Variasi Genetik Rotan Berdasarkan Penanda DNA Barcode matK, rbcL dan ITS Pada Pangkalan Data GenBank.

(1)

VARIASI GENETIK ROTAN BERDASARKAN PENANDA

DNA BARCODE matK, rbcL dan ITS PADA PANGKALAN

DATA GENBANK

MIRANTI ARUM PUTRI

DEPARTEMEN SILVIKULTUR

FAKULTAS KEHUTANAN

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

(2)

(3)

PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN

SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*

Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Variasi Genetik Rotan

Berdasarkan Penanda

DNA Barcode

matK, rbcL

dan

ITS

Pada Pangkalan Data

GenBank adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan

belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber

informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak

diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam

Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini.

Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut

Pertanian Bogor.

Bogor, Juli 2015

Miranti Arum Putri

(4)

ABSTRAK

MIRANTI ARUM PUTRI. Variasi Genetik Rotan Berdasarkan Penanda

DNA

Barcode

matK, rbcL

dan

ITS

Pada Pangkalan Data GenBank. Dibimbing oleh

ISKANDAR Z. SIREGAR.

Identifikasi jenis rotan biasa dilakukan dengan melihat karakteristik morfologi.

Seiring dengan berkembangnya ilmu pengetahuan dan teknologi, mulai diterapkan

ilmu biomolekuler sebagai alat pelengkap identifikasi jenis, salah satunya adalah

DNA barcoding

. Pada tanaman kehutanan keduanya masih jarang diterapkan

sebagai komplementer karena keterbatasan data molekuler. Penelitian ini

bertujuan untuk menganalisis struktur genetik tanaman rotan berdasarkan tiga

penanda yang ada pada pangkalan data genetik (NCBI) yaitu

matK

,

rbcL

dan

ITS

.

Pengolahan data dilakukan menggunakan perangkat lunak MEGA dan DnaSP

.

Dari hasil analisis diketahui bahwa penanda ITS memiliki sekuens yang lebih

panjang yaitu diatas 500 bp dan

GC content

(%) paling besar yaitu 63.1%.

Konstruksi filogenetik yang dilakukan belum menunjukkan penanda yang paling

akurat dalam mendiskriminasi spesies karena spesies yang berbeda masih

dikelompokkan dalam satu

clade.

Analisis variasi nukleotida dilakukan untuk

mengetahui lebih lanjut penanda yang mendekati akurat untuk membedakan

spesies. Secara keseluruhan belum dapat dipastikan penanda yang paling baik

untuk mendiskriminasi tanaman rotan.

Kata kunci: analisis molekuler,

DNA Barcode,

penanda genetik, rotan

.

ABSTRACT

MIRANTI ARUM PUTRI. Genetic Variation of Rattan Based

DNA Barcode

Marker

matK, rbcL

and

ITS

On Database GenBank. Supervised by ISKANDAR

Z. SIREGAR.

Species identification of rattan is usually done by assessing morphological

characteristics. Along with the development of science and technology,

biomolecular science began to be applied as a complementary tool identification,

one of which is DNA barcoding technique. In the forestry both are still rarely

applied as complementary to each other because of limited molecular data. This

study was aimed to analyze the genetic structure of various rattan by three DNA

Barcode markers that are available in the genetic database (NCBI), namely

matK

,

rbcL

and

ITS

. Data processing was performed using software MEGA and DnaSP.

The results showed that markers of ITS have a longer sequence that is above 500

bp and higher GC content (%) 63.1% compared to the others. Constructed

phylogeny trees do not show the most accurate marker in discriminating species

because different species are still grouped into one

clade

. Nucleotide variation

analysis was conducted to determine more accurate marker based on genetic

variation approach to differentiate Calamus and non-Calamus. However,

uncertainty in discriminating species was still observed.

(5)

Skripsi

sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar

Sarjana Kehutanan

pada

Departemen Silvikultur

VARIASI GENETIK ROTAN BERDASARKAN PENANDA

DNA BARCODE matK, rbcL dan ITS PADA PANGKALAN

DATA GENBANK

MIRANTI ARUM PUTRI

DEPARTEMEN SILVIKULTUR

FAKULTAS KEHUTANAN

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

(6)

(7)

(8)

PRAKATA

Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT atas segala

karunia-Nya sehingga karya ilmiah ini berhasil diselesaikan. Tema yang dipilih dalam

penelitian yang dilaksanakan sejak bulan Januari 2015 ini ialah

DNA

BARCODING

dengan judul Variasi Genetik Rotan Berdasarkan Penanda

DNA

Barcode

matK, rbcL

dan

ITS

Pada Pangkalan Data GenBank.

Terima kasih penulis ucapkan kepada Bapak Prof Dr Ir Iskandar Z. Siregar

MForSc selaku pembimbing. Di samping itu, penghargaan penulis sampaikan

kepada staff dan para peneliti di Laboratorium Silvikultur Bagian Genetika

Kehutanan yang telah memberi saran dan membantu dalam pelaksanaan penelitian

ini. Ungkapan terima kasih juga disampaikan kepada angkatan Departemen

Silvikultur tahun 2010, teman-teman Fakultas Kehutanan 47, senior dan junior di

Fakultas Kehutanan atas dukungannya dan kepada ayah, ibu, seluruh keluarga dan

saudara Prehadi atas segala doa dan kasih sayangnya.

Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.

Bogor, Juli 2015

(9)

DAFTAR ISI

DAFTAR TABEL

vi

DAFTAR GAMBAR

vi

DAFTAR LAMPIRAN

vi

PENDAHULUAN

1

Latar Belakang

1

Tujuan Penelitian

2

Manfaat Penelitian

2

METODE

3

Alat

3

Bahan

3

Prosedur Analisis Data

3

HASIL DAN PEMBAHASAN

4

Struktur Genetik

4

Identifikasi efisiensi penanda menggunakan BLAST

6

Hubungan filogenetik

6

Variasi nukleotida

10

SIMPULAN DAN SARAN

11

Simpulan

11

Saran

11

DAFTAR PUSTAKA

11

LAMPIRAN

13

(10)

DAFTAR TABEL

1

Panjang sekuens basa (bp) pada ketiga penanda genetik

5

2

Persentase GC content (%) pada ketiga penanda genetik

5

3

Identifikasi efisiensi tiga penanda menggunakan BLAST

6

4

Variasi nukleotida genus Calamus dan Non Calamus pada ketiga

penanda

10

DAFTAR GAMBAR

1

Konstruksi filogenetik berdasarkan lokus matK

7

2

Konstruksi filogenetik berdasarkan lokus rbcL

8

3

Konstruksi filogenetik berdasarkan lokus ITS

9

DAFTAR LAMPIRAN

1

Hasil pengurutan basa nukleotida (

sequencing

) rotan pada penanda

matK

13

2

Hasil pengurutan basa nukleotida (

sequencing

rbcL

26

(11)

PENDAHULUAN

Latar Belakang

Rotan termasuk ke dalam family Palmae yang tumbuh memanjat dan banyak

tersebar di beberapa daerah beriklim tropis sampai sub tropis seperti Afrika, India,

Srilanka, kaki pegunungan Himalaya, China bagian Selatan, Malaysia, Indonesia,

Pasifik bagian Barat sampai Fiji. Rotan yang ditemukan di seluruh dunia tersebut

digolongkan berdasarkan marga, saat ini terdapat 15 marga rotan.

Keanekaragaman jenis rotan di Indonesia sendiri mencapai sekitar 306 jenis

dimana terdapat 40 jenis rotan yang bernilai ekonomi penting. Beberapa jenis

rotan banyak dijumpai tumbuh liar di hutan Indonesia ataupun dibudidayakan oleh

manusia untuk kepentingan ekonomi (Dransfield dan Manokaran 1993). Rotan

yang umum dijumpai di Indonesia yaitu berasal dari marga

Calamus, Calospatha,

Ceratolobus,

Daemonorops,

Korthalsia,

Myrialepis,

Plectocomia

dan

Plectocomiopsis.

Identifikasi jenis rotan biasanya dilakukan dengan melihat karakteristik

morfologi berupa jumlah batang per rumpun, sistem perakaran, bentuk alat

pemanjat, bentuk perkembangan dari daun, bunga dan buah (Dransfield dan

Manokaran 1993). Terdapat kelemahan tersendiri dalam mengidentifikasi jenis

rotan melalui visual karakteristik morfologi yaitu diperlukan ahli taksonomi atau

sumberdaya manusia yang berpengalaman karena terdapat beberapa jenis rotan

yang memiliki karakteristik morfologi yang sama sehingga apabila identifikasi

dilakukan oleh pemula, hasil identifikasi cenderung subjektif. Seiring dengan

berkembangnya ilmu pengetahuan dan teknologi, mulai dikenal ilmu

biomolekuler untuk makhluk hidup, salah satunya yang banyak dikembangkan

adalah

DNA

barcoding

. DNA Barcoding adalah penggunaan region DNA standar

berukuran pendek, sebagai penanda untuk identifikasi spesies yang cepat dan

akurat (Valentini 2009). Teknik

DNA barcoding

dapat mengidentifikasi dan

membedakan suatu organisme mulai tahap spesies hingga sub spesies.

Keunggulan teknik

DNA barcoding

yaitu dapat digunakan untuk identifikasi dan

karakterisasi berbagai spesies yang tidak dapat dibedakan secara morfologi

(Tudge 2000). Teknik

DNA barcoding

dapat digunakan utuk identifikasi suatu

organisme walaupun DNA dari organisme tersebut tidak dalam bentuk murni atau

utuh, bahkan DNA yang sudah mengalami degradasi dan proses pengolahan pun

dapat digunakan untuk analisis

DNA barcoding

(Hajibabaei

et al.

2006).

Pengenalan berbagai tanaman dapat dilakukan dengan hanya mengambil sedikit

bagian saja dari tubuh tanaman, tanpa harus mengamati morfologinya. Cara ini

dianggap cukup sederhana karena tidak diperlukan banyak spesimen dari lapang,

akan tetapi dibutuhkan keterampilan pada saat melakukan analisis di laboratorium.

(12)

2

ini bersifat stabil, dapat terdeteksi pada semua jaringan tanpa dipengaruhi oleh

status pertumbuhan, diferensisai, perkembangan maupun sistem pertahanan sel

(Mondini

et al

2009).

