Tanaman Nilam (Pogostemon cablin Benth.)
Tanaman nilam dikenal dengan berbagai nama di beberapa daerah antara lain, yaitu dilem (Sumatera dan Jawa), rei (Sumba), pisak (Alor), dan ungapa (Timor). Nama dagang dikenal dengan pathcouli sedangkan pada kalangan ilmiawan nilam lebih dikenal dengan Pogostemon sp. Berdasarkan informasi dari Direktorat Jendral Perkebunan terdapat berbagai spesies nilam yang dikenal adalah Pogostemon cablin Benth., Pogostemon hortensis Backer., Pogostemon heyneanus Benth. P. cablin Benth. sering disebut dengan nama nilam Aceh, ciri utamanya adalah daunnya membulat seperti jantung dan di permukaan bagian bawahnya terdapat bulu-bulu rambut, dan jarang berbunga. P. hortensis Backer. yang dikenal dengan nama nilam sabun memiliki ciri-ciri lembaran daun lebih tipis, tidak berbulu, permukaan daun tampak mengkilat, dan warnanya hijau. P. heyneanus Benth. yang sering disebut nilam hutan atau nilam jawa memiliki ciri-ciri yaitu ujung daun agak runcing, lembaran daun tipis dengan warna hijau tua, dan berbunga lebihcepat. Dari ketiga jenis nilam tersebut, yang paling tinggi kandungan minyaknya adalah nilam Aceh (2,5–5,0%), sedangkan nilam lainnya rata-rata hanya mengandung0,5–1,5% (Ditjenbun 2007). P. cablin Benth. berasal dari Filipina yang kemudian dibudidayakan di Malaysia, Madagaskar, Paraguay, Brasil, dan Indonesia. Perbedaan lain dari ketiga nilam tersebut adalah nilam Aceh (P. cablin Benth.) dan nilam sabun (P. hortensis Backer.) tidak berbunga, sedangkan nilam Jawa (P. heyneanus Benth.) berbunga (Yusron & Wiratno 2001).
Tanaman nilam dapat tumbuh pada dataran rendah hingga tinggi sampai 2.000 m dpl baik di lahan datar, miring, maupun berbukit-bukit.
Ketinggian tempat 0-400 m dpl merupakan daerah yang paling optimal bagi budidaya nilam untuk mendapatkan produksi, kadar minyak, dan mutu yang tinggi (Barani 2008). Tanaman nilam tersebar secara luas di Indonesia seperti yang terdapat pada Tabel 1.
Tabel 1 Daerah Penyebaran Tanaman Nilam di Indonesia (Ditjenbun 2007)
No. Propinsi Kabupaten
1 Nangroe Aceh Darusalam
Aceh Utara, Gayo Lues, Aceh Selatan, Aceh Jaya, Aceh Barat Daya, Aceh Tenggara, Aceh Barat, Nagan Raya, Aceh Tengah, Aceh Singkil, Pidie, dan Aceh Besar 2 Sumatera Utara Nias, Toba Samosir, Tapanuli Selatan, Tapanuli Utara,
Dairi, dan Tapanuli Tengah
3 Sumatera Barat Pasaman, Pesisir Selatan, Mentawai, Sawahlunto/Sijunjung, Tanah Datar, Solok, Pasaman Barat, dan Pariaman
4 Riau Indragiri Hilir, Bengkalis, Indragiri Hulu, Rokan Hulu, dan Kepulauan Riau
5 Sumatera Selatan Muara Enim, OKU Selatan
6 Bengkulu Rejang lebong, Bengkulu Selatan, dan Bengkulu Utara 7 Lampung Lampung Barat, Tanggamus, dan Lampung Selatan 8 Jawa Barat Majalengka, Garut, Kuningan, Tasikmalaya, Sukabumi,
dan Sumedang
9 Jawa Tengah Purbalingga, Brebes, Banyumas, Banjarnegara, Pemalang, Pekalongan, Batang, dan Cilacap
10 Jawa Timur Bondowoso, Situbondo, Jember, dan Tulungagung 11 Kalimantan
Tengah
