PEMERIKSAAN White Spot Syndrom Virus PADA UDANG VANAME (Litopenaeus vannamei) DENGAN METODE real-time PCR DI BALAI
UJI STANDAR KARANTINA IKAN, PENGENDALIAN MUTU DAN KEAMANAN HASIL PERIKANAN (BUSKIPM) JAKARTA
PRAKTEK KERJA LAPANG
PROGRAM STUDI BUDIDAYA PERAIRAN
Oleh :
RANDY KUKUH PRAKOSO BLITAR - JAWA TIMUR
FAKULTAS PERIKANAN DAN KELAUTAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
PEMERIKSAAN White Spot Syndrom Virus PADA UDANG VANAME (Litopenaeus vannamei) DENGAN METODE real-time PCR DI BALAI UJI STANDAR KARANTINA IKAN, PENGENDALIAN MUTU DAN
KEAMANAN HASIL PERIKANAN (BUSKIPM) JAKARTA
Praktek Kerja Lapang sebagai Salah Satu Syarat untuk Memperoleh Gelar Sarjana Perikanan pada Program Studi Budidaya Perairan
Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga
Oleh :
RANDY KUKUH PRAKOSO NIM. 141211131194
Mengetahui,
Dekan Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga,
Menyetujui,
Dosen Pembimbing,
Prof. Dr. Hj. Sri Subekti, drh., DEA. NIP. 19520517 197803 2 001
PEMERIKSAAN White Spot Syndrom Virus PADA UDANG VANAME (Litopenaeus vannamei) DENGAN METODE real-time PCR DI BALAI UJI STANDAR KARANTINA IKAN, PENGENDALIAN MUTU DAN
KEAMANAN HASIL PERIKANAN (BUSKIPM) JAKARTA
Oleh :
RANDY KUKUH PRAKOSO NIM : 141211131194
Setelah mempelajari dan menguji dengan sungguh-sungguh, kami berpendapat bahwa Praktek Kerja Lapang (PKL) ini, baik ruang lingkup maupun kualitasnya dapat
diajukan sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Perikanan
iv
RINGKASAN
RANDY KUKUH P. Pemeriksaan White Spot Syndrom Virus (WSSV) pada Udang Vaname (Litopenaeus vannamei) dengan Metode real-time PCR di Balai Uji Standar Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan (BUSKIPM) Jakarta Timur. Dosen Pembimbing Prof. Dr. Hari Suprapto, Ir., M.Agr.
Perkembangan usaha perikanan di Indonesia khususnya bidang budidaya saat ini cenderung intensifikasi dan komersialisasi berbagai jenis komoditas misalnya dari filum crutacea. Udang vaname adalah salah satu spesies udang yang mengalami penurunan produksi karena disebabkan oleh serangan penyakit. Penyakit terutama virus merupakan salah satu faktor pembatas utama pada peningkatan produksi udang vaname.
White Spot Syndrom Virus atau biasa dikenal dengan istilah WSSV
merupakan virus pada udang yang menyebabkan angka kematian mencapai 100% dalam kurun waktu singkat setelah terinfeksi. Munculnya bintik putih pada
carapace merupakan indikasi terinfeksinya WSSV pada udang. Tujuan dari
dilakukannya Praktik Kerja Lapang ini adalah untuk memperoleh pengetahuan, pengalaman dan ketrampilan serta mengetahui cara pemeriksaan WSSV pada udang vaname dengan metode real-time PCR.
Metode kerja yang dilakukan ialah penelitian deskriptif dengan teknik pengumpulan data berupa data primer dan data sekunder dengan cara wawancara,
observasi dan partisipasi aktif. Kegiatan PKL ini dilakukan pada tanggal 12 Januari hingga 12 Februari 2015 bertempat di Balai Uji Standar Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan (BUSKIPM) Jakarta Timur.
Real-time PCR merupakan suatu metode yang dikembangkan dari reaksi
v
diagnosa hasil pemeriksaan. Reagen yang digunakan dalam pemeriksaan WSSV ialah Kit IQ2000.
Hasil pemeriksaan terhadap lima sampel udang vaname yang dikirim ke BUSKIPM, ditemukan tiga sampel yang positif terinfeksi White Spot Syndrom
Virus (WSSV). Pemeriksaan dilakukan dengan melihat baseline threshold pada
vi SUMMARY
RANDY KUKUH P. The Examination of White Spot Syndrom Virus (WSSV) in Vaname Shrimp (Litopenaeus vannamei) with real-time PCR in Balai Uji Standar Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan (BUSKIPM) East Jakarta. Academic Advisor Prof. Dr. Hari Suprapto, Ir., M.Agr.
The development of fisheries in Indonesia, especially the cultivation currently tend intensification and commercialization of various kinds of commodities such as from the phylum crustacea. Vaname shrimp are one species of shrimp that decreased production because it is caused by the disease. Especially viral disease is one of the major limiting factor in the increased production of vaname shrimp.
