Kajian keragaman karakter eksternal dan DNA mikrosatelit sapi pesisir di Sumatera Barat

KAJIAN KERAGAMAN KARAKTER EKSTERNAL

DAN

DNA

MlKROSATELXT

SAP1 PESISlR

DI

SUMATERA

BARAT

SEKOLAH

PASCASARJANA

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

BOGOR

PERNYATAAN

MENGENAI

DISERTASI

DAN

SUMBER NFORMASI

Dengan ini saya rnenyatakan bahwa disertasi Kajian Keragaman Karakter Ekstmd dan DNA Mikrosatelit Sapi Pesisu di Sumatera Bsn?it addah karya

saya sendin dm belum diajukau ddam bentuk apa pun kepada perguruan mggi

mana

pun. Sumber informasi yang b e n d atau dikutip dari karya yang

diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan ddam

ABSTRAK

SARBAINI, Kajian Keragaman Kmkter EIrstemal dan DNA Mikrosatelit Sapi Pesisir di Surnatera Barat. hbimbing oleh HARIMURTI MARTOJO,

RONNY RACHMAN

NOOR,

CECE SUMANTRI, dan

DEDY

DURYADl SOLIHIN.

Tujuan penelitian hi adalah untuk ( I ) rnempelajari keragaman

ukuran-

t u b a warm

dan

pola warna bulu tubuh, (2) memperoleh dolabase

beberapa karakter kuantitati f bobot tubuh dan ukuran-ukuran tubuh, (3) mempelajari kekerabatan d m kmgaman genetik antar subpopulasi sapi Pesisir

di Surnatera Barat berdasarkan polirnorfisme enam lokus DNA mikrosatelit. Penelitian lapangan untuk memperoleh data karakter kuantitatif dan hatitatif dilakukan di tiga kabupaten Sumatera Barat dwi bulan Feb- sampai Juli 2002. Peneli tian laboratorium ditujukan untuk rnempelajari keragaman DNA mikrosatelit menggunakan enam primer: ETH225, ETH3, INRA03 7, ILSTSOOB,

BM2113, dart E L 9 dilakukan di Laboratonurn Biologi Molekuler Pusat Studi Ilmu Hayati, IPB dari bulan Agustus 2002 sampai Desernber 2003.

Data dcummkuran dan bobot tubuh dianalisis rnenggunakan sbtistik diskriptif, analisis fungsi disk%ninan dan analisis korelasi kanonik. Data diolah menggunakan p r o p 1 SAS v m i 6.12, Minitab versi 13, dm Exel. Data warm buIu tub& diolah secant diskriptif ddam bentuk p n t a s e . Data ale1 mikrosatelit yang dihasilkan old ke enam lokus mikrosatelit diolah dalam

bentuk jumlah dan sebaran alel, fiekuensi gen,

dan

heterozigositas.

Dari analisis diskriminan diperoleh prosmtase kesesuaian dari inidividu sampel yang diukur pa& masing-masing subpopulasi secara berturut-turut adalah 86.36% untuk subpopulasi Pesisir Selatan, 70.27% untuk subpopulasi Padang Pariaman dan 39.69% untuk subpopulasi Agam. Dari andllisa korelasi kanonik diperoleh

ukuran

tubuh dengan d a i kanonik tinggi: 0.68 untuk tin@

pundak, 0.65 untuk tinggi pinggul, 0.52 untuk Iebar kepalq dan 0.54 untuk

panjang kepala.

Hasil

penelitian

ini

mmunjukkan bahwa warna bulu tubuh sapi Pesisir di Surnatera Barat secara umum termasuk pola warna lunggal. Sapi Pesisir

ini

memilih lima macam warna bdu tub& yaitu: putih, kunit~g wklat, merah bata dan hitam dengan warna daminan memh bat&

Hasil PCR dari ke enam lakus mikrosatelit menwjukkan mtaan jumlah alel yang dihasilkan oleh ke enam l o h mikrosateiit addah 9.6 dan I I ale1

dengan rataan heterozigositgs 0.85731iO.00014 dm 0.873&0.00012 berturut- turut untuk subpopulasi Pesisir S e l m dan Padang Pariaman.

Hasil pene2itian rnmunjukkau bahwa sapi Pesisir mbpopdasi Pesisir Selatm dm Agam memiliki h u b m p kekerabatm lebih dekat dibanding dmgm subpopuiasi Padmg Pariman. Tinggi pundalq tinggi phggul, l&ar Icepala dan psnjang kepala dapat digunakan untuk membedakan antar subpopulasi sapi Pesisir

di

Sumatera Barat. Sapi Pesisir di Sumatera Barat temyata memililu tingkat kemgaman ukum-ukuran tubuh dm DNA mikrosatelit yang tin=

sehingga sangat berpaan sehaga~ sumber plasma nutfah bagi pemdiaan sapi

ABSTRACT

SARBAINI. The Study of Extemd Chracters and Mjcrosatellite DNA Variation of Pesisir Cattle in West Sumataa. Supervised by HARIMURTI MARTOJO, WNNY RACHMAN NOOR,

CECE

SUMANTFU, and

DEDY

DURYADI

SOLIHIN.

The objectives of this study were ( I ) to study the variability of body size, colour and colour coat pattmq (2) to generate the abt~base of the body weight and body sizes, and (3) to study the relationship and grouping among Pesisir

Sdatan, Padaog Pariaman and Agam subpopulation.

The

study was also to

describe the genetic variability between Pesisir Selatan and Agam subpopulations

of Pesisir cattle in West Sumatera based on the pohorphism of six DNA microsatellites loci.

Quantitative and qualitative data of the cattle were collaed at Pesisir

Selsrtan, Padmg Pariaman and Agam di-cts. In addition, b l d samples were

collected h m Pesisir Selatan and Padang Pariaman districts of W s t Sumatera

provinces. The whole data were collected during February to July 2002. The six DNA microsatelIites foci polymorphism was analyzed at the Molecular Biology Labomtory of the Biological Study Center, Bogor Agricultural University from August to December 2003.

Body measurements and M y weight data were analized using the

disgiptive statistics, dimimhmt function analysis, and canonical correlation

Coat colour data were malized using disgiptive statistics. Microsatellites alleles

data within and among the six Ioci were presented according to alleles number,

distribution, frequencies, and heterozigosities.

Dischimmt function anaIysis showed that the similarities among the three

subpopulations were 86.36% 70.27%, and 39.69% for Pesisir SeIatan, Padang Pariaman aod Agam subpopulations respectively. C a n o n - wrrelation analysis indicated that body weight, withers heigth, hip heigth, head width, and head length has the higher total csnonic simdme among the body measurements. The result also showed that West S u m h a Pesisir attie showed a solid coat wlour

pattern with five &bate colour, and dominated by red sand.

The PCR analysis showed that the average number of allele of the six

microsatellite loci were 9.6 and 1 1, and the heteroigosity average were 0.8573 1

0.00014 and 0.8738 =k 0.001312 for Pesisir Selatan and Padang Pariaman

subpopuIation r e v e l y .

The body rn-ernemts of

West

Sumatera Pesisir cattle showed a high

variability.

The

study also indimted that Pesisir Selatan and Agam subpopulations showed a closer retationship than with the Padang Pariaman subpopulation. Witbers height, hrp height, head width, and herad length can be used to

differentiate the West Sumatera Pkisir cattle subpopulations.

IKAJIAN KERAGAMAN KARAKTER EKSTERNAL

DAN DNA MIKROSATELIT SAP1 PESISIR

DI

SUMATERA

BARAT

Disertas

i

sebagai

sahh satu syarat

untuk

memperoleh

gelar

Doktor

pada

Program

Studi

h u

Ternak

SEKOLAH

PASCASARJANA

LNSTITUT PERTANIAN BOGOR

BOGOR

O

Hak cipta

milik

Sarbaini,

tahun

2004

Hak

cipta

dilindungi

Judul Disertasi

:

Kajian

Keragarnan

Karakter

Eksternal

dm

DNA

Mikrosatelit Sapi Pesisir di Sumatera

Barat

Nama

:

Sarbaini

NTM

: 995170

Disetujui

Komisi Pembimbing

Anggota

Anggota

Dr. b. Dedv Durvadi Solihin. DEA

Anggota

Ketus Program Studi lmu Ternak Dekan Sekolah Pamsarjana

Dr.

