--
DETEKSI BAKTERI Escherichia coli O157 PADA SUSU KEDELAI MENGGUNAKAN METODE Polymerase Chain Reaction (PCR) YANG DIJUAL DI KELURAHAN
ANDUONOHU, KECAMATAN POASIA, KOTA KENDARI
Satriani Syarif 1, Sugireng 2 , Helida Purwanti 3.
satrianisyarif@gmail.com 1 Sugireng92@gmail.com 2,helida.purwanti10@gmail.com3
STIKES Mandala Waluya Kendari
ABSTRAK
Susu kedelai di Kota Kendari yang terindikasi terkontaminasi oleh bakteri E.coli O157 yang merupakan penyebab penting foodborne disease. E.coli O157 adalah bentuk mutan dari
Eschericia coli yang bersifat patogen. Tujuan umum dari penelitian ini adalah Untuk mengetahui apakah terdapat cemaran bakteri Eschericia coli O157 pada susu kedelai yang dijual di Kelurahan Anduonohu, Kecamatan Poasia, Kota Kendari.
Jenis penelitian yang digunakan dalam penelitian ini adalah deskriptif. Populasi dalam penelitian ini adalah sampel susu olahan rumah tangga dengan tehnik pengambilan sampel adalah total sampling sebanyak 8 sampel.
Hasil penelitian menunjukan bahwa dari 8 sampel uji kultur sebanyak 1 sampel positif
Eschericia coli pada sampel susu kedelai dengan media EMBA. Sedangkan di uji dengan menggunakan metode PCR pada sampel susu kedelai menunjukan hasil negatif. Hal ini ditandai dengan tidak terbentuknya pita DNA ukuran 239 pasang basa, pada gel elektroforesis.
Berdasarkan penelitian yang dilakukan dapat disimpulkan bahwa tidak terdapat kontaminasi bakteri Escherichia coli O157 pada hasil pemeriksaan susu kedelai dengan menggunakan metode PCR. Saran untuk peneliti selanjutnya agar mendeteksi jenis bakteri lain, memperhatikan waktu atau lama penyimpanan susu kedelai yang akan digunakan sebagai sampel penelitian.
Kata Kunci :
: Eschericia coli O157, susu kedelai, metode PCR
PENDAHULUAN
Susu merupakan bahan makanan yang bergizi tinggi karena mengandung zat-zat makanan yang lengkap dan seimbang seperti protein, lemak, karbohidrat, mineral dan vitamin yang sangat dibutuhkan oleh manusia. Kandungan nilai gizi yang tinggi menyebabkan susu menjadi media yang sangat disukai oleh mikroorganisme untuk
tumbuh dan berkembang sehingga bila tidak ditangani secara benar kualitas dari susu olahan menjadi rendah dan tidak layak untuk dikonsumsi (Abduh dkk, 2013).
Salah satu kontaminan biologi yang paling sering dijumpai pada makanan dan minuman adalah bakteri golongan Coliform. Coliform merupakan suatu kelompok bakteri yang digunakan
sebagai indikator adanya polusi kotoran dan kondisi yang tidak baik terhadap air, makanan maupun susu. Adanya bakteri Coliform dalam makanan ataupun minuman menunjang kemungkinan adanya mikroba bersifat enteropatogenik dan toksigenik yang berbahaya bagi kesehatan. Genus coliform meliputi: Serratia, Hafnia, Citrobacter, Enterobacter, Klebsiella, dan Escherichia coli (Pelczar dan Chan, 2005).
Bakteri Escherichia coli merupakan spesies dengan habitat alami dalam saluran pencernaan manusia maupun hewan.
Escherichia coli pertama kali diisolasi oleh
Theodor Escherich dari tinja seorang anak kecil pada tahun 1885. Bakteri ini berbentuk batang, berukuran 0,4-0,7 x 1,0-3,0 μm, termasuk gram negatif, dapat hidup soliter maupun berkelompok, umumnya motil, tidak membentuk spora, serta fakultatif anaerob
(Fardiaz, 2009).
