4.1 Karakteristik Morfologi
Pada penelitian ini digunakan lima sampel koloni karang yang diambil dari tiga lokasi berbeda di sekitar perairan Kepulauan Seribu yaitu di P. Pramuka sebelah Utara, P. Panggang sebelah Barat, dan P. Panggang sebelah Selatan, selengkapnya dapat dilihat pada Tabel 1 sebagai berikut :
Tabel 1 Lokasi pengambilan sampel koloni karang Goniopora spp. Kode
Sampel Lokasi
Zona dan Kedalaman
Koordinat
Ciri Sampel Koloni Karang Hidup Lintang Bujur PrXP P. Pramuka Utara Tubir 3m S 05o 44' 19.5" E 106o 36' 55.6" Koloni berwarna putih kecoklatan, polip tidak sama panjang PaBP P. Panggang Barat Tubir 3m S 05o 44' 39.2" E 106o 35' 09.8" Koloni berwarna putih kecoklatan, polip panjang PaBC P.Panggang Barat Tubir 3m S 05o 44' 39.2" E 106o 35' 09.8" Koloni berwarna coklat tua, polip panjang PaBH P. Panggang Barat Tubir 3m S 05o 44' 39.2" E 106o 35' 09.8" Koloni berwarna hijau, polip sama panjang dan padat PaSH P. Panggang Selatan Tubir 3m S 05o 49' 47" E 106o 35' 20.3" Koloni berwarna hijau, polip panjang
Warna koloni dan bentuk polip pada karang Goniopora tidak dapat dijadikan dasar dalam penentuan spesies Goniopora jika tanpa dilakukan pengamatan terhadap karakteristik morfologi kerangka kapurnya.
Hasil pengamatan terhadap karakteristik morfologi kerangka kapur karang Goniopora setelah karang mati, dikeringkan dan diputihkan (bleaching) terdapat pada Tabel 2 dan Lampiran 1 adalah sebagai berikut :
Tabel 2 Hasil pengamatan karakteristik morfologi karang Goniopora spp. Kode
Sampel Karakteristik Morfologik Spesies
PrXP
koloni masif, calice mempunyai columellae yang kecil, septa terbentuk seragam antara koralit, septa primer tidak dapat dibedakan, septa panjang, teratur, dalam dan curam, bentuk koralit seperti dikeruk, lobus paliform absen. Rata-rata diameter koralit berukuran 4.19 mm.
G. norfolkensis
PaBP
koloni berbentuk kolom yang pendek dan tebal, koralit seragam, dengan gambaran melingkar dengan diameter rata-rata berukuran 3.5 mm
G. palmensis
PaBC
koloni masif dan setengah bola, calice memiliki dinding yang tinggi dan memiliki penampilan tidak teratur, dinding koralit tidak rata, columellae lebar dan tidak teratur. Rata-rata diameter koralit berukuran 3.42 mm
G. stokesi
PaBH
koloni masif dan irregular, perkembangan septa seragam antara koralit, septa utama khas dan tidak membentuk delta. koralit melingkar dengan dinding tebal dan mempunyai 6 lobus paliform yang menonjol. Rata-rata diameter koralit berukuran 3.62 mm
G. tenuidens
PaSH
koloni berbentuk kolom pendek dengan collumella yang besar, koralit dekat bagian atas kolom mempunyai septa yang bagus dan tidak teratur dan columellae yang menyatu. Pada bagian sisi kolom mempunyai columellae yang kompak dan luas serta septa yang pendek. Rata-rata diameter koralit berukuran 3.51 mm
G. columna
Berdasarkan hasil pengamatan terhadap bentuk koloni dan kerangka kapur, diameter koralit dan kaliks (calice), bentuk koralit, lobus paliform, columellae dan dinding koralit, serta jumlah septa tiap koralit, dapat diketahui bahwa kelima spesimen karang tersebut adalah spesies yang berbeda-beda, yaitu G. norfolkensis, G. palmensis, G. stokesi, G. tenuidens dan G. columna.
