VARIASI GENETIK DAN PERUBAHAN PATOLOGIS
INFEKSI
KOI HERPESVIRUS (KHV) PADA
Cyprinus carpio
BUDI SUGIANTI
SEKOLAH PASCA SARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
✁ ✂✄YATAAN MENGENAI DISERTASI DAN SUMBER INFORMASI
Dengan ini saya menyatakan bahwa disertasi Variasi Genetik
dan
Perubahan
Patologik Infeksi Koi Herpesvirus (KHV) pada
Cyprinus carpio
adalah karya saya dengan
arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan
tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan
maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan
dalam Daftar Pustaka di bagian akhir disertasi ini.
Bogor, Januari 2012
☎bstract
✆
UDI SUGIANTI. Genetic Variation and Pathological Changes of Koi Herpesvirus (KHV)
Infection of Cyprinus carpio. Under supervision of MARTHEN B.M. MALOLE,
BAMBANG PONTJO P., S. BUDI PRAYITNO, ETTY RIANI.
KHV has made mass mortality in koi and common carp, and spread out to many
countries. In Indonesia, KHV has caused outbreaks of mass mortality in many provinces, and
cause economic losses and significant social matter. The aim of this research are to recognize
and to analyze genetic variation of KHV that infects
✝y
✞✟ ✠✡☛ ☞-carpio
and to recognize its
biogeographic distribution in Indonesia as well as to recognize and to analyze tissues
pathological changes which infected by KHV. In this research, the fish that have been used
are koi and common carp which suspected infected by KHV according to the clinical
symptoms derived from 20 provinces in Indonesia. In every fish sample was taken its gill to
PCR examination and then was done sequencing DNA (for KHV positive samples), for
histopathology and immunohistochemistry examination, the organs that were taken: gill,
kidney, spleen, intestine or digestive tract, liver, heart, and brain. Based on the results of
sequencing DNA KHV and phylogenetic tree construction that has been made, there are 17
variants from 18 samples KHV positive was found. Those variants can be grouped into two
clusters the main branch which consisted of group 1 includes variants KHV from South
Kalimantan, Lampung, West Papua, West Kalimantan, West Java, Bali, East Nusa Tenggara.
Then group II consists of KHV variants from North Sumatra, West Kalimantan, West Nusa
Tenggara, Riau, East Kalimantan, and DKI Jakarta.
Related to the infections of KHV
variants on koi and common carp, pathological changes were found in such organs (gill,
spleen, kidney, intestine and digestive tract, liver, heart, and brain). Pathological changes in
gill organ was found proliferation of epithelial cells and fusion of secondary lamella,
hypertrophy epithelial cells of gill lamella, telangiectasis, the inclusion body, edema,
proliferation of hyaline layer and fibrosis at the base of the gills. Spleen pathological change
was found infiltration of inflammatory cells or lymphocytes, appeared MMC, hemorrhage,
congestion, and edema. Kidney pathological change was found hemorrhage, proliferation of
cells in the interstitial, MMC, thickening of the tubule, inflammation of the glomerulus, the
inclusion body, congestion, edema, fibrosis, necrosis of the glomerular. Intestine and
digestive tract was found hemorrhage, enteritis, proliferation, goblet cells, fusion of the villi,
deposit enterolit on gastric, congestion, edema, and necrosis in krypta. Liver pathological
change was found hydropic degeneration, perivascular cuffing, congestion, and fibrosis.
Heart pathological change was found infiltration of inflammatory cells or lymphocytes in the
endocardium, hemorrhage, epicarditis, pericarditis, myocarditis, vacuolization, congestion,
edema, fibrosis, and necrosis.
✌✍✎✏ ✑ ✒✓ ✒✎
✔✕✖✗ ✘✕ ✙✗✚✛✜ ✗✢ ✣✤✥ ✦✤ ✧ ✦ ✙ ★✩ ★✪✦✫ ✬✤ ✩ ✭★✥ ✮ ✯✤✰✤ ✩ ✭✤ ✪✱ ✲✱ ✳ ✦✧ ✗ ✩✴ ★✫✧ ✦ ✵✱ ✦ ✶★✥ ✷ ★✧✸ ✦✥✮✧
(
✵ ✶✣)
✷✤ ✬✤Cyprinus carpio.
✖ ✦✯✦✹ ✯✦✩✳ ✱ ✲★✰ ✺✚ ✻✜ ✶✼✛ ✔✢✺✢ ✺✚✽✾✽✼✿✔✚✺✔✚✛✙ ✭✾✛✜❀ ✾✭✢✿✘✢ ✔✕✖✗✭ ✻✚❁✗✜ ✛✾,
✬✤ ✩✼✜✜❁✻✗✚✛✗✢✵ ✶✣ ✬ ✦✫★✪✤✰ ✮ ✦ ✪ ★✲✤✰ ✹ ★✩★✯✤ ✯✫✤ ✩
y
✫★✹ ✤ ✪✦✤ ✩ ✹✤ ✧✤ ✲ ✷✤ ✬✤ ✳✱ ✲✱✩✳ ✤ ✩ ✦✫✤ ✩ ✹✤ ✧✬✤ ✩ ✫✱ ✦✢ ✣ ✦✥✮✧✦✩ ✦ ✪★✲✤✰ ✪★✥✧ ★✯✤✥ ✬✦✯ ★✥ ✯✤✳✤ ✦ ✩ ★✳✤✥ ✤ ✬✦ ✬✮ ✩ ✦✤✢ ✖ ✦✗ ✩✬✱ ✩ ★✧ ✦✤,
✵ ✶✣ ✬✦✲✤ ✷✱✥ ✫✤ ✩ ✪★✲✤✰ ✹ ★✩✦✹✯✮ ✲✫✤ ✩ ✤ ✯✤✰w
✫★✹✤ ✪✦✤ ✩ ✹✤ ✧✤ ✲ ✬✦ ✯✤ ✩✤ ✫y
✷✥✱ ✸ ✦✩ ✧✦,
✬✤ ✩✹★✩★✯✤ ✯✫✤ ✩y
✫★✥ ✮✳✦✤ ✩★✫✱✩✱✹✦✬✤ ✩✧✱✧ ✦✤ ✲y
✤ ✩✳❂✮ ✫✮ ✷✯ ★✧✤✥✢✔★✥✫✤ ✦✪✤ ✩ ✬★✩✳ ✤ ✩ ✰ ✤ ✲ ✪★✥ ✧ ★✯✮✪
,
✷★✩ ★✲✦✪✦✤ ✩ ✦✩ ✦ ✯★✥✪✮ ❃✮ ✤ ✩ ✮✩✪✮✫ ✹★✩✳ ★✪✤✰ ✮ ✦ ✬✤ ✩ ✹ ★✩✳ ✤ ✩✤ ✲✦✧ ✦✧ ✸ ✤✥ ✦✤ ✧✦ ✳ ★✩ ★✪✦✫ ✵ ✶✣y
✤ ✩✳ ✹★ ✩✳ ✦✩ ✴★✫ ✧✦Cyprinus carpio
✬✤ ✩ ✹ ★✩✳★✪✤✰✮✦ ✧ ★✯✤ ✥✤ ✩ ✯✦✱ ✳ ★✱ ✳✥ ✤ ✴✦✧ ✩✤y
✬✦ ✗ ✩ ✬✱✩★✧ ✦✤,
✹★✩✳ ★✪✤✰ ✮ ✦ ✬✤ ✩ ✹★✩✳✤ ✩✤ ✲✦✧✦✧ ✷ ★✥✮✯✤✰✤ ✩ ✷✤ ✪✱ ✲✱ ✳ ✦✧ ✤j
rin
✳ ✤n
y
✤n
✳t
★ri
✩✴ ★k
si
✵ ✶✣,
✧ ★✤rt
m
★n
✳ ★✤✰ ✮ ✦t
✬✤n
m
★✩✳✤ ✩✤
lisis
✷ ★n
y
★✯✤✤r
n
✵ ✶✣ ✷✤ ✬✤j
✤ri
✩✳✤n
o
✳ ✤r
n
-organ target yang terinfeksi
KHV.
Dalam penelitian ini, ikan uji yang digunakan adalah ikan mas dan koi yang
diduga positif terinfeksi KHV berdasarkan pada gejala klinis yang berasal dari 20
provinsi di Indonesia.
Pada setiap ikan sampel diambil organ insang untuk
pemeriksaan PCR, dan selanjutnya dilakukan sekuensing DNA (untuk
sampel-sampel positif KHV). Untuk pemeriksaan histopatologi dan uji imunohistokimia,
organ yang diambil terdiri dari insang, ginjal, limpa, usus/saluran pencernaan,
hati, jantung, dan otak. Pemeriksaan sampel dengan metoda PCR dimulai dengan
melakukan ekstraksi DNA KHV dari insang, selanjutnya dilakukan amplifikasi
produk DNA, elektroforesis, serta pengamatan dan dokumentasi.
Hasil
menunjukkan positif KHV jika terlihat ada pita DNA pada ukuran fragmen 290
bp. Uji PCR dilakukan untuk meneguhkan diagnosa KHVD terhadap ikan mas
dan koi sampel yang menunjukkan gejala klinis melalui pengamatan secara
makroskopik.
Selain menggunakan metoda PCR dan DNA
Sequencing
,
pemeriksaan KHV juga dilakukan dengan pemeriksaan histopatologik dan uji
imunohistokimia.
Pemeriksaan histopatologik dilakukan untuk mengetahui
perubahan patologik pada organ-organ yang terinfeksi varian-varian KHV, dan
dilakukan dengan menggunakan pewarna rutin hematoksilin eosin (HE).
Selanjutnya, pada uji imunohistokimia dilakukan aplikasi dengan kromogen DAB.
