Analisis Elektroforesis Enzim-enzim Kitilonik Dari Bakteri Termofilik Asal Manado

(1)

SKRIPSI

NALISIS ELEKTROFORESIS ENZIM-ENZM TINOLITK Dt

BAKTERI TERMOFILIK ASAL MANADO

Olch:

DIANA NUR AFIFAH F024980S8

2003

FKULTAS TEKNOLOGI PERTANIAN NSTITUT PERTAAN BOGOR

(2)

Diana Nr Afifah. F02498058. _{ANALISIS ELEKTROFORESIS ENZM-ENZM} KiTNOLlTK DAR! BAKTERI TERMOFLIK ASAL MANADO. Di bawab bimbingan Maggy T. Suhartono.

RINGKASAN

Produksi kitin diperkirakan IOID_101l ton setiap tahunnya sehingga proses degradasi kitin merupakao hal yang penting uotuk mencegah penimbunan karbon dan nitrogen secara global. Degradasi kitin dapat dilakukan olelt organisme kitinolitik dengao melibatkan enim kitinase. Orgauisme kitinotitik tennol saat ini Iebih banyak digunakan untuk aplikasi dalam industri. Kawaan hidrotenna� Topaso, -Manado merupakan salah satu tempat isolasi organisme tersebut. Mikroorganisme yang berhasil diisolasi dari kawasan iui diantaranya adalah Bacillus sp. 13.26 dan Bacillus Iichenfornris B-2.

Kebutuhan akan enim, tidak banya uotuk kepentingan industri oamun juga uotuk kepentmgan analisa dan riset. Untuk kepentingan riset diperlukan informasi misalnya mengenai berat molekul enim dan subunit penyusunnya yang dapat dketabui dengan aoalisis elektroforesis. Pemindahan pita protein basil elektroforesis ke membran dengan Western Blotf{Ilg beltujuan untuk memudabkan tabap lanjut tetentu seperti analisis sekuens asam amino dan menjaga ketabanan simpan protein.

Prinsip metode blotting adalah menlindahkan protein yang terpisab dari gel ke suatu membran. Pada membran ini, protein akan tetimobilisasi dan siap untuk dianalisa dengan berbagai tekllik. Jenis menbral yang digunakan mempengaruhi basil blotting. Protein memiliki muatan positif dan negatif maka membran yang tepat untuk Westen Blotting adalah membran PVDF (poliviniliden dluorida).

Konsentrasi protein mempengaruhi basil blotting. lila saat elektroforesis konsootrasi protein sangat kecil maka pada waktu blotting protein tidak akan terpndah ke membran dan akan sulit terdetek.. Dati hasil penelitian, konseotrasi protein kitinase Bacillus sp 13.26 yang dapat digunakan uotuk blotting adalah 0,0110 mg protein dalam 20

l

sampel.

Eletroforesis yang umum digunakan untuk ana lisa protein adalah SDS PAGE. Untuk meogidentiikasi protein dalam gel berdasarkan aktivitas bioloinya, sepeti aktivitas enim, receptor binding, antiboy binding, dan lain-lain memerlukan jenis elektroforesis native. Pita basil pemisahan dengan SOS-PAGE terlihat lebm banyak daipada pemisahan dellgan Electrophoresis Gel Native. Dari basl Electrophoresis Gel Native diketahui bahwa kitosanase Bacillus licheniformis

B-2 _{bersifat asam.}

Analisis imogram merupakall salah satu metode yang relatif cepat untuk menotukan pita protein aktif Berbeda dell gao blotting yang menumpu. membran i atas gel, maka imogram overlay mellumpuk gel di atas ge1. Pita yang mampu menderadai substrat pada gel akan membeotuk pita booing pada gel tersebut. Dari basil imogram overlay i diketahui bahwa eoim kitosanase Bacillus licheniformis

(3)

ANALISIS ELEKTROFORESIS ENZM-ENZM KITNOLITK DARI BAKTERI TERMOFLIK ASAL MANADO

Oleh:

DIANA NUR AFIFAH F02498058

,

SKRIPSI

Sebagai salah satu syarat uotuk memperoleh gelar SARJANA TEKNOLOGI PERTANIAN Pada JUlusan Teknologi Pangan dan i

Fakultas Teknologi Pertanian Institut Pertanian Bogor

203

FAKULTAS TEKNOWGI PERTANIAN NSTITUT PERTANIAN BOGOR

(4)

INSTITUT PERTANIAN BOGOR FAKULTAS TEKNOLOGI PERTANIAN

ANALISIS ELEKTROFORESIS ENZIM-ENZIM KITINOLITK DARI BAKTERI TERMOFlLlK ASAL MANADO

O_leh:

DIANA NUR AFlFAH F02498058

SKRIPSI

Sebagai salah satu syarat ulltuk memperoleh gelar SARJANA TEKNOLOGI PERTANIAN Pada Jurusan Teknologi Pangan dan Gii

Fakultas Teknologi Pertanian institut Peltanian Bogor

Dilahirkan pada tal1ggal 31 Jull 1980 Oi Semarang

Tanggal1ulus: 14 Januai 2003

(5)

"Tdaaz 6eyulur tpaa .az,

oraJ yaJ tfat tazu 6eterima tasiz

tpfa sesama manuas.