4.2 Isolasi DNA Total
Dari kelima sampel karang Goniopora spp. yang masih hidup, diambil jaringan polipnya untuk di lakukan isolasi DNA total. Untuk isolasi DNA dapat digunakan jaringan yang telah diawetkan menggunakan alkohol absolut, tetapi yang terbaik adalah dengan menggunakan jaringan yang masih segar atau yang sudah dibekukan pada suhu -20 ºC tanpa ditambahkan bahan pengawet lainnya. Hasil purifikasi DNA total setelah dimigrasikan pada gel agarose 1.2% dan dilihat dengan UV iluminator seperti yang terlihat pada Gambar 10. DNA total tersebut selanjutnya digunakan sebagai cetakan DNA (DNA template) untuk amplifikasi
gen COI dan daerah ITS ribosomal dengan menggunakan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR).
Gambar 10 Hasil purifikasi DNA total pada : (a) G. stokesi, (b) G. palmensis (c) G. columna, (d) G. norfolkensis (e) G.tenuidens setelah dimigrasikan dalam gel agarose 1.2% pada tegangan 85 volt selama 30 menit.
4.3 Keragaman Genetik Karang Goniopora spp Berdasarkan Gen Sitokrom Oksidase Sub Unit I (COI)
4.3.1 Amplifikasi Gen Sitokrome Oksidase I (COI)
Amplifikasi gen COI pada masing-masing sampel karang Goniopora dilakukan dengan menggunakan pasangan primer GJWCOIF dan GJWCOIR. Urutan dari primer forward GJWCOIF adalah: 5’-ctcggtacagccttcagtatgtta-3’ sedangkan primer reverse GJWCOIR adalah: 5’-aatataaacttcaggatgcccaaa-3’. Posisi penempelan primer yang mengamplifikasi fragmen gen COI parsial (652 bp) berdasarkan runutan gen COI utuh Porites porites sepanjang 2544 bp (kode akses GenBank NC_008166 (Forsman et al. 2009) yang digunakan sebagai pembanding. Produk PCR hasil amplifikasi pasangan primer GJWCOIF menempel pada posisi ke-94 sampai dengan 117 (13529 – 13552) sedangkan primer GJWCOIR menempel pada posisi ke-721 sampai dengan 744 (14156 – 14179) (Lampiran 2). Skema posisi penempelan primer GJWCOIF dan GJWCOIR disajikan pada Gambar 11.
(a) (b) (c) (d) (e)
93 bp Teramplifikasi 652 bp 745 bp GJWCOIF GJWCOIR
Hasil penjajaran berganda : 612 nt Gambar 11 Skema letak penempelan primer GJWCOIF dan GJWCOIR untuk
mengamplifikasi gen COI parsial pada karang Goniopora spp. Runutan DNA gen COI diperoleh dari hasil amplifikasi dengan primer GJWCOIF dan GJWCOIR, gen COI parsial teramplifikasi sepanjang 652 bp dan setelah dilakukan penjajaran berganda (multiple alignment) dengan kelima gen COI parsial Goniopora spp lainnya menjadi 612 nukleotida (Lampiran 3). Hasil amplifikasi gen COI tersebut terdapat pada Gambar 12 di bawah ini :
Keterangan: M = Penanda (DNA Marker), 1= G. stokesi; 2 = G. palmensis; 3 = G.norfolkensis; 4 = G. columna; 5 = G. Tenuidens
Gambar 12 Hasil amplifikasi daerah COI dengan menggunakan pasangan primer GJWCOIF dan GJWCOIR setelah dimigrasikan dalam gel agarose 1.2% pada tegangan 85 volt selama 45 menit.
4.3.2 Perunutan Gen COI Parsial dan Keragaman Runutan Nukleotida Setelah dilakukan perunutan (sequencing) pada produk PCR dari arah primer forward dan primer reverse didapatkan hasil runutan (sequence) sepanjang
652 bp dan setelah dilakukan penjajaran berganda (multiple alignment) dengan kelima gen COI parsial Goniopora spp lainnya menjadi 612 nukleotida. Namun setelah disejajarkan dengan runutan gen COI spesies Goniopora isolat dari GenBank lainnya yaitu COI Goniopora sp. ZHF-2009 isolat Wa3 (COX1) (kode akses : FJ423995) dan isolat Porites lainnya (P. asteroides, P. compressa, P. duerdeni, dan P. cylindrical dengan kode akses berturut-turut : FJ423961, FJ423970, FJ423976 dan FJ423996; Forsman, 2009) sebagai out group menunjukkan situs yang beragam. Perbedaan susunan nukleotida yang terdapat pada kelima sampel karang Goniopora spp dapat dilihat pada Tabel 3 sedangkan antara Goniopora spp dengan out-group-nya dapat dilihat pada Tabel 4.