Perubahan warna menjadi cokelat/kecokelatan menunjukkan jaringan positif
terinfeksi KHV.
❄❅❆❇ ❈ ❉
ju
m l
❅❊ ❈ ❅m
❋ ❉l
● ❉r
❍❉j
❅❅l
k
lin
is
■❏❑,
❈ ❉● ❅n
❅y
k
▲ ▼ ❈ ❅❋ ❉m
l
◆❇t
❉m
❖ P❅n
p
o
siti
◗ ■❏❑m
❉l
❅i
lu
❘❙❚ ◆❅❯ ❖❍❅j
siti
◗o
p
◆❉n
❍❅n
m
❉t
❱ ◆❅im
❖❯❱❊isto
k
im
i
❅ ❲ ❳❉◆❅❯❍P❅n
4 sampel lainnya menunjukkan hasil negatif dengan
metoda PCR, namun memberikan hasil positif dengan metoda imunohistokimia.
Hal tersebut menunjukkan 4 sampel genom tidak dapat diamplifikasi melalui
PCR. Sampel-sampel genom yang tidak berhasil diamplifikasi adalah genom asal
Jawa Timur, Sumatera Selatan, Gorontalo, dan Sulawesi Utara. Hal yang dapat
menyebabkan kegagalan amplifikasi adalah penggunaan primer kurang spesifik
untuk sampel-sampel genom dari 4 provinsi tersebut. Adanya variasi genetik
KHV yang relatif tinggi atau jarak genetik yang relatif jauh pada sampel-sampel
genom dari 4 lokasi dibandingkan dengan sampel-sampel genom yang berhasil
diamplifikasi, dapat merupakan penyebab kegagalan proses amplifikasi.
Berdasarkan hasil sekuensing DNA KHV dan konstruksi
pohon
filogenetik yang dibuat, ada 17 varian dari 18 sampel positif KHV yang
ditemukan. Varian-varian tersebut dapat dikelompokkan dalam 2
clusters
cabang
utama yang terdiri dari kelompok I meliputi varian-varian KHV yang berasal dari
Kalimantan Selatan, Lampung, Papua Barat, Kalimantan Barat, Jawa Barat, Bali,
Nusa Tenggara Timur, D.I. Yogyakarta, Sumatera Barat, Bengkulu, D.I. Aceh,
dan Kalimantan Timur. Selanjutnya kelompok II terdiri dari varian-varian KHV
yang berasal dari Sumatera Utara, Kalimantan Barat, Nusa Tengara Barat, Riau,
Kalimantan Timur dan DKI Jakarta.
Berkaitan dengan infeksi varian-varian KHV pada ikan mas dan koi,
perubahan patologis yang ditemukan diantaranya terjadi pada organ-organ insang,
limpa, ginjal, usus dan saluran pencernaan, hati, jantung, dan otak. Perubahan
patologis organ insang yang ditemukan antara lain adalah proliferasi sel-sel epitel
lamela sekunder dan fusi lamela, hipertrofi sel-sel epitel lamela insang,
telangiectasis, adanya
inclusion body
, edema, proliferasi lapisan hyaline, dan
fibrosis pada pangkal insang. Perubahan patologis organ limpa yang ditemukan
antara lain infiltrasi sel-sel radang/limfosit, tampak MMC, hemoragi, kongesti dan
edema. Perubahan patologis organ ginjal yang ditemukan antara lain hemoragi,
proliferasi sel-sel di interstisial, tampak MMC, penebalan pada tubulus, radang
pada glomerulus, adanya
inclusion body,
kongesti, edema, fibrosis, dan nekrosis
pada glomerulus. Perubahan patologis pada usus/saluran pencernaan yang
ditemukan antara lain adalah hemoragi, enteritis, proliferasi sel-sel goblet, fusi
vili, deposit enterolit pada lambung, kongesti, edema, dan nekrosis pada krypta.
Perubahan patologis organ hati yang ditemukan antara lain adalah degenerasi
hidropik,
perivascular cuffing
, kongesti, dan fibrosis. Perubahan patologis pada
organ jantung yang ditemukan antara lain adalah infiltrasi sel-sel radang/limfosit
pada endokardium, hemoragi, epikarditis, perikarditis, myokarditis, vakuolisasi,
kongesti, edema, fibrosis, dan nekrosis. Perubahan patologis organ otak yang
ditemukan antara lain adalah hemoragi, vakuolisasi,
perivascular cuffing,
satelitosis, gliosis, kongesti, edema, fibrosis, dan nekrosis.
© Hak Cipta milik IPB, tahun 2012
Hak Cipta dilindungi Undang-undang
1. Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan atau
menyebutkan sumbernya.
a. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan, penelitian, penulisan karya
ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik atau tinjauan suatu masalah.
b. Pengutipan tersebut tidak merugikan kepentingan yang wajar IPB.
VARIASI GENETIK DAN PERUBAHAN PATOLOGIS INFEKSI
KOI HERPESVIRUS (KHV) PADA
Cyprinus carpio
BUDI SUGIANTI
Disertasi
Sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Doktor pada
Program Studi Sains Veteriner
SEKOLAH PASCA SARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
❨❩❬ ❭❪ ❫❴❵❛❜❛❝ ❫❴❛❬❞❩❡❢❪❢❪❵ ❣❤❡✐❜ ❡❥ ✐❦❧❛♠❛ ❡♥ ❴❬ ❛♦♣q ❴✐♦r❨s❩❢ ✐ ❤❡✐t ❡✐q ❡❴✉❪ ❡✈❛❢ ❴♦♣q
⑧⑨ ⑩⑨ ❶❷❸❹ ❺❻❼❽❹ ❸
:
❾❽❻❸ ❽❹❸❿ ❺➀ ❺❼❸ ➁⑩❽➀ ➂❺❻⑨ ➃ ❽➄ ❽➀➂❽❼ ➅ ❶➅➆❸ ➁➇➀ ➈ ❺➁❹ ❸➉➅❸➊ ❺❻➋ ❺❹ ➌❸ ❻⑨❹(
➉➊ ❾➍➋ ❽⑩❽➎ ➏➐➑ ➒➓➔ →➣↔➑➐➒↕➙❽➛ ❽
: B
⑨⑩❸➜⑨ ➆❸ ❽➀❼❸➙➝ ➂
: B161020071
❷❸
s
❺t
⑨➞⑨❸➉➅➛❸
s
❸➂❺➛ ➃❸➛➃ ❸➀➆❷ ❻
.
➟❽❻❼ ➄ ❺➀B.
➟.
➟❽❶➅ ❶❺ ➉❺❼⑨ ❽➂❻➅ ➈
.
❷ ❻.
⑩ ❻➄➠B
❽➛➃❽➀ ➆ ➂➅➀ ❼➞ ➅➂.,
➟➜., A
➂❾❺❼.
➂❻➅➈.
❷ ❻.
➇ ❻.
➜. B
⑨⑩❸➂❻❽➡❸❼➀ ➅➢➟➜➤.
A
➀➆ ➆ ➅❼ ❽A
➀➆➆➅❼ ❽❷ ❻
.
➇ ❻.
➥❼❼➡ ➝❸ ❽➀ ❸,
➟➜.
A
➀➆➆➅❼ ❽➟❺➀ ➆ ❺❼ ❽➄⑨❸
➉❺❼⑨ ❽ ➂❻➅➆ ❻❽➛ ➜❼⑨ ⑩❸ ❷ ❺➁ ❽➀➜ ❺➁➅ ❶❽➄➂❽❹ ➤ ❽❹❽❻➞ ❽➀ ❽
➜❽❸➀❹❾❺
t
❺❸➀❺r
r
➂
r
➅➈.
❷ ❻.
⑩❻ ➄➠➦ ❽➀ ➃ ❽➀ ➆➂➅➀ ❼➞➅ ➂.,
➟➜., A
➂❾❺❼.
❷ ❻.
➇ ❻.
❷ ❽➄ ❻⑨❶➜➡ ❽➄➢➟➜➤. A
➆ ❻.
➫ ➭➯➲ ➯➳➯
➵➸➺ ➻➼➻ ➽ ➾➚➪ ➶ ➻➹ ➘➻ ➴➸➽➻➷ ➻ ➬ ➼➼➻➶ ➵➮ ➱✃ ➘➻➹➺ ❐➸ ➼➻➶ ❒➸ ➼➪❒➽➻➶➴➻➹ ❮ ➻➶❒➻❐ ➷➻➹➶➪➷ ➻ ➘➻➶ ❰ ➘➻ Ï➸➶ ➪➹➺➺ ➻➽➸ ➹ ➾➼➪Ï➷➻➽ ➻❐ ❒➸ ➹ ➘➸ ➼➸Ï➻➪➴➻➹➽➸ ➹➸ ➼➪❐ ➪➻➹➷➻➹➽➸ ➹ ➾➼➪Ï➻➹➶➻Ï➪➼➽➸ ➹➸ ➼➪❐ ➪➻➹➪➹ ➪Ð Ñ➪Ï➸❮❐ ➻Ï➪➪➹ ➪ Ò➸❮➪Ï➪➪➹Ó Ô❮ ❒➻Ï➪ ❐➸ ➹❐ ➻➹➺ Õ ➻❮ ➪➻Ï➪ ➺➸ ➹➸❐ ➪➴ ➷➻➹➽ ➸❮ ➾ Ò➻➶➻➹➽➻❐ Ô➼Ô➺ ➪➴ ➪➹Ó➸➴Ï➪➴ Ô ➪➶➸❮➽ ➸ÏÕ ➪❮ ➾Ï
(
Ö× ØÙ ➽ ➻➷➻ ÚÛÜ Ý Þßà á âã ÝÜÞä å æ➹ÓÔ❮ ❒ ➻Ï➪ ❐➸❮Ï➸ Ò➾❐ ➷ ➪➶➻❮ ➻➽ ➴ ➻➹➷➻➽ ➻❐ Ò➸❮ ❒ ➻➹Ó➻➻❐ ➾➹❐ ➾➴ ❒➸➹➺➸ ❒ Ò➻➹➺➴➻➹ ➼➻➹➺ ➴ ➻➶-
➼➻➹➺➴➻➶➽ ➸ ➹ç➸➺ ➻➶➻➹➷ ➻➹➽➸ ➹➺➸ ➹➷ ➻➼➪➻➹➪➹Ó ➸➴Ï➪Ö× Ø➷➪æ➹➷ Ô ➹➸Ï➪➻.
