KONTRAK KULIAH

KONTRAK KULIAH

Bioinformatika (AET21055)

Ifan Aulia Candra, S.P, M.Biotek

Diskripsi Matakuliah



Bioinformatika – multidisiplin ilmu dalam menganalisah data genetic. Pada perkuliahan

ini akan dipelajari bagaimana ilmu bioinformatika ditemukan, kemudian ruang lingkup

Genetika. Selanjutnya akan dipelajari pengembangan ilmu Genetika serta aplikasinya

berikut dengan cara mencari informasi yang didepositkan ke dalam databank

(Database) atau gene bank (NCBI), sehingga dapat dianalisah dan diterjemahkan

menjadi suatu informasi genetic. Kemudian akan diajarkan bagaimana menganalisis

data sekuens yang meliputi, BLAST, homologi (Phylogenetic), primer design untuk

isolasi gen/ fragmen DNA. Setelah itu, pembalajaran akan dilanjutkan dengan

kontruksi model protein yang berguna untuk mengilustrasikan bentuk fungsional

protein melalui aplikasi Phyre2. Kemudian juga matakuliah ini akan membahas

interkasi molekuler dengan analisis docking protein.

Capaian Pembelajaran



Mahasiswa mampu menjelaskan sejarah dan ruang lingkup Ilmu Bioinformatika.



Mahasiswa mampu menjelaskan peranan Genebank dalam pengelolaan informasi data amolekuler makhluk hidup.



Mahasiswa mampu menganalisis keragaman makhluk hidup melalui informasi sekuens genetik.



Mahasiswa mampu mengkontruksi prediksi struktur 3D DNA dan Protein.



Mahasiswa mampu memprediksi interaksi substansi molekuler

Tatatertib Perkuliahan

 Mahasiswa wajib mengikuti tepat waktu. Mahasiswa yang terlambat lebih dari 15 menit tidak diperkenankan mengikuti perkulihaan

 Mahasiswa yang tidak hadir karena alasan yang dibenarkan menurut peraturan, menyerahkan surat ijin kepada dosen mata kuliah selambat-lambatnya pada hari perkuliahan berikutnya

 Jika dosen tidak dapat hadir pada jadwal yang telah ditetapkan karena sesuatu hal, maka dosen diwajibkan memberikan informasi kepada mahasiswa paling lambat 1 hari sebelum jadwal perkuliahan.

 Apabila dosen tidak hadir setelah 15 menit dari jadwal kuliah, mahasiswa berhak menghubungi dosen dengan menanyakan kepada petugas waskat/piket perkuliahan

tentang perkuliahan dilaksanakan atau tidak. Jika dosen tidak datang dalam waktu 2 x 15 menit dari jadwal perkuliahan maka mahasiswa berhak tidak mengikuti perkuliahan pada waktu tersebut dan perkuliahan dianggap tidak dilaksanakan.

 Mahasiswa wajib menyerahkan tugas-tugas kelompok atau individual yang dibebankan dosen waktu yang akan ditentukan kemudian

 Mahasiswa harus berpakaian rapi dan sopan ketika mengikuti perkuliahan

Rancangan Pembelajarang

Minggu Ke

Kemampuan Akhir yang Diharapkan

Bahan Kajian/Materi Pembelajaran

Metode

Pembelajaran Waktu Pengalaman Belajar Mahasiswa

Kriteria Penilaian dan

Indikator Bobot Nilai (%)

(1) (2) (3) (4) (5) (6) (7) (8)

1 Mahasiswa mampu memahami

Ruanglingkup Bioinformatika

 Kontrak kuliah, Batasan dan ruang lingkup

Bioinformatika

 Sejarah perkembangan bioinformatika



Kuliah dan Diskusi

2 x 50 menit

Tugas 1.

Quiz pre-test kemampuan

pemahaman Biologi molekuler dasar

5 %

2 Mahasiswa mampu dan memahami dan

menjelaskan terkait prinsip dasar analisis molekuler dalam bioinformatika

Analsis molekuler:

 Memahami mekanisme molekuler dasar

 Teknik analsis DNA dasar

 Amplifikasi genetic

 Sekeunsing

Kuliah dan Diskusi

2 x 50 menit

Tugas 2.

Mahasiswa membuat presentasi kelompok dan upload I youtube

Indikator:

Memahami teori dan prinsip dasar analisis molekuler Kriteria Penilaian:

Penguasaan konsep dasar ruang lingkup analsis molekuler

Ketepatan penyampain presentasi

5%

3-4 Mahasiswa mampu memahami dan melakukan browsing dan searching raw data pada Gene Bank (Nucleotide Database) (NCBI)

Pencarian Database sekuens Genetika

 Pengenalan opsi yang ada pada database

 Pencarian data sekuens di NCBI

 Analisis data NCBI

 Memahami proses pencarian literature dan referensi di NCBI

Ceramah dan Diskusi

2 x 50 menit

Tugas 3.

Mahasiswa ditugaskan untuk memahami dan menyampaikan secara oral opsi di NCBI

Indikator:

Ketepatan penjelasan mengenai database genetik

Kriteria Penilaian:

Ketepatan penyampaian terkait database genetik

5 %

5-6 Mahasiswa mampu menganalsis sekuens nucleotida dengan blast, primer design

Analisis sekuens nukloetida

 Mengenali fungsi BLAST dan Primer design

 Memahami prosedur analisis Homologi melalui BLAST

 Memahami cara medisgn primer

Kuliah dan diskusi

2 x 50 menit

Tugas 4.