Tabel 3 Perbedaan susunan dan jumlah basa nukleotida gen COI parsial pada Goniopora spp. hasil dari penelitian ini
G. stokesi G. palmensis G. columna G. norfolkensis G. tenuidens
G. stokesi -
G. palmensis 11 -
G. columna 21 29 -
G. norfolkensis 25 32 13 -
G. tenuidens 20 27 8 5 -
Tabel 3 menunjukkan perbedaan jumlah basa nukleotida di antara kelima spesies karang Goniopora, yaitu berkisar antara 5 sampai dengan 32 basa nukleotida (nt). Makin besar angkanya berarti semakin berbeda susunan nukleotida, sebaliknya, jika semakin kecil, berarti semakin mirip susunan nukleotidanya. Antara G tenuidens. dan G. norfolkensis hanya berbeda 5 nt (0.8%), sedangkan antara G. norfolkensis dan G. palmensis berbeda 32 nt (5.2%) dari 612 bp yang disejajarkan.
Tabel 4 Matriks perbedaan susunan dan jumlah basa nukleotida gen COI parsial karang Goniopora spp dengan Porites spp sebagai out-group
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 1 Goniopora stok esi
-2 Goniopora palmensis 11 -3 Goniopora columna 19 27 -4 Goniopora norfolk ensis 23 30 13 -5 Goniopora tenuidens 18 25 8 5 -6 Goniopora sp. ZHF-2009 isolate Wa3 21 28 11 4 3 -7 P. astreoides isolate aBR6 40 47 30 21 22 19 -8 P. compressa 39 46 29 20 21 18 3 -9 P. duerdeni isolate HM28 39 46 29 20 21 18 3 2 -10 P. cylindrica isolate Wa4 38 45 28 19 20 17 2 1 1
-Berdasarkan Tabel 4 dapat dilihat bahwa pada kelompok karang Goniopora spp mempunyai cukup banyak perbedaan susunan dan jumlah basa nukleotida-nya dengan kelompok karang Porites spp (15-46 nt). Sedangkan antara spesies dalam kelompok karang Goniopora terdapat perbedaan jumlah nukleotida sebanyak 3-30 nt. Tetapi antara spesies dalam kelompok karang Porites sangat sedikit perbedaan jumlah nukleotida-nya, yaitu dari 600 bp yang disejajarkan, hanya ada 1-3 nt (0.1 – 0.5%) saja yang berbeda.
4.3.3 Jarak Genetik Goniopora spp. dengan Porites spp. sebagai Out-group Jarak genetik digunakan untuk melihat kedekatan hubungan genetik antar spesies pada karang Goniopora spp dan antar genus lainnya, dalam hal ini adalah Porites spp. dengan menggunakan gen CO1 yang terdapat dalam GenBank. Melalui penggunaan analisis perhitungan pairwise distance dapat ditunjukkan pada Tabel 5 berikut ini :
Tabel 5 Matriks jarak genetik berdasarkan metoda pairwise distance gen COI parsial pada karang Goniopora spp. dan Porites spp. sebagai out-group
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 1 Goniopora stokesi -2 Goniopora palmensis 0.019 -3 Goniopora columna 0.033 0.046 -4 Goniopora norfolkensis 0.039 0.051 0.022 -5 Goniopora tenuidens 0.031 0.043 0.014 0.009 -6 Goniopora sp. ZHF-2009 isolate Wa3 0.036 0.048 0.019 0.007 0.005 -7 P. astreoides isolate aBR6 0.068 0.080 0.051 0.036 0.038 0.033 -8 P. compressa 0.067 0.079 0.050 0.034 0.036 0.031 0.005 -9 P. duerdeni isolate HM28 0.067 0.079 0.050 0.034 0.036 0.031 0.005 0.003 -10 P. cylindrica isolate Wa4 0.065 0.077 0.048 0.033 0.034 0.029 0.003 0.002 0.002
Hasil perhitungan berdasarkan daerah COI parsial menunjukkan nilai jarak genetik berkisar antara 0.002 sampai dengan 0.080. Dari Tabel 5 ditunjukkan bahwa semakin dekat jarak genetik suatu spesies dengan spesies lainnya berarti semakin dekat kesamaan gen COI-nya. Sebagai contoh antara gen COI P. cylindrica isolat Wa4 mempunyai jarak genetik 0.002 (0.2%) terhadap P. duerdeni isolat HM28 dan sebaliknya, gen COI P. asteroides isolat aBR6 mempunyai jarak genetik 0.080 (8%) terhadap gen COI G. palmensis.
