HASIL DAN PEMBAHASAN
Analisis Penanda Morfologi
Penanda morfologi meliputi karakter bentuk, ukuran, warna untuk daun dan buah. Variasi kedudukan daun terlihat pada posisi tegak, terbuka dan terkulai. Letak duri dan ada tidaknya duri pada daun terdapat di seluruh bagian daun dan diujung daun. Warna daun ditunjukkan dengan adanya variasi warna yaitu hijau tua dan hijau ditengah merah tua. Penampilan bentuk buah terlihat dengan bentuk silinder tipis meruncing (cylindrical slight taper), silinder tajam meruncing (cylindrical sharp taper) dan bulat (pyriform). Warna buah ditunjukan dengan variasi warna buah putih, kuning pucat dan kuning. Variasi permukaan mahkota ditunjukkan dengan adanya bentuk panjang berbentuk kerucut (long
conical), panjang berbentuk silinder (longtherned cylindrical), dan panjang
berbentuk silender dengan rangkai panjang (longtherned cylindrical with bunchy
top).
Karakter yang digunakan untuk pengelompokan ialah karakter morfologi baik kualitatif maupun kuantitatif. Karakter kualitatif yang diamati meliputi daun
(kedudukan daun, warna daun, ada tidaknya duri, distribusi duri), buah (warna kulit buah ketika masak, bentuk mata, warna daging buah dan bentuk
buah), mahkota (permukaan mahkota, duduk daun mahkota, letak duri), sedangkan karakter kuantitatif yang diamati meliputi tinggi tanaman, daun (jumlah, panjang dan lebar daun), jumlah duri/10 cm, buah (panjang tangkai, diameter tangkai, panjang buah, diameter buah, panjang empulur, keliling buah, diameter hati, kedalaman mata, bobot, tebal daging buah, PTT, pH, kadar asam dan vitamin C) dan mahkota (tinggi, lingkar, jumlah daun dan bobot).
Keragaman morfologi bentuk, warna, tipe maupun ukuran, diperoleh berdasarkan hasil pengamatan langsung pada warna daun tua, distribusi duri, warna buah matang, warna daging buah, dan bentuk mahkota. Keragaman bentuk karakter morfologi secara kualitatif diperlihatkan pada Gambar 2.
1
2
3
4 5 6
Gambar 2. Hasil pengamatan morfologi karakter kedudukan daun(1), warna daun tua (2), distribusi duri (3), warna buah matang (4), warna daging buah (5), dan bentuk mahkota 6) pada SMDU (A),
C-BNHYU (B), SC-NAD (C), SC-PRBA (D), SC-SMUT3 (E), C-PAK
(F), QC-P5/12 (H), C-FLPN (I) dan C-DSBG (J).
A
C
B
D
E
F
G
J
I
H
Keragaman morfologi dapat diamati pada penanda morfologi sebanyak 31 karakter meliputi organ : (1) daun yaitu 15 karakter, (2) buah yaitu 16 karakter. Parameter morfologi yang diamati, diasumsikan setara dengan jenis primer pada penanda molekuler, sedangkan lokus sub karakter setara dengan lokus pita pada penanda molekuler. Hasil pengamatan morfologi pada aksesi nenas dari 31 parameter yang diamati diperoleh 116 karakter pembeda.