Escherichia coli jika masuk kedalam saluran pencernaan dalam jumlah banyak dapat menyebabkan kesehatan. Walaupun
Escherichia coli merupakan bagian dari mikroba normal saluran pencernaan, tapi saat ini telah terbukti bahwa galur-galur tertentu mampu menyebabkan gastroenteritis taraf sedang hingga parah pada manusia dan hewan. Sehingga air yang akan digunakan untuk keperluan sehari-hari berbahaya dan
dapat menimbulkan penyakit
infeksius.(Suriaman, 2008).
Escherichia coli O157 adalah bentuk mutan dari Escherichia coli (Ann dkk, 2003). Sebagai bakteri yang bersifat patogen,
Escherichia coli O157 memiliki beberapa
faktor virulen yang membantu bakteri menyerang induk semangnya yaitu saluran pencernaan manusia. Shiga like toxin (SLT) atau shiga toxin yaitu Stx1
dan Stx2 adalah salah satu faktor virulen dari Escherichia coli O157 yang utama. Toksin yang dihasilkan oleh Escherichia coli O157 dalam lumen usus manusia dapat masuk ke lapisan usus bagian lebih dalam, akibat adanya faktor virulen yang lain yaitu intimin. (Atalla dkk, 2000).
Salah satu metode yang digunakan untuk menentukan jumlah coliform dalam susu kedelai adalah Metode MPN sebagai perkiraan jumlah individu bakteri. Untuk mengetahui jenis bakteri yang cemari susu kedelai perlu dilakukan uji lanjutan. Salah satu metode yang dapat digunakan adalah penerapan metode PCR.
PCR (Polymerase Chain
Reaction) adalah teknik in vitro yang dapat mengampiifikasi bagian DNA spesifik yang terletak di antara dua bagian DNA yang telah diketahui. PCR merupakan teknik biokimia dan biologi molekuler untuk isolasi dan amplifikasi secara eksponensial fragmen atau urutan sasaran DNA melalui replikasi enzimatik, atau tanpa menggunakan mahluk hidup (seperti Escherichia coli atau ragi). Karena PCR merupakan teknik in vitro, teknik ini dapat digunakan tanpa memotong DNA dan dapat dimodifikasi secara ekstensif untuk mengikuti aturan luas manipulasi genetik (Fatchiyah dkk, 2012).
enzimatik fragmen DNA dengan menggunakan dua oligonukleotida primer yang komplementer dengan ujung 5’ dari kedua untaian sekuensi target. Oligonukleotida ini digunakan sebagai primer (primer PCR) untuk memungkinkan DNA template disalin oleh DNA polymerase (Nasir, 2002).
Amlifikasi DNA untuk mendeteksi DNA dan gen rfbE digunakan sepasang primer dengan urutan pasangan basa sebagai
berikut :F:
5’GTGCTTTTGATATTTTTCCGAGTACAT TGG – 3’ dan primer R: 5’ - TTTATATCACGAAAACGTGAAATTGCT GAT – 3’. PCR dengan meggunkan kit reagen kappa dalam volume reaksi 25 µL yang terdiri atas 12,5 µL master mix, 0,5 µL masing-masing primer, 1 µL (ddH2O), MgCl2 6 µL water free nuclease dan 5 µL DNA Template. Proses amplifikasi dilakukan pada alat PCR dengan kondisi denaturasi 94oC selama 20 detik, annealing pada suhu 56oC selama 20 detik, dan pemanjangan (primer extension)
pada suhu 72oC selama 32 detik. Siklus ini diulangi sebanyak 35 kali dan tahap terakhir pemanjangan (final extension) 72oC selama 10 menit. Produk PCR kemudian dianalisa menggunkan elektroforesis (Fatciyah dkk, 2011).
Gel elektroforesis adalah suatu teknik untuk memisahkan molekul menggunakan medan listrik berdasarkan ukurannya. Didalam medan listrik DNA akan menuju elektroda yang bermuatan positif karena DNA mengandung gugus fosfat yang bermuatan negatif (Marks dkk, 2000).
Elektroforesis gel agarosa digunakan untuk memisahkan fragmen DNA yang berukuran lebih besar dari 100 pb dan dijalankan secara horizontal, sedangkan elektroforesis poliakrilamid dapat memisahkan 1 pb dan dijalankan secara vertikal. Elektroforesis poliakrilamid biasanya digunakan untuk menentukan urutan DNA (Gaffar, 2007).
