173 alignment untuk mengidentifikasi kesamaan. Aplikasi lainnya dari molckuler phylogeny adalah DNA barcoding, dirnana spesies dari organisme individu diidentifikasi menggunakan bagian kccil mitokondria DNA. Aplikasi lainnya dari teknik perneriksaan genetik untuk menentukan paternitas anak dan juga pada kasusforensic criminal yang dikenal sebagai sidik jari genetika?
Dengan pertimbangan bahwa sampai saat ini belum pernah clilakukan analisis molekuler phylogenetic Human Im- munodeficiency Virus (HIV) pada penderita yang terinfeksi HfV di Surabaya, Jawa Timur, maka clirasakan perlu d.ilal<ukan penelitian analisis molckulcrphylogenetic HN pada penderira yang terinfeksi HIV di Surabaya, Jawa Timur.
Maj Kcdokt Indou, Volum:
60, N'""" 4,
AC)
Pcndahuluan
Plivlog enetic merupakan studi cvolusi yag ber- hubungan dcngan bcrbagai kclompok organisme (spcsics, populasi) yang diternukan melalui data sekuensing molekuler dan data matrik morfologi. Is Lilah phylogenetics berasal dari Yunani dari istilah pliyle/phylon yang bcrarti suku/ras dan genetikos yang berarti "berhubungan dengan kelahiran.1
Bidang ini turnpang tindih dengan ilmu sistematikph.yloge- netic atau cladisni, dirnana hanya pohon phylogenetic yang digunakan untuk membatasi takson, dan masing-masing menggambarkan kclornpok yang diwarisi mcrnpunyai hubungan dengan individu.
Pendekatan yang paling sering digunakan adalah pcrbundingan urutan gen menggunakan teknik sequence
Abstract: 711e Human Immunodeficiency Virus Type 1 (HIV-I) isolates are classified in three main groups: group M (111ai11), group O (outlier) as well as group N (non-M/11011-0). The HIV-] M group, responsible for the majority of infections in the HIV-I worldwide epidemic, can be further subdivided into l O recognized phylogenetic subtypes or clades, A-D and F-K. HIV-I phylogenetic classifications are currently based 011 nucleotide sequences derived from such as gag pl7 region of the same isolates or on full-length genome sequence analysis. We do not know HIV subtype distribution in HIV suspected patients, in Surabaya, East Java. The aims of this study was to do molecular analysis HIV in patients with HIV infection, in Surabaya, East Java. Antibody to HIV were detected using 3 methods, paper and EIA (Aeon) and J:.,"LJSA (Axion) techniques from 51 plasma obtained from the patients suspected l/lV infection, i11 Surabaya, Indonesia All of the samples were subjected to Polymerase Chain Reaction ( PCR) using pairs of primers based on HIV gag pl 7 genes. The PCR positive samples were sequenced and analysed to identify the HIV subtype using Genetic Version 9 program. Fourty nine (96,08%) HIV antibody were detected from 51 patients suspected HIV infection and 57,14% (28/49) HIV RNA determination positives.
All of21 positives HIV DNA except 011e sample that have been analyzed was CRFs of HIV with mayority CRFOl-AE subtype similar with I-ITV CRFOJ-AE subtype in Asia countries, e.g. Thai- land, Japan, Malaysia, Cina and Hongkong. Those one sample has 18 nucleotides insertion look like a HJVnew subtype but it is needed to confirm further. Fromgagp7 HIV gene in this study, one HIV has and CRFOJ-AE is majority HIV subtype in Surabaya, East Java which is located in the same branch with HIV common CRFOJ-AEHIV subtype in Asia.
