Proses docking/penambatan dilakukan sebanyak 50 kali untuk tiap-tiap ligan peptida, sehingga nantinya akan ada 50 bentuk konformasi berbeda ketika ligan peptida berikatan dengan enzim. Kenyataannya, tidak selalu terbentuk 50 konformasi ligan peptida yang berbeda-beda dan ada kalanya terdapat bentuk konformasi yang sama. Program AutoDock nantinya akan mengelompokkan konformasi-konformasi yang sama dalam sutu kelompok yang disebut sebagai cluster.
Tabel 3. Tabel data energi terendah, jumlah populasi dalam cluster dengan populasi terbanyak dan cluster rank dari masing-masing ligan uji
Peptida ΔGbinding terendah dalam
cluster dengan populasi terbanyak
(kkal/mol)
Jumlah populasi dalam satu cluster*
Cluster Rank CEEEC - 9,03 5 3 CEEDC - 8,77 4 1 CEDEC -8,96 4 1 CDEEC -10,04 5 1 CDDEC -7,45 5 7 CDEDC -8,93 5 1 CEDDC -7,77 6 10 CDDDC -8,35 16 1
*) dengan jumlah populasi terbanyak dalam satu cluster
Pemilihan konformasi ligan peptida didasarkan banyaknya populasi dalam suatu cluster, jika dalam suatu cluster memiliki populasi (konformasi ligan yang sama) dengan jumlah yang paling banyak, maka bisa diartikan konformasi dalam cluster tersebut merupakan konformasi yang lebih ‘disenangi’ oleh ligan ketika berikatan dengan binding site. Hal tersebut dikarenakan dalam beberapa kali proses docking, konformasi itulah yang
berulangkali terjadi ketika berikatan dengan binding site, atau penyebaran bentuk konformasi ligan tertuju pada konformasi tersebut.
Cluster dengan jumlah populasi terbanyak seharusnya berada pada
cluster rank pertama. Cluster rank menunjukkan cluster/kelompok konformasi ligan yang memiliki nilai ΔGbinding terendah selama beberapa kali proses
docking. Nilai ΔGbinding yang rendah mengindikasikan bahwa ligan peptida berada pada konformasi yang paling stabil ketika berikatan dengan enzim (peluang terjadinya sekitar 80 – 90 %). Sehingga, jika cluster dengan jumlah populasi terbanyak berada pada cluster rank pertama, dapat diartikan bahwa konformasi ligan ketika berikatan dengan enzim merupakan konformasi yang paling stabil, dan hal ini diperkuat dengan beberapa kali proses docking, konformasi tersebut selalu dituju oleh ligan tersebut.
Berdasarkan data di atas, lebih dari sebagian ligan memenuhi hipotesis tentang konformasi terstabil ligan ketika berikatan dengan enzim (memiliki cluster dengan populasi terbanyak pada cluster rank pertama). Ada beberapa ligan yang tidak memenuhi hipotesis tersebut, sehingga konformasi dari ligan-ligan tersebut meragukan apakah benar-benar konformasi tersebut merupakan konformasi terstabil dari ligan tersebut ketika berikatan dengan
binding site. Dari data di atas, ligan-ligan yang memenuhi kriteria antara lain CEEDC,CEDEC, CDEEC, CDEDC, dan CDDDC.