Tabel 3. Rekapitulasi karakter polimorfik penanda morfologi nenas
No Parameter Penanda Jumlah sub Sub karakter Jumlah karakter
Morfologi karakter yang berbeda polimorfik
1 Tinggi tanaman 2 2 2 2 Kedudukan daun 3 3 3 3 Lebar daun a. atas 3 3 3 b. tengah 3 3 3 c. bawah 3 3 3 4 Panjang daun 3 3 3 5 Diameter tajuk 3 3 3 6 Letak duri 2 2 2
7 Warna daun tua 2 2 2
8 Jumlah daun mahkota 3 3 3
9 Bobot mahkota 3 3 3
10 Tinggi Mahkota 3 3 3
11 Lingkar mahkota 3 3 3
12 Permukaan mahkota 3 3 3
13 Warna daun mahkota 2 2 2
14 Duduk daun mahkota 3 3 3
15 Duri pada mahkota 2 2 2
16 Panjang Buah 2 2 2
17 Permukaan buah 3 3 3
18 Warna buah ketika masak 3 3 3
19 Warna daging buah 3 3 3
20 Mata buah 2 2 2
21 Diameter buah
a. atas 3 3 3
b. tengah 3 3 3
Tabel 3. (lanjutan) Rekapitulasi karakter polimorfik penanda morfologi nenas
No Parameter Penanda Jumlah sub Sub karakter Jumlah karakter
Morfologi karakter yang berbeda polimorfik
22 Keliling buah a. atas 3 3 3 b. tengah 3 3 3 c. bawah 3 3 3 23 Diameter hati a. atas 2 2 2 b. tengah 2 2 2 c. bawah 2 2 2 24 Bobot buah 3 3 3
25 Bobot total buah 3 3 3
26 Total padatan terlarut
a. atas 3 3 3 b. tengah 3 3 3 c. bawah 3 3 3 27 Total asam a. atas 2 2 2 b. tengah 2 2 2 28 pH buah a. atas 2 2 2 b. tengah 2 2 2 c. bawah 2 2 2
29 Jumlah mata buah 3 3 3
30 Panjang empulur 2 2 2
31
Panjang buah dan
mahkota 3 3 3
JUMLAH 116 116 100%
Matriks koefisien kemiripan morfologi antara 32 aksesi diturunkan dari matriks simqual menunjukkan rentang tingkat kemiripan berkisar antara 0.57-0.95 (Tabel Lampiran 4). Nilai koefisien kemiripan tertinggi 0.57-0.95 yaitu pada aksesi Q-KTM1 dengan Q-KTM2 yang memiliki perbedaan pada lebar daun atas, tengah, dan bawah. Perbedaannya adalah lebar daun Q-KTM1 lebih besar dibandingkan Q-KTM2 (Gambar 3).
Gambar 3. Perbedaan karakter morfologi lebar daun atas, tengah dan bawah pada aksesi Q-KTM2 (A) dengan Q-KTM1 (B) di koefisien kemiripan 0.95
Nilai koefisien kemiripan terendah 0.57 yaitu aksesi C-SMUT2 dengan QC-P14 yang memiliki perbedaan pada karakter kedudukan daun, warna buah ketika masak, permukaan mahkota, letak duri pada mahkota, warna daging buah, mata buah, lebar daun atas dan letak duri pada daun (Gambar 4). Koefisien kemiripan terendah lainnya yaitu pada aksesi C-SMUT dengan QH-BBEL, yang memiliki perbedaan pada kedudukan daun, warna daun mahkota, lebar daun (atas, tengah, bawah), keliling buah (atas, tengah, bawah) dan mata buah.
Gambar 4. Perbedaan karakter morfologi kedudukan daun, warna buah ketika masak dan warna daging buah pada C-SMUT2 (A) dengan QC-P14 (B) di koefisien kemiripan 0.57
A
B
A
B
A
B
A
B
B
A
B
A
Koefisien Kemiripan 0.57 0.67 0.76 0.85 0.95 C-KAS SC-JPG C-LMPG1 C-LMPG3 SC-SMDG Q-KTM1 Q-KTM2 Q.OGIL Q-RIAU QH-BBEL Q-BLI QC-P18 QC-AZRI QC-V49 C-RNIS QC-P5/12 CNN C-SMUT2 QC-P10 SC-WNSBO C-FLPN QC-III QC-P14 C-SMUT C-BNHYU SC-NAD SC-SMUT3 C-SMDU SC-PRBA Q-MNDO C-PAK C-DSBG
Gambar 5. Dendrogram karakter morfologi berdasarkan analisis (SAHN)-UPGMA pada 116 karakter dengan r = 0.80271. Hasil analisis data morfologi (116 karakter) dengan menggunakan program NTSYS, diperoleh dendrogram pengelompokan aksesi sebanyak 3 grup pada tingkat kemiripan 0.63 seperti pada Tabel 4.
