Perancangan Primer

LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI FARMASI LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI FARMASI

PERANCANGAN PRIMER  PERANCANGAN PRIMER  GEN HSF GEN HSF Oleh : Oleh : ALFIATUR ROHMAH ALFIATUR ROHMAH 142210101049 142210101049

BAGIAN BIOLOGI FARMASI BAGIAN BIOLOGI FARMASI

FAKULT

FAKULTAS AS FARMASIFARMASI UNIVERSITAS JEMBER  UNIVERSITAS JEMBER 

AFTAR ISI AFTAR ISI COVER...

COVER...1...1 DAFT

DAFTAR AR ISI...ISI...2...2 BAB I

BAB I PENDAHULUAN...PENDAHULUAN... 33 1.1

1.1 Latar Latar BelakaBelakang...ng...3..3 1.2

1.2 RuuRuu!an !an "a!ala#"a!ala#...$...$ 1.3

1.3 TuTu%uan Prakt&ku%uan Prakt&ku...$$ BAB II

BAB II TIN'AUAN PUSTATIN'AUAN PUSTA(A...(A... .).) BAB

BAB III III "ETODE (ER'A..."ETODE (ER'A...*...* 3.1

3.1 Alat Alat +ang +ang ,&gun,&gunakan.akan...*..* 3.2

3.2 Cara ker%aCara ker%a...*...* BAB IV

BAB IV HASIL DAN HASIL DAN PE"BAHASAN...PE"BAHASAN...1- ...1-$.1

$.1 PengPengert&an ert&an Pr&erPr&er...1- ...1-$.2

$.2 en en HSF.HSF...11..11 $.3

$.3 Per!+Per!+aratan aratan Pr&er Pr&er +ang +ang Ba&k..Ba&k...12....12 $.$

$.$ Pr&er Pr&er ,ar& ,ar& gen gen HSF HSF ter#a,a/ ter#a,a/ #ae0/#&lu! #ae0/#&lu! &nluene...&nluene...13...13 BAB

BAB V (ESI"PULAN V (ESI"PULAN DAN DAN SARAN...SARAN...1...1 ).1

).1 (e!&/(e!&/ulan.ulan...1...1 ).2

).2 SaranSaran...1...1 DAFT

DAFTAR AR PUSTAPUSTA(A...(A... .1*.1* LA"PIRAN.

LA"PIRAN... ...

BAB I BAB I

PENDAHULUAN PENDAHULUAN 1.1

1.1 LALATTAR BELA(AR BELA(ANAN P0

P0l+l+eera!ra!e e C#C#a&n a&n ReReaat&0t&0n n 5P5PCRCR6 6 eeruru/a/akakan n teteknkn&k &k 7&7&0l0l0g0g& & 00lelekukuleler r +a+angng e&l&k& t&ngkat !en!&t&8&ta! ,an

e&l&k& t&ngkat !en!&t&8&ta! ,an !/e!&&!&ta! +ang t&ngg&. Dengan /enggunaan tekn&k PCR !/e!&&!&ta! +ang t&ngg&. Dengan /enggunaan tekn&k PCR  aka ke7era,aan /en+ak&t /a,a 0rgan&!e ,a/at ,&keta#u& !e,&n& ungk&n9 !e#&ngga aka ke7era,aan /en+ak&t /a,a 0rgan&!e ,a/at ,&keta#u& !e,&n& ungk&n9 !e#&ngga ,a/

,a/at at ,&l,&lakuakukan kan lanlangkagka# # /en/engengen,al&,al&an an /en/en+ak+ak&t &t atau atau t&nt&n,ak,akan an 0le0le# # /ar/ara a /en/engaga7&l7&l ke7&%akan9 terutaa ,ala 7u,&,a+a /er&kanan 5Ra,%& 2-1-6. Pa,a /r0!e! PCR ter,a/at ke7&%akan9 terutaa ,ala 7u,&,a+a /er&kanan 5Ra,%& 2-1-6. Pa,a /r0!e! PCR ter,a/at  7e7era/a

 7e7era/a !&klu! !&klu! +a&tu +a&tu ,enatura!&9 ,enatura!&9 anneal&ng9 anneal&ng9 ,an ,an ek!ten!&. ek!ten!&. Denatura!& Denatura!& eru/akan eru/akan /r0!e!/r0!e!  /eana!an

 /eana!an ,engan ,engan enggunakan enggunakan !u#u !u#u 4-:4);C 4-:4);C ,engan ,engan tu%uan tu%uan untuk untuk e&!a#kan e&!a#kan unta&unta& ga

gan,n,a a /a/a,a ,a DNDNA A !e#!e#&n&ngggga a een%n%a,a,& & ,u,ua a ununta& ta& tutungnggagal l +a+ang ng akakan an een%an%a,& ,& tete/a/att ene

ene/eln+a /r&er. Selan%ut/eln+a /r&er. Selan%utn+a n+a ta#a/ anneal&ng +a&tu ta#a/ anneal&ng +a&tu /r0!e/r0!e! ! /enur/enurunan unan !u#u !a/a&!u#u !a/a& en

ena/a/a& a& $):$):)-;)-;C9 C9 /en/enuruurunan nan !u#!u#u u &n& &n& ,&l,&lakuakukan kan agaagar r /r&/r&er er 7er7er/a!a/a!angangan n ,en,engangan !ekuen k0/leentern+a atau ter%a,&n+a /ene/elan antara 0l&g0nukle0t&,a ,engan uta! !ekuen k0/leentern+a atau ter%a,&n+a /ene/elan antara 0l&g0nukle0t&,a ,engan uta! tung

tunggal DNA. gal DNA. Lalu ta#a/ !elan%utn+Lalu ta#a/ !elan%utn+a a ek!tenek!ten!& !& /a,a ta#a/ /a,a ta#a/ &n& ,&lakukan kena&kk&n& ,&lakukan kena&kkan an !u#u!u#u !a/a& 2;C9 ,engan !u#u ter!e7ut en<& Ta= DNA 5

!a/a& 2;C9 ,engan !u#u ter!e7ut en<& Ta= DNA 5Thermus AquaticusThermus Aquaticus6 ,a/at 7eker%a6 ,a/at 7eker%a ,engan 0/t&u9 /a,a ta#a/ &n& ter%a,& /ean%angan /r&er en%a,& !uatu uta! DNA ,engan 0/t&u9 /a,a ta#a/ &n& ter%a,& /ean%angan /r&er en%a,& !uatu uta! DNA  7aru 0le# en<& DNA

 7aru 0le# en<& DNA /0l&era!e./0l&era!e. Pe

Pengnggugunanaan an PCPCR R !e!e7a7agaga& & eet0t0,e ,e ,e,etetek!k!& & ++anang g ee/a/at t ,a,an n akakururat at /u/un n tetelala##  7erke7ang

 7erke7ang /e!at9 /e!at9 !e#&ngga !e#&ngga eungk&nkan /enge7angan eungk&nkan /enge7angan et0,e et0,e +ang +ang le7&# le7&# !/e!&&k.!/e!&&k. Er>ant0

Er>ant0 et al et al . 52-126 enggunakan RFLP:PCR untuk elakukan ,etek!& ke#alalan /a,a. 52-126 enggunakan RFLP:PCR untuk elakukan ,etek!& ke#alalan /a,a  7ak!09

 7ak!09 !e,angkan !e,angkan Al&ra Al&ra Pr&a!ar& Pr&a!ar& 52-116 52-116 eanaatkan eanaatkan ult&/le?:PCR ult&/le?:PCR untuk untuk  en,etek!& k0nta&an t&ku! ,ala /r0,uk ,ag&ng.

en,etek!& k0nta&an t&ku! ,ala /r0,uk ,ag&ng.

Sala# !atu kun& ke7er#a!&lan ,etek!& ,engan PCR a,ala# /e&l&#an /r&er +ang akan Sala# !atu kun& ke7er#a!&lan ,etek!& ,engan PCR a,ala# /e&l&#an /r&er +ang akan ,&gunakan. Pr&er !/e!&&k akan ene/el

,&gunakan. Pr&er !/e!&&k akan ene/el /a,a reg&0n !/e!&&k /a,a /a,a reg&0n !/e!&&k /a,a DNA te/late +angDNA te/late +ang eru/akan target9 untuk !elan%utn+a akan ,&a/l&&ka!& en%a,& unta& DNA 7aru. De!a&n eru/akan target9 untuk !elan%utn+a akan ,&a/l&&ka!& en%a,& unta& DNA 7aru. De!a&n  /r&er

 /r&er +ang +ang te/at te/at !angat !angat ,&/erlukan ,&/erlukan untuk untuk eng#a!&lkan eng#a!&lkan /r&er /r&er !/e!&&k !/e!&&k +ang +ang !e!ua&!e!ua& ,engan target a/l&&ka!&. Untuk ,etek!& DNA 7a7&9 !ala# !atu gen +ang ,a/at ,&gunakan ,engan target a/l&&ka!&. Untuk ,etek!& DNA 7a7&9 !ala# !atu gen +ang ,a/at ,&gunakan !e7aga& arka 5/enan,a6 !/e!&&k a,ala# gen !&t0kr0 7 5

cyt b

cyt b e&l&k& keun&kan9 +a&tu a,an+a 7ag&an +ange&l&k& keun&kan9 +a&tu a,an+a 7ag&an +ang conservedconserved ,& t&ngkat !/e&e!9 !e#&ngga,& t&ngkat !/e&e!9 !e#&ngga ,a/at ,&gunakan untuk ,etek!& !/e!&&k /a,a !/e&e! tertentu.

