Taxonomical prefix: p_: phylum; c_: class, o_: order, f_: family, g_: genus.

Supplemental Digital Content 4. Relative abundance of bacteria

at the phylum, class, order, family, genus, and species taxonomic levels;

classified by groups of samples, based on the 16S rRNA gene. Bacterial OTUs are sorted by their abundance in the fecal samples (“Stool” column) on the left side, and in the biopsies (“Biopsies” column) on the right side

. The color code in the first column indicates the phylum. The lowest taxonomical rank for which the bacteria were unambiguously assigned at the default 80% confidence threshold is represented for each taxonomical level and is indicated with a prefix

¹

.

Phylum Control CDFa CDFb CDFc CDF Stool CDBa CDBc Biopsies Phylum

p_Firmicutes 51.661 41.69 25.33 54.05 37.808 44.405 26.12 44.466 35.905 p_Firmicutes p_Bacteroidetes 45.413 41.57 52.97 22.17 41.829 43.536 27.52 37.762 32.986 p_Bacteroidetes p_Proteobacteria 1.350 15.78 8.503 22.64 14.366 8.168 29.40 7.934 17.955 p_Proteobacteria p_Fusobacteria 0.000 0.016 5.983 0.558 2.580 1.352 9.047 4.497 6.620 p_Fusobacteria p_Actinobacteria 0.131 0.645 4.987 0.227 2.326 1.281 3.773 2.108 2.885 p_Actinobacteria p_Verrucomicrobia 0.450 0.117 1.994 0.000 0.858 0.664 0.532 2.090 1.363 k_Bacteria p_Tenericutes 0.757 0.001 0.000 0.068 0.016 0.369 2.511 0.029 1.187 p_Cyanobacteria k_Bacteria 0.211 0.069 0.097 0.268 0.126 0.167 0.640 1.003 0.833 Unclassified p_Cyanobacteria 0.015 0.006 0.096 0.002 0.042 0.029 0.213 0.007 0.103 p_TM7 p_TM7 0.006 0.091 0.028 0.006 0.046 0.027 0.117 0.075 0.095 p_Tenericutes p_Synergistetes 0.004 0.000 0.000 0.004 0.001 0.002 0.043 0.009 0.025 p_Spirochaetes Unclassified 0.001 0.000 0.005 0.000 0.002 0.002 0.024 0.000 0.011 p_Gemmatimonadetes p_Lentisphaerae 4.1E-04 0.000 0.000 0.000 0.000 2.0E-04 0.022 0.000 0.010 p_TM6

p_Gemmatimonadetes 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.000 0.013 0.007 p_Lentisphaerae

0.009 0.000 0.004 p_Planctomycetes

0.003 0.004 0.004 p_Verrucomicrobia

0.005 0.000 0.002 p_Thermi

0.002 0.002 0.002 p_Synergistetes

0.002 0.000 0.001 p_Aquificae

Class Control CDFa CDFb CDFc CDF Stool CDBa CDBc Biopsies Class

c_Bacteroidia 45.408 41.57 52.96 22.16 41.824 43.531 22.93 41.370 32.769 c_Clostridia c_Clostridia 51.122 38.05 23.51 52.72 35.441 42.908 27.30 37.505 32.743 c_Bacteroidia

c_Gammaproteobacteria 0.206 15.66 2.150 22.32 11.650 6.200 18.87 5.558 11.772 c_Gammaproteobacteria c_Fusobacteriia 0.000 0.016 5.983 0.558 2.580 1.352 9.047 4.497 6.620 c_Fusobacteriia

c_Betaproteobacteria 0.967 0.113 5.921 0.302 2.532 1.786 6.507 1.386 3.776 c_Betaproteobacteria c_Coriobacteriia 0.128 0.615 4.938 0.218 2.293 1.262 3.615 1.844 2.671 c_Actinobacteria c_Erysipelotrichi 0.433 1.685 0.872 1.151 1.231 0.851 3.821 0.843 2.233 c_Alphaproteobacteria c_Bacilli 0.086 1.945 0.927 0.175 1.126 0.631 2.826 1.650 2.199 c_Bacilli

c_Verrucomicrobiae 0.450 0.117 1.993 0.000 0.858 0.663 0.532 2.090 1.363 k_Bacteria k_Bacteria 0.211 0.069 0.097 0.268 0.126 0.167 0.352 1.439 0.932 c_Erysipelotrichi c_Alphaproteobacteria 0.146 0.007 0.246 0.005 0.104 0.124 0.640 1.003 0.833 Unclassified c_Deltaproteobacteria 0.010 0.002 0.150 0.011 0.065 0.039 1.664 0.029 0.792 c_Chloroplast

c_TM7-3 0.006 0.091 0.028 0.006 0.046 0.027 0.817 0.000 0.381 c_4C0d-2

c_4C0d-2 0.015 0.000 0.084 0.000 0.034 0.025 0.096 0.264 0.186 c_Coriobacteriia c_Actinobacteria 0.003 0.030 0.050 0.009 0.033 0.019 0.039 0.218 0.135 c_Flavobacteriia c_Mollicutes 0.749 0.001 0.000 0.068 0.016 0.365 0.153 0.063 0.105 c_Deltaproteobacteria p_Proteobacteria_Other 0.019 0.000 0.034 0.000 0.014 0.017 0.213 0.007 0.103 c_TM7-3

p_Firmicutes_Other 0.021 0.007 0.016 0.003 0.010 0.015 0.117 0.075 0.095 c_Mollicutes c_Chloroplast 0.000 0.006 0.012 0.002 0.007 0.004 0.151 0.006 0.074 c_Saprospirae

p_Bacteroidetes_Other 0.005 0.000 0.008 0.005 0.005 0.005 0.002 0.085 0.046 p_Proteobacteria_Other Unclassified 0.001 0.000 0.005 0.000 0.002 0.002 0.049 0.000 0.023 c_Epsilonproteobacteria c_Epsilonproteobacteria 0.001 0.000 0.003 0.000 0.001 0.001 0.012 0.032 0.023 c_Sphingobacteriia c_Synergistia 0.004 0.000 0.000 0.004 0.001 0.002 0.043 0.000 0.020 c_Leptospirae

p_Verrucomicrobia_Other 0.000 0.000 0.001 0.000 0.001 2.9E-04 0.030 0.000 0.014 c_Oscillatoriophycideae c_Flavobacteriia 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.029 0.000 0.014 c_Thermoleophilia c_Gemmatimonadetes 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.027 0.000 0.013 c_Acidimicrobiia

0.026 0.000 0.012 c_Cytophagia

0.022 0.000 0.010 c_SJA-4

0.019 0.000 0.009 c_Gemm-3

0.000 0.013 0.007 c_Lentisphaeria

0.003 0.007 0.005 p_Firmicutes_Other

0.000 0.009 0.005 c_Spirochaetes

0.007 0.000 0.003 c_Phycisphaerae

0.001 0.004 0.003 c_Spartobacteria

0.005 0.000 0.002 c_Nitriliruptoria

0.005 0.000 0.002 c_Gemm-5

0.005 0.000 0.002 c_Deinococci

0.002 0.002 0.002 c_Synergistia

0.003 0.000 0.001 c_Planctomycetia

0.002 0.000 0.001 c_Aquificae

0.002 0.000 0.001 c_Verrucomicrobiae

Order Control CDFa CDFb CDFc CDF Stool CDBa CDBc Biopsies Order

o_Bacteroidales 45.408 41.57 52.96 22.16 41.824 43.531 22.90 41.370 32.755 o_Clostridiales o_Clostridiales 51.103 38.05 23.51 52.71 35.439 42.898 27.30 37.505 32.743 o_Bacteroidales o_Enterobacteriales 0.091 15.43 1.882 22.32 11.456 6.044 16.68 4.738 10.311 o_Enterobacteriales o_Burkholderiales 0.966 0.113 5.888 0.301 2.518 1.779 9.047 4.497 6.620 o_Fusobacteriales o_Fusobacteriales 0.000 0.016 5.983 0.558 2.580 1.352 5.976 1.296 3.480 o_Burkholderiales o_Coriobacteriales 0.128 0.615 4.938 0.218 2.293 1.262 3.615 1.844 2.671 o_Actinomycetales o_Erysipelotrichales 0.433 1.685 0.872 1.151 1.231 0.851 2.328 0.776 1.500 o_Lactobacillales o_Verrucomicrobiales 0.450 0.117 1.993 0.000 0.858 0.663 0.532 2.090 1.363 k_Bacteria o_Lactobacillales 0.084 1.939 0.774 0.168 1.060 0.595 2.033 0.078 0.991 o_Rhizobiales o_RF39 0.748 0.001 0.000 0.068 0.016 0.364 0.352 1.439 0.932 o_Erysipelotrichales k_Bacteria 0.211 0.069 0.097 0.268 0.126 0.167 0.640 1.003 0.833 Unclassified o_Pasteurellales 0.114 0.228 0.266 0.002 0.192 0.155 1.664 0.029 0.792 o_Streptophyta o_RF32 0.146 0.001 0.246 0.004 0.102 0.123 0.919 0.551 0.723 o_Pseudomonadales o_Desulfovibrionales 0.010 0.002 0.150 0.011 0.065 0.039 0.941 0.090 0.487 o_Rhodobacterales o_Bacillales 0.000 0.005 0.121 0.000 0.051 0.027 0.690 0.167 0.411 o_Pasteurellales

o_YS2 0.015 0.000 0.084 0.000 0.034 0.025 0.415 0.376 0.394 o_Bacillales

c_TM7-3_o_ 0.006 0.079 0.025 0.004 0.040 0.024 0.817 0.000 0.381 o_MLE1-12 p_Proteobacteria_Other_Other 0.019 0.000 0.034 0.000 0.014 0.017 0.227 0.420 0.330 o_Rickettsiales o_Actinomycetales 0.002 0.030 0.039 0.009 0.029 0.016 0.452 0.144 0.288 o_Sphingomonadales p_Firmicutes_Other_Other 0.021 0.007 0.016 0.003 0.010 0.015 0.002 0.490 0.262 o_Turicibacterales c_Clostridia_Other 0.014 0.004 0.000 0.003 0.002 0.008 0.327 0.090 0.200 o_Neisseriales c_Betaproteobacteria_Other 0.001 0.000 0.033 0.001 0.014 0.008 0.096 0.264 0.186 o_Coriobacteriales p_Bacteroidetes_Other_Other 0.005 0.000 0.008 0.005 0.005 0.005 0.039 0.218 0.135 o_Flavobacteriales o_Turicibacterales 0.002 0.001 0.013 0.005 0.007 0.004 0.254 0.024 0.132 o_Xanthomonadales

o_ML615J-28 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.241 0.000 0.112 c_Gammaproteobacteria_Other

o_Streptophyta 0.000 0.005 0.012 0.002 0.007 0.004 0.172 0.006 0.083 c_TM7-3_o_

c_Bacilli_Other 0.000 0.000 0.012 0.000 0.005 0.003 0.151 0.006 0.074 o_Saprospirales o_Bifidobacteriales 0.000 0.000 0.010 0.000 0.004 0.002 0.062 0.079 0.071 o_RF32