Tabel 4. Pengelompokan 32 aksesi nenas berdasarkan dendrogram
GRUP AKSESI KARAKTER PENCIRI
A KAS, SJPG, LMPG1, C-LMPG3, SC-SMDG, KTM1, Q-KTM2, Q-OGIL, Q-RIAU, QH-BBEL, Q-BLI, QC-P18, QC-AZRI, QC-V49, C-RNIS, QC-P5/12, CNN, C-SMUT2, QC-P10, SC-WNSBO, C-FLPN, III, QC-P14
Panjang buah pendek, diameter hati tengah dan bawah kecil, bobot total ringan
B C-SMUT, C-BNHYU, SC-NAD, C-SMDU, SC-SMUT3, SC-PRBA
Permukaan buah silinder tipis meruncing, letak duri diujung, warna daun tua hijau merah ditengah.
C C-MNDO, C-PAK, SC-DSBG Kedudukan daun terbuka, duri pada mahkota diujung, warna buah ketika masak kuning dalam sampai jingga tua. Hasil analisis memperlihat pada (1) grup A memiliki karakter penciri pada panjang buah pendek, diameter hati tengah dan bawah kecil, bobot total ringan,
A
B
C
I II IIIpanjang empulur pendek dan pH buah bawah rendah, (2) grup B memiliki karakter penciri permukaan buah silinder tipis meruncing, duri pada mahkota diujung, warna daun tua hijau ditengah merah, keliling buah atas dan bawah sedang dan jumlah mata buah banyak, (3) grup C memiliki karakter penciri pada karakter kedudukan daun terbuka, duri pada mahkota diujung, warna buah ketika masak kuning dalam sampai jingga tua, warna daun tua hijau ditengah merah dan diameter hati tengah dan bawah kecil. Berdasarkan pengelompokan grup terlihat bahwa daerah asal usul aksesi tidak berpengaruh pada pengelompokan. Nilai korelasi matriks kesamaan MxComp r = 0.80271, artinya dendrogram yang dihasilkan goodness of fit sesuai menggambarkan pengelompokan tersebut (Rohlf 1993). Keragaman maksimum pada penanda morfologi 32 aksesi mencapai 0.43. Nilai tersebut lebih rendah dibandingkan dengan hasil penelitian Nasution (2008) yaitu mencapai 0.70 dan Apriyani (2005) mencapai 0.64. Hal tersebut disebabkan oleh jumlah karakter morfologi yang diamati Apriyani (2005) sebanyak 49 karakter.
Karakter yang menentukan pengelompokkan dapat dianalisis dengan Analisis Komponen Utama. Analisis Komponen Utama (AKU) adalah tehnik yang digunakan untuk mentransformasi suatu data dengan cara mentransformasikan linear sehingga terbentuk sistem koordinat baru dengan varian maksimum. Analisis Komponen Utama (AKU/Principal Component
Analysis) digunakan untuk (1) identifikasi peubah baru yang mendasari data
peubah ganda, (2) mengurangi banyaknya dimensi peubah yang banyak dan berkorelasi menjadi peubah baru yang tidak berkorelasi dengan mempertahankan keragaman pada himpunan data dan (3) menghilangkan peubah asal yang mempunyai sumbangan informasi yang relatif kecil. Banyaknya komponen utama yang dipilih yaitu apabila persentase keragaman kumulatif minimum 70% (Supranto 2004). Hasil analisis komponen utama menunjukkan bahwa hanya 29.9% dari total 100% keragaman data dapan dijelaskan dengan menggunakan dua komponen utama dan 38.4% dari total 100% data dapat dijelaskan menggunakan tiga komponen utama. Keragaman kumulatif 70% dapat dilihat pada 9 komponen utama (Tabel 5).
Hal ini menunjukkan bahwa nilai akumulasi keragaman yang diperoleh tidak memenuhi batas minimum 70% untuk tiga komponen utama.
