색소성 망막염에 대한 시퀀싱 기반 차세대 유전자 패널 검사에서 염기 돌연변이 해석에 관한 연구. 이러한 문제를 해결하기 위해 Clinical Genome Resource(ClinGen)의 Variant Curation Expert Panels(VCEP)은 각 질병 그룹에 대한 뉴클레오티드 돌연변이 해석을 위한 맞춤형 지침을 개발하고 있습니다. 이러한 염기 돌연변이는 2015 ACMG/AMP 지침에 따라 분류되었습니다.
색소성망막염의 유병률, 질병 침투도, 원인 유전자 및 주요 돌연변이 등 결론: 본 연구에서는 RP에 적응된 돌연변이 해석 가이드라인을 개발하였으며, 2015년 ACMG/AMP 가이드라인과 높은 일치도를 보였다.
연구대상
서울아산병원 RP NGS panel 구성과 분석 방법
참고한 데이터베이스
망막색소변성증 맞춤 염기변이 해석 지침 형성
망막색소변성증 맞춤 염기변이 해석 지침의 효용성 분석
망막색소변성증 맞춤 염기변이 해석 지침 개발
요약
근거항목 변화 시 명명법
인구집단
SVI 대립유전자 빈도가 5%를 초과하지만 VUS, LP 및 P와 같은 알려진 기본 변형을 조사하고 BA1 적용에서 제외된 기본 변형 목록을 제시했습니다. 본 연구실에서는 ACMG/AMP 2015 가이드라인에 따라 분석을 수행할 때 ExAC와 Iron Report에서 제공하는 5000개의 엑솜(Exome)의 대립 유전자 빈도 중 전 대륙의 데이터를 사용했습니다. 베이지안 프레임워크에 표준 가이드라인을 적용하는 등 수학적 모델을 적용해 궁극적으로 염기 돌연변이 분석의 자동화를 실현하려는 노력이 진행 중이다.
또한, RP에 의해 유발된 유전자와 염기 돌연변이는 인종과 지역에 따라 달랐다. 일부 문헌에서는 RP 유발 유전자의 기여와 염기 돌연변이의 기여가 추론될 수 있습니다. PRPF31 등 일부 유전자에서는 침투도가 20% 정도 감소하는 것으로 알려져 있으나, 대부분의 원인 유전자는 100%에 가까운 높은 침투도를 보이는 것으로 알려져 있다.19) 우성 유전자와 열성 유전자를 모두 따르는 유전자는 임상적으로 정확하다. 색소성망막염은 패턴이 다르기 때문에 침투 정도를 알 수 없습니다.
질병이 있는 환자군에서는 정상 대조군과 비교하여 교차비(odd ratio)를 계산하고, 기본 변이체의 대립유전자 빈도가 증가할 때 PS4를 배정한다. 이러한 이유로 뉴클레오티드 돌연변이의 코호트 분석에는 사용된 적이 없습니다. PVS1은 기능 상실(LOF)이 질병 기전인 유전자에서 널염기 돌연변이(넌센스, 프레임시프트, 표준 스플라이스 부위 ±1 또는 2, 개시 코돈, 하나 이상의 엑손 결실)가 발생할 때 사용할 수 있습니다. 그것은.
HL 확장 명령어에서는 Ensemble 관련 툴 2개를 지정하여 사용하였습니다. MaxEntScan22)을 사용하여 스플라이싱이 미스센스 돌연변이, 침묵 돌연변이 및 공통 스플라이스 서열의 돌연변이에 의해 영향을 받는지 여부를 확인했습니다.
대립유전자 정보 (PM3, BP2)
Segregation (PP1, BS4)
De novo (PS2, PM6)
표현형 (PP4, BP5)
제외 항목 (과오변이- PP2, BP1 & 권위 있는 데이터베이스- PP5, BP6)
판정요건을 충족하는 사건이 없어 관련 증거는 제외됐다. BP1은 기능 상실이 질병의 유일한 원인이고 RP 맞춤 가이드라인에서 제외된 유전자에서 돌연변이가 관찰되는 경우 사용할 수 있습니다.
근거항목 조합
2015 ACMG/AMP와 RP 맞춤 염기변이 해석 가이드라인의 비교 분석- 25
임상적으로 유의미한 차이를 보인 뉴클레오티드 변이체 중 6개는 LP에서 VUS로, 14개는 VUS에서 LP로 재할당되었습니다. 반면, VUS에서 LP로 재할당된 뉴클레오티드 변이체는 PP5를 사용하지 않고도 적절한 문헌 검토 및 누적 실험실 사례 데이터를 사용하여 정지 질환 또는 De novo 증거(PS2&PM6) 환자에서 이전에 알려진 병원성 돌연변이가 있는 트랜스로 확인되었습니다. 관찰된 변이체(PM3)나 분리(PP1)의 사례수를 사용한 경우는 7례였다. 두 형제자매 쌍과 아버지-딸 쌍에서 동일하게 관찰된 염기 돌연변이 외에도 혈연관계 없이 동일한 염기 돌연변이가 3번 관찰되었으며, 관찰된 환자 사례가 축적되어 증거의 강도가 강화되었습니다.
VUS 수
기초변화 분석기준에 따른 기초변화 분류의 차이. 권위 있는 염기돌연변이 데이터베이스에서 제공하는 염기돌연변이 분류의 근거가 되는 PP5와 BP6는 제외하였다. 다른 유전자/질병군별 지침과 마찬가지로 MAF 기준은 수정된 RP 지침에서도 확립되었습니다.
기존에는 모집단에서 관찰된 대립유전자 빈도가 각 염기 변이 분석에 대해 충분히 작은지, 큰지 여부를 고려한 후 대립유전자 빈도 기준 항목을 적용할지 여부를 결정해야 했습니다. BA1에서 PM2까지 MAF 기준을 지정함으로써 하나의 대립 유전자 빈도 기본 항목이 모든 기본 돌연변이에 할당되었습니다. 예를 들어, 하나의 염기 돌연변이에 대해 여러 가지 병원성 원인이 확인되더라도 대립유전자 빈도가 BS1_P와 일치하면 기본적으로 VUS로 분류됩니다.
따라서 염기 돌연변이가 VUS로 분류되면 양성 돌연변이나 병원성 돌연변이로 재분류하려는 노력이 필요하다. VUS로 분류된 염기 돌연변이의 대부분은 PM2 또는 PM2_P에 해당하며 정상인에서는 매우 낮은 빈도로 나타납니다. 한국 대립유전자 빈도를 적용했을 때 필터링된 3개의 돌연변이와 그 환자들을 살펴본 결과 양성으로 판단하기 어려웠다.
염기 변이 분석을 위해 한국형 대립유전자 빈도를 활용하는 것은 유용하지만 해석 알고리즘 자체(필터 기준)에 포함시키는 것은 부적절하다고 판단된다. 유전질환에서는 보다 객관적이고 정확한 염기돌연변이 분석을 위해서는 질병별 염기돌연변이 해석지침이 유용합니다. 본 연구에서 개발된 맞춤형 RP 뉴클레오티드 돌연변이 해석 가이드라인은 기존 가이드라인과 높은 일치도를 보였다.
BA1 배제 필터