,a/at ,&gunakan untuk ,etek!& !/e!&&k /a,a !/e&e! tertentu. 1.2

1.2 RU"URU"USAN "SAN "ASALAASALAHH 1.2

1.2.1.1 BagBaga&a&ana arana ara elaa elakukkukan /eran /erananangangan /r&an /r&er !eer !eara 0nara 0nl&nl&ne@e@ 1.2

1.2.2.2 BagBaga&a&ana ana ara ara enenententukaukan /rn /r&e&er +ar +ang 7ng 7a&ka&k@@ 1.2

1.2.3.3 BagBaga&a&ana ana ara ara enenententukaukan !/n !/e!&e!&&ta&ta! /r&! /r&erer@@ 1.

1.33 TUTU'UA'UANN 1.3

1.3.1.1 "en"engetageta#u& #u& ara /ara /eraneranangangan /an /r&er&er !er !eara 0ara 0nl&nl&nene 1.3

1.3.2.2 "en"engetageta#u& #u& ara ara enenententukaukan /rn /r&e&er +ar +ang 7ng 7a&k a&k  1.3

BAB II BAB II

TIN'AUAN PUSTA(A TIN'AUAN PUSTA(A

PCR 5/0l&era!e #a&n reat&0n6 !ala# !atu tekn&k untuk e/ela%ar& PCR 5/0l&era!e #a&n reat&0n6 !ala# !atu tekn&k untuk e/ela%ar&  7&0l0g&

 7&0l0g& 0lekuler9 0lekuler9 eru/akan eru/akan et0,e et0,e en<&at&! en<&at&! +ang +ang ,&gunakan ,&gunakan untuk untuk  el&/atgan,akan !eara ek!/0nen!&al !uatu !ekuen nukle0t&,a tertentu ,engan el&/atgan,akan !eara ek!/0nen!&al !uatu !ekuen nukle0t&,a tertentu ,engan ara

ara &n &n 8&t8&tr0. r0. "et"et0,e 0,e &n& &n& !an!angat gat !en!!en!&t&&t&9 9 !e#!e#&ng&ngga ga ,a/,a/at at ,&g,&gunaunakan kan untuntuk uk  el&/atgan,akan !atu 0lekul DNA.

el&/atgan,akan !atu 0lekul DNA.

(0n!e/ a!l& tekn0l0g& PCR en!+aratkan 7a#>a 7ag&an tertentu !ekuen (0n!e/ a!l& tekn0l0g& PCR en!+aratkan 7a#>a 7ag&an tertentu !ekuen DNA +ang akan ,&l&/atgan,akan #aru! ,&keta#u& terle7&# ,a#ulu !e7elu /r0!e! DNA +ang akan ,&l&/atgan,akan #aru! ,&keta#u& terle7&# ,a#ulu !e7elu /r0!e!  /el&/atgan,aan ter!e7ut ,a/at ,&lakukan. Sekuen +ang ,&keta#u& ter!e7ut /ent&ng  /el&/atgan,aan ter!e7ut ,a/at ,&lakukan. Sekuen +ang ,&keta#u& ter!e7ut /ent&ng untuk en+e,&akan /r&er9 +a&tu !ekuen 0l&g0nukle0t&,a /en,ek +ang 7erung!& untuk en+e,&akan /r&er9 +a&tu !ekuen 0l&g0nukle0t&,a /en,ek +ang 7erung!& 

enengaga>a>al& l& !&!&nntete!&!&! ! rarantnta& a& DNDNA A ,a,alala  rereakak!& !& 7e7erarantnta& a& //0l0l&&erera!a!e.e. Pe

Pengngee7a7angngan an lele7&7&# # lalan%un%ut t eet0t0,e ,e PCPCR R eeuungngk&k&nknkan an ,&,&lalakukukakannnn+a+a  /el&/atgan,aan

 /el&/atgan,aan !uatu r!uatu ragen agen DNA +ang 7elu DNA +ang 7elu ,&keta#u& ,&keta#u& !ekuenn+a9 &!aln+a!ekuenn+a9 &!aln+a ,engan et0,e Alu: PCR 5R0!ent#al9 14426. Alu a,ala# !uatu !ekuen DNA ,engan et0,e Alu: PCR 5R0!ent#al9 14426. Alu a,ala# !uatu !ekuen DNA 5/a

5/an%an%angnngn+a +a kurkurang ang le7le7&# &# 3-- 3-- 7/6 7/6 +an+ang g 7an7an+ak +ak ter,ter,a/at a/at !e/!e/an%aan%ang ng gengen00 a

anunu!&!&a a 55rerepetpetitivitive e DNADNA  sequence sequence6. 6. AAlulu:P:PCR CR a,a,alala# a# eet0t0,e ,e PCPCR R ++anangg eanaatkan !ekuen:!ekuen Alu !e7aga& ,a!ar untuk e7uat /r&er untuk  eanaatkan !ekuen:!ekuen Alu !e7aga& ,a!ar untuk e7uat /r&er untuk  el

el&/a&/atgatgan,an,akan kan !ua!uatu tu ragragen en DNA +ang DNA +ang 7el7elu u ,&k,&keta#eta#u& u& !eku!ekuen en +a+angng ter,e/at ,& antara

ter,e/at ,& antara ,ua !ekuen Alu.,ua !ekuen Alu.

Target PCR +a&tu a!a nukleat 5DNA6 unta& gan,a +ang ,&ek!trak!& ,ar& Target PCR +a&tu a!a nukleat 5DNA6 unta& gan,a +ang ,&ek!trak!& ,ar& !el

!el ,an ter,enatur,an ter,enatura!& a!& en%a,en%a,& & a!a nukleat a!a nukleat 7erun7erunta& ta& tunggtunggal. al. (0/(0/0nen reak!&0nen reak!& PCR ter,&r& ata! /a!angan /r&er 7eru/a 0l&g0nukle0t&,a !/e!&&k untuk target PCR ter,&r& ata! /a!angan /r&er 7eru/a 0l&g0nukle0t&,a !/e!&&k untuk target gen +ang ,&/&l&#9 en<&

gen +ang ,&/&l&#9 en<& 5uu5uun+a Tan+a Ta= /0l+era!e= /0l+era!e9 9 en<&en<& thermothermostablestable ,an,an thermoactive

thermoactive ++aanng g 77eerraa!!aal l ,,aarr&& TheThermurmus s aqaquatuaticusicus6 6 ,,aann triphosphat triphosphat  de

deoxoxynynuclucleoeosidsidee 5,5,NTNTP6 P6 ,&,&gugunanakakan n ununtutuk k aa/l/l&&&&kaka!& !& tatargrget et gegen n !e!earaara ek!/0nen!&al ,engan #a!&l re/l&ka!& gan,a ,ar& target a>al. Reak!& &n& ,&lakukan ek!/0nen!&al ,engan #a!&l re/l&ka!& gan,a ,ar& target a>al. Reak!& &n& ,&lakukan ,a

Pr0!e! +ang ter%a,& ,ala e!&n PCR el&/ut& t&ga ta#a/ utaa +a&tu Pr0!e! +ang ter%a,& ,ala e!&n PCR el&/ut& t&ga ta#a/ utaa +a&tu ,enatura!& 5/e&!a#an unta& gan,a DNA69 anneal&ng 5/ene/elan /r&er6 ,an ,enatura!& 5/e&!a#an unta& gan,a DNA69 anneal&ng 5/ene/elan /r&er6 ,an ek

ek!t!tenen!& !& 5/5/eeanan%a%angngan an /r/r&&erer6. 6. PrPr0!0!e! e! +a+ang ng ,&,&uulala& & ,a,ar& r& ,e,enanatuturara!&!&99  /ene/elan

 /ene/elan ,an ,an ek!ten!& ek!ten!& ,&!e7ut ,&!e7ut !e7aga& !e7aga& !atu !atu !&klu!. !&klu!. Pr0,uk Pr0,uk PCR PCR ,a/at,a/at lang!u

lang!ung ng ,&8&!u,&8&!ual&!a!&kal&!a!&kan an elaluelalu& & /r0!e! elektr00re/r0!e! elektr00re!&! !&! ,an ,an ,&gun,&gunakan akan untuk untuk  ana

anal&!&l&!&! ! le7&le7&# # lanlan%ut %ut 55e&e&!!en!!en!te!te&ne&nerr et al et al .9 .9 2--2--$6. $6. Pr0Pr0,uk ,uk PCR PCR ,&/,&/&!a#&!a#kankan ,engan elektr00re!&! gel +ang ,&>arna& ,engan 7r0&,a ,an ,&8&!ual&!a!&kan ,engan elektr00re!&! gel +ang ,&>arna& ,engan 7r0&,a ,an ,&8&!ual&!a!&kan ,engan !&nar ultra8&0let

,engan !&nar ultra8&0let 5N0llet  T0l,r9 2-115N0llet  T0l,r9 2-116.6.