➱➸❮ ➪❒➻➴ ➻Ï➪➶➷ ➻➹➽ ➸ ➹➺➶➻❮➺➻➻➹➘➻➹➺❐➻➴❐➸❮➹➪➼➻➪➷➪❐ ➾➚ ➾➴ ➻➹➴➸➽➻➷ ➻è➻➽ ➻➴Ñ❮
.
é➻❮❐➶ ➸ ➹è.
é.
é➻➼Ô ➼➸ Ï➸ ➼➻➴➾➴ ➸❐ ➾➻➴ Ô ❒ ➪Ï➪➽ ➸ ❒Ò ➪❒Ò ➪➹➺,
è➻➽ ➻➴ ê❮ ÔÓ.
Ñ❮.
➷❮➶Ð è➻❒Ò ➻➹➺ êÔ➹❐➚ Ô✃é➵.,
➬ ê Ø➸❐.,
è➻➽➻➴ê❮ ÔÓ.
Ñ❮.
æ❮.
➵.
è➾➷ ➪ê❮ ➻➘➪❐ ➹Ô,
é➵ ç.,
➷ ➻➹æÒ ➾Ñ❮.
æ❮.
ë❐❐ ➘ì➪➻➹ ➪é➵.,
Ï➸ ➼➻➴ ➾➻➹➺➺ Ô❐ ➻➴Ô❒➪Ï➪ ➽➸ ❒ Ò➪❒ Ò➪➹➺,
➻❐ ➻Ï ➴➸ ➪➴ ➶ ➼➻Ï➻➹ ➷➻➹ ➴ ➸Ï➻Ò➻❮➻➹➹ ➘➻ ➘➻➹➺ ❐➸ ➼➻➶ ❒➸ ❒Ò➸❮➪➴ ➻ ➹ Ò ➪❒ Ò➪➹➺ ➻➹ ✃ ➹➻Ï➸➶➻❐,
➻❮ ➻➶➻➹✃ ➷➻➹ ➷Ô❮ Ô ➹➺ ➻➹ Ï➸ ➼➻❒ ➻ ➽ ➸❮➸ ➹ ç➻➹ ➻➻➹✃ ➽ ➸ ➼➻➴Ï➻➹➻➻➹ ➷ ➻➹ ➽➸ ➹ ➾➼➪Ï➻➹ ➶➻Ï➪➼ ➽ ➸ ➹➸ ➼➪❐ ➪➻➹ ➪➹ ➪.
íç➻➽ ➻➹ ❐➸❮➪❒➻➴➻Ï➪➶ ➚➾➺ ➻ ➷ ➪❐ ➾➚ ➾➴ ➻➹ ➴ ➸➽ ➻➷➻Ö➸➽ ➻➼➻ ê➾Ï➻❐ Ö ➻❮ ➻➹❐ ➪➹➻ æ➴ ➻➹ Ò➸Ï➸❮❐ ➻ Ï❐ ➻Ó,
Ö➸➽ ➻➼➻ è➻➼➻➪ í➚ ➪➵❐ ➻➹➷ ➻❮ Ö ➻❮ ➻➹❐ ➪➹➻ æ➴➻➹ Ò➸Ï➸❮❐ ➻ Ï➸ ➼➾❮ ➾➶ Ï❐ ➻Ó,
Ï➸❮❐ ➻ ❮➸➴➻➹-
❮ ➸➴➻➹ ➘➻➹➺ ❐➸ ➼➻➶ ❒➸ ❒ Ò➻➹❐ ➾✃ Ï➸ ➼➻❒➻➽ ➸ ➹➾ ➼➪Ï❒➸ ➹➸❒➽ ➾➶➽➸ ➹➷ ➪➷➪➴ ➻➹Ï➸❮ ❐ ➻❒➸ ➹ ➘➸ ➼➸Ï➻➪➴➻➹➽ ➸ ➹➸ ➼➪❐ ➪➻➹➪➹➪.
➬➴➶ ➪❮ ➴ ➻❐ ➻ ➽ ➸ ➹➾ ➼➪Ï Ò➸❮➶ ➻❮ ➻➽ Ï➸ ❒ Ô➺➻➽➸ ➹➸ ➼ ➪❐ ➪➻➹ ➪➹➪➷➻➽ ➻❐ Ò➸❮ ❒ ➻➹Ó ➻ ➻❐ Ò➻➺ ➪ ➽ ➸ ➹➺➸ ❒ Ò➻➹➺ ➻➹ ➪➼❒➾ ➽ ➸ ➹➺➸❐ ➻➶➾➻➹ ➷➪❒ ➻Ï➻ ➘➻➹➺ ➻➴➻➹ ➷ ➻❐ ➻➹➺ ❐➸❮➾❐ ➻❒ ➻ ➷ ➻➼➻❒ ➽ ➸ ➹➺ ➸❒ Ò➻➹➺➻➹ ➾➽ ➻ ➘➻ ➽➸ ➹ ç➸➺➻➶➻➹ ➷ ➻➹➽ ➸ ➹➺ ➸ ➹➷➻➼➪➻➹➽ ➸ ➹ ➘➻➴ ➪❐ ➪➴ ➻➹➷ ➪æ➹➷ Ô ➹➸Ï➪➻
.
èÔ➺ Ô❮
,
î➻➹ ➾➻❮ ➪ïð ñ ïòó
WAYAT HIDUP
ôõö÷ øùú û ùøüý ùþÿü ö ûù ü ÿü þ✁ü ✂ü ûü ✁ü ö✄✄ ü ø ☎✆
J
ü ö÷ü þ ù ✆ ✝ ✞✟✠ úõ✡ü✄ü ù ü öü ÿ ÿ õøù☛ü ûü þù õöü☛ ✡õþúü÷ûü þü ûü þ ù ✂ü úü ö✄ü ö(A
ø☛.)
☞.
☞ ü✌ ù✍ õû ùö ✎ ù✁ùÿ✍ õú✍õ☛ü(A
✏üý ✑ûü ö☞.
✒ü þù✌üý(I
✡÷ ✑.
ôõöû ùûùÿü öúü þ✓ü öü(
✔✆ ✑û ù✁õ☛✂ ÷ý ûùJ
÷þ÷úü öB
÷ û ùûü✏ü ôõþü ùþü ö✠ ✕ü ÿ÷ ø✁ü ú ôõþùÿüöü öI
öú ✁ù✁÷ ✁ ôõþ✁ü ö ùü öB
✍✄ ✍ þ(
ø÷ ø÷ú ✁üý÷ö ✆ ✝✖ ✗),
ûü ö ✂õöû ùûùÿü ö ✂ ü ú✘ü úü þ✓üöü(
✔✙ ✑ ûù ôþ✍ ✄ þü☛ ✔✁÷ û ù ✒ü öü✓ õ☛ õöK
õ÷ ü ö✄ü ö ✚ö ù✛ õþ úù✁ü úK
ü ✁✍øùÿA
✁☛üJ
ü✏üJ
ü ÿü þ✁ü(
ø÷ ø÷ú✁üý ÷ ö✆✝ ✝✟✑.
✔ õøü ö✓÷✁ö✏ü✂ ü ûü✁üý ÷ ö✙ ✜ ✜✙ ✠✂ õö÷ øùú ☛õøü ö✓÷✁ÿü ö ÿõ ✂ þ✍✄þü☛ û✍ÿ✁✍ þ
(
✔☎ ✑ ✂ ü ûü ôþ✍ ✄ þü☛ ✔✁÷ûù ✔ü ùö ú ✢õ✁õþ ùöõþ,
✔õÿ✍ øüý ôü ú ✘ü úü þ✓ü öüI
öú ✁ù✁÷✁ôõþ✁ü öùü ö✣✍ ✄✍þ.
✴ ✵✶✷✸ ✶✹✺ ✻✺
✼✽ ✾✽ ✿✽ ❀
❁❂❃
T
❂R ISI
❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄ ✴ ❁❂❃T
❂R T
❂❅ ❆L
❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄ ✴✴✴ ❁❂❃T
❂R G
❂M
❅ ❂R
❄❄❄ ❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄ ✴❇ ✺ ❈ ❉❊ ❋✵✶ ✼●❍ ●✶ ❋❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈ ■❏❄❏❄
L
❑▲❑▼❅◆❖ ❑P ❑◗ ❘❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄ ❏ ❏❄❙❄T
❚ ❯❚ ❑◗❱◆ ◗◆❖ ✴▲✴❑◗❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄ ❙ ❏❄❲❄K
◆ ▼ ❑◗❘P❑P
◆ ❳ ✴P ✴▼ ❑◗❱◆ ◗◆❖ ✴▲✴❑◗❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄ ❲ ❏❄ ❨❄M
❑◗❩❑❑▲P
◆ ◗◆❖ ✴▲✴❑◗❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄ ❬ ❏❄ ❬❄K
◆❭❑▼❚❑◗❪Novelty)
❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄ ❫ ❏❄ ❫❄❅❑▲❑❴❑◗❱◆ ◗◆❖ ✴▲✴❑◗❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄ ❫ ❏❄ ❵❄H
✴❛❜▲◆❴✴❴ ❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄ ❫ ✺ ✺ ❈ ✸ ✺ ❋❝✶●✶ ❋❉●✻✸ ✶ ❞✶❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈❈❈ ❈❈8
❙❄❏❄K
❑▼ ❑P ▲◆ ▼✴❴▲✴P❡HV
❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄8
❙❄❙❄V
❑▼ ✴❑❴✴G
◆ ◗◆ ▲✴P❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄ ❏ ❏ ❙❄❲❄I
◗ ❑◗ ❘❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄ ❏❬ ❙❄ ❨❄M
◆P❑◗✴❴❳◆❢❑◗❱◆ ▼❚❭❑❣ ❑◗❱❑▲❜❖❜❘✴PI
◗❩◆P❴✴KHV
❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄ ❏❫ ❙❄ ❬❄P
◆ ◗ ❘❑▼❚ ❣L
✴◗ ❘P❚◗ ❘❑◗❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄ ❙ ❙ ❙❄ ❫❄S
◆❭❑▼❑◗❤◆❜❘▼❑❩✴❴❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄❄❄ ❄❄ ❙❨III.
