Biomolekuler

TUGAS TERSTRUKTUR BIOLOGI MOLEKULER  TUGAS TERSTRUKTUR BIOLOGI MOLEKULER 

Oleh : Oleh : Kelompok 4 Kelompok 4 Nur

Nur Rosyidah Rosyidah B!"4"#$B!"4"#$ !

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LA+ORAN /ASIL BIOIN0ORM

LA+ORAN /ASIL BIOIN0ORMATATIKAIKA

KEMETERIAN RISET1 TEKNOLOGI1 2AN +EN2I2IKAN TINGGI KEMETERIAN RISET1 TEKNOLOGI1 2AN +EN2I2IKAN TINGGI

UNI3ERSITA

UNI3ERSITAS !EN2S !EN2ERAL SOE2IRMANERAL SOE2IRMAN 0AKUL

0AKULTTAS AS BIOLOBIOLOGIGI +UR%OKERTO +UR%OKERTO

"# "#

METO2E BIOIN0ORMATIKA

1. Buka laman http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

2. klik BLASTN untuk mengetahui apakah sequen 4 miip !engan sequen "ang lain. #. Apabila a!a sequen "ang miip cai sequen !engan nilai $%value &.& !an '!ent 1&&()

kaena sequen sangat bagus) kemu!ian pilih sequen kemu!ian scoll ke ba*ah !o*nloa! sequen !engan +omat ,ASTA -complete sequence) klik continue

4. Sequen tesebut cop" paste !i ba*ah sequen 4) cai 2%# sequen "ang miip) save.

. Buka aplikasi Bio$!it) pilih open sequence set) pilih +ile "ang ta!i su!ah tesimpan) klik icon 0sha!e i!entities an! similaities.

. Tanslate nukleoti!a buka laman e3pas".og -http://*eb.e3pas".og/tanslate/ . 5asukkan sequen a*al) klik tanslate sequence

6. Akan muncul open ea!ing +ames "ang be*ana meah) cai open ea!ing +ames "ang !i a*ali !engan asam amino 5et !an !i akhii Stop. 7ilih salah satu.

8. Buka laman B'9'N,9 pime# -http://bioin+o.ut.ee/pime#%&.4.&/

1&. 5asukkan sequen a*al bei tan!a 0untuk memulai !an 0; akhi) isi po!uct si<e min 1&&) ma3 1&&&) klik pick pimes.

11. Akan muncul pime !an po!uct si<e.

12. Analisis po!uct pime buka laman 97$=9N - http://***.opeon.com/tools/oligo% anal"sis%tool.asp3 

1#. 'si name sequence) masukkan sequen pime "ang telah !ipilih) klik calculate.

14. >asil analisis pime%!ime akan muncul !an kualitas po!uk) cai sequence !engan nilai ?@ content lebih !ai &(.

1. Buka laman 9ligoAnal"<e -http://sg.i!t!na.com/calc/anal"<e 

1. 5asukkan masukkan sequen pime +o*a! kemu!ian anal"<e) >aipin) sel+%!ime) !an >eteo%ime) isi secon! sequence !engan pime evese.

