/2008/11/17/bakteri-ciri-ciri-struktur-perkembangbiakan-bentuk-dan-manfaatnya/. Diunggah pada tanggal 05 April 2011.
Anonimous, 2008. Petunjuk Praktikum Mikrobiologi Dasar. Universitas Jendral Soedirman. Purwokerto.
Amri, K dan Iskandar Kanna. 2008. Budidaya Udang Vanname Secara Intensif, Semi Intensif dan Tradisional. Gramedia. Jakarta.
Dwidjoseputro, 1995. Dasar-Dasar Mikrobiologi. Djambatan. Malang.
Fardiaz, S. 1992. Mikrobiologi Pangan. Gramedia. Jakarta.
Feliatra et., al., 2004. Isolasi dan Identifikasi Bakteri Probiotik dari Ikan Kerapu Macan (Ephinephelus fuscogatus) dalam Upaya Efisiensi Pakan Ikan. Universitas Riau. Pekanbaru.
Fuller, R et., al.,1987. A review, prebiotic in man and animal. Juornal of Applied Bacteriology, dalam Filiatraet al., 2004. Isolasi dan Identifikasi Bakteri Probiotik Dari Ikan Kerapu Macan (Ephinepelus fuscogatus) Dalam Upaya Efisiensi Pakan Ikan. Universitas Riau. Pekanbaru.
Ghufran, M dan H. Kordi K. 2007. Pemeliharaan Udang Vanname. Indah Surabaya. Surabaya.
Haliman. 2005. Udang Vanname. Penebar Swadaya. Depok.
Heru, W. 2006. Cara Memilih Benur Vannamei Berkualitas. BBAP Situbondo.
Juknis DKP. 2004. Budidaya Udang Vanname (Litopenaeus vannamei) Intensif yang Berkelanjutan. BBPBAP Jepara.
Magdalena, et., al., 2002.Kualitas Media Pemeliharaan Larva Lola Merah Dan Kimia Sisik Hasl Filtrasi Bertingkat Di Hatchery. UNHAS. Makassar.
Michael, et., al.,2007. Dasar-Dasar Mikrobiologi. Universitas Indonesia. Jakarta.
Mujiman, A. 1998. Makanan Ikan. Penebar Swadaya. Jakarta.
Pradhika, I. 2010. Mikrobilogi Dasar. http://ekmon-saurus.blogspot.com. Diunggah tgl 02 Februari 2011.
Pratiwi, S. 2008. Mikrobiologi Farmasi. Erlangga. Jakarta.
Sahwan, MF.2002. Pakan Ikan dan Udang. Penebar Swadaya. Jakarta.
Salminen, S, et., al., 1999. Probiotics: how should be defined? Trends in food science and technology, dalam Filiatra et al., 2004. Isolasi dan Identifikasi Bakteri Probiotik Dari Ikan Kerapu Macan (Ephinepelus fuscogatus) Dalam Upaya Efisiensi Pakan Ikan. Universitas Riau. Pekanbaru.
Siri, RH. 1993. Mikrobiologi Dasar dalam Praktek, Teknik dan Prosedur Dasar Laboratorium. Gramedia. Jakarta.
Slamet, S. 1987. Budidaya Ikan dan Udang dalam Tambak.Gramedia. Jakarta.
Supito, A. Taslihan, dan E. Sutikno. 2005. Penerapan Best Management Practices Pada Tingkat Petambak.BBPBAP. Jepara.
Sutanto, I. 2005. Trobosan Pengembangan Budidaya Udang. Shrimp Club Indonesia.
Trobos. 2005. Potret Bisnis Udang 2004 – Diantara Peluang dan Hambatan. TrobosAqua Januari 2005 (Hal.84-85).
Regobiz, R. 2010. Bakteri Gram dan Pewarnaannya. http://wikipedia.com/Rudi-Regobiz.htm/Bakteri-Gram-dan-Pewarnaannya.
Rostinawati, T. 2008. Skrining dan Identifikasi Bakteri Penghasil Enzim Kitinase dari Air Laut di Perairan Pantai Pondok Bali. Fakultas Farmasi, Universitas Padjajaran. Jatinangor.
Verschere et., al, 2000. Probiotic bacteria as biological control agent in aquaculture. Microbiology molecular biologi review, dalam Filiatra et al., 2004. Isolasi dan Identifikasi Bakteri Probiotik Dari Ikan Kerapu Macan (Ephinepelus fuscogatus) Dalam Upaya Efisiensi Pakan Ikan. Universitas Riau. Pekanbaru.