BAHAN DAN METODA PENELITIAN ... 29
♦♦ ♣q rq
U
s♦P
tR
✉✈✇①②③④ ②✇ ⑤♦✇ ⑥ ⑦N
⑧qq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qq ♣ ⑨♣ q rq⑩q❶③⑤❷❸✈ ③⑤♦ ⑦
N
⑧qq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qq ♣ ⑨ ♣ q rq ❹q⑧❺❻ ❼♦❽♦③✈⑤♦⑦N
⑧qq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qq ♣ ❾ ♣ q rq ♣q❶❼②③❷❸❿ ❽❿❸②⑤♦⑤qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qq ♣ ➀ ♣ q rqrqP
②✇ ⑥✈ ❺✈❷✈✇✉✈✇⑦❿ ③④❺②✇❷✈⑤♦qq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qq ♣ ➀ ♣ q rq ⑨q➁④❸♦❽♦③✈⑤♦⑦N
⑧q qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qq ♣ ➀ ♣ q rq ❾q⑧❺❻ ❼♦❽♦③✈⑤♦Cycling Sequencing
qqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qq ♣➂ ♣ q rq ➀q➁④❸♦❽♦③✈⑤♦Cycling Sequencing
qq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qq ♣➃ ♣ q rq➂qSequencing
⑦N
⑧q qq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qq ♣➃ ♣q⑨ qP
②❺ ②❸♦③⑤ ✈✈✇➄♦⑤❷❿❻ ✈❷❿❼❿⑥♦③qq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qq r➅ ♣q❾ qP
②❺ ②❸♦③⑤ ✈✈✇➆ ✈❸♦✇ ⑥✈✇✉②✇ ⑥ ✈✇➇ ②③✇♦③I
❺❺④✇❿➈♦⑤❷❿ ③♦❺♦✈qqqq qqqq qqqq qq r⑩ ♣q➀ q⑧✇ ✈ ❼♦⑤♦⑤⑦✈❷✈qq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qq r❹IV.
HASIL DAN PEMBAHASAN... 43
rq⑩q
G
②s✈ ❼✈K
❼♦✇♦⑤ qqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qq r♣ rq❹ qU
s♦Polymerase Chain Reaction
(P
tR)
q qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qq r➃ rq♣ qU
s♦I
❺ ❺④ ✇ ❿ ➈♦⑤❷❿ ③♦❺♦✈qqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qq ⑨⑩ rq rqV
✈❸ ♦✈⑤♦G
②✇②❷♦③✉✈✇① ②➉✈❸✈✇➊②❿⑥❸✈❽♦⑤q qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qq ⑨ ♣ rq⑨ qP
②❸④➉✈ ➈✈✇➁✈❷❿❼❿⑥♦③I
✇❽②③⑤♦KHV
q qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qq ⑨ ➀ rq⑨q⑩qP
②❸④➉✈ ➈✈✇P
✈❷❿❼❿⑥♦③➁✈ ✉✈I
✇ ⑤ ✈✇⑥qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qq ❾ ♣ rq⑨q ❹qP
②❸④➉✈ ➈✈✇➁✈❷❿ ❼❿⑥♦③➁✈ ✉✈G
♦✇s✈ ❼q qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qq8
⑩ rq⑨q ♣qP
②❸④➉✈ ➈✈✇➁✈❷❿ ❼❿⑥♦③➁✈ ✉✈L
♦❺❻✈qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qq87
rq⑨qrqP
②❸④➉✈ ➈✈✇➁✈❷❿ ❼❿⑥♦③➁✈ ✉✈H
✈❷♦qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qq9
r rq⑨q ⑨qP
②❸④➉✈ ➈✈✇➁✈❷❿ ❼❿⑥♦③➁✈ ✉✈U
⑤ ④⑤qqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qq ⑩ ➅❹ rq⑨q ❾qP
②❸④➉✈ ➈✈✇➁✈❷❿ ❼❿⑥♦③P
✈ ✉✈J
✈✇❷④ ✇⑥qq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qq ⑩ ➅➂ rq⑨q ➀qP
②❸④➉✈ ➈✈✇➁✈❷❿ ❼❿⑥♦③➁✈ ✉✈O
❷✈ ③qqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qqqq qq ⑩ ⑩♣V.
KESIMPULAN DAN SARAN ... 120
5.1. Kesimpulan ... 120
5.2. Saran... 121
➋➋➋ ➌➍ ➎➏➍➐ ➏➍➑ ➒ ➓
➔→ ➣↔ ↕➙➛ ↕➜➝➞ ➟ ➙↕➠↔ ↕➟➡ ➢➙➋➤ ↕➜→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→ ➥ ➦ ➧→
G
➢➝ ↕➙↕k
➙➋➜➋↔➨ ↕➩➋↕➜-v
↕➩➋↕ ➜➫HV
➡ ↕d
↕➭➯➲ ➳ ➵➸➺ ➻➼➽ ➳➲ ➵➾→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→4
➚ ➥ →J
➞ ➟➙↕h
➙➪➤ ↕↔➋↔ ↕➟➡➢➙➋k
↕➜➡➪↔➋t
➋f
➫HV d
➢➜g
↕➜➟ ➢t
➪➛ ➢PCR d
↕➜➋➟➞➜➪➠➋↔➶➪➤➋➟➋↕→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→ ➚➦
4
→H
↕↔➋➙↔ ➢k
➞ ➢➜↔➋➜g DNA
➫HV d
↕➩➋➋k
↕➜↔ ↕➟➡➢➙➡➪↔➋t
➋f
➫HV
→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→ ➚➹ ➚→J
↕➩↕k g
➢➜ ➢t
➋k d
↕➜↔➋➟➋➙↕➩➋t
↕↔➨↕➩➋↕➜-v
↕➩➋↕➜➫HV
➘↕➜➴d
➋t
➢➟➞➤↕➜d
↕➙↕➟➡ ➢➜ ➢➙➋t
➋↕➜→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→ ➷➧ ➷→P
➢➩➞ ➬ ↕h
↕➜➡↕t
➪➙➪g
➋k
➝ ↕➩➋➜➴↕➜ ➭➯➲➳➵➸➺ ➻➼➽ ➳➲ ➵➾➡➪↔➋t
➋f
➫HV d
➢➜g
↕➜➞➝➋PCR
d
↕➜➟➢t
➪➛ ➢➋➟➟➞ ➜ ➪➠➋↔➶➪➤➋➟➋↕ →→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→→ →→→ ➷ ➹7
→P
➢➩➞ ➬ ↕h
↕➜➡↕t
➪➙➪g
➋k
➝ ↕➩➋➜➴↕➜➭➯➲ ➳ ➵➸➺➻➼➽ ➳➲➵➾➡ ➪↔➋t
➋f
➫HV d
➢➜g
↕➜➱✃ ❐❒❮❰ ❒Ï Ð ❒ÑÒ ❒Ï
ÓÔ ÕÔ ÖÔ ×
Ø Ù ÚÛÜ ÝÞßàáâ➱ ã➱
Herpesviridae
Ù ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙ ä åÙ æ➱ç➱èÜ-
✃➱ç➱èÜéê æëáÜìÝÛçíáîá ÝîáíáïÛ ã-
ïÛ ãé ðØ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙ ñ òÙ óîÛï➱ à➱ßáï➱ôõöî ç➱â ÛçïÛ Ýy
á Üìí➱íÛïá➱Ü÷çÛy
et al.
øå ù ùå úÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙ Ø Ø ûÙ óÝçá ÝÛì➱íáïáççÛîã➱ßáï➱ ✃➱çÞïíÛÜìáÜìÛÜèâ íïüý þÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙ Øÿ Ù ÷Û✁á ãáßã➱Ü➱ï➱ß áÜy
áÜìÝÛçïÛçáÜìéê æÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙåù ✂Ù ✄áç➱ÜìáÜ➱ÜïáÜìy
áÜìÝÛç➱Ü àÛßï➱éê æÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙ åØ ÿÙ ýÛßçèî ï➱➱ßáÜ☎îÛÜì ìÞÜ Ý➱ÜìáÜß Þ ã➱ Ýb
áì➱áÜ✃ÛÜÝçá ã➱ßáÜíáç➱áÜ Þïß Û ✁áç➱ÜìáÜ➱ïÝ✆âÞïÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙ ò äÙ
B
Ûb
Ûçáîáb
ÛÜÝÞßíáÜîèï➱ï➱è çìáÜ➱Ü ÝÛçÜá ã➱ßáÜÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙ ò ñÙ ÷Û✁á ãáßã➱Ü➱ï➱ß áÜâáïïáâîÛ ãy
áÜìÝÛçíÞìáÝÛç➱Ü àÛßï➱éê æüÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙû û ØùÙêáï➱ ãîÛâÛç➱ßïááÜ➱ß áÜïáâîÛ ãíÛÜìáÜâ Û ÝèíáôõöÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙ Ø ØØÙêáï➱ ãîÛâÛç➱ßïááÜíÛÜìáÜâ Û ÝèíÛ➱ââÞÜè✆ ➱ïÝèß ➱â ➱áÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙ å ØåÙôè✆èÜà➱ ãèìÛÜ Û Ý➱ßéê æÙ ÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙ✂ù ØòÙôè✆èÜà➱ ãèìÛÜ Û Ý➱ßéê æÙ ÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙ✂Ø ØûÙôÛ ÝáïÛb
áçáÜ✝➱è ìÛè ìçá à➱ïâèãÛßÞãÛçéê æí➱✞Üí èÜÛï➱áÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙÙÙ ÙÙ ✂ ò Ø Ùôçèã➱ àÛçáï➱ïÛ ã✟ïÛ ãÛî➱ ÝÛ ãlamella
ïÛßÞÜíÛçøá)
íáÜÛíÛâ áøb)
1
❀
.