Dendrogram inter spesies Goniopora spp. dapat dilihat pada Gambar 13 dan antara genus Goniopora dan Porites. dapat dilihat pada Gambar 14 .
Goniopora palmensis Goniopora stokesi
Goniopora columna Goniopora tenuidens
Goniopora norfolkensis
Gambar 13 Dendrogram neighbor-joining dengan pengolahan bootstrap 1000 kali ulangan dari nukleotida daerah COI parsial pada kelima sampel karang Goniopora spp.
Berdasarkan Gambar 13 dapat dilihat bahwa pada kelompok karang Goniopora terjadi keragaman gen COI yang membentuk dua klaster utama, antara klaster G. stokesi dan G. palmensis, dengan klaster G. columna, G. tenuidens dan G. norfolkensis. Sedangkan dendrogram gen COI pada kelompok karang Goniopora spp dan Porites spp sebagai out-group-nya dapat dilihat pada Gambar 14 sebagai berikut: Goniopora palmensis Goniopora stokesi Goniopora columna Goniopora tenuidens Goniopora norfolkensis
Goniopora sp. ZHF-2009 isolate Wa3
P. astreoides isolate aBR6 P. duerdeni isolate HM28 P. cylindrica isolate Wa4
P. compressa
Gambar 14 Dendrogram neighbor-joining dengan pengolahan bootstrap 1000 kali ulangan dari nukleotida daerah COI parsial karang Goniopora spp. dengan Porites spp. sebagai out-group.
Berdasarkan Gambar 14 terlihat bahwa klaster karang Goniopora spp berbeda dengan klaster Porites spp. Artinya bahwa ada perbedaan gen COI antara kedua klaster tersebut, dengan demikian gen COI dapat dipakai sebagai penanda genetik untuk membedakan kelompok antar genus. Meskipun demikian, pada klaster Porites spp terlihat bahwa tidak ada atau sedikit sekali perbedaan gen COI antar spesies Porites, sebagai penanda genetik, gen COI tidak mampu membedakan antara spesies P. asteroides (isolat aBR6), P. duerdeni (isolat HM28), P. compressa dan P. cylindrica (isolat Wa4) sehingga gen COI nampaknya belum dapat dipakai sebagai penanda genetik pada tingkat spesies.
4.4 Keragaman Genetik Karang Goniopora spp Berdasarkan Gen Daerah Intra Transcribed Spacer (ITS)
4.4.1 Amplifikasi Daerah ITS
Amplifikasi daerah ITS parsial pada DNA karang Goniopora spp menggunakan primer ITSZF dan ITSZR berdasarkan penelitian yang dilakukan oleh Forsman et al. (2009). Posisi penempelan primer yang mengamplifikasi fragmen gen ITS parsial (706 bp) berdasarkan runutan daerah sub unit gen 18S rRNA runutan parsial, ITS 1, 5.8S rRNA, dan ITS 2, merupakan runutan lengkap, dan 28S rRNA runutan parsial berdasarkan runutan nukleotida Goniopora columna (isolat KENGonc dengan kode akses GenBank: AB441414) sepanjang 1020 bp yang digunakan sebagai pembanding. Produk PCR hasil amplifikasi pasangan primer ITSZF menempel pada posisi ke-106 sampai dengan 130 (yaitu di daerah 18S RNA) sedangkan primer ITSZR menempel pada posisi ke-787 sampai dengan 811 (daerah 28 S RNA) (Lampiran 3). Skema posisi penempelan primer ITSZF dan ITSZR disajikan pada Gambar 15.
Gambar 15 Skema letak penempelan primer ITSZF dan ITSZR untuk mengamplifikasi gen ITS ribosomal pada karang Goniopora spp.
Hasil amplifikasi daerah ITS ribosomal setelah dimigrasikan dalam gel agarose 1.2% dapat dilihat pada Gambar 16.