Menurut Yu

et al

(2011), kesulitan dalam memilih gen spesifik untuk

digunakan sebagai

DNA barcoding

tanaman disebabkan oleh ketidaksempurnaan

dari setiap gen pada tanaman, baik kloroplas, mitokondria atau inti genom. Gen

yang terdapat pada mitokondria tanaman perkembangannya lambat, sehingga

tidak efektif untuk membedakan antar spesies tanaman yang berbeda. CBOL

(

Consortium Barcode of Life

) dari kelompok kerja tanaman merekomendasikan

pemakaian gen pada kloroplast yaitu ribulosa-1, 5-bifosfat karboksilase

oksigenase subunit besar (

rbcL

) dan maturase K (

matK

) sebagai

barcode

standar

pada tanaman (CBOL 2009). Penanda genetik yang biasa digunakan peneliti

untuk tanaman adalah marka

rbcL

(

ribulose 1,5-biphospate carboxylase large

subunit

),

matK

(

megakaryocyte-associated tyrosine kinase

) dan

ITS

(

internal

transcribed spacer

).

Sejauh ini sudah tersedia database tanaman rotan yang terdapat di GenBank,

khususnya penanda

rbcL

,

matK

maupun

ITS

yang berfungsi sebagai

DNA

Barcode

. Walaupun demikian masih terdapat masalah dari ketiga penanda

tersebut yaitu belum diketahui jenis penanda yang paling baik dan tepat untuk

mendiskrimasi suatu spesies.

Penelitian ini mencakup kegiatan koleksi dan pengolahan seluruh data genetik

rotan yang ada pada GenBank (

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

). Data genetik

tersebut akan diolah untuk mendapatkan suatu pohon filogeni berdasarkan

masing-masing penanda sehingga dapat dilakukan analisis penanda yang baik

untuk mendiskriminasi spesies.

Tujuan Penelitian

Tujuan dilakukannya penelitian ini adalah untuk:

1.

Mengeksplorasi ketersediaan

DNA Barcode

(

matK, rbcL

dan

ITS

) untuk tanaman

rotan pada pangkalan data GenBank.

2.

Menganalisis variasi genetik berdasarkan ragam parameter pada masing-masing

penanda tersebut untuk diskriminasi spesies.

Manfaat Penelitian

Manfaat dilakukannya penelitian ini adalah:

1.

Memberikan informasi tentang ketersediaan data sekuens rotan yang terdapat pada

pangkalan data GenBank.

(13)

3

METODE

Waktu dan Tempat

Penelitian dilakukan pada Bulan Januari-April 2015. Analisis dan

pengolahan data dilakukan di Laboratorium Silvikultur, Bagian Genetika Hutan,

Departemen Silvikultur, Fakultas Kehutanan, Institut Pertanian Bogor.

Alat

Alat yang digunakan dalam penelitian ini berupa perangkat lunak MEGA

(

Molecular Evolutionary Genetic Analysis

) 6.0 dan DnaSP (

DNA Sequence

Polymorphism

) (Tamura

et al.

2011).

Bahan

Bahan yang digunakan dalam penelitian ini berupa koleksi data genetik

rotan (

matK, rbcL

dan

ITS

) yang berada pada pangkalan data GenBank

Internasional (

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

). Data yang diambil adalah data rotan

dari genus

Calamus, Ceratolobus, Daemonorops, Korthalsia, Myrialepis

dan

Plectocomia.

Data sekuens masing-masing penanda terlampir pada Lampiran 1, 2

dan 3.

Prosedur Analisis Data

Struktur Genetik

Analisis dilakukan pada data tanaman rotan yang didapatkan dari database

GenBank. Data yang digali (

data mining

) merupakan data hasil

DNA barcoding

tiga penanda genetik yang dapat digunakan pada tanaman yaitu

matK

,

rbcL

dan

ITS

. Data yang didapatkan diolah menggunakan program MEGA (

Molecular

Evolutionary Genetic Analysis

) 6.0. Program MEGA memiliki

tools

yang mampu

bekerja dalam pembacaan urutan DNA, analisis statistik DNA baik urutan basa

nukleotida atau protein dan penjajaran urutan satu sampel dengan sampel lainnya

menggunakan

ClustalW

(Kumar

et al.

2008).

(14)

4

Identifikasi efisiensi penanda menggunakan BLAST

Identifikasi efisiensi penanda dilakukan untuk mengetahui keakuratan

suatu penanda dalam membedakan spesies. Analisis ini dilakukan dengan

menggunakan

tools

yang terdapat pada pangkalan data NCBI (

National Center for

Biodtechnology Information

) yaitu BLAST (

Basic Local Alignment Search Tools

)

dengan memasukkan data sekuens setiap spesies ke dalam kolom yang terdapat

pada laman web BLAST yang kemudian akan terverifikasi persen kekerabatan

suatu spesies.

Hubungan filogenetik

Rekonstruksi filogenetik mampu menganalisa jarak gen melalui variasi

DNA dengan metode

Neighbor Joining Tree

yang mampu memperhitungkan

jarak kedekatan yang ditunjukkan dengan nilai

bootstrap

(Ward

et al.

2008).

Analisis dilakukan menggunakan program MEGA 6.0 dengan menggunakan

tools

> analysis phylogeny > construct/test Neighbor Joining Tree(s).

Variasi nukleotida genus Calamus dan Non Calamus

Analisis ini dilakukan untuk mengetahui keragaman pada masing-masing

penanda agar dapat diketahui penanda yang baik untuk diskriminasi spesies.