Ir. Nahrowi, MSc. Prof Drl Ir. SyaEda Manuwoto, MSc.

Penulis dilahirkan di Muara Kiawai, Pasaman, Sumatera Barat pada

tanggal 0 1 Januari 1956. Pendis merupakan anak tertua dari tujuh bersaudara dari pasangan ayah Abbas

Dt.

Kando (alm) dm ibu Delima (ah).

Penulis menyelesaikan pendidikan dasar di Sekolah Dasar Negeri

No.

12

Kotamadya Padang p d a tahun 1 %9, pendidikan menagah pertama di SMP

Negeri III Kotamadya Padang pada tahun 1972, dm sekolah menengah atas di

SMA Negeri Simpang Empat Pasaman pada tahun 1975. Pada tahun 1977

penulis di terima di Fakultas Peternakan Univasitas Andalas dan memperoleh

gelar Sarjana

(Ir)

pada tahun 1983. Pada tahun 1986 penulis rnengrkuti pendidikm pascasajma di Institute of Anunal Science, University of the

Philippines at L a Banes dm memperoleh gelar Master of Science pada tahun

1988.

Sejstk tahun 1984 penulis diterima bekerja sebagai dosen pada Fakultas Peternakan Universitas Andalas Padang, dan tditung semmjak tahun 1999

penulis mengrkuti program Doktor pada Program Studi Ilmu Tern& - Sekolah

Pasmmjtmrl

lnstiM

Pertanian Bogor.

P m - t a m a penulis memanjatkan puji dan kehadirzd Allah SWT

aas segala &at dm kamniaNya selungga penelitian dan karya ilmiah ini dis.elw&m, seiring den- ihr p u l i s mempemmbahkan dawat dan

d a m kepada m a h Nabi besar Muhammad SAW. Tema yang dipilih dalarn penelitian yang dilaksmakan sejak bulan Februari 2002 m p a i Dcxmber 2003

ini ialah kmgaman genetik, dengan judul Kajian Keragaman Karakter Ekstemal

dan DNA MjkmWelit Sapi Pesisir di Sumatera Barat.

Terima kasrh disampaikan kepada Bapak Rektor Universitas Andalas dan

Bapak Dekan Fakultas P e Universitas Andalas yang telah memberikan izin tugas belajar kepada penulis. Terima kasih dan penghargaan yang sebesar-

baamya penulis sampsukan kepada Bapak Prof

Dr.

H Harimurti Martojo, MSc, sebagai ketua komisi pembirnbing, Bapak Dr. Ir. Ronny Ractunan Noor,

MRwSc, Dr.

Ir.

Dedy w a d i Sollhin, DEq dan

Dr.

h. C e ~ e Sumaniri,

MAgrSc selaku anggota kornisi pembirnbing. Ungkapan terima kasih ini juga

penulis sampakan k@a Bapak G u h u r Kepala Damah Tingkat I Prophi Sumatera Barat, Bqak Bupati Repala Daerah Tingkat I1 Kabupaten Pesisir Selatan, Bapak Bupati Kepala Daerah Tin@ I1 Kabupaten Padang Pariaman,

Bapak Bupati Kepala Daerab Tingkat I1 Kabupaten Agam yang telah memb%rlkan kin pmelitian pada penulis di daeaah ini. Kemudian u a p terima

kasih ini juga penulis sarnpailcau kepada Bapak Kepala Dinas Pertanian /

Kafllbdin Petanakan Kab- Pesisir Selztan, Bapdc Kepda Dinas Peternakan Kabupaten Padang Pariaman, Bapak Kepala Dinas Petemakau dm

P e r I k m Kabupaten Agam beserta petugas lapangannya yang tdah banyak membantu penulis dalam peIaksanaan penelitian ini. Terima kasih juga disampdm kepada Bapak Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi, Bapak Ketua Yayasan Supersemar, dan Bapak Direhr PT. Semen Padang yang telah memberikao b e a h a dm bantuan biaya pelitiau kepada penulis. Terima kasih kepada Bapak Dr. Ronny Racfunan Noor, MRurSc yang telah m e m b d a n

bantuan biaya weiitian den- mengikut serhkan penulis sebaga anggota

w a d i Solihin DEA yang telab memberkan izin pmakaian hilitas Laboratorium yang seluas-luasnya kepada penulis.

Terima kasih ini juga penulis sampaikan kepada Bapak Rektor, Bapak

k k a n Fakultas Petemakan, buk D e b dan Bapak Ketua Program Studi llmu

Ternak Sekolah Pascasajma hstitut P d a n Bogor beserta seluruh jajarannya yang tdah membdan kesempatao kepada penulis untuk mmejkuti program Doktoral pada sekolah Pascasajana Institut Patanian Bogor beserta pelayanan selarna studi penulis. Ucapan terima kasih ini jugp penulis sampadm kepada para Dosen yang telah banyak rnembaikan bekal i h u yang sangat baarti daIam

memperluas wawasan keihuan baik =lam maupun setelah stud peuulis.

Beairing dengan, ini pmulis mendoakan kepada Allah 5.w.t semoga Allah mengampuni segala dosa d m mengasihi ke dua ahmhum orang tua p u l i s . Penulis mengucapkan terima kasih sebesar-besamya kepada istriku dr. Zdfatni,

kedua putraku Andre Eka P u n Muhammad Iqbal, dm putriku Nitari Rahmi Putn atas dedi kasinya selama penulis menjalani pendidikan. Terakhir, tterima

kasih kepada semua pihak yang tidak dapat disebutkan satu persatu yang telah banyak membantu sehingga penelitian dan karya ilmiah

ini

dapat diselesaikan.

Penulis bdarap semoga karya ilmiah ini bermanfaat terutama bagi penulis

serta para pernbaca sekalian.

Bogor, member 2 004

DAFTAR

IS1

[image:11.582.90.476.86.725.2]

Halaman

...

DAFTAR TABEL xi

...

TiNJAUAN PUSTAKA 4

...

Peran t dsapi lokal di Indonesia

...

Kean&amgamm genet& temak

...

Pelestarian sw-berdaya genetlk tmak

...

Sumberdaya genetik temak lokal Indonesia

...

Sapi Pesisir

di

Sumatera Barat

Karakteaekstd

...

...

Karakter kuantitatif

...

Kmkter kualitatif

Gen yang mempmgmhi warna bulu pada sapi dan sifat

pewarisannya

...

...

Penanda gmetik

...

DNA

Wosatelit

...

Penggunaan DNA mkosatelit

...

. BAHAN

DAN

M O D E 23

. .

...

Penehban Lapangan ;

...

Tempt dan Waktu Penelitian

...

Bahan dm dat

...

Metode penelitian

Ansrisis data

...

...

Pen- Lahmtorium

...

Tempat dan walrtu pmelitian

...

Bahan

dm metoda

...

Metoda penelitian

AnaIisis data

...

HASIL DAN PEMBAHASAN ... 36 Kmakteaistik ukuran-ukuran tub& sapi Pesisir

...

diSumatmaBarat 36

...

Pengelolnpokan sapi Pesisir Sumatem Barat 48

Tampilan alelik lokus mikrosatelit pada sapi Pesisir

...

di Sumatera Barat 57

Prof11 alel-ale1 lokus DNA mikrosatdit terhadap bobot badan

sapi Pesisir di Sumatera Barat ... 72

...

SIMPULAN DAN SARAN 75

...

DAE"TAR

TABEL

Halaman

~ataan dm simpan- b a h bobot hidup, tingg pundak, panjang badan dm lingkar dada sapi Pesisir Selatan menurut umur dan jenis

k e b i n .

...~

Karakterishk l o b rnikrosatelit yang digunakan untuk mempelajari

...

k

-

genetik sapi Pesisir Sumatera B m t

...

b t a n dm bahan pewarna perak (silver staining) Rataan, simpangan bakq koefkiea variasi, dm basil uji-t

&mn-ukuran tubuh sapi Pesisir Sumatera Barat untuk kelamin jantan

Maan, simpangan bakq koefisim v u , dan

hasil

uji-t

ukm-ukuran tub& sapi fesisir Sumatera Barat untuk kclamin betina Perbandingan tam- ra&an bbot Man (kg) sapi Pesisir

...

