SELEKSI BC
2F
2PADI ADAN x NIPPONBARE BERBASIS
MARKA MIKROSATELIT DAN PENGAMATAN
KARAKTER AGRONOMI
WASIS TIARIANTO
DEPARTEMEN BIOKIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR
PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA
Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Seleksi BC2F2 Padi Adan
x Nipponbare Berbasis Marka Mikrosatelit dan Pengamatan Karakter Agronomi adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada BB Biogen.
Bogor, Februari 2015
Wasis Tiarianto
ABSTRAK
WASIS TIARIANTO. Seleksi BC2F2 Padi Adan x Nipponbare Berbasis Marka
Mikrosatelit dan Pengamatan Karakter Agronomi. Dibimbing oleh DJAROT SASONGKO dan JOKO PRASETIYONO.
Padi Adan merupakan padi lokal Kecamatan Krayan (Kalimantan Timur) memiliki nilai jual tinggi dengan bentuk berasnya kecil, bundar, halus, beraroma harum, dan cita rasa baik, namun memiliki umur 5-6 bulan. Perbaikan genetik kultivar padi Adan untuk meningkatkan potensi hasil padi Adan telah dilakukan. Penelitian ini bertujuan menyeleksi galur tanaman BC2F2 padi Adan x Nipponbare
yang memiliki gen umur berbunga (Hd2) menggunakan marka molekuler serta analisis karakter agronomi tanaman padi tersebut. Padi BC2F2 Adan x Nipponbare
yang digunakan merupakan hasil persilangan balik antara BC1F2 Adan x
Nipponbare dan Tetua Adan. Sebanyak 200 individu BC2F2 diseleksi secara
molekuler menggunakan marka Simple Sequence Repeat (SSR) RM1362, dan RM7601. Berdasarkan analisis molekuler telah dipilih 43 individu BC2F2 yang
memiliki pola genotipe homozigot gen Nipponbare. Berdasarkan pengamatan agronomi, terlihat bahwa tanaman BC2F2 tidak berbeda nyata dalam hal jumlah
gabah isi dengan tetua Adan, serta memiliki umur berbunga lebih cepat 10 hari dari tetua sebelumnya.
Kata kunci: Adan, Nipponbare, Padi, SSR
ABSTRACT
WASIS TIARIANTO. Selection of BC2F2 Adan Rice x Nipponbare Based
Microsatellite Markers and Agronomic Characters Observation. Supervised by DJAROT SASONGKO and JOKO PRASETIYONO.
Adan is a local rice paddy at Subdistrict Krayan (East Kalimantan) that has high sales value. The texture of Adan rice are small, round, smooth, good smell, good taste, but has a harvest time around 5-6 months. Genetic improvement of rice cultivars Adan to increase rice yield potential Adan has been done. This study aims to select strains BC2F2 plant Adan x Nipponbare rice that has days to flowering
(Hd2) gene using molecular marker and analysis of agronomic character in rice plant. BC2F2 Adan x Nipponbare rice, which is used in this research, is a hybrid
from BC1F2 Adan x Nipponbare and Adan parent. A total of 200 individuals were
selected BC2F2 molecularly using Simple Sequence Repeat (SSR) marker RM1362
and RM7061. Based on molecular analyzes, 43 BC2F2 individuals which have a
pattern of gene homozygous genotype Nipponbare have been selected. Based on agronomic observations, it appears that the BC2F2 plants were not significantly
different in terms of the number of filled grain with Adan parent, and have a lifespan of 10 days flowering shorter than previous parent.
Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Sains
pada
Departemen Biokimia
SELEKSI BC
2F
2PADI ADAN x NIPPONBARE BERBASIS
MARKA MIKROSATELIT DAN PENGAMATAN
KARAKTER AGRONOMI
DEPARTEMEN BIOKIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR 2015
Judul Skripsi : Seleksi BC2F2 Padi Adan x Nipponbare Berbasis Marka Mikrosatelit
dan Pengamatan Karakter Agronomi Nama : Wasis Tiarianto
NIM : G84100026
Disetujui oleh
Dr Djarot Sasongko HS,MS
Pembimbing I
Dr Joko Prasetiyono, MSi
Pembimbing II
Diketahui oleh
Dr Ir I Made Artika, MAppSc Ketua Departemen
PRAKATA
Syukur alhamdulillah penulis panjatkan kepada Allah Subhanahû wa ta’âlâ
atas rahmat dan karunia-Nya sehingga karya ilmiah ini berhasil diselesaikan. Penelitian ini berjudul Seleksi BC2F2 Padi Adan x Nipponbare Berbasis Marka
Mikrosatelit dan Pengamatan Karakter Agronomi . Penelitian ini dilakukan sejak bulan Februari hingga Juli 2014, bertempat di Laboraorium Biologi Molekuler dan Rumah Kawat Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian (BB BIOGEN), Jalan Tentara Pelajar 3A, Cimanggu-Bogor.
Penulis menyampaikan ucapan terima kasih kepada Dr Djarot Sasongko HS, MS dan Dr Joko Prasetiyono, MSi selaku pembimbing. Ungkapan terima kasih juga penulis ucapkan kepada Ayah, Ibu, Dewi Marisa Marits, rekan-rekan Biokimia 47, Bu.Tasliah, Pak.makruf, Bu.Ma’sumah, rekan-rekan BB Biogen, rekan-rekan MENWA IPB serta semua pihak yang telah membantu kegiatan ini dengan segala doa, dukungan, dan semangat yang diberikan.
Penulis menyadari masih banyak kekurangan dalam penyusunan karya ilmiah ini, oleh karena itu, kritik dan saran sangatlah penulis harapkan dan dapat disampaikan secara langsung maupun tidak langsung. Akhir kata penulis berharap tulisan ini dapat berguna bagi penulis maupun semua pihak demi kemajuan ilmu pengetahuan.