Setelah dilakukan pemilihan ligan-ligan mana saja yang akan dipilih berdasarkan konformasi terstabilnya, lalu dilakukan analisis nilai energi
berdasarkan hasil docking. Berikut merupakan data nilai energi hasil docking dari ligan-ligan yang dipilih:
Tabel 4. Tabel data hasil docking
Peptida Jumlah ikatan yang dapat berotasi ΔGbinding (kkal/mol) ΔGintermolecular (kkal/mol) ΔGintramolecular (kkal/mol) ΔGtorsional (kkal/mol) Ki (nM) CEEDC 10 -8,77 -9,2 -3,51 2,74 370,73 CEDEC 10 -8,96 -9,53 -2,63 2,74 269,07 CDEEC 10 -10,04 -10,61 -2,72 2,74 43,44 CDEDC 9 -8,93 -10,19 -1,8 2,47 283,43 CDDDC 8 -8,35 -9,31 -1,49 2,2 756,87
Berdasarkan data di atas dapat dilihat bahwa makin kecil jumlah ikatan yang dapat berotasi maka nilai ΔGtorsional juga makin berkurang. Pada ligan yang mempunyai jumlah ikatan yang dapat berotasi sama maka nilai ΔGtorsional juga sama besar. Dari data di atas jika jumlah ikatan yang dapat
berotasi berkurang sebanyak 1 ikatan, maka nilai ΔGtorsional akan berkurang
dengan nilai konstan yaitu ~ 0,27 kkal/mol seiring dengan pengurangan
gugus metilen. Hal tersebut dapat diketahui dikarenakan perbedaan jumlah ikatan yang dapat berotasi berasal dari perbedaan jumlah antara residu asam amino aspartat dan asam glutamat pada satu peptida, seperti telah diketahui bahwa perbedaan mendasar antara asam glutamat dan asam aspartat terletak pada rantai sampingnya, yaitu asam glutamat memiliki rantai C yang lebih panjang (beda satu gugus metilen).
Nilai ΔGintramolecular dipengaruhi oleh panjang ikatan, sudut ikatan, dan
sudut dihedral pada molekul ligan. Berdasarkan data di atas, terdapat
kecenderungan bahwa nilai ΔGintramolecular makin besar (mendekati positif) jika jumlah ikatan yang dapat berotasi makin kecil, walaupun tidak naik secara linier. Hal tersebut kemungkinan disebabkan berkurangnya perputaran ikatan pada ligan yang dapat menyebabkan peluang terjadinya perubahan jarak ikatan, sudut ikatan, atau sudut dihedral semakin berkurang, sehingga menyebabkan nilai ΔGintramolecular menjadi lebih besar (mendekati positif) walaupun tidak secara signifikan.
Nilai konstanta inhibisi dari kelima ligan masuk dalam kisaran nM, mengindikasikan terbentuknya komplek ligan-enzim yang stabil, dikarenakan nilai Ki diperoleh dari persamaan : [E][I] / [EI], pada rekasi kesetimbangan pembentukan komplek enzim.
E + I ↔ EI
Sehingga makin kecil nilai Ki, maka reaksi lebih cenderung menuju pembentukan komplek EI daripada penguraian komplek EI. Berdasarkan data
hasil docking juga diketahui bahwa makin rendah nilai ΔGbinding, makin kecil nilai Ki.
Selanjutnya dicari residu pada enzim yang mengalami kontak dengan ligan dengan menggunakan program Chimera, didapatkan hasil sebagai berikut:
Tabel 5. Residu kontak dengan ligan uji
Peptida Residu kontak
(residu dengan huruf tebal membentuk ikatan hidrogen dengan ligan)
CEEDC Tyr-606, Ser-710, Arg-729, Arg-737, Thr-794, Trp-795,
Ser-796, Ile-797
CEDEC Tyr-606, Cys-709, ser-710, His-711, Arg-729, Arg-737, Thr-794, Trp-795, Ser-796, Ile-797, His-798
CDEEC Leu-511, Ser-661, Asp-663, Asp-664, Cys-709, Ser-710,
His-711, Arg-729, Arg-737, Thr-794, Ser-796, Ile-797, His-798 CDEDC 710, His-711, Arg-729, Arg-737, Thr-794, Trp-795,
Ser-796, Ile-797, His-798
CDDDC Ser-661, Asp-663, Asp-664, Cys-709, Ser-710, His-711,
Arg-729, Arg-737, Ser-796, Ile-797, His-798
Berdasarkan hasil pencarian residu yang mengalami kontak dengan masing-masing ligan, diketahui bahwa kelima ligan mempunyai kontak
dengan 3 residu yang penting pada binding site, yaitu Ser-710, Arg-729, dan Arg-737. Hal ini menandakan bahwa hasil docking ligan peptida sesuai dengan yang diharapkan.
Diketahui berdasarkan hasil docking bahwa ligan CDEEC mempunyai nilai ΔGbinding terendah di antara ligan-ligan lainnya, selain itu pula diketahui mempunyai kontak dengan jumlah residu yang banyak yaitu dengan 13 residu, di antaranya dengan Asp-663 dan Asp-664 yang merupakan residu yang terdapat pada catalytic site, sehingga diharapkan dapat mengganggu proses katalisis.