❁ ❂❃❄❅❆ ❇❈ ❇❅❃1
.
❉❊ ❋● ❍● ■❏ ❑▲● ▼● ◆❖
Salah satu spesies ikan yang cukup luas dibudidayakan dan dipelihara di
Indonesia adalah ikan mas dan koi (
Py
◗ ❘ ❙❚❯ ❱ ❲❳ ❘◗❙❨) karena mempunyai nilai
ekonomi yang tinggi. Ikan mas dibudidayakan untuk tujuan konsumsi, sedangkan
ikan koi dipelihara karena keindahannya. Tingginya permintaan dunia maupun
domestik terhadap ikan-ikan tersebut, membawa konsekuensi meningkatnya
lalulintas ikan mas dan koi, baik antar negara maupun antar area di dalam wilayah
negara Indonesia.
Salah satu resiko meningkatnya perdagangan ikan adalah terbawanya
hama dan penyakit ikan berbahaya yang apabila tidak dilakukan
tindakan-tindakan pencegahan penyebarannya, maka dapat menyebabkan kerugian
ekonomi yang tidak kecil. Pada bulan Maret tahun 2002, dilaporkan telah terjadi
wabah kematian masal pada ikan mas dan koi yang menyebabkan kerugian
ekonomi dan sosial yang cukup besar. Serangan pertama kali terjadi di Blitar
Jawa Timur. Wabah terjadi pada ikan koi yang baru datang dari Surabaya. Ikan
koi ini diimpor dari Cina ke Surabaya melalui Hong Kong kurang lebih pada
bulan Desember 2001-Januari 2002 (Sunarto
❩❬❳❭❪, 2004). Pada waktu yang tidak
terlalu lama sejak kejadian pertama kalinya di Blitar, wabah penyakit ini
dilaporkan telah menyebar di beberapa lokasi pembudidayaan maupun
penampungan ikan mas dan koi di beberapa provinsi. Umumnya, wabah terjadi
setelah hujan deras dengan total kematian mencapai 80-95%. Ikan yang sakit
2
pangkal dan ujung sirip serta permukaan tubuh,
❫ ❴❵ ❛❜❵ ❜y
❜s
, sering juga
ditemukan adanya kulit yang melepuh. Agen penyakit ini diketahui sangat ganas
dan cepat menular, baik melalui ikan-ikan yang terinfeksi maupun media air
pemeliharaan ikan yang terkontaminasi (Sunarto
❜t
❝❞❡, 2005, Taukhid
❜❢ ❝❞❡,
2004).
Hasil penelitian yang telah dilakukan oleh Tim Badan Riset Kelautan dan
Perikanan (BRKP) dengan Network of Aquaculture Centres in Asia-Pacific
(NACA) menemukan beberapa bukti ilmiah yang mendukung bahwa wabah ini
disebabkan oleh koi herpesvirus (KHV) (Sunarto
❜❢ ❝❞❡, 2004). KHV merupakan
salah satu anggota Herpesviridae yang menyerang ikan mas dan koi di banyak
negara dan telah menimbulkan kerugian ekonomi yang cukup besar (Perelberg
❜❢❝❞
., 2003). Selain Indonesia, beberapa negara yang dilaporkan telah terserang
wabah penyakit KHV yaitu Israel, Amerika Serikat, beberapa negara Eropa,
Afrika Selatan, Cina, Taiwan, dan Jepang (Hedrick
❜❢❝❞., 2005).
Koi herpes virus disease (KHVD) telah menjadi wabah pada ikan mas dan
koi hampir di seluruh Indonesia. Namun demikian, hingga saat ini data dan
informasi tentang variasi genetik KHV dan wilayah persebarannya di Indonesia
masih terbatas. Demikian pula halnya dengan informasi tentang perubahan
patologis infeksinya pada ikan mas dan koi, padahal data dan informasi tersebut
sangat diperlukan untuk mengembangkan langkah-langkah pencegahan dan
pengendalian infeksi KHV di Indonesia. Oleh karena itu, diperlukan penelitian
untuk menggali informasi tentang hal tersebut di atas.
❣❤ ✐❤ ❥❦❧
u
♠♥♦♣♥♣qrt
r ♠♥3
1. Menganalisis variasi genetik KHV yang menginfeksi
st ✉ ✈✇① ②y
③④ ✉t✈⑤ ⑥2. Memetakan sebaran biogeografis variasi genetik KHV di Indonesia.
3. Menganalisis perubahan patologis jaringan
s⑦t✉ ✈✇①② ③④ ✉t✈⑤yang terinfeksi
KHV.
4.
Menganalisis penyebaran KHV pada jaringan organ-organ pada
s⑦t✉✈✇① ②③④✉t ✈⑤
yang terinfeksi KHV.
⑧⑨ ⑩⑨ ❶❷❸❹❺❻ ❼❹❽❷❾❿ ❼❿ ❸❹❺ ❽❷❺ ❷➀❿➁❿❹❺
KHV diketahui telah menyebabkan kematian masal pada golongan ikan
mas (
s ⑦t ✉ ✈✇①② ③④ ✉t✈⑤ ③④✉t ✈⑤) dan koi (
s ⑦t ✉ ⑦✇① ② ③④ ✉t ✈⑤ ➂⑤ ✈). Virus ini telah
tersebar terutama di Amerika Utara , Eropa, Israel, dan Asia. Di Indonesia, wabah
kematian masal pada ikan mas dan koi akibat KHV pertama kali dilaporkan
terjadi pada tahun 2002, yang menyebabkan kerugian ekonomi dan sosial yang
cukup besar. Serangan pertama kali terjadi di Blitar Jawa Timur, kemudian
dengan cepat menyebar ke tempat-tempat pembudidayaan maupun penampungan
ikan mas dan koi di banyak provinsi. Berdasarkan hasil pemantauan hama dan
penyakit ikan karantina (HPIK) yang dilakukan unit-unit pelaksana teknis (UPT)
karantina ikan di Indonesia, pada tahun 2010 KHV ditemukan pada 17 provinsi di
Indonesia (Pusat Karantina Ikan, 2010).
Sesuai dengan Keputusan Menteri Kelautan dan Perikanan Republik
Indonesia No. Kep.03/MEN/2010 tentang Penetapan Jenis-jenis Hama dan
Penyakit Ikan Karantina, Golongan, Media Pembawa, dan Sebarannya, KHV
merupakan salah satu jenis HPIK dari golongan virus yang dicegah masuk dan
4
infeksi
KHV juga termasuk kategori
➃➄➅ ➆➇ ➅➆➅ ➈➄➅➉ ➆➊ ➋➌ ➍➎ ➆ ➏➐➑➒yang termasuk
jenis penyakit berbahaya yang perlu diwaspadai di dunia (OIE, 2010).
Dalam rangka pencegahan dan pengendalian penyakit KHV di Indonesia,
berbagai upaya telah dilakukan antara lain melalui deteksi dini KHV dengan
metoda
➓➔ →➌ ➣➆↔ ➇➅ ➆ ↕➎ ➇ ➄➙ ↔ ➆➇↕➉ ➄➔➙(PCR). Sampai saat ini, penerapan metoda
PCR untuk deteksi KHV sudah meluas dan berbagai disain
➓↔ ➄➣➆↔digunakan
untuk pengujian KHV. Banyak lembaga-lembaga pemerintah maupun swasta
yang menerapkan metoda ini sebagai satu-satunya metoda yang dianggap paling
sensitif dan spesifik untuk mendeteksi KHV. Namun demikian, dalam
perkembangannya, seringkali ditemukan hasil uji yang variatif. Diduga telah
terjadi mutasi atau ada variasi genetik KHV di Indonesia. Menurut Walker
(2000), variasi genetik karena mutasi sekuen nukleotida dapat mencegah
mengikatnya
➓↔ ➄➣➆↔PCR pada sekuen target.
Berkaitan dengan variasi genetik, Aoki
➆➉ ➇→. (2007) telah meneliti secara
molekuler 3 isolat KHV yang berasal dari Jepang, Amerika Serikat, dan Israel,
dan menemukan bahwa ketiganya merupakan strain baru KHV. Selanjutnya
berdasarkan hasil penelitian Sano
➆➉ ➇ →➛(2007) ditemukan adanya perbedaan
isolat-isolat KHV dari berbagai negara seperti Israel, Indonesia, Malaysia,
Thailand, dan negara-negara Eropa. Di Indonesia, data dan informasi yang
berkaitan dengan varian-varian KHV dan wilayah persebarannya secara geografis
masih terbatas. Sejauh ini laporan KHV di seluruh Indonesia masih berupa
laporan kejadian, dan belum diteliti perbandingan genetika molekulernya.