Tabel 5. Nilai analisis komponen utama pada karakter morfologi
Komponen Utama Eigenvalue Proportion Cumulative Karakter
PC 1 4.2062 0.202 0.202 4 PC 2 2.0197 0.097 0.299 2 PC 3 1.7729 0.085 0.384 2 PC 4 1.5428 0.074 0.458 2 PC 5 1.3917 0.067 0.524 1 PC 6 1.2326 0.059 0.583 1 PC 7 1.0248 0.049 0.633 1 PC 8 0.8835 0.042 0.675 1 PC 9 0.8628 0.041 0.716 1
Pola keragaman yang lebih besar dapat diketahui dengan menggabungkan data morfologi pada parameter pengamatan yang sama berdasarkan hasil yang diamati oleh Apriyani (2005). Pengamatan morfologi dilakukan pada 32 asesi dan ditambahkan hasil pengamatan morfologi Apriyani (2005) pada 21 asesi (Tabel Lampiran 7). Hal ini dilakukan karena aksesi tersebut merupakan bagian dari koleksi besar PKBT sehingga data perlu digabungkan untuk mendapatkan gambaran yang lebih utuh dari keragaman yang ada.
Matriks koefisien kemiripan morfologi antara 53 aksesi diturunkan dari matriks simqual menunjukkan rentang tingkat kemiripan berkisar antara 0.46-0.98 (Tabel Lampiran 8). Nilai koefisien kemiripan tertinggi 0.46-0.98 yaitu pada aksesi A-10 dengan A-12 yang memiliki perbedaan pada diameter buah bagian tengah. Diameter buah A-10 berukuran kecil (7.5 cm - 9.5 cm) dan A-12 berukuran sedang (9.6 cm - 13.5 cm ). Nilai koefisien terendah 0.46 yaitu pada aksesi A3 dengan A6; A6 dan A4 dengan A7; A6 dan A5 dengan A9; A5 dengan A10, A12, A9, A8 dan A1 dengan A13; A12, A10, C-LMPG1 dengan A10; A12, A8,A1 dengan A18; A8 dan A7 dengan A21. Salah satu perbedaan karakter diperlihatkan pada aksesi A3 dan A6 yaitu tinggi tanaman, lebar daun bagian bawah, panjang daun, warna daun tua, diameter buah bagian tengah dan bawah, keliling buah bagian tengah dan bawah, jumlah daun mahkota, bobot mahkota, bobot total buah, tinggi mahkota, total padatan terlarut dan pH buah.
Koefisien Kemiripan
0.46 0.59 0.72 0.85 0.98 C-KAS SC-JPG C-LMPG1 C-LMPG3 SC-SMDG Q-KTM1 Q-KTM2 QC-III Q-BLI QC-P5/12 CNN QC-P18 QC-P10 QC-V49 C-RNIS Q.OGIL Q-RIAU QC-AZRI QH-BBEL C-SMUT2 SC-WNSBO C-FLPN QC-P14 A-8 A-10 A-12 A-21 A-6 A-1 A-2 C-SMUT C-BNHYU SC-NAD C-SMDU SC-SMUT3 C-PAK C-DSBG Q-MNDO SC-PRBA A-3 A-4 A-14 A-17 A-9 A-19 A-15 A-11 A-5 A-13 A-18 A-7 A-16 A-20Gambar 6. Dendrogram karakter morfologi berdasarkan analisis (SAHN)-UPGMA pada 100 karakter dengan r = 0.81392. Penggabungan jumlah aksesi menjadi 53 meningkatkan keragaman morfologi sebesar 0.54 lebih tinggi dibandingkan keragaman morfologi 32 yaitu 0.44. Hal ini dipengaruhi oleh bertambahnya jumlah aksesi sehingga karakter-karakter yang diamati memberikan keragaman yang lebih banyak. Nilai korelasi matriks kesamaan MxComp r = 0.81392, artinya dendrogram yang dihasilkan
goodness of fit sesuai menggambarkan pengelompokan tersebut (Rohlf 1998).