Key words: HIV subtype, gag pl7 gene, Surabaya, Indonesia
"Department of Internal Medicine Faculty of Medicine Airlangga University, Surabaya·
**Depart111e11t of Microbiology Faculty of Medicine llir/angga University, Surabaya·
***Depart111e11t of Biochemistry Faculty of Medicine Airlangga University, Surabaya·
****Faculty of Nursery Faculty of Medicine Airlangga University, Surabaya·
*****lllstitutc of Tropical Disease Airlangga University·
******Center for Infectious Diseases, Kobe University Graduate School of Medicine, Japan
Nasronudin,* ,*****
Maria.Inge.Lusida.r
*, ***** Retno Handajani,***, *****Lindawati, **,*****Ferry Efendi, **** Takako Utsumi ******
Phylogenetic Molecular Analysis Human Immunodeficiency Virus (HIV) Patients in Surabaya, East Java
Analisis Molekuler Phylogenetic Human Immunodeficiency Virus (HIV) pada Pasien
Maj Kcdokt Indon, Volum: 60, Nomor: 4, April 2010 3.2 Elektroforesis agar hasil purifikasi DNA
Pada semua DNA HIV rnurni hasil PCR yang positif dari sampel dilakukan clcktroforesis dengan diaplikasikan pada agarose low melting 2% dalam larutan dapar TBE 0,5 X yang
3.1 Purifikasi DNA HIV hasil PCR
Purifikasi DNA HIV hasil PCR dilakukan dengan Ql/vquick-spin PCR purification kit dari Qiagene atau dengan rnetode phenol-chloroform purification dan setelah diperoleh DNA HIV rnurni diaplikasikan pada low melting agarose.
3. Sekuensing
Pada hasil PCR yang positif, selanjutnya dilakukan sekuensi.ng dcngan tahapan: purifikasi DNA HIV hasil PCR, elektroforesis agar hasil purifikasi DNA, purifikasi DNA HIV dari low melting agarosa, labeling DNA murni dengan PCR prosekuensing, purifikasi DNA hasil PCR labeling prosekuensing, electroforesis dengan mesin Sequencer ABI 310, sebagai berikut:
2.4 Pembuatan Joto dari hasil gel elektroforesis
Untuk dokurnentasi hasil, dilakukan pengambilan foto dengan menggunakan kamera digital.
2.3 Elektroforesis agar
Pada basil amplifikasi DNA VHB dilakukan elektroforesis dengan menggunakan agarosa 2 % dalam Jarutan dapar TBE 0,5 X yang mengandung ethidium bromide. cDNA HIV dari sampel-sampel, kontrol negatif (digunakan akuades), kontrol positif serta marka (0x 174/Hae Ill digest) yang sudah diseparasi dapat di Ii hat di bawah sinar ultraviolet.
GACTCGGCTTGCT-3'danJA-1545'-CCCATGCATTCA AAGTTCTAG GTG A- 3'.:ui Demikianjuga ulangan ekstraksi PCR, digunakan primer yang sama, Ulangan PCR ini juga ditujukan pada daerah genom HIV: gag pl7 dan dilakukan sebagai upaya menjaring hasil positif yang Jebih banyak.
Primer lain yang cligunakan dalarn upaya menjaring kepositifan pemeriksaan PCR RNA HIV yang lebih banyak adalah pri.merda.nlnvit,vgen: JA-114: 5'-TCTCTTCTACTA CTTTIACCCATG C-3', JA-115: 5'-GGCTCCTTCTGA TAA TGCTGAAAAC-3'daoJA-117: 5'-GCA TIT AAAGTTCTA GTTCTAGT/GTGA-3'.3
Untuk reaksi amplifikasi pada PCR HIV ini juga digunakan Kit PCR mixed Fermentas untuk pemeriksuan sec- ond round PCR dan pada PCR I apabila ekstraksi RN A HIV mcngunakan Fermcntas. PCR (1 tahap rnaupun 2 tahap) masing-masing dikerjakan sebanyak 40 siklus dan digunakan suhu pendahuluan 94°C selama 5 menit, kemudian untuk masing-masing siklus: 94°C untuk denaturasi selama 1 menit, 60°C untuk annealing selama 1 menit, dan 72°C untuk ekstensi selama 3 menit. Untuk keperluan PCR ini digunakan primer daerah genom gag pl7 HIV tersebut di atas dapat digunakan untuk perneriksaan phylogenetic HIV.5