Pr0!e! PCR el&7atkan $ k0/0nen utaa9 +a&tu 516 DNA te/late9 Pr0!e! PCR el&7atkan $ k0/0nen utaa9 +a&tu 516 DNA te/late9 +a&tu ragen DNA +ang akan ,&gan,akan9 526 0l&g0nukle0t&,a /r&er9 +a&tu +a&tu ragen DNA +ang akan ,&gan,akan9 526 0l&g0nukle0t&,a /r&er9 +a&tu !uatu !ekuen 0l&g0nukle0t&,a /en,ek 51):2) 7a!a nukle0t&,a6 +ang enga>al& !uatu !ekuen 0l&g0nukle0t&,a /en,ek 51):2) 7a!a nukle0t&,a6 +ang enga>al& !&nte!&

!&nte!&! ! ranta& DNA9 ranta& DNA9 536 ,e0k!&r&70536 ,e0k!&r&70nuklenukle0t&,a tr&0!at 5,NTP6 ter,&r& 0t&,a tr&0!at 5,NTP6 ter,&r& ,ar&,ar& ,ATP9 ,CTP9 ,TP9 ,TTP9 ,an 5$6 en<& DNA /0l&era!e9 +ang eru/akan ,ATP9 ,CTP9 ,TP9 ,TTP9 ,an 5$6 en<& DNA /0l&era!e9 +ang eru/akan katal&! reak!& !&nte!&! ranta& DNA.

katal&! reak!& !&nte!&! ranta& DNA.

(e7er#a!&lan PCR ,&tentukan 0le# 7e7era/a akt0r9 antara la&n (e7er#a!&lan PCR ,&tentukan 0le# 7e7era/a akt0r9 antara la&n 1.

1. ,e,e0k0k!&r!&r&7&70n0nukuklele0t0t&,&,a a tr&tr&00!a!at t 5,5,NTNTP6P6. . LaLarurutan tan !t!t0k 0k ,N,NTP TP +a+ang ng akakanan ,&

,&gugunanakakan n ,a,ala la PCPCR R !e7!e7a&a&knkn+a +a ,&,&nenetrtralalkan kan een%n%a,a,& & /H /H 99-. -. UnUntutuk k  enen

enentukan tukan k0n!ek0n!entra!&n+ntra!&n+a9 a9 ,a/at ,a/at ,&gun,&gunakan akan !/ekt!/ektr00t0r00t0etereter. . LarutLarutanan !t0k ter!e7ut /erlu ,&tuang ,ala 80lue ke&l 5al&=u0t6 ,eng!n k0n!entra!& !t0k ter!e7ut /erlu ,&tuang ,ala 80lue ke&l 5al&=u0t6 ,eng!n k0n!entra!& 1" ,an ,&!&/an /a,a !u#u :2-0C. (0n!entra!& a!&ng:a!&ng ,NTP 1" ,an ,&!&/an /a,a !u#u :2-0C. (0n!entra!& a!&ng:a!&ng ,NTP +ang ,&/erlukan ,ala PCR 7erk&!ar antara 2-:2--" ,an kee/at ,NTP +ang ,&/erlukan ,ala PCR 7erk&!ar antara 2-:2--" ,an kee/at ,NTP +ang ,&gunakan !e7a&kn+a

+ang ,&gunakan !e7a&kn+a 2.

2. 0l0l&g&g0n0nukuklele0t0t&,&,a /r&a /r&eerr 3.

3. DDNA NA tete/l/latatee $.

$. k0k0//0!0!&!&!& la& larutrutan 7an 7uueer r  ).

). %u%ulla# !a# !&k&klulu! re! reakak!&!& .

. enen<& +<& +ang ,ang ,&g&gununakaakan9 ,n9 ,anan .

. akt0akt0r ter tekn&! kn&! ,an ,an akt0akt0r n0r n0n tn tekn&! ekn&! la&nn+la&nn+a9 a9 &!aln+&!aln+a k0na k0nta&nata&na!&.!&. T

Ta#a#a/aa/an n PCR PCR +an+ang g /al/al&ng &ng enenententukaukan n a,aa,ala# la# /en/ene/e/elan elan /r&/r&erer.. Se/a!ang /r&er 0l&g0nukle0t&,a 5/r&er a%u ,an /r&er un,ur6 +ang akan Se/a!ang /r&er 0l&g0nukle0t&,a 5/r&er a%u ,an /r&er un,ur6 +ang akan ,&/0l&er&!a!& a!&ng:a!&ng #aru! ene/el /a,a !ekuen! target9 te/atn+a ,&/0l&er&!a!& a!&ng:a!&ng #aru! ene/el /a,a !ekuen! target9 te/atn+a  /a,a

#aru! k0/leen

#aru! k0/leenter ter atau atau !et&,a!et&,ak:t&,akk:t&,akn+a n+a e&l&e&l&k& k& #00l#00l0g& 0g& uku/ t&ngg&uku/ t&ngg& ,engan urutan 7a!a ke,ua ,aera# u%ung ragen +ang akan ,&a/l&&ka!& &tu. ,engan urutan 7a!a ke,ua ,aera# u%ung ragen +ang akan ,&a/l&&ka!& &tu. Pa,a#al9 k&ta 7elu engeta#u& ,engan /a!t& urutan 7a!a !ekuen! target. Ole# Pa,a#al9 k&ta 7elu engeta#u& ,engan /a!t& urutan 7a!a !ekuen! target. Ole# karena &tu9 ,&/erluka

karena &tu9 ,&/erlukan n ara tertentu untuk eranang urutan 7a!a ara tertentu untuk eranang urutan 7a!a ke,uke,ua a /r&er /r&er  +ang akan ,&gunakan.

+ang akan ,&gunakan. Da!

Da!ar ar +an+ang g ,&g,&gunaunakan kan a,aa,ala# la# uruurutan tan 7a!a 7a!a +a+ang ng ,&,,&,uga uga ee/un/un+a&+a& ke&r&/an ,engan urutan 7a!a !ekuen! target. Urutan &n& a,ala# urutan !eru/a ke&r&/an ,engan urutan 7a!a !ekuen! target. Urutan &n& a,ala# urutan !eru/a ,

,aarr& & !!ee%%uullaa# # !!//ee!!&&ee!!GG!!ttrraa&&n n 00rrggaann&&!!e e llaa&&nnnn++a a ++aanng g tteellaa## ,&ket

,&keta#u&G,a#u&G,&/u7l&/u7l&ka!&k&ka!&kan. an. Se7agSe7aga& a& 0nt00nt0#9 #9 untuk untuk eranaeranang ng !e/a!an!e/a!ang g /r&er /r&er  +ang ,&#ara/kan ,a/at enga/l&&ka!& !e7ag&an gen l&/a!e /a,a &!0lat

+ang ,&#ara/kan ,a/at enga/l&&ka!& !e7ag&an gen l&/a!e /a,a &!0lat Bacillus Bacillus ter0&l&k tertentu ,a/at ,&gunakan &n0ra!& urutan 7a!a gen l&/a!e ,ar& !tra&n: ter0&l&k tertentu ,a/at ,&gunakan &n0ra!& urutan 7a!a gen l&/a!e ,ar& !tra&n: !!ttrraa&&nn  Pseudomonas  Pseudomonas fluorescensfluorescens99  P.  P. mendocinamendocina 9 9 ,a,an n !e!e7a7agaga&n&n++a9 a9 ++anangg !e7elun+a tela# ,&keta#u&.

!e7elun+a tela# ,&keta#u&.

Urutan 7a!a /a!angan /r&er +ang tela# ,&!u!un keu,&an ,&anal&!&! Urutan 7a!a /a!angan /r&er +ang tela# ,&!u!un keu,&an ,&anal&!&! engg

enggunakaunakan n /r0g/r0gra ra k0/k0/uter uter untuuntuk k engeengeta#u& ta#u& keukeungk&nngk&nan an ter%a,ter%a,&n+a&n+a  /r&er:,&er

 /r&er:,&er ak&7at ak&7at #00l0g& #00l0g& !en,&r&!en,&r& (se(self-hlf-homoomololoy!y! atau atau #00#00l0g& !&langl0g& !&lang (cross-homoloy!

