Instruksi Kerja Alat Laboratorium Biokimia-Biomolekuler

(1)

Instruksi Kerja Alat

Laboratorium Biokimia-Biomolekuler

Fakultas Kedokteran

Universitas Brawijaya

Malang

2013

(2)

Manual Prosedur

Instruksi Kerja Alat

Laboratorium Biokimia-Biomolekuler

Fakultas Kedokteran

Universitas Brawijaya Malang

Kode Dokumen

Revisi

Tanggal

Diajukan oleh

: Kepala Laboratorium

Biokimia-Biomolekuler

dr. Hidayat Sujuti, SpM, PhD

Dikendalikan oleh

: Ketua UJM

dr. Sudjari,DTM&H, MSi.,Sp.ParK.

Disetujui Oleh

: Dekan

Dr. dr. Karyono Mintaroem, Sp.PA

(3)

DAFTAR ISI

Spektrofotometer UV/Vis ( Beckman Coulter-DU Series 700 ) ... . 1

Penggunaan pH meter ( Cole Parmer, U-59501-15) ... . 3

Penggunaan Spektronik Genesys 20... . 4

Magnetic Stirring + Hot Plate ( LABINCO ) ... . 5

Incubator Memmert ... . 6

Sentrifus suhu ruang Janetzky... . 7

Elektroforosis Horisontal Model P8DS Class II ………. 8

Elektroforosis Vertical Model P8DS Class II……….. 10

Penggunaan Shaking Incubator (JSSI-100T

) ………

11

(4)

Penggunaan Spektrofotometer UV/Vis Beckman Coulter – DU Series 700

LABORATORIUM BIOKIMIA-BIOMOLEKULER

1. DESKRIPSI OBJECT 1. Mahasiswa S1 2. Mahasiswa S2 3. Mahasiswa S3 4. Staf Edukatif 5. Assisten Riset 6. Peneliti

2. TUJUAN/KRITERIA MUTU Untuk penelitian dan pengembangan ilmu dalam rangka meningkatkan proses belajar mengajar dan melaksanakan Tri Dharma Perguruan Tinggi

3. RUANG LINGKUP 1. Lingkungan Fakultas Kedokteran Universitas Brawijaya 2. Instansi lain yang memerlukan

4. REFERENSI 1. Undang-undang No. 2/1989 Tentang Sistem Pendidikan Tinggi

2. Peraturan Pemerintah Republik Indonesia No. 30 tahun 1990 Tentang Pendidikan Tinggi

3. Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 0444/0/92 Tentang Statuta Universitas Brawijaya

4. Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 0197/0/95 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Universitas Brawijaya

5. Peraturan Pemerintah Republik Indonesia No. 60 tahun 1999 Tentang Statuta Universitas Brawijaya 6. Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional No. 02/o/2001 Tentang Klasifikasi dan Kodifikasi

Barang Milik/Kekayaan Negara Di Lingkungan Departemen Pendidikan Nasional 7. SK...2001

8. Surat Keputusan Rektor No. 075/SK/2005 Tanggal 30 Mei 2005 Tentang Pemberhentian dan Pengangkatan Kepala Laboratorium Di Lingkungan Fakultas Kedokteran

5.DEFINISI/TERMINOLOGI 1. Untuk mengukur Absorbansi atau % Transmitansi sample pada panjang gelombang tertentu 2. Mengukur Absorbansi atau % Transmitansi sample pada range panjang gelombang tertentu 3. Membuat kurva standar dari sederetan larutan standar

6. URAIAN KEGIATAN  Setelah Main Menu dengan 9 macam pilihan menu tampil, isi dan lengkapi Instrument Setup.

A. Mode Fixed Wavelength

1. Pilih OPTIONS, maka akan muncul Parameter Setup 2. Tentukan apakah mengukur Absorbansi atau % Transmitansi 3. Tentukan panjang gelombang pengukuran dengan menekan λ

4. Tentukan satuan konsentrasi, rumus konsentrasi dan format konsentrasi serta mode pembacaan dengan menekan MORE pada menu ini

5. Isikan larutan blanko ke dalam kuvet, kemudian masukkan ke dalam Sel Pengukuran. 6. Tekan BLANK untuk meng-nol-kan Absorbansi atau Transmitansi.