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui apakah terdapat cemaran bakteri Escherichia coli O157 pada susu kedelai yang dijual di Kelurahan Anduonohu, Kecamatan Poasia, Kota Kendari Menggunakan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR).
METODE PENELITIAN
Jenis penelitian yang digunakan dalam penelitian adalah deskriptif dengan desain penelitian cross sectional yakni dilakukan deteksi bakteri Escherichia coli
O157 pada susu kedelai. Populasi dalam penelitian ini adalah sampel susu olahan rumah tangga dengan tehnik pengambilan sampel adalah total sampling sebanyak 8 sampel.
a. .Pertumbuhankoloni Pada Media Emba
Gambar 1. Pertumbuhan koloni pada media EMBA A koloni yang berwarna hijau metalik dan B koloni yang berwarna pink muda dan keunguan.
Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan 8 sampel susu kedelai yang telah ditumbuhkan pada media EMBA menunjukan 1 sampel koloni berwarna hijau metalik dan 7 lainnya berwarna pink muda dan keunguan, sampel dikatakan positif apabila terdapat bakteri Eschericia coli
pada media EMBA berwarna hijau metalik dengan ciri-ciri permukaan koloni, cembung dengan pinggiran rata yang khas. Sedangkan jika negatif akan menunjukan warna koloni pink muda dan keunguan(Gambar 7).1 sampel yang menunjukkan koloni berwarna hijau metalik di duga sebagai E.coli O157, semua sampel tetap dilanjutkan ke tahap PCR untuk mengkonfirmasi hasil.
b. Hasil Metode Pcr
300 200 100
Gambar 2. Hasil deteksi bakteri
Escherichia coli O157menggunakan metode PCR pada sampel susu kedelai yang dijual dikelurahan Anduonohu, Kecamatan Poasia kota kendari memperlihatkan hasil negatif pada semua sampel.
Setelah koloni bakteri tumbuh di media EMBA keseluruhan sampel kemudian diisolasi DNA nya. Isolasi DNA dilakukan dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari
bahan lain seperti protein, lemak, dan karbohidrat. Berdasarkan gambar 8 hasil penelitian ini menunjukkan bahwa metode PCR yang digunakan dalam penelitian ini tidak ditemukan adanya pita (band) DNA pada ukuran 239 bp sehingga tidak terdapat bakteri
Eschericia coli O157 pada susu kedelai yang dijual di kelurahan Anduonohu, Kecamatan Poasia, Kota Kendari. c. Hasil Pewarnaan Gram
Gambar 3. Hasil pewarnaan gram menunjukan bakteri coccus gram negatif.
Berdasarkan gambar 3
memperlihatkan hasil pewarnaan gram, di dapatkan seluruh sampel memiliki bentuk yang sama yaitu berbentuk coccus (bulat) dan merupakan bakteri gram negatif. Dengan demikian, 8 sampel susu kedelai tersebut mengandung bakteri gram negatif dan bukan merupakan golongan bakteri
Eschericia coli. Bakteri Eschericia coli
merupakan bakteri gram negatif berbentuk batang pendek, memiliki panjang sekitar 2 µm, diameter 0,7 µm, lebar 0,4-0,7 µm dan bersifat anaerob fakultatif (Kusuma, 2010).
d. Hasil Uji Mrvp
Gambar 4. pertumbuhan negatif pada media MRVP
Gambar 4 di atas dapat diketahui bahwa hasil uji MRVP pada media menunjukan hasil yang negatif, hal ini dapat diketahui karena tidak terjadi perubahan warna merah pada media. Pada Uji MR dilakukan penambahan indikator methyl red dan akan menunjukan perubahan warna pada media uji. Hasil positif jika berubah menjadi warna merah pada keadaan asam dan hasil negatif berubah menjadi warna kuning jika keadaan basa , sedangkan pada uji VP ditambahkan indikator KOH 40% dan 5 % larutan alfa naftol sehingga dapat menentukan adanya asetoin (asetil metil karbinol) suatu senyawa pemula dalam sintesis 2,3 butanadiol dengan adanya asetoin akan menunjukan perubahan warna medium menjadi merah. Hasil positif jika terjadi perubahan pada media menjadi warna merah yang menandakan keadaan asam dan negatif jika berubah menjadi warna kuning yang menandakan keadaaan basa.