Sumatera B m t dengan sapi iokal Indonesia lainnya

Perbandingan tampilan rataan bobot badan (kg) sapi Pesisir

...

di Sumatera Bsrat dagan bebentpa bangst sapi kecil dunis

Pmgelompokan sapi Pesisir di Slrmatera Barat m m w t subpopuhi

...

berdasarkm analisis fungsi diskriminan

...

Jar& antar subpopulasi sapi Fakir

di

Sumatera Barat Struktur total kanoniJc ukuran-ukuran tub& sapi Pesisir

di Sumatera Barat

...

...

Sebaran warna bulu pada sapi Pesisir Sumatera Barat

Judah ale1 yang ddmilkan &iap lokus mikrosatelit pada sapi Pesisir di Swnatera

Barat

...

Jlrmlah d m tzbmul ald khas yang &asilkan Jnasing-&g

...

lokus mikrosatelit pada sapi Pesisir di Sumatera Barat

P d d i n & a n bebeqm hid peneditiau j m h h lokus dm-ald prmla

...

...

berbagai hewan temak

;.

Sebaran genotipe

d

mwhpmasing lokus hsatelit pada populasi sap1 Pesisir Sumatera Barat

...

Kisam fdcuemi alel per l o b dmsatelit pada sapi Psisir

...

di Sumaten Barat

Mlai hdemzigositas dan ~ ~

baku

W g - m a s i n g g m lokw pada

ke dua subpopulasi sapi Pesisir di Sumatera Barat

...

Profl del khas loblokus &OSafelit tdadap b o b badan

DAFTAR

GAMBAR

Cmtoh warm bulu terang pa& sapi Pesisir di Sumatera Barat (a) warma putih, (b)warna pilo, (c) warna kuning mud% (dl warm

kunillg ...

Contoh wama bulu gelap pada sap] Pesisir di Sumatera Barat (a) wama coklat, (b) wama maah

W

(c) warm kehitaman,

dan (d) warna hitam

...

Sebaran ale1 lokw INRA37 &a sapi Pesisir di Sumatera Barat

...

(a) 1ok-u~ HEL9, (b) lohs LSTS006

Perbandingan pengelompokan genotip enam lokus mikrosatelit pada

...

sapi Pesisir di Sumatera Barat

Distribusi frekuensi ale1 lokus BM2 1 13 pa& ke dua mbpopulasi sapi

...

Pesisir di Sumatera Barat

Distribusi hkuensi ale1 lokus ETH225 pada ke dua subpopulasi sapi

...

Pesisir di Sumatera Bar&

Dihbusi frekuensi del lokus ILSTS006 pa& ke dua subpopuhi

...

sapi Pesisir di Sumatm Barat

Distribusi fekuensi del lokus HEL9 pada ke rlua subpopulasi sapi

...

Pesisir di Sumatera B m t

Distribusi frekumi ale1 lokus ETH3 pada ke dua subpopulasi sapi

...

Pesisir di Sumatm Barat

DAFTAR LAMPIRAN

...

Peta lokasi penelitian di Sumataa Barat

Jumlah dan s e b m sunpet temak sapi Pesisir Sumatem B m t menurut subpopuIasi, jenis kefamin dan ttngkat umur

...

...

Komposisi Wan p m d s i p d a isolasi DNA sampel darah

Macam dm

ukuran

a14 genotipe l o b ETH225 pada

...

sapi Pesisir Sumatera Barat

Macam dan

ukuran

alel, geaotipe l o b HEL9 p d a

sapi Pesisir Sumatera Barat

...

Macam

dan ukuran

alel gmotipe l o b N U 0 3 7 @a

...

sapi Pesisir Sumatera Barat

dm

&wan aid, genotipe I o b

ETH3

pada

...

sapi Pesisir Sumatera Barat

Macam dao

ukuran

alel, genotipe lokus ILSTS006 pada

...

sapi Pesisir Sumatera Barat

W dan

ukuran

dd, gmotipe l o b BM2113 pada

Indonesia dikenal sebagai salah satu negara yang memililri kemekaragaman hayati yang sangat kaya. Salah satu dari kekayaan itu adalah kean- hewan temak, termasuk sapi. Indonesia r n e d dua bangsa

tern& sapi lokal yang telah dikenal luas

d m

telah teridentibi den- baik,

ydm sapi Bdi dm sapi Madura yang sampai saat ini tetap dijaga kemumiannya. Sumatera Barat merniliki whyah duas &tar 42,229.64

h2

dengan

j d a b p d u d u k pada tabm 1998 sebanyak 4.47 juta jiwa. Wdayah propinsi Sumatera Barat sebahagian besar b d a di

drserah

dataran tinggi bukit barisan,

hanya s e w a n k d yang bemda

di

daerab

datamn mdaWpesisir. Populasi

ternak sapi potong d a d ini pada tahun 2001 tercatat s e h y a k 501 356 ekor (BPS Sumatera Barat, 2001). P o p M

hi

W dari brmgdxmgsa sapi

lakal

seperzi: sapi Bsli, peranakan Ongole

dan

had persrlangmya; berbagai mgam

htlsil

@ m g m bmgsa s q i impor seperti S h m n t d , Charohis dengan sapi

lokal; serta sapi lokaI ymg dikenal dengan sap1 Pesisir.

Sapi Pesisir atau biasa disebut m a q m h t sebagai banriang mtuih atau

jawi mtuih ditemukan di Kabupaten Pesisir Selatan (Saladin, 1983) memegang

peranan pemting nalrmr pen-

temak

potwg e - h a n , dan fi-akhir ini

sangat populer sebagai m a k q d a n hilri raya Idul Adha. Populasi sapi di

Wupkm PesiSir !&htat~ ptada tahm 2001 tercatat sejmnkh % 443 &or (BPS-

Sumatem Barat, 2001). h m p i r semu dari populasi

ini

d a h h sapi Iokal (sapi

Pesisir), sebagm kecil h t p terdiri dari sap1 Bah, had

LB

Bali, dan hasil IB Simmentd. Sapi Pesisir

ini

menrpakan kmik piaraan masyarakat yang menyebar seam merata di Kabupaten Pesisir Sel- S e h g m besar masyrtrakat pemilik t d ini memeldma ternaknya dengan membiarkan sapi

m e d m lepas siang dm mmrlam tanpa atau dengan -t sekali tan-

pmiliknya.

Di masa mendataug keberadaan dan kualitas genetik sapi Pesisir ini d i k h a w a t i r k a n ~ d a l a m m a m a n o l e h ~ h d s e p e a t i : ~ a p e r a n

temak sapi sebaw t d keja ke mesin-mesin percanian sehingga masyarakat

w y a sumber daya g e n d

tert>aik

&'bat dari meningkatqa kebuhbm konsumsi daging masyarakat dari satu sisi dm kebuhlhan uang segar oleh

m a ~ y p e t d w di sisi Iain; serta program inseminasi buatan yang kurang

terencana dan terkontrol dengan M k .

Mempeatabmkan mkr daya temak lokal penting artinya untuk

rnencapai keamanan pangan berkelanjutan bagi jutaan urnat manusia N a r n

upaya mehdungi sumber daya g e n d ternak lokal ini, F A 0 sebagai badan

Perserikatan Bangsa Bangsa mendirikan FA0 Global Strategv for the

Management of Farm Antm1 Genetic Resources unluk membantu pengatman

pernanfaatan dm konsmasi keanekaragaman genetik ternak lokal negara-negara

anggotanya

(GTZ,

200 1 ).

Sampai saat ini, tarnpilan luar (morfologi) masih umum digunakan para

peneliti dan praktisi petmakm d a b rnengidenti&asi, mmgkaak&isasi dm

seleksi hewan-hewan ternak untuk dikembangbiakkan. Pengamatan terhadzp

tampilau luar a u a h cara paling mudah mtuk ddakukan, namun pmampilan morfologi ini banyak dipen@ oleh faktor lingkungan ddam seperli: umur

dan jenis kelamin, maupun lingkungan I u r s e p d ketersediaan pakan dan iklim. Batasan-batasan ini menjadikan pengamatan terhadap tampilan morfologi ini membutuhkan waktu lebih lama dan biaya ymg banyak

Perkembangan ilmu p e n m u a n dm telmologi biofogi molekuler akhir- akhir ini, khu-ya terhadap materi kimia gmetik

(asam

nddeat;

DNA

dm RNA), t h d o g i PCR dan e l e k o f m i s telah menghasikan penemuan berbagai

rangkaim mat& geneeik d a g a ~ penanda genetik (genetic marker) untuk $if&- sifat e k m m i yang memililci nilai &momi tinggi, sifat-sifat morfologi, penyakit, asal-wad dan kekembatm fllatu individu atau bangsa ternak tertentu.