174
2.2 Reaksi amplifikasi dengan PCR
Pada rcaksi One Step PCR digunakan pasangan primer:
JA-152 5' -ATC TCT AGC AGT GGC GCC CGAACA G- 3' danJA-155 5'-CTGATAATGCTGAAAACATGG GTAT - 3' yang apabila dipcrolch hasil yang negatif, dilanjutkan dcngan second round PCR HlV menggunakan pasangan primer Iuvitrogen, yaitu: JA-153 5' - CTC TCG ACG CAG 2.1 Ekstraksi RNA HIV dari serum dan sintesis cDNA HIV
Ekstraksi RNA HIV ditujukan pada daerah gcnom HIV:
gag pl7.RNA HIV dieksiraksi dari serum dengan metoda ekstraksi menggunakan rcagcn One Step Reverse Transcrip- t ion (RT) Polymerase Chain Reaction (PCR) Test ( Invirogen) scsua.i petunjuk pada kit. Apabila sampai saat deteksi basil PCR dcngan clcktroforesis diperolch hasil yang masih ncgatif, maka ekstraksi RN A
mv
diulang menggunakan RNAzol sesuai petunjuk pada kit yang dilanjutkan, menggunakan primer autisense tersebut di atas.2. Petneriksaan Polymerase Chain Reaction (PCR) HIV Dalam penelitian ini, dilakukan pemeriksaan PC HIV unntuk mendeteksi cDNA HIV, dcngan tahapan: ekstraksi RNA HIV dari serum dan sintesis cDNA HIV, reaksi amplifikasi dengan PCR, elekiroforesis agar, dan pembuatan foto dari hasil gel elektroforesis.
Pemeriksaan Laboratorium 1. Pemeriksaan Anti-HIV
Dalarn penelitian ini, dilakukan pemeriksaan anti-HIV dalam plasma darah penderita tersebut, Pemeriksaan amibodi menggunakan Tri-line HIV Rapid test Device dari Aeon, dan untuk HIV 1/2/0 berupa strip, Foresign HIV 1!'210 Antibody EIA Tes! Kit dariJ\con scrtaAnti-HlV 1 +2/Subtype O EUSA dariAxiom.
Mcloclc Pcnclitian Sampel Daralt
Pcnclitian ini merupakan Cross sectional study. Lima puluh satu (51) sampcl darah di Institute of Tropical Disease yang berasal dari pasien yang dicurigai rnenderita HN pcriode 2009. Pada sampel darah akan dilakukan pcmeriksaan antibiodi terhadap HlV dcngan metoda, yaitu: strip test, EIA dan EIJSA lest, dan perneriksaan PCR tcrhadap RNA HIV. Hasil PCR HIV yang positif akan disekuensing untuk pcncliiian
"Analisis molckuler phylogenetic HIV pada pcndcrita yang teri.nfeksi HIV di Surabaya Jawa Timur".
Plasma darah yang digunakan adalah sisa pcmcriksaan rutiu, yang saat pengambilan darah ditcrnpatkan dalam tabung pernusing steril dcngan anti-koagulan, kemudian dilakukan pemusingan untuk mcndapatkan plasmanya.
Plasma yang Lelah dipisah, dipindahkan ke dalam tabung Eppcndorf stcril ukuran 1,5 ml secara steril pula dan disi.mpan pada -800C sampai saat pemcriksaan anti-HIV dan RNA HIV dilakukan.
Analisis Molekuler Phylogenetic Human Immunodeficiency Virus (HIV) pada Pasien
175 Diskusi
Lima puluh satu pasien dengan suspect terinfeksi HIV ini di RSU Dr. Soetomo dalarn penelitian ini rerata umurnya 32,9 tahun clan kisaran urnur 23 sarnpai dengan 56 tahun.
Pasien dengan suspect terinfeksi HIV terdiri dari 35 orang Iaki-laki dcngan rerata umur 32,9 tahun dan kisaran umur 23 tahun sampai dengan 53 tahun serta 16 orang perempuan dcngan rerata urnur 32,9 tahun clan kisaran unur 24 tahun sampai dcngan 56 tahun. Rangkuman data jenis kclamin clan urnur penderita clengan suspect terinfeksi HIV clitampilkan pada Tabel l.