Peptida CDEEC juga mempunyai interaksi ikatan hidrogen dengan lima residu seperti yang tersebut di atas, di antaranya berikatan hidrogen dengan dua residu yang dianggap penting, yaitu Arg-729 dan Arg-737.
Selain mempunyai interaksi ikatan hidrogen dengan residu-residu yang tersebut di atas, ligan peptida CDEEC diketahui juga memiliki interaksi
jembatan garam dengan residu Asp-663, dimana ujung terminal N (-NH3+)
membentuk jembatan garam dengan rantai samping gugus COO- dari residu
Asp-663. Interaksi jembatan garam dianggap penting bagi sumbangsihnya pada nilai ΔGintermolecular, dikarenakan nilai stabilisasi dari interaksi jembatan garam nilainya sama besarnya dengan ikatan hidrogen.
Gambar 7. Interaksi jembatan garam antara ligan peptida dengan residu Asp-663.
Berdasarkan hasil visualisasi hasil docking, diketahui bahwa ligan peptida CDEEC berikatan dengan enzim RdRp pada suatu lubang yang terdapat pada enzim RdRp. Lubang tersebut diketahui merupakan jalur
masuknya RNA virus ketika ingin melakukan proses inisiasi dan elongasi atau biasa disebut NTP tunnel.
Gambar 8. Letak ikatan ligan peptida CDEEC pada binding site
Berdasarkan hasil docking dapat disimpulkan bahwa ligan peptida
siklik dengan kombinasi CDEEC (Cys-Asp-Glu-Glu-Cys) dapat dijadikan suatu inhibitor yang potensial guna menghambat aktivitas enzim RdRp, dikarenakan beberapa hal, antara lain:
1. Memiliki nilai energi ikat yang rendah (paling rendah di antara ligan peptida uji lainnya) ketika berikatan dengan enzim RdRp, yaitu sekitar -10,04 kkal/mol.
2. Mempunyai nilai Ki pada kisaran nM (43,44 nM), mengindikasikan terbentuknya komplek ligan peptida-enzim yang stabil
3. Memiliki kontak dengan residu yang terbanyak dibandingkan dengan peptida uji lainnya, diantaranya kontak dengan Asp-663 dan Asp-664 yang terdapat pada catalytic site, serta dengan Ser-710, Arg-729, dan
Arg-737, yang ketiganya diketahui berpengaruh terhadap proses inisiasi RNA virus
4. Memiliki ikatan hidrogen beberapa residu, diantarnya dengan residu penting yaitu Arg-729 dan Arg-737, serta membentuk interaksi jembatan garam dengan Asp-663.
5.1. Kesimpulan
Berdasarkan hasil docking dapat disimpulkan bahwa ligan peptida
siklik CDEEC dapat dijadikan suatu inhibitor yang potensial guna
menghambat aktivitas enzim RdRp, dikarenakan beberapa hal, antara lain memiliki nilai ΔGbinding yang rendah (paling rendah di antara ligan peptida uji lainnya), yaitu sekitar -10,04 kkal/mol dan nilai Ki pada kisaran 43,44 nM, dan dari nilai-nilai tersebut mengindikasikan terbentuknya komplek ligan peptida-enzim yang stabil. Selain itu, ligan peptida siklik CDEEC memiliki kontak dengan residu yang terbanyak dibandingkan dengan peptida uji lainnya, diantaranya kontak dengan Asp-663 dan Asp-664 yang terdapat pada
catalytic site, serta dengan Ser-710, Arg-729, dan Arg-737, yang ketiganya diketahui berpengaruh terhadap proses inisiasi RNA virus. Ligan peptida siklik CDEEC sendiri mempunyai ikatan hidrogen dengan beberapa residu penting seperti Arg-729 dan Arg-737, serta membentuk interaksi jembatan garam dengan residu Asp-663. Lain dari itu, berdasarkan visualisasi hasil
docking, diketahui bahwa letak terikatnya ligan peptida siklik CDEEC pada enzim RdRp berada dalam NTP tunnel.