Bogor, Februari 2015
DAFTAR ISI
DAFTAR TABEL vi
DAFTAR GAMBAR vi
DAFTAR LAMPIRAN vi
PENDAHULUAN 1
METODE PENELITIAN 2
Alat 2
Bahan 2
Prosedur Penelitian 2
HASIL 4
Kualitas dan Kuantitas DNA Padi Galur BC2F2 Hasil Isolasi 4
Amplifikasi DNA Padi Galur BC2F2 Adan x Nipponbare 5
Karakter Agronomi Padi Galur BC2F2 Adan x Nipponbare 6
PEMBAHASAN 8
Kualitas dan Kuantitas DNA Padi Galur BC2F2 Hasil Isolasi 8
Amplifikasi DNA Padi Galur BC2F2 Adan x Nipponbare 9
Karakter Agronomi Padi Galur BC2F2 Adan x Nipponbare 10
SIMPULAN DAN SARAN 11
DAFTAR PUSTAKA 11
LAMPIRAN 14
DAFTAR TABEL
1 Pengukuran konsentrasi dan kemurnian DNA padi BC2F2 5
2 Hasil scoring pita elektroforegram DNA padi 6
3 Pola genotipe padi BC2F2 dengan seleksi 2 marka 6
4 Tabulasi pengamatan agronomis individu BC2F2 7
5 Contoh hasil analisis statistika panjang malai, jumlah gabah isi, jumlah gabah hampa, dan bobot gabah isi individu BC2F2 8
DAFTAR GAMBAR
1 Elektroforegram beberapa DNA daun padi BC2F2 hasil isolasi 4
2 Elektroforegram DNA padi BC2F2 dengan menggunakan primer RM1362 5
3 Elektroforegram DNA padi BC2F2 dengan menggunakan primer RM7601 6
4 Profil tanaman hari ke-88 setelah tabur 7
DAFTAR LAMPIRAN
1 Bagan alir penelitian 15
2 Diagram persilangan 16
3 Primer yang digunakan dalam penelitian 16
4 Hasil skoring analisis molekuler individu BC2F2 16
5 Sebaran BC2F2 pada setiap karakter agronomi 19
6 Analisis varian (ANOVA) dan uji lanjut Dunnett terhadap data pengamatan karakter agronomis (panjang malai, jumlah gabah isi, jumlah gabah hampa, dan bobot gabah 100 butir) beberapa galur BC2F2 20
1
PENDAHULUAN
Padi merupakan tanaman pangan penting yang ditanam hampir sepertiga dari jumlah total bahan pangan di dunia (Gorantla et al. 2005). Kecamatan Krayan merupakan daerah penghasil beras Adan terbesar di Kabupaten Nunukan (Kalimantan Timur). Beras Adan Krayan memiliki cita rasa yang khas, baunya harum, rasanya enak, dan menyehatkan, sebab diolah secara organik (Wanly 2012). Padi Adan termasuk padi golongan CERE mempunyai 15-22 jenis dengan spesifikasi berasnya kecil dan bundar serta beraroma harum, memiliki cita rasa dan tekstur halus yang hidup di dataran tinggi (Salam 2011). Produksi padi Adan belum tinggi, sebab setiap lahan sawah padi adan hanya digarap sekali dalam setahun. Waktu yang dibutuhkan sejak persemaian benih hingga panen sekitar lima – enam bulan (Evi 2012). Oleh sebab itu perlu adanya perbaikan genetik untuk mempercepat umur berbunga tanaman ini, sehingga dapat ditanam lebih dari satu kali per tahun dalam rangka meningkatkan produksi.
Pendekatan secara bioteknologi dapat dilakukan untuk memperbaiki genetik tanaman, misalnya mempercepat perakitan galur padi baru yang memiliki umur genjah dengan hasil produksi tetap tinggi (Anderson dan Lubberstedt 2003). Pendekatan secara marka molekuler pada seleksi tanaman hasil silang balik ini dapat meningkatkan efisiensi dan efektifitas dari seleksi tersebut. Metode ini lebih cepat jika dibandingkan dengan metode secara konvensional, sebab metode MAB (Marker Assisted Backcrossing) yang dapat mengembalikan genom tanaman 98% seperti tetua pemulih dengan dua kali silang balik apabila dikombinasikan dengan seleksi
background di seluruh kromosom. Sedangkan dengan cara tradisional diperlukan 4-5 kali silang balik (Collard dan mackill 2007).
Padi kultivar Nipponbare merupakan jenis padi yang termasuk dalam varietas Japonika dengan karakteristik umumnya berumur pendek di daerah tropis, postur tanaman tinggi 110 cm sampai 120 cm , namun mudah rebah, anakan produktif 10 sampai 14 batang, warna kaki hijau, warna batang hijau, daun tebal, warna daun hijau, muka daun kasar pada sebelah bawah, posisi daun tegak, warna gabah kuning bersih, paleanya memiliki bulu (awn), bijinya cenderung bulat dan bentuk tanaman tegak. Kultivar Nipponbare digunakan untuk introduksi gen karena kemampuan regenerasi dan transformasinya yang sangat tinggi (Rahmawati 2006). Padi kultivar Nipponbare yang memiliki gen umur pembungaan cepat Heading date (Hd2) digunakan sebagai tetua donor. Padi Adan disilangkan dengan padi Nipponbare. Kemudian F1 disilang balikkan dengan tetua Adan untuk mendapatkan individu
BC1F1. Setelah itu, BC1F1 disilang balikkan lagi. Sebanyak 200 individu BC2F1
heterozigot diselfing dan menghasilkan BC2F2 (Lampiran 2). Seleksi dilakukan
menggunakan analisis molekuler PCR berbasis marka SSR (Simple Sequence Repeat).
Penelitian ini bertujuan untuk menyeleksi galur padi Adan yang membawa gen
Heading date (Hd2) dari Nipponbare baik secara molekuler dengan marka mikrosatelit maupun secara agronomis (umur berbunga, tinggi tanaman, panjang malai, bobot gabah isi, jumlah gabah isi, jumlah gabah hampa, bobot 100 butir isi, dan bobot gabah isi per rumpun). Hasil penelitian ini diharapkan dapat menghasilkan galur BC2F2 yang memiliki gen Hd2, sehingga varietas Adan dapat berbunga lebih
2
METODE PENELITIAN
Alat
Alat yang digunakan dalam penelitian, antara lain pipet mikro, tip, tabung mikro, sumpit, waterbath, dan sentrifus Beckman MicrofugeTM 12, spektrofotometer Bio Rad SmartSpecTM, mesin PCR thermocycler MJ Research Inc. PCT-100 dan
96-Plate PCR, neraca analitik Denver Instrument AA-250, microwave, perangkat elektroforesis, penggoyang Barnstead Thermolyne, gel documentation system Bio-Rad, gelas ukur, gelas piala, stirer, dan chemidoc.