Satu diantara babagai penanda molekuier pding popula saar ini untuk

berbagai keperiuan mdai dari identifikasi sampai pada peaanda karakter kuantitatif pada hewan ternak adalah penanda milasosatelit. Penanda ini sangat

memenuhi sebagai p a n d a rnolekuler karena jdahnya banyak dan menyebar diseluruh genom sebagaimana dikemukakan o1eh Gmrges ei a/.

sekqg materi yang cocok mtuk meudeteksi pautan diantara pmtnda dan gen- gen ymg mengontrol si

fat-sifat

produksi, penyalut, atau sifat-si fat morfologi.

S&ubmpn dengan sapi Pesisir Q Sumatma Barat rnerupakan salah satu sumber daya genetik tan& atau kekaym keanekaragaman hayati lokal hion&, maka adalah kewajiban kita bersama untuk memeJihara kehgsmgm

keberadaamya. Sebagai langkah awal dan upaya ini, maka dilakukan suatu

p e i i t h iden- dan karakterisasi pada tampilan luar (morfologi) untuk kedua sifht kuantitatif

d m

kualitaW7, serta secara molekuler menggunakan enam

penan&

DNA

mkosatelit

Tujuan Penditian

Peuelitian ini

dilakukan

pada sapi Pesisir

di

Sumatera Barat untuk:

1. Mrmpelajari keragaman s@ halit& warm

dao

pola warm bulu 2. Mernpehjar! keragaman u k u r a n - a tubuh dm bobot tubuh. 3. M e a n ~ l e h cda~abrrse karakter kuantitaMdan Mitatif

4. Mmenmkm u k u r a n - m tubuh yang dapat rnenckhn sapi Pesisir

5. Mempelajari kemgmm behapa lokus DNA mikrosatelit

Kegunaan Penelitian

Hasilpielitmini~kmdapatdigmakmImtuk:.

1. Fedoman

dalam

mengevaluasi s u m k daya gebletik sapi Pesisir di Sumatem Barn

2. Pedoman dalam menen- kebijsrkan penyelamatan dm perbaikan mutu

g m d c sapi Pesisir di Sumatesa Barat

3. M e n U penehtian selaujutnya dalam upaya mendapatkan penanda DNA

mikrosxtelit

untuk

sifat-sifat kuantitatif sapi Pesisir

4. M m p r h y a kbasanah ilmu pengehhuau genetika molekuler tentang

TINJAUAN

PUSTAKA

Peran Ternik Lokal di Indonesia

Sampai dengan PELITA VI, peternakan *at masih menjadi tulang pmggung pembangunan p e t e i z i tenrtama untuk sapi potong, kerbau,

kambing, ayam buras dan itik. Sedangkan ayarn ras dan babi ras telah

diupayakan secara kornersial dengan skala b. Sapi pesah walaupun telah

dikdola secara komersial t q ' mayoritas kepemilikannya masih berada d~ tangan pet& kecil. Usaha petanakan rakyat dicirikan dengan skala kepemilikan ternak yang relatif k k l dan dikeIola secara tradisional sttau semi intend, namun

I>erpaan

cukup penting dalam pembangunan m a n , dimana

pada tahun 200 1 subsektor ini menyunbang sekitar 1 1 % pada sektor pertanian clan 1,9% pada

@uk

domestik bmto (PDB) nasional (Utoyo, 2002).

Keanekazmgaman Genetik Ternak

Di negamnegaa sedang berkmbang, hewan temak merupakan bagian dari agro-ecosystem, menyedidan pugan, serat, pup& dm bahan bakar gas.

Hewan temak ini menyediakan 60 persen tenaga tarik bag masyardat pedesaan dunia dau dapat berperan sebagaa jaminan keamanan pangan bagi petam jika

maman pangan

m d m

magdam kegagah (FAO, 2001).

Selmjutnya FA0 (2001) magmukakm bahwa berbagai bangsa hewan

ternak yang telah kdccmbang dab berbag;u sistem dan lingkungiu yang ada

saat ini tel& rnenghasilb berbaga kombinasi gen yang unik. Gen-gen ini

tidak h y a meflmtdm hahtas sifat produksi dari masing-masing bangsa,

twi juga teddap k m u a n adaptasinya pada kondisi Iokal temasuk makman, keteasediaan air, iklim

dm

hama p y a k i t .

Ke;anekaragaman geslehk d t n y a me* empat manfiat (FAGAGAS, I%), yaitu: (1) ketmimjutan dan pmingkatm produksi pangan, (2) medcsimumkan pduktivitas Iahan dan sumberdaya pertanian, (3)

penman p d a n berkelanjutan mtuk memhikan kewtungan masa kini

Ketmediaau k e a n e k m m gendk

ternrtk,

termasuk sapi akan mempengah

keberhasilan sbategi pemdiaan untuk masa ymg akan datang.

Pelstarian Sum ber Daya Genetik Ternrmk

K q m m gene& di ddam spesies tern& dan beberapa kerabat liarnya telah menjadi sumber keragaman

drtlam

rumpun dan popdasi ternak.

Keragaman genetik ini penting dalam pembentukan rumpun tmak rnodm dm

&an terus berlanjut untuk masa mendatang. P m h y a keragaman plasma nutfah temak tidak akan dapat diganti meskipun dengan kemajuan biotekmlogi, paling

ti& sampai satit ini (Subandriyo & Setiadi, 2003).

Negara-negara sedang berkembang pada umumnya berada @a ikfim

dmgan p h tern- yang e k s h a n m rnusim panas dan hujan. Pada kondisi sepesti ini akm terbentuk m p u n ternak yang beradaptasi disebut dengan unirnpmed breed. Wahpun produktivitasnya rendah apabils dibandingkan dengan rumpun yang tadapat di wilayab tempemte, rumpun

tam& ini daya tahan tehdap be&aga~

macam

pyakit; tahan

terhadap flukmsi k e t d i a a n

dm

mutu pakan dm air, t h a n terhadap

perubahan tempatw, kelernbaban dan p@

iklim

&trim Iainnya Rumpun

teuak

ini juga beradaptasi terhadap pemeIiharaan yang kurang baik sehingga

d

nilai yang sangat bechar@ lmtuk m%ngmiisipasi be&aga~ p a b a l m

dam

dm lingkugan di wakfu yaag d m datang (GTZ, 2001).

Desrgan demikian, pelestarian t d a @ sumbetdayit genetik ternrtk lokal sebagai man dari k o m p m keanekaragaman hayati adalah penting untuk ntanenuhi kebutuh p g a n , patmian dm peakembangao mid masyarakat di

masa yang akan &tang. Ada beberapa alasan untuk ini, antam lain: ( I ) lebih dmi

60 dari bomgsa-hugs hewan ternak di dunia M a di negara-negara sedang bdembang, ( 2 ) k o m a s i bangsa temak lokai tidak menarik bagi

petani, (3)

semra

mum tidak program monitoring yang sistematis dan tidak tersedianya info& diskriptif dasar sebagm besar sumber daya genetik hewan

temak, serta (4) &kit sekali bangsa-berngsa hewan ternak asli yang telah

Pelestarian sumber daya gmetik tern& pada dasamya dapat dilakukan Aah satu atau gabungan dari: ( I ) rnempmtahankan populasi ternalc hidup baik

d&m bentuk in-situ mupun a-siltr pada satu tempat tatentu, (2) payimpanan

klcu ( c w g e n i c ) plasma g d i s dalarn h t u k haploid maupun diploid (&am& dan embrio),

dan

(3) penyimpanan dalam b t u k DNA Dalam beberapa ha], mempertahankan populasi merupakan metode pdestarian yang kbih pmktis. Pel&an pada temak hidup mempunyai bebempa keuntmgan antara lain: bangsa-hgsa temak yang dilestarikan secara bertahap dapat rn-n terhadap

perubahaa pgaruh ekstanal dan m e m u n m dilakukan d u a s i kinerjanya. Pada peIestarian populasi ternak hidup yang teTisoiir dengan populasi terbatas,

prlu diupayakan agar tidak terjadi biak dalam (inbreeding) dm penghmyutan genetik secara a d (random genetic dn;fr) (Diwyanto & Setiadi (1997).