Hasil, antibodi terhadap HIV tercleteksi pada 96,08% (49/
51) penderita suspect HIV dan RNA HIV terdeteksi pada 57, 14% (28/49). Pada analisis selanjutnya clari 21 nukleoticla gen gag pl 7 HIV yang dianalisis, semua adalah CRF, terutama HIV subtipe CRFOl-AE yang menempati satu cabang dengan HIV CRFO 1-AE yang berasal dari Asia, yaitu Thailand, J epang, Malaysia, Cina dan Hongkong, kecuali satu sampel. Satu sampel tersebut mempunyai insersi 18 nukleotida nampaknya sepcrti subtipe HN yang ba.ru.
28/51 (54,90%) 51/51 (100 % )
Total
28/49 (57,14%) 0/2 (0%) 49/51 (96,08%)
2/51 (3,92%) Posilif
Negatif
PCR HIV Antibodi HIV
Tabel 2. Hasil Amplifikasi PCR HIV pada Pendcrita Suspect HIV
Untuk mengetahui genotip HIV, urutan nuk.leoticla yang didapat pada penelitian ini dibanclingkan clengan urutan nukleotida yang sudah dipublikasi. Hasil selengkapnya sarnpel clengan antibodi dan PCR yang positif dalam penelitian ini dapat dilihat pada Tabel 2.
Jenis Kelamiu Jumlah Pcndcr ltn Rcrata dan Kisurun
(%) Umur (Tahun)
Pria 35 (68,63%) 33,5 (23-53)
Wanita 16 (31,37%) 32,3 (24-56)
Total 51 (100%) 32,9 (23-56)
Tubcl 1. Jeuis Kclamin dan Umur Sampel l'endcrita
Hasil Penclitian
Dalarn penelitian ini digunakan 51 sampcl sera yang berasal dari pasien dengan suspect terinfeksi Human Acquired Immunodeficiency Virus (HIV) yang berobat di praktek dokter swasta clan memeriksakan darahnya di laboratorium di ITD.
untuk pemeriksaan serologi, dilakukan di laboratorium swasta.
Maj Kcdokt lndon, Volum: 60, Nomor: 4, April 2010
Lokasi Peuelitian
Pelaksauaan pcmcriksaan laboratorium c.Jari sisi molckulcr sernua clilaksanakan di laboratorium HN, Institute of Tropical Disease (lTD), Universitas Airlangga, scdangkan Aualisis Phylogenetic Hasil Sequencing
Selanjutnya clilakukan analisis molckuler nukleotida hasil sckuensing DNA HlVyang dipcroleh dari serum sampel penderita, clan dibandingkan dcngan sekuens nukleotida clari gcnotipe HCV yang pcrnah dipublikasi sebelumnya, clengan program Genetyx Ver.9 mcnggunakan komputer.
Tujuannya untuk mengetahui urutan nukleotida/variasi clari gcnotipc VHB pada penderita tersebut.
3.6 Elektroforesis dengan mesin Sequencer AB! 310 Pada basil PCR labeling prosequencing yang sudah dimurnikan, berisi fragmen-fragrnen nukleotida yang telah diarnplifikasikan dari daerah genom HIV yang dituju.
Selanjutnya dilakukan analisis sekuens nukleotida dengan metocle direct sequencing dengan diaplikasikan pada mesin AB! 310 sequencer DNA dari Applied Biosystems, Inc.
Pada proses ini melibatkan penggunaan capiller buffer with Ethylene Diamine Tetra Acetate (EDTA), HiDi fonnammide, tabung untuk sckuensing 0,5 ml dengan septa,
dari Apllied Biosystems, Inc.