Sekuens Nukleoti!a NA "ang !igunakan "aitu Sekuens no.4 !engan uutan basa NA sebagai beikut: Se5ue( kelompok 4 ;Seq&4 TAT?T@AAATTAT?T@AAAT?@?@??@T?ATTT?ATAAAAAA?TTT?TTAA@A@AAATT TATTAT?TTAA@A@AA?TATTTTTT???T@@A?@TTA?TTTTAT?AT?AAAATAAT?@?T AAAATTTAT@@?@@AAAA?????AAT?AATTTATT?@???TA??TT?@ATTATTT@AT@ ATATAA@TTAAAAA?AATAAAAAA?TATATTT?AAA????AA?AT??A?A?AAT??T AAAAA?@A?AAA?ATTT@TATT@T?TT??@A?TT?@AAT?@T??TAT@@ATAAT?ATA@ @@A@AA@T?@ATT@?@A??T@@TA@AAA??@A@@TA@AAAA?AT???A@AT@TTATAA ??AT@TTTT@@TT?AA@T@TA@??AAAAATTAAA?AT@@TAA?AA@??ATATTT@A?@ @@A?A@?A???AATT@@TTAT@A@T@AATT?AAA@ATT?AT@?TT?AA?@?@@??A@T A@??T@A@?TTA@TA@@A?T?A??@TTT@A?@TATTAT?TAT??@TT?AA?@AAT?TAT ??AAAT@T@A@A??@AA@T??T@@??A?TA?AAA@A?@AT??AAA?TTAT??A??AT T??ATAATT@@T?A@A?@A@A?A?@A?@@???TAT?T@TT@TTA@AAT@@AAA@A?@@ @T?@@A@ATAT?@T?A@? AATAT?A??AT@@TT@ATA@TAT@@TT@A?A?TT?AA?TTT?ATA@@?TAA?A?TT??A T@@?A@@@T?TA@A@AA@?A@@TT?TAT@@?@ATA@??T@@TAA@AT?TA@@T@AT?@ A@T??TT?AT??A@?TT?A@AA@T??TA@??TTTT??TA@A??AA@A@???@AA@AT T@ATAAA@A@@TT@@AAA?A??T?AA@A??AAT@@A@AT???AAA@@ATT@@T@AT@ @?T@AATA?AA?A?TT@AAATA@??@??A@@?AA@??ATT@@TT?ATTT?TTTA@AAA ??A@A?AT@ATAT?@AAAA@A?T??@?TTATA@AAA@?@T@@T?A@?@A?AA??@@? T?@TATA@A??@T?TTTA@T???@AAA@AAAT???@AAA??A?@A???TAAA??TT@ T?@@?TT?@TT@@?TT?TAT@@AA??@T?@AAA?AT???T?A@TT@TT?A?AAA@?A @AT?TT@?A@AAATA@TT@AT?AA?AT@??T?@A@A??A@AA?A@T@@T?@TA@@??T TAT?A@A?T?@A@A@TA@@TTAT??@@T??TATA@T?@AT????T??T??AATT??T? @AT@@T???@AT??AA?AT@??AT?@A?@@A@?@A@A@TT@??ATAT@A?AA@@@ATT @@A???AT???TAA?T?@AA@A@A?A?@?A@TTT?@T@@TAAAT@AT@@AA@??TAA ?A?A?A@T??A@AA@AA?@TA@AA?A?A@A?@TT?AATT@TAT@A?T??TT?@A?T@ ??@T?AA??T??TATT?@@??T??A?@AA@@AA@T@@T??AA@??TA?ATAT?A?AA ATAT@@T?@T??TA@?T@AA@?TT@TAT??TAT??@ATAT?TT@@?@AT@@T?TATA@?@ T?A@@@???TA?TAA@@A?T??TT@??ATT@@A?? @AT??T@AAT?@A?@?T?TAAT??A?TA@TA@@T@?AAA@A??A?ATT@AT@A?TTAA ?AATTT?ATTAA?AA?T???T@?A@T???TAAT?A?@?AAATTAA?@T@TAT?A@?AT

??AA@ATTT?@AATT@@TA?@?A@@T@?A?T??T@A??T@A?@@T?ATA@AT??A@@? ?AA@ATA@A@A??@AA@@@?AA@@T@@AT?TAA?A?TAA@TT@TTA@??TA@T?A@@T T??T?TT?@A??TT@A@TT?@AAAT?@T@TT?@AA@TTAT?@@?@A?@TA@A?AAA?A T???AA??AAAA@TT?ATA@AAAA?@AA?A?A@AT??@T?@T?AA@T??TTAA@@? T?@AT??TA@AA@TT@TA@T?@T@T?AA??AAAA??T?TT?TTA@T?A??AA?@A@? T?@T?A@TA@AAA@?TTT@TTT?A?@A??AA?TATA@?TT@@??@A??TT??A?@?? TA@TAT?@@?AA@??T?A@AA?ATT@A?@@T??TATTAA?TT@ATA?A@AT@@?TA@A AAATATA?A@AA?AT@@TTA@TA@?ATATA?TATAT@A??@ATA@TT?A?A??@?AA?@ T@@T?TATT?AATTAT@A@@?@TT@T??@AT?AA?TT?A@@TT?@A?TT?@AAT???T? TATT??@TA@ATA@TT@@@??ATA T?A@ATATAAA?TA@@T??TA@T@@TT@TA@TAAATTATA@??@?A@?T@AAT?AT?A@ ??AAAA?TTAA@T@AA@T?A@?@T?TA?@ATT?AA?A?ATAT?TTTT?A?AT@A??TA TAA?@AT@AA@A@T?A@AAT?@@?ATTT?AAT?AA?A@??@A?A?TTAATT@AA@T? A@TTA??AATTTT?AA?A?ATATATT@T@AAA?AAATA?ATA@ATT?@@?TA@AA?AA @TAATTT@AAAA@T?ATTT?AAA??A@??@TT?T?@@??T@TTTTTTA@ATTT@TAAA? @@ATA@@AT??@TTTT@?@ATAATTT@TATTATATT@?@TAAAAA@@AAT?ATTTTT?T? @@?AAATATT?TATAATAAATAATAAT?T?TT@TTTTTT?AAAAAA?A?T@?@AT??T@ T?@AAT?T?@AAA??A?@T?AT??TAT??@??A?AAAAA@AA??T??AA?T@A??A TA?@???AAAA?ATTATA@?TT??TT??TT?@?AAT@@?AA?A?TATATT@A?AA??T ??@?@T?TATATA?A@AAAAA?AT?A@T?AAAT@AT?A?ATT?AATAATAA?@TT