(cross-homoloy!. Sela&n &tu9 %uga /erlu ,&l&#at keungk&nan ter%a,&n+a !ala#. Sela&n &tu9 %uga /erlu ,&l&#at keungk&nan ter%a,&n+a !ala# te/el

BAB III BAB III "ETODE (ER'A "ETODE (ER'A

!"1

!"1 #$%&' ($) Te*+$& Pel$%,$)$$) P-$%&.%'*#$%&' ($) Te*+$& Pel$%,$)$$) P-$%&.%'*

H

Haarr&&9 t9 taannggggaall  R Raa77uu9 2 9 2 ""aarreet 2t 2--11 

aakkttuu   PPuukkuul l 11--..$$- -   1133..22- - IIB B 55!!##&&t t AA66 T

Tee//aatt   RRuuaanng g SSCCL L FFaakkuullttaa! ! FFaarraa!!& & UUnn&&88eerr!!&&ttaa! ! ''ee77eer r 

!"2

!"2 Al$& Al$& ($) ($) B$h$)B$h$)

 A

 Allaat t  ( (00//uutteer ,r ,aan n ((00nneekk!!& I& Inntteerrnneett  Ba#

 Ba#an an  CD CDS geS gen ,an ,ar& 0r& 0rgrganan&!&!e tee tertertentntu !eu !e7a7agaga& 0& 0lelekukul DNl DNA A tatargrgetet

!"! C$-$ Ke-/$ !"! C$-$ Ke-/$

3.3.1 "enar& CDS gen target 3.3.1 "enar& CDS gen target

"e7uka

"e7uka !&tu! !&tu! #tt/GG>>>.#tt/GG>>>.n7&.nl.n&#.g08n7&.nl.n&#.g08

(et&kkan gen +ang au ,&ar& !ekuen!n+a /a,a k0l0 !ear# (et&kkan gen +ang au ,&ar& !ekuen!n+a /a,a k0l0 !ear#

P&l&# nule0t&,e /a,a /&l&#an all ,ata7a!e P&l&# nule0t&,e /a,a /&l&#an all ,ata7a!e

Te

Tekan t070l kan t070l !ear#!ear#

P&l&# 0/lete gen0e P&l&# 0/lete gen0e

(l&k FASTA (l&k FASTA

3.3.2 enar& /r&er  3.3.2 enar& /r&er 

"e7uka !

"e7uka !&tu! #tt/GG>>>.n7&.nl.n&#.g0&tu! #tt/GG>>>.n7&.nl.n&#.g088

(l&k DNA ,an RNA (l&k DNA ,an RNA

(l&k Pr&er:BLAST (l&k Pr&er:BLAST

Sal&n !eua CDS gen +ang ,&ak!u, /a,a k0l0 enter ae!!&0n g& 0r  Sal&n !eua CDS gen +ang ,&ak!u, /a,a k0l0 enter ae!!&0n g& 0r 

FASTA !e=uene FASTA !e=uene

P&l&# gen0e 5all 0rgan&!6 !e7aga& /&l&#an ,ata7a!e P&l&# gen0e 5all 0rgan&!6 !e7aga& /&l&#an ,ata7a!e

(l&k et Pr&er  (l&k et Pr&er 

Tung

Tunggu #&ngga #a!&lngu #&ngga #a!&ln+a keluar +a keluar 

3.3.3

3.3.3 "enentukan "enentukan !/e!&&ta! !/e!&&ta! /r&er /r&er  "e7uka !

"e7uka !&tu! #tt/GG>>>.n7&.nl.n&#.g0&tu! #tt/GG>>>.n7&.nl.n&#.g088

P&l&# BLAST P&l&# BLAST

P&l&# nule0t&,e BLAST P&l&# nule0t&,e BLAST

"a!ukkan /r&er +ang &ng&n ,&ek /a,a k0l0 enter ae!!&0n nu7er5!69 "a!ukkan /r&er +ang &ng&n ,&ek /a,a k0l0 enter ae!!&0n nu7er5!69 g&5!69 0r FASTA !e=uene

g&5!69 0r FASTA !e=uene

P&l&# nulet&,e /a,a /&l&#an ,ata7a!e P&l&# nulet&,e /a,a /&l&#an ,ata7a!e

(l&k BLAST (l&k BLAST

Tung

BAB IV BAB IV

HASIL DAN PE"BAHASAN HASIL DAN PE"BAHASAN $.1 Pengert&an /r&er 

$.1 Pengert&an /r&er 

Pr&er a,ala# 0lekul 0l&g0nukle0t&,a unta& tunggal +ang ter,&r& ata! !ek&tar Pr&er a,ala# 0lekul 0l&g0nukle0t&,a unta& tunggal +ang ter,&r& ata! !ek&tar 3- 7a!a. P0l&er&!a!& /r&er ,a/at 7erlang!ung karena a,an

 7a!a. P0l&er&!a!& /r&er ,a/at 7erlang!ung karena a,an +a /ena7a#an 7a!a ,e& 7a!a+a /ena7a#an 7a!a ,e& 7a!a ,ar& ,NTP +ang ,&katal&!a!& 0le# en<& DNA /0l&era!e. Naun9 /a,a PCR en<& ,ar& ,NTP +ang ,&katal&!a!& 0le# en<& DNA /0l&era!e. Naun9 /a,a PCR en<& DNA /0l&era!e +ang ,&gunakan #aru!

DNA /0l&era!e +ang ,&gunakan #aru! ter0!ta7&lter0!ta7&l karena !ala# !atu ta#a/ reak!&n+akarena !ala# !atu ta#a/ reak!&n+a a,ala# ,enatura!& unta& gan,a DNA +ang e7utu#kan !u#u !angat t&ngg& 5!ek&tar  a,ala# ,enatura!& unta& gan,a DNA +ang e7utu#kan !u#u !angat t&ngg& 5!ek&tar  4)C6. Sala# !atu en<& DNA /0l&era!e +ang uu ,&gunakan a,ala#

4)C6. Sala# !atu en<& DNA /0l&era!e +ang uu ,&gunakan a,ala# TTaaqq DNADNA  /0l&era!e9 +ang 7era!al ,ar& 7akter& ter0&l&k

 /0l&era!e9 +ang 7era!al ,ar& 7akter& ter0&l&kThermus aquaticusThermus aquaticus.. T

T&&a/ a/ //uuttaararan n rreeakak!& !& PPCCR R tteerr,,&&rr& & aatta! a! tt&&gga a tta#a#aa//9 9 ++a&a&ttu u ,,eennaattuurara!!&& te/lat

te/lat /ene/elan /r&er  /ene/elan /r&er  ,an,an /0l&er&!a!& /r&er  /0l&er&!a!& /r&er  +ang a!&ng:a!&ng 7erlang!ung+ang a!&ng:a!&ng 7erlang!ung  /a,a

 /a,a !u#u !u#u le7&# le7&# kurang kurang 4)C9 4)C9 )-C9 )-C9 ,an ,an -C. -C. Pa,a Pa,a ta#a/ ta#a/ ,enatura!&9 ,enatura!&9 /a!angan /a!angan unta&unta& DNA te/lat ,&/&!a#kan !atu !aa la&n !e#&ngga en%a,& unta& tunggal. Pa,a ta#a/ DNA te/lat ,&/&!a#kan !atu !aa la&n !e#&ngga en%a,& unta& tunggal. Pa,a ta#a/ !elan%utn+a9 a!&ng:a!&ng unta& tunggal akan ,&te/el& 0le# /r&er. 'a,&9 a,a ,ua !elan%utn+a9 a!&ng:a!&ng unta& tunggal akan ,&te/el& 0le# /r&er. 'a,&9 a,a ,ua  7ua#

 7ua# /r&er /r&er +ang +ang a!&ng:a!&ng a!&ng:a!&ng ene/el ene/el /a,a /a,a unta& unta& tunggal tunggal DNA DNA te/lat.te/lat. B&a!an+a9 ke,ua /r&er ter!e7ut ,&naakan /r&er a%u

B&a!an+a9 ke,ua /r&er ter!e7ut ,&naakan /r&er a%u (for"ard primer!(for"ard primer! ,an  ,an /r&/r&er er  un,ur 

un,ur (r(reveeverse rse priprimermer!!. . SeSetetelala# # eenene//el el /a/a,a ,a ununtata& & DNDNA A tete//lalat9 t9 /r/r&&er er  en

engalagala& & /0l/0l&e&er&!ar&!a!& !& ulula& a& ,ar,ar& & tete/at /at /en/ene/e/elanelann+n+a a #&n#&ngga gga u%uu%ung ng )J DNA)J DNA te/la

te/lat t 5&ngat /0l&5&ngat /0l&er&!a!& DNA !elalu 7er%aler&!a!& DNA !elalu 7er%alan ,ar& an ,ar& u%ung )J ku%ung )J ke e 3J ata3J atau 7erart& ,ar&u 7erart& ,ar& u%ung 3J ke )J unta& te/latn+a6

u%ung 3J ke )J unta& te/latn+a6.. DengaDengan n ,e&k,e&k&an9 /a,a &an9 /a,a ak#&r /utaran reak!& /ertaaak#&r /utaran reak!& /ertaa akan ,&/er0le# ,ua /a!ang unta&

akan ,&/er0le# ,ua /a!ang unta& DNA %&ka DNA DNA %&ka DNA te/lat a>aln+a 7eru/a !e/a!te/lat a>aln+a 7eru/a !e/a!ang unta&ang unta& DNA.

DNA.