o_SHA-98 0.005 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.148 0.000 0.069 o_Myxococcales o_Synergistales 0.004 0.000 0.000 0.004 0.001 0.002 0.096 0.027 0.059 o_RF39

o_CW040 0.000 0.006 0.003 0.002 0.004 0.002 0.122 0.000 0.057 c_Betaproteobacteria_o_

o_Gemellales 0.000 0.001 0.006 0.002 0.003 0.002 0.002 0.085 0.046 p_Proteobacteria_Other_Other Unclassified 0.001 0.000 0.005 0.000 0.002 0.002 0.062 0.015 0.037 o_Caulobacterales

o_Campylobacterales 0.001 0.000 0.003 0.000 0.001 0.001 0.079 0.000 0.037 o_Rhodocyclales o_Pseudomonadales 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.075 0.002 0.036 o_Gemellales c_TM7-3_Other 0.000 0.003 0.000 0.000 0.001 0.001 0.021 0.048 0.036 o_Anaeroplasmatales o_I025 0.000 0.003 0.000 0.000 0.001 0.001 0.004 0.063 0.035 o_Desulfovibrionales c_Mollicutes_Other 0.001 0.000 0.000 0.000 0.000 3.5E-04 0.023 0.046 0.035 o_Aeromonadales o_Rhizobiales 0.000 0.002 0.000 0.000 0.001 3.5E-04 0.040 0.018 0.028 o_Alteromonadales p_Verrucomicrobia_Other_Other 0.000 0.000 0.001 0.000 0.001 2.9E-04 0.049 0.000 0.023 o_Campylobacterales o_Caulobacterales 0.000 0.001 0.000 0.000 4.4E-04 2.3E-04 0.012 0.032 0.023 o_Sphingobacteriales o_Rhodobacterales 0.000 0.001 0.000 0.000 4.8E-04 2.3E-04 0.024 0.017 0.021 o_Rhodospirillales o_Aeromonadales 0.000 0.000 0.000 0.002 4.4E-04 2.3E-04 0.043 0.000 0.020 o_Leptospirales o_Victivallales 4.1E-04 0.000 0.000 0.000 0.000 2.0E-04 0.041 0.001 0.020 o_CW040 o_Rhodospirillales 0.000 0.000 0.000 0.002 3.5E-04 1.8E-04 0.019 0.013 0.015 o_Vibrionales o_Flavobacteriales 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.030 0.000 0.014 o_Chroococcales o_Stramenopiles 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.029 0.000 0.014 o_OPB54 o_N1423WL 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.028 0.000 0.013 o_Gaiellales c_Alphaproteobacteria_o_ 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.027 0.000 0.013 o_Acidimicrobiales o_Rickettsiales 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.026 0.000 0.012 o_Cytophagales

0.022 0.000 0.010 c_SJA-4_o_

0.020 0.000 0.009 o_Ellin329

0.019 0.000 0.009 c_Gemm-3_o_

0.000 0.013 0.007 o_Victivallales

0.006 0.005 0.006 c_Bacilli_Other

0.003 0.007 0.005 p_Firmicutes_Other_Other

0.000 0.009 0.005 o_Spirochaetales

0.009 0.000 0.004 o_Legionellales

0.007 0.000 0.003 o_WD2101

0.001 0.004 0.003 o_Chthoniobacterales

0.005 0.000 0.002 o_Euzebyales

0.005 0.000 0.002 c_Gemm-5_o_

0.005 0.000 0.002 o_Deinococcales

0.002 0.002 0.002 o_Synergistales

0.003 0.000 0.001 o_Planctomycetales

0.003 0.000 0.001 c_Betaproteobacteria_Other

0.002 0.000 0.001 o_Aquificales

0.002 0.000 0.001 o_Verrucomicrobiales

0.001 0.000 4.6E-04 o_Solirubrobacterales

0.001 0.000 4.6E-04 o_Bdellovibrionales

Family Control CDFa CDFb CDFc CDF Stool CDBa CDBc Biopsies Family

f_Bacteroidaceae 27.878 31.33 39.39 12.88 30.437 29.218 24.49 29.772 27.309 f_Bacteroidaceae f_Ruminococcaceae 25.379 15.61 7.806 33.35 16.453 20.704 9.861 12.525 11.282 f_Lachnospiraceae f_Lachnospiraceae 15.275 10.23 4.120 9.365 7.534 11.220 16.68 4.738 10.311 f_Enterobacteriaceae f_Veillonellaceae 5.205 4.471 9.698 7.669 7.336 6.321 9.340 9.057 9.189 f_Ruminococcaceae f_Enterobacteriaceae 0.091 15.43 1.882 22.32 11.456 6.044 0.870 12.396 7.017 f_Clostridiaceae f_Prevotellaceae 6.344 1.411 6.484 3.075 3.865 5.045 9.010 4.493 6.601 f_Fusobacteriaceae f_Porphyromonadaceae 3.561 4.401 4.844 1.401 3.900 3.739 1.514 5.757 3.777 o_Clostridiales_Other f_Rikenellaceae 5.204 2.032 1.486 3.543 2.152 3.605 4.704 0.080 2.238 f_Comamonadaceae o_Clostridiales_f_ 3.301 3.288 0.552 0.681 1.576 2.397 1.373 2.613 2.034 f_Porphyromonadaceae o_Clostridiales_Other 1.265 4.149 0.875 1.479 2.203 1.756 2.130 1.178 1.622 f_Propionibacteriaceae f_Alcaligenaceae 0.934 0.108 5.835 0.299 2.494 1.751 0.532 2.090 1.363 k_Bacteria

f_Fusobacteriaceae 0.000 0.016 5.983 0.558 2.580 1.352 0.171 2.348 1.332 f_Rikenellaceae f_Coriobacteriaceae 0.128 0.615 4.938 0.218 2.293 1.262 1.087 1.160 1.126 f_Alcaligenaceae f_Barnesiellaceae 1.553 1.842 0.142 0.865 0.924 1.224 1.860 0.464 1.116 f_Streptococcaceae f_Erysipelotrichaceae 0.433 1.685 0.872 1.151 1.231 0.851 0.352 1.439 0.932 f_Erysipelotrichaceae f_Verrucomicrobiaceae 0.450 0.117 1.993 0.000 0.858 0.663 1.808 0.001 0.844 f_Bradyrhizobiaceae f_Streptococcaceae 0.081 1.891 0.420 0.015 0.863 0.491 0.640 1.003 0.833 Unclassified

o_RF39_f_ 0.748 0.001 0.000 0.068 0.016 0.364 1.664 0.029 0.792 o_Streptophyta_f_

f_Odoribacteraceae 0.289 0.339 0.119 0.158 0.207 0.246 0.712 0.852 0.786 f_Barnesiellaceae

f_Clostridiaceae 0.194 0.266 0.417 0.036 0.276 0.237 0.441 1.058 0.770 f_Prevotellaceae o_Bacteroidales_Other 0.293 0.073 0.127 0.146 0.112 0.198 0.384 1.051 0.740 f_Veillonellaceae f_S24-7 0.148 0.137 0.374 0.048 0.214 0.182 0.830 0.416 0.609 o_Clostridiales_f_

k_Bacteria 0.211 0.069 0.097 0.268 0.126 0.167 0.941 0.090 0.487 f_Rhodobacteraceae f_Pasteurellaceae 0.114 0.228 0.266 0.002 0.192 0.155 0.690 0.167 0.411 f_Pasteurellaceae f_Christensenellaceae 0.296 0.006 0.000 0.046 0.013 0.147 0.434 0.337 0.382 f_Moraxellaceae o_RF32_f_ 0.146 0.001 0.246 0.004 0.102 0.123 0.817 0.000 0.381 o_MLE1-12_f_

f_Mogibacteriaceae 0.126 0.025 0.043 0.041 0.036 0.079 0.572 0.179 0.362 f_Micrococcaceae f_Paraprevotellaceae 0.137 0.000 0.000 0.000 0.000 0.065 0.478 0.225 0.343 f_Corynebacteriaceae f_Lactobacillaceae 0.000 0.038 0.256 0.000 0.118 0.062 0.486 0.214 0.341 f_Pseudomonadaceae f_Desulfovibrionaceae 0.010 0.002 0.145 0.011 0.063 0.038 0.062 0.570 0.333 f_Odoribacteraceae f_Enterococcaceae 0.000 0.000 0.038 0.151 0.050 0.026 0.202 0.420 0.318 f_mitochondria f_Bacillaceae 0.000 0.002 0.118 0.000 0.049 0.026 0.002 0.490 0.262 f_Turicibacteraceae o_YS2_f_ 0.015 0.000 0.084 0.000 0.034 0.025 0.447 0.087 0.255 f_Sphingomonadaceae c_TM7-3_o_f_ 0.006 0.079 0.025 0.004 0.040 0.024 0.306 0.205 0.252 f_Staphylococcaceae f_Oxalobacteraceae 0.031 0.000 0.019 0.002 0.008 0.019 0.327 0.090 0.200 f_Neisseriaceae p_Proteobacteria_Other_Other_Other 0.019 0.000 0.034 0.000 0.014 0.017 0.096 0.264 0.186 f_Coriobacteriaceae p_Firmicutes_Other_Other_Other 0.021 0.007 0.016 0.003 0.010 0.015 0.030 0.191 0.116 f_Weeksellaceae

f_EtOH8 0.030 0.000 0.000 0.000 0.000 0.014 0.241 0.000 0.112 c_Gammaproteobacteria_Other_Other f_Carnobacteriaceae 0.003 0.006 0.052 0.000 0.024 0.014 0.045 0.147 0.099 f_Aerococcaceae

f_Dehalobacteriaceae 0.018 0.000 0.000 0.017 0.004 0.010 0.176 0.024 0.095 f_Xanthomonadaceae f_Actinomycetaceae 0.002 0.015 0.024 0.006 0.017 0.010 0.000 0.173 0.092 o_Bacteroidales_f_

c_Clostridia_Other_Other 0.014 0.004 0.000 0.003 0.002 0.008 0.163 0.016 0.084 f_Enterococcaceae o_Burkholderiales_Other 0.001 0.000 0.034 0.000 0.014 0.008 0.148 0.028 0.084 f_Actinomycetaceae c_Betaproteobacteria_Other_Other 0.001 0.000 0.033 0.001 0.014 0.008 0.172 0.006 0.083 c_TM7-3_o_f_

o_Bacteroidales_f_ 0.001 0.008 0.000 0.044 0.013 0.007 0.153 0.021 0.083 f_Carnobacteriaceae f_Peptococcaceae 0.005 0.001 0.000 0.026 0.006 0.006 0.071 0.091 0.081 f_Tissierellaceae p_Bacteroidetes_Other_Other_Other 0.005 0.000 0.008 0.005 0.005 0.005 0.044 0.114 0.081 o_Bacteroidales_Other f_Turicibacteraceae 0.002 0.001 0.013 0.005 0.007 0.004 0.016 0.130 0.077 f_Lactobacillaceae f_Propionibacteriaceae 0.000 0.008 0.011 0.000 0.008 0.004 0.146 0.006 0.071 f_Chitinophagaceae o_ML615J-28_f_ 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.062 0.079 0.071 o_RF32_f_

