Amplifikasi PCR Kromosom Y Dari Beberapa Suku di Papua Dengan Penanda Molekuler Primer M9G

Amplifikasi PCR Kromosom Y

Dari Beberapa Suku di Papua

Dengan Penanda Molekuler Primer M9G

Tesis

Diajukan kepada

Program Studi Magister Biologi, Fakultas Biologi Guna Memenuhi Sebagian dari Persyaratan untuk

Mencapai Gelar Magister Sains Biologi (M.Si.)

Oleh:

Yulindra Margaretha Numberi NPM. 422009013

Program Pascasarjana

Universitas Kristen Satya Wacana Salatiga

Amplifikasi PCR Kromosom Y Dari Beberapa Suku di Papua

Dengan Penanda Molekuler Primer M9G

Tesis

Diajukan kepada

Program Studi Magister Biologi, Fakultas Biologi Guna Memenuhi Sebagian dari Persyaratan untuk Mencapai

Gelar Magister Sains Biologi (M.Si.)

Oleh:

Yulindra Margaretha Numberi NPM. 422009013

PERNYATAAN KEASLIAN KARYA TULIS TESIS Yang bertanda tangan di bawah ini,

Nama : Yulindra Margaretha Numberi N I M : 422009013

Program Studi : Magister Biologi

Fakultas : Biologi, Universitas Kristen Satya Wacana Menyatakan dengan sesungguhnya bahwa Tesis, Judul:

“Amplifikasi PCR Kromosom Y Dari Beberapa Suku di Papua Dengan Penanda Molekuler Primer M9G”

yang dibimbing oleh:

1. Ir. Ferry F. Karwur, M.Sc., Ph.D. 2. Drs. Jubhar C. Mangimbulude, M.Sc. Adalah benar-benar hasil karya saya.

Di dalam laporan Tesis ini tidak terdapat keseluruhan atau sebagian tulisan atau gagasan orang lain yang saya ambil dengan cara menyalin atau meniru dalam bentuk rangkaian kalimat atau gambar serta simbol yang saya akui seolah-olah sebagai karya saya sendiri tanpa memberikan pengakuan pada penulis atau sumber aslinya.

Salatiga, 9 Februari 2012 Yang memberi pernyataan,

PERNYATAAN PERSETUJUAN PUBLIKASI TESIS UNTUK KEPENTINGAN AKADEMIS

Sebagai sivitas akademik Universitas Kristen Satya Wacana (UKSW), saya yang bertanda tangan di bawah ini:

Nama : Yulindra Margaretha Numberi N I M : 422009013

Program Studi : Magister Biologi Jenis Karya : Tesis

Demi pengembangan ilmu pengetahuan, menyetujui untuk memberikan kepada UKSW Hak bebas royalty non-eksklusif (non-exclusive royalty free right) atas Tesis saya berjudul:

“Amplifikasi PCR Kromosom Y Dari Beberapa Suku di Papua Dengan Penanda Molekuler Primer M9G”,

Dengan hak bebas royalty non-eksklusif ini, UKSW berhak menyimpan, mengalihmediakan / mengalihformatkan, mengelola dalam bentuk pangkalan data, merawat, dan mempublikasikan Tesis saya, selama tetap mencantumkan nama saya sebagai penulis / pencipta.

Demikian pernyataan ini saya buat dengan sebenarnya. Dibuat di : Salatiga

Pada tanggal : 9 Februari 2012 Yang menyatakan,

MOTTO

God is my helper

Segala Perkara Dapat Kutanggung di Dalam Dia

Yang Memberi Kekuatan Kepadaku

(Filipi 4:13)

“Ketika engkau merasa lelah dan patah semangat

karena usaha dan kerja kerasmu sepertinya tidak

menghasilkan buah, Tuhan tahu bahwa engkau sudah

berusaha keras”

Karya ini ku persembahkan kepada :

Tuhan Yesus Kristus Sumber Segala

Hikmat

Bapak Tercinta “Abiatar Numberi (Alm)”

dan

Mama Tersayang “D. Raweyai”