Pa!angan:/a!angan unta& DNA +ang ,&/er0le# /a,a !uatu ak#&r /utaran reak!& Pa!angan:/a!angan unta& DNA +ang ,&/er0le# /a,a !uatu ak#&r /utaran reak!& akan en%a,& te/lat /a,a /utaran reak!& 7er&kutn+a. Beg&tu !eteru!n+a #&ngga /a,a akan en%a,& te/lat /a,a /utaran reak!& 7er&kutn+a. Beg&tu !eteru!n+a #&ngga /a,a  /utaran

 /utaran +ang +ang ke ke n n ,&#ara/kan ,&#ara/kan akan akan ,&/er0le# ,&/er0le# ragen ragen DNA /en,ek DNA /en,ek !e7an+ak !e7an+ak 22nn _{ 2n.  2n.} Fragen DNA /en,ek +ang ,&ak!u,kan a,ala# ragen +ang ukurann+a !aa

Fragen DNA /en,ek +ang ,&ak!u,kan a,ala# ragen +ang ukurann+a !aa ,engan,engan  %arak

 %arak antara antara ke,ua te/at ke,ua te/at /ene/elan /r&er. Fragen /ene/elan /r&er. Fragen /en,ek &n&la# /en,ek &n&la# +ang eru/akan+ang eru/akan urutan target +ang eang ,&ke#en,ak& untuk ,&gan,akan 5,&a/l&&ka!&6.

$.2 en HSF $.2 en HSF

Heat !#0k

Heat !#0k at0r 5HSF6 a,ala# at0r 5HSF6 a,ala# akt&8aakt&8at0r tran!kr&/!& gen t0r tran!kr&/!& gen #eat !#0k. Akt&8at0r #eat !#0k. Akt&8at0r  &n& eng&kat !eara k#u!u! untuk Heat S#0k urut Eleent! 5HSE6 ,& !eluru# gen0 &n& eng&kat !eara k#u!u! untuk Heat S#0k urut Eleent! 5HSE6 ,& !eluru# gen0 +ang k0n!en!u! urutann+a 7er0t&. Dala k0n,&!& n0n:!tre!9 Dr0!0/#&la HSF a,ala# +ang k0n!en!u! urutann+a 7er0t&. Dala k0n,&!& n0n:!tre!9 Dr0!0/#&la HSF a,ala# 0n0er ter&kat nukl&r l0kal9 !e,angkan #a!&l akt&8a!& #eat !#0k ,& tr&er&<at&0n ,an 0n0er ter&kat nukl&r l0kal9 !e,angkan #a!&l akt&8a!& #eat !#0k ,& tr&er&<at&0n ,an eng&kat ke HSE.

eng&kat ke HSE. T#e Heat S#0k T#e Heat S#0k urutan Eleent !angat kekal ,ar& urutan Eleent !angat kekal ,ar& rag& ke anu!&a.rag& ke anu!&a. Fakt0

Fakt0r r Heat !#0k 1 Heat !#0k 1 5HSF:5HSF:16 a,ala# regulat0r utaa #eat 16 a,ala# regulat0r utaa #eat !#0k tran!kr&!#0k tran!kr&/!&/!&  /r0te&n /a,a eukar&0ta. Dengan t&,ak a,an+a !tre! !elular9 HSF:1 ,&#a7at 0le# a!0!&a!&  /r0te&n /a,a eukar&0ta. Dengan t&,ak a,an+a !tre! !elular9 HSF:1 ,&#a7at 0le# a!0!&a!&

,enga

,engan n /r0te&/r0te&n n #eat !#0k #eat !#0k ,an ,an ,an ,an en+en+e7a7kae7a7kan n t&,ak akt&. t&,ak akt&. TeTekanan !eluler9 !e/ert&kanan !eluler9 !e/ert&  /en&ngkatan

 /en&ngkatan !u#u9 !u#u9 ,a/at ,a/at en+e7a7kan en+e7a7kan /r0te&n /r0te&n ,ala ,ala !el !el untuk untuk &!0l,. &!0l,. /r0te&n /r0te&n HeatHeat !#0k eng&

!#0k eng&kat /r0te&n +ang gagal el&/at ,an kat /r0te&n +ang gagal el&/at ,an e&!e&!a#kan ,ar& HSF:1. Hal a#kan ,ar& HSF:1. Hal &n&&n& eungk&nkan HSF1 untuk e7entuk tr&er ,an entran!l0ka!& ke &nt& !el eungk&nkan HSF1 untuk e7entuk tr&er ,an entran!l0ka!& ke &nt& !el ,an,an enga

engakt&kakt&kan tran!kr&n tran!kr&/!&. /!&. FungFung!&n+a t&,!&n+a t&,ak #an+a /enak #an+a /ent&ng untt&ng untuk enguk engata!& eek ata!& eek   /r0te0t0?& !

 /r0te0t0?& !tre! tre! teral9 teral9 teta/& teta/& %uga %uga ,&/erlukan untuk ,&/erlukan untuk /enge7angan #e>an /enge7angan #e>an +ang te+ang te/at/at ,an kelang!ungan #&,u/ !eara ke!eluru#an !el:!el kanker.

,an kelang!ungan #&,u/ !eara ke!eluru#an !el:!el kanker.

Be7era/a akt0r +ang ,a/at engakt&8a!& HSFI ,&antaran+a ke!ala#an ,ala Be7era/a akt0r +ang ,a/at engakt&8a!& HSFI ,&antaran+a ke!ala#an ,ala  /el&/atan

 /el&/atan /r0te&n9 /r0te&n9 gangguan gangguan #0e0!ta!&! #0e0!ta!&! /r0te&n9 /r0te&n9 ,an ,an /eru7a#an /eru7a#an k0n,&!& k0n,&!& re,0k!re,0k! &ntra!elular +ang ,&ak&7atkan karena /eru7a#an te/eratur atau !tre!!. HSF 1 ,a/at &ntra!elular +ang ,&ak&7atkan karena /eru7a#an te/eratur atau !tre!!. HSF 1 ,a/at ,&#a7at 0le# ekan&!e u/an 7al&k negat& elalu& &nterak!&n+a ,engan H!/O ,an ,&#a7at 0le# ekan&!e u/an 7al&k negat& elalu& &nterak!&n+a ,engan H!/O ,an H!/

H!/4-. 4-. EkEk!/re!/re!& !& H!/H!/4- 4- ,an ,an H!/H!/- - tertert&ngt&ngg& g& /a,/a,a a !ua!uatu tu !el !el akaakan n enengakgak&7a&7atkatkann ter&na!& ek!/re!& gen #eat !#0k 5/r0!e! aut0regula!&6K Sela&n &tu HSF1 %uga ,a/at ter&na!& ek!/re!& gen #eat !#0k 5/r0!e! aut0regula!&6K Sela&n &tu HSF1 %uga ,a/at ,&#a7at 0le# ekan&!e u/an 7al&k elalu& 0!0r&la!&. HSF1 ,&0!0r&la!& /a,a ,&#a7at 0le# ekan&!e u/an 7al&k elalu& 0!0r&la!&. HSF1 ,&0!0r&la!& /a,a re!&,u !er&n ,& ,aera# regulat0r +ang e0,ula!& ,aera# akt&8a!& /a,a !u#u n0ral. re!&,u !er&n ,& ,aera# regulat0r +ang e0,ula!& ,aera# akt&8a!& /a,a !u#u n0ral. Re!&,u !er&n terl&7at ,ala e/erta#ankan %ula# HSFI /a,a kea,aan 7uruk ,ala Re!&,u !er&n terl&7at ,ala e/erta#ankan %ula# HSFI /a,a kea,aan 7uruk ,ala k0n,&!& 7a!al. F0!0r&la!& re!&,u &n& akan en&ngkat elalu& !t&ula!& %alur RaGER(9 k0n,&!& 7a!al. F0!0r&la!& re!&,u &n& akan en&ngkat elalu& !t&ula!& %alur RaGER(9  %alur

 %alur /r0te&n /r0te&n k&na!e k&na!e +ang +ang ,&akt&8a!& ,&akt&8a!& &t0gen &t0gen +ang +ang re!/0n!& re!/0n!& /a,a /a,a akt0r akt0r /ertu7u#an9/ertu7u#an9 ,an 7erak&7at /a,a &n#&7&!& akt&8&ta! HSF1.

$.3 Per!+aratan /r&er +ang 7a&k  $.3 Per!+aratan /r&er +ang 7a&k 

1.

1. PaPann%a%ang ng /r/r&&er er 

Pan%ang /r&er #aru! 1*:2$ nukle0t&,a9 %&ka kurang ,ar& 1) nukle0t&,a akan Pan%ang /r&er #aru! 1*:2$ nukle0t&,a9 %&ka kurang ,ar& 1) nukle0t&,a akan enurunkan !/e!&&ta! #&7r&,&!a!& ,engan DNA target9 %&ka le7&# ,ar& $- akan enurunkan !/e!&&ta! #&7r&,&!a!& ,engan DNA target9 %&ka le7&# ,ar& $- akan enurunkan akt&8&ta! DNA /0l+era!e.

enurunkan akt&8&ta! DNA /0l+era!e. 2.