o_Streptophyta_f_ 0.000 0.005 0.012 0.002 0.007 0.004 0.035 0.096 0.067 f_Brevibacteriaceae c_Bacilli_Other_Other 0.000 0.000 0.012 0.000 0.005 0.003 0.091 0.042 0.065 f_Oxalobacteraceae

f_Eubacteriaceae 0.004 0.000 0.003 0.000 0.001 0.003 0.139 0.000 0.065 o_Myxococcales_f_

f_Bifidobacteriaceae 0.000 0.000 0.010 0.000 0.004 0.002 0.011 0.101 0.059 o_Bacillales_Other f_Tissierellaceae 0.005 0.001 0.000 0.000 0.000 0.002 0.096 0.027 0.059 o_RF39_f_

o_SHA-98_f_ 0.005 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.122 0.000 0.057 c_Betaproteobacteria_o_f_

f_F16 0.000 0.005 0.003 0.002 0.003 0.002 0.119 0.000 0.056 o_Rhizobiales_Other f_Synergistaceae 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.094 0.016 0.053 f_Nocardioidaceae

f_Gemellaceae 0.000 0.001 0.006 0.002 0.003 0.002 0.002 0.085 0.046 p_Proteobacteria_Other_Other_Other Unclassified 0.001 0.000 0.005 0.000 0.002 0.002 0.090 0.000 0.042 o_Lactobacillales_f_

f_Micrococcaceae 0.000 0.003 0.003 0.000 0.003 0.002 0.011 0.068 0.042 f_Dermabacteraceae f_Campylobacteraceae 0.001 0.000 0.003 0.000 0.001 0.001 0.062 0.015 0.037 f_Caulobacteraceae o_Desulfovibrionales_Other 0.000 0.000 0.005 0.000 0.002 0.001 0.079 0.000 0.037 f_Rhodocyclaceae f_Leuconostocaceae 0.000 0.001 0.004 0.000 0.002 0.001 0.079 0.000 0.037 f_Sinobacteraceae f_Staphylococcaceae 0.000 0.002 0.003 0.000 0.002 0.001 0.075 0.002 0.036 f_Gemellaceae f_Moraxellaceae 0.001 0.000 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 0.048 0.036 f_Anaeroplasmataceae f_Comamonadaceae 0.000 0.004 0.000 0.000 0.002 0.001 0.004 0.063 0.035 f_Desulfovibrionaceae f_Aerococcaceae 0.000 0.003 0.000 0.002 0.002 0.001 0.005 0.057 0.033 f_Erythrobacteraceae f_Corynebacteriaceae 0.000 0.003 0.000 0.002 0.001 0.001 0.066 0.003 0.033 f_Planococcaceae c_TM7-3_Other_Other 0.000 0.003 0.000 0.000 0.001 0.001 0.019 0.043 0.032 f_Bacillaceae f_Rs-045 0.000 0.003 0.000 0.000 0.001 0.001 0.033 0.027 0.030 f_Mogibacteriaceae f_Dethiosulfovibrionaceae 0.000 0.000 0.000 0.004 0.001 4.6E-04 0.005 0.051 0.029 f_Methylobacteriaceae c_Mollicutes_Other_Other 0.001 0.000 0.000 0.000 0.000 3.5E-04 0.039 0.014 0.026 f_Burkholderiaceae o_Lactobacillales_Other 0.000 0.000 0.001 0.000 0.001 3.0E-04 0.055 0.000 0.025 o_Burkholderiales_Other o_Lactobacillales_f_ 0.000 0.000 0.001 0.000 0.001 3.0E-04 0.000 0.046 0.025 f_Succinivibrionaceae f_Peptostreptococcaceae 0.000 0.000 0.001 0.000 0.001 3.0E-04 0.049 0.000 0.023 f_Campylobacteraceae p_Verrucomicrobia_Other_Other_Other 0.000 0.000 0.001 0.000 0.001 2.9E-04 0.000 0.038 0.020 f_Peptococcaceae f_Caulobacteraceae 0.000 0.001 0.000 0.000 4.4E-04 2.3E-04 0.043 0.000 0.020 f_Leptospiraceae f_Bradyrhizobiaceae 0.000 0.001 0.000 0.000 4.4E-04 2.3E-04 0.041 0.000 0.019 f_Phyllobacteriaceae f_Rhodobacteraceae 0.000 0.001 0.000 0.000 4.4E-04 2.3E-04 0.009 0.027 0.019 f_Flavobacteriaceae f_Pseudomonadaceae 0.000 0.001 0.000 0.000 4.4E-04 2.3E-04 0.019 0.018 0.018 f_Chromatiaceae f_Succinivibrionaceae 0.000 0.000 0.000 0.002 4.4E-04 2.3E-04 0.002 0.032 0.018 f_Sphingobacteriaceae f_Geodermatophilaceae 4.4E-04 0.000 0.000 0.000 0.00 2.1E-04 0.035 0.003 0.018 f_Leptotrichiaceae f_Victivallaceae 4.1E-04 0.000 0.000 0.000 0.00 2.0E-04 0.034 0.001 0.016 o_CW040_f_

f_Kineosporiaceae 0.000 0.000 0.000 0.002 3.5E-04 1.8E-04 0.032 0.000 0.015 f_Pseudonocardiaceae

f_Acetobacteraceae 0.000 0.000 0.000 0.002 3.5E-04 1.8E-04 0.027 0.004 0.015 f_Hyphomicrobiaceae f_Nocardioidaceae 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.030 0.000 0.014 f_Xenococcaceae f_Weeksellaceae 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.029 0.000 0.014 o_OPB54_f_

o_Stramenopiles_f_ 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.028 0.000 0.013 o_Gaiellales_f_

o_Bacillales_f_ 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.023 0.004 0.013 f_Rhizobiaceae o_N1423WL_f_ 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.027 0.000 0.013 f_C111

c_Alphaproteobacteria_o_f_ 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.026 0.000 0.012 f_Cytophagaceae f_Hyphomicrobiaceae 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.007 0.016 0.012 f_Acetobacteraceae f_mitochondria 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.023 0.001 0.011 f_Nocardiaceae o_CW040_f_ 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.019 0.004 0.011 f_Vibrionaceae

0.023 0.000 0.011 f_Aeromonadaceae

0.022 0.000 0.010 c_SJA-4_o_f_

0.013 0.007 0.010 f_Microbacteriaceae

0.021 0.000 0.010 f_Cellulomonadaceae

0.007 0.012 0.010 f_Paenibacillaceae

0.020 0.000 0.009 o_Ellin329_f_

0.016 0.003 0.009 f_Sporichthyaceae

0.019 0.000 0.009 c_Gemm-3_o_f_

0.018 0.000 0.009 f_Mycobacteriaceae

0.017 0.000 0.008 o_Rickettsiales_f_

0.011 0.005 0.008 f_Gordoniaceae

0.000 0.014 0.008 f_Brucellaceae

0.000 0.014 0.008 f_Dietziaceae

0.016 0.000 0.007 f_Shewanellaceae

0.000 0.013 0.007 f_Victivallaceae

0.003 0.011 0.007 o_Actinomycetales_Other

0.015 0.000 0.007 f_Rhodospirillaceae

0.000 0.011 0.006 o_Bacillales_f_

0.006 0.005 0.006 c_Bacilli_Other_Other

0.006 0.006 0.006 f_Intrasporangiaceae

0.011 0.000 0.005 f_Beijerinckiaceae

0.003 0.007 0.005 p_Firmicutes_Other_Other_Other

0.000 0.009 0.005 f_Spirochaetaceae

0.004 0.006 0.005 f_S24-7

0.000 0.008 0.005 f_Pseudoalteromonadaceae

0.000 0.008 0.005 f_Streptomycetaceae

0.001 0.007 0.004 f_Peptostreptococcaceae

0.009 0.000 0.004 o_Sphingobacteriales_f_

0.009 0.000 0.004 f_Cystobacterineae

0.009 0.000 0.004 o_Legionellales_f_

0.007 0.000 0.003 o_Rickettsiales_Other

0.007 0.000 0.003 o_WD2101_f_

0.007 0.000 0.003 f_F16

0.001 0.004 0.003 f_Chthoniobacteraceae

0.005 0.000 0.002 f_Euzebyaceae

0.005 0.000 0.002 f_Saprospiraceae

0.005 0.000 0.002 f_Exiguobacteraceae

0.005 0.000 0.002 c_Gemm-5_o_f_

0.005 0.000 0.002 f_211ds20

0.005 0.000 0.002 f_Deinococcaceae

0.000 0.004 0.002 f_Aurantimonadaceae

0.005 0.000 0.002 f_Caldicoprobacteraceae

0.002 0.002 0.002 f_Dethiosulfovibrionaceae

0.003 0.001 0.002 o_Fusobacteriales_Other

0.002 0.001 0.001 f_Geodermatophilaceae

0.000 0.002 0.001 f_Christensenellaceae

0.003 0.000 0.001 f_Planctomycetaceae

0.003 0.000 0.001 o_Rhodospirillales_Other

0.003 0.000 0.001 c_Betaproteobacteria_Other_Other

0.002 0.000 0.001 f_Aquificaceae

0.002 0.000 0.001 f_Verrucomicrobiaceae

0.001 0.001 0.001 f_Eubacteriaceae

0.000 0.002 0.001 o_Rhodospirillales_f_

0.001 0.000 4.6E-04 o_Solirubrobacterales_f_

0.001 0.000 4.6E-04 f_Gracilibacteraceae

0.001 0.000 4.6E-04 f_Bdellovibrionaceae

Genus Control CDFa CDFb CDFc CDF Stool CDBa CDBc Biopsies Genus

g_Bacteroides 27.878 31.33 39.39 12.88 30.437 29.218 24.49 29.772 27.309 g_Bacteroides

g_Oscillospira 7.865 3.634 0.818 18.98 5.972 6.873 15.62 4.658 9.777 f_Enterobacteriaceae_Other f_Enterobacteriaceae_Other 0.076 15.07 1.131 22.16 10.983 5.789 9.006 4.492 6.599 g_Fusobacterium

g_Faecalibacterium 7.231 4.391 0.105 3.625 2.464 4.734 5.493 3.767 4.572 f_Lachnospiraceae_Other g_Prevotella 5.576 0.387 6.430 2.657 3.375 4.423 3.603 5.348 4.534 g_Faecalibacterium

f_Ruminococcaceae_g_ 3.641 1.350 5.400 7.152 4.326 4.000 1.514 5.757 3.777 o_Clostridiales_Other_Other g_Parabacteroides 3.544 4.399 4.812 1.401 3.887 3.724 0.024 6.806 3.641 g_02d06

f_Lachnospiraceae_Other 4.758 4.060 1.033 3.131 2.611 3.633 3.071 2.032 2.517 g_Ruminococcus f_Rikenellaceae_g_ 4.809 1.596 1.401 3.144 1.868 3.269 0.042 4.618 2.483 g_SMB53 g_Ruminococcus 3.715 5.539 0.279 2.323 2.657 3.161 1.601 2.547 2.105 g_Dorea