Kakak dan Adik Terkasih “Dinner dan

Piter”

i

Abstrak

Papua merupakan salah satu pulau yang terbesar di Indonesia dengan berbagai keragaman suku, bahasa dan budaya. Akan sangat menarik untuk mengkaji kembali mengenai keanekaragaman itu semua dengan penanda molekuler yang ada berupa DNA kromosom Y. Metode yang digunakan adalah dengan amplifikasi PCR untuk melihat target fragment yang diinginkan dengan menggunakan penanda (marker) M9 yang merupakan marker umum yang hampir ada di seluruh dunia termasuk di Papua, yang termasuk dalam golongan ras Melanesia. DNA kromosom Y dari beberapa suku besar yang ada di Papua bersifat polimorfik dengan hasil panjang fragment target yang sama, walaupun adanya perbedaan suhu dalam mencapai target yang diinginkan sesuai dengan primer yang digunakan.

Kata kunci : Papua, penanda molekuler, Kromosom Y, Primer M9G, PCR.

ii

Abstract

Papua is one of the largest islands in global diversity with different ethnic, language and culture. It will be interesting to review the diversity of it all with molecular markers that exist in the form of Y-chromosome DNA The method used is the PCR amplification fragment to see the desired target by using a marker (marker) M9 which is the most common marker in the world, including in Papua belonging to the Melanesian race. Y chromosome DNA from several major tribes in Papua is fragment length polymorphism with the same target, despite the differences in the temperature reaches the desired target according to the primer used.

Keywords: Papua, molecular markers, Y chromosomes, Primary M9G, PCR.

iii

Prakata

Puji dan syukur penulis panjatkan ke hadirat Tuhan Yesus Sumber Kehidupan ini, karena atas berkat dan pertolongannya penulis dapat menyelesaikan penulisan tesis dengan judul “Amplifikasi PCR Kromosom Y Dari

Beberap Suku di Papua Dengan Penanda Molekuler Primer M9G”. Tesis sebagai karya ilmiah ini disusun

sebagai tugas akhir guna memenuhi sebagian dari persyaratan akademis untuk mencapai gelar Magister Sains (M.Si.) pada Program Pascasarjana Magister Biologi Universitas Kristen Satya Wacana Salatiga Jawa Tengah.

Dengan penuh kesadaran yang sungguh penulis menyadari bahwa penulisan tesis ini dapat diselesaikan dengan baik karena bantuan dan motivasi dari berbagai pihak, oleh sebab itu pada kesempatan ini penulis ingin menyampaikan terima kasih kepada :

1. Pemerintah Provinsi Papua melalui Dinas Pendidikan Pemuda dan Olahraga, yang telah memberikan rekomendasi dan dukungan biaya kepada penulis untuk melanjutkan studi pada Program Pasca Sarjana Magister Biologi Universitas Kristen Satya Wacana.

2. Rektor UKSW Pdt. Prof. Dr. Jhon Titaley yang telah memberikan kesempatan untuk studi lanjut pada Magister Biologi UKSW, dan seluruh dosen program Pascasarjana Magister Biologi yang telah mendukung dan membimbing penulis selama kuliah.

3. Ketua Program Studi Magister Biologi, Ir. Ferry F. Karwur, M.Sc.,Ph.D., yang juga selaku pembimbing I, yang di tengah kesibukannya telah sabar membimbing, memberikan kritik dan saran serta motivasi kepada penulis, selama proses penelitian maupun selama penyusunan tesis.

iv

4. Bapak Drs. Jhubar C. Mangimbulude, M.Sc., selaku dosen pembimbing kedua yang telah dengan sabar memberikan waktu, saran dan masukan serta motivasi selama proses pembimbingan.

6. Kepala LPPT UGM beserta staf dan laboran, yang telah memberikan ijin serta membantu penulis selama melakukan penelitian pada lembaga tersebut. 7. Mbak Natalia Kurniasari, S.Si., selaku tenaga

administrasi Program Pasacasarjana Magister Biologi, yang telah banyak membantu dalam menyelesaikan segala urusan administrasi.