KESIMPULAN
Berdasarkan penelitian yang dilakukan dapat disimpulkan bahwa sampel susu kedelai yang dijual di Kelurahan Anduonohu, Kecamatan Poasia, Kota Kendari tidak terkontaminasi bakteri Escherichia coli O157.
DAFTAR PUSTAKA
Abduh SBM, Mulyani S, Susilawati T. 2013. Reduksi Bakteri Dan Biru Metilen, Serta Perubahan Intensitas Pencoklatan Dan pH Susu Akibat Pemanasan Pada Suhu 80°C Dalam Periode Yang Bervariasi. Animal Agriculture Journal. 2(3):123–131. Adebayo-Tayo BC, Adegoke AA,
Akinjogunla OJ. 2008. Microbial and physico- chemical quality of powdered soymilk samples in Akwa Ibom, South Southern Nigeria. African Journal of Biotechnology Vol. 8 (13), pp. 3066-3071.
Andriani. 2006. Escherchia coli O157: H7
Sebagai Penyakit Zoonosis.
Prosiding Lokakarya Nasional
Penyakit Zoonosis. Pusat Penelitian dan Pengembangan Peternakan. Bogor.
Andisarwanto, T. 2015. Kedelai. Penebar Swadaya. Jakarta.
Aminudin. 2009. Mengenal Makanan Sehat. Bogor: Quadra.
Balia, R.L., E. Harlia, dan D. Suryanto. 2008. Jumlah Bakteri Total dan
Koliform pada Susu Segar
Peternakan Sapi Perah Rakyat dan Susu Pasteurisasi Tanpa Kemasan di Pedagang Kaki Lima. Prosiding. Bandung: Fakultas Peternakan Universitas Padjadjaran
Bintang M. 2010. Biokimia Teknik Penelitian. Jakarta : Penerbit Erlangga.
BSN 7388. 2009. Batas Maksimum Cemaran Mikroba Dalam Pangan. Badan Standardisasi Nasional. Cheeptham N. 2012. Eosin Methylen Blue
Agar. Thomson Rivers Universty, Kanada.
Clark, M. 2005. Escherichia coli O157:H7 (on line). http://www.about-ecdi.com
(diakses 10 Juni 2020)
Elfidasari, D. et al., 2011. Perbandingan
Kualitas Es di Lingkungan
Universitas Al Azhar Indonesia dengan Restoran Fast Food di
Daerah Senayan dengan Indikator Jumlah Escherichia coli Terlarut. Jurnal Al-Azhar Indonesia Seri Sains dan Teknologi, Vol.1(No.1).
Endrasari, R., S.C. Budisetyaningrum., dan T. Suhendrata. 2012. Karakteristik Kimia Tempe dari Berbagai Varietas Kedelai. Balai Pengkajian Teknologi Pertanian Jawa Tengah., Semarang.
Esprit E, 2010. Kandungan Gizi Susu Kedelai.
Eemoo esprit.blogspot.com/2010/10. Di akses 10 Juni 2020
Fatchiyah, E.L. Arumningtyas, S. Widyarti, S. Rahayu. 2011. Biologi Molekuler Prinsip Dasar Analisis. Erlangga. Jakarta. Hal. 48-57
Fatchiyah, dkk. 2012. Buku Praktikum Teknik Analisis Biologi Molekuler. Malang:
Jurusan Biologi. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. Universitas Brawijaya.
Fardiaz, S. 2009. Mikrobiologi Pangan. PAU Pangan dan Gizi Intitut Pertanian Bogor. Bogor.
Fazathul Izza. 2017. Deteksi Cemaran Bakteri Patogen Esherchia coli O157: H7 Pada Susu Sapi Perah Secara Konvensional dan Molekuler. Universitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahhim: Malang. Gaffar, S. 2007. Pengunaan PCR (Polymerase
Chain Reaction) untuk deteksi Retrovirus HTLV (Human T-Cell Lymphotropic
Virus). Bandung: Universitas
Pandjajaran.