Program yang digunakan adalah DnaSP 5 (

DNA Sequence Polymorphism

).

HASIL DAN PEMBAHASAN

Struktur Genetik

Hasil analisis data genetik penanda molekuler

matK

,

rbcL

dan

ITS

pada

database GenBank, didapatkan sebanyak 43 spesies dari 89 individu pada lokus

matK

, 50 spesies dari 95 individu pada lokus

rbcL

dan 24 spesies dari 58 individu

pada lokus

ITS

. Sekuens basa tiap individu kemudian dikelompokkan berdasarkan

spesies terlebih dahulu, kemudian dikelompokkan lagi berdasarkan

masing-masing genus untuk memudahkan analisis pada

software.

Data tersebut diolah

menggunakan aplikasi perangkat lunak MEGA (

Molecular Evolutionary Genetic

Analysis

) 6.0, dengan terlebih dahulu dilakukan

alignment

untuk menyejajarkan

urutan basa semua individu dan untuk memudahkan dilakukan

trim

yaitu

pemotongan atau penghapusan basa.

(15)

5

Tabel 1 Panjang sekuens basa (bp) pada ketiga penanda genetik

No.

Genus

matK

rbcL

ITS

n

bp

n

bp

n

bp

1

Calamus

82

462.1

84

507.8

20

690.6

2

Ceratolobus

1

496.0

1

514.0

2

751.0

3

Daemonorops

0

-

1

514.0

16

598.2

4

Korthalsia

1

523.0

2

514.0

11

668.3

5

Myrialepis

0

-

1

514.0

2

696.0

6

Plectocomia

4

523.0

5

514.0

6

671.2

Rata-rata

14.7

501.2

15.7

512.9

9.5

679.2

Keterangan: n = jumlah sekuens

bp= base pair atau jumlah pasang basa

Tabel 1 menunjukkan pada penanda

matK

tidak terdapat data genus

Daemonorops

dan

Myrialepis.

Penanda

matK

memiliki rata-rata panjang sekuens

lebih kecil dibanding kedua penanda lainnya. Panjang basa pada

rbcL

keseluruhan

tidak berbeda secara signifikan, ini disebabkan pada masing-masing genus hanya

terdapat satu sekuens individu sehingga rata-rata sekuens genus sama dengan

panjang sekuens individu tersebut. Penanda

ITS

memiliki rata-rata panjang

sekuens basa paling besar diantara penanda lainnya yaitu di atas 500 bp. Panjang

sekuens ini berkorelasi dengan komposisi basa nukleotida pada sekuens basa.

GC content

atau komposisi basa

guanine

(G) dan

cytocyn

(C) berpengaruh

terhadap sekuens basa. Ikatan pada basa G+C lebih kuat dibanding ikatan pada

basa A+T (

adenine

+

thymyn

). Ikatan pada basa GC adalah tiga ikatan hidrogen

sedangkan pada AT adalah dua ikatan hidrogen, sehingga kemungkinan terjadinya

pelepasan basa pada GC lebih kecil dibanding pada AT karena ikatannya lebih

kuat. Semakin banyak persentase

GC content

maka sekuens basa semakin panjang

karena kemungkinan terjadinya stop kodon yang menyebabkan translasi basa

terhenti pun semakin kecil (Oliver 1996). Persentase GC content pada ketiga

penanda ditampilkan pada Tabel 2.

Tabel 2 Persentase GC content (%) pada ketiga penanda genetik

No.

Genus

GC Content (%)

Rata-rata

matK

rbcL

ITS

1

Calamus

35.8

43.9

42.7

40.8

2

Ceratolobus

64.3

43.7

55.8

54.6

3

Daemonorops

-

43.7

72.3

58.0

4

Korthalsia

65.0

43.9

70.5

59.8

5

Myrialepis

-

43.9

64.7

54.3

6

Plectocomia

64.6

43.9

66.1

58.2

(16)

6

Identifikasi efisiensi penanda menggunakan BLAST

Keakuratan identifikasi spesies dapat diketahui salah satunya dengan

metode BLAST (

Basic Local Alignment Search Tools

). Data sekuens basa yang

didapat kemudian diinput ke dalam

toolbox

pada laman web BLAST dan akhirnya

akan muncul spesies yang memiliki kekerabatan dengan spesies yang dimaksud.

Data kekerabatan masing-masing genus dihasilkan dalam bentuk presentase.

Semakin tinggi presentasenya atau mendekati 100% maka kekerabatannya

semakin dekat, sedangkan semakin rendah presentasenya berarti kekerabatan

semakin jauh atau berbeda sama sekali. Data hasil BLAST ketiga penanda

disajikan pada Tabel 3.