"

(flima)

"Menpelajari apa yang tidak bisa Anda lakukan jauh lebih penting daripada tahu tentang apa

yang bisa Anda lakukan."

(Lucille Ball)

(6)

WAYAT HDUP

Penulis dilahirkan di Semarang pada tanggal

31

Juli

1980

sebagai anak

kedua dari tiga bersaudara dari pasangan Sulaiman Kurdi dan Siti Markamah.

Pendidikan Sekolah Dasar ditempuh dari tabuo

1986

hingga

1992

di SDN Lamper

Kidul Semarang, kemudian melanjutkan Sekolah Menengah Pertafla di SPN

3

Semarang hingga tabuo

1995.

Pada tabuo

1998

penulis tamat dari SMUN

3

Semarang.

Penulis diterima sebagai mahasiswa [nstitut Pertanian Bogor pada tahuo

1998

nelalui jalur Undangan Seleksi Masuk

PS

(USMl) pada Jurusan Teknologi

Pangan dan Gizi, Fakultas Teknologi Pertanian. Penulis menyelesaikan Sarjana

(7)

KATA PENGANTAR

Puji syukur kepada Allah SWT atas terselesaikaollya penyusunan skripsi i. Penulis berbarap skripsi ini dapat benanfaat bagi ilmu pengetahuan terutama bidang mikrobioloi dan bionia.

Dalam kesempatan Ini penulis iogin mengucapkan terima kasih kepada banyak pihak yang sangat membantu, telUtama:

1. Bapak, lbu, Mas Ritki dan Pipin yang telah membelikan doa dan dorongan semangat selama menyelesaikan studt di fPB.

2. _{Prof Maggy Thenawidjaja Suhartono, PhD. selaku dosen pembimbing yang telah} memberikan bimbingan baik akademis roaupun non-akademis selama penelitian dan penulisan skipsi ini berlangsung.

3. _{Dr.Ir. Yadi Haryadi, MSc. se1aku dosen penguji, terima kasih atas masukan dan}

sararutya. ,

4. r. _{SutIisno Koswara, Msi. selaku dosen penguji, terima ka5ih atas masukan dan} sarallnya.

5. Proyek Korea dati BRC Yonsei Ullyversity yang telah membiayai penelitian i. 6. Wawan dan keluarga. Terima kasih atas perhatian dan doanya. husus untuk penulis selama kuliah di IPB.

(8)

12. _{Tenan-tenan PATRA ATLAS, kebersamaan selama} ml harus terus dijaga, paguyuban harus telUs betjalan.

Sipsi yang penulis buat i masih ballyak kekurangan, kritik dan saran sangat diharapkan. Senoga penelitian tentallg biotenologi akan terus berkenbang.

Bogor, lanuai 2003

Penulis

(9)

(10)

V. HAS.. DAN PEBAHASAN . . . ... . . . ... . . ... . . ... . . ... . .

28

A. KITINASE DARl Bacillus sp.

13.26 ... ... ... 28

1. _{Produksi Kitinase ...}.

2.

Modkasi Blotting Difusi Pasif ... .

. ... 28

. ... 30

B. KITOSANASE DARt acilhls Iichenformis

MB-2 ... 34

1. Produbi Kitos3n3se ... ... .

2.

Elektroforesis dan Zimogram Over1ay .. a. SOS-PAGE dan Zimogram 0\ erlay

... 34

. ... 35

... 35

h. Electrophoresis Gel Native dan Zimogra1l1 Overlay . . . ....

40

V.

KESMPULAN ....

. ... 52

A. KESMPULAN ... .

... 52

B.

SARAN ... ... .

. ... 52

DAFTARPUSTAKA . . .

53

, PAN ... ... ... . . ... 57

(11)

(12)

(13)

(14)

(15)

(16)

(17)

(18)

(19)

(20)

(21)

(22)

(23)

(24)

(25)

(26)

(27)

(28)

(29)

(30)

(31)

(32)

(33)

(34)

(35)

(36)

(37)

(38)

(39)

(40)

(41)

(42)

(43)

(44)

(45)

(46)

(47)

(48)

(49)

(50)

(51)

(52)

(53)

(54)

(55)

(56)

(57)

(58)

(59)

(60)

(61)

(62)

(63)

(64)

(65)

(66)

(67)

(68)

(69)

(70)

(71)

(72)

(73)

(74)

(75)

(76)

(77)

(78)

(79)

(80)

(81)

(82)

(83)

(84)

(85)

(86)

(87)

(88)

(89)

(90)

(91)

(92)

(93)

(94)

(95)

(96)

(97)

(98)

(99)

(100)

(101)

(102)

(103)

(104)

(105)

(106)