41
5.2. Saran
Diperlukan studi lanjutan dengan menggunakan metode simulasi dinamika molekular, dengan menyertakan keberadaan pelarut yang berfungsi untuk mengetahui apakah ikatan-ikatan antara enzim dengan ligan masih bertahan, jika ditambahkan adanya efek pelarut.
Alberts, B., A Jonson, J.Lewis, M. Raff, K.Roberts, P.Walter.2002. Molecular
Biology of the Cell.ed. ke-4,Garlang Science, New York.
Baxevanis, A.D, B.F.F. Oullete.2001. Bioinformatics, A Practical Guide to the
Analysis Genes and Protein. ed. ke-2, John Wiley & Sons, Inc, USA
Burke, D.S, T.P Monath. 2001. Fields Virology .ed ke-4, Lipincott Williams &Wilkins, Philadelphia
Christopher Smith .1998. Molecular Modelling - Seeing the Whole Picture with Modeling Software Packages.Scientist 12[17]:0, Aug. 31, 1998
Ferrer-Orta, C., A. Arias, C. Escarmis, N. Verdaguer. 2006. A Comparison of Viral RNA-dependent RNA polymerases, Current Opinion of
Structural Biology. 16:27-34.
Futami J, Tada H, Seno M, Ishikami S, Yamada H. 2000. Stabilization of Human RNase 1 by Introduction of a Disulfide Bond Between Residues 4 and 118. Journal of Biochemistry .128 (2): 245–50
Geldenhuys, W,J., et al. 2006. Optimizing the Use of Open-Source Software Applications in Drug Discovery. Drug Discovery Today (3/4): 127-132 Henchal, Erik A., J. Robert Putnak. 1990. The Dengue Virus. Clinical
Microbiology Reviews. Vol.3 No.4. p.376-396..
Hendra.2006. Karya Sarjana Utama Kimia: Analisis Rancangan vaksin Tetravalen Dengue Virus secara In Silico Menggunakan Protein E
43
DENV-3 Sebagai Backbone Melalui Homology Modelling. Departemen Kimia FMIPA –UI
Hidayah, Zulfa.2005. Karya sarjana Uatama Kimia : Studi Awal Bioinformatika dalam Perancangan Vaksin Dengue Tetravalen. Departemen Kimia FMIPA-UI
Hiswani. 2003. Pencegahan dan Pemberantasan Demam Berdarah Dengue. USU Digital Library
Huther, Alexandra & Ursula Dietrich. 2007. The Emergence of Peptides as Therapeutics Drug for Inhibition of HIV-1. AIDS Review. 9:208-17 Jorgensen WL .1991. Rusting of the Lock and Key Model for Protein-Ligand
Binding. Science 254 (5034): 954–5
Kitchen DB, Decornez H, Furr JR, Bajorath J. 2004. Docking and Scoring in Virtual Screening for Drug Discovery: Methods and Applications.
Nature Reviews :Drug discovery 3 (11): 935–49
Larson, Richard.S.2006. Bioinformatics and Drug Discovery.Humana Press, New Jersey
Lengauer T, Rarey M .1996. Computational Methods for Biomolecular Docking. Current Opinion of Structural Biology. 6 (3): 402–6
Naz, Afshan, Khalida Bano, Farhat Bano, Najaf Abbas, Naheed Akhtar.2009. Conformational Analysis (Geometry Optimization) of Nucleosidic Anti-Tumor Antibiotic Showdomycin by Arguslab 4 Software. Pakistan
Journal of Pharmaceutical Sciences., Vol.22, pp.78-82
Patrick, Graham.L.2001. Introduction to Medicinal Chemistry. Oxford University Press
Qi,Rui-Feng, Ling Zhang, Cheng Wu Chi. 2007. Biological Characteristics of Dengue Virus and Potential Targets for Drug Design. Acta
Biochimica et Biophysica Sinica.2008; 40: 91-101
Raekiansyah,Muhareva, T.Mirawati Sudiro. 2004. Genetic Variation Among Dengue Virus that Correlate with Pathogenesis. Medical Journal of
Indonesia;13:190-4
Rao, Gitta Subba, Manoj .V Ramachandran, J.S. Bajaj.2006.In Silico Structure-Based Design of Potent and Selective Small Peptide