7. Ambil kuvet blanko, ganti dengan kuvet larutan sampel yang akan diukur Absorbansinya atau Transmitansinya, dan letakkan dalam Sel Pengukuran.Kemudian tekan READ

8. Ulangi langkah 5, 6, dan 7 berikut seterusnya untuk sampel-sampel yang lain. 9. Catat atau simpan data hasil pengukuran

B. Mode Wavelength Scan

1. Pilih WAVELENGTH SCAN pada Main Menu

2. Menu-menu dalam Mode Wavelength Scan antara lain: 1) More... 2) Store Icons 3) Reference (Off/On) 4) λ 5) Select View 6) Options

3. Isikan kisaran dan range panjang gelombang, satuan dan skala pengukuran

7. Setelah scanning selesai akan muncul grafik.

8. PEAK/VALLEY akan muncul dan geser ke kanan/kiri vertical line untuk mendapatkan panjang gelombang serta nilai absorbansi dari sampel yang diukur.

(5)

C. Mode Single Component Analysis

1. Pilih MODE SINGLE COMPONENT ANALYSIS pada Main Menu 2. Menu-menu dalam Mode ini antara lain:Standard Curve dan Coefficients 3. Setelah Standard Curve Setup yang meliputi :

1) Standards Setup 2) λ

3) Units

4) Concentrations Format, dan 5) Save as User Programs

Juga Coefficients Setup diisi, maka mulai lakukan pengukuran.

7. Ulangi langkah 5, 6, dan 7 berikut seterusnya untuk larutan standard-standard yang lain. 8. Akan muncul kurva standar yang tergantung dari Define Coefficients

9. Catat atau simpan data hasil pengukuran Menyetujui/dilaksanakan

(Dr.dr.Karyono Mintaroem,SpPA)

NAMA SUBBAGIAN PELAKSANA:

(6)

Penggunaan pH meter (Cole Parmer, U-59501-15)

2.TUJUAN/KRITERIA MUTU Untuk penelitian dan pengembangan ilmu dalam rangka meningkatkan proses belajar mengajar dan melaksanakan Tri Dharma Perguruan Tinggi

3. RUANG LINGKUP 1. Fakultas Kedokteran Universitas Brawijaya 2. Dari luar Fakultas Kedokteran Universitas Brawijaya 3. Dari luar Universitas Brawijaya

2. Peraturan Pemerintah Republik Indonesia No. 30 tahun 1990 Tentang Pendidikan Tinggi 3. Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 0444/0/92

Tentang Statuta Universitas Brawijaya

5. Peraturan Pemerintah Republik Indonesia No. 60 tahun 1999 Tentang Statuta Universitas Brawijaya

6. Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional No. 02/o/2001 Tentang Klasifikasi dan Kodifikasi Barang Milik/Kekayaan Negara Di Lingkungan Departemen Pendidikan Nasional 7. SK...2001

5.DEFINISI/TERMINOLOGI Alat Untuk mengukur pH larutan yang berisi zat-zat kimia 6. URAIAN KEGIATAN Prosedur :

1. Nyalakan alat

2. Lepas probe dari wadah yang berisi larutan KCl 3M kemudian basuh ujung probe dengan aquades

3. Keringkan ujung probe

4. Celupkan probe ke dalam larutan yang akan diukur pHnya (pastikan ujung probe yang bergaris hitam terendam ke dalam larutan)