Volk dan Wheeler.1988. Mikrobiologi Dasar. Erlangga. Jakarta.
Wiyana, J. 2006. Budidaya Udang Vanname Tradisional Plus. BBAP Situbondo.
Yani A. 2010. Pengertian Identifikasi. http://id.shvoong.com/business-management/management/2084019-pengertian-identifikasi.Diunggah pada tanggal 25 Februari 2011.
1 BAB I PENDAHULUAN
1.1.Latar Belakang
Udang Vanname (Litopenaeus vannamei) merupakan udang yang berasal
dari bagian Barat pantai Amerikan Latin, mulai dari Peru sebelah Selatan, hingga
Meksiko, di sebelah Utara. Namun jenis udang ini telah mulai dibudidayakan di
Indonesia sejak penyakit yang banyak menyerang udang windu (Penaeus
monodon), sehingga para permbudidaya merasa dirugikan. Setelah itu udang
vanname mulai menjadi komoditas alternatif bagi pembudidaya. Namun, setelah
udang vanname mulai dibudidayakan di Indonesia, ternyata udang vanname juga
merupakan udang yang mudah terserang penyakit.
Beberapa penyakit yang sering menginfeksi udang salah satunya adalah
bakteri. Penyakit-penyakit bakteri yang menyerang udang budidaya antara lain:
Vibrio harveyii, V.parahaemolyticus, V.alginolyticus, V.fishery, V.logei,
V.splendidus, V.albensis, V.vulvinicus, V.cambellii, V.anguillarum, V.costicola,
V.mimicus, Aeromonas sp, Psedomonas sp, Mycobacterium sp, Flavobacterium
sp, Filamentous bacteri, Aerococcus viridatus, Acid-fast bacteria, Benekea sp,
Pasteurella sp, Morella sp, Acomabacter sp, Yersinia sp dan Leucotrik.
Bakteri yang sering ditemukan pada usus dan hepatopankreas udang
adalah bakteri jenis Vibrio sp yang dianggap paling berbahaya. Jenis bakteri yang
berhubungan dengan penyakit pada usus dan hepatopankreas udang antara lain
Vibrio harveyii, V.parahaemolyticus, V.alginolyticus, V.fishery, V.logei,
2
Adapun jenis bakteri yang termasuk pada kandidat probiotik adalah
Acenitobacter aritratus, Bacillus subtilis and Staphylococcus saprophyticus.
Ketiga bakteri tersebut diambil dari saluran pencernaan udang vanname budidaya
yang masih berukuran juvenile. Uji daya hambat secara individu terhadap Vibrio
algynoliticus tertinggi pada Bacillus.
Bakteri yang dapat menyebabkan penyakit pada udang biasanya pada
saluran pencernaan khususnya pada usus dan hepatopankreas. Bakteri dalam
pencernaan udang banyak jenisnya, mulai dari yang dianggap merugikan dan
bakteri yang menguntungkan. Untuk lebih mengetahui jenis bakteri apa saja yang
terdapat dalam saluran pencernaan udang, dapat dilakukan isolasi dan identifikasi
bakteri pada saluran pencernaan udang vanname (Litopenaeus vannamei) melalui
uji gram dan uji metil red.
1.2.Perumusan Masalah
1. Bagaimana bentuk koloni bakteri pada hasil isolasi dari saluran
pencernaan (usus dan hepatopankreas) udang vanname (Litopenaeus
vannamei)?
2. Bakteri apa saja yang ditemukan berdasarkan hasil isolasi dan identifikasi
dari saluran pencernaan (usus dan hepatopankreas) udang vanname
(Litopenaeus vannamei) melalui uji gram dan uji metil red?
1.3.Tujuan Penelitian
1. Untuk mengetahui koloni bakteri pada hasil isolasi dari saluran pencernaan
3
2. Untuk mengetahui bakteri yang ditemukan berdasarkan hasil isolasi dan
identifikasi dari saluran pencernaan (usus dan hepatopankreas) udang
vanname (Litopenaeus vannamei) melalui uji gram dan uji metil red.
1.4.Kegunaan Penelitian
Kegunaan dari penelitian ini adalah memberikan pengetahuan tentang
koloni bakteri yang dihasilkan isolasi dari saluran pencernaan udang vanname
(Litopenaeus vannamei) khusus pada bagian usus dan hepatopankreas udang
untuk membantu mengetahui bakteri apa saja yang terdapat pada saluran
pencernaan udang vanname yang belum diketahui melalui uji gram dan uji metil
red kemudian dapat membantu mencegah budidaya udang vanname di Indonesia