Hasil analisis data morfologi dengan menggunakan program NTSYS, diperoleh dendrogram pengelompokan aksesi sebanyak 3 grup pada tingkat kemiripan 0.50 seperti pada Tabel 6.
A
B
C
III II ITabel 6. Pengelompokan 53 aksesi nenas berdasarkan dendrogram
GRUP AKSESI KARAKTER PENCIRI
A KAS, SJPG, LMPG1, C-LMPG3, SC-SMDG, KTM1, Q-KTM2, QC-III, Q-BLI, QC-P5/12, CNN, QC-P18, QC-P10, QC-V49, C-RNIS, Q-OGIL, Q-RIAU, QC-AZRI, QH-BBEL, C-SMUT2, SC-WNSBO, C-FLPN, AZRI, QC-P14, A-8, A-10, A-12, A-21 , A-6, A-1, A-2, C-SMUT, C-BNHYU, SC-NAD, C-SMDU, SC-SMUT3, C-PAK, C-DSBG, C-MNDO, SC-PRBA, A-3, A-4, A-14, A-17, A-9, A-19, A-15, A-11
Tinggi tanaman rendah, keliling buah atas kecil, lebar daun tengah besar.
B A-5, A-13, A-18 Letak duri diujung daun,
warna daun tua hijau merah ditengah
C A7, A-16, A-20 Lebar daun bagian atas
sedang, keliling bah tengah besar
Hasil analisis menunjukkan pada grup A memiliki karakter penciri tinggi tanaman rendah, karakter keliling buah atas kecil dan lebar daun tengah besar. Grup B meliputi tinggi tanaman tinggi, lebar daun tengah dan bawah sedang, letak duri diujung daun dan warna daun tua hijau ditengah merah. Grup C meliputi karakter lebar daun atas sedang, letak duri di ujung daun dan keliling buah tengah besar.
Analisis Penanda Molekuler
Primer yang digunakan untuk analisis molekuler adalah 10 primer, meliputi : SBH 06, SBH 07, SBH 08, SBH 12, SBH 13,SBH 18,SBH 19, SBN 03, SBN 13. OPE 07 dari keseluruhan primer tersebut mampu menunjukkan pola yang polimorfik. Contoh pola pita RAPD hasil amplifikasi primer SBH 13 dapat membedakan ke-32 asesi nenas yaitu pada pita berukuran 1400 bp. Aksesi 18 (SC-PRBA) dan 19 (C-RNIS) membentuk pita pada ukuran 1400 bp sedangkan ke-30 asesi lainnya tidak terbentuk pita (Gambar 7).
Gambar 7. Karakter pola pita DNA Ananas comosus 32 asesi pada primer SBH 13.
Amplifikasi primer terhadap 32 aksesi menghasilkan 50 pita yang terdiri dari pola pita polimorfik sebanyak 47 pita atau sebesar 94% dan pita monomorfik sebanyak 3 pita atau sebesar 6% (Tabel 7). Keragaman pola pita dari 10 primer menunjukan keeragaman yang tinggi hingga mencapai 94% yang terlihat dari nilai pola pita polimorfik yang dihasilkan, sedangkan pola pita monomorfik hanya terbentuk 3 pita mencapai 6%.
Tabel 7. Rekapitulasi jumlah amplifikasi pita DNA Ananas comosus 32 aksesi pada 10 primer
No Primer Jumlah pita Jumlah pita
polimorfik Jumlah pita monomrfik 1 SBH 06 5 5 0 2 SBH 07 6 5 1 3 SBH 08 6 6 0 4 SBH 12 6 6 0 5 SBH 13 4 4 0 6 SBH 18 6 6 0 7 SBH 19 6 6 0 8 SBN 03 3 2 1 9 SBN 13 4 3 1 10 OPE 07 4 4 0 Total 50 47 (94 %) 3 (6%) Kb 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 Kb 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 1400 bp
Gambar 8. Dendrogram karakter molekuler berdasarkan analisis (SAHN)-UPGMA pada 10 primer dengan r = 0.87144.