Sambcr k y a Geaeti k T e m k hka1 Indoneia

Sumber daya g a d hewan (anjmal geneiic resources) addah populasi

pda maPing-masing spesies yang secm genetik unk, krbentuk dalam proses

d o m e yaug digmakern untuk produksi pangan dan pertanian termafllk k

- dekaJt populasi W u t yang masih liar.

Ishlab

ini j u g digunakan

mhdq mua spesies dm bangsa-haugsa hewan yang mernpunyai nilai e k m ilmu pengetahuan, dan susial budaya lmtuk

m,

atau mempunyai kepentingan untuk masa depan (FAO-AAAS, 1994).

Sumbdaya genetik hewan merupakzm building block bqg pertanian dan

pengembangan rtuietas dan bangsa hewm ternak untuk mass yang &an datang.

Melimpahtrya kern-an bmgsa hewan k m k asli ymg bmdqtasi secara

lokd menyelamadm petani dalam mengbdapi iklirn yang sulit dm wilayah

majhl. S u m b d q a geneiik low dapat dimanfaatkan den= input minimum d m memegang pexanan penthg dslam budaya mitsyarakat pedesaan (FAO,

2001; GTZ, 2001).

Sumberdaya tmak sapi di Indonesia saat ini terdiri dari tiga kelompok,

y a b : (1) ternmrk asli, (2) tern& impor, dan (3) yang telab kadaptasi. Sehub- pembngnYa d a i konservasi psda kelompok hewan tmak ini,

(Utoyo, 2002). Beberap dimtara sumberdqa tam& sapi iemebut adaiah: =pi Aceh, Bali, turunan Ongole, Sumba Ongole, Madura, Jawa, Pesisir, dm Grati. Selanjutnya Utoyo (2002) menjelaskan babwa k a d a m g m m sapi d i Indonesia terbentuk dari sumbdaya genetik asli dan impor. Imporhsi Bos indims Ongole India telah dimulai pada awal abad ke 20

dan

kemudiaa bangsa sapi ini

memegang peranan penting dalarn program pengembangan petemdm di

Indonesia Sapi Ongole murni pertama dibawa ke pulau Sumh yang kemudiaa disebut sebagai Sumba Ongole, kemudian sapi ini dibawa ke tempat-tempat lain untuk disilangkan dengan sapi ash lawa dm membentuk Pesanakan Ongde (Ongoleaoss) dm sap1 Madura.

Sapi Pesisir di Sumatem b r a t

Di Sumatera Barat, tenrtama di Kabupatea Pesisir Selatan t a d a p t q i

lokal yaag disebut masymkat sebagai sapi Pesisir.

Menurut Schlegel dan MulIer (1 5 10) yang diacu dalam Merkens (1 926)

magemukakm b b a di ptmtai h a t daya Sumatera yakni di Padang dan

daman tinggi sekitamya terdapat sapi dengan pampilan yang berbeda dari sapi

yang

a h

di pula J a m Stlpi-sapi tersebut jaub l&ih

k d

dm

pendeli

badannya, kaki-kabylt lebih Tarnping, dan keseluruhau bangun tubuhnya tam@ lebih

indah

dlhmdmg sapi di Jawa Sapi jantannytr jarang memilild punuk yang sebenamya (berpmuk kecil). Baik yang jantan rnaupun yaug betiaa berwama kuning kernmaban, kwxlali di s d d a pantat dm bagan hwah U m y a

biwmya bmmm l&ih muda

dm

keputh-putihan. Kemudian

teurink

(1 923)

muda Tinggi pundak pa& yang jantan mtara 1 - 1.26 m (ratg-rata 1.15 m), dan

pada yang betina sekitar 1.05 m.

D i k e m d d m oleh Saladin (1983) bahwa sap! Pesisir di Sumatera Barat

biasa juga disebut den* jawi ratuih atau banfiang mrerih, disebut dermkian

karma sapi ini dapat melahidan anak setiap tahmya atau mungkm juga

disebabkan deh karma tubuhnya yang relatif paling k e d diantara temak sapi

lokal lainnya (Minang: jawi = bantiang = sapi; rafziih = kd-kecil dan banyak). Sapi ini diduga merupakan sisa sapi asli yang terdapat di Kabupaten Pesisir Selatan, Propinsi Sumatera Barat.

Selanjutnya, Saladidin (1983) melqorkan satu penelitian pada t 563 &or

ternak sapi Pesisir yang berasal dari tiga kecamatan di Kabupatm Pesisir Sdatan, Sumatera B m t dan sebagian h a d penehtian ini disajikan pada Tabel 1

baikut.

Tabel 1. R & m dm simpangan

baku

bobi hidup, tinggi pundak, panjang badan

dan lingkar dada sapi Pesisir Selatan mmwt wnur dan jenis kelamin

Jmis kelamin, b b o t hidup

~ n u r (th), (kg) dan iumIah sampet

1 (20)

2 (44) 3 (53) 4 (108) 5 (163) 6 (167)

7 (109)

8 (94)

Jautan

1 (24) 2 (44) 3 (40) 4 (36)

5 (94)

6 (70) 7 (8) 8 (3)

Tinggi .

pundak (cm) Lingkaran dada

lcml

- [image:23.584.85.493.364.694.2]

Sektjutnya dikemhkm oleh Saladin (1983) bahwa wama bulu baik

pada sapi Pesisir jantan maupm yang betina beragam dari merah muda, merah tua (merah bata), kehitm-hitaman, mMat tua, dm putih kehitam-hitaman.

Warna selutar mata, mulut, man ddam kala dan bagian perut terdapat warna

yang agak mu& Tempamen =pi ini pada umumnya jimk

Karakter Ekstemal

Davis &

Heywood (1965) d h dalam Wiley (1981) m e n d e h i d m

karakter sebagai tan&-tan& m W u k hidup yang dapat dijdaskan atau dihitung Selmjutnya Wiley (1 98 1) mengelompokkan k m h r ini atas tiga tipe, yaitu:

1. Kamkter s t m k t u d

Adalah dua tanda-tanda yang pada dasarnya atau stnrktur rincinya sama

h g g a bagm-hagiau t d u t dqat diidingkan

-

hgsung.

Karakter ini biasaaya disebutkan dengan nama karakter yang sama, atau lebih tqatnya disebut sdwqp st~ctural hornologtle.

2. Kmkterfungsional

Addah k e - k & e r y m g memiliki h g s i dasar yang sama sehingga dapatdi'bandmgkm IIKslunrtfungshya

3. Karakter filogenetik

Satu

lcarskter

fiogenetik terdiri dari tandaada dari dua atau lebih mktduk

bidup yang dihipokakm homolog. Dalam hal sqerti ini, k a d c k

filogenetdt yang dimitifri oleh

dm

atau lebih mhkluk hidup menggambsultan

a d q a hubungm fiI0gendi.k diantara maWuk hidup tawhut

Karakter morfologi adalah tanda-tan& struktural dati satu makhluk hidup.

Karakter morfologi merupaktm sumbea utama

karakter

@a k-akan kelompok makhluk hidup- Kraakter morfoiogi biamya terdiri dari serangkaian morplaaIogiical complex, pitu satu susunan yang secara ontogenetik mmn@

karakter morfologi.