8. Kelurga besar tercinta di Jayapura Papua : Kel. A.D. Tanawani, Kel. A.R. Masoka, Kel. A.Y. Ayomi, Kel. Wanggai, Kel. W.M. Kumbangsila, kak Helga, Grace, Jenny, Elis dan Mia, Terima kasih buat doa dan motivasi yang selalu diberikan kepada penulis.

9. Kelurga besar Jemaat GPdI Alfa Omega Jayapura, anak-anak Sekolah Minggu cabang Hamadi Tanjung, kk Alce, kk epi, kk Yeta, yang telah setia mendukung penulis dalam doa dan motivasi.

10. Frengky S. Worabai sebagai teman dekat yang selalu setia mendukung penulis dalam doa dan motivasi serta kasih sayang yang tiada hentinya.

11. Sahabat-sahabatku yang selalu setia memotivasi dan membantu penulis: kak Rian Noviani, ade Hanny, Yobo, kak Mia Momot, ade Timmy, ade Elsa, ade Masya, ade Jilly, Sam, Yafet, kak Edi, Kak Ani, Kel. Momot, teman kelompok doa serta teman-teman HIMPPAR salatiga

v

12. Teman-teman peserta program Beasiswa Pemerintah Provinsi Papua: kak Hengky, kak Rinto, kak Leo, kak Mia, Kak Bea, kak Anjela serta teman-teman Beasiswa Unggulan Depdiknas RI, angkatan 2009,

terimakasih atas motivasi, dukungan dan

kebersamaannya.

13. Semua pihak yang tidak dapat penulis sebutkan satu persatu yang telah memberi bantuan dalam bentuk moril maupun materil yang telah membantu penulis selama proses penyelesaian studi di Magister Biologi UKSW.

Akhir kata penulis berharap, semoga tesis ini dapat menjadi sumber pengetahuan bagi pembaca sekalian guna pengembangan penelitian selanjutnya.

Penulis menyadari bahwa penulisan tesis ini masih jauh dari kesempurnaan, oleh karena saran dan kritik yang bersifat membangun sangat penulis harapkan.

semoga tesis ini bermanfaat bagi yang membacanya”. AMIN.

Salatiga, 9 Februari 2012

vi Daftar Isi Abstrak ... i Abstract ... ii Prakata ... iii Daftar Isi ... vi

Daftar Gambar ... vii

Daftar Tabel ………... viii

I. Pendahuluan ……… 1

A. Latar Belakang ... 1

B. Tujuan Penelitian ... 3

C. Batasan Masalah ... 4

II. Tinjauan Pustaka ... 5

A. Papua ... 5

1. Kondisi Geografis Papua ………. 7

2. Kondisi Demografis Papua ……….. 8

B. Evolusi molekuler dan Definisi Genetik …………. 9

C. DNA (Deoxyribo Nucleic Acid) dan Kromosom Y……. 11

III. Bahan dan Metode ……… 13

A. Waktu dan Tempat Penelitian .……… 13

B. Bahan Penelitian ……… 13

C. Metode ………. 14

1. Isolasi DNA dari darah ……… 14

2. Analisis dan Penentuan Kadar Konsentrasi DNA ... 15

3. Elektroforesis ………. 15

4. Identifikasi dengan Reaksi Berantai polymerase (PCR)... 16

IV. Hasil dan Pembahasan ……….. 18

1. Analisis dan Penentuan Konsentrasi DNA ... 18

2. Elektroforesis ... 19

3. PCR (polymerase chain reaction) ... 20

V. Kesimpulan dan Saran ……… 25

vii

Daftar Gambar

Gambar 1. Hasil Elektroforesis sebelum PCR ... 20

Gambar 2. Hasil PCR pada suhu 55°C ... 22

Gambar 3. Hasil PCR pada suhu 50°C ... 22

viii

Daftar Tabel

Tabel 1. Keterangan sampel dan asal suku ... 14 Tabel 2. Hasil spektrofotometer DNA sampel ... 18 Tabel 3. Hasil perhitungan konsentrasi sampel DNA ... 19