White Spot Syndrom Virus or commonly known as the WSSV is a virus of
shrimp that causes the death rate reached 100% in a short span of time after injection. The emergence of white spot on carapace an indication of WSSV infectionin shrimp. The objectives of this Practice Field Work is to acquire the knowledge, experience and skills and know how to inspection WSSV in vaname shrimp with real-time PCR.
Methods of work undertaken is a descriptive study with data collection in the form of primary data and secundary data by interview, observation and active
participation. PKL activity was conductes on January 12 until February 12, 2015 located in Balai Uji Standar Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan (BUSKIPM) East Jakarta.
Real-time PCR is a method that was developed from the PCR reaction in the
vii
viii
KATA PENGANTAR
Segala puji dan syukur penulis panjatkan kehadirat Allah SWT atas
limpahan rahmat dan hidayah-Nya, sehingga Laporan Hasil Praktek Kerja Lapang
(PKL) tentang Pemeriksaan White Spot Syndrom Virus (WSSV) pada Udang
vaname (Litopenaeus vanname) dengan Realtime PCR ini dapat terselesaikan.
Penulis haturkan terima kasih kepada:
1. Prof. Dr. Hari Suprapto, Ir., M.Agr, selaku Dosen Pembimbing yang telah
memberikan arahan, petunjuk dan bimbingan sejak penyusunan usulan
hingga selesainya penyusunan laporan PKL ini.
2. Ibu Sitti Rahmawati, S.Pi, selaku Pembina PKL yang telah memberikan
informasi, arahan, petunjuk serta bimbingan selama kegiatan PKL di Balai
Uji Standar Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil
Perikanan (BUSKIPM) Jakarta Timur.
3. Seluruh karyawan Laboratorium BUSKIPM Jakarta Timur yang telah
membantu penulis selama PKL.
4. Teman – teman selama kegiatan PKL berlangsung sehingga kegiatan dapat
berlangsung dengan lancar.
5. Semua pihak yang telah membantu sehingga Laporan Praktek Kerja
Lapang ini bisa terselesaikan.
6. Kedua orang tua yang selalu mendukung, membimbing dan memberikan
semangat dari awal hingga akhir pelaksanaan PKL.
7. Bapak Sudarno, Ir., M.Kes., selaku Dosen Wali yang telah mendukung,
ix
Penulis berharap semoga Laporan Hasil PKL ini bermanfaat dan dapat
memberikan informasi kepada semua pihak, khusus bagi Mahasiswa Program
Studi Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga
Surabaya guna kemajuan serta perkembangan ilmu dan teknologi dalam bidang
perikanan.
Surabaya, Mei 2015
x
2.4.4 Transkripsi dan Translasi (Transcription and Translation)... 11
2.4.5 Perakitan (Assembly) ... 11
2.4.6 Pematangan (Maturation) ... 12
2.4.7 Pelepasan (Releasing) ... 12
2.5 White Spot Syndrom Virus (WSSV) ... 12
xi
2.5.2 Inang dan Organ yang Terinfeksi ... 13
2.5.3 Gejala Klinis ... 13
2.5.4 Penyebaran WSSV ... 14
2.6 Realtime Polymerase Chain Reaction (qPCR) ... 15
2.6.1 Tahap Denaturation... 17
4.1 Keadaan Umum Lokasi Praktek Kerja Lapang ... 26
4.1.1 Sejarah BUSKIPM Jakarta ... 26
4.1.2 Letak Geografis ... 27
4.1.3 Visi dan Misi ... 27
4.1.4 Struktur Organisasi dan Sumberdaya Manusia ... 28
4.1.5 Tugas dan Fungsi ... 29
4.1.6 Sarana dan Prasarana ... 30
4.2 Kegiatan Pemeriksaan Udang Vaname yang Terinfeksi WSSV ... 32
4.2.1 Prosedur Pemeriksaan Virus... 32
4.2.2 Alur Penerimaan dan Pemeriksaan Sampel ... 33
xii
xiii
DAFTAR TABEL
Tabel Halaman
xiv
DAFTAR GAMBAR
Gambar Halaman
1. Anatomi Lengkap Udang Vaname ... 6
2. Siklus Hidup Udang Vaname ... 8
3. Struktur Virus ... 9
4. White Spot Syndrom Virus yang menginfeksi P. monodon ... 14
5. Struktur Organisasi BUSKIPM ... 28
6. Proses Ekstraksi ... 40
7. Proses Amplifikasi Asam Nukleat Virus ... 41
8. Grafik real-time PCR ... 44
xv
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran Halaman
1. Peta lokasi kegiatan praktek kerja lapang ... 53
2. Persiapan Alat ... 54
3. Bahan yang digunakan ... 56