Mahasiswa merangkum jurnal bioinformatik yang sudah diberikan

Indikator:

Ketepatan interpretasi informasi Kriteria Penilaian:

Mahasiswa memahami secara detail analsis sekuens genetic dengan Blast dan Primer Design Penilaian bentuk non test:

Ringkasan, artikel dan jurnal

5 %

7 Mahasiswa mampu menganalisis kekerabatan makhluk hidup melalui analsis phylogenetik

Phylogenetik:

 Memahami analisis phylogenetik

 Memahami prosedur phylogenetik

 Memahami dan meginterpretasi hasil analisis philogenetik

Kuliah dan diskusi

2 x 50 menit

Tugas 4:

Mahasiswa membuat video tutorial Phylogenetik (Tugas kelompok)

Indikator:

Kriteria Penilaian:

Mahasiswa memahami secara detail analsis sekuens genetic dengan Blast dan Primer Design Penilaian bentuk non test:

Ringkasan, artikel dan jurnal

9-10 Mahasiswa mengetahui dan melakukan browsing dan Searching database protein (RCSB.Org)

Database Protein:

 Pengenalan opsi yang ada pada database protein

 Pencarian data sekuens di RCSB protien database

 Analisis data RCSB

Kuliah dan diskusi

2 x 50 menit

Tugas 5.

Membuat rangkuman dari jurnal

Indikator:

Ketepatan membahas ekspresi genetilk

Kriteria Penilaian:

Ketepatan penetuan ekspresi genetic

5 %

11

Mahasiswa mempelajari Protein dan runaglinkupnya yang relevan dengan analisis bioinformatika

Protein:

 Protein dan struktur kimianya

 Protein Fungsional

 Protein Pocessing

Kuliah dan Diskusi

2 x 50 menit

Tugas 5.

Menyampaikan secara oral pemrosesan protein

Indikator:

Ketepatan membahas mekanisme sintesis protein fungsional

Kriteria Penilaian:

Ketepatan menjelaskan proses sintesis protein

12

Mahasiswa memahami konstruksi 3D Protein dengan menggunakan Phyro2

Konstruksi 3D Protein;

 Mempejari bentuk 3D protein

 Memahami prosedur

konstruksi 3D protein

 Menginterpretasi

Kuliah dan diskusi

2 x 50 menit

Tugas 6.

Pembuatan video tutorial kontruksi protein melalui phyro2

Indikator:

Ketepatan prosedur konstruksi

5 %

13-14 Memahami docking sebagai bentuk interaksi fungsional protein

Docking protein:

 Mahasiswa memahami interaksi protein

 Mehasiswa memahami simulasi

docking protein

Kuliah, dan diskusi

2 x 50 menit

Tugas 7.

Mahasiswa membuat tugas pembuatan visual 3D doking protein

Indikator:

Ketepatan membahas docking protein Kriteria Penilaian:

Ketepatan menjelaskan docking protein

5 %

15 Capita Selekta Mahasiswa memahami bioinformatika secara teori maupun praktik sehingga dapat menganalisis dan mengsimulasikan mekanisme molekuler

Kuliah, dan diskusi

2 x 50 menit

Tugas 8.

Mahasiswa

mempresentasikan prinsip dasar dan teknik

bioinformatika

Indikator:

Ketepatan membahas Bionformatika secara comprehensive Kriteria Penilaian:

Ketepatan menjelaskan teori dan teknik analisis bioinformatika

5 %

Referensi

 Fulekar, M. H. (Ed.). (2009). Bioinformatics: applications in life and environmental sciences. Springer Science & Business Media.

 Baxevanis, A. D., Bader, G. D., & Wishart, D. S. (Eds.). (2020). Bioinformatics. John Wiley

& Sons.

 Eidhammer, I., Jonassen, I., & Taylor, W. R. (2004). Protein Bioinformatics: An algorithmic approach to sequence and structure analysis (Vol. 1). Chichester: Wiley.

 Pevsner, J. (2015). Bioinformatics and functional genomics. John Wiley & Sons.

 Barnes, M. R. (Ed.). (2007). Bioinformatics for geneticists: a bioinformatics primer for the analysis of genetic data. John Wiley & Sons.

 Sharma, V. (2008). Text book of bioinformatics. Rastogi Publications.

 Ramsden, J. (2015). Bioinformatics: an introduction (Vol. 21). Springer.

 Jenuth, J. P. (2000). The NCBI. In Bioinformatics Methods and Protocols (pp. 301-312).

Humana Press, Totowa, NJ.

Evaluasi

 Evaluasi dilakukan dengan menggabungkan nilai capaian mahasiswa pada seluruh item kendali mutu dengan menggunakan rumus sebagai berikut :

 Partisipasi (Ps) = 10 %

 PR (tugas) = 50 %

 UTS = 25 %

 UAS = 15 %

 Berdasarkan item kendali mutu tersebut diperoleh nilai akhir mahasiswa, dengan

 catatan bahwa:

 Mahasiswa yang dapat mengikuti Ujian Tengah Semester dan Akhir Semester adalah mahasiswa yang telah mengikuti

perkuliahan sebanyak 75%. Bagi mahasiswa yang kehadirannya tidak mencukupi 75%, fakultas tidak boleh mengizinkannya mengikuti Ujian Tengah dan Akhir Semester.

 Dosen harus mengisi titik-titik pada tiap komponen daftar nilai dan nilainya tidak berada di luar range/kisaran yang telah ditentukan dan totalnya 100%

 Fakultas melalui rapat dapat menentukan persentase penilaian dalam batas range/kisaran yang telah ditentukan dalam ketentuan ini

THANK YOU