Bahan
Bahan-bahan yang digunakan, antara lain 200 tanaman padi galur BC2F2
turunan Adan x Nipponbare, tetua Adan, tetua Nipponbare, nitrogen cair, bufer ekstraksi (campuran dari EDTA 50 mM, Tris-HCl 100 mM pH 8.0, NaCl 500 mM, SDS 1.25%, dan NaOH 8.3 mM), Tris Base, EDTA, Asam borat, HCl, NaCl, NaOH, bufer SDS, Na-bisulfit, kloroform, isoamilalkohol, Na-Asetat, isopropanol, etanol absolut, etanol 70%, ddH2O, 10X bufer PCR, MgCl2, dNTPs, primer SSR, Taq DNA
polimerase Dream, bufer TBE (Tris Boric EDTA), akrilamid, bis-akrilamid, amonium persulfat, TEMED, alkohol teknis, tissue kimwipe, DNA VC 100 bp, aluminum foil, dan parafilm. Primer PCR yang digunakan ialah sekuen primer (Rice Microsatellite) RM1362, dan RM 7601.
Prosedur Penelitian
Langkah awal penelitian ini adalah penanaman padi galur BC2F2 Adan x
Nipponbare, dan kedua tetuanya dengan penaburan benih pada media kapas. Setelah berkecambah (3 hari), tanaman dipindahkan pada media tanah (persemaian). Analisis molekuler dimulai dengan isolasi DNA dari daun muda padi tetua dan galur BC2F2
saat padi berumur 1 bulan. Setelah itu dilakukan proses PCR dengan marka SSR yang hasilnya dielektroforesis dengan gel poliakrilamida 8%. Hasil elektroforesis diperoleh suatu elektroforegram yang menunjukkan adanya sampel DNA yang memiliki pita heterozigot atau homozigot dari kedua tetuanya. Sebelum mencapai masa panen dilakukan pengamatan agronomi yang meliputi: umur berbunga, jumlah anakan, dan tinggi tanaman. Setelah padi mencapai masa panen, dilakukan evaluasi karakter agronomi pada 200 individu untuk mengetahui perkiraan produktivitas galur BC2F2 jika dibandingkan dengan tetuanya (Prasetiyono et al. 2012).
Isolasi DNA (Dellaporta et al. 1983). DNA hasil isolasi didapatkan dari 200 helai daun muda tanaman padi galur BC2F2 dan tetua yang dihaluskan dalam tabung
3
merata. Setelah itu, disentrifugasi dengan kecepatan 12000 rpm selama 15 menit. Supernatan yang terbentuk diambil ± 600 µL dan dipindahkan ke dalam tabung mikro baru. Selanjutnya ditambahkan isopropanol dingin sebanyak satu kali lipat volume supernatan yang diambil, tabung dibolak-balik hingga tercampur merata. Campuran disentrifugasi dengan kecepatan 12000 rpm selama 10 menit. Supernatan dibuang, sedangkan pelet yang terbentuk ditambahkan 750 µL etanol 70 % lalu disentrifugasi kembali dengan kecepatan 12000 rpm selama 10 menit. Selanjutnya, supernatan dibuang dan pelet yang diperoleh dikeringanginkan selama semalam (overnight). Pelet yang telah kering dilarutkan dengan 200 μL ddH2O.
Uji Kualitatif DNA dengan Elektroforesis Gel Agarosa (Sambrook dan Russell 2001). Gel agarosa 1% disiapkan dalam bak elektroforesis yang berisi buffer TBE 0.5 x. Sebanyak 2 µL sampel DNA hasil isolasi ditambahkan dengan 2 µL
loading dye, kemudian dimasukkan ke dalam sumur gel. Selanjutnya dirunning pada voltase 100 volt selama 30 menit. Pita-pita DNA dilihat menggunakan UV Transiluminator.
Uji Kuantitatif DNA dengan Spektrofotometer (Thermo Fisher Scientific 2009). Sebanyak 2 µL ddH2O sebagai blanko dimasukkan ke dalam kuvet, kemudian
ditekan tombol read blank. Total volume yang digunakan sebanyak 400 µL dan faktor pengenceran yang digunakan sebesar 200 kali. Pengukuran konsentrasi DNA pada panjang gelombang 260 nm, sedangkan untuk pengukuran kemurnian DNA dilakukan dengan perbandingan absorban (A260/A280). DNA yang murni berkisar antara 1.8-2.0.
PCR dengan Marka SSR (Prasetiyono et al. 2012). Pembuatan campuran PCR yang berisikan komposisi 3 µL sampel DNA, 2 µL 10 x bufer PCR, 0.4 µL dNTPs 10 µM, 2 µL primer reverse dan forward 5 µM (RM1362 dan RM7601), 0.2 µL Taq DNA polimerase, dan ditambahkan ddH2O sehingga volume total menjadi 20
µL. Campuran PCR dan sampel DNA dimasukkan ke dalam mesin PCR. Mesin PCR diatur dengan kondisi sebagai berikut: denaturasi awal pada 94oC selama 5 menit,
sebanyak 35 siklus yang terdiri atas denaturasi pada 94oC selama 60 detik, annealing
pada 55oC selama 60 detik, pemanjangan pada 72oC selama 120 detik, dan di akhir siklus ditambah pemanjangan akhir pada 72oC selama 10 menit, serta disimpan pada
16oC hingga mesin PCR dimatikan.
Elektroforesis Vertikal (Elektroforesis PAGE) (Sambrook dan Russel 1989). Perlengkapan elektroforesis disiapkan terlebih dahulu. Comb, gel plate, dan
spacer dicuci bersih dengan air dan etanol teknis. Sebelum dirangkai gel plate
direndam terlebih dahulu dengan NaOH supaya tidak lengket, kemudian dirangkai. Larutan gel akrilamida-bisakrilamida 8% sebanyak 80 mL disiapkan, lalu ditambahkan dengan 80 µL TEMED, dan 800 µL amonium persulfat 10% (APS). Campuran dituang ke dalam sandwich plate yang telah dirangkai, dan comb
4
etidium bromida selama 5 menit dan dicuci dengan ddH2O selama 10 menit. Pita
DNA dilihat menggunakan UV Transiluminator.
