1
I. PENDAHULUAN
Hutan mangrove adalah ekosistem yang sangat produktif dibangun oleh
sekelompok tanaman dan semak yang telah beradaptasi untuk bertahan hidup di
daerah peralihan antara daratan dan lautan (Spalding et al., 2010). Terdapat tiga
komponen penyusun ekosistem mangrove, yaitu tanaman mangrove, faktor abiotik di
sekitar ekosistem mangrove, dan mikroba, flora, fauna yang berasosiasi dengan
tanaman mangrove. Interaksi antara ketiga komponen tersebut terjadi dalam
ekosistem mangrove (Kathiresan dan Bingham, 2001). Keberadaan bakteri sebagai
salah satu jenis mikroba berperan dalam menjaga keseimbangan ekosistem
mangrove.
Bakteri adalah kelompok organisme utama yang berperan menjaga
berlangsungnya fungsi dari ekosistem mangrove. Kathiresan dan Bingham (2001)
menyatakan bahwa bakteri memiliki peranan penting dalam ekosistem mangrove
untuk menjaga keberlangsungan siklus biogeokimia dan transformasi nutrisi. Hal ini
menunjukkan bahwa keberadaan komunitas bakteri pada ekosistem mangrove sangat
vital sehingga sangat penting untuk dipelajari.
Penelitian tentang diversitas bakteri adalah langkah awal dalam mempelajari
komunitas bakteri pada ekosistem mangrove. Informasi mengenai diversitas bakteri
pada ekosistem mangrove di Indonesia umumnya masih terbatas pada culturable
bacteria. Handelsman (2004) menyatakan bahwa culturable bacteria tidak dapat
menunjukkan keseluruhan diversitas bakteri yang ada. Amann et al. (1995)
menambahkan bahwa bakteri yang dapat ditumbuhkan (culturable bacteria) pada
media pertumbuhan hanya sebagian kecil dari diversitas bakteri yang ada di alam.
Berdasarkan permasalahan tersebut maka pendekatan alternatif perlu dilakukan
untuk menunjukkan diversitas bakteri yang ada pada suatu sampel alam dengan lebih
baik. Pendekatan metagenomik memberikan kesempatan untuk mendapatkan genom
berbagai bakteri yang diperoleh secara langsung dari alam tanpa melalui tahapan
kultivasi pada media pertumbuhan dan mengamplifikasikannya dengan primer
universal bakteri untuk kemudian dianalisis diversitasnya menggunakan DGGE
(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis). Hal ini memberikan peluang besar untuk
mendapatkan gambaran diversitas bakteri mangrove secara keseluruhan berdasarkan
gen penyandi 16S rRNA.
2
Munculnya pendekatan metagenomik (culture-independent) telah mengubah
pemahaman tentang diversitas mikroorganisme. Berkembangnya pendekatan
metagenomik dimulai ketika diketahui bahwa kebanyakan mikroorganisme tidak
dapat dikultur. Pendekatan metagenomik sangat berperan dalam penemuan gen-gen
baru yang mampu menunjukkan struktur dan fungsi komunitas mikroorganisme
(Handelsman, 2004). Hal ini menunjukkan bahwa pendekatan metagenomik
merupakan pendekatan yang tepat untuk mengetahui diversitas bakteri pada
ekosistem mangrove berdasarkan gen penyandi 16S rRNA. Permasalahan yang
muncul dari uraian latar belakang tersebut yaitu bagaimanakah diversitas bakteri asal
sedimen mangrove Tritih Kulon berdasarkan gen penyandi 16S rRNA.
Adapun tujuan dari penelitian ini adalah mengetahui diversitas bakteri asal
sedimen mangrove Tritih Kulon berdasarkan gen penyandi 16S rRNA. Hasil
penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi ilmiah mengenai diversitas
genetik bakteri pada sedimen mangrove Tritih Kulon berdasarkan gen penyandi 16S
rRNA.