Inhibitor of Protein Tyrosine Phosphatase 1B. Journal of Biomolecular
Structure and Dynamic:23(4)
Selisko, Barbara, Jean-Claude Guillemot, Karine Alvarez, Bruno Canard. 2006. Opportunities in Development of Anti-Dengue Drug. Working
Paper for the Scientific Working Group on Dengue Research,
convened by the Special Programme for Research and
Training in Tropical Diseases
Steitz, T.A & Steitz, J.A.1993. A General Two Metal Ion Mechanism for Catalytic RNA. Proceeding of National Academy of Science ; 90,6498-6052
Taufik,Rizky Ichsan. 2006. Karya Sarjana Utama Kimia: Analisis Rancangan Vaksin Tetravalen Dengue Virus secara In Silico Menggunakan
Protein E DENV-2 Sebagai Backbone Melalui Homology Modelling. Departemen Kimia FMIPA –UI
Van Dijk, Alberdina, Eugene .V Makeyev, Dennis H Bamford.2004. Initiation of Viral RNA-dependent RNA Polymerase Polimerization. Journal of
General Virology; 85:1077-1093
Yap,Thai Leong, Ting Xu, Yen-Liang Chen, Helene Malet, Marie-Pierre Egloff, Bruna Cannard, Subash G Vasudevan, Julian Lescar. 2007. Crystal Structure of Dengue Virus RNA-dependent RNA Polymerase
Catalytic Domain at 1.85 A Resolition.Journal of Virology; 81(9):4753-4765 http://athena.bioc.uvic.ca/. http://carnot.utmb.edu http://encyclopedia.freedictionary.com www.cdc.gov www.ch.ic.ac.uk www.dsimb.inserm.fr www.themedicalbiochemistrypage.or
Pencarian Data Enzim RdRp Virus dengue Protein Data Bank (PDB)
Preparasi Ligan Peptida Preparasi enzim RdRp
Docking antara ligan peptida dengan enzim RdRp
Analisis hasil docking
RMSD = 0,365
EEE CLUSTERING HISTOGRAM ____________________ _______________________________________________________________________ _________ | | | | | Clus | Lowest | Run | Mean | Num | Histogram -ter | Binding | | Binding | in | Rank | Energy | | Energy | Clus| 5 10 15 20 25
30 35 _____|___________|_____|___________|_____|____:____|____:____|____:____ |____:___ 1 | -9.52 | 33 | -9.50 | 2 |## 2 | -9.14 | 10 | -9.14 | 1 |# 3 | -9.03 | 6 | -8.68 | 5 |##### 4 | -8.57 | 21 | -8.35 | 2 |## 5 | -8.55 | 39 | -8.37 | 2 |## 6 | -8.46 | 46 | -8.46 | 1 |# 7 | -8.38 | 40 | -8.38 | 1 |# 8 | -8.10 | 35 | -8.10 | 1 |# 9 | -8.04 | 7 | -7.32 | 2 |## 10 | -8.04 | 31 | -7.96 | 2 |## 11 | -7.89 | 11 | -7.89 | 1 |# 12 | -7.88 | 8 | -7.88 | 1 |# 13 | -7.74 | 36 | -7.74 | 1 |# 14 | -7.73 | 14 | -7.65 | 2 |## 15 | -7.71 | 45 | -7.71 | 1 |# 16 | -7.71 | 12 | -7.71 | 1 |# 17 | -7.65 | 44 | -7.65 | 1 |# 18 | -7.60 | 50 | -7.60 | 1 |# 19 | -7.58 | 24 | -7.58 | 1 |# 20 | -7.47 | 4 | -7.47 | 1 |# 21 | -7.43 | 47 | -7.43 | 1 |# 22 | -7.37 | 15 | -7.37 | 1 |# 23 | -7.11 | 16 | -7.11 | 1 |# 24 | -7.09 | 48 | -7.09 | 1 |# 25 | -6.95 | 41 | -6.95 | 1 |# 26 | -6.95 | 17 | -6.95 | 1 |# 27 | -6.91 | 20 | -6.91 | 1 |# 28 | -6.86 | 38 | -6.86 | 1 |# 29 | -6.85 | 34 | -6.85 | 1 |# 30 | -6.79 | 2 | -6.79 | 1 |# 31 | -6.74 | 13 | -6.74 | 1 |# 32 | -6.64 | 19 | -6.64 | 1 |# 33 | -6.63 | 42 | -6.63 | 1 |# 34 | -6.57 | 3 | -6.57 | 1 |# 35 | -6.46 | 28 | -6.46 | 1 |# 36 | -6.41 | 43 | -6.41 | 1 |# 37 | -6.37 | 1 | -6.37 | 1 |# 38 | -6.27 | 9 | -6.27 | 1 |#
40 | -6.08 | 18 | -6.08 | 1 |#
_____|___________|_____|___________|_____|_____________________________ _________
Number of multi-member conformational clusters found = 7, out of 50 runs.