Analisis Data. Data-data molekuler yang diperoleh berupa pita-pita DNA akan digunakan sebagai alat seleksi. Pita DNA sampel tanaman padi galur BC2F2 akan
dibandingkan dengan tetuanya pada setiap marka molekuler yang digunakan. Huruf H diberikan untuk sampel yang heterozigot terhadap kedua tetua, A diberikan untuk sampel yang homozigot terhadap Adan, dan B diberikan untuk sampel yang homozigot terhadap Nipponbare. Seleksi dilakukan dengan memilih sampel yang homozigot Nipponbare untuk kedua primer.
Analisis Karakter Agronomi. Analisis secara agronomi dilakukan dengan pengamatan umur berbunga, tinggi tanaman, jumlah anakan total, dan jumlah anakan produktif. Pengamatan ini dilakukan setiap tanggal 7 dari bulan April sampai Juni 2014. Tinggi tanaman diukur dari permukaan tanah hingga ujung daun tertinggi. Jumlah anakan total dihitung dari seluruh anakan yang muncul pada rumpun. Jumlah anakan produktif diamati dengan melihat anakan tanaman padi yang dapat menghasilkan malai padi.
Evaluasi karakter agronomi juga dilakukan saat mencapai masa panen. Secara kualitatif dilakukan dengan pengamatan umur berbunga, tinggi tanaman dan panjang malai. Sedangkan, secara kuantitatif dilakukan dengan pengamatan jumlah malai, panjang malai, jumlah gabah isi per malai, jumlah gabah hampa per malai, bobot gabah isi 1 rumpun, dan bobot gabah isi 100 bulir. Jumlah malai dihitung berdasarkan banyaknya malai pada satu rumpun padi. Bobot gabah isi dan jumlah gabah hampa dihitung dari setiap rumpun padi. Data tersebut akan dibandingkan dengan tetua pemulih menggunakan Statistic Analytical Software (SAS) 1.9.3 dengan uji Dunnett .
HASIL
Kualitas dan Kuantitas DNA Padi Galur BC2F2 Hasil Isolasi
Elektroforegram hasil isolasi DNA kromosom padi BC2F2 Adan x Nipponbare
(Gambar 1) menunjukkan konsentrasi sampel yang beragam, yakni ada pita yang terlihat jelas dan tidak jelas.
Hasil analisis spektrofotometri (Tabel 1) juga mendapatkan keberagaman konsentrasi dan kemurnian DNA. Konsentrasi DNA padi yang diperoleh berkisar 55.83-2784.75 µg/mL. Kemurnian DNA diperoleh dari perbandingan absorban A260/280. Kemurnian DNA padi juga beragam yakni berkisar antara 0.54-5.94.
Gambar 1 Elektroforegram beberapa DNA daun padi BC2F2 hasil isolasi. A= tetua
Adan, B= tetua Nipponbare, 1-15= Sampel DNA padi BC2F2
5
Tabel 1 Pengukuran konsentrasi dan kemurnian DNA padi BC2F2
A260/A280 Jumlah sampel Konsentrasi (µg/mL) Jumlah sampel
0.54 1 55.83 1
Amplifikasi DNA Padi Galur BC2F2 Adan x Nipponbare
Sebagian elektroforegram hasil amplifikasi ditampilkan pada Gambar 2. Tabulasi hasil analisis molekuler disajikan pada Tabel 2. Pola genotipe setiap primer dapat dilihat pada Tabel 3.
Hasil visualisasi (Gambar 2 dan Gambar 3) dari masing-masing 200 individu, pola pita yang dihasilkan bervariasi, ada yang mengikuti Adan, Nipponbare, dan heterozigot. Seleksi menggunakan 2 marka SSR dipilih individu BC2F2 dengan
prioritas pola genotipe Homozigot terhadap Nipponbare pada kedua marka.
Hasil analisis molekuler dengan kedua marka RM1362 dan RM7601 (Tabel 2), memperlihatkan hasil yang beragam. Terdapat 7 buah sampel yang tidak muncul pada marka RM1362, sedangkan pada marka RM7601 hanya 1 sampel yang tidak muncul. Marka RM1362 menunjukkan sebanyak 46 sampel homozigot terhadap tetua Adan, 44 sampel homozigot terhadap tetua Nipponbare, dan 103 sampel heterozigot. Sementara marka RM7601 menunjukkan 45 sampel homozigot terhadap tetua Adan, 46 sampel homozigot terhadap tetua Nipponbare, dan 108 sampel heterozigot.
Hasil pengelompokan pola genotipe individu BC2F2 (Tabel 3) dengan kedua
marka juga bervariasi. Pola genotipe yang akan diambil adalah homozigot terhadap tetua Nipponbare pada kedua marka. Terdapat 43 sampel yang memiliki pola genotipe terhadap tetua Nipponbare pada kedua marka.
Gambar 2 Elektroforegram DNA padi BC2F2 dengan menggunakan primer RM1362.
6
Gambar 3 Elektroforegram DNA padi BC2F2 dengan menggunakan primer RM7601.
M= DNA ladder 1000bp, A= padi tetua Adan, B= padi tetua Nipponbare, 1-46= Sampel DNA padi BC2F2
Tabel 2 Hasil scoring pita elektroforegram DNA padi
Alel RM1362 RM7601
No. RM1362 RM7601 Jumlah Tanaman
1 H H 100
Karakter Agronomi Padi Galur BC2F2 Adan x Nipponbare
Hasil pengamatan agronomi individu BC2F2 (Tabel 4) menunjukkan perbedaan
produktivitas yang tidak berbeda nyata antara galur BC2F2 dengan tetua Adan
terutama terkait umur berbunga, jumlah bulir isi, dan bobot per rumpun. Profil tanaman padi Adan, Nipponbare, dan BC2F2 keduanya dapat dilihat pada Gambar 4.
Rata-rata umur berbunga BC2F2 sebesar 101 hari, sedangkan rata-rata umur berbunga
tetua Adan sebesar 111 hari. Jumlah bulir isi individu BC2F2 memiliki rata-rata
sebanyak 130 bulir, sedangkan tetua Adan sebanyak 120 bulir. Terkait bobot per rumpun, individu BC2F2 memiliki rata-rata 21.79 gram, sedangkan tetua Adan
sebesar 25.72 gram.