2. SuSu#u #u LeLelele# # 5T5T66

Pr&er "elt&ng Te/erature 5T6 eru/akan te/eratur +ang ,&/erlukan 0le# Pr&er "elt&ng Te/erature 5T6 eru/akan te/eratur +ang ,&/erlukan 0le# !e/ar0# /r&er ,u/lek! +ang engalaa& ,&!0!&a!&Gle/a! &katan. Pr&er ,engan !e/ar0# /r&er ,u/lek! +ang engalaa& ,&!0!&a!&Gle/a! &katan. Pr&er ,engan T

T 7er7erk&!ak&!ar r antantara ara )-:)-:-;-;C C !an!angat gat &,e&,eal9 al9 !e,!e,angangkan T kan T ,&a,&ata! ta! ););C C akaakann en

engurgurangang& & eekeekt&t&&ta! &ta! aneanela&la&ng ng !e#&!e#&nggngga a /r0/r0!e! !e! a/a/l&&l&&ka!& ka!& DNA DNA kurkurangang  7er%alan 7a&k. T &n& !angat ,&tentukan 0

 7er%alan 7a&k. T &n& !angat ,&tentukan 0le# %ula# 7a!a C 5C 0nta&n!6.le# %ula# 7a!a C 5C 0nta&n!6. T /r&er ,a/at ,&#&tung ,engan 0rula

T /r&er ,a/at ,&#&tung ,engan 0rula

A. T 5;C6  55MC6 ?$6 M 55AMT6 ?266.!eara ka!ar 5kurang akurat6 A. T 5;C6  55MC6 ?$6 M 55AMT6 ?266.!eara ka!ar 5kurang akurat6 B. T5;C6  HG S M R ln5C6Q : 23.1)..!eara a

B. T5;C6  HG S M R ln5C6Q : 23.1)..!eara a kuratkurat 3. Pr&er anneal&ng te/erature

3. Pr&er anneal&ng te/erature T#

T#e e /r&/r&er er annanneal&eal&ng ng te/te/eraterature ure 5T5Ta6 a6 ereru/au/akan kan !u#!u#u u +an+ang g ,&/,&/erk&erk&rakrakanan  /r&er

 /r&er ,a/at ,a/at 7er&katan 7er&katan ,engan ,engan te/late te/late 5DNA6 5DNA6 ,engan ,engan !ta7&l !ta7&l 5DNA:DNA5DNA:DNA #+7r&, !ta7&l&t+6. '&ka !u#u aneal&ng t&ngg& akan en+ul&tkan ter%a,&na+a &ktan #+7r&, !ta7&l&t+6. '&ka !u#u aneal&ng t&ngg& akan en+ul&tkan ter%a,&na+a &ktan  /r&er

 /r&er ,engan ,engan DNA DNA te/late te/late !e#&ngga !e#&ngga akan akan eng#a!&lkan eng#a!&lkan /r0,uk /r0,uk PCR PCR +ang+ang ren

ren,a# ,a# 5ku5kuranrang g e&!e&!&en&en6. 6. NaNaun un %&k%&ka a TTa a terterlalu lalu renren,a# ,a# akaakan n enen+e7+e7a7ka7kanan ter%a,&n+a /ene/elan /r&er /a,a DNA te/alat +ang t&,ak !/e!&&k. Ta ,a/at ter%a,&n+a /ene/elan /r&er /a,a DNA te/alat +ang t&,ak !/e!&&k. Ta ,a/at ,&#&tung ,engan enggunakan0rula ,& 7a>a# &n&

,&#&tung ,engan enggunakan0rula ,& 7a>a# &n& Ta  -.3 ? T5/r&er6 M -. T 5/r0,ut6  1$.4 Ta  -.3 ? T5/r&er6 M -. T 5/r0,ut6  1$.4 T5/r&er6  T /r&er  T5/r&er6  T /r&er  T5/r0,ut6  T /r0,uk PCR  T5/r0,ut6  T /r0,uk PCR  $ $.. C C CC00nnttenentt

'ula# Ba!a  ,an C 5C 0ntent6 ,& ,ala /r&er +ang &,eal !ek&tar $-:-. 'ula# Ba!a  ,an C 5C 0ntent6 ,& ,ala /r&er +ang &,eal !ek&tar $-:-.

)

).. C C CCllaa//

'ula# 7a!a  ,an C +ang ter,a/at /a,a

'ula# 7a!a  ,an C +ang ter,a/at /a,a ) 7a!a terak#&r 53J6 ,&!e7ut ) 7a!a terak#&r 53J6 ,&!e7ut ,engan C,engan C la/. C la/ +ang 7a&k !ek&tar 3 7a!a GC ,an t&,ak ele7&#& ) 7a!a GC. la/. C la/ +ang 7a&k !ek&tar 3 7a!a GC ,an t&,ak ele7&#& ) 7a!a GC.

an

antartara a /r/r&&er er ,e,engngan an DNDNA A tete/l/lat at +a+ang ng ,&,&/e/erlrlukukan an ununtutuk k &n&n&!&&!&a!a!& & DNDNAA  /0l+era!e

 /0l+era!e 5/r0!e! PCR6.5/r0!e! PCR6. .

. PrPr&&er er !e!e7a7a&k&kn+n+a a t&t&,a,ak k ee&l&l&k&k& & ururututan an //enenggululanangagan n ,,arar& & 2 2 77a!a!a a ,,anan ak

ak!&!&u u /en/engulgulangangan an 2 2 7a!a !e7an+7a!a !e7an+ak ak $ $ kalkal& & a!a!&# &# ,a/,a/at at ,& ,& t0lt0leraneran!&.!&. "&

"&!a!alnln+a +a ATATATATATATATAT.. .

. Pr&Pr&erer! !e7a&k! !e7a&kn+a t&,n+a t&,ak e&ak e&l&kl&k& uruta& urutan 7a!a +ang ,& ulann 7a!a +ang ,& ulang teru! eneg teru! eneru!ru!.. Pengulangan 7a!a 7erurutan !a/a& $ kal& a!&# ,a/at ,& t0leran!&. "&!aln+a Pengulangan 7a!a 7erurutan !a/a& $ kal& a!&# ,a/at ,& t0leran!&. "&!aln+a ACA

ACATT e&l&k& urutan  e&l&k& urutan 7a!a  ,&ulang 7a!a  ,&ulang ) kal& 7erturut:turut.) kal& 7erturut:turut. *.

*. AA880&, Cr0!0&, Cr0!! ! #0#00l00l0g+  g+  untuntuk eg#uk eg#&n,&n,ar& r0!! #00ar& r0!! #00l0gl0g& & ,a/,a/at ,&lakat ,&lakukaukann ,en

,engan gan ara ara enenganganal&al&!&! !&! #0#00l00l0g& g& /r&/r&er er ,en,engan gan DNA gen0DNA gen0e e elaelalu&lu& BLAST:NCBI.

BLAST:NCBI. 4.

4. A/A/l&l&0n Leng0n Lengt#  t#  PanPan%ang PC%ang PCR /r0,uR /r0,uk +ang &,eak +ang &,eal 7erk&!l 7erk&!ar antarar antara 1--:)a 1--:)-- -- 7a!ang 7a!a.

 7a!ang 7a!a. 1-.

1-. O/tO/t&u&u  AnAnnealneal&ng &ng tete/er/eratuature re 5T5Ta a O/tO/t6 6 Su#Su#u u annanneal&eal&ng ng 0/t0/t&u&u  !an!angatgat e/engaru#& #a!&l PCR. Ta O/t &n& ,a/at ,&#&tung ,engan ara

e/engaru#& #a!&l PCR. Ta O/t &n& ,a/at ,&#&tung ,engan ara Ta O

Ta O/t  -.3 ?5T 0 /t  -.3 ?5T 0 /r&er6 M -. ?5T 0 /r&er6 M -. ?5T 0 /r0,ut6  2)/r0,ut6  2) 11

11.. Pr&Pr&er er Pa&Pa&r r T T "&!"&!at#at#  PerPer7e,7e,aan aan T T !e/!e/a!ana!ang g /r&/r&er er !e7!e7a&kna&kn+a +a t&,t&,ak ak  le7&# ,ar& );C.

le7&# ,ar& );C. (e7er#

(e7er#a!&lan reak!& a!&lan reak!& PCR 7ergantPCR 7ergantung /a,a ung /a,a /r&er +ang ter7entuk ,ar& /r&er +ang ter7entuk ,ar& gen ter!e7ut9gen ter!e7ut9 !eak&n 7a&k /r&er +ang ,&#a!&lkan aka reak!& PCR akan 7erlang!ung ,engan !eak&n 7a&k /r&er +ang ,&#a!&lkan aka reak!& PCR akan 7erlang!ung ,engan  7a&k.

 7a&k. Dan Dan !e7al&kn+a !e7al&kn+a %&ka %&ka /r&er /r&er +ang +ang ,&#a!&lkan ,&#a!&lkan %elek %elek aka aka reak!& reak!& PCR PCR %uga %uga akanakan terganggu.

terganggu. $.$ Pr&er

$.$ Pr&er ,ar& gen HS,ar& gen HSF ter#a,a/ #ae0/#F ter#a,a/ #ae0/#&lu! &nluene&lu! &nluene Dar&

Dar& gen gen HSF HSF ,&,,&,a/aa/at t !e=!e=uenuene e DNA +anDNA +ang g kekeu,&u,&an an ,&,&a!ua!ukkakkan n ke,ke,alaala !e7

!e7uaua# # k0k0l0l0  ununtutuk k eengngetaeta#u#u& & /r/r&&er er ,a,ar& r& gegen n terter!e7!e7utut. . HaHa!&!&l l /e/enenelulu!u!urarann enun%ukkan 7a#>a gen HS ter#a,a/ Hae0/#&lu! Inluen<a e&l&k& 1- /r&er +ang enun%ukkan 7a#>a gen HS ter#a,a/ Hae0/#&lu! Inluen<a e&l&k& 1- /r&er +ang  7er7e,a.