Keterangan: M = Penanda (DNA Marker), 1= G. stokesi; 2 = G. palmensis; 3 = G.norfolkensis; 4 = G. columna; 5 = G. Tenuidens
Gambar 16 Hasil amplifikasi daerah ITS ribosomal dengan menggunakan pasangan primer ITSZF dan ITSZR setelah dimigrasikan dalam gel agarose 1.2% pada tegangan 85 volt selama 45 menit.
4.4.2 Perunutan Gen Daerah ITS dan Keragaman Runutan Nukleotida Runutan DNA gen daerah ITS ribosomal dengan primer ITSZF dan ITSZR diperoleh hasil amplifikasi sepanjang 706 bp, dan setelah dilakukan penjajaran berganda (multiple alignment) dengan kelima gen ITS parsial Goniopora spp lainnya menjadi 719 nukleotida. Perbedaan susunan nukleotida yang terdapat pada kelima sampel karang Goniopora spp dapat dilihat pada Tabel 6 berikut ini.
Tabel 6 Perbedaan susunan dan jumlah basa nukleotida gen ITS pada Goniopora spp. hasil dari penelitian ini
G. norfolkensis G. stokesi G. palmensis G. columna G. tenuidens
G. norfolkensis -
G. stokesi 158 -
G. palmensis 178 81 -
G. columna 151 35 88 -
G. tenuidens 160 84 129 87 -
Tabel 6 menunjukkan perbedaan jumlah basa nukleotida di antara kelima spesies karang Goniopora, yaitu G. stokesi berkisar antara 35 sampai dengan 178 basa nukleotida (nt). Makin besar angkanya berarti semakin berbeda susunan nukleotida, sebaliknya, jika semakin kecil, berarti semakin mirip susunan nukleotidanya. Antara G. columna dan G. stokesi berbeda 35 nt (4.8%), sedangkan antara G. palmensis dan G. norfolkensis berbeda 178 nt (24.7%) dari 719 bp yang disejajarkan. Hal menunjukkan adanya perbedaan jumlah dan susunan basa nukleotida yang cukup banyak pada gen ITS ribosomal inter spesies Goniopora.
Runutan DNA gen daerah ITS ribosomal Goniopora spp. setelah disejajarkan dengan runutan gen ITS spesies Goniopora isolat dari GenBank yaitu Goniopora sp. ZHF-2009 isolat Wa3 (kode akses : FJ416593) dan isolat Porites lainnya (P. asteroides, P. compressa, P. duerdeni, dan P. cylindrical dengan kode akses berturut-turut : AY458035-AY458036, FJ426557, FJ416572 dan FJ416594; Forsman, 2009) sebagai out group menunjukkan situs yang beragam. Perbedaan susunan nukleotida yang terdapat pada kelima sampel karang Goniopora spp dan dengan out-group-nya dapat dilihat pada Tabel 7.
Tabel 7 Matriks perbedaan susunan dan jumlah basa nukleotida gen ITS karang Goniopora spp dengan Porites spp. sebagai out-group
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 1 Goniopora stokesi -2 Goniopora palmensis 87 -3 Goniopora columna 16 88 -4 Goniopora norfolkensis 103 142 103 -5 Goniopora tenuidens 51 110 55 105 -6 Goniopora sp. ZHF-2009 isolate_Wa3 33 100 35 102 64 -7 P. astreoides isolate aBR6-1 188 210 194 211 197 185 -8 P. astreoides isolate aBR6-2 186 208 192 209 195 183 3
-9 P. compressa 172 195 178 201 182 170 54 53
-10 P. duerdeni isolate_HM28 172 196 177 202 181 170 51 50 10 -11 P. cylindrica isolate Wa4 172 196 177 202 181 170 52 51 11 3
Berdasarkan Tabel 7 dapat dilihat bahwa antara genus Goniopora dengan genus Porites mempunyai cukup banyak perbedaan susunan dan jumlah basa nukleotida, yaitu antara 170-211 nukleotida (nt) (26.3-32.7%). Sedangkan inter spesies dalam kelompok karang Goniopora spp. terdapat perbedaan jumlah nukleotida sebanyak 33-142 nt (5.1-22%), tetapi inter spesies dalam kelompok karang Porites spp. hanya berbeda sebanyak 3-52 (0.4 – 8%) saja.