7
11 individu (20, 43, 123, 132, 133, 134, 141, 147, 153, 157, 190) berbeda nyata lebih tinggi dari tetua Adan terkait jumlah gabah hampa, 2 individu (9, 32) berbeda nyata lebih tinggi dari tetua Adan terkait bobot gabah isi, dan tidak ada individu yang berbeda nyata dengan tetua adan terkait jumlah gabah isi.
Tabel 4 Tabulasi pengamatan agronomis individu BC2F2
Variabel Galur Mean SD Median Min Maks
Gambar 4 Profil tanaman hari ke-88 setelah tabur. BC2F2: padi hasil backcross Adan
8
Keterangan: Angka yang diikuti huruf a+ dan a- berbeda nyata lebih tinggi dan lebih rendah dari Adan berdasarkan pada uji Dunnett pada taraf nyata 5%.
PEMBAHASAN
Kualitas dan Kuantitas DNA Padi Galur BC2F2 Hasil Isolasi
Proses isolasi DNA menggunakan daun yang masih muda, hal ini dikarenakan teksturnya yang masih lunak dan sedikit mengandung serat sehingga mudah dalam penggerusan. Selain itu juga mengandung banyak DNA karena aktif dalam proses pembelahan dan pertumbuhan sel (Ardiana 2009). DNA padi BC2F2 Adan x
Nipponbare berhasil diisolasi menggunakan metode Dellaporta et al. (1983) yang dimodifikasi. Metode ini cepat, mudah dilakukan, menggunakan reagen yang tidak mahal, dan menjaga keamanan lingkungan sebab tidak menghasilkan limbah fenol (Dellaporta et al. 1983).
Kualitas DNA yang diisolasi tersebut diuji secara kualitatif dan kuantitatif dengan spektrofotometer dan gel agarose. Menurut Sambrook dan Russel 1989, Nilai kemurnian DNA yang baik adalah 1.8 – 2.00, namun nilai kemurnian seluruh DNA hasil isolasi masih beragam, sebanyak 119 sampel berada pada range kemurnian 1.45-2.34. Hal tersebut dapat disebabkan oleh kontaminasi protein atau RNA. Fragmen smear terlihat pada hasil elektroforegram akibat terpotongnya untaian utuh DNA penyusun kromosom selama proses ekstraksi DNA atau adanya kontaminasi RNA (Noferta 2011). Meskipun sampel DNA belum begitu murni, hal ini tidak begitu bermasalah, sebab analisis DNA menggunakan marka molekuler metode SSR tidak memerlukan DNA dengan kemurnian yang tinggi, hanya membutuhkan sedikit DNA (Pugh 2004).
9
dengan pengenceran menjadi 50 µg/mL. Hal tersebut dilakukan untuk menjamin bahwa jumlah DNA yang akan diamplifikasi dengan PCR mempunyai konsentrasi yang sama dengan harapan jumlah perbanyakan molekul DNA pada proses amplifikasi juga seragam (Ilhami 2010).
Amplifikasi DNA Padi Galur BC2F2 Adan x Nipponbare
Marka yang digunakan pada penelitian ini mengacu pada penelitian Fujino dan Sekiguchi (2008). Marka RM1362 dan RM7601 untuk posisi QTL Hd2 pada Nipponbare sebelumnya telah diujikan pada penelitian sebelumnya antara tetua Ciherang dan Nipponbare. Sebenarnya terdapat 12 daerah QTL yang mengatur pembungaan pada Nipponbare yang telah dipetakan (Hd1 s.d Hd14) dan semua primer telah dipakai untuk mengamplifikasi tetua Ciherang dan Nipponbare, namun QTL gen Hd 2, 3, 7, dan 14 yang memberikan hasil polimorfik. Daerah QTL gen
Hd2 dipilih dalam penelitian ini dikarenakan jarak antar marka pengapit yang pendek (0.5 cM) diantara daerah QTL terpilih, dengan Limit of Detection (LOD) 7.5 (Yano
et al.1996). Semua primer yang digunakan merupakan marka molekuler dengan tipe SSR (Simple Sequence Repeat). Marka molekuler ini bersifat kodominan yang berarti dapat digunakan untuk membedakan alel heterozigot dengan alel homozigot sehingga dapat dimanfaatkan untuk mendeteksi induk suatu individu serta menguji hasil persilangan individu (Prihatin et al. 2006).
Quantitative Trait Locus (QTL) Hd2 pada individu BC2F2 diturunkan dari
tetua donor yang terdapat pada kromosom 7. Hd2 merupakan QTL yang mengatur mekanisme pembungaan pada tanaman padi dan keberadaannya mampu mempercepat umur pembungaan tanaman padi (Prasetiyono et al. 2012). Sifat umur berbunga merupakan sifat penting yang diperlukan untuk beradaptasi terhadap kondisi lingkungan sekitarnya, sehingga sifat ini dipengaruhi oleh temperatur dan panjang hari. Gen Heading date (Hd), tidak terfokus pada satu kromosom saja, melainkan tersebar di beberapa kromosom padi yang biasa disebut dengan istilah
polygenic character (Naeem et al. 2013).
Individu yang dipilih pada penelitian ini adalah individu yang memiliki alel homozigot terhadap Nipponbare pada primer RM1362 dan RM7601. Artinya, individu BC2F2 telah terintrogresi gen Hd2 sehingga diharapkan individu tersebut
memiliki sifat Nipponbare yakni memiliki umur berbunga yang lebih cepat dari tetua Adan. Gramene marker view menyebutkan bahwa Primer RM1362 dan RM7601 mengamplifikasi DNA dengan ukuran 225 pb dan 170 pb. Hasil amplifikasi pada penelitian ini dengan primer tersebut sesuai dengan bank data primer Gramene.
10
Variasi pola pita dari 200 individu dengan menggunakan 2 primer yang dihasilkan mengikuti Adan, Nipponbare, atau heterozigot. Individu yang tidak menampakkan pita DNA diabaikan dan tidak digunakan juga untuk kegiatan persilangan lanjutan. Sampel yang tidak menampakkan pita DNA disebabkan oleh beberapa faktor, salah satunya terdapat kesalahan seperti kurang teliti dalam melakukan injeksi sampel DNA pada gel poli akrilamid.