o_Clostridiales_f_g_ 3.301 3.288 0.552 0.681 1.576 2.397 1.331 2.591 2.003 g_Parabacteroides g_Dialister 3.210 1.703 0.510 3.375 1.595 2.364 3.801 0.034 1.792 g_Pelomonas g_Veillonella 0.085 2.224 7.215 0.481 3.869 2.067 2.130 1.178 1.622 g_Propionibacterium f_Lachnospiraceae_g_ 2.851 1.724 0.321 1.910 1.192 1.982 1.555 1.584 1.571 g_Epulopiscium g_Lachnospira 3.271 0.532 1.169 0.346 0.750 1.951 0.532 2.090 1.363 k_Bacteria

o_Clostridiales_Other_Other 1.265 4.149 0.875 1.479 2.203 1.756 0.132 2.175 1.222 f_Rikenellaceae_g_

g_Sutterella 0.934 0.108 5.835 0.299 2.494 1.751 1.493 0.893 1.173 g_Oscillospira f_Ruminococcaceae_Other 2.832 0.374 0.826 1.147 0.735 1.733 1.087 1.160 1.126 g_Sutterella g_Phascolarctobacterium 1.703 0.540 1.506 3.810 1.678 1.690 1.770 0.456 1.069 g_Streptococcus g_Fusobacterium 0.000 0.016 5.861 0.554 2.529 1.325 0.043 1.625 0.887 g_Roseburia f_Barnesiellaceae_g_ 1.545 1.840 0.138 0.855 0.920 1.217 0.640 1.003 0.833 Unclassified

g_Roseburia 2.041 0.083 0.003 1.059 0.272 1.114 1.664 0.029 0.792 o_Streptophyta_f_g_

g_Collinsella 0.084 0.464 3.960 0.203 1.835 1.001 0.712 0.851 0.786 f_Barnesiellaceae_g_

g_Dorea 0.238 1.752 0.461 1.050 1.065 0.671 0.323 0.978 0.672 g_Prevotella g_Akkermansia 0.450 0.117 1.993 0.000 0.858 0.663 0.222 1.061 0.670 g_Blautia

f_Erysipelotrichaceae_g_ 0.249 1.317 0.794 0.692 0.961 0.622 0.830 0.416 0.609 o_Clostridiales_f_g_

g_Paraprevotella 0.766 1.025 0.054 0.417 0.490 0.621 0.719 0.428 0.564 f_Ruminococcaceae_g_

g_Coprococcus 0.737 0.867 0.095 0.207 0.401 0.561 0.931 0.085 0.480 g_Paracoccus

g_Anaerostipes 0.982 0.427 0.006 0.081 0.176 0.560 0.346 0.580 0.471 f_Lachnospiraceae_g_

g_Blautia 0.223 0.753 1.027 0.128 0.723 0.485 0.033 0.831 0.459 f_Clostridiaceae_Other g_Streptococcus 0.078 1.861 0.404 0.013 0.845 0.480 0.976 0.001 0.456 f_Bradyrhizobiaceae_Other

o_RF39_f_g_ 0.748 0.001 0.000 0.068 0.016 0.364 0.073 0.781 0.450 g_Eubacterium g_Lachnobacterium 0.171 0.025 0.000 1.436 0.336 0.257 0.770 0.141 0.435 g_Clostridium g_Odoribacter 0.265 0.338 0.111 0.158 0.204 0.233 0.343 0.503 0.428 g_Lachnobacterium g_Clostridium 0.183 0.210 0.336 0.014 0.217 0.201 0.817 0.000 0.381 o_MLE1-12_f_g_

o_Bacteroidales_Other_Other 0.293 0.073 0.127 0.146 0.112 0.198 0.180 0.551 0.378 f_Erysipelotrichaceae_g_

f_Rikenellaceae_Other 0.243 0.110 0.052 0.353 0.141 0.190 0.757 0.000 0.353 g_Bradyrhizobium g_Slackia 0.002 0.001 0.857 0.003 0.352 0.185 0.478 0.225 0.343 g_Corynebacterium f_S24-7_g_ 0.148 0.137 0.374 0.048 0.214 0.182 0.486 0.214 0.341 g_Pseudomonas

k_Bacteria 0.211 0.069 0.097 0.268 0.126 0.167 0.398 0.274 0.332 f_Ruminococcaceae_Other g_Butyricicoccus 0.031 0.327 0.309 0.114 0.271 0.157 0.420 0.244 0.326 g_Acinetobacter

g_Haemophilus 0.111 0.226 0.266 0.002 0.191 0.153 0.062 0.557 0.326 g_Odoribacter g_Alistipes 0.151 0.326 0.034 0.046 0.143 0.147 0.683 0.000 0.319 g_Proteus

f_Christensenellaceae_g_ 0.274 0.006 0.000 0.046 0.012 0.137 0.201 0.420 0.318 f_mitochondria_Other o_RF32_f_g_ 0.146 0.001 0.246 0.004 0.102 0.123 0.065 0.526 0.311 g_Coprococcus g_Morganella 0.000 0.034 0.478 0.000 0.208 0.109 0.002 0.490 0.262 g_Turicibacter g_Acidaminococcus 0.177 0.000 0.059 0.000 0.024 0.097 0.370 0.159 0.257 g_Haemophilus g_Eubacterium 0.033 0.219 0.040 0.200 0.141 0.090 0.304 0.198 0.247 g_Staphylococcus g_Trabulsiella 0.007 0.259 0.101 0.057 0.148 0.081 0.154 0.328 0.247 g_Lachnospira f_Mogibacteriaceae_g_ 0.121 0.019 0.043 0.041 0.034 0.075 0.000 0.457 0.244 g_Megamonas

f_Erysipelotrichaceae_Other 0.044 0.124 0.019 0.216 0.102 0.074 0.430 0.009 0.206 f_Comamonadaceae_Other g_Lactobacillus 0.000 0.038 0.235 0.000 0.110 0.058 0.010 0.368 0.201 g_Phascolarctobacterium f_Coriobacteriaceae_g_ 0.029 0.118 0.098 0.001 0.083 0.057 0.385 0.011 0.186 g_Acidovorax

g_Megasphaera 0.027 0.003 0.204 0.000 0.085 0.057 0.322 0.042 0.173 g_Veillonella g_Coprobacillus 0.076 0.002 0.000 0.008 0.003 0.037 0.275 0.066 0.163 g_Micrococcus f_Paraprevotellaceae_g_ 0.078 0.000 0.000 0.000 0.000 0.037 0.319 0.013 0.156 g_Neisseria g_Anaerotruncus 0.044 0.000 0.068 0.003 0.028 0.036 0.318 0.009 0.153 g_Aggregatibacter g_Proteus 0.000 0.025 0.117 0.000 0.057 0.030 0.031 0.242 0.144 g_Collinsella

g_YRC22 0.059 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.241 0.000 0.112 c_Gammaproteobacteria_Other_Other_Other f_Desulfovibrionaceae_g_ 0.003 0.000 0.123 0.001 0.051 0.028 0.228 0.000 0.107 g_Arthrobacter

f_Fusobacteriaceae_Other 0.000 0.000 0.122 0.004 0.051 0.027 0.011 0.180 0.101 g_Dialister

g_Enterococcus 0.000 0.000 0.038 0.146 0.049 0.025 0.211 0.000 0.098 g_Novosphingobium g_Bacillus 0.000 0.000 0.118 0.000 0.048 0.025 0.118 0.080 0.098 g_Paraprevotella o_YS2_f_g_ 0.015 0.000 0.084 0.000 0.034 0.025 0.000 0.173 0.092 o_Bacteroidales_f_g_

c_TM7-3_o_f_g_ 0.006 0.079 0.025 0.004 0.040 0.024 0.021 0.151 0.090 g_Wautersiella g_Megamonas 0.000 0.000 0.099 0.004 0.041 0.022 0.163 0.016 0.084 g_Enterococcus g_Oxalobacter 0.031 0.000 0.019 0.000 0.008 0.019 0.148 0.028 0.084 g_Actinomyces g_SMB53 0.006 0.019 0.045 0.002 0.026 0.017 0.172 0.006 0.083 c_TM7-3_o_f_g_

p_Proteobacteria_Other_Other_Other_Other 0.019 0.000 0.034 0.000 0.014 0.017 0.153 0.021 0.083 g_Granulicatella g_Holdemania 0.023 0.004 0.000 0.029 0.008 0.015 0.007 0.146 0.081 f_Rikenellaceae_Other p_Firmicutes_Other_Other_Other_Other 0.021 0.007 0.016 0.003 0.010 0.015 0.044 0.114 0.081 o_Bacteroidales_Other_Other f_EtOH8_g_ 0.030 0.000 0.000 0.000 0.000 0.014 0.016 0.130 0.077 g_Lactobacillus

g_Klebsiella 0.005 0.013 0.044 0.000 0.023 0.014 0.062 0.079 0.071 o_RF32_f_g_

g_Granulicatella 0.003 0.006 0.052 0.000 0.024 0.014 0.145 0.004 0.070 f_Sphingomonadaceae_Other f_Veillonellaceae_Other 0.003 0.001 0.056 0.000 0.023 0.014 0.055 0.082 0.069 g_Sphingomonas

g_Enterobacter 0.000 0.022 0.006 0.068 0.026 0.013 0.055 0.081 0.069 g_Butyricicoccus g_Butyricimonas 0.024 0.001 0.008 0.000 0.003 0.013 0.035 0.096 0.067 g_Brevibacterium g_02d06 0.005 0.028 0.015 0.016 0.020 0.013 0.139 0.004 0.067 g_Erwinia

g_Eggerthella 0.005 0.021 0.016 0.010 0.016 0.011 0.139 0.000 0.065 o_Myxococcales_f_g_

g_Anaerofilum 0.021 0.001 0.000 0.004 0.001 0.011 0.066 0.059 0.062 g_Trabulsiella

g_Dehalobacterium 0.017 0.000 0.000 0.017 0.004 0.010 0.011 0.101 0.059 o_Bacillales_Other_Other f_Streptococcaceae_Other 0.003 0.025 0.017 0.000 0.016 0.010 0.096 0.027 0.059 o_RF39_f_g_

g_Actinomyces 0.002 0.015 0.024 0.006 0.017 0.010 0.120 0.003 0.058 g_Sediminibacterium

c_Clostridia_Other_Other_Other 0.014 0.004 0.000 0.003 0.002 0.008 0.122 0.000 0.057 c_Betaproteobacteria_o_f_g_

o_Burkholderiales_Other_Other 0.001 0.000 0.034 0.000 0.014 0.008 0.119 0.000 0.056 o_Rhizobiales_Other_Other c_Betaproteobacteria_Other_Other_Other 0.001 0.000 0.033 0.001 0.014 0.008 0.008 0.093 0.053 g_Enhydrobacter

o_Bacteroidales_f_g_ 0.001 0.008 0.000 0.044 0.013 0.007 0.000 0.093 0.050 g_Aerococcus g_Bilophila 0.005 0.001 0.022 0.000 0.009 0.007 0.073 0.026 0.048 g_Ralstonia