Tabel 3 Identifikasi efisiensi tiga penanda menggunakan BLAST

Nama

Tingkatan

taksa

Ketepatan Identifikasi (%)

matK

rbcL

ITS

Calamus

Spesies

91.8

83.6

79.7

Genus

99.9

91.7

84.6

Ceratolobus

Spesies

100

99

Genus

100

99

Daemonorops

Spesies

-

100

91.7

Genus

-

100

96.6

Korthalsia

Spesies

100

97.7

96.2

Genus

100

98.4

99.3

Myrialepis

Spesies

-

100

Genus

-

100

Plectocomia

Spesies

98.7

88.6

92.6

Genus

100

97.7

98.7

Tabel 3 menunjukkan tingkat keakuratan masing-masing penanda

matK

,

rbcL

dan

ITS

dalam membedakan spesies. Penanda

ITS

terlihat memiliki hasil

yang bervariasi untuk masing-masing genus sedangkan pada penanda

matK

dan

rbcL

tingkat keakuratan hampir 100%. Data yang didapat pada penanda

matK

dan

rbcL

belum dapat dikatakan akurat sepenuhnya karena ketika melakukan BLAST

banyak individu yang kekerabatannya 100% meskipun tertulis spesies yang

berbeda, ini disebabkan kemungkinan terjadinya kesalahan pada saat identifikasi

morfologi sehingga data spesies yang diinput kurang tepat. Selain itu karena

jumlah spesies pada

ITS

lebih bervariasi dibanding

matK

dan

rbcL

menyebabkan

nilai rata-rata keakuratan penanda pun bervariasi.

Hubungan Filogenetik

(17)

7

digunakan adalah

Neighbor Joining

(NJ) dengan nilai bootstrap sebesar 1000x

karena metode ini efektif untuk melakukan perhitungan tingkat kesamaan dalam

identifikasi spesies melalui kekerabatan (Ward

et al.

2008).

Gambar 1 menggambarkan hubungan kekerabatan spesies rotan pada lokus

matK

. Sekuens atau urutan basa dapat diketahui spesiesnya melalui percabangan

yang membentuk kelompok atau

clade

. Terdapat nilai bootstrap skala 1-100%

untuk mengetahui tingkat akurasi percabangan filogeni. Semakin tinggi nilai

bootstrap maka tingkat akurasi dan ketetapan posisi percabangan pohon filogeni

semakin tinggi.

Spesies

outgroup

diperlukan dalam konstruksi filogeni sebagai pembanding

dalam menentukan spesies. Spesies

outgroup

diperoleh dari GenBank

dengan

taksa yang tidak terlalu jauh atau terlalu dekat. Pembanding ditujukan agar

filogenetik yang terbentuk jelas dan kuat untuk mengklasifikasikan suatu

kekerabatan antar individu dan spesies.

(18)

8

Gambar 1 menggambarkan hasil terbentuknya 29 kelompok besar atau

clade

pada rotan berdasarakan lokus

matK

serta 1

clade

dari spesies

outgroup

yang

diambil dari genus

Bambusa

. Akan tetapi dari konstruksi filogeni yang terlihat,

matK

belum bisa membedakan spesies yang berbeda dengan baik, terbukti dengan

banyaknya spesies yang berbeda yang dikelompokkan menjadi satu

clade.

Contohnya pada

clade

berwarna biru di kanan atas,

Calamus aruensis, C. erectus,

C. hookerianus, C. rhabdocladus, C. tetradactylus

dan

C. yunnanensis

berada

dalam satu

clade

meskipun semuanya merupakan spesies yang berbeda.

Gambar 2 menggambarkan hubungan kekerabatan spesies rotan pada lokus

rbcL

. Konstruksi filogenetik yang terbentuk menghasilkan 12

clade

rotan serta 1

spesies

outgroup.

Seperti pada penanda

matK,

pada penanda

rbcL

pun masih

terdapat beberapa spesies yang dianggap mirip dengan spesies yang lainnya. Hal

ini ditunjukkan dari

clade

berwarna coklat di bagian kanan, dimana

Calamus

guruba, C. henryanus, C. karinensis, C. erectus, C. rhabdocladus, C. brandisii, C.

hookerianus, C. khasianus, C. moti, C. peregrinus, C. baratangensis, C.

stoloniferus, C. travancoricus, C. tenuis, C. karnatakensis, Korthalsia debilis,

(19)

9

Myrialepis paradoxa, Plectocomia himalayana

dan

Plectocomia elongate

dikelompokkan menjadi satu

clade.

Penanda

rbcL

pun belum dapat

mendiskriminasi spesies dengan baik.

Gambar 3 menunjukkan hubungan kekerabatan spesies rotan pada lokus

ITS

.

Terbentuk 11

clade

rotan dan 1 spesies

outgroup.

Seperti kedua penanda lainnya,

pada penanda

ITS

pun masih ada spesies berbeda yang dikelompokkan ke dalam

satu

clade. Daemonorops manii, D. rarispinosa, D. kurziana, D. jenkinsiana, D.

aurea

dikelompokkan ke dalam satu

clade

berwarna coklat bagian bawah pada

Gambar 3.

Ketiga gambar tersebut menunjukkan penanda yang digunakan masih

belum cukup akurat dalam membedakan jenis karena spesies yang berbeda masih

dikelompokkan menjadi satu

clade

yang berarti tidak ada perbedaan genetik antar

spesies tersebut. Kemungkinan lainnya adalah adanya kesalahan pada saat

(20)

10

identifikasi secara morfologi masing-masing spesies sehingga kemungkinan

spesies yang sebenarnya adalah sama dianggap spesies yang berbeda.

Variasi nukleotida genus Calamus dan Non Calamus pada ketiga penanda

Variasi nukleotida dianalisis untuk mengetahui akurasi penanda dalam

membedakan spesies dengan melihat perubahan struktur genetik yang terjadi pada

sekuens. Parameter yang dapat dianalisis untuk mengetahui variasi nukleotida

diantaranya adalah jumlah site yang tersegregasi (S), jumlah insersi-delesi (indel),

jumlah

haplotype

(H),

haplotype diversity

(Hd) dan

nucleotide diversity

(π).