Seleksi pada tanaman BC2F2 menghasilkan tanaman dengan lokus QTL gen Hd2 yang telah homozigot untuk Nipponbare, yang mana 43 tanaman dari 200 tanaman memenuhi syarat. Seluruh tanaman tersebut berasal dari lima individu BC2F1 terpilih. Pemilihan pita homozigot untuk segmen Nipponbare pada lokus gen Hd2 ini penting dilakukan karena proses seleksi molekuler hanya sampai generasi BC2, maka pada generasi BC2F2 individu yang diteruskan adalah yang memiliki
segmen Nipponbare untuk daerah target (Prasetiyono 2013).
Karakter Agronomi Padi Galur BC2F2 Adan x Nipponbare
Berdasarkan hasil pengamatan, tinggi tanaman BC2F2 menunjukkan kisaran
tinggi 139 -197 cm dengan nilai tengah sebesar 165 cm, sehingga secara keseluruhan individu yang diuji kurang memenuhi kriteria tinggi tanaman ideal. Nilai tengah populasi BC2F2 lebih rendah dibandingkan dengan tinggi tanaman padi Adan sebagai
tetua pemulih. Tinggi tanaman merupakan faktor penting yang mempengaruhi tingkat kepadatan daun dan kemampuan dalam kegiatan fotosintesis untuk menghasilkan asimilat. Tinggi tanaman ideal berkisar 80 – 100 cm (Peng et al. 2008).
Indikator produktifitas padi dapat dilihat dari jumlah anakannya, meskipun secara genetik varietas tanaman menentukan jumlah anakan. Pengamatan anakan dilakukan dengan menghitung anakan total dan anakan produktif. Jumlah anakan total populasi BC2F2 yang diuji lebih banyak dibandingkan tetua Adan dengan jumlah
terbanyak yang dimiliki oleh individu BC2F2 sebanyak 20 malai. Jumlah malai per
tanaman merupakan salah satu karakter yang terkait dengan hasil gabah (Rahmawati 2006).
Jumlah anakan produktif sangat penting dalam produksi biji padi. Anakan produktif merupakan salah satu komponen hasil yang berpengaruh langsung terhadap tinggi rendahnya hasil gabah (Makarim dan Suhartatik 2009). Peningkatan produktivitas padi berhubungan dengan banyaknya anakan produktif, karena anakan produktif ini akan menghasilkan malai padi yang memproduksi biji padi. Semakin banyak jumlah anakan produktif maka jumlah malai yang dihasilkan juga semakin banyak (Muliarta et al. 2012). Jumlah anakan produktif ideal yaitu 10-15 batang (Peng et al. 2008). Secara keseluruhan jumlah anakan produktif individu BC2F2 lebih
banyak dari Adan dengan jumlah tertinggi yang dimiliki oleh individu BC2F2 adalah
17 malai.
Umur berbunga merupakan jumlah hari yang diperlukan oleh padi untuk memasuki fase generatif, berkorelasi positif dengan umur tanaman, serta penduga pendeknya umur suatu varietas padi yang pengamatannya lebih mudah dilakukan (Yano et al. 2001). Pengamatan dilakukan terhadap umur berbunga 50%, yaitu apabila 50% dari tanaman dalam satu hamparan bunganya telah keluar, maka tanaman dianggap sudah memasuki fase pembungaan (Manurung dan Ismunadji 1988). Terdapat beberapa individu BC2F2 memiliki umur berbunga 50% lebih cepat
11
Berdasarkan hasil pengamatan, galur BC2F2 memiliki rata-rata umur berbunga
sebesar 101 hari, sedangkan tetua Adan memiliki rata-rata umur berbunga 111 hari. Hal ini menunjukkan adanya penyingkatan umur berbunga sebesar 10 hari , sehingga waktu panen yang dibutuhkan akan semakin cepat. Perbedaan pembungaan merupakan sifat agronomi yang dipengaruhi oleh faktor genetik dan fisiologi. Oleh sebab itu, diduga terjadi akumulasi alel-alel dari kedua tetua pada individu sehingga adanya keragaman waktu pembungaan (Trijatmiko 2001).
Berdasarkan hasil uji lanjut Dunnett (Lampiran 6), terdapat 2 individu BC2F2
yang mempunyai panjang malai berbeda nyata lebih kecil dengan Adan, yaitu BC2F2
-78, dan BC2F2-161. Panjang malai merupakan karakter terpenting dari malai yang
terkait dengan hasil. Panjang malai menentukan jumlah gabah total per malai. Semakin panjang malai, diharapkan jumlah gabah total per malai semakin tinggi sehingga, diharapkan jumlah gabah isi per malai pun tinggi (Bruns 2009).
Hasil pengamatan jumlah gabah per malai individu BC2F2 lebih besar
dibandingkan dengan Adan (Lampiran 5), jumlah gabah untuk tanaman padi yang ideal berkisar antara 180-240 butir dengan gabah isi lebih dari 85% (Ma et al. 2006). Hasil uji lanjut Dunnett menunjukkan jumlah gabah isi per malai untuk individu BC2F2 tidak berbeda nyata dengan tetua Adan tetapi, jumlah gabah hampa per malai
untuk 11 individu BC2F2 (20, 43, 123, 132, 133, 134, 141, 147, 153, 157, 190)
berbeda nyata lebih besar terhadap Adan. Berdasarkan indeks panen, panjang malai, jumlah malai, bobot gabah isi, dan jumlah gabah hampa dapat diketahui bahwa individu BC2F2 memiliki produktivitas lebih tinggi atau perpaduan antara keduanya.
SIMPULAN DAN SARAN
Seleksi individu BC2F2 turunan Adan x Nipponbare untuk gen Hd2 berhasil
dilakukan menggunakan 2 marka SSR yaitu RM1362 dan RM7601. Sebanyak 43 sampel BC2F2 telah berhasil diintrogesikan dengan gen Hd2 dan sampel BC2F2
memiliki penyingkatan umur berbunga sebesar 10 hari. Jumlah gabah isi BC2F2
didapatkan mendekati tetua Adan. Perlu dilakukan seleksi pada generasi berikutnya secara berulang untuk mendapatkan galur padi Adan baru yang memiliki umur pembungaan lebih cepat pada generasi selanjutnya.