5. Lihat tampilan display, jika grafik telah muncul maka angka yang tertera di display adalah pH larutan tersebut

6. Jika ingin mengatur pH larutan seperti yang diinginkan :

- untuk menaikkan pH larutan ditambahkan NaOH 5N sampai pH yang diinginkan - untuk menurunkan pH larutan ditambahkan HCl 5N sampai pH yang diinginkan 7. Setelah selesai mengukur pH larutan, probe dibasuh dengan aquades dan dikeringkan lalu

dimasukkan lagi ke dalam wadah yang berisi larutan KCl 3M 8. Matikan alat

Perawatan :

1. Probe harus selalu terendam dalam KCl 3 M jika sedang tidak digunakan

2. Kalibrasi pH meter dilakukan sebulan sekali atau sebelum pengukuran dengan menggunakan larutan buffer pH 4, pH 7, dan pH 10

Menyetujui dilaksanakan

(7)

KODE: JUDUL PROSEDUR: Penggunaan Spektronik Genesys 20 NAMA SUBBAGIAN PELAKSANA: LABORATORIUM BIOKIMIA-BIOMOLEKULER

3. RUANG LINGKUP 1. Lingkungan Fakultas Kedokteran Universitas Brawijaya 2. Instansi lain yang memerlukan

6. Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional No. 02/o/2001 Tentang Klasifikasi dan Kodifikasi Barang Milik/Kekayaan Negara Di Lingkungan Departemen Pendidikan Nasional

7. SK...2001

5.DEFINISI/TERMINOLOGI 1. Untuk mengukur Absorbansi atau % Transmitansi sample pada panjang gelombang tertentu

2. Mengukur Absorbansi atau % Transmitansi sample pada range panjang gelombang tertentu

6. URAIAN KEGIATAN 1. Tekan tombol ON (letak dibagian belakang instrument), tunggu sampai ada tampilan A=0,… dan () = ……. Nm

2. Setting dulu panjang gelombang () nm yang dipakai dengan menekan panah keatas untuk menaikkan & panah kebawah untuk mengurangi panjang gelombang.

3. Masukkan blangko (biasanya berupa aquadest / larutan pereaksi / campuran, tergabtung dari cara jerja dari kit yang dipakai)

4. Pada saat memasukkan kuvet : INGAT ! Tanda segitiga pada kuvet searah panah pada tempat kuvet di instrument / menghadap depan.

5. Setelah blangko dimasukkan & ditutup, tekan tombol 0 ABS / 100% T sampai tampilan A dilayar 0,00

6. Masukkan kuvet berisi larutan yang akan diukur seperti Sampel / Standart dan lain-lain satu per satu, tiap kali pengukuran harus diblangko dulu! (Blangko dimasukkan & dinolkan dulu)!

7. Setelah semua pengukuran yang menggunakan instrument ini selesai, tekan tombol OFF (letak dibagian belakang instrument).

Menyetujui/dilaksanakan

(8)

Magnetic stirring + Hot plate

(LABINCO) LABORATORIUM BIOKIMIA-BIOMOLEKULER

7. SK...2001

5.DEFINISI/TERMINOLOGI Alat untuk mengaduk, mencampur dan menghomogenkan larutan kimia dengan menggunakan gaya magnetic sampai kecepatan 10 rpm

6. URAIAN KEGIATAN Prosedur :

1. Masukkan stirer ke dalam wadah larutan yang akan diaduk 2. Taruh di atas magnetic stirer

3. Sambungkan magnetic stirer dengan listrik

4. Putar tombol magnetic stirer sampai kecepatan putaran yang diinginkan 5. Setelah selesai, putar tombol sampai posisi off dan putuskan sambungan listrik Perawatan :

1. Selalu membersihkan plate setelah pemakaian 2. Jangan meletakkan materi mudah terbakar di atas plate 3. Selalu cabut steker bila sedang tidak digunakan Menyetujui dilaksanakan (Dr.dr.Karyono Mintaroem,SpPA) NAMA SUBBAGIAN PELAKSANA: LABORATORIUM BIOKIMIA-BIOMOLEKULER 24

(9)

KODE:

JUDUL PROSEDUR:

Sentrifus suhu ruang Janetzky

2. Peraturan Pemerintah Republik Indonesia No. 30 tahun 1990 Tentang Pendidikan Tinggi 3. Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 0444/0/92 Tentang

Statuta Universitas Brawijaya

5.DEFINISI/TERMINOLOGI Alat untuk memisahkan pelet dari supernatant dengan memanfaatkan gaya sentrifugal 6. URAIAN KEGIATAN Cara pemakaian :

1. Nyalakan alat 2. Buka sentrifus

3. Masukkan tabung –tabung berisi larutan yang akan disentrifus (pastikn volume larutan dalam keadaan seimbang dan setara)

4. Set kecepatan dan waktu sesuai dengan kebutuhan

 Setting kecepatan : tekan tombol bersimbol lingkaran lalu tekan panah arah atas atau bawah sampai display menunjukkan kecepatan (dalam rpm) yang diinginkan

5. Putar tombol start

6. Buka sentrifus dan ambil tabung berisi larutan 7. Matikan sentrifus jika tidak dipakai dalam waktu lama Menyetujui dilaksanakan

(10)

Incubator Memmert LABORATORIUM BIOKIMIA-BIOMOLEKULER

7. SK...2001

5.DEFINISI/TERMINOLOGI Alat inkubasi bahan atau sampel yang membutuhkan suhu tertentu 6. URAIAN KEGIATAN 1. Buka pintu dengan memutar HANDLE searah jarum jam

2. Buka pintu kaca dalam dengan memutar handle ke atas searah jarum jam (JANGAN TERLALU LAMA MEMBUKA, AWAS KONTAMINASI)

3. Letakkan sample dalam incubator, atur yang rapi agar tidak menyulitkan pengambilan, jaga agar media tidak tumpah di dalam incubator

4. Tutup kembali pintu kaca, putar handlenya ke bawah berlawanan arah jarum jam 5. Tutup kembali pintu incubator

(11)

KODE:

JUDUL PROSEDUR:

Elektroforesis Horisontsl

Model P8DS Class II, Merk Owl Sparation System Inc serial 225254 NAMA SUBBAGIAN PELAKSANA: LABORATORIUM BIOKIMIA-BIOMOLEKULER

2. Peraturan Pemerintah Republik Indonesia No. 30 tahun 1990 Tentang Pendidikan Tinggi

3. Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 0444/0/92 Tentang Statuta Universitas Brawijaya

7. SK...2001

5.DEFINISI/TERMINOLOGI Alat pembuatan dan running gel elektroforesis yang komprehensif dan fleksibel yang secara efektif memisahkan DNA/RNA dengan matriks agarosa

Pembuatan gel agarosa :

1. Tentukan jumlah agarosa (gram) yang dipakai sesuai dengan kebutuhan untuk memisahkan DNA dalam berbagai ukuran.

Contoh : untuk 1% gel agarosa, tambahkan 1 gram bubuk agarosa dalam 100 ml 1X buffer elektroforesis

2. Panaskan larutan tersebut sampai bubuk agarosa melarut

3. Setelah larutan agak dingin, tambahkan Etidium Bromida 106 _{μg/ml sebanyak 1/100}

X volume larutan

4. Tuangkan larutan agarosa dalam UVTP gel tray yang diselotip di sekelilingnya (untuk mencegah tumpahan larutan agarosa) dan segera pasang fixed height comb di atasnya untuk mencetak sumuran

5. Tunggu 20-40 menit atau sampai gel agarosa memadat 6. Lepas fixed height comb dan selotip dengan hati-hati 7. Gel agarosa siap digunakan

Running elektroforesis :

1. Masukkan UVTP gel tray yang sudah berisi gel agarosa ke dalam electrophoresis chamber (posisi sumuran berada dekat dengan electrode negative)

2. Tuangkan buffer elektroforesis (contoh : TAE 1X)

3. Masukkan sample (DNA + loading dye) yang akan dirunning ke dalam sumuran yang telah tersedia

4. Tutup electrophoresis chamber dengan safety lid 5. Sambungkan kabel pada safety lid dengan power supply 6. Nyalakan power supply