5
Indonesia memegang peranan penting untuk mengidentifikasi varian-varian virus
yang berkembang di Indonesia dan patogenesanya. Hal tersebut akan memberikan
petunjuk berharga berkaitan dengan pola transmisi virus, sehingga memberikan
informasi bagi tindakan pencegahan maupun pengendaliannya.
Perubahan
patologis varian KHV yang diperiksa melalui penelitian ini, juga akan menyajikan
gambaran gejala klinis dan kerusakan yang ditimbulkan oleh virus dalam tubuh
hospes. Melalui hal tersebut, pengenalan infeksi oleh KHV dapat bersifat variatif
dalam memberikan informasi terhadap deteksi dini infeksi KHV di Indonesia.
➜➝ ➞➝
Manfaat Penelitian
Manfaat penelitian ini adalah sebagai berikut:
1. Informasi
ilmiah tentang variasi genetik KHV yang menginfeksi
➟y
➠ ➡ ➢➤➥ ➦➧➨➡➠ ➢➩
.
2. Informasi
ilmiah tentang sebaran geografis variasi genetik KHV di Indonesia.
3. Informasi ilmiah tentang perubahan patologis infeksi varian KHV di Indonesia.
4. Informasi ilmiah
sebagai dasar
untuk merumuskan
kebijakan, strategi,
program dan kegiatan
pencegahan dan pengendalian penyakit KHV di
Indonesia yaitu antara lain:
a)
Pengembangan vaksin sesuai dengan varian KHV yang ada di Indonesia.
b)
Pengembangan metode deteksi dan diagnosa penyakit berdasarkan variasi
genetik KHV.
c)
Pengembangan kegiatan pemantauan dan surveilen berdasarkan variasi
genetik KHV yang ada di Indonesia.
d) Pengembangan teknik pencegahan dan pengendalian penyakit KHV
6
5.
Informasi
ilmiah sebagai bahan evaluasi keberhasilan program dan kegiatan
intervensi yang sudah dilakukan dalam pencegahan dan pengendalian
penyakit KHV di Indonesia.
1.5.
Kebaruan (
Novelty
)
Hal-hal baru yang membedakan penelitian ini dengan penelitian yang telah
dilakukan sebelumnya adalah sebagai berikut :
1. Variasi genetik KHV pada
➫y
➭➯ ➲➳➵ ➸➺➻➯ ➭➲ ➼di Indonesia.
2. Sebaran biogeografis variasi genetik KHV di Indonesia.
3. Perubahan patologis infeksi varian KHV di Indonesia.
1.6.
Batasan Penelitian
Batasan penelitian ini meliputi pengamatan gejala klinis dan deteksi KHV
dengan uji PCR pada ikan-ikan yang diduga terinfeksi KHV. Selanjutnya
dilakukan DNA
➸➽➾➵ ➽ ➳➺ ➲➳➚untuk mengetahui profil DNA KHV dari ikan-ikan
yang positif KHV yang berasal dari berbagai lokasi yang diteliti, dan dianalisis
variasi genetiknya. Pengamatan dan analisis selanjutnya dilakukan terhadap
histopatologi ikan-ikan yang diketahui terinfeksi KHV. Konfirmasi hasil uji
PCR dan mengetahui penyebaran KHV pada jaringan atau organ-target, dilakukan
pengujian dengan teknik imunohistokimia.
1.7.
Hipotesis
Hipotesis penelitian ini adalah sebagai berikut:
1. Ada variasi genetik KHV yang ditemukan pada
➫➪➭➯ ➲➳➵ ➸ ➺➻➯ ➭ ➲➼di berbagai
7
2. Varian KHV sudah menyebar secara geografis di berbagai lokasi budidaya di
Indonesia.
3.
Ada hubungan antar kelompok (
➶➹u
st
➘r
) variasi genetik KHV dengan
8
II
❰ Ï ÐN
Ñ ÒU
ÒN
ÓUS
ÏÒÔ ÒÕ❰Ö❰ ×ØÙ ØÚÛÜÙ
i
Ý Ûik
×Þ ßHerpesvirus adalah virus yang berukuran besar. Herpetos berasal dari
bahasa Yunani yang artinya mengerikan.
àár
âáãäã åæásv
berbiak dalam inti,
membentuk badan inklusi yang disebut
ço
w
åä èty
âá é. Virus-virus ini
memperoleh amplopnya sewaktu
êëå åãìímelalui membran inti sel (Malole,
1988)
Herpesvirus memiliki sejumlah besar gen, yang telah dibuktikan bersifat
peka terhadap kemoterapi anti virus (Brooks,
át
æ î, 1995). Menurut Malole (1988),
semua anggota Herpesviridae sensitif terhadap
áïát
r
dan asam. DNA-nya
berserabut ganda dengan berat molekul 50 100 x 10
6
Dalton. Kapsidnya
bersimetri kubus memiliki 162 kapsomer (150 heksagonal dan 12 pentagonal).
Virion yang beramplop berukuran antara 150 200 nm, tetapi virion yang tanpa
amplop juga sering ditemukan dengan ukuran 100 110 nm. Bentuk famili
àáä âá
sv
ãäã åæádapat dilihat pada Gambar 1.
9
KHV yang termasuk salah satu anggota famili Herpesviridae, dilaporkan
menyerang ikan mas dan koi (
ðy
ñò óôõ ö ÷øò ñóo
) di banyak negara dan telah
menimbulkan kerugian ekonomi yang cukup besar (Perelberg
ùt
øúû, 2003).
Pengamatan dengan menggunakan mikroskop elektron pada sel-sel yang
terinfeksi KHV menemukan virion-virion beramplop yang membungkus
nukleokapsid ikosahedral berukuran diameter sekitar 100
110 nm yang terdapat
di bagian dalamnya. Virion-virion KHV memiliki suatu lapisan
ùüõýùôþt
diantara amplop dan nukleokapsidnya.
Ukuran diameter total virion matang
dengan amplopnya sekitar 170 230 nm (Hedrick
ùt
øúû ÿ2005). Bentuk KHV yang
dilihat melalui mikroskop elektron dapat dilihat pada Gambar 2.
Gambar 2 Virion-virion KHV yang terdapat pada sel-sel KF-1. Figur
óô öùt
adalah virion KHV lengkap dengan amplop viral,
t
ùüõýùôþ, dan
nukleokapsid hexagonal. Bar = 100 nm (Hedrick
ùt
øúû ÿ2005)
Genom KHV merupakan suatu molekul
✁õ✂úù✄ò øôst
ù(ds) DNA dan
diperkirakan berukuran 277 kbp, melebihi rata-rata ukuran virus yang termasuk
famili Herpesviridae yang berkisar 250 kbp (Ronnen
ùt
øúû, 2003
øúøýHedrick
ùt
10
yang dipertimbangkan dalam mengelompokkan virus ini dalam famili
Herpesviridae.
KHV berbeda dari herpesvirus-herpesvirus lainnya yang menyerang
ikan-ikan cyprinid seperti
☎y
✆✝ ✞✟ ✞✠ ✡ ☛✝ ✆☛✞sv
ru
s
1 yang merupakan agen penyebab
☞✌✝ ✆
p
o
x
. Hal ini ditunjukkan melalui uji-uji
✞✍✍✎✟✏ ✑✒✎ ✏ ✓☛✓ ☞☛✟☛yang
menemukan antibodi anti-CyHV-1 gagal bereaksi dengan KHV (Hedrick
☛t
✌ ✒✔,
2000). Selanjutnya, perbedaan-perbedaan dalam susunan protein dan
✓☛✕✎☛✟☞☛genomik virion memberikan bukti tambahan bahwa kedua jenis virus tersebut
merupakan agen-agen yang berbeda (Gilad
☛t
✌ ✒✔✖2002). CyHV-1 dapat
menyebabkan mortalitas pada ikan mas dan koi tetapi hanya terjadi pada ikan-ikan
yang usianya kurang dari 2 bulan (Sano
☛t
✌ ✒✔, 1985
✠✌✒✌✍Hedrick
☛t
✌✒✔✖2005).
Selain itu juga, ikan-ikan yang dapat bertahan hidup dari infeksi CyHV-1
menunjukkan karakteristik pertumbuhan
✆✌✆ ✞✒✒✏✍ ✌✗o
u
s
✘ ✒✞✙☛yang umum
diketahui sebagai
☞✌✝ ✆p
o
x
(Schubert, 1966
✠✌✒✌✍Hedrick
☛t
✌✒✔, 2005). Satu
jenis herpesvirus lainnya adalah
☎y
✆✝ ✞✟✞✠ ✡ ☛✝ ✆☛sv
✞ru
s
2 yang awalnya dinamakan
✚✏ ✒✠✑✞✓✡ ✡ ☛✍ ✌✗✏✆✏✞☛
t
✞☞ ✟☛☞✝✏✓✞s v
✞ru
s
(GFHNV), telah diobservasi melalui
mikroskop elektron dan telah berhasil diisolasi dari ikan koki (
☎✌✝✌✓ ✓✞u
s
✌✎✝✌✗u
s
)
yang menunjukkan nekrosis yang parah pada sel-sel hematopoietic. Tidak seperti
CyHV-1, KHV sangat virulen dan dapat
menyebabkan
mortalitas pada seluruh
ukuran ikan mas dan koi (Hedrick
☛t
✌ ✒✔, 2000 dan Perelberg
☛t
✌ ✒✔, 2003).