Matriks koefisien kemiripan genetik antara 32 aksesi diturunkan dari matriks simqual menunjukkan nilai kemiripan berkisar antara 0.43-0.92 (Lampiran 5). Nilai koefisien kemiripan tertinggi yaitu 0.92 diperoleh pada aksesi QP5/12 dengan QP10. Nilai koefisien kemiripan terendah diperoleh C-LMPG1 dengan SC-PRBA dan QC-AZRI dengan QC-P14 yaitu 0.43. Nilai korelasi matriks kesamaan MxComp r = 0.87144, artinya dendrogram yang dihasilkan sesuai menggambarkan pengelompokan diatas (Rolf 1998). Keragaman maksimum pada penanda molekuler 32 aksesi mencapai 0.40. Nilai tersebut lebih rendah dibandingkan dengan hasil penelitian Nasution (2008) yang mencapai 0.62. Hal tersebut disebabkan oleh jumlah primer yang digunakan lebih banyak yaitu 12 primer. Keragaman maksimum penanda molekuler Apriyani (2005) mencapai 0.38. Nilai tersebut lebih rendah disebabkan jumlah primer yang digunakan yaitu 4 primer.
Uraian di atas menunjukkan tingkat keragaman dan nilai korelasi matriks kesamaan MxComp pada penanda molekuler lebih besar dibandingkan dengan penanda morfologi, ini disebabkan data morfologi sangat dipengaruhi oleh lingkungan sehingga data molekuler menjadi sangat penting.
A
B
C
II III IHasil analisis data biner skor pita DNA dengan menggunakan program NTSYS, diperoleh dendrogram pengelompokan aksesi sebanyak 3 grup pada tingkat kemiripan 0.66 seperti pada Tabel 8.
Tabel 8. Pengelompokan 32 aksesi nenas berdasarkan dendrogram karakter molekuler
GRUP AKSESI
A C-KAS, C-RNIS, SC-JPG, C-LMPG3, SC-SMDG, KTM1, Q-KTM2, III, Q-BLI, P5/12, CNN, P18, V49, QC-AZRI, Q-OGIL, Q-RIAU, QH-BBEL, C-SMUT2, QC-P10,
B C-SMUT, C-BNHYU, SC-NAD, C-SMDU, SC-SMUT3, C-PAK, C-DSBG
C C-MNDO, SC-PRBA
Hasil analisis komponen utama menujukkan bahwa hanya 43.9% dari total 100% keragaman data dapat dijelaskan menggunakan dua komponen utama dan 51.1% dari total 100% keragaman data dapat dijelaskan menggunakan tiga komponen utama (Tabel 9). Hal ini menunjukkan bahwa nilai akumulasi keragaman yang diperoleh tidak memenuhi batas minimum 70% untuk tiga komponen utama pertama, sehingga 50 profil pita DNA yang diperoleh tidak ada yang dapat dijadikan komponen utama untuk mengelompokkan 32 aksesi nenas.
Tabel 9. Nilai analisis komponen utama pada karakter molekuler
Komponen Utama Eigenvalue Proportion Cumulative Karakter
PC 1 2.7039 0.335 0.335 3 PC 2 0.8445 0.105 0.439 1 PC 3 0.5828 0.072 0.511 1 PC 4 0.5194 0.064 0.576 1 PC 5 0.4417 0.055 0.630 0 PC 6 0.4073 0.050 0.681 0 PC 7 0.3340 0.041 0.722 0
Analisis Gabungan Penanda Morfologi dan Molekuler
Informasi secara fenotipik dan genotipik dapat diperoleh dengan melakukan penggabungan antara data penanda morfologi dan penanda molekuler. Karakter yang digunakan adalah penggabungan 31 karakter morfologi dan 50 profil pita analisis molekuler dari 10 primer ( (Tabel 10).