Sekuen tesebut meupakan sekuens baktei Clostridium thermocellum cellulase Ss -celS gene !an @loning vecto p5@212) hal ini !apat !ilihat !ai nilai Max score)  E value)  Identity) Query cover . Suatu sequens !ikatakan bagus ika *ana pa!a alignment scoes a!alah meah !an mencapai &&. Be!asakan gamba !i atas) BLAST 9utput menunukkan bah*a sekuens NA "ang !igunakan sama pesis !engan sekuens NA Clostridium thermocellum cellulase Ss -celS gene !an @loning vecto p5@212 "ang meupakan genom lengkap. >al%hal "ang pelu !ipehatikan a!alah:

1.  Max score Clostridium thermocellum cellulase Ss -celS : 18 -semakin tinggi nilai max score maka kemiipan semakin tinggi. 5a3 scoe @loning vecto p5@212 C 4111. 2.  E value : ika nilai &) beati ti!ak a!a pebe!aan sama sekali -semakin miip.

 Nilai $ value "ang !i!apatkan "aitu &) nilai & ini beati ti!ak a!a pebe!aan sama sekali.

#.  Identity : nilai  Identity  "ang !ipeoleh "aitu 1&&() "ang menunukkan bah*a sekuens tesebut sama pesis.

4. Query cover  : 1&&( -semakin tinggi pesentasen"a maka semakin miip.

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7 Se5ue( 'erse6u' me(ya(dika( asam ami(o apa sa8a ser'a 6erapa 8umlah(ya

Asam amino sequen 4) be!asakan tanslate !i pilih open reading frame  "aitu !engan  umlah asam amino 121. Asam amino !ipilih be!asakan panang open reading frames

!engan asam amino metionin sebagai a*al -open reading  !an stop sebagai akhi.

5et 7 $ A F ' ' G H = S , A S G F @ L ' H H ' F F = ' L S ' , @ T  F H $ L N T = L N L F T F = > S T A 7 T @ = N F H , L L E $ T , F F S T @ , L S N N T , S , = A F $ F F 7 @ T F N G , S S > F S @ , @ ' E , S , 7 S , @ S @ ? ' S @ E S ' @ E Stop

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7ime no.2

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5en!eteksi kebea!aan Clostridium thermocellum cellulase Ss -celS !an @loning vecto   p5@212 !engan evese complement %TA@A???T@??AT@@AA@T@%# kaena ti!ak a!a

!ime "ang telihat pa!a sequen tesebut be!asakan ui !ime.

Gam6ar 7 /asil A(alisis +rimer Gam6ar .7 Lo()es' +rimer92imer

Alasan kami memilih pime tesebut kaena product size 88 !an memiliki nila @? lebih !ai &() hasil ini susai haapkan !an pime ini tebukti kualitasn"a setelah !ianalisis menggunakan 'T OligoAnalyzer . >asil analisis stuktu  Hairpin menunukkan output @t et "ang beati pime tesebut bagus. stuktu loop/haipin tebentuk pa!a pime sebaikn"a !ihin!ai) namun sangat sulit untuk mempeoleh pime tanpa memiliki stuktu haipin. >aipin  pa!a uung #K !engan M? -eneg" "ang !ipelukan untuk memecah stuktu haipin C %2 kcal/mol

!an haipin intenal !engan M? C %# kcal/mol masih !apat !itoleansi.

>asil Homo-imer  menunukkan bah*a a!a pasangan basa beumlah  "ang menunukkan  bah*a pime tesebut kuang bagus untuk men!eteksi Clostridium thermocellum cellulase Ss

-celS !an @loning vecto p5@212

Gam6ar 7 /asil /omo9dimer

>asil analisis stuktu  Hetero imer! !imana basa "ang bepasangan lebih !ai # hal ini membuktikan bah*a pime "ang kami gunakan kuang bagus.