DAFTAR PUSTAKA
Anderson JR, Lubberstedt T. 2003. Functional markers in plants. Trends in Plant Sci. 8: 554-560.
Ardiana DW. 2009. Teknik isolasi DNA genom tanaman pepaya dan jeruk dengan menggunakan modifikasi bufer CTAB. Buletin Teknik Pertanian. 1:12-16. Bardakci F. 2001. Random amplified polymorphic DNA (RAPD) Markers. Turk J
Biol. 25: 185-196.
Bruns HA. 2009. A Survey of factors involved in crop maturity. Agronomy Journal.
12
Collard BC, Mackill DJ. 2007. Marker-assisted selection: an approach for precision plant breeding in the twenty first century. Phil. Trans. R. Soc. B. 363: 557-572. (doi: 10.1098/rstb.2007.2170)
Dellaporta SL., Wood J, Hicks JB. 1983. A plant DNA minipreparation: version II. Plant. Mol. Biol. Rep 1(4): 19-21
Evi I. 2012. Beras Adan Krayan [Internet]. [Diunduh 2014 Jul 27]. Tersedia pada: http://eviindrawanto.com/.
Fujino K, Sekiguchi H. 2008. Mapping of quantitative trait loci controlling heading date among rice cultivars in the norternmost region of Japan. Breed Sci. 58:367-373.
Gorantla M, Babu PR, Reddy LVB, Alex FF, Paterson, Andrew H, Arjula R. 2005. Functional genomics of drought stress reponse in rice: transcript mapping of annoted unigenes of an indica rice (Oryza sativa L. Cv. Nagina 22). Current Science. 89:369-390.
Ilhami A. 2010. Analisis Sidik Jari DNA Padi Beras Merah, Padi Aromatik, dan Padi Genjah [skripsi]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
Ma J, Ma W, Ming D, Yang S, Zhu Q. 2006. Characteristics of rice plant with heavy panicle. Agri Sci. 5(12): 101-105.
Makarim AK, Suhartatik E. 2009. Morfologi dan fisiologi tanaman padi. Jakarta (ID): Balai Besar Penelitian Tanaman Padi. [Internet]. [diunduh 2014 Agu 6]; Hlm 295-330. Tersedia pada: http//www.litbang.deptan.go.id/special/padi/. Manurung SO, Ismunadji M. 1988. Morfologi dan Fisiologi Padi dalam Padi. PPPTP.
Bogor:55-98.
Muliarta IGP, Sudantha LM, Santoso BB. 2012. Daya hasil dan penampilan fenotipik karakter kuantitatif galur-galur F2BC4 padi gogo beras merah. PG 5 Prosiding InSINas. 2012 Nov 29-30; Bandung, Indonesia. Bandung (ID): Insentif Ristek. Hlm 1-7.
Naeem M, Iqbal M, Khan MA, Nazeer W, Rizwan M, Ijaz M. 2013. Importance of QTL mapping for heading date in rice. World Applied Sciences Journal. 22(7): 1001-1006.
Noferta A. 2011. Analisis genom geminivirus isolat agresif PSS 1-4 dari pesisir selatan Sumatera Barat [tesis]. Padang: Universitas Andalas.
Peng S, Khush GS, Virk P, Tang Q, Zou Y. 2008. Progress in ideotype breeding in increase rice yield potential. Field Crop Res. 108:32-38.
Prasetiyono J, Sugiono M, Tasliah, Tiur S, Dadang A. 2012 Oktober. Observasi daya hasil galur-galur padi turunan code dan Ciherang berumur genjah dan produksi tinggi hasil MAB. JIEB, siap terbit.
13
Prihatin I, Taryono, Rimbawanto A. 2006. Penggunaan penanda mikrosatelit untuk analisis induk Acacia manginum WILD. UGM Pusat Litbang Hutan Tanaman. 3 : 139-148.
Pugh R. 2004. Responding to racism: delivering local services, in J. Garland and N. Chakraborti (Eds.) Rural Racism, Willan Publishing, Cullompton, Devon, pp. 176-203, ISBN 184392-056-5.
Rahmawati S. 2006. Status perkembangan dan Perbaikan genetik padi menggunakan teknik transformasi Agrobacterium. Agro Biogen 2: 364-375.
Salam A. 2011. Pola Budidaya dan Pemasaran Padi Adan [Internet]. ( Diunduh pada 2013 Agu 24). Tersedia pada: http://adanorganikminds./.
Sambrook J, Fritsch EF, Maniatis T. 1989. Molecular Cloning a Laboratory Manual, Ed ke-1. New York (US): Cold Spring Harbor Laboratory.
Sambrook J, Russell DW. 2001. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. Edisi 3. New York (US): Coldspring Harbor Laboratory Press.
Thermo Fisher Scientific. 2009. Nanodrop 2000/200c Spectrophotometer V1.0 User Manual. Wilmington (US): Thermo Fischer Scientific.
Trijatmiko KR, Aswidinnor H, Moeljopawiro S, Sopandie D. 2001. Keterpautan marka RAPD dengan sifat daya tembus akar tanaman padi IRAT112. J Biotek Pert. 6:29-35.
Wanly A. 2012. Beras Adan dari Krayan NUNUKAN [Internet]. Diupload tanggal 24 November 2012; [Diunduh 2014 Jun 27]. Tersedia pada: http://http://id.shvoong.com/.
Weeden NF, Timmerman GM, Hemmat M, Kneen BE, Lodhi MA. 1992. Inheritance and Reliability of RAPD Markers. Application of RAPD Technology to Plant Breeding. Joint Plant Breeding Symposia Series CSSA/ASHS/AGA. Minneapolis, 1 November 1992.