 7er7e,a. Dar& Dar& ke!e/ulu# ke!e/ulu# /r&er /r&er ter!e7ut ter!e7ut ,&/&l&# ,&/&l&# /r&er /r&er +ang +ang /al&ng /al&ng 7a&k 7a&k ,an ,an +ang+ang eenu#& /er!+aratan /r&er +ang 7a&k. Pa,a /rakt&ku kal& &n& /r&er +ang ,&/&l&# eenu#& /er!+aratan /r&er +ang 7a&k. Pa,a /rakt&ku kal& &n& /r&er +ang ,&/&l&# a,ala# /r&er 19 /r&er 29 ,an /r&er 3.

1

1.. PPrr&&eer r 11 F0r>ar,

F0r>ar, /r&er /r&er ACAAAACCACACAACAAAACCACACAACCACC Re8er!e

Re8er!e /r&er /r&er CCTATTTCCAATCCATCCTATTTCCAATCCAT

F0r>ar, /r&er ,&ula& /a,a /an%ang 7a!a )42 7/ ,engan /an%ang F0r>ar, /r&er ,&ula& /a,a /an%ang 7a!a )42 7/ ,engan /an%ang  /r&er

 /r&er 0r>ar, 0r>ar, 2- 2- 7/. Su#u 7/. Su#u anneal&ng anneal&ng untuk /r&er untuk /r&er &n& &n& a,ala# a,ala# )4.4;C ,engan)4.4;C ,engan k0n!entra!& C )). Pr&er &n& e&l&k& !truktur Sel 0/leentar&t+.

k0n!entra!& C )). Pr&er &n& e&l&k& !truktur Sel 0/leentar&t+. Query

Query 1 1 GACAAAACCACAGGACAAAACCACAGGCGAACC GCGAACC 2020

  ||||||||||||||||||||

  ||||||||||||||||||||

Sbjct 5926 GACAAAACCACAGGCGAACC 5945 Sbjct 5926 GACAAAACCACAGGCGAACC 5945 Re8er!e /r&er ,&ula

Re8er!e /r&er ,&ula& & /a,a /an%ang 7a!a 33 7/ /a,a /an%ang 7a!a 33 7/ ,enga,engan /an%ang /r&er n /an%ang /r&er  re8

re8er!er!e e 2- 2- 7/7/. . SuSu#u #u ananneneal&al&ng ng ununtutuk k /r/r&&er er &n&n& & a,a,alaala# # )4)4.4.4;;C C ,e,engnganan k0n!entra!& C )-. Pr&er &n& e&l&k& !truktur Sel 0/leentar&t+ ,an k0n!entra!& C )-. Pr&er &n& e&l&k& !truktur Sel 0/leentar&t+ ,an Sel 3

Sel 3 0/leentar&t+.0/leentar&t+. uer

uer+ + 1 1 CCTCCTATTTCCAATCCAT ATTTCCAATCCAT 2- 2-W

W W W W W W W W W W W W W W W W W W W W W W W W W W W W W W W W W W W W W WW S7%t 33 CCTATTTCCAATCCAT 31 S7%t 33 CCTATTTCCAATCCAT 31 Pr&er 1 &n& e

Pr&er 1 &n& e&lk& /an%ang /r0,uk $11 nukle0t&,a.&lk& /an%ang /r0,uk $11 nukle0t&,a. 2

2.. PPrr&&eer r 22

F0r>ar, /r&er 

F0r>ar, /r&er CCTTAAATTCATCCTTAAATTCAT Re8er!e

F0r>ar, /r&er ,&ula& /a,a /an%anag 7a!a 31)- 7/ ,engan /an%ang /r&er  F0r>ar, /r&er ,&ula& /a,a /an%anag 7a!a 31)- 7/ ,engan /an%ang /r&er  0

0r>r>ar, ar, 2- 2- 7/7/. . SuSu#u #u ananneaneal&l&ng ng ,a,ar& r& /r/r&&er er &n&n& & a,a,alaala# # )4)4.4.4;;C C ,e,engnganan k0n!entra!& C )). Pr&er &n& e&l&k& !truktur Sel 0/leentar&t+ ,an k0n!entra!& C )). Pr&er &n& e&l&k& !truktur Sel 0/leentar&t+ ,an Sel 3

Sel 3 0/leentar&t+.0/leentar&t+. Query

Query 1 1 CGGCTTGAAGATTCGGCTTGAAGATTGGCGATG GGCGATG 2020

  ||||||||||||||||||||

  ||||||||||||||||||||

Sbjct 3150 CGGCTTGAAGATTGGCGATG 3169 Sbjct 3150 CGGCTTGAAGATTGGCGATG 3169

Re8er!e /r&er ,&ula& /a,a /an%ang 7a!a $13- 7/ ,engan /an%ang /r&er Re8er!e /r&er ,&ula& /a,a /an%ang 7a!a $13- 7/ ,engan /an%ang /r&er re8er!e 2- 7/. Su#u anneal&ng ,ar& /r&er &n& a,ala# )4.4;C ,engan k0n!entra!& C re8er!e 2- 7/. Su#u anneal&ng ,ar& /r&er &n& a,ala# )4.4;C ,engan k0n!entra!& C )-. Pr&er &n& e&l&k& !truktur

)-. Pr&er &n& e&l&k& !truktur Sel 0/leentar&t+ ,an Sel Sel 0/leentar&t+ ,an Sel 3 0/leentar&t+.3 0/leentar&t+. Query

Query 1 1 ACGGATGCACCTTACGGATGCACCTTTTGTTGC TTGTTGC 2020

  ||||||||||||||||||||

  ||||||||||||||||||||

Sbjct 4130 ACGGATGCACCTTTTGTTGC 4111 Sbjct 4130 ACGGATGCACCTTTTGTTGC 4111 Pr&er 2 &n& e

Pr&er 2 &n& e&l&k& /an%ang /r0,uk 4*1 nukle0t&,a.&l&k& /an%ang /r0,uk 4*1 nukle0t&,a.

3

3.. PPrr&&eer r 33

F0r>ar, /r&er 

F0r>ar, /r&er GCAACCTACGACACAGTGGA”GCAACCTACGACACAGTGGA” Re8er!e /r&er 

Re8er!e /r&er GCCGTTTGCGTCTTTGAAC”GCCGTTTGCGTCTTTGAAC”

Forward primer dimulai pada panjang basa 4804 bp dengan panjang primer  Forward primer dimulai pada panjang basa 4804 bp dengan panjang primer  forwa

forward 20 rd 20 bp. Suhu annealing dari primer ini adalahbp. Suhu annealing dari primer ini adalah)4.4;C ,engan k0n!entra!&)4.4;C ,engan k0n!entra!& C

C )))). . PrPr&&er er &n&n& & ee&&l&l&k& k& !t!tururktkturur SelSel  00/le/leentaentar&t+ r&t+ ,an ,an SelSel  33 0/leentar&t+.

0/leentar&t+. Query

Query 1 1 GCAACCTACGACAGCAACCTACGACACAGTGGA CAGTGGA 2020

  ||||||||||||||||||||

  ||||||||||||||||||||

Sbjct 4804 GCAACCTACGACACAGTGGA 4823 Sbjct 4804 GCAACCTACGACACAGTGGA 4823

Re8er!e /r&

Re8er!e /r&er ,&ula& /a,a /an%aer ,&ula& /a,a /an%ang 7a!a )) ng 7a!a )) 7/ ,engan /an7/ ,engan /an%ang /r&er %ang /r&er  re8er!e 2- 7/. Su#u anneal&ng ,ar& /r&er &n& a,ala# )4.4;C ,engan k0n!entr!& re8er!e 2- 7/. Su#u anneal&ng ,ar& /r&er &n& a,ala# )4.4;C ,engan k0n!entr!& C

C )-)-. . PrPr&&er er &n&n& & ee&&l&l&k& k& !t!truruktktur ur !el!el  00//leleenentatar&tr&t+ + ,a,an n !el!el  3J3J 0/leentar&t+.

0/leentar&t+. Query

Query 1 1 GCCGTTTGCGTCTGCCGTTTGCGTCTTTGAACT TTGAACT 2020

  ||||||||||||||||||||

  ||||||||||||||||||||

Sbjct 5577 GCCGTTTGCGTCTTTGAACT 5558 Sbjct 5577 GCCGTTTGCGTCTTTGAACT 5558 Pr&er

Pr&er 3 3 &n& &n& e&l&k& e&l&k& /an%ang /an%ang /r0,uk /r0,uk $ $ nukle0t&,a.nukle0t&,a.