Garibyan, L and Avashia, N. 2013. Research Techiques Made Simple: Polymerase Chain Reaction (PCR). J Invest Dermatol, 133(3): e6.
Gannon VPJ, Graham TA, King R, Michel P, Read S, Ziebell K., et al. 2002
Escherichia coli O157:H7 infection in cows and calves in a beef cattle herd in Alberta, Canada. Epidemiol Infect ;129:163-72.
Hadi A. 2005. Prinsip Pengelolaan
Pengambilan Sampel Lingkungan.
Jakarta: Gramedia.
Hadiyanto, D.A.S., 2013. Teknologi Dan Metode Penyimpanan Makanan Sebagai Upaya Memperpanjang Shelf & Life,
Jurnal Aplikasi Teknologi Pangan, 2(2):52-59.
Handoyo, D dan Rudiretna, A. 2001. Prinsip Umum dan Pelaksanaan Polymerase Chain Reaction (PCR). Unitas, vol.9, No.1.
Hemraj, V. 2013. E review on commonly used biocemical Tes For Bacteria. Innofare Journal of life science. India.
Hilmarni, Rini Satriani & Devahimer Harsep Rosi. 2019. Uji Kontaminan Koliform Susu Kedelai yang dijual di Pasar Bawah Kota Bukittinggi. Jurnal endurance: Kajian Ilmiah Problema Kesehatan. Vol 4 (45-51). Hoa, N.T., Minh, N.P., & Dao, D.T. 2014.
Optimization of Enzymatic Hydrolysis for Soy Milk under Experimental Planning.
International Journal of Advances in Pharmacy, Biology and Chemistry.
3(3):563-574.
Ikmalia, 2008. Analisa Profil Protein Isolat Escherichia coli S1 Hasil Iradiasi Sinar Gamma [Skripsi]. Jakarta : Fakultas sains dan Teknologi Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta
Irianto,2006. Mikrobiologi : Menguak Dunia Mikroorganisme. 2 ed. Bandung: CV.YRAMA WIDYA Ismail, D. 2012. Uji Bakteri Escherichia
coli Pada Minuman Susu Kedelai Bermerek dan Tanpa merek di kota surakarta. Naskah publikasi, Fakultas Kedokteran. Universitas Muhammadiyah Surakarta.
Kolapo AL, Oladimeji GR. 2008.
Production and quality evaluation of soy-corn milk. Journal of Applied Biosciences. Vol.1 (2): 40 - 45. Kominato Y, Hata Y, Matsui K, Takizawa
H. 2005. Regulation of ABO gene expression. Legal medicine, vol 7 issue 4, p. 263-5.
Kusuma, S. A. F. 2010. Eschericia coli ATCC 8739. Fakultas Farmasi Universitas Padjajaran.Bandung. Law RJ, Gur-arie L, Rosenshine I, Finlay
BB, Behnsen J, Deriu E, Finlay BB. 2013. In Vitro and In Vivo Model Systems for Studying Enteropathogenic Escherichia coli Infections. Cold Spring Harbor Laboratory Press, 3.
Lazaro, David Rodriguez, dan Hernandez, Marta. 2013. Real-time PCR in Food Science: Introduction. Curr Issue Mol Bio. 15: 25-38.
Leboffe, M.J. & B.E. Pierce. 2011. A Photographic Atlas for The Microbiology
Laboratory 4th Edition. Morton
Publishing Company, Kenyon Ave. Melliawati, R. 2009. Escherichia coli Dalam
Kehidupan Manusia. Biotrends. 4:1
Marks, D. B., Marks, A. D., & Smith, C. M. 2000. Biokimia kedokteran dasar : sebuah pendekatan klinis (1 ed). Jakarta: Buku Kedokteran EGC
Muladno. 2010. Teknologi Rekayasa Genetika, Edisi Kedua. Bogor: IPB.
Murtiningtyias, S. 2016. Uji Bakteri Escherchia coli Pada Minuman Susu Kedelai Dari Beberapa Penjual Susu Kedelai Di Kota Surakarta.
Morin, N.J, Gong. Z and Xing Fang, L. 2004.
Reverce Transcription-Multiplex PCR Assay For Simultaneous Detection of Escherchia coli O157, Vibrio Cholerae, Salmonella Thyphii. 50:11.