4.4.3 Jarak Genetik Goniopora spp dengan Porites spp sebagai Out-group Jarak genetik digunakan untuk melihat kedekatan hubungan genetik antar spesies pada karang Goniopora spp. dan antar genus lainnya, dalam hal ini adalah Porites spp. dengan menggunakan gen ITS yang terdapat dalam GenBank. Melalui penggunaan analisis perhitungan pairwise distance dapat ditunjukkan dalam matriks pada Tabel 8 berikut ini :
Tabel 8 Matriks jarak genetik berdasarkan metoda pairwise distance gen ITS pada karang Goniopora spp. dengan Porites spp. sebagai out-group
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 1 Goniopora stokesi -2 Goniopora palmensis 0.169 -3 Goniopora columna 0.031 0.171 -4 Goniopora norfolkensis 0.200 0.276 0.200 -5 Goniopora tenuidens 0.099 0.214 0.107 0.204 -6 Goniopora sp. ZHF-2009 isolate Wa3 0.064 0.195 0.068 0.198 0.125 -7 P. astreoides isolate_aBR6-1 0.366 0.409 0.377 0.411 0.383 0.360 -8 P. astreoides isolate aBR6-2 0.362 0.405 0.374 0.407 0.379 0.356 0.006 -9 P. compressa 0.335 0.379 0.346 0.391 0.354 0.331 0.105 0.103 -10 P. duerdeni isolate HM28 0.335 0.381 0.344 0.393 0.352 0.331 0.099 0.097 0.019 -11 P. cylindrica isolate Wa4 0.335 0.381 0.344 0.393 0.352 0.331 0.101 0.099 0.021 0.006
-Hasil perhitungan berdasarkan daerah ITS ribosomal parsial menunjukkan nilai jarak genetik berkisar antara 0.006 sampai dengan 0.411. Pada Tabel 8 ditunjukkan bahwa semakin dekat jarak genetik suatu spesies dengan spesies lainnya berarti semakin dekat kesamaan gen daerah ITS-nya. Sebagai contoh antara gen ITS P. cylindrica isolat Wa4 mempunyai jarak genetik 0.006 (0.6%) terhadap P. duerdeni isolat HM28 dan sebaliknya, sedangkan gen ITS P. asteroides isolat aBR6-1 mempunyai jarak genetik 0.411 (41.1%) terhadap gen ITS G. norfolkensis. Dendrogram gen ITS ribosomal inter spesies Goniopora spp. dapat dilihat pada Gambar 17 dan antara genus Goniopora dan Porites sebagai out-group dapat dilihat pada Gambar 18 .
Goniopora stokesi Goniopora columna
Goniopora palmensis Goniopora tenuidens
Goniopora norfolkensis
Gambar 17 Dendrogram neighbor-joining dengan pengolahan bootstrap 1000 kali ulangan dari nukleotida daerah ITS ribosomal parsial pada kelima sampel karang Goniopora spp.
Berdasarkan Gambar 17 dapat dilihat bahwa dalam kelompok karang Goniopora terjadi perbedaan gen daerah ITS yang membentuk empat kelompok, antara kelompok G. stokesi dan G. columna, kelompok G. palmensis, kelompok G. tenuidens dan kelompok G. norfolkensis. Hal ini menunjukkan adanya perbedaan genetik yang cukup jauh pada masing-masing spesies dalam kelompok (genus) Goniopora menggunakan gen penyandi daerah ITS ribosomal. Sedangkan dendrogram gen daerah ITS ribosomal pada kelompok karang Goniopora spp dan Porites spp sebagai out-group-nya dapat dilihat pada Gambar 18.
Berdasarkan Gambar 18 terlihat bahwa kelompok karang Goniopora spp. berbeda dengan kelompok Porites spp. Artinya bahwa ada perbedaan gen daerah ITS ribosomal antara kedua kelompok tersebut, dengan demikian gen ITS tersebut dapat dipakai sebagai penanda genetik untuk membedakan kelompok antar genus.