3.5 Purifikasi DNA hasil PCR labeling prosekuensing Purifikasi DNA dari PCR labeling prosekuensing dilakukan clengan proses prcsipitasi menggu.nakan etanol dan sodium asetat. Selanjutnya DNA kering disirnpan sampai saatnya diaplikasikan pada mesin sequencer setelah dicampur dengan reagcn-reagen sekuensing dari Applied Biosystetn.
3.4 Labelling DNA murni dengan PCR prosekuensing Hasil purifikasi DNA mengunakan Q!Aquick Gel Ex- traction kit dari Qiagen, dilakukan PCR prosekucnsing (untuk labeling) menggunakan salah satu primer yang dipakai dalam PCR sebelumnya. Pada tahap ini dilakukan labeling dengan dye dideoxy nukleotida trifosfat yang sudah dilabel, yaiiu rnenggunakan Bigdye Termination Kit V 1.1 dari Applied Biosystem.
3.3 Purifikasi DNA HIV dari low melting agarosa Sclanjutnya, band yang dikehendaki dipotong dari agarosa low melting dilakukan puri fikasi DNA lagi dengan mcnggunakan Q!Aquick Gel Extraction kit dari Qiagen, sesuai dcngan prosedur yang Lcrlampir pada kit.
mengandung ethidiuin bromide. DNA HIV clari sampel- sarnpc l (Lanpa konuol positif clan negatif) yang dielckiroforesis clan sudah diseparasi dapat dilihat di bawah sinar uluaviolet long wave. Tahap ini clilakukan untukmelihat keberhasilan proses purifikasi,
Analisis Molekuler Phylogenetic Human Immunodeficiency Virus (HIV) pada Pasien
Maj Kedokt Judon, Votum: 60, Nomor: 4, April 2010 l. Edwards AWF, Cavalli-Sforza LI. Phylogcnetics is that Branch of
Life Science, Which Deals with the Study of Evolutionary Rela- tion Among Various Groups of Organisms, Through Molecular Sequencing Data. Systematics Assoc. Publ. No. 6: Phenetic and Phylogenetic Classification. Ed. Reconstruction of Evolutionary Trees. 1964.p.67-76.
2. HIV and Phylogenetic. Dalam www en wilkivedja com (Akses tanggal 23 Januari 2009).
3. Albert JI, Wablber J, Leitner T, Escanilla D, Uhlcn M. Analysis of A Rape Case by Direct Sequencing of the Human Imrnunodefl- ciency Virus Type 1 Pol and Gag Gnes. Journal of Virology.
t 994;68.9.5918-24
4. Leitner T, Esca.nillat D, Marquinq S, Walberg J, Brostrom, Hasson HB. Biological and Molecular Characterization of Subtype D, G, and AfD recombinant HIV-I Transmission in Sweden. Virology.
1995;209: 136-46.
5. Leitner T, Escanillat D, Franzenr C, Uhlen M, Albert J. Accurate Reconstruction of A Known HTV-1 Transmission History by Phy-
Daltar Pustaka Kesimpulan
Dari penelitian ini berdasar urutan nukleotida daerah gag pl 7, dapat disimpulkan: HIV di Surabaya, Jawa Timur sebagian besar terclapat dalam satu kelompok clengan kelompok Circulating Recombinant Forms dan terutama adalah CRFOI-AE yang juga terdapat di berbagai negara di Asia. Satu sarnpel HIV mempunyai insersi 18 nukleoticla yang masih perlu diteliti lebih lanjut apakah memang merupakan subtipe HIV yang baru.