Lamandau, Kotawaringin Barat, Kota-waringin Timur, Katingan, Seruyan, Gunung Mas, dan Sukamara
Minyak nilam diperoleh dari bagian daun dan minyak nilam asal Indonesia sudah diekspor ke berbagai negara seperti Hongkong, Jepang, India, Prancis, Belanda, Inggris, Jerman, Kanada, Mesir, Swiss, Saudi Arabia, dan Amerika Serikat (AS). Sebagai pembeli utama adalah AS. Komponen dalam minyak nilam adalah patchouli alcohol, patchouli camphor, eugenol, benzaldehyde, cinnamic aldehyde, dan cadinene. Namun yang utama adalah patchouli alcohol (30%). Kegunaan minyak nilam yang utama adalah untuk keperluan industri wewangian dan kosmetik. Selain itu, dapat juga digunakan sebagai fiksatif atau pengikat bahan-bahan pewangi lain. Selain digunakan dalam bentuk
minyak, daun nilam juga berguna untuk bahan pelembab kulit, menghilangkan bau badan, dan gatal-gatal pada kulit (Ditjenbun 2007).
Potyvirus
Potyvirus sangat luas kisaran inangnya serta menyebabkan kerugian dalam jumlah besar pada tanaman ekonomis penting. Potyvirus termasuk anggota famili Potyviridae. Kelompok Potyvirus (dinamai dari anggota prototipikalnya, Potato Virus Y (PVY)) merupakan yang terbesar dari 34 kelompok virus tanaman dan famili yang diakui saat ini (Ward & Shukla 1991 dalam Winterhalter 2005). Berdasarkan Matthews (1982) tercatat 48 anggota yang pasti dan 67 anggota lainnya. Partikel Potyvirus berupa batang lentur dengan diameter sekitar 11 nm dan panjang 680-900 nm (Francki et al. 1985). Nukleokapsid berisi sekitar 2000 subunit protein. Simetri nukleokapsid heliks berukuran 3,4 nm. Genom Potyvirus adalah ssRNA linear positif berukuran mulai dari 9000-12000 bp. Ekspresi genom Potyvirus berupa genom monopartit terjadi melalui translasi poliprotein dari genom virus yang menampilkan potongan-potongan fragmen tersintesis (Gambar 1).
Gambar 1 Organisasi genom Potyvirus 5’UTR: 5’-untranslated region; P1: protein 1: HC-pro: helper component proteinase; P3: protein 3; 6K1: peptida 1; CI: cylindrical inclusion protein; 6K2: peptida 2; VPg: viral genome-linked protein; NIa: nuclear inclusion a (proteinase); NIb: nuclear inclusion b (viral replicase); CP: coat protein; 3’UTR: 3’-untranslated region (Winterhalter 2005) Potyvirus ditularkan oleh kutu daun secara non persisten. Infeksi Potyvirus menimbulkan gejala antara lain mosaik, bintik, daun berkerut atau seperti goresan (Hollings & Brunt 1981). Potyvirus yang menyerang tanaman nilam memiliki gejala mosaik. Gejala mosaik dicirikan oleh adanya bagian daun yang menunjukkan warna berbeda secara tidak teratur seperti warna hijau tua diselingi
dengan hijau muda (Akin 2006). Gejala dari infeksi Potyvirus merupakan pengembangan pola terang dan gelap dari warna hijau yang memberikan efek mosaik pada daun yang terinfeksi. Sifat dari pola yang tergambar akibat serangan Potyvirus berbeda-beda tergantung dari tanaman inang dan jenis virus yang terlibat. Gejala mosaik yang ditimbulkan merupakan gejala yang muncul secara sistemik (Matthews 1970).
Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR)
Teknik RT-PCR ini sangat berguna untuk mendeteksi ekspresi gen, amplifikasi RNA sebelum dilakukan kloning dan analisis, maupun diagnosis agensia infektif maupun penyakit genetik (Yuwono 2006). Teknik RT-PCR merupakan teknik yang digunakan untuk mendeteksi virus yang memiliki genom RNA seperti sebagian besar virus tumbuhan sehingga diperlukan modifikasi teknik PCR karena molekul sasarannya adalah RNA. RT-PCR merupakan teknik PCR yang dapat menggandakan RNA menjadi DNA. Teknik RT-PCR terdiri atas dua reaksi yaitu reaksi transkripsi balik (reverse transcription) yang menggunakan genom RNA virus sebagai cetakan dan menghasilkan cDNA primer (untai tunggal) serta reaksi penggandaan PCR. Primer yang digunakan sesuai dengan virus yang akan dideteksi (Akin 2006). PCR merupakan teknik yang relatif sederhana dan merupakan teknik penggandaan (amplifikasi) dengan menggunakan DNA primer yang memiliki runutan nukleotida khas untuk molekul asam nukleat yang akan dideteksi. Primer merupakan molekul oligonukleotida yang disintesis in vitro dan runutan nukleotidanya disesuaikan dengan genom virus yang akan dideteksi. PCR hanya akan menggandakan asam nukleat yang sesuai dengan primer.
RT-PCR menggunakan sepasang primer yang berkomplemen dengan sikuen yang jelas dari masing-masing dua untai cDNA. Primer tersebut kemudian diperpanjang dengan bantuan enzim DNA polymerase dan akan menghasilkan sebuah untai ganda pada setiap siklusnya dan seterusnya mengikuti amplifikasi logaritmik. RT-PCR meliputi tiga tahap utama. Tahap pertama adalah reverse transcription (RT) atau transkripsi balik, RNA ditranskrip balik menjadi cDNA menggunakan enzim reverse transcriptase dan primer. Tahap ini sangat penting
dalam kaitannya dengan proses PCR untuk amplifikasi DNA dengan bantuan DNA polymerase sebab DNA polymerase hanya dapat bekerja pada template yang berupa DNA. Tahapan RT dapat dilakukan dalam tabung yang sama dengan PCR (one-step PCR) atau pada tabung yang terpisah (two-step PCR) menggunakan suhu berkisar 40 °C sampai 50 °C, tergantung pada karakteristik reverse transcriptase yang digunakan. Tahap berikutnya adalah denaturasi dsDNA pada 95 °C, pada tahap ini dua untai DNA akan terpisah dan primer dapat mengikat pada untai tersebut jika temperaturnya diturunkan kemudian yang selanjutnya akan dimulai rantai reaksi baru. Kemudian suhu diturunkan hingga mencapai suhu annealing yang bervariasi tergantung primer yang digunakan. Temperatur annealing dipilih untuk PCR tergantung langsung pada panjang dan komposisi dari primer tersebut. Hal ini merupakan hasil dari perbedaan ikatan hidrokarbon antara A-T (2 ikatan) dan G-C (3 ikatan). Temperatur annealing biasanya berkisar 5 derajat di bawah Tm (melting temperature) terendah dari pasangan primer yang digunakan. Tahap akhir adalah amplifikasi PCR yang merupakan proses dilakukannya perpanjangan DNA menggunakan primer yang memerlukan Taq DNA polymerase yang termostabil, biasanya pada suhu 72 °C, yang merupakan suhu optimal untuk aktivitas enzim polymerase. Lamanya masa inkubasi tiap temperatur, perubahan suhu, dan jumlah siklus dikontrol secara terprogram menggunakan programmable thermal cycler. Analisa produk PCR tergantung pada kebutuhan PCR (Addy 2009). Indikasi adanya virus dengan teknik ini diamati dengan elektroforesis menggunakan gel Agarosa (Akin 2006).