Analisis ini dilakukan dengan menggunakan

software

DnaSP 5 (Librado dan

Rozas 2009). Hasil analisis disajikan pada Tabel 4 untuk jenis

Calamus

dan

Non

Calamus

.

Tabel 4 Variasi nukleotida genus

Calamus

dan

Non Calamus

pada ketiga penanda

Lokus Spesies L/Ls (bp) n S Indel H Hd πt πs πa

cpDNA

matK Calamus 462.1 / 343 82 23 2.6 18 0.733 0.00308 0.00307 0.00308 Non

Calamus 514 / 422 6 13 3 4 0.800 0.00869 0.01067 0.01071

rbcL Calamus 507.8 / 435 84 11 2.5 12 0.813 0.00273 0.00273 0.00273 Non

Calamus 514 / 437 10 9 1.6 5 0.756 0.00404 0.00405 0.00405 nDNA

ITS Calamus 690.6 /

573.2 20 323 0.4 7 0.76316 0.14815 0.16505 0.14815

Non

Calamus

676.94 /

581.1 37 348 10.1 12 0.79429 0.55069 0.99389 0.55069 Keterangan: L/LS= panjang sekuens dengan gaps/jumlah silent site tanpa gaps; N= jumlah

sekuens;S= jumlah segregating site; Indel= jumlah terjadinya insersi-delesi; H= jumlah haplotype; Hd= haplotype diversity; πt= beda jumlah nukleotida per total site

dengan koreksi Jukes and Cantor (JC 1969) ; πs= beda jumlah nukleotida per silent

site dengan koreksi Jukes and Cantor (JC 1969); πa= beda jumlah nukleotida per

nonsynonymous site dengan koreksi Jukes and Cantor (JC 1969).

Tabel 4 menunjukkan bahwa pada ketiga penanda terjadi segregasi dan

ditemukan indel. Segregasi yang terbesar ditemukan pada penanda lokus ITS

sebesar 323 pada genus

Calamus

dan 348 pada

Non Calamus

. Nilai

nucleotide

diversity

atau keragaman nukleotida yang disimbolkan dengan π

t

terbesar

ditemukan juga pada lokus ITS yaitu 0.14815 untuk genus

Calamus

dan 0,55069

untuk genus

Non Calamus

. Sedangkan pada penanda matK dan rbcL nilai π

t

(21)

11

tersebut terdapat berbagai macam spesies yang berasal dari genus berbeda. Data

tersebut diatas menunjukkan bahwa penanda ITS memiliki potensi untuk

mendiskriminasi spesies lebih baik dibanding kedua penanda lainnya.

SIMPULAN DAN SARAN

Simpulan

Data GenBank berupa sekuens dari 6 genus tanaman rotan menunjukkan

lokus ITS memiliki sekuens yang lebih banyak dan lebih panjang dibanding lokus

matK dan rbcL. Panjang sekuens dari yang terpanjang hingga terpendek

berturut-turut adalah 679.2 bp pada ITS, 512.9 bp pada rbcL dan 501.2 bp pada matK.

Nilai persentase GC content dari mulai terbesar hingga terkecil adalah 63.1% pada

ITS, 58.6% pada matK dan 43.9% pada rbcL. Berdasarkan hasil pohon

filogenetik, ketiga penanda masih belum akurat dalam membedakan spesies

karena spesies yang berbeda masih dikelompokkan ke dalam satu

clade

. Dari hasil

analisis variasi nukleotida diketahui bahwa penanda ITS merupakan penanda yang

memperlihatkan parameter genetik yang lebih bervariasi dibanding kedua penanda

lainnya.

Saran

Dari ketiga penanda genetik tersebut masih belum dapat dipastikan yang

paling baik untuk membedakan spesies, maka dari itu perlu eksplorasi lebih lanjut

terhadap ketiga penanda tersebut. Data yang terdapat pada GenBank kurang

bervariasi, hanya terpusat pada beberapa spesies saja. Penelitian lebih lanjut

terhadap rotan yang terdapat di Indonesia dapat dilakukan agar database pada

GenBank lebih bervariasi dan bisa dijadikan referensi selanjutnya.

DAFTAR PUSTAKA

Bagali PG, Prabhu PDAH, Raghaedra K, Hittalmani S, Vadivelu JS. 2010.

Application of Molecular Markers in Plant Tissue Culture.

Asia-Pacific

Journal of Molecular Biology and Biotechnology

18 (1): 85-87.

CBOL-Plant Working Group. 2009.

A DNA barcode for land plants.

Proc Natl

Acad Sci USA. 106: 12794-12797.

Dransfield J, Manokaran N. 1993. Plant resources of South-East Asia 6: Rattans.

Wageningen, the Netherlands, Pudoc.

Hajibabaei M

et al.

2006. A minimalist barcode can identify a specimen whose

DNA is degraded.

J Compilation Blackwell Publishing.

6: 959-964.

Jukes TH, Cantor CR. 1969. Evolution of protein molecules In: Munro HN (ed)

Mammalian protein metabolism. Academic Press, New York, pp 21-132.

Kumar S, Nei M, Dudley J, Tamura K. 2008. MEGA: a biologistcentrisc software

for evolutionary analysis of DNA and protein sequences. Brief Bioinform.