Lebih lanjut W i l q ( I 98 1 ) mengemukakan bahwa sifat-sifat eksternal

mmpakan sumber utama dari k d e r pda banyak kelompok makhluk hidup. Karakter &sternal ini dapat berupa sifat-sif& ymg relatif seddana atau sangat

W u k hidup pada bbagai tingkatan, mulsti dari p&la sampai ke species. Termasuk karakter eksternal ini adalah :

1. Ukuran dan bentuk. Karaktm

ini

m e r u p h penduga ysmg menyeluruh dari bentuk tubuh dan diskripsi khas

dari

berbagai gambaran tubuh

2. Warm dan pola

warna

Spesies m adicidm oieh k e p d d m warns tertentu atau pola warnmya. Karakter

ini

telah terbdd M a a t ddam men@sa banyak W u k hidup. Wama dapat dhmtitatifkan d t m p panjang gelombang atau berdasarkan pada stmdar warna intemsrsional,

namun pola warm lebib Sering d a b b d u k penjelasan daripda

dikuantitatifkan.

3. Penatungan dari berbagai struktuc yang berulmg atau y m g dapa

dibmdingkaa Banyak fitur eacsternal yang dapat dihitung, k a d t a ini sering

disebut dengan meristic chumctem.

Kslrakter Kuantitatif

Wiley (198 1) menganukakan bahwa karakter kuantitatif adalah chi-ciri

dari m & h k hidup yang dapat diulrur, dihiturig, atau diskor.

Karakter

ini

ditentukan oleh banyak pasang gen (poligmik) dan sangat dipenganh oleh

m g a n .

Tffdapat dua bentuk dasar dari karakter kuantitatif, yaitu:

a. K m k k Icontinu. Karakter hi bkanya dijelaskan den- p e n g d c m m

Pada penditim yang sistermrtis, kmher ini dapat benrpa ukuran panjang,

l e h , I- volume, atsru bentuk dari ci-ciri suatu mkhluk hidup. Bmruk

ini biasaaya merupakan

sum

k o m b h i dari k d e r kontiou lainnya b. K m k k diskontinu Addah karakta yang meujelaskan banyaknya

komponen tertentu yang ikut serta unhrk manbentuk satu ciri tertentu,

m d q z ;mi& kromosom dalam satu genom rnakhluk +idup tmmtu. Beberapa sifat kuantitatif pada tmak rnernpttnyai ht~bungal salu wria

I& h u b g a s ini

seam

sw&

d d u t dedlgan korelasi. Sifat-sifat yang berkorelasi menjadi p h g karena se1ab;si terhadap satu sifat &an rnenyebabkan kemjuan atau iremuadma bagi siht

lain

yang bailiorelasi dengan sifat tersebut

Karralotcr~litatif

Berlstwanan dengan k d & r kuantitatif, k d e s Wtatif adalah kamkter yang @a mmya d i j e l m b dengan kata-hta srtau gamhm. SiW

ini

d t

sekali atau

bahkan

tidak ads hubungamya d e n p kemampuan produksi, namun ini mmgkh penting s&gm penciri bagi bangsa atau tip

temak

t m t u Sifat ini diatur oleh satu atau beberapa pasang gen saja, dan sedrkit s W d i moleh lingkungan (Warnick et at., 1983).

Warna darn Pula Wuma

Maciejowski & Zieba (1982) mengemddan bahwa tip dasar tatmama

bulu dikddm m e d l W patma w m a ymg melrputi seluruh permukm tub& &gga membentuk warnti yang =&am atau homogen atau wama

tun&; clan kdua, h-gm atau wama ampuraa Warm heterogedl ini

memiliki dua tipe ymg beabeda, yaitu: (a) komposit, apabila pada tub& d i t e m b bidang-bidsng

-

ymg

bertKda (pried);

dan (b) camp- @ila buEu-bulu d a i dari yang

-

tampak secara bergantian satu dengan

k m y a W a m a ~ s a p 1 U m ~ ~ i l a n kedalam-amggal

( u n i c o l m d ) dan terpola (patterned).

Dmwta&wama b u l u t u b u h p d a ~ d a u s e m u a ~ ~ a d a a t a u

ti- m d m h pada

bulu

Melanin ditemukan dalam melanosom dari

~~

mebmit M e d s n d berpdab dari ujung syaraf

@ u n b g t m embrionik dan p i g m d terjadi htrnya di damahdxrah tub& dhamujungsyarafiniada B e r c a k p u t i h t q b h d i d s m h M & k u l i t

atau bulu kekumgan mdamit. Pigimatasi pads semua bagm tubuh juga

dapsd khmmg oleh l d c m a n m alrtivitas &&

T

-

dm tipe

m e l a yaitu: melanin dan p o m e h k Eumelanin membesikan warn*

warm hitam dan cokht, dan paeom* unhk wrlma-pwma coklat k e m d m ,

merah, m, dm kuniDg (Fries & Ruvinsky, 1999).

Salah

satu

cara

mengiden- suatu ban-

ternak

adalah dengan rnmgguuah warm dan pola s m a i dmgm apa yang dikernukab oleh

Wiley (1981) bahwa ~ ~sering dimdai e oleh warns s atau poh W-

4%

mmgkin lebih bergma d m i p b warm itu sendiri.. Hal ini bi- dianggap sebaga~ chamcter displacement untuk rnenghmdari kebingungan saat -k&b sam h g s a dengan bangsa lainnya

(Bakw

gt Manwell, 1 99 I ),

W m a pada u m m y a kurang berperan d a r n produksi ternak, seperti

h g k a s pttmbuhm, efisieasi maksnan, clan produksi susu (Bogart, 1959).

Namun demikian, warna memiliki nilai est- tersendiri c h a m warm dapat

keuntmgan ekonomi, seperti kdit yang menad dapat memberikan

h g a yang tin&

untuk *tan,

pakaian dan hiasan (Baker & ManweI1, 1991).

Wama bulu dan kdit secara nyata mempengmhi tamoregulasi.

Pmukam yang gdap q m t men@=fi jw cepd mdepas panas,

&&an permukaan yang putih d a p menahan radiasi rmtahi, namun b g

(hhejowski & Zi&, _{1982). Warna juga berhuhgm} d w daya ssdaptasi hewan t&ut pada Imgkunp tertentu, di

d

d

tropis dengan derajat mlhi sinar matahari yang tinggi hewan den-

wama

bulu terrmg dan kulit yang berplgmen gelap h d q t a s i lebih baik (Fries & Ruvinsky,

1999).

Varlasi

W a m a Buiupada Sapi

F r k k Rum (1999) r n e n g e n u h b bahwa unbk meanp&jari

variasi warm bulu

dm

pola bdang pada spesies apaprm, perlu dijelaskan

p e q p u h mutan terhadap tipe liar. PoIa belang tipe liar

pda

s q i , secarol

sededma

kmp

pigmentasi ymg solid. Hewan-hewan dmgm warn. bulu tipe

riar

cendenmg

l a gehp @a kqmh dan I*, kaki dim tubuh bagian belakang. Warm bulu tipe liar pada sapi b m a cokh kemerahan saat

lahir,

bmwama lebih gehp ssrat k u m u r mu*

dm

berwama

cokiat kehi- saat d m . Vm'asi warm bulu tipe liar yang p h g seaing teraaati @a sapi addah mewh dan hitam solid. Wama bulu -1 pada sapi addab modifiasi

dari tiga wslma dasar, yaihi: hitam, tipe liar (wklat-hitam), dan

m d .

Hampir mua v a r h i dari ke tiga warm dasar

ini

addah &&at dari pen-

pigmentasi (lightening).

N a m h w a el al. (1982) rnelakukan satu pelitian tmtaug

-

k

berikut: (a) hitam (teama& adanya sedikit bagmu yang kecokhan), (b) coklat gelap (termasuk sapi dun dm cuklat dengan pigmen hitarn pada kepala, bagian

pun& ddatau -pat bagan bekkmg), (c) coklat-kuning (dibolehkan

adanya pigmen hitam pada bagan kepala M a t a u kak~), (d) abu-abu putrh

(termasuk pllttb kdmhgan), (e) menyerupai Bali (hmasuk sebagiau pola Bali

atau pola Bali dalam warm yang berbeda), dan (f) tipe Bali (dengan bidang putih

pada permpat belakang dan warm putih menyenrpai kaos-kaki pada kaki, gark

hitam sepmjang garis punggung pada betina dan sap1 muda, warm bulu bitam pada jantan dtwasa dan kuning atau lnming kemerahan pada betina clan sapi muda).

Hasil penelitim ini menunjukkan bahwa I204 dari 3061 ekor sapi yang

diamati dikelmqddm sebagai tipe (a), (b) atau (c), dan hanya 42% dianbmrya

yang bei%otol. Kebanyakan sapi di Bdi, Lombok, Timor dan Sulawesi Tengah

dm Selatan rnempedibhn warna tipe

Bali

(9.