Telah dikemukakan bahwa identifikasi HIV-1 yang berbecla clalam env menyebabkan HIV clikelompokkan menjad.i: M, N clan 0. Kelompok M adalah yang paling sering dijumpai dan terbagi menjadi 9 subtipe/clade berdasarkan keseluruhan genom yang secara geografis berbeda, yaitu subtipe A, B, C, D, F, G, H, J clan K.8•11 Subtipe HIV ini selanjutnya dibagi lagi menjadi subsubtipe, yaitu antara lain Al, A2, Fl clan F2.9 Dikernukakan bahwa subtipe HIV yang berbeda dapat berbecla pula pada efek transrnisi (penu- larannya), timbulnya rcsistensi obat, maupun perogresifitas penyakit. lOVariasi genetik an tar subtipe HIV-1 pada gen gag berkisar 20% rnenurut Tebit, 12 clan menurut Ndembi 2009 berkisar 25-35% dan c!idalam subtipe berkisar 15-20%.10
Telah dikemukakan pula bahwa prevalen terbanyak adalab subtipc B (diternukan tcrutarna di Amerika Utara dan Eropa), Adan D (Afrika), C (Afrika danAsia). Subtipe tersebut membentuk cabang clalam pobon genetik yang meng- gambarkan kerurunan dari kelompok M dari HIV- I. Koinfeksi clengan subtipe yang berbeda rnenyebabkan peningkatan circulating recombinant forms (CRFs). Pada tabun 2000, dibuat analisis global subtipe prevalen, yaitu: 47,2% infeksi di selurub clunia adalah subtipe C, 26,7% aclalah subtipe N CRF02-AG, 12,3% adalah subtipe B, 5.3% adalah subtipe D, 3.2% adalah CRF-AE, dan sisanya 5.3% terdiri dari subtipe Iain dan CRFs. 13 Sebagian besar penelitian HIV- I berfokus pacla subtipe B, seclangkan seclikit yang lainnya berfokus pada subtipe lain.14
176
Pada 51 plasma pasicn tcrsebut sernua diperiksa antibocli terhadap HIV, yaitu dengan pemeriksaan antibodi mcnggunakan Tri-line HIV Rapid Test Device dariAcon untuk HlV 1/2/0 berupa strip, Foresight HIV 1/2/0 Antibody EIA Test Kit da.ri Aeon serta Anti-HIV 1 +2/Subtype O ELISA dari Axion. Penggunaan kctiga rnacam pemeriksaan untuk antibodi terhadap Hl V ini d.imaksudkan untuk mcnghindari kesalahan dalam pembuatan diagnosis. Hal ini clilakukan karena diag- nosis terinfeksi HIV rnerupakan diagnosis yang berdampak sangat Juas, tidak hanya terhadap pasien, namun juga tcrhadap lingkungan sekitarnya maupun upaya pengendalian yang dilakukan pcmerintah.
Hasil pemeriksaan antibodi terhadap HN pada 51 plasma penderita tersebut didapatkan 2 plasma penderita mem- bcrikan basil pemeriksaan antibodi yang ncgatif dan 48 se- rum pcnderita rnembcrikan basil yang positif lcrhadap ketiga macam pemcriksaan antibocli terhadap HIV. Pada basil perneriksaan antibodi terhadap HIV yang positif maupun negatif ini dilakukan PCR untuk dacrah gen gag HIV.
Dctcksi asam nuk]eat HIV dengan PCR merupakan rnetoda pilihan untuk diagnosis infeksi HIV pada keadaan deteksi anubodi masih memberikan hasil negatif.7 Pada pemeriksaan PCR clalam penelitian ini, cligunakan pasangan- pasangan primer yang telah digunakan dan dipublikasikan dalam jurnal internasional.4·6 Dari 51 sampel tersebut, pada pcrncriksaan PCR dari gen gag p71 HIV clidapatkan basil pemeriksaan PCR positif pada 28 sarnpel yang semuanya berasal dari sampel dengan antibodi positif. Pada sampel clcngan pcrncriksaan antibodi terhadap HIV positif clan pemeriksaan PCR HIV positif pada penderita tersebut masih mengandung RNA HIV, sehingga masih mempunyai potensi untuk menularkan virus HJ V Pada sampel yang negatif pada penggunaan pasangan primer dalam penelitian ini kemungkinan tcrjadi perubahan/mutasi urutan nuklcotida pada tempat mclekatlannealing primer, sehingga primer tidak dapat mclekat!annealing yang berakibat basil PCR negatif.