CyHV-1 hanya dapat menyebabkan kematian pada Ikan Mas dan Koi yang berumur
kurang dari 2 bulan (Sano
☛t
✌ ✒✔, 1985
✠✌ ✒✌✍Hedrick
☛t
✌ ✒✔, 2005). Selain itu,
bukti lainnya adalah tidak terjadi pembentukan papilloma pada ikan-ikan yang
11
Perbandingan-perbandingan DNA genomik dan polipeptida virion dari
KHV terhadap CyHV-1 menunjukkan bahwa virus-virus tersebut memiliki
kemiripan tetapi merupakan agen-agen yang berbeda nyata. Perbedaan ini dapat
ditunjukkan melalui deteksi terhadap masing-masing virus dengan menggunakan
uji-uji PCR yang dikembangkan oleh beberapa peneliti (Gray
et
✛✜✢ ✣2002;
Bercovier
✤t
✛✜✢, 2005). Gray
✤t
✛✜✢(2002), telah mengembangkan uji PCR melalui
pembuatan disain primer untuk mendeteksi KHV.
✥✦ ✧★✤r
✩✤t
SphI-5,
✪o
rw
✛✦ ✫(5 -GACACCACATCTGCAAGGAG-3 )
dan
r
✤✤✦ ✩✤v
(5
-GACACATGTTACAATGGTGGC-3 ), untuk mengamplifikasi produk dengan
ukuran fragmen DNA 290 bp, terbukti dapat mendeteksi KHV. Hal ini
ditunjukkan dengan munculnya pita DNA yang tampak jelas pada ukuran fragmen
290 bp. Sedangkan pada isolat-isolat virus lainnya seperti
✬ ✭✛✮✮✤✜✬✛✯✪✧ ✩✭ ✰✧ru
s
(CCV) dan
✬✱✦ ✧✮✧✫y
✲✤✦ ✱✤sv
✧ru
s
(CHV), pita-pita DNA tersebut tidak tampak
(Gambar 3). Uji PCR ini cukup sensitif untuk mendeteksi 100 femtograms atau
sekitar 600 kopi DNA dari DNA genomik KHV (Gray
✤t
✛✜✢ ✣2002).
Gambar 3 PCR
✱ ✦✧★✤r
✩✤t
yang didisain Gray
✤t
✛✜✢(2002) spesifik untuk
mendeteksi KHV, hal ini tampak dari pita DNA pada ukuran fragmen
290bp.
✳✴ ✳✴ ✵✶✷
i
✶✸✹✺✻✼✻✽ik
Variasi genetik merupakan ciri-ciri yang paling esensial pada seluruh
12
progresif terhadap perubahan lingkungan alamiah (Walker, 2000). Mutasi dan
rekombinasi menyebabkan adanya variasi genetika (Trun dan Trempy, 2004).
Menurut Trun dan Trempy (2004), mutasi adalah suatu perubahan fisikal
pada satu atau lebih dari satu pasang nukleotida dalam DNA, dan dapat hanya
mempengaruhi satu pasang nukleotida atau dapat mempengaruhi ratusan kilo basa
nukleotida. Pengaruh mutasi tergantung pada tempat dimana mutasi tersebut
terjadi dalam DNA. Mutasi dapat diklasifikasikan dalam dua kelompok, yaitu
yang terjadi pada nukleotida tunggal dan banyak nukleotida. Mutasi yang
mempengaruhi nukleotida tunggal disebut
m
icro
lesio
n
s
, sedangkan yang
mempengaruhi banyak nukleotida disebut sebagai
✾✿m
ro
lesi
❀ ❁❂ ❃Beberapa tipe
❄❅✿❆❀❇❈❂❅❀ ❁❂adalah mutasi titik dan mutasi
❉❆✾❄ ❈❂❊ ❅❉t
.
Mutasi titik adalah perubahan yang terjadi pada satu pasang basa nukleotida.
Perubahan tersebut dapat berupa substitusi basa dari satu purin dengan satu purin
(A menjadi G atau G menjadi A), atau satu pirimidin dengan satu pirimidin (T
menjadi C atau C menjadi T). Mutasi titik ini disebut juga transisi
. Jika
mutasi
titik tersebut berupa substitusi basa dari satu purin dengan satu pirimidin atau
satu pirimidin dengan satu purin, mutasi ini disebut juga suatu
t
❆✾ ❁❂ ❋❈rs
❈❃Tipe
❄ ❅✿❆❀❇❈❂❅❀❁❂
lainnya adalah mutasi
❉❆✾❄❈❂❊ ❅❉t
, yang berupa insersi/penyisipan
atau delesi/penghapusan satu pasang basa tunggal dalam suatu gen. Beberapa
mutasi
❉❆✾❄❈❂❊ ❅❉t
juga dapat diklasifikasikan sebagai
❄✾✿❆❀❇❈❂❅❀ ❁❂ ●jika mutasi
tersebut berupa insersi/penyisipan atau delesi/penghapusan yang terjadi pada basa
dalam jumlah banyak. Tipe mutasi
❄✾✿❆❀❇❈❂❅❀❁❂termasuk didalamnya meliputi
13
seperti
in
verse
/pembalikan dan translokasi. Seluruh mutasi tersebut melibatkan
perubahan-perubahan besar dalam urutan nukleotida (Trun dan Trempy, 2004)..
Variasi genetik juga dapat terjadi pada virus. Variasi viral tersebut dapat
terjadi melalui sejumlah mekanisme yang meliputi penyusunan/pengaturan
kembali yang utama pada struktur genom, dan pengorganisasiannya dapat terjadi
melalui rekombinasi genetik. Selain itu, dapat juga melalui duplikasi gen,
pertukaran gen, penghapusan gen, dan penyisipan gen. Namun demikian, bentuk
variasi yang paling umum adalah mutasi melalui substitusi nukleotida (Walker,
2000).
Variasi
genetika yang terjadi dapat disebabkan virus-virus tersebut harus
menghadapi perubahan lingkungan yang terjadi secara terus menerus. Seperti
halnya virus-virus melintas dari satu inang ke inang lainnya, mereka harus
berhadapan dengan respon pertahanan dan sistem imunologis inang.
Penghindaran dari pertahanan inang merupakan suatu ciri pokok strategi bertahan
pada seluruh virus (Walker, 2000).
Terkait dengan KHV, sejak pertama kali terjadinya wabah, perkembangan
KHV telah dilaporkan melalui berbagai penelitian maupun forum ilmiah.
Berdasarkan pada penelitian
penelitian tersebut diketahui bahwa isolat isolat
KHV dari berbagai Negara seperti USA, Israel, Indonesia, Malaysia, Thailand,
dan Negara Negara Eropa memiliki perbedaan (Sano
et
❍ ■❏❑ ▲▼▼ ◆). Penelitian
Stone
❖t
❍ ■. (2007) melaporkan berbagai varian KHV yang terdeteksi di Eropa.
Selanjutnya, penelitian Aoki
❖t
❍■❏(2007) menemukan adanya variasi genetik 3
isolat KHV yang berasal dari Jepang, Amerika Serikat, dan Israel. Ukuran genom
14
1 ), 295,146 bp (varian 2) dan 295,138 (varian 3). Berdasarkan pada preparasi
DNA melalui
P◗strictio
n
❘❙ ❚❯❙ ❱ ❲❳◗ ❨❩◗D
❬❭◗❬❯ ❙st
dengan
❪o
t
❳atau
XbaI
menghasilkan profil yang identik dari ketiga
strain
tersebut. Genom strain KHV
memiliki pengulangan langsung (
direct repeat
) sebesar 22 kbp pada tiap tiap
terminal (22,437 bp untuk varian 1, 22,469 bp untuk varian 2 dan 22,485 bp untuk
varian 3). Genom-genom varian tersebut memiliki tingkat kesamaan yang cukup
tinggi pada level sekuen. Sebagai contoh, substitusi
nukleotida
tunggal (tidak
termasuk duplikat terminal pengulangan/terminal
repeat
) varian 1 berbeda dengan
varian 2 dan 3 pada loki 181 dari 217 loki. Hal tersebut berarti terdapat perbedaan
pada setiap rata rata 1,5 kbp. Disisi lain, dari sebanyak 36
nonconserved
loki,
varian 3 berbeda dengan varian 1 dan 2 pada 32 loki dan varian 2 berbeda dengan
varian 1 dan 3 pada 4 loki. Selain tinjauan pada genom dan loki tersebut, ketiga
strain KHV menunjukkan perbedaan pada
open reading frame
atau dikenal
sebagai ORF. Kejadian tersebut diduga karena adanya insersi dan delesi yang
terjadi pada satu atau dua strain menyebabkan kerusakan pada titik pengkodean
(
coding region
).
Variasi genetik KHV dari beberapa isolat di Eropa, Israel dan Amerika
jauh sebelumnya pada tahun 2003 telah diteliti oleh Gilad
et al.
(2003). Pada
penelitian tersebut diketahui bahwa sebanyak 6 dari 7 isolat yang diteliti tidak
memiliki perbedaan yang signifikan berkaitan dengan polipeptida virionnya. Pada
isolat KHV D-081 dari Israel diketahui memiliki polipeptida tambahan dengan
ukuran 162 dan 41 kDa. Penelitian tersebut juga menemukan adanya perbedaan
antara isolat KHV yang berasal dari Israel dengan isolat Amerika. Isolat-isolat
15
yang berbeda-beda memiliki polipeptida virion dan RFLP yang identik atau mirip
dengan isolat KHV yang terlebih dulu diisolasi (
Gilad et al.,
2002). Sejalan
dengan hasil penemuan tersebut, Banks (1993) mengemukakan bahwa meskipun
terdapat variasi minor yang terlihat pada isolat virus dalam satu spesies, namun
isolat yang berasal dari lokasi geografis yang sejenis akan membentuk kelompok
yang bersifat
relative homogeny
. Penelitian yang mendalam berkaitan dengan
sequencing
amplikon KHV dan jumlah variasi lokasi geografis asal genom di
masa mendatang akan sangat berguna dalam membedakan beberapa isolat KHV
berdasarkan lokasi geografis.
