LAPORAN AKHIR KEGIATAN PENELITIAN HIBAH DISERTASI DOKTOR
JUDUL:
IDENTIFIKASI SINGLE NUCLEOTIDE POL YMORPHYSM (SNP) GEN INSULIN-LIKE GROWTH FA'CTOR BANDING PROTEIN 2 (IGFBP2)
TERHADAP KECEPATAN PERTUMBUHAN DAN HASIL KARKAS PADA F1 PERKAWINAN AYAM KAMPUNG
BERWARNA HITAM DAN PUTIH
Peneliti:
Ir. Sri Sudaryati, MS
DILAKSANAKAN AT AS BIAYA:
Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggit Departemen Pendidikan Nasional, sesuai dengan Surat Perjanjian Pelaksanaan Penelitian Hibah Disertasi Doktor
RINGKASAN
Single nucleotide polymorphisms (SNP), merupakan perubahan satu basa termasuk pengambilan, penyisipan, dan penggantian satu basa, disini memainkan peranan penting dalam transkripsio dan translasi gen dan fungsi efek dari protein.
.
Sedangkan haplotip merupakan susunan pisik dari alele SNP alleles disepanjangkromosom. Hubungan antara SNP dan halotip terhadap sifat-sifat pertumbuhan dan kualitas karkas telah dilaporkan saling berhubungan secara nyata. Dengan telah diketemukannya hubungan antara single nucleotide polymorphisms(SNP) C1032T menggunakanprimerforward 5'
-
TTTGGTTGAGTCCTAGGCTTG
-3', reverse 5'-
GGCGTACTACACTGCAGAGG-
3'; yang mengamplifikasi fragmen 527 bp dari gen insulin-like factor binding protein 2 (IGFBP2) terhadap sifat-sifat kecepatan pertumbuhan dan karkas ayam berwarna hitam dan putih. Ayam hitam dan putih yang telah diketahui genotipnya dengan menggunakan SNP C1032T, maka pada penelitian ini ayam-ayam tersebut dikawinkan untuk menghasilkan F1. Hasil F1 keturunan ayam hitam dan putih yang sudah diketahui genotipnya. diidentifikasi dengan SNP C1032T dan dua SNP lain untuk mengetahui hubungan gen IGFBP2 dengan kecepatan pertumbuhan sampai umur 12 minggu dan hasil karkasnya pada F1 nya. Selain SNP C1032T, dipakai pula 2 SNP baru yaitu sama-sama SN P C 1032T tetapi dengan primer AFF 5'-
GTCCCAGA TMACCTTGCT-
3'AFR 5' - GCTGGCMGGGGTCTG- 3' yang mengamplifikasi fragmen 387 bp. Selain itu juga menggunakan SNP T23966559G AFF 5'. TTTGTTGTCGTGGCTTTTTCAG-3' AFR 5' -GCTTGTCACAGTTGGGGMG-3' yang mengamplifikasi fragmen 579 bp, Diharapkan dengan menggunakan 3 SNP akan terdapat hubungan haplotip dari ketiga SNP dengan kecepatan pertumbuhan dan karkas pada F1. Hasil analisis menggunakan gen IGFBP2 yang diperoleh akan digunakan untuk memilih induk untuk mendapatkan generasi kedua.
Empat ekor ayam jantan hitam masing-masing dikawinkan dengan 4 ekor betina berwarna putih dan empat ekor ayam jantan berwarna putih masing-masing dikawinkan dengan 4 ekor betina berwarna hitam. Ayam dikandangkan kedalam kandang ukuran 1x1 m2 untuk masing-masing pasangan pasangan hitam putih maupun putih hitam. Separo yang lain dikandangkan dikandang bersama dengan III
satu jantan dan empat betina, baik untuk pasangan hitam putih maupun putih hitam. Sejak umur 22 minggu ayam mendapat pakan dengan campuran 1 bagian konsentrat petelur, 2 b.agian jagung, 4 bagian bekatul dan 14 bagian pakan komersial kampung ditambah 1 ons kapur. Perkiraan kandungan nutrien pakan berkisar 14 % protein kasar, 2800 kcal/ME/kg, Ca 3,5% dan P 0,5%. Pakan petelur
.