Yano M, Kojima S, Takahashi Y, Lin HX, Sasaki T. 2001. Genetic control of flowering time in rice, a short-day plant. Plant Physiology. 127: 1425-1429. Yano M, Yoshiaki H, Kuboki Y, Lin SY, Nagamura Y, Kurata N, Sasaki T, Minoba
14
15
Lampiran 1 Bagan alir penelitian
Pembibitan Perkecambahan Pemilihan biji BC2F2
Padi Adan x Nipponbare
Pemeliharaan di ember
Pengamatan Agronomis (tinggi tanaman, jumlah anakan, umur berbunga, Bobot 100 butir, berat bulir isi, persen bulir hampa, dan jumlah malai)
Preparasi sampel (Pemanenan daun padi)
Isolasi DNA Genom (Dellaporta et al. 1983)
Uji Kualitatif dan Kuantitatif DNA (Sambrook et al. 1989)
Amplifikasi DNA dengan PCR (Sambrook et al. 1989)
Elektroforesis dengan Poliakrilamid Gel (Sambrook et al. 1989)
16
Lampiran 2 Diagram persilangan
Lampiran 3 primer yang digunakan dalam penelitian
Penanda Krom Target
RM1362 7 Hd2 F-TGATCTAAACAGGCCCTTAG
R- CATCATCAAGACCACACATC
116.1 225
RM7601 7 Hd2 F- GCCTCGCTGTCGCTAATATC
R- CAGCCTCTCCTTGTGTTGTG
116.6 170
17
Lampiran 4 Hasil skoring analisis molekuler individu BC2F2 (Lanjutan)
Sampel Primer Sampel Primer
18
Lampiran 4 Hasil skoring analisis molekuler individu BC2F2 (Lanjutan)
Sampel Primer Sampel Primer
19
Lampiran 4 Hasil skoring analisis molekuler individu BC2F2 (Lanjutan)
Sampel Primer Sampel Primer
RM 1362 RM 7601 RM 1362 RM 7601
Lampiran 5 Sebaran BC2F2 pada setiap karakter agronomi
0
135 145 155 165 175 185 195 205
20
Lampiran 5 Sebaran BC2F2 pada setiap karakter agronomi (Lanjutan)
Lampiran 6 Analisis varian (ANOVA) dan uji lanjut Dunnett terhadap data pengamatan karakter agronomis (panjang malai, jumlah gabah isi, jumlah gabah hampa, dan bobot gabah 100 butir) beberapa galur BC2F2
Karakter: Panjang Malai (PM)
R-Kuadrat Ragam koefisien MSE Root Rata-rata PM
0.66 8.40 1.97 23.49
Jumlah Gabah Isi per Malai (butir)
0
Bobot Gabah Isi per Rumpun (gr)
21
Lampiran 6 Analisis varian (ANOVA) dan uji lanjut Dunnett terhadap data pengamatan karakter agronomis (panjang malai, jumlah gabah isi, jumlah gabah hampa, dan bobot gabah 100 butir) beberapa galur BC2F2
(Lanjutan)
Karakter: Jumlah Gabah Isi (JGI)
Sumber Df Jumlah kuadrat Kuadrat tengah F Pr>F
Model 198 786446.58 3971.95 2.81 < .0001
Kesalahan 394 557759.00 1415.63
Total terkoreksi 592 1344205.58
R-Kuadrat Ragam koefisien MSE Root Rata-rata JGI
0.59 28.95 37.62 129.95
Sumber Df Jumlah kuadrat Kuadrat tengah F Pr>F
Perlakuan 198 786446.58 3971.95 2.81 < .0001
Karakter: Jumlah Gabah Hampa (JGH)
Sumber Df Jumlah kuadrat Kuadrat tengah F Pr>F
Model 198 813043.72 4106.28 5.43 < .0001
Kesalahan 394 297874.17 756.03
Total terkoreksi 592 1110917.89
R-Kuadrat Ragam koefisien MSE Root Rata-rata JGH
0.73 37.84 27.49 72.66
Sumber df Jumlah kuadrat Kuadrat tengah F Pr>F
Perlakuan 198 813043.72 4106.28 5.43 < .0001
Karakter: Berat Gabah 100 Butir (BG)
Sumber df Jumlah kuadrat Kuadrat tengah F Pr>F
Model 198 240.27 1.21 3.15 < .0001
Kesalahan 394 151.62 0.38
Total terkoreksi 592 391.89
R-Kuadrat Ragam koefisien MSE Root Rata-rata BG
0.61 29.21 0.62 2.12
Sumber df Jumlah kuadrat Kuadrat tengah F Pr>F
22
Lampiran 7 Elektroforegram DNA Padi BC2F2 Adan x Nipponbare
23
Lampiran 7 Elektroforegram DNA Padi BC2F2 Adan x Nipponbare (Lanjutan)
24
Lampiran 7 Elektroforegram DNA Padi BC2F2 Adan x Nipponbare (Lanjutan)
Keterangan : A = genotipe tetua Adan B = genotipe tetua Nipponbare M = DNA ladder (marker)
RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan tanggal 14 Oktober 1991 di Sidoarjo dari ayah Drs.H.Siswanto dan ibu Hj.Sukaeri. Penulis merupakan anak ketiga dari 4 bersaudara. Tahun 2010 penulis menyelesaikan pendidikan Sekolah Menengah Atas di SMA Negeri 1 Taman dan pada tahun yang sama diterima di Departemen Biokimia, Fakultas Matematika dan Ilmu pengetahuan Alam, Institut Pertanian Bogor melalui jalur USMI (Undangan Seleksi Masuk IPB).
Selama mengikuti perkuliahan, penulis pernah menjadi asisten praktikum mata kuliah Bela Negara untuk mahasiswa Diploma IPB tahun ajaran 2013-2014, Ketua Departement Minat Bakat Mahasiswa (BEM Fakultas) tahun 2012-2013, Komandan RESIMEN MAHASISWA tahun 2013-2014. Penulis juga aktif dalam organisasi kampus, antara lain UKM RESIMEN MAHASISWA (MENWA) tahun 2010-2014, Tarung Derajat IPB tahun 2010-2012, dan BEM (Badan Eksekutif Mahasiswa) tahun 2012-2013. Beberapa prestasi yang diraih oleh penulis antara lain Juara II Lomba Lintas Alam tahun 2014, Finalis Putra Daerah Jawa Timur tahun 2013, Mahir Menembak 2014 wilayah Jawa Barat, dan Intensive Technoentrepreneurship Program (I-STEP) tahun 2014. Penulis melaksanakan Praktik Lapangan pada Juli-Agustus 2013 di Laboratorium Biologi Molekuler, Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian dengan judul Seleksi PCR Tanaman BC2F1 Padi Adan x Nipponbare