f_Porphyromonadaceae_Other 0.015 0.000 0.000 0.000 0.000 0.007 0.098 0.003 0.047 g_Stenotrophomonas

f_Veillonellaceae_g_ 0.000 0.000 0.033 0.000 0.014 0.007 0.002 0.085 0.046 p_Proteobacteria_Other_Other_Other_Other g_Dysgonomonas 0.000 0.000 0.032 0.000 0.013 0.007 0.086 0.011 0.046 f_Nocardioidaceae_g_

g_Christensenella 0.014 0.001 0.000 0.000 0.000 0.007 0.055 0.034 0.044 g_Rothia f_Clostridiaceae_Other 0.000 0.009 0.020 0.004 0.013 0.007 0.081 0.011 0.043 g_Klebsiella

f_Peptococcaceae_g_ 0.005 0.001 0.000 0.026 0.006 0.006 0.088 0.004 0.043 f_Streptococcaceae_Other f_Barnesiellaceae_Other 0.009 0.001 0.000 0.010 0.003 0.006 0.021 0.062 0.043 f_Erysipelotrichaceae_Other f_Enterobacteriaceae_g_ 0.000 0.005 0.000 0.034 0.010 0.005 0.090 0.000 0.042 o_Lactobacillales_f_g_

p_Bacteroidetes_Other_Other_Other_Other 0.005 0.000 0.008 0.005 0.005 0.005 0.024 0.049 0.037 g_Anaerococcus

g_Catenibacterium 0.001 0.000 0.019 0.000 0.008 0.005 0.002 0.068 0.037 g_Brachybacterium g_Turicibacter 0.002 0.001 0.013 0.005 0.007 0.004 0.079 0.000 0.037 g_Morganella f_Lactobacillaceae_g_ 0.000 0.000 0.021 0.000 0.008 0.004 0.009 0.060 0.036 g_Kocuria

f_Coriobacteriaceae_Other 0.004 0.007 0.004 0.001 0.004 0.004 0.021 0.048 0.036 f_Anaeroplasmataceae_g_

o_ML615J-28_f_g_ 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.075 0.000 0.035 g_Afipia

f_Christensenellaceae_Other 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.001 0.057 0.031 f_Erythrobacteraceae_g_

o_Streptophyta_f_g_ 0.000 0.005 0.012 0.002 0.007 0.004 0.041 0.021 0.031 g_Porphyromonas g_cc_115 0.005 0.006 0.000 0.000 0.002 0.004 0.005 0.051 0.029 g_Methylobacterium g_Selenomonas 0.000 0.000 0.016 0.000 0.007 0.003 0.031 0.026 0.029 g_Alistipes

g_Bulleidia 0.001 0.014 0.000 0.000 0.005 0.003 0.001 0.051 0.028 f_Neisseriaceae_g_

f_Mogibacteriaceae_Other 0.005 0.004 0.000 0.000 0.002 0.003 0.056 0.003 0.028 g_Bulleidia

c_Bacilli_Other_Other_Other 0.000 0.000 0.012 0.000 0.005 0.003 0.041 0.013 0.026 f_Xanthomonadaceae_Other g_Oribacterium 0.002 0.004 0.003 0.002 0.003 0.002 0.055 0.000 0.025 o_Burkholderiales_Other_Other g_Propionibacterium 0.000 0.008 0.004 0.000 0.005 0.002 0.000 0.046 0.025 f_Succinivibrionaceae_g_

g_Bifidobacterium 0.000 0.000 0.010 0.000 0.004 0.002 0.027 0.021 0.024 g_Comamonas

g_Adlercreutzia 0.005 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.050 0.000 0.024 f_Planococcaceae_Other g_Desulfovibrio 0.002 0.001 0.000 0.010 0.003 0.002 0.028 0.019 0.023 f_Aerococcaceae_g_

o_SHA-98_f_g_ 0.005 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.049 0.000 0.023 g_Campylobacter g_Anaerofustis 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.049 0.000 0.023 g_Hydrogenophilus f_F16_g_ 0.000 0.005 0.003 0.002 0.003 0.002 0.046 0.002 0.023 f_Gemellaceae_g_

g_Epulopiscium 0.000 0.001 0.000 0.013 0.004 0.002 0.048 0.000 0.022 g_Atopobium

g_Cloacibacillus 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.047 0.000 0.022 f_Sinobacteraceae_Other Unclassified 0.001 0.000 0.005 0.000 0.002 0.002 0.011 0.031 0.022 g_Bacillus

g_WAL_1855D 0.003 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.000 0.038 0.020 f_Peptococcaceae_g_

f_Propionibacteriaceae_g_ 0.000 0.000 0.007 0.000 0.003 0.002 0.043 0.000 0.020 g_Leptospira g_Rothia 0.000 0.003 0.003 0.000 0.003 0.002 0.004 0.034 0.020 g_Bilophila f_Gemellaceae_g_ 0.000 0.001 0.006 0.000 0.003 0.001 0.005 0.032 0.019 g_Peptoniphilus g_Providencia 0.003 0.000 0.000 0.000 0.000 0.001 0.041 0.000 0.019 g_Mesorhizobium g_Atopobium 0.000 0.004 0.002 0.000 0.002 0.001 0.019 0.018 0.018 g_Rheinheimera f_Pasteurellaceae_Other 0.003 0.000 0.000 0.000 0.000 0.001 0.038 0.001 0.018 g_Finegoldia g_Campylobacter 0.001 0.000 0.003 0.000 0.001 0.001 0.000 0.034 0.018 g_Facklamia g_Porphyromonas 0.002 0.002 0.000 0.000 0.001 0.001 0.035 0.003 0.018 g_Leptotrichia g_Lactococcus 0.000 0.005 0.000 0.002 0.002 0.001 0.036 0.000 0.017 g_Sphingobium

o_Desulfovibrionales_Other_Other 0.000 0.000 0.005 0.000 0.002 0.001 0.036 0.000 0.017 g_Oribacterium f_Prevotellaceae_Other 0.002 0.000 0.000 0.000 0.000 0.001 0.034 0.001 0.016 o_CW040_f_g_

g_Moryella 0.000 0.001 0.003 0.000 0.002 0.001 0.017 0.016 0.016 g_Eggerthella g_Plesiomonas 0.000 0.000 0.004 0.000 0.002 0.001 0.034 0.000 0.016 g_Megasphaera g_Barnesiella 0.000 0.000 0.004 0.000 0.002 0.001 0.003 0.026 0.015 g_Chryseobacterium g_Acinetobacter 0.001 0.000 0.001 0.002 0.001 0.001 0.033 0.000 0.015 g_Mogibacterium g_Clostridium 0.000 0.000 0.000 0.007 0.002 0.001 0.000 0.029 0.015 g_Desulfovibrio g_Corynebacterium 0.000 0.003 0.000 0.002 0.001 0.001 0.000 0.027 0.015 f_Mogibacteriaceae_g_

f_Enterococcaceae_Other 0.000 0.000 0.001 0.005 0.001 0.001 0.031 0.000 0.015 f_Sinobacteraceae_g_

g_Staphylococcus 0.000 0.002 0.001 0.000 0.001 0.001 0.000 0.027 0.014 g_Capnocytophaga c_TM7-3_Other_Other_Other 0.000 0.003 0.000 0.000 0.001 0.001 0.030 0.000 0.014 g_Chroococcidiopsis f_Rs-045_g_ 0.000 0.003 0.000 0.000 0.001 0.001 0.029 0.000 0.014 o_OPB54_f_g_

g_Pseudoramibacter_Eubacterium 0.000 0.000 0.003 0.000 0.001 0.001 0.000 0.025 0.014 f_Neisseriaceae_Other g_Abiotrophia 0.000 0.002 0.000 0.002 0.001 0.001 0.028 0.000 0.013 o_Gaiellales_f_g_

_g_Parvimonas 0.001 0.001 0.000 0.000 0.000 0.001 0.028 0.000 0.013 f_Burkholderiaceae_Other g_Weissella 0.000 0.000 0.002 0.000 0.001 0.001 0.014 0.012 0.013 f_Caulobacteraceae_Other g_Aggregatibacter 0.000 0.003 0.000 0.000 0.001 4.9E-04 0.023 0.004 0.013 g_Agrobacterium

g_Leuconostoc 0.000 0.001 0.002 0.000 0.001 4.9E-04 0.027 0.000 0.013 f_C111_g_

f_Bacillaceae_Other 0.000 0.002 0.000 0.000 0.001 4.7E-04 0.026 0.001 0.013 f_Gemellaceae_Other g_Pyramidobacter 0.000 0.000 0.000 0.004 0.001 4.6E-04 0.027 0.000 0.013 g_Pseudonocardia g_RFN20 0.001 0.000 0.000 0.000 0.000 3.9E-04 0.026 0.000 0.012 f_Chitinophagaceae_g_

g_Erwinia 0.000 0.000 0.002 0.000 0.001 3.7E-04 0.002 0.021 0.012 g_Sphingobacterium c_Mollicutes_Other_Other_Other 0.001 0.000 0.000 0.000 0.000 3.5E-04 0.023 0.003 0.012 g_Brevundimonas g_Comamonas 0.000 0.002 0.000 0.000 0.001 3.5E-04 0.025 0.000 0.012 g_Hyphomicrobium g_1-68 0.001 0.000 0.000 0.000 0.000 3.2E-04 0.024 0.000 0.011 f_Caulobacteraceae_g_

g_Macrococcus 0.000 0.000 0.001 0.000 0.001 3.0E-04 0.016 0.007 0.011 g_Holdemania o_Lactobacillales_Other_Other 0.000 0.000 0.001 0.000 0.001 3.0E-04 0.023 0.000 0.011 g_Rhodococcus o_Lactobacillales_f_g_ 0.000 0.000 0.001 0.000 0.001 3.0E-04 0.023 0.000 0.011 g_Delftia g_Filifactor 0.000 0.000 0.001 0.000 0.001 3.0E-04 0.022 0.000 0.010 c_SJA-4_o_f_g_

p_Verrucomicrobia_Other_Other_Other_Other 0.000 0.000 0.001 0.000 0.001 2.9E-04 0.021 0.000 0.010 g_Actinotalea g_Ralstonia 0.000 0.000 0.000 0.002 0.001 2.6E-04 0.021 0.000 0.010 g_Hymenobacter

g_Mogibacterium 0.000 0.001 0.000 0.000 4.4E-04 2.3E-04 0.021 0.000 0.010 f_Aeromonadaceae_Other g_Paracoccus 0.000 0.001 0.000 0.000 4.4E-04 2.3E-04 0.020 0.000 0.009 o_Ellin329_f_g_

g_Acidovorax 0.000 0.001 0.000 0.000 4.4E-04 2.3E-04 0.016 0.003 0.009 f_Sporichthyaceae_g_

g_Pseudomonas 0.000 0.001 0.000 0.000 4.4E-04 2.3E-04 0.019 0.000 0.009 c_Gemm-3_o_f_g_

f_Gemellaceae_Other 0.000 0.000 0.000 0.002 4.4E-04 2.3E-04 0.018 0.000 0.009 g_Mycobacterium f_Succinivibrionaceae_g_ 0.000 0.000 0.000 0.002 4.4E-04 2.3E-04 0.017 0.001 0.008 g_Abiotrophia