Ber,a!arkan #a!&l /rakt&ku +ang tela# !a+a lakukan ,a/at ,&keta#u& %&ka ket&ga Ber,a!arkan #a!&l /rakt&ku +ang tela# !a+a lakukan ,a/at ,&keta#u& %&ka ket&ga  /r&er

 /r&er ,&ata! ,&ata! eenu#& eenu#& /er!+aratan /er!+aratan !e7aga& !e7aga& /r&er /r&er +ang +ang 7a&k. 7a&k. (et&ga (et&ga /r&er /r&er ,&ata!,&ata! e

e&&l&l&k& k& /a/an%n%anang g /r/r&&er er 2- 2- nunuklkle0e0t&,t&,a a 5!+5!+araaratntn+a +a #a#aruru! ! ,a,ala la renrentantang g 1*1*:2:2$$ nukle0t&,a69 !u#u lele# /r&ern+a )4.4;C 5!+aratn+a )-:-;C6 ,an !el&!&# T antar  nukle0t&,a69 !u#u lele# /r&ern+a )4.4;C 5!+aratn+a )-:-;C6 ,an !el&!&# T antar   /r&er kurang ,ar& ).

 /r&er kurang ,ar& ).

Setela# ,&tentukan /r&er +ang 7a&k aka !elan%utn+a /erlu ,&lakukan /engu%&an Setela# ,&tentukan /r&er +ang 7a&k aka !elan%utn+a /erlu ,&lakukan /engu%&an ,ar

,ar& & ke&ke&ga ga /r&/r&er er terter!e7u!e7ut. t. PenPengugu%&an%&ann+n+a a a,aa,ala# la# a/aa/aka# ka# /r&/r&er er ter!ter!e7ue7ut t ee&l&&l&k&k& !/e!&&ta! +ang a7a&k atau t&,ak. S/e!&&ta! a,ala# kea/uan alat te! untuk en,etek!& !/e!&&ta! +ang a7a&k atau t&,ak. S/e!&&ta! a,ala# kea/uan alat te! untuk en,etek!& ereka +ang e&l&k& ke!aaan nukle0t&,a ,engan DNA target. Pr&er +ang tela# k&ta ereka +ang e&l&k& ke!aaan nukle0t&,a ,engan DNA target. Pr&er +ang tela# k&ta ,e!a&n ter!e7ut #aru! ,&u%& !/e!&&!&ta!n+a agar k&ta +ak&n 7a#>a

,e!a&n ter!e7ut #aru! ,&u%& !/e!&&!&ta!n+a agar k&ta +ak&n 7a#>a

•

• Pr&er ter!e7ut #an+a akan enga/l&&ka!& ,aera# +ang k&ta auPr&er ter!e7ut #an+a akan enga/l&&ka!& ,aera# +ang k&ta au

•

• T&,ak ene/el /a,a ,aera# la&n ,& gen0 0rgan&!e target 5,ala 0nt0# &n&T&,ak ene/el /a,a ,aera# la&n ,& gen0 0rgan&!e target 5,ala 0nt0# &n& T"V e&l&k& ater& genet&k 7eru/a RNA6

T"V e&l&k& ater& genet&k 7eru/a RNA6

•

• T&,ak ene/el /a,a DNA 0rgan&!e la&n +ang ungk&n tera/ur 7er!aaT&,ak ene/el /a,a DNA 0rgan&!e la&n +ang ungk&n tera/ur 7er!aa DNA T"

DNA T"V ket&ka &!0la!& V ket&ka &!0la!& DNA. "&!aln+a DNA #0!t:n+a T"V +a&tu te7akau.DNA. "&!aln+a DNA #0!t:n+a T"V +a&tu te7akau. Dar

Dar& & #a!&#a!&l l /ng/ngu%&u%&an an !/e!/e!&&!&&ta! ta! enengguggunaknakan an a/la/l&ka&ka!& !& BLABLAST ST ,&,,&,a/at a/at ,at,ataa  7a#>a

 7a#>a !/e!&&ta! !/e!&&ta! /r&er /r&er a,ala# a,ala# 1--. 1--. Art&n+a9 Art&n+a9 /r&er /r&er +ang +ang k&ta k&ta /&l&# /&l&# e&l&k&e&l&k& ke!aaan ,engan DNA target !e7e!ar 1--.

BAB V BAB V PENUTUP PENUTUP "1 Ke,.*+'l$) "1 Ke,.*+'l$)

Pr&er +ang ,&/&l&# eenu#& /er!+aratan !e7aga& /r&er +ang 7a&k  Pr&er +ang ,&/&l&# eenu#& /er!+aratan !e7aga& /r&er +ang 7a&k  Dar& ket&ga /r&er ,&ata! ,a/at ,&katakan ket&gan+a e&l&k& !/e!&&ta! Dar& ket&ga /r&er ,&ata! ,a/at ,&katakan ket&gan+a e&l&k& !/e!&&ta! +ang 7a&k9 #al &n& ,a/at

+ang 7a&k9 #al &n& ,a/at ,&l&#at ,ar& #a!&l BLAST +ang enun%ukkan n&la&,&l&#at ,ar& #a!&l BLAST +ang enun%ukkan n&la& 1-- untuk !/e!&&ta!n+a

1-- untuk !/e!&&ta!n+a "2 S$-$)

"2 S$-$)

Prakt&ku !elan%utn+a ,&#ara/kan ,a/at ee!an lang!ung /r&er !e!ua& Prakt&ku !elan%utn+a ,&#ara/kan ,a/at ee!an lang!ung /r&er !e!ua& ,engan ke&&ng&nan !ekuen! 7a!a n&tr0gen untuk ek!/re!& gen

AFTAR PUSTAKA AFTAR PUSTAKA Ar&! T . 2---. In8er!e P0l+era!e C#a&n Reat&0n.

Ar&! T . 2---. In8er!e P0l+era!e C#a&n Reat&0n. #urnal $ayati. #urnal $ayati. V0l  5$6 V0l  5$6  121:123.

121:123. "a

"a,e,e% % R. R. 14144141. . P0P0l+l+eera!ra!e e C#C#a&a&n n ReReatat&0&0n n   AA////l&l&atat&0&0n n t0 t0 t#t#e e ClCl&n&n&a&all La70rat0r+9 La70

La70rat0r+9 La70rat0r+ R0#e rat0r+ R0#e D&agn0!t& Re!ear#9 /. D&agn0!t& Re!ear#9 /. 23:329 $):$4.23:329 $):$4.

I!erte ' A9 Ste/#an B I9 0n& S E9 B0r&0 C S9 #&r&ng#ell& P D9 L0<an0 " E. I!erte ' A9 Ste/#an B I9 0n& S E9 B0r&0 C S9 #&r&ng#ell& P D9 L0<an0 " E. 2-13. Fa&l+:!/e&& ,egenerate /r&er ,e!&gn a t00l t0 ,e!&gn 0n!en!u! ,egenerate, 2-13. Fa&l+:!/e&& ,egenerate /r&er ,e!&gn a t00l t0 ,e!&gn 0n!en!u! ,egenerate, 0l&g0nule0t&,e!.

0l&g0nule0t&,e!. Biotechnol %es &nt Biotechnol %es &nt 2-133*3$2-133*3$.. V&

V&na+ (. S&ng#9 R na+ (. S&ng#9 R 08&n,ara%an9 S&ta Na&k 08&n,ara%an9 S&ta Na&k an, An&l (uar. 2---. T#e Eet 0 an, An&l (uar. 2---. T#e Eet 0  Ha&r/&n Struture 0n PCR A/l&&at&0n E&&en+. "0leular B&0l0g+ T0,a+ 52---6 Ha&r/&n Struture 0n PCR A/l&&at&0n E&&en+. "0leular B&0l0g+ T0,a+ 52---6 1536 :4.

LAMPIRAN LAMPIRAN

1.

1. Membuka

Membuka situs

situs www

www:http//ncbi.nlm.nih.g

:http//ncbi.nlm.nih.g! "an

! "an memasukk

memasukkan

an

nama gen #ang akan "ica$i sekuensn#a

nama gen #ang akan "ica$i sekuensn#a

2.

2. %ili

%ilih &aem

h &aemphilu

philus in'uen

s in'uen(ae &s) *hs

(ae &s) *hs)+ gene, cm

)+ gene, cmplete c"s

plete c"s

3.

4.

4. -lik -lik , tam, tampilan spilan sebagai ebagai be$ikbe$ikutut

5.

6.

6. (l&k /r&er BLAST ,an a!ukkan CDS (l&k /r&er BLAST ,an a!ukkan CDS ge ke k0l0 enter ae!&0n5 g&6 ge ke k0l0 enter ae!&0n5 g&6 0r FAST0r FASTA9A9

7.

7. %ilih %ilih genme genme *all *all $ga$ganism+ nism+ lalu lalu klik gklik get p$et p$ime$ime$

8.

4

4.. ""ee77uukka !&a !&ttuu!! >>>.n7&.nl.n&#.g08>>>.n7&.nl.n&#.g08 keu,&an g&l&# BLAST keu,&an g&l&# BLAST

10.%ilih nucleti"e , masukkan p$ime$ #ang ingin "icek 10.%ilih nucleti"e , masukkan p$ime$ #ang ingin "icek

11.%$ime$ 1 *)$wa$"+ 11.%$ime$ 1 *)$wa$"+

12.%$ime$ 1 *$e!e$se+ 12.%$ime$ 1 *$e!e$se+

13.%$ime$ 2 *)$wa$"+ 13.%$ime$ 2 *)$wa$"+

14.%$ime$ 2 *$e!e$se+ 14.%$ime$ 2 *$e!e$se+

16.%$ime$ 3 *$e!e$se+ 16.%$ime$ 3 *$e!e$se+