Demikian halnya pada kelompok Porites spp juga terlihat bahwa ada perbedaan gen ITS antar spesies Porites, sebagai penanda genetik, gen ITS cukup mampu membedakan antara kelompok spesies P. asteroides (isolat aBR6-1 dan 2) dengan kelompok P. compressa,, sedangkan kelompok P. duerdeni (isolat HM28) dan P. cylindrica (isolat Wa4) juga mempunyai gen ITS yang berbeda dengan kelompok P. compressa, sehingga dengan demikian gen daerah ITS ini dapat dipakai sebagai penanda genetik pada tingkat spesies.
Goniopora stokesi Goniopora columna
Goniopora sp. ZHF-2009 isolate Wa3 Goniopora tenuidens
Goniopora palmensis Goniopora norfolkensis
P. astreoides isolate aBR6-1 P. astreoides isolate aBR6-2 P. compressa
P. duerdeni isolate HM28 P. cylindrica isolate Wa4
Gambar 18 Dendrogram neighbor-joining dengan pengolahan bootstrap 1000 kali ulangan dari nukleotida daerah ITS ribosomal parsial karang Goniopora spp. dengan Porites spp sebagai out-group.
4.5 Analisa Karakteristik Penanda Genetik COI dan ITS
Berdasarkan hasil analisa karakteristik genotipik, ternyata pada gen COI tampak lebih sedikit perbedaan basa nukleotida daripada gen ITS, artinya gen COI pada karang (Cnidaria: Scleractinia) mempunyai lebih banyak nukleotida yang kekal (conserve) dibandingkan dengan gen ITS yang lebih variabel.
Berdasarkan perbandingan karakteristik morfologik dan hasil dendrogram penanda genetik COI dan ITS (Gambar 13, Gambar 17 dan Lampiran 1) karang Goniopora spp. pada penelitian ini dapat dilihat bahwa secara genotipik, penanda genetik ITS lebih mendekati kemiripan dengan fenotipik (morfologik) kelima species karang Goniopora spp. yang diidentifikasi. Demikian pula jika dibandingkan antara dendrogam penanda genetik COI dan ITS pada karang
Goniopora spp. dan Porites spp. sebagai out-group (Gambar 14 dan Gambar 17), ternyata penanda genetik ITS lebih tepat menggambarkan perbedaan kelompok kedua genus karang tersebut, yaitu terbentuknya dua klaster utama antara genus Goniopora dan genus Porites.
Pada penelitian ini, berdasarkan dendrogram gen COI dan ITS pada Goniopora spp, jarak genetik antara COI dan ITS memang masih belum konsisten, sehingga masih belum dapat dipastikan penanda genetik mana yang lebih akurat untuk menjelaskan karakteristik genetik spesies karang Goniopora. Walaupun demikian, berdasarkan dendrogram pada Gambar 14 dan Gambar 17 dapat dilihat bahwa penanda genetik COI relatif belum dapat membedakan karakteristik genetik inter spesies karang Porites, sedangkan penanda genetik ITS relatif dapat membedakan karakteristik genetik inter dan intra spesies pada karang Porites. Sehingga penanda genetik ITS relatif lebih mampu menggambarkan perbedaan karakteristik genotipik pada karang (Cnidaria: scleractinia) dengan lebih tepat.
Hal ini memang perlu dibuktikan lagi dengan menambah jumlah sampel karang Goniopora dari spesies yang sama (intra spesies), dengan lokasi yang berbeda-beda pada suatu daerah dalam radius yang dekat, untuk meyakinkan konsistensi karakteristik genotipik dari masing-masing penanda genetik yang digunakan, baik COI maupun ITS. Setelah itu dapat dibandingkan penanda genetik mana yang paling konsisten dan yang paling mirip mendekati karakter morfologi berdasarkan sistematika (taksonomi) yang dijadikan acuan dalam penentuan spesies karang Goniopora.
Penanda genetik yang paling akurat ini yang nantinya dapat digunakan sebagai penanda genetik untuk membuat barkode DNA untuk spesies karang Goniopora. Prinsip ini kemudian dapat dijadikan acuan untuk membuat barkode DNA pada spesies-spesies karang keras (Scleractinia) lainnya, sebagai alat yang dapat membantu dalam identifikasi dan sistematisasi taksonomi karang, sekaligus sebagai alat yang dapat digunakan dalam melakukan pengelolaan terumbu karang, baik untuk pemanfaatan, perdagangan karang maupun konservasi dan rehabilitasi terumbu karang, khususnya bagi karang dan terumbu karang yang ada di Indonesia.