f_Geodermatophilaceae_Other 4.4E-04 0.000 0.000 0.000 0.000 2.1E-04 0.008 0.008 0.008 g_Pseudoxanthomonas f_Victivallaceae_g_ 4.1E-04 0.000 0.000 0.000 0.000 2.0E-04 0.000 0.015 0.008 g_Erysipelothrix f_Dehalobacteriaceae_g_ 4.1E-04 0.000 0.000 0.000 0.000 1.9E-04 0.017 0.000 0.008 o_Rickettsiales_f_g_

f_Kineosporiaceae_g_ 0.000 0.000 0.000 0.002 3.5E-04 1.8E-04 0.011 0.005 0.008 g_Gordonia f_Acetobacteraceae_g_ 0.000 0.000 0.000 0.002 3.5E-04 1.8E-04 0.000 0.014 0.008 g_Ochrobactrum f_Nocardioidaceae_g_ 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.000 0.014 0.008 g_Dietzia f_Weeksellaceae_g_ 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.016 0.000 0.007 g_Shewanella o_Stramenopiles_f_g_ 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.016 0.000 0.007 g_Azospira o_Bacillales_f_g_ 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.016 0.000 0.007 g_Luteimonas f_Aerococcaceae_g_ 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.000 0.014 0.007 g_Butyricimonas g_Aerococcus 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.000 0.013 0.007 f_Victivallaceae_g_

o_N1423WL_f_g_ 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.003 0.011 0.007 o_Actinomycetales_Other_Other c_Alphaproteobacteria_o_f_g_ 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.011 0.004 0.007 g_Tepidimonas

f_Caulobacteraceae_Other 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.000 0.013 0.007 g_Burkholderia g_Brevundimonas 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.003 0.010 0.007 f_Weeksellaceae_g_

f_Bradyrhizobiaceae_Other 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.000 0.012 0.007 g_Paenibacillus

g_Bradyrhizobium 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.007 0.006 0.007 f_Acetobacteraceae_Other g_Rhodoplanes 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.000 0.012 0.006 f_Bacillaceae_Other f_mitochondria_Other 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.014 0.000 0.006 g_Photobacterium g_Pelomonas 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.013 0.000 0.006 g_Agrococcus g_Schlegelella 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.013 0.000 0.006 g_Dechloromonas o_CW040_f_g_ 0.000 0.001 0.000 0.000 2.2E-04 1.1E-04 0.000 0.011 0.006 g_Pedobacter

0.000 0.011 0.006 g_Allobaculum

0.001 0.010 0.006 f_Oxalobacteraceae_g_

0.009 0.003 0.006 g_Planomicrobium

0.000 0.011 0.006 o_Bacillales_f_g_

0.006 0.005 0.006 c_Bacilli_Other_Other_Other

0.002 0.009 0.006 f_Micrococcaceae_g_

0.006 0.006 0.006 g_Janibacter

0.011 0.001 0.005 g_Lautropia

0.000 0.010 0.005 f_Micrococcaceae_Other

0.008 0.003 0.005 g_Friedmanniella

0.011 0.000 0.005 f_Beijerinckiaceae_Other

0.003 0.007 0.005 p_Firmicutes_Other_Other_Other_Other

0.000 0.010 0.005 g_Roseomonas

0.003 0.007 0.005 g_Jeotgalicoccus

0.000 0.009 0.005 g_Treponema

0.004 0.006 0.005 f_S24-7_g_

0.005 0.004 0.005 g_Vibrio

0.003 0.006 0.005 _g_Parvimonas

0.000 0.008 0.005 g_Coprobacillus

0.000 0.008 0.005 g_Pseudoalteromonas

0.000 0.008 0.005 g_Streptomyces

0.009 0.000 0.004 o_Sphingobacteriales_f_g_

0.009 0.000 0.004 g_Dermabacter

0.009 0.000 0.004 g_Schlegelella

0.009 0.000 0.004 f_Cystobacterineae_g_

0.009 0.000 0.004 o_Legionellales_f_g_

0.009 0.000 0.004 g_Flavobacterium

0.008 0.001 0.004 g_Variovorax

0.003 0.005 0.004 g_Enterobacter

0.008 0.000 0.004 g_Marinococcus

0.008 0.000 0.004 g_Cupriavidus

0.008 0.000 0.004 g_Skermanella

0.003 0.004 0.003 g_Cloacibacterium

0.007 0.000 0.003 o_Rickettsiales_Other_Other

0.007 0.000 0.003 f_Oxalobacteraceae_Other

0.002 0.004 0.003 g_Lactococcus

0.007 0.000 0.003 g_Aneurinibacillus

0.007 0.000 0.003 f_Planococcaceae_g_

0.007 0.000 0.003 o_WD2101_f_g_

0.007 0.000 0.003 g_Rubellimicrobium

0.007 0.000 0.003 f_Rhodospirillaceae_g_

0.007 0.000 0.003 f_F16_g_

0.000 0.006 0.003 g_Oxalobacter

0.006 0.000 0.003 g_cc_115

0.001 0.004 0.003 g_Devosia

0.000 0.005 0.003 g_Amaricoccus

0.006 0.000 0.003 f_Veillonellaceae_g_

0.000 0.005 0.003 f_Coriobacteriaceae_g_

0.000 0.005 0.003 g_Selenomonas

0.000 0.005 0.003 g_Pseudoclavibacter

0.005 0.000 0.002 g_Euzebya

0.005 0.000 0.002 g_Pontibacter

0.005 0.000 0.002 f_Saprospiraceae_g_

0.005 0.000 0.002 g_Exiguobacterium

0.005 0.000 0.002 c_Gemm-5_o_f_g_

0.005 0.000 0.002 f_211ds20_g_

0.005 0.000 0.002 g_Lysobacter

0.005 0.000 0.002 g_Deinococcus

0.005 0.000 0.002 g_Actinomycetospora

0.004 0.001 0.002 f_Enterobacteriaceae_g_

0.000 0.004 0.002 f_Peptostreptococcaceae_g_

0.000 0.004 0.002 f_Aurantimonadaceae_Other

0.000 0.004 0.002 f_Chthoniobacteraceae_Other

0.004 0.001 0.002 f_Fusobacteriaceae_Other

0.005 0.000 0.002 g_Caldicoprobacter

0.005 0.000 0.002 g_Curvibacter

0.005 0.000 0.002 g_Psychrobacter

0.005 0.000 0.002 g_Dyella

0.002 0.002 0.002 g_TG5

0.003 0.001 0.002 g_Anaerostipes

0.000 0.003 0.002 g_WAL_1855D

0.003 0.001 0.002 o_Fusobacteriales_Other_Other

0.000 0.003 0.002 g_Filifactor

0.003 0.000 0.002 g_Conchiformibius

0.000 0.003 0.002 g_Robinsoniella

0.003 0.000 0.002 f_Erythrobacteraceae_Other

0.003 0.000 0.002 g_Eikenella

0.002 0.001 0.001 f_Geodermatophilaceae_Other

0.000 0.003 0.001 g_Flavisolibacter

0.000 0.002 0.001 g_Microbacterium

0.000 0.002 0.001 g_Christensenella

0.003 0.000 0.001 g_Planctomyces

0.003 0.000 0.001 f_Rhodobacteraceae_Other

0.003 0.000 0.001 o_Rhodospirillales_Other_Other

0.003 0.000 0.001 c_Betaproteobacteria_Other_Other_Other

0.003 0.000 0.001 g_Janthinobacterium

0.003 0.000 0.001 g_Limnohabitans

0.002 0.000 0.001 f_Aquificaceae_g_

0.002 0.000 0.001 g_Gemella

0.002 0.000 0.001 g_Hydrogenophaga

0.002 0.000 0.001 f_Aeromonadaceae_g_

0.002 0.000 0.001 g_Microbispora

0.002 0.000 0.001 g_Xanthomonas

0.002 0.000 0.001 g_Akkermansia

0.001 0.001 0.001 g_Anaerotruncus

0.000 0.002 0.001 g_Nocardioides

0.000 0.002 0.001 o_Rhodospirillales_f_g_

0.000 0.001 0.001 f_Coriobacteriaceae_Other

0.002 0.000 0.001 f_Veillonellaceae_Other

0.000 0.001 0.001 g_Anaerofustis

0.001 0.000 0.001 g_Peptostreptococcus

0.001 0.000 0.001 g_Zea

0.001 0.000 0.001 f_Pasteurellaceae_g_

0.001 0.000 0.001 g_Moraxella

0.001 0.000 0.001 f_Xanthomonadaceae_g_

0.001 0.000 0.001 f_Chthoniobacteraceae_g_

0.001 0.000 0.001 g_Caulobacter

0.001 0.000 4.6E-04 o_Solirubrobacterales_f_g_

0.001 0.000 4.6E-04 g_Gracilibacter

0.001 0.000 4.6E-04 g_Moryella

0.001 0.000 4.6E-04 g_Petrobacter

0.001 0.000 4.6E-04 g_Bdellovibrio

0.001 0.000 4.6E-04 g_Actinobacillus

0.000 0.001 4.5E-04 g_Nocardia

0.000 0.001 4.5E-04 f_Sphingomonadaceae_g_

0.000 0.001 4.2E-04 g_Geobacillus

0.001 0.000 3.6E-04 g_Pseudoramibacter_Eubacterium

0.000 4.7E-04 2.5E-04 f_Barnesiellaceae_Other

0.000 4.7E-04 2.5E-04 g_Barnesiella

0.000 4.7E-04 2.5E-04 g_Alkaliphilus

Species Control CDFa CDFb CDFc CDF Stool CDBa CDBc Biopsies Species

g_Bacteroides_s_ 13.181 11.58 25.57 3.272 15.421 14.354 12.88 21.434 17.445 g_Bacteroides_s_

g_Oscillospira_s_ 6.853 3.607 0.818 18.59 5.873 6.339 15.62 4.658 9.777 f_Enterobacteriaceae_Other_Other f_Enterobacteriaceae_Other_Other 0.076 15.07 1.131 22.16 10.983 5.789 9.006 4.492 6.599 g_Fusobacterium_s_

g_Faecalibacterium_s_prausnitzii 7.219 4.391 0.105 3.622 2.463 4.728 5.493 3.767 4.572 f_Lachnospiraceae_Other_Other g_Bacteroides_Other 4.354 2.346 5.861 1.921 3.687 4.005 3.603 5.348 4.534 g_Faecalibacterium_s_prausnitzii f_Ruminococcaceae_g_s_ 3.641 1.350 5.400 7.152 4.326 4.000 1.514 5.757 3.777 o_Clostridiales_Other_Other_Other f_Lachnospiraceae_Other_Other 4.758 4.060 1.033 3.131 2.611 3.633 4.540 3.061 3.751 g_Bacteroides_s_plebeius

f_Rikenellaceae_g_s_ 4.809 1.596 1.401 3.144 1.868 3.269 0.024 6.806 3.641 g_02d06_s_

g_Bacteroides_s_ovatus 2.544 8.131 1.538 0.889 3.788 3.196 0.042 4.618 2.483 g_SMB53_s_