(12)

11. Pindahkan gel agarosa ke UV transiluminator untuk melihat hasil elektroforesis Perawatan :

Untuk membersihkan komponen elektroforesis :

1. Setiap komponen elektroforesis harus dicuci dengan detergen lembut yang dilarutkan dalam air hangat

2. bilas dalam air hangat atau aquades dan keringkan segera setelah dicuci Menyetujui dilaksanakan

(13)

KODE:

JUDUL PROSEDUR:

Elektroforesis vertical apparatus

Model P8DS Class II, Merk Owl Sparation System Inc serial 225254

7. SK...2001

5.DEFINISI/TERMINOLOGI Alat untuk memisahkan protein berdasarkan berat molekulnya dengan menggunakan gel SDS-PAGE

6. URAIAN KEGIATAN Cara pemakaian :

1. Siapkan gel SDS-PAGE untuk elektroforesis 2. Jepit gel di dalam tempat gel

3. Masukkan gel ke dalam elektroforesis chamber

4. Tuang runnning buffer sampai batas yang tertera dalam elektroforesis chamber 5. Isi sampel yang akan dirunning ke dalam sumuran-sumuran yang tersedia di dalam gel 6. Tutup chamber (pastikan kabel merah dan kabel hitam tidak tertukar)

7. Sambungkan ke power supplay dan set tegangan (volt) , kuat arus (ampere), dan waktu (menit) kemudian mulai running

8. Setelah selesai, lepas gel dari kaca dan diperlakukan sesuai dengan kebutuhan

Perawatan :

1. Setiap selesai pemakaian alat langsung disiram dengan air keran dan dicuci 2. Simpan alat di tempatnya dalam keadaan kering

(14)

Penggunaan Shaking Incubator (JSSI-100T)

2.TUJUAN/KRITERIA MUTU Untuk penelitian dan pengembangan ilmu dalam rangka meningkatkan proses belajar mengajar dan melaksanakan Tri Dharma Perguruan Tinggi

5.DEFINISI/TERMINOLOGI Alat Untuk homogenasi dengan temperatur dan kecepatan tertentu untuk aplikasi mikrobiologi, biologi, kultur sel, kultur jaringan, biokimia, biologi molekuler, teknik lingkungan, dan uji tanah lapang

1. Masukkan kontainer sampel pada spring ware atau flask holder 2. Jangan sampai sampel tidak balance atau tidak simetris 3. Nyalakan alat dengan menekan tombol ‘POWER’ pada alat

4. Tekan tombol ‘MODE’ untuk untuk mengatur temperatur pada mode display normal 5. Tekan tombol ‘SHIFT’ untuk mengubah digit dari kecepatan dan suhu arah ke kanan dan

kiri

6. Tekan tombol ‘INC’ untuk meningkatkan nilai yang kita inginkan 7. Tekan ‘MODE’ kembali untuk mengembalikan ke tampilan normal 8. Tekan tombol ‘RPM’ untuk memulai dan mengakhiri proses shaker 9. Tekan tombol ‘HEAT’ untuk memulai dan mengakhiri pemberian suhu 10. Tekan tombol ‘LAMP’ untuk menyalakan lampu saat proses shaker

11. ‘SAFETY LAMP’ menyala mengindikasikan temperatur lebih tinggi dari temperatur yang telah disetting

9. Matikan alat Perawatan :

1. Jangan membersihkan chamber dengan menggunakan air atau cairan lainnya 2. Jangan menggunakan pelarut organik untuk membersihkan permukaan chamber 3. Jangan memodifikasi atau merubah rangkaian listrik atau hardware

4. Cek jika ada hambatan dalam pergerakan shaker

5. Cek total sampel yang dimasukkan pada platform jangan sampai melebihi kapasitas maksimum

6. Cek platform pada posisi yang baik Menyetujui dilaksanakan