Bebaapa individu sapi dmgm

tip (e) ditemukan

di

Jawa Barat (12 Pandakm-Mahug). Sebagian

k d

sapi

di

W u r a jugs r n m p d h d m warmi tip (e) hi.

Gcn yang MempengarPbi Warm BpIu pada Sapi dan SiFat Pewahnuya

Friies & R u v i d q (1 999) menmjukkan bahwa ada tiga warm dasar pada

sslpi, y&u: hitam, tipe liar (mklat-hitam), dan merah. Selanjutnya &em*

bahwa warna hitam bersifrlt dominan ~ ~ ~ I U I M

tahadsp

mmh (B untuk h i m dan b

d

merah), hitam epistasis terhadap kehi&man

(Bs

untuk kehitaman dan

bs yang b d m kehitamm). Brinding, rnmqwhn suatu W r y m g

m e k e h i m yaitu suatu pola wama shipstrip antara kehitamm

dan mexah yang -m

lcarakter

bridling. f i ~ i t a m

epistasis

terfiadap

bn'ding karma hitam mmutupi pemmpakm k e h i m dan peammpakan bn'ding h y a apmbda a h kehitaman. Untuk

hi,

Br digunakan untuk brindle dan br untuk yang bukan b r i d e .

Bow (1959) m e n j e b h Wwa p d a sapi Nellore, warna put&

disebabkan oleh -if pubh, dimana

Wn

untuk tidak putih dm wn untuk

N d o r e put&. Ekatuk

h

dari warnrr putih ditemukan pada sapi En&& park

untuk yang tidak putih. Albino bemifat mesif terhadap yang berwama dan

mengurangi pigmentasi, tamasuk pada mata. Ihsebabh 01th sedikitnyst

jumlah

pigmen pada rnata, wpi albino sangat sensitif t e h d a p cahaya terang. Bintik-bintik yang terdapat pada Mil bapigmen disebabkan oleh satu gen dominan

(Ps)

dm alelnya (ps) -libdm tanpa biniik berpigmen p d a kulit.

Pamnda genetik

Semua W e r ymg ditampilkan baik secara nyata atau tidsrk oleh satu

individu

teanak

tidak lain adalah pen- jlnnlah gm y a ~ g Wiki 01eh

individu temak tersebut, atm dapat M u t bahwa semua infomasi yang dapat dimti pads s u m individu temak ssdalah penanda genetik dari individu tessebui Dalam kegiam pemuliaan, disamping p e n g h r m lmgsung t d d a p tamplan

fenotipiknya,

be%@

penilnda (mmkr) tehh digunakan mtuk memonitor introgresi ahu rekombinasi genom.

P

d

h h h karakter yang dapat dimkkm dm berasosiasi dmgan

genotipe tatentu dm digunakan untuk mengk&& genotipe. Potensi

p ~ ~ s e b a g a i a l a t m t u k m e a a k u k a n k a c a k t a r s a s l

.

- gesletik

telorb

dikenal

Mak

pduhan tahun yang lalu. Penanda ini dikategorikan atas penanda morfobgi, sitologi, dan p u g terbaru adalah ~ dmolelrula (Moritz a & H i h ,

1 996).

Paa*

M o r f t

Penanda morfologi (fenotipik) rnerupah pemmda yang telah banyak

digunakan b&

dalam

*

maupun dalam propan praktis

pemuhm, karena penmda hi paIing mudah untuk diamati dan dibedakan.

Penanda b o w m m p a h peociri yang ditmtdm atas dasar ciri-ciri fmotipe

yang clapat -ti atau dilibat seam langsmg seperti;

ukuran-ukuran

ipemukm utbabobot bsrrllm, warm dan pola wama bulu tubuh, bentuk daa

perkemhgm tanduk dan sebagahya

Baker & Manwed (1991) -uldm Wwa kmmaan potipik

&pat munjukkan identitas genetik, walau terdapat beberapa batasan, antara

gen-gen pada lokus yang berbedst Dab hal tertentu, mun@ Wdq&

perbedaan ddam daya ekspmi (derajat manifestasi ppda satu individu); atau oleh penemsi (hkuensi satu sifat diekqmdm relatif t m h h p sejumlah

pmbawa gen tertentu yang diketahui dalam satu populasi). Kemiripan fenotipik

@at juga disebabkan oleh feookopi, yakni keank@~~ satu fedlotip yang

diakibatkan satu gaotipe tmentu oleh aksi lingkungan pada genotipe laumya

Nmun demikian, pamda

ini

memiliki kelemahao karena ia dipengmh o l d hgkungan, rnernperlihatkau sifat medlurun d o d m d ~ i f dan banyak yang

b y a dapat d i m t i pada

trngkat

umur tertentu.

Pengukuran parameter tubuh b i m digunakan untuk meaduga asal usul

ternak. Warwick ef al. ( 1983) m e n y a h h babwa

ukuran-ulnrran

tub&

sangat bsgma untuk menentukm asal-usul dm hubungan fdogenetlk antara spies, h g s a dan tip ternak ymg berbeda

Beberapa penelitian telah diIakukan untuk menyezidiki asal-usul &

h u m geneaIogrca1 pada b e k q a tip sap1

asli

Asia

Thw;

kmasuk

beberap sapi ash Indonesia Wasarkan ukuran b a b e man tub& (Otsukti

et al., 1980;

Otsuksl

et

d,

1982),

ukuran tengkorak

(Hayash el al., 1980; Hayash ef al., 1 982). Peneliti I a h y a (Herrera ef al., I 9%) juga

men^^

ukumt~- tubuh

untuk

r n t d d a k m kdompok kambing Anddusia

Sup-to er a/. (1%) juga telah mel* penelitian menggunakan beberap

ukmm tubuh (Mot b mpanjag btsdan, lhgh W a , panjmg badan, tinggi

pufldak,

*

dads, lingkar

W

pin@ lingkar pin@, dab

pingguZ panjang &or, kbar &or dan tebd ekw) se4qja1 peubtih pembeda

kelompok pada m akelompok domh di Indonesia.

Penan& M*k

Kamkterisasi gmetrk ymg berdasarkan pa& penanda morfologi m d u b m obseryasi ymg intensif, champing itu ~ d ini bdum a

r n e m k k n informasi genetik s h a m y a dari individu

a

masih drpengaruhi oleh hghngm k g a n demikiao

untuk

kegiam p e m h tidak cukup hanya k d a m h n pada i n h a s i karakter morfologi saja, apa Iagi

sempuma dao lebih cept dibantu dengan penmda genetik molekuler yang saat

ini relatif mudah untuk dikerjakan.

Penmmda molekulex yang pertma dm ymg paling sederhana

dikenal

dengan pen& protein yang lazirn disebut isozim. Polimofime protein

did& dengan ma elektroforesis, dm perbedaan yang terdeteksi antar ale1

tergmtung pa& pergantian asamasam amino yang bemuatan. Protein sebaga~

penciri genetik telah lama digunakan dm d i m lebih bak daripada

karaktea

morfologi yang dapat dipagamh oleh lingkungan. Pada masa ldu, penciri

protein digunaksn juga untuk membenalk peta genetik namun polimodkm

proteinaya b i ~ ~ a n y a rendah (Goodfedow, 1992) sehmgga penggunaan p a n d a ini menjlrdi tidak berkembaug Sehjutnya hrfzd & Sudarmmowati (1998)

mengemukakan bahwa walau teknik ini relatif m u d serta tidak memerlukan

alat yang M ucanggih dm mabd, khik

ini

tidak Iconpetitif dari segi waktu

d m w a n pekdaan serta tidak clapat diotomatisasi.