g_Prevotella_s_copri 4.292 0.000 4.801 0.000 1.964 3.073 4.181 0.566 2.253 g_Bacteroides_s_ovatus g_Bacteroides_s_uniformis 3.411 4.509 1.804 1.278 2.668 3.022 2.625 1.281 1.908 g_Ruminococcus_s_gnavus o_Clostridiales_f_g_s_ 3.301 3.288 0.552 0.681 1.576 2.397 3.801 0.034 1.792 g_Pelomonas_s_

g_Dialister_s_ 3.210 1.703 0.510 3.375 1.595 2.364 1.213 2.297 1.791 g_Bacteroides_Other g_Parabacteroides_s_distasonis 1.832 3.245 3.717 0.475 2.809 2.344 1.343 2.023 1.706 g_Dorea_s_

g_Bacteroides_s_plebeius 1.768 4.290 0.939 3.793 2.806 2.312 2.128 1.156 1.609 g_Propionibacterium_s_acnes f_Lachnospiraceae_g_s_ 2.851 1.724 0.321 1.910 1.192 1.982 1.555 1.584 1.571 g_Epulopiscium_s_

g_Lachnospira_s_ 3.260 0.530 1.158 0.346 0.745 1.943 0.532 2.090 1.363 k_Bacteria

o_Clostridiales_Other_Other_Other 1.265 4.149 0.875 1.479 2.203 1.756 0.132 2.175 1.222 f_Rikenellaceae_g_s_

g_Sutterella_s_ 0.934 0.108 5.835 0.299 2.494 1.751 1.087 1.160 1.126 g_Sutterella_s_

f_Ruminococcaceae_Other_Other 2.832 0.374 0.826 1.147 0.735 1.733 0.690 1.466 1.104 g_Parabacteroides_s_

g_Phascolarctobacterium_s_ 1.703 0.540 1.506 3.810 1.678 1.690 1.559 0.451 0.968 g_Streptococcus_s_

g_Veillonella_s_dispar 0.073 1.979 5.266 0.408 2.967 1.589 1.335 0.606 0.946 g_Oscillospira_s_

g_Fusobacterium_s_ 0.000 0.016 5.861 0.554 2.529 1.325 0.637 1.102 0.885 g_Parabacteroides_s_distasonis g_Ruminococcus_s_ 2.480 0.220 0.071 0.709 0.270 1.322 0.018 1.615 0.869 g_Roseburia_s_

g_Parabacteroides_s_ 1.675 1.145 0.861 0.908 0.975 1.308 0.640 1.003 0.833 Unclassified

f_Barnesiellaceae_g_s_ 1.545 1.840 0.138 0.855 0.920 1.217 1.664 0.029 0.792 o_Streptophyta_f_g_s_

g_Bacteroides_s_fragilis 0.510 0.000 3.351 1.366 1.681 1.124 0.712 0.851 0.786 f_Barnesiellaceae_g_s_

g_Roseburia_s_ 1.959 0.078 0.003 1.046 0.267 1.073 0.000 1.450 0.773 g_Bacteroides_s_coprophilus g_Ruminococcus_s_gnavus 0.017 4.620 0.148 1.017 1.972 1.041 0.632 0.628 0.630 g_Bacteroides_s_uniformis g_Prevotella_s_ 0.973 0.387 0.405 2.656 0.910 0.940 0.830 0.416 0.609 o_Clostridiales_f_g_s_

g_Collinsella_s_aerofaciens 0.083 0.464 3.608 0.018 1.649 0.903 0.719 0.428 0.564 f_Ruminococcaceae_g_s_

g_Akkermansia_s_muciniphila 0.450 0.117 1.993 0.000 0.858 0.663 0.030 0.961 0.527 g_Prevotella_s_

f_Erysipelotrichaceae_g_s_ 0.249 1.317 0.794 0.692 0.961 0.622 0.134 0.841 0.511 g_Blautia_s_

g_Paraprevotella_s_ 0.766 1.025 0.054 0.417 0.490 0.621 0.346 0.580 0.471 f_Lachnospiraceae_g_s_

g_Anaerostipes_s_ 0.982 0.427 0.006 0.081 0.176 0.560 0.033 0.831 0.459 f_Clostridiaceae_Other_Other g_Oscillospira_Other 1.012 0.027 0.000 0.394 0.099 0.534 0.976 0.001 0.456 f_Bradyrhizobiaceae_Other_Other g_Bacteroides_s_caccae 0.955 0.209 0.118 0.028 0.131 0.523 0.343 0.503 0.428 g_Lachnobacterium_s_

g_Bacteroides_s_eggerthii 0.962 0.118 0.033 0.009 0.058 0.489 0.763 0.068 0.393 g_Bacteroides_s_fragilis g_Veillonella_Other 0.013 0.245 1.926 0.073 0.893 0.474 0.817 0.000 0.381 o_MLE1-12_f_g_s_

g_Dorea_s_ 0.154 1.177 0.272 0.963 0.758 0.471 0.180 0.551 0.378 f_Erysipelotrichaceae_g_s_

g_Ruminococcus_s_torques 0.563 0.669 0.060 0.475 0.376 0.465 0.000 0.675 0.360 g_Eubacterium_s_biforme g_Coprococcus_s_ 0.459 0.867 0.095 0.123 0.382 0.419 0.757 0.000 0.353 g_Bradyrhizobium_s_

g_Prevotella_s_stercorea 0.306 0.000 1.224 0.000 0.501 0.408 0.690 0.041 0.343 g_Paracoccus_s_

g_Blautia_s_ 0.185 0.496 0.905 0.091 0.571 0.387 0.278 0.390 0.338 g_Ruminococcus_s_torques o_RF39_f_g_s_ 0.748 0.001 0.000 0.068 0.016 0.364 0.398 0.274 0.332 f_Ruminococcaceae_Other_Other g_Lachnobacterium_s_ 0.171 0.025 0.000 1.436 0.336 0.257 0.062 0.557 0.326 g_Odoribacter_s_

g_Streptococcus_s_luteciae 0.001 1.278 0.000 0.000 0.465 0.244 0.683 0.000 0.319 g_Proteus_s_

g_Ruminococcus_s_bromii 0.455 0.027 0.000 0.107 0.034 0.234 0.201 0.420 0.318 f_mitochondria_Other_Other g_Odoribacter_s_ 0.265 0.338 0.111 0.158 0.204 0.233 0.384 0.210 0.291 g_Corynebacterium_s_

g_Streptococcus_s_ 0.074 0.519 0.389 0.013 0.351 0.219 0.002 0.490 0.262 g_Turicibacter_s_

o_Bacteroidales_Other_Other_Other 0.293 0.073 0.127 0.146 0.112 0.198 0.435 0.100 0.256 g_Pseudomonas_Other f_Rikenellaceae_Other_Other 0.243 0.110 0.052 0.353 0.141 0.190 0.227 0.278 0.254 g_Dorea_s_formicigenerans g_Slackia_s_ 0.002 0.001 0.857 0.003 0.352 0.185 0.154 0.328 0.247 g_Lachnospira_s_

f_S24-7_g_s_ 0.148 0.137 0.374 0.048 0.214 0.182 0.000 0.457 0.244 g_Megamonas_s_

k_Bacteria 0.211 0.069 0.097 0.268 0.126 0.167 0.298 0.192 0.242 g_Acinetobacter_s_johnsonii g_Butyricicoccus_s_pullicaecorum 0.031 0.327 0.309 0.114 0.271 0.157 0.346 0.141 0.237 g_Haemophilus_s_parainfluenzae g_Dorea_Other 0.016 0.537 0.187 0.031 0.279 0.154 0.488 0.013 0.235 g_Clostridium_s_difficile

g_Haemophilus_s_parainfluenzae 0.110 0.219 0.262 0.002 0.187 0.150 0.158 0.286 0.226 g_Oscillospira_Other f_Christensenellaceae_g_s_ 0.274 0.006 0.000 0.046 0.012 0.137 0.056 0.349 0.212 g_Coprococcus_s_

o_RF32_f_g_s_ 0.146 0.001 0.246 0.004 0.102 0.123 0.164 0.246 0.208 g_Ruminococcus_s_

g_Bacteroides_s_barnesiae 0.118 0.142 0.168 0.025 0.126 0.122 0.430 0.009 0.206 f_Comamonadaceae_Other_Other g_Coprococcus_s_eutactus 0.229 0.000 0.000 0.041 0.009 0.114 0.010 0.368 0.201 g_Phascolarctobacterium_s_

g_Alistipes_s_massiliensis 0.071 0.326 0.021 0.041 0.136 0.105 0.371 0.000 0.173 g_Acidovorax_s_

g_Acidaminococcus_s_ 0.177 0.000 0.059 0.000 0.024 0.097 0.300 0.040 0.162 g_Veillonella_s_dispar g_Collinsella_s_stercoris 0.001 0.000 0.336 0.185 0.179 0.094 0.105 0.206 0.159 g_Bacteroides_s_caccae g_Morganella_Other 0.000 0.032 0.398 0.000 0.175 0.091 0.273 0.054 0.156 g_Micrococcus_s_luteus g_Blautia_s_producta 0.016 0.253 0.106 0.036 0.144 0.083 0.031 0.246 0.146 g_Dorea_Other

f_Mogibacteriaceae_g_s_ 0.121 0.019 0.043 0.041 0.034 0.075 0.245 0.055 0.144 g_Staphylococcus_s_epidermidis g_Clostridium_s_ 0.147 0.021 0.000 0.005 0.009 0.075 0.300 0.001 0.140 g_Aggregatibacter_Other f_Erysipelotrichaceae_Other_Other 0.044 0.124 0.019 0.216 0.102 0.074 0.279 0.012 0.137 g_Neisseria_s_subflava g_Bacteroides_s_coprophilus 0.075 0.001 0.000 0.307 0.070 0.073 0.226 0.037 0.125 g_Paracoccus_Other g_Parabacteroides_Other 0.037 0.009 0.232 0.018 0.102 0.071 0.031 0.205 0.124 g_Collinsella_s_aerofaciens g_Eubacterium_s_dolichum 0.018 0.207 0.011 0.155 0.115 0.068 0.079 0.159 0.121 g_Blautia_s_producta g_Clostridium_s_butyricum 0.000 0.000 0.286 0.000 0.117 0.061 0.197 0.052 0.120 g_Clostridium_s_perfringens f_Coriobacteriaceae_g_s_ 0.029 0.118 0.098 0.001 0.083 0.057 0.241 0.000 0.112

c_Gammaproteobacteria_Other_Other_Other_Ot her

g_Ruminococcus_s_flavefaciens 0.120 0.000 0.000 0.000 0.000 0.057 0.228 0.000 0.107 g_Arthrobacter_s_

g_Megasphaera_s_ 0.027 0.003 0.204 0.000 0.085 0.057 0.011 0.180 0.101 g_Dialister_s_

g_Clostridium_s_citroniae 0.026 0.159 0.038 0.000 0.074 0.051 0.118 0.080 0.098 g_Paraprevotella_s_