Koefisien Kemiripan 0.59 0.66 0.74 0.82 0.89 C-KAS C-SMUT C-PAK C-BNHYU C-SMDU C-FLPN QC-III C-DSBG Q-KTM1 Q-KTM2 C-LMPG3 C-SMUT2 Q-RIAU Q-BLI QC-V49 QC-AZRI C-LMPG1 C-RNIS QH-BBEL Q.OGIL QC-P18 QC-P10 QC-P5/12 CNN SC-SMDG SC-JPG SC-WNSBO QC-P14 Q-MNDO SC-NAD SC-PRBA SC-SMUT3
Tabel 10. Rekapitulasi jumlah karakter dan pita hasil analisis gabungan
Karakter/pita Data gabungan
Karakter morfologi 31
Jumlah profil pita analisis molekuler 50
Jumlah data gabungan 81
Analisis gerombol terhadap 81 karakter gabungan penanda morfologi dan DNA menghasilkan dendrogram dengan tingkat kemiripan berkisar antara 0.59-0.89 (Gambar 9). Koefisien kemiripan genetik antara 32 aksesi diturunkan dari matriks simqual menunjukkan nilai kemiripan berkisar antara 0.59-0.89 (Lampiran 6). Nilai koefisien kemiripan tertinggi yaitu 0.89 diperoleh pada aksesi Q-KTM1 dengan Q-KTM2, kemudian disusul aksesi QC-V49 dengan QC-AZRI yaitu 0.86. Nilai koefisien kemiripan terendah antara LMPG1 dengan C-SMDU dan QC-AZRI dengan SC-NAD yaitu 0.59. Koefisien keragaman pada penggabungan penanda morfologi dan molekuler 32 aksesi mencapai 0.42. Nilai tersebut lebih rendah dibandingkan dengan hasil penelitian Nasution (2008) yaitu mencapai 0.53. Hal tersebut disebabkan jumlah penggabungan karakter morfologi dan molekuler yang diamati Nasution (2008) lebih banyak yaitu 126 karakter.
Gambar 9. Dendrogram gabungan karakter morfologi dan molekuler berdasarkan analisis (SAHN)-UPGMA pada 150 karakter dengan r = 0.75761.
A
C
B
I III IIHasil analisis data biner SAHN-UPGMA dengan menggunakan program NTSYS, diperoleh dendrogram pengelompokan aksesi sebanyak 3 grup pada tingkat kemiripan 0.61 seperti pada Tabel 11.
Tabel 11. Pengelompokan 32 aksesi nenas berdasarkan dendrogram karakter molekuler
GRUP AKSESI
A C-KAS, C-SMUT, C-PAK, C-BNHYU, C-SMDU, C-FLPN, QC-III, C-DSBG, KTM1, KTM2, C-LMPG3, C-SMUT2, Q-RIAU, Q-BLI, QC-V49, QC-AZRI, C-LMPG1, C-RNIS, QH-BBEL, Q-OGIL, QC-P18, QC-P10, QC-P5/12, CNN, SC-SMDG, SC-JPG, SC- WNSBO, QC-P14
B Q-MNDO, SC-NAD, SC-PRBA
C SC-SMUT3
Nilai korelasi matriks kesamaan MxComp r = 0.75761, artinya dendrogram yang dihasilkan goodness of fit kurang sesuai menggambarkan pengelompokan tersebut di atas (Rolf 1993). Faktor utama yang menyebabkan ketidakselarasan disebabkan oleh penanda morfologi yang diamati dan profil DNA RAPD yang teramplifikasi belum tentu merupakan DNA yang menjadi penyandi karakter morfologi yang diamati. Hasil analisis yang tidak selaras dari hasil penelitian ini, terdapat pula pada hasil penelitian Apriani (2005) dengan menggunakan penanda morfologi (berdasarkan data vegetative dan generative) plasma nutfah nenas dengan empat primer RAPD dimana diperoleh tingkat keselarasan yang tidak sesuai antara kedua penanda. Ketidakselarasan juga diperoleh pada hasil penelitian Nasution (2008) yang menggunakan penanda morfologi dan dua belas primer RAPD dengan nilai r = 0.7769.