Pasangan primer dalam penelitian ini mcrupakan pasangan primer yang apabila dipakai PCR dan dapat mernberikan amplifikasi nuklcotida yang positif, rnaka setelah dilakukan sekuensing, urutan nukleoticla yang didapat digunakan untuk mengetahui genotip HIV.
DNA HIV basil amplifikasi PCR selanjutnya dimurnikan dan dilakukan sekuensing dengan menggunakan mesin se- quencer ABI-310. Dari hasil sekucnsing yang d.iperoleh, kcmudian dilakukan analisis molekuler untuk mcngetahui genotip H1V dan homologi urutan nukleotida yang didapat, Untuk ruengetahui genotipe HIV, urutan nuklcotida basil sekucnsing yang dipcroleh dalam pcnclitian ini dibandingkan dcngun urutan nuklcotida VHB genotipe Iain yang Lelah dipublikasi."!' Kcmudian dianalisis clan dibuat pohon phy- logenetic. Urutan uukleotida basil sekuensing yang cliperolch dari sampel pasien suspect HIV ini akan dipakai untuk mcngetahui aclanya variasi gcnctik ataupun mutasi pada DNA basil PCR dalam pcnclitian ini,
Analisis Molekuler Phylogenetic Human Immunodeficiency Virus (HIV) pada Pasien
177 Cameroon: Evidence of Major Drug Resistance Mutations on Newly Diagnosed Patients Infected with Subtypes Other than Subtype B, Journal of Clinical Microbilogy, American Society of Microbiology. 2008;46/1,177-84.
11. Khamadi S A, Lihana RW, Osman S, Mwangi J, Muriuki J, Lagat N. Genetic Diversity of HIV. Type 1 along the Coastal Strip of Kenya. AID Research and Human Retroviruses. 2009;25(9):919- 23.
12. Tcbit DM, Nankya I, Arts EJ, Gao Y. HIV Diversity, Recombina- tion and Disease Progression: How Does Fitness "Fit" Into The Puzzle? AIDS Reviews. 2007;9:87-97.
13. Osmanov S. Pattou C, Walker N, Sehwardlandcr B, Esparza J.
Who-UNAIDS Network for HIV Isolation and Characterization.
"Estimated Global Distribution and Regional Spread of HIV-I Genetic Subtypes in the Year 2000". Acquir. Immune. Defic.
Syndr. 2002;29(2):184-90.
14. Perrin L, Kaiser L, Yerly S. Travel and the Spread of HIV-I Genetic Variants. Lancet Infect Dis. 2003;3(1):22-7.
Maj Keclokt Judon, Volum: 60, Nomor: 4, April 2010
logcnctic Tree Analysis. Proc. Natl. Acad. Sci. USA.
1996;93: 10864-9.
6. Leitner T, Korber B, Daniels M, Calef C, Foley B. HIV-I Subtype and Circulating Recombinant Form (CRF) References. Los Alamos National Laboratory, Los Alamos, NM. 2005.p.41-7.
7. Panteleeff, D Dev, John G, Nduati R, Mbori-Ngacha D, Richardson B. Rapid Method for Screening Dried Blood Samples on Filter Paper for Screening Dried Bluod Samples on Filter Paper for Human Inununodcficiency Virus Type I DNA. J of Clini Microbial.
I 999;37(2):350-3.
8. Robertson DI, Hahn BH, Sharp PM. Recombination in AIDS Viruses. J Mo! Evol. !995;40(3):249-59.
9. Antunes R, Figuiredo S, Ba'Rtolo IS, Pinheiro M, Rosado L, Soares I. Plasma Samples from A Pediatric Population Predomi- nantly Infected with Human Immunodeficiency Virus type I Subtype G and BG Recombinant Forms. J of Clin Microbio.
2003 ;(41):3361-67.
I 0. Nclcmbi N, Abraha A, Pilch I!, Ichimura rr, Mbanya D. Kapture L, Salata R, Arts EJ: Molecular Characterization of Human Im- munodeficiency Virus Type l (HIV-I) and HIV-2 in Yaounde,
Analisis Molekuler Phylogenetic Human Immunodeficiency Virus (HIV) pada Pasien