g_Dorea_s_formicigenerans 0.069 0.038 0.002 0.057 0.028 0.047 0.000 0.173 0.092 o_Bacteroidales_f_g_s_

g_Alistipes_s_indistinctus 0.079 0.000 0.013 0.005 0.006 0.041 0.136 0.052 0.091 g_Bacteroides_s_barnesiae g_Lactobacillus_s_ 0.000 0.009 0.170 0.000 0.073 0.038 0.194 0.000 0.091 g_Novosphingobium_s_

g_Roseburia_Other 0.079 0.001 0.000 0.000 0.000 0.038 0.021 0.151 0.090 g_Wautersiella_s_

f_Paraprevotellaceae_g_s_ 0.078 0.000 0.000 0.000 0.000 0.037 0.002 0.163 0.088 g_Coprococcus_Other g_Anaerotruncus_s_ 0.044 0.000 0.068 0.003 0.028 0.036 0.163 0.016 0.084 g_Enterococcus_s_

g_Trabulsiella_Other 0.006 0.145 0.008 0.018 0.060 0.034 0.148 0.028 0.084 g_Actinomyces_s_

g_Ruminococcus_Other 0.067 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.172 0.006 0.083 c_TM7-3_o_f_g_s_

g_Proteus_s_ 0.000 0.025 0.117 0.000 0.057 0.030 0.153 0.021 0.083 g_Granulicatella_s_

g_YRC22_s_ 0.059 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.021 0.136 0.082 g_Staphylococcus_s_haemolyticus f_Desulfovibrionaceae_g_s_ 0.003 0.000 0.123 0.001 0.051 0.028 0.007 0.146 0.081 f_Rikenellaceae_Other_Other g_Coprococcus_Other 0.047 0.001 0.000 0.043 0.010 0.027 0.044 0.114 0.081 o_Bacteroidales_Other_Other_Other f_Fusobacteriaceae_Other_Other 0.000 0.000 0.122 0.004 0.051 0.027 0.150 0.013 0.077 g_Prevotella_s_copri

g_Bacillus_s_coagulans 0.000 0.000 0.118 0.000 0.048 0.025 0.062 0.079 0.071 o_RF32_f_g_s_

o_YS2_f_g_s_ 0.015 0.000 0.084 0.000 0.034 0.025 0.145 0.004 0.070 f_Sphingomonadaceae_Other_Other g_Enterococcus_s_ 0.000 0.000 0.034 0.146 0.047 0.025 0.143 0.004 0.069 g_Prevotella_s_melaninogenica g_Trabulsiella_s_ 0.000 0.042 0.068 0.012 0.046 0.024 0.044 0.091 0.069 g_Eubacterium_s_dolichum c_TM7-3_o_f_g_s_ 0.006 0.079 0.025 0.004 0.040 0.024 0.055 0.081 0.069 g_Butyricicoccus_s_pullicaecorum g_Trabulsiella_s_farmeri 0.000 0.071 0.025 0.027 0.042 0.022 0.139 0.000 0.065 o_Myxococcales_f_g_s_

g_Megamonas_s_ 0.000 0.000 0.099 0.004 0.041 0.022 0.011 0.101 0.059 o_Bacillales_Other_Other_Other g_Coprobacillus_s_ 0.043 0.001 0.000 0.004 0.001 0.021 0.096 0.027 0.059 o_RF39_f_g_s_

g_Oxalobacter_s_formigenes 0.031 0.000 0.019 0.000 0.008 0.019 0.120 0.003 0.058 g_Sediminibacterium_s_

g_Morganella_s_morganii 0.000 0.002 0.078 0.000 0.032 0.017 0.122 0.000 0.057 c_Betaproteobacteria_o_f_g_s_

g_SMB53_s_ 0.006 0.019 0.045 0.002 0.026 0.017 0.119 0.000 0.056 o_Rhizobiales_Other_Other_Other p_Proteobacteria_Other_Other_Other_Other_Other 0.019 0.000 0.034 0.000 0.014 0.017 0.025 0.081 0.055 g_Sphingomonas_s_

g_Coprobacillus_s_cateniformis 0.033 0.001 0.000 0.004 0.001 0.016 0.001 0.102 0.055 g_Ruminococcus_s_bromii g_Holdemania_s_ 0.023 0.004 0.000 0.029 0.008 0.015 0.008 0.089 0.051 g_Enhydrobacter_s_

p_Firmicutes_Other_Other_Other_Other_Other 0.021 0.007 0.016 0.003 0.010 0.015 0.102 0.004 0.050 g_Erwinia_s_

g_Eubacterium_s_biforme 0.010 0.004 0.029 0.023 0.019 0.015 0.000 0.093 0.050 g_Aerococcus_s_

f_EtOH8_g_s_ 0.030 0.000 0.000 0.000 0.000 0.014 0.073 0.026 0.048 g_Ralstonia_s_

g_Klebsiella_s_ 0.005 0.013 0.044 0.000 0.023 0.014 0.000 0.089 0.047 g_Pseudomonas_s_veronii g_Granulicatella_s_ 0.003 0.006 0.052 0.000 0.024 0.014 0.002 0.085 0.046

p_Proteobacteria_Other_Other_Other_Other_Ot her

f_Veillonellaceae_Other_Other 0.003 0.001 0.056 0.000 0.023 0.014 0.086 0.011 0.046 f_Nocardioidaceae_g_s_

g_Enterobacter_s_ludwigii 0.000 0.022 0.006 0.066 0.025 0.013 0.099 0.000 0.046 g_Streptococcus_s_alactolyticus g_Streptococcus_Other 0.001 0.055 0.009 0.000 0.024 0.013 0.095 0.000 0.044 g_Corynebacterium_s_kroppenstedtii g_Butyricimonas_s_ 0.024 0.001 0.008 0.000 0.003 0.013 0.081 0.011 0.043 g_Klebsiella_s_

g_02d06_s_ 0.005 0.028 0.015 0.016 0.020 0.013 0.088 0.004 0.043 f_Streptococcaceae_Other_Other g_Eggerthella_s_lenta 0.005 0.021 0.016 0.010 0.016 0.011 0.021 0.062 0.043 f_Erysipelotrichaceae_Other_Other g_Anaerofilum_s_ 0.021 0.001 0.000 0.004 0.001 0.011 0.035 0.049 0.042 g_Brevibacterium_s_

g_Dehalobacterium_s_ 0.017 0.000 0.000 0.017 0.004 0.010 0.083 0.007 0.042 g_Clostridium_s_citroniae f_Streptococcaceae_Other_Other 0.003 0.025 0.017 0.000 0.016 0.010 0.090 0.000 0.042 o_Lactobacillales_f_g_s_

g_Actinomyces_s_ 0.002 0.015 0.024 0.006 0.017 0.010 0.085 0.000 0.040 g_Streptococcus_s_infantis g_Blautia_s_obeum 0.013 0.001 0.011 0.001 0.005 0.009 0.064 0.018 0.039 g_Acinetobacter_s_lwoffii g_Ruminococcus_s_callidus 0.013 0.003 0.000 0.015 0.005 0.009 0.004 0.068 0.038 g_Lactobacillus_s_iners g_Lachnospira_Other 0.011 0.001 0.011 0.000 0.005 0.008 0.024 0.049 0.037 g_Anaerococcus_s_

c_Clostridia_Other_Other_Other_Other 0.014 0.004 0.000 0.003 0.002 0.008 0.002 0.068 0.037 g_Brachybacterium_s_conglomeratum o_Burkholderiales_Other_Other_Other 0.001 0.000 0.034 0.000 0.014 0.008 0.079 0.000 0.037 g_Morganella_Other

c_Betaproteobacteria_Other_Other_Other_Other 0.001 0.000 0.033 0.001 0.014 0.008 0.021 0.048 0.036 f_Anaeroplasmataceae_g_s_

o_Bacteroidales_f_g_s_ 0.001 0.008 0.000 0.044 0.013 0.007 0.075 0.000 0.035 g_Afipia_s_

g_Bilophila_s_ 0.005 0.001 0.022 0.000 0.009 0.007 0.000 0.065 0.035 g_Clostridium_s_

f_Porphyromonadaceae_Other_Other 0.015 0.000 0.000 0.000 0.000 0.007 0.012 0.051 0.033 g_Lactobacillus_s_

f_Veillonellaceae_g_s_ 0.000 0.000 0.033 0.000 0.014 0.007 0.043 0.023 0.032 g_Acinetobacter_s_

g_Dysgonomonas_s_ 0.000 0.000 0.032 0.000 0.013 0.007 0.052 0.014 0.032 g_Rothia_s_mucilaginosa g_Christensenella_s_ 0.014 0.001 0.000 0.000 0.000 0.007 0.001 0.057 0.031 f_Erythrobacteraceae_g_s_

f_Clostridiaceae_Other_Other 0.000 0.009 0.020 0.004 0.013 0.007 0.000 0.056 0.030 g_Kocuria_s_palustris f_Peptococcaceae_g_s_ 0.005 0.001 0.000 0.026 0.006 0.006 0.031 0.026 0.029 g_Alistipes_s_massiliensis g_Blautia_Other 0.009 0.002 0.004 0.000 0.002 0.006 0.041 0.017 0.028 g_Porphyromonas_s_

f_Barnesiellaceae_Other_Other 0.009 0.001 0.000 0.010 0.003 0.006 0.034 0.022 0.028 g_Pseudomonas_s_viridiflava g_Clostridium_s_difficile 0.000 0.028 0.000 0.000 0.010 0.005 0.001 0.051 0.028 f_Neisseriaceae_g_s_

g_Clostridium_s_perfringens 0.005 0.000 0.011 0.004 0.006 0.005 0.056 0.003 0.028 g_Bulleidia_s_moorei g_Lactobacillus_s_salivarius 0.000 0.027 0.000 0.000 0.010 0.005 0.023 0.032 0.027 g_Trabulsiella_s_

f_Enterobacteriaceae_g_s_ 0.000 0.005 0.000 0.034 0.010 0.005 0.052 0.003 0.026 g_Stenotrophomonas_Other g_Veillonella_s_ 0.000 0.000 0.023 0.000 0.009 0.005 0.041 0.013 0.026 f_Xanthomonadaceae_Other_Other p_Bacteroidetes_Other_Other_Other_Other_Other 0.005 0.000 0.008 0.005 0.005 0.005 0.009 0.040 0.026 g_Blautia_s_obeum

g_Faecalibacterium_s_ 0.009 0.000 0.000 0.004 0.001 0.005 0.037 0.015 0.026 g_Trabulsiella_s_farmeri

g_Lactobacillus_s_mucosae 0.000 0.000 0.021 0.000 0.009 0.005 0.055 0.000 0.025 o_Burkholderiales_Other_Other_Other g_Catenibacterium_s_ 0.001 0.000 0.019 0.000 0.008 0.005 0.000 0.047 0.025 g_Brevibacterium_s_aureum

g_Turicibacter_s_ 0.002 0.001 0.013 0.005 0.007 0.004 0.000 0.046 0.025 f_Succinivibrionaceae_g_s_

f_Lactobacillaceae_g_s_ 0.000 0.000 0.021 0.000 0.008 0.004 0.027 0.021 0.024 g_Comamonas_s_