❫❴ ❵❴
I
❛❜❛ ❝Ikan
mas
dan
koki
(
Cyprinus carpio
)
merupakan
inang KHV
(Perelberg
et al.,
2003; Hedrick
et al.,
2005; Ishioka
et al
., 2005; Shapira
et al.,
2005; Waltzek
et al.
, 2005).
KHV
ini diketahui dapat menyerang seluruh ukuran
ikan. Meskipun demikian, ikan-ikan berukuran kecil lebih sensitif terhadap KHV
daripada yang berukuran lebih besar ( Perelberg
et al
., 2003).
Kerentanan ikan terhadap infeksi KHV dan cara transmisinya dapat
berpatokan pada hasil penelitian Perelberg
et al.
(2003) dengan menggunakan
berbagai jenis ikan cyprinids yaitu
Cyprinus carpio
,
Oreochromis niloticus,
Bidyanus
bidyanus,
Hypophthalmichthys
molitrix,
Carassius
auratus,
Ctenopharyngodon idella.
Hasil penelitiannya menunjukkan hanya
Cyprinus
carpio
saja yang rentan terhadap infeksi KHV, dengan tingkat kematian
mencapai 72 % setelah terpapar virus, sedangkan jenis-jenis ikan lainnya tidak
terpengaruh dan tetap bertahan hidup. Melalui uji kohabitasi yang dilakukan
16
mentransmisikan KHV ke ikan mas lainnya yang sehat. Sedangkan ikan-ikan
dari strain-strain yang resisten tetap bertahan hidup dan tidak menularkan KHV
pada ikan mas yang sehat.
❞❡ ❢❡ ❣❤
k
✐❥i
❦ ❧❤♠✐❥♥❤ ♦♣q✐r ✐❥ ♥✐st✉ t✈✇❦I
❥①❤k
❦ ✇ ②③④Proses infeksi herpesvirus pada sel inang dimulai dengan terjadinya
perlekatan atau adsorpsi partikel virus pada reseptor yang ada di permukaan sel
inang. Adsorpsi virus pada permukaan sel segera diikuti oleh masuknya
virus-virus yang mengandung genom ds DNA ke dalam sitoplasma melalui proses
endocytosis. Selanjutnya nucleocapsid ditransportasikan sepanjang
matriks
cytoskeletal menuju membran
inti
kemudian masuk ke
dalam inti/
nukleus.
Setelah memasuki
inti
, terjadi proses replikasi virus dengan langkah-langkah
biosintesisnya menurut urutan sebagai berikut: 1) Transkripsi untuk pembuatan
m
essen
g
er
RNA (mRNA) dari DNA virus asal (
parent
) yang menginfeksi sel
(sesudah
uncoating
). 2) mRNA tersebut berpindah ke ribosom dalam sitoplasma
sel dan diterjemahkan (
translated
) menjadi enzim dan protein-protein lainnya
(
early
protein = protein awal) yang melakukan sintesis asam nukleat untuk virus
baru. 3) Replikasi DNA virus
dalam inti.
4) Transkripsi lanjutan untuk pembuatan
mRNA lagi dari DNA-
parent
dan virus baru (
progeny
). 5) Penerjemahan
(
translation
) mRNA yang dibentuk kemudian (
late
mRNA) menjadi protein (
late
protein) sebagai bagian dari komponen virus dan sebagai enzim yang sama
dengan
early enzyme
. 6) Perakitan (
assembly
) virus baru (
progeny
virus) di dalam
inti
sel. 7) Pelepasan virus yang matang (
mature
virus) dari sel. Herpesvirus
17
amplop, dapat juga berpindah langsung ke sel terdekat tanpa harus terlebih dahulu
keluar sel yang terinfeksi.
Metode transfer antar sel tersebut memungkinkan virus menyebar dalam
tubuh inang walaupun terdapat banyak antibodi di dalam cairan tubuh di luar sel.
Hal inilah yang menyebabkan terjadinya infeksi virus secara laten atau kronis
selama berbulan-bulan sampai bertahun-tahun pada inang yang terlihat sehat
(Malole, 1988; Walker, 2000). Strategi dasar replikasi virus dengan genome ds
DNA dapat dilihat pada Gambar 4. Terkait dengan KHV, Hedrick
et
⑤⑥.
(2000)
dan Perelberg
et al.
(2003) berdasarkan hasil penelitiannya menyimpulkan bahwa
KHV pertama kali masuk dan menginfeksi ikan melalui insang dan atau usus.
Mekanisme infeksi KHV menurut laporan Pikarsky
et al.
(2004) menyebutkan
bahwa virus pertama kali masuk ke dalam tubuh ikan melalui insang, selanjutnya
bereplikasi di dalam insang. Aktivitas replikasi tersebut mempengaruhi struktur
insang sehingga terlihat mengalami nekrosis dan kelukaan pada lapisan
mukosanya. Kerusakan insang yang parah merupakan salah satu faktor
[image:33.595.109.509.526.719.2]munculnya gejala klinis pada ikan.
18
Berdasarkan hasil penelitiannya, Gray
et
⑦ ⑧.
(2002) melaporkan bahwa
KHV menyebar secara sistemik pada ikan yang terinfeksi. Hal tersebut
dibuktikan melalui analisis PCR dan DNA
hybridization
, yang mendeteksi DNA
KHV pada jaringan insang, gastrointestinal, dan hati ikan yang terinfeksi. Pada
jaringan otak, DNA KHV terdeteksi lemah.
Studi yang dilakukan beberapa peneliti dengan menggunakan pengujian
patologik mikroskopik dan uji-uji PCR kuantitatif juga menunjukkan
jaringan-jaringan target KHV meliputi insang, ginjal, limpa, kulit, otak, usus, dan hati
(Hedrick
et al.,
2000; Gray
et al.,
2002; Gilad
et al.,
2003; Gilad
et al.,
2004).
Hasil penelitian Gilad
et al.
(2004) menemukan konsentrasi DNA KHV tertinggi
terdapat pada insang, ginjal, limpa, dengan jumlah genom yang ekuivalen secara
konsisten yaitu mulai dari 10
8
sampai 10
9
setiap 10
6
sel-sel inang. Level DNA
KHV yang tinggi juga ditemukan pada
mucus
, hati, usus, dan otak. Ikan koi yang
dapat bertahan hidup dari infeksi KHV pada 62
64 hari setelah terpapar virus,
masih mengandung kopi genom KHV dalam jumlah yang lebih rendah (sampai
dengan 1,99 x 10
2
per 10
6
sel-sel inang) pada insang, ginjal, atau otak.
Gejala klinis ikan yang terinfeksi KHV sangat variatif dan umumnya tidak
spesifik. Gejala-gejala yang ditemukan antara lain adalah ikan berenang ke
permukaan untuk mengambil udara atau ikan mengumpul di tempat-tempat air
masuk. Ikan kelihatan megap-megap karena frekuensi pernafasannya tinggi.
Selain itu, seringkali ditemukan juga ikan bergerak kehilangan arah dan berenang
dengan gerakan yang tidak teratur, sebelum akhirnya mengalami kematian (Gray
et al
., 2002). Kematian ikan berlangsung sangat cepat, sekitar 24
48 jam setelah
19
Hasil pengamatan terhadap ikan yang terserang KHV secara umum
menunjukkan tanda-tanda produksi lendir (
m
u
cu
s
) berlebih sebagai respon
fisiologis terhadap kehadiran patogen, selanjutnya produksi lendir menurun
drastis sehingga tubuh ikan terasa kasat. Pada tahap awal infeksi, insang ikan
menunjukkan bercak-bercak putih kecil di bagian ujung-ujung lembaran insang
dan warna insang masih terlihat normal dan cerah. Infeksi lebih lanjut ditandai
dengan warna ujung-ujung lembaran insang menjadi pucat putih keabu-abuan
disamping bercak-bercak putih menjadi lebih jelas dan meluas. Perkembangan
infeksi selanjutnya menunjukkan sebagian besar lembaran-lembaran insang
mengalami nekrosis atau kematian sel-sel insang. Secara keseluruhan insang
mengalami kerusakan, terjadi penempelan diantara lembaran-lembaran insang,
geripis, dan akhirnya membusuk. Pendarahan (
⑨ ⑩ ⑩❶ ❷❸ ❹h
em
) juga terjadi di sekitar
pangkal dan ujung sirip serta permukaan tubuh lainnya, bahkan selanjutnya sirip
menjadi rapuh dan geripis. Sering juga ditemukan adanya kulit yang melepuh,
atau bahkan luka yang diikuti dengan infeksi sekunder oleh bakteri, jamur, dan
parasit (Perelberg
et
❷❺.,
2003; Taukhid
et al
., 2004; Hedrick
et al.,
2005). Gejala
klinis yang tampak pada ikan yang terinfeksi KHV dapat dilihat pada Gambar 5.
Ikan yang terserang penyakit KHV juga menunjukkan perubahan pada
organ-organ internalnya. Hati (
liver
) terlihat membengkak, terdapat bercak
bercak putih yang sebenarnya adalah nekrosis, tekstur lembek, pucat, terdapat
petechiae
, selanjutnya mengalami kerusakan. Ginjal membengkak dan terlihat
berwarna pucat. Studi yang dilakukan beberapa peneliti menunjukkan bahwa
20
hypoprotein, serta imunosupresif sehingga rentan terhadap infeksi patogen
sekunder (Hedrick
et
❻❼.
, 2000; Perelberg
et al.,
2003; Taukhid
et a
![MET. PENEL PGSD 8 [Compatibility Mode]](data:image/gif;base64,R0lGODlhAQABAIAAAP///wAAACH5BAEAAAAALAAAAAABAAEAAAICRAEAOw==)