diberikan sejak 22 minggu dan diakhiri saat ayam berumur 54 minggu. Pakan dan minum diberikan secara bebas. Data ayang diambil meliputi konsumsi pakan, konversi pakan, kenaikan berat badan jantan dan betina dua minggu sekali, jumlah peneluran, berat tellur, index telur. Setiap satu minggu sekali koleksi telur selama 1 minggu ditetaskan dengan diamati jum,lah telur yang masuk, peneropongan telur pada hari ke 18 untuk mengetahui fertilitas telur, dan daya tetas telur diukur dari jumlah telur yang menetas dari jumlah telur yang fertil. Pada saat menetas, anak ayam ditimbang, diberi wing web siapakah bapak ibunya, dan dicatat warna bulunya.Anak ayam yang menetas selanjutnya dimasukkan kandang brooder yang sudah dilengkapi dengan alat pemanas, pakan, dan kebutuhan lainnya. Anak ayam dipelihara sampai 12 minggu. Pakan yang diberikan berupa pakan BR1 selama 5 minggu kemudian pakan kampung sampai ayam berumur 12 minggu. Pada saat ayam berumur 12 minggu diambil 2 ekor dari setiap 20 ekor ayam untuk dianalisis bagian karkasnya. Pakan yang diberikan selama 5 minggu pertama mengandung protein berkisar 22%, energi metabolis 3200 Kcal/kg, Ca 0,% dan P 0,5%. selanjutnya sampai berumur 12 minggu dieri pakan dengan kandungan protein berkisar 16%, energi metabolis 300 Kcal, Ca 0,5% dan P 0,5%. pemberian pakan dan minum diberikan secara bebas. Pada minggu kesepuluh ayam diambil darahnya pada daerah vena brachialis setelah ayam dipuasakan selama 2 minggu. Karena ayam sampel banyak yang mati maka tinggal 39 sampel darah yang bisa dianalisis dari 241 ekor yang ada.
Hasil penelitian pada ayam dewasa. Hasil penelitian menunjukkan bahwa warna bulu tidak berpengaruh terhadap konsumsi pakan harian )g/ekor/hari), rata-rata produksi telur harian (%), berat telur (g). konversi pakan, fertilitas telur (%), daya tetas telur, dan berat DOC. Produksi telur mengikuti kurva produksi telur dimana ayam saat memulai produksi telur, peneluran sedikit kemudian meningkat
dan mencapai puncak dan akhirnya akan perlahan menurun kembali. Pada penelitian ini puncak produksi berlangsung 4 periode peneluran yaitu periode kedua sampai kelima atau saat ayam berumur 28 sampai umur 43 minggu,. selanjutnya produksi telur mengalami penurunan.
Berat telur meningkat sesuai dengan meningkatnya umur ayam. Berat telur nyata menin"gkat setelah produksi telur pada periode ketiga atau ayam berumur 32 minggu. Konversi pakan ayam kampung termasuk tinggi. Fertilitas telur meningkat dengan meningkatnya umur ayam. Peningkatan fertilitas dimulai pada periode kedua peneluran atau saat ayam berumur 28 minggu.
Hasil penelitian pada hasH keturunan .Bobot badan anak ayam keturunan pejantan berwarna hitam yang dikawinkan dengan betina berwarna putih dan pejantan putih yang dikawinkan dengan betina hitam, menghasilkan bobot badan tidak berbeda nyata pada umur 1, 8, 15 dan 43 hari, sedangkan untuk umur 22, 29, 36, 50, 57, 64, 71, 78, dan 85 hari bobot badan anak ayam hasil keturunan ayam pejantan hitam dikawinkan dengan betina putih menghasilkan bobot badan anak ayam yang lebih berat dibandingkan dengan anak ayam hasH keturunan ayam pejantan putih dikawinkan dengan betina hitam.
Bobot badan anak ayam keturunan pejantan hitam dan betina putih, meskipun pada bobot tetasnya terdapat perbedaan tetas namun pada umur 12 minggu, secara statistik tidak menunjukkan perbedaan bobot badan. Berdasarkan keturunan pejantan, kelompok anak ayam keturunan pejantan berwarna hitam memiliki rerata bobot badan yang lebih tinggi dari pada anak ayam hasil keturunan pejantan berwarna putih. Berdasarkan individu pejantan individu pejantan putih nomor empat memiliki keturunan dengan bobot badan semenjak DOC sampai umur 12 minggu yang paling rendah diantara 8 pejantan yang ada. Bobot badan saat DOC anak pejantan hitam nomor 2 memiliki bobot badan tidak berbeda dengan bobot badan DOC anak pejantan putih nomor 4, namun pada umur 12 minggu dapat mengejar ketinggalan pertumbuhan .
Bobot bajan anak ayam keturunan betina berdasarkan kelompok, maka kelompok nomor 4 memiliki bobot badan paling rendah diikuti oleh kelompok bobot badan anak aya" keturunan betina kelompok nomor 2,1 dan nomor 3 yang paling berat (P<O,01).
r=-_
.