Menurut Paterson et 01. (1991), a p w i penanda molekuler yang pslling penting addah untuk pembuzrtan peta g a d , yang dapat digunakan u t u k

memedm l o b i fllatu gen yang berttrnggung jawab t e r b d q s m u sifat ymg

seddma, misainya resistemi terhadap penyaht, atau sifat kuantitaiif ymg

komplek pad& h o m o m u Karma peaanda mokkder ini &da pada tin@ DNA,

maka mda

ini

bebas dari pengada-pen@ epistasis, Zingkungan dm

fenotipe, &gp dapt menyediakan informasi gene$& yang dehitif

untuk

digunakan daJam mempeIajHri keragaman gar- mendeteksi gen-gen major,

dan rnmplajari &+ifat pet& yang komplek

Teknik ini sangat membantu pmulia ddam m e l d d m studi genetik

d e w

-

k

ysmg tinggi. UnU m e d a p h n info& genetik dapat dilakukan dengan menggunsrkan m d a molekula, seperti isozim,

RFLP

(restriction fmgment length polyn#,rphism), RAPD (mmbm amp]@ poiimorphic DNA), AFLP (amplfled fmgment length polymorphism), dan

h m q a Penanda molekuler tatmu ymg relatif lW mudab d i d addah

DNA

Mikmmtelit

Sam dari tipe

DNA

beaulang (shorl tandem repeats/STR) yang p a h g

mum

potong-an dmi motif nukleotida sederhana dalam h t u k salinan berdampingan (tandem) di sebut s e w mikrosatelit

.

Mkosatelit merupakan

sam bentuk pmmd~ DNA,

terdapat

j m yang =@ banyak

lokasinya tmebar di hampir semua kromosum, berpasangan melibatkan satu

motif barn yang terdiri dari 2-5 pb (Weber, 1990) atau 1-6 pb

( T w

19931, yang bmdang mencapai 100 kali atau lebh, dm susunan basa yang mmgtlpitnya

sangat spesifjk disebut sebagai primer.

Sekuen bmlmg ini pahg mum terdiri dari sekitar 20

-

50 bp untm p l y

GT,

poly A dan p l y GA (Ehmda et ol., 1982; Taw& & Renz, 1984). Lebih

lanjut Tautz (1993) rnengmukakan bahwa dxosatelit mezllpkan satu lokus

tan^ ymg t d r i dari 1- 6 pasang basa dm berulang mencapai 100 Motif-motif tipe ini terdiri dari kelompok mone, di-, tri, dan tetra nukleotida (Slatkin, 1995).

Beberapa genom eukaryot mengmdung bebmpa macam DNA berulang, mdai

dari

yang s e d h baupa sah~ nukleotida tun@ hingga

t i n g h m

tingkam satetit DNA (EZlegm et al., 1992; T a w 19931, dan beberapa

DNA

h d m g ini

d

poiimorfdc tinggi. Tingkat p o b d s m e tinggi dari l o b

mikrosatelit

ini

ditunjukkan pada bewan ternak, tamasuk domba (Crawford et

al., 199U), mi potong (Fries er ~ l . , 19901, babi (Johansson et al., 1992) dart kuda

(EIIegren el al., 1 992).

S e b DNA M a g (duosatelit) dengan cepat m e n j d sumber lrtama

bagipenandtigenetikDNAinti. K a r % n r m p e n a n d a i n i ~ p o l i m o ~ t i n ~

menyebar secara a& dm me- ( T a w I993), sekarang penanda ini menjadi pemda gmetik yang sangat bemdaat (Goldstein & PoUock, 1997).

Penanda ini dapat digunakan pada bdagai keperlum, seperti: idmtifiasi individu, keanekmgmau dan stnddm populasi, atau mempdajari evolusi dari s p i e s yang bakeribat (Clisson et a/., 2000).

Sedruen dengan motif (CA), atau (TG),, menyebar paling luas h t a r a

spesies dan secara kuaotitatif rneaupakan pengulangan dinukleotida yang sangat

sampai

saat

ini

paling banyak diteliti (fIamada et al., 1982) d i p d i d a n sekuen iai setidaknya tdapat selcitar 35 000 didam genom haploid manwia (Weber,

1990).

M h s a t e l i t dengan cepai m e n g g a n h

RFLP

dan

RAPD pada s&&agm b a r pemakaran daIam pop- biologi, mulai

dari

mengid-

kekerabatau sarnpai pendugam panda deanografis (Bowcock et ol., 1 9 4 ; Blwin e! a)., 1 %; Goldstein el al., 19%; clan Jame & Lag* 19%). Daya

tsrik

lain mikxosatelit srtas RFLP dan RAPD ter1etak pada dasardmr gmetika

mihwaklit ini lebih mudolh kehtam

Kmgumun DNA

MrRmsafeIii

Variabilitas (kemgmm) dmsatelit ditmjukkau oleh variasi dalam jumlah pgdmgan h e n inti. Tingkat variabilitas mdcmsatelit s e a m positif

berkwelasi dmgm panjmg sekuen bmWgnya (Weber, 1990; dm Johmsson er

a]., 1992), dan mkosatelit yang pjangn?ra kurang dari 20 bp kemungkman polimorfiknya mmjadi kecil.

Tingkat keragamm h g g i pada lokus duosatelit

dihasilkan

ole&

kecepatan mutasi yang hnggi den- tinwminimal 1

w3

(JeHkys et al., 1988) atau lo4 (Levinson & Gzrtrrran, 19871, atau p d a kisaran lU3 - 10" loWgamet/genmsi (WIas, 1992; Edward el a/-, 1992; dm Lehman er al.,

1 9%).

Jefhys et al. (1994) mengemubh W w a mekanisme

vtuiasi

dalam jumhh ulangan muugkin

berbeda

dari satu ke ulangm lain.

M&&e ysng manun- ~~a unti (strand slippge)

didadcan pala a h y a satu attau dua & DNA pstah yang

Madi

drtlam

&en berulang seIama repWrasi sehgmmm diusulkan oI& Ri&ard &

Suthdand (1 994).

+Am&& Knnrgamun DNA MikmsaiW

V

e

jmhb ulangsm mkomtdt dapat did&si menggunakan

dektrofhsis hasil amph- pmduk

DNA

pada suatu gel dengan standar

Ald-ald pads lokwldrus mkoW& ini di- oleh perbedaan j d a h ulangan nukleotidanya (Valdes et a!., 1993) yang diperoleh dengan

plymerase chmn reactfbn (PCR) yang dilakukau diantara dua motif sekuea

tetentu yang mengapit d a d pengulangan tandem (Estoup el a/., 1 995).

Keragaman mikmat&t dapat t i h a h i s den- mudah setelah kebtrhasilan mengamplhsi l o b

ini dengan

PCR Beberap peneriti (Litt &

Luty, 1989; Tau& 1989) melaporkan secara kontinu kmagman ndmomtdit

ymg mereka deteksi dengm PCR Mereka rnenunjukkan fiekuensi polimorhne pala jumlah salinan CA bendmg

dm

menetapkan PCR-TypabZe

M a r h r dengan gel padsjarak 70 - 200 bp.

Keragaman d a b ukmn fmgmen

DNA

h i 1 amphlfhsi PCR dapat dipisahkan dan divisualisasi dengan h h g a ~ telmilr. Roduk PCR yang

dipkbkm @a gel deklrofwsis dapat divisdbsi dedigan ecidium

bromida (Heame et a/., 1 99 1 ; Aitman et ol., 1 99 1). Penggunaan native gel

dengxln

-

per& telah ditmjllltltan lebih sensitif (Khkick & Tau&

1992).

Pemisahan produk

PCR

pa& media bukm gel juga dapat dilakukrm

untuk

nmnpm01eh res01usi yang iinggi. Acidic nowgel capiIIari electrotoms rnmpkm sum metoda separasi menggmakm media b m p a poIimer fosa

den* h#rmy prowl methyl celldose, k u u e hasil separrtsi dideteksj mengguntlkan UV-A260 nm. P a r a & Watson (1993) menunjukkan bahwa

metode ini dapat digunakan mtnk m e n h b n w e n - h g m e a ~ DNA hil

restdai, mmgontml kuaiitas dNTP dan ohgonukleotida komponen PCR dan

lmtuk mad- @uk PCR d e n p mIusi yang cukup hggi (1 bp) serta

w&u analisa mh-mb kurang dari 20 menit.

P

-n

DNA Mijaosatelit

Mkrosatelit secara cepat mengganttkau RFLP dm RAPD p d a hampir

sednua pemztkaiau dab biologi popuhi, mulai dari mengideatilikasi

kekmbatan sampai dengan pendugam ~ e t e b ~ e t