9:299-306.

(22)

12

Mondini L, Noorani A, Pagnotta MA. 2009. Review: Assessing Plant Genetic

Diversity

by

Molecular

Tools.

Diversity

1:19-35.

DOI

:

10.3390/d1010019.

Nei M, Kumar S. 2000.

Molecular Evolution and Phylo

g

enetics.

New York:

Oxford University Press.

Oliver JL, Marin A. 1996. A Relationship Between GC Content and

Coding-Sequence Length. J Mol Evol 43:216-223.

Tamura K., Nei M., and Kumar S. 2004. Prospects for inferring very large

phylogenies by using the neighbor-joining method. Proceedings of the

National Academy of Sciences (USA) 101:11030-11035.

Tamura K, Peterson D, Peterson N, Stecher G, Nei M, Kumar S. 2011. Mega 5:

Molecular Evolutionary Genetics Analysis using maximum likelihood,

Evolutionary Distance and Maximum Parsimony Methods. Mol Biol

Evol.24:1596-1599.

Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., and Kumar S. 2013. MEGA6:

Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. Molecular Biology

and Evolution30: 2725-2729.

Tudge C. 2000.

The Variety Of Life.

New York: Oxford University Press.

Valentini A, Pompanon F, Taberlet P. 2009. DNA Barcoding for Ecologists.

Trends in Ecology and Evolution (24)2:110-117.

Ward RD, Holmes BH, White WT, Last PR. 2008. DNA barcoding Australasian

chondrichtyans: results and possible use in conservation. Mar. Freshwater

Res. 59, 57-71.

(23)

13

Lampiran 1 Hasil pengurutan basa nukleotida (

sequencing

matK

#Calamus yunnanensis var. intermedius gi406827892

CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC

CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC

#Calamus yunnanensis var. densiflorus gi406827896

#Calamus yunnanensis var. densiflorus gi406827894

CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC

#Calamus yunnanensis gi406827870

(24)

14

CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC

#Calamus viminalis var. fasciculatus gi406827910

CACCATAATTTTTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAAATGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGC

(25)

15

ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAAATGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGC

#Calamus viminalis gi619326562 Cambodia

CACCATAATTTTTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAAATGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGC

#Calamus viminalis gi402770127

#Calamus viminalis gi386430650

CACCATAATTTTTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATTCATATAGACCAATTATCAAAATGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCAGGGCACCCTATTAGTAAGC

#Calamus vattayila gi402705015

CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTTATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGC

#Calamus unifarius gi402770129

#Calamus travancoricus gi402705025

(26)

16

TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC

#Calamus thwaitesii gi402704993

#Calamus tetradactylus gi619328393 Cambodia

#Calamus tetradactylus gi619326548 Cambodia

#Calamus tetradactylus gi402770133

CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGAGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC

#Calamus tenuis gi402705023

#Calamus stoloniferus gi402705013

(27)

17

#Calamus sp. KYUM-2014 gi619328502 Cambodia

#Calamus sp. KYUM-2014 gi619326504 Cambodia

#Calamus salicifolius gi619326159 Cambodia

CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC

#Calamus rotang gi402704991

#Calamus rhabdocladus gi406827832

(28)

18

ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC

#Calamus platyacanthus var. longicarpus gi406827836

CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATTCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCCATTAGTAAGCC

#Calamus platyacanthus var. longicarpus gi406827834

CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATTCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCCATTAGTAAGCC

#Calamus peregrinus gi402770151

CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGTATCCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATAATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC

#Calamus palustris gi402705011

CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGGCCTTCAAGGATTCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC

#Calamus nambariensis var. xishuangbannaensis gi406827880

CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATTCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCCATTAGTAAGCC

(29)

19

#Calamus nambariensis var. menglongensis gi406827886

CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATTCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCCATTAGTAAGCC

#Calamus nambariensis var. alpinus gi406827848

(30)

20

ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCCATTAGTAAGCC

CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATTCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCCATTAGTAAGCC

#Calamus metzianus gi402704989

#Calamus longisetus gi402704987

#Calamus lakshmanae gi402770153

CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC

#Calamus khasianus gi402770137

(31)

21

#Calamus karnatakensis gi402704985

#Calamus karinensis gi406827902

CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTATGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC

CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTATGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC

#Calamus hookerianus gi402770135

#Calamus henryanus gi406827906

#Calamus henryanus gi406827904

(32)

22

#Calamus guruba var. elipsoideus gi406827826

CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC

#Calamus guruba gi406827916

CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAAGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC

(33)

23

#Calamus gracilis gi406827854

CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCCGTTATTCCTCTTATTGAATCA TTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCCATTAGTAAGCC

CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCCGTTATTCCTCTTATTGAATCA TTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCCATTAGTAAGCC

#Calamus erectus gi406827860

CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC

#Calamus dransfieldii gi402705027

(34)

24

#Calamus delessertianus gi402770139

#Calamus castaneus gi499069310

#Calamus caryotoides gi384579289 Australia

CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGTTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC

#Calamus brandisii gi402770141

CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC

#Calamus bonianus gi406827922

CACCATAATTATTTTCAGAAGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC

(35)

25

CACCATAATTATTTTCAGAAGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC

#Calamus baratangensis gi402705009

CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAAAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC

#Calamus aruensis gi90967755

CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC

#Calamus andamanicus gi402705007

#Ceratolobus subangulatus gi440579012

CACCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCATCCTATTAGTAAGCC

#Korthalsia cheb gi90967750

CGCCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTTCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTTTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAAA TGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATTATTTTCGCTTTTGGTCTCAACCGTA CAGGATCCATATAGACCAATTATATAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCAA GTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAAT GGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATCA TTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC

#Plectocomia himalayana gi406827842

(36)

26

CGCCATAATTATTTTAAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC

CGCCATAATTATTTTAAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT TCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGGCACCCTATTAGTAAGCC

#Plectocomia mulleri gi90967754

CGCCATAATTATTTTCAGAGGACCCTATGGTCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGT TGGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGTTTCAAAGGGGGCTCATCTTCTGATGAAGAA ATGGAAATGTCACCTTGTCAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCGT ACAGGATCCATATAGACCAATTATCAAACTGTTCTTTCTATTTTCTAGGTTATCTTTCA AGTGTATTAATAAATCTTTCGACGGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTAA TGGATACTGTTACTAAAAAATTCGATACCAGAGTCCCAGTTATTCCTCTTATTGAATC ATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCGTATCGGGACACCCTATTAGTAAGCC

#Bambusa multiplex gi144583575

TACCCAGGTTTTTTTCGGAAAACCGTATGGTTCTTTATGGATCCTCTTATGCACTATGT TCGATATCAAGGAAAGGCAATTCTTGCATCAAAAGGAACTCTTCTTTTGAAGAAGAA ATGGAAATGTTACCTTGTCAATTTCTGGCAATATTCTTTCTCTTTTTGGACTCAACCGC GAAGGATCCATCTAAACCAATTAGCAAACTCTTGCTTCGATTTTCTGGGGTACCTTTC AAGTGTACCAATAAATCCTTTGTTAGTAAGGAATCAAATGCTAGAGAATTCATTTCTA ATAGATACTCGAATGAAAAAATTCGATACCATAGTCCCCGCTACTCCCCTCATTCGAT CCTTATCAAAAGCTCAATTTTGTACTGGATCGGGGCATCCTATTAGTAAACC

Lampiran 2 Hasil pengurutan basa nukleotida (

sequencing

rbcL

#Calamus_thysanolepis_gi402770113

TTCCGAGTAACTCCTCAACCCGGAGTTCCGCCTGAGGAAGCAGGGGCAGCAGTAGCT GCCGAATCTTCTACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACTGATGGACTTACCAGTCTTG ATCGTTACAAAGGACGATGCTACCACATCGAAACCGTTATCGGGGAGGAAAATCAAT ATATTGCTTATGTAGCTTATCCTTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATG TTTACTTCCATTGTGGGTAATGTATTTGGTTTCAAAGCCCTAAGAGCTCTACGTCTGGA GGATCTGCGAATTCCCACTTCTTATTCCAAAACTTTCCAAGGTCCGCCTCATGGCATCC AAGTTGAAAGAGATAAGTTGAACAAGTATGGTCGTCCTCTATTGGGATGT

#Calamus_unifarius_gi402770109

(37)

27

ATCGTTACAAAGGACGATGCTACCACATCGAAACCGTTATCGGGGAGGAAAATCAAT ATATTGCTTATGTAGCTTATCCTTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATG TTTACTTCCATTGTGGGTAATGTATTTGGTTTCAAAGCCCTAAGAGCTCTACGTCTGGA GGATCTGCGAATTCCCACTTCTTATTCCAAAACTTTCCAAGGTCCACCTCATGGCATCC AAGTTGAAAGAGATAAGTTGAACAAGTATGGTCGTCCTCTATTGGGATGT

#Calamus_bonianus_gi406828024

TTCCGAGTAACTCCTCAACCCGGAGTTCCGCCTGAGGAAGCAGGGGCAGCAGTAGCT GCCGAATCTTCTACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACTGATGGACTTACCAGTCTTG ATCGTTACAAAGGACGATGCTACCACATCGAAACCGTTATCGGGGAGGAAAATCAAT ATATTGCTTATGTAGCTTATCCTTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATG TTTACTTCCATTGTGGGTAATGTATTTGGTTTCAAAGCCCTAAGAGCTCTACGTCTGGA GGATCTGCGAATTCCCACTTCTTATTCCAAAACTTTCCAAGGTCCGCCTCATGGCATCC AAGTTGAAAGGGATAAGTTGAACAAGTATGGTCGTCCTCTATTGGGATGT

TTCCGAGTAACTCCTCAACCCGGAGTTCCGCCTGAGGAAGCAGGGGCAGCAGTAGCT GCCGAATCTTCTACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACTGATGGACTTACCAGTCTTG ATCGTTACAAAGGACGATGCTACCACATCGAAACCGTTATCGGGGAGGAAAATCAAT ATATTGCTTATGTAGCTTATCCTTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATG TTTACTTCCATTGTGGGTAATGTATTTGGTTTCAAAGCCCTAAGAGCTCTACGTCTGGA GGATCTGCGAATTCCCACTTCTTATTCCAAAACTTTCCAAGGTCCGCCTCATGGCATCC AAGTTGAAAGGGATAAGTTGAACAAGTATGGTCGTCCTCTAT