-Summary
Single nucleotide polymorphisms (SNP), one base change including deletion, insertion, and subtitution, play and important role in the transcription and traanslation of genes and effect function of protein. A haplotype is a physical arrangement of SNP alleles. along a chromosomes. The association of the SNP and halotypes with chicken growth and carcass traits were reported significant. There were correlation beetwen single nucleotide polymorphisms (SNP) C1032T with primer forward 5'
-TTTGGTTGAGTCCTAGGCTTG-
3', reverse 5'-
GGCGTACTACACTGCAGAGG-
3'; which amplified fragment 527 bp from gen insulin-like factor binding protein 2 (IGFBP2) on the growth rate and carcass trait of black and white native chicken. The genotip of black and white kampung chicken were known identified using SNP C1032T, was used in this study to produce F1. SNP C1032T and the other two SNP were used to identified the genotip of F1 to know the relationship between IGFBP2 with the growth rate of F1. Beside SNP C1032T that used in the previous study, also the new SNP C1032T but with the different primer, and primer was AFF 5'I-GTCCCAGATAAACCTTGCT- 3' AFR 5' - GCTGGCAAGGGGTCTG- 3' that amplified fragment 387 bp. The third SNP is T23966559G with primer AFF 5'-TTTGTTGTCGTGGCTTTTTCAG-3' AFR 5' -GCTTGTCACAGTTGGGGAAG-3' which amplified fragment 579 bp. Hopefully by using 3 SNP there will become haplotip and associated with growth rate and carcass trait on F1. The result of identification by using gen IGFBP2 to make up new anchestor to produce F2.
Four black male each bred with four white female and four white male each was bred with four black female. Chicken was placed on 16 caged 1x1 m2 for single coupled black white or white black, the other was placed on four group cages, contained one male with four female. Since 22 week of age the chicken received mix feed formulated of 1 part of layer concentrate, 2 maize, 4 rice brand, and 14 of commercial kampung feed and 100 g of CaC03. Predicted nutrient was 14 % CP, 2800 kcal/ME/kg, Ca 3,5% and P 0,5%. Feed and water was given freely. Data collected was feed consumption, feed conversion, chicken growth rate for layer and cock each two week, egg production, egg index. Egg colection each week were incubated to know the egg fertility, egg hatchability, and DOC weight. Candling was VI
done on 18th days incubation to know the egg fertility, and hatchability was measured as sum of DOC corespond to fertil egg. At the time egg hatched. DOC were wing web, weighed, and feather color were recorded
DOC then placed on brooder with equipped with heater, feed, etc. Chick was raised.until12 week of age. BR1 whick contained of 22% CP, ME 3200 kcallkg, Ca 0,5%, and P 0,5% was given from DOC until 5 week continued with Kampung feed whick contained 14% CP,
2200
kcal/kg ME, ca 0,5%, and P 0,5% until 12 week. At 12 wep,k of age, two chicken from every 20 chicken was choose to carcass analyzed. Feed and water given freely. By 10 week of age, blood from vena brachialis was taken but unfortunately, a lot of chicken died before blood collected, and only 39 samples was taken from 241 chicken.. Result from adult chicken. Result study showed that color feather did not effect on feed consumption (g/bird/day), egg production (%), egg weight (g), feed conversion, egg fertility (%), egg hatchability (%), and DOC weight. Egg production follows egg production curve, firstly small, then raised to peack production and then declined. At the study, peak production on third until fifth period of .egg production or when chicken reach 28 to 43 week of age. Egg weight increased as age increase. Weight of age increased on third periode or at the age of 32 week. Egg fertility increased at second period or when chicken age was 28 week.
The result of F1 chicken. Body weight black male white female and white . male and black female were not different at the 1, 8, 15 and 43 days, meanwhile at the age of 22, 29, 36, 50, 57, 64, 71, 78, and 85 days, chicken body weight offspring of bloack male and white female were hevier than from white male black female. The offspring of black male and white female although weight at hatch were smaller but at the age 12 week did not showed lower body weight. Based on male inherited, the ofspring of black male has hevier body weight compared to from white male. Based on individual male, chick from fourth white male has lowest body weight from DOC until 12 week old. Hatch weight chick from black male number two were not different with chick from white male number four, but at the age 12 week they were reach same growth like the other.
Chicken Body weight from female group number four has the lowest body weight, followed by group number 2, 1, and number three was the heviest.