Run = 6
Cluster Rank = 3
Number of conformations in this cluster = 5
RMSD from reference structure = 65.479 A
Estimated Free Energy of Binding = -9.03 kcal/mol [=(1)+(2)+(3)-(4)]
Estimated Inhibition Constant, Ki = 241.59 nM (nanomolar) [Temperature = 298.15 K]
USER (1) Final Intermolecular Energy = -9.33 kcal/mol USER vdW + Hbond + desolv Energy = -6.23 kcal/mol USER Electrostatic Energy = -3.10 kcal/mol USER (2) Final Total Internal Energy = -4.57 kcal/mol USER (3) Torsional Free Energy = +3.02 kcal/mol USER (4) Unbound System's Energy = -1.86 kcal/mol
DEE CLUSTERING HISTOGRAM ____________________ _______________________________________________________________________ _________ | | | | | Clus | Lowest | Run | Mean | Num | Histogram -ter | Binding | | Binding | in | Rank | Energy | | Energy | Clus| 5 10 15 20 25
30 35 _____|___________|_____|___________|_____|____:____|____:____|____:____ |____:___ 1 | -10.04 | 21 | -9.61 | 5 |##### 2 | -9.15 | 47 | -8.75 | 4 |#### 3 | -9.13 | 40 | -9.13 | 1 |# 4 | -8.95 | 24 | -8.95 | 1 |# 5 | -8.83 | 15 | -8.83 | 1 |# 6 | -8.57 | 45 | -8.57 | 1 |# 7 | -8.57 | 23 | -8.39 | 2 |## 8 | -8.42 | 8 | -8.42 | 1 |# 9 | -8.28 | 18 | -8.28 | 1 |# 10 | -8.26 | 41 | -8.02 | 4 |#### 11 | -8.00 | 1 | -8.00 | 1 |# 12 | -7.89 | 36 | -7.89 | 1 |# 13 | -7.78 | 9 | -7.78 | 1 |# 14 | -7.72 | 34 | -7.72 | 1 |#
16 | -7.64 | 49 | -7.64 | 1 |# 17 | -7.62 | 33 | -7.62 | 1 |# 18 | -7.60 | 35 | -7.60 | 1 |# 19 | -7.57 | 27 | -7.57 | 1 |# 20 | -7.56 | 11 | -7.56 | 1 |# 21 | -7.56 | 46 | -7.56 | 1 |# 22 | -7.54 | 19 | -7.54 | 1 |# 23 | -7.47 | 16 | -7.47 | 1 |# 24 | -7.46 | 50 | -7.46 | 1 |# 25 | -7.46 | 5 | -7.46 | 1 |# 26 | -7.46 | 44 | -7.46 | 1 |# 27 | -7.45 | 25 | -7.45 | 1 |# 28 | -7.27 | 14 | -7.27 | 1 |# 29 | -7.26 | 39 | -7.26 | 1 |# 30 | -7.04 | 3 | -7.04 | 1 |# 31 | -7.03 | 37 | -7.03 | 1 |# 32 | -6.77 | 31 | -6.77 | 1 |# 33 | -6.76 | 7 | -6.76 | 1 |# 34 | -6.74 | 2 | -6.74 | 1 |# 35 | -6.71 | 42 | -6.71 | 1 |# 36 | -6.68 | 6 | -6.68 | 1 |# 37 | -6.55 | 17 | -6.55 | 1 |# 38 | -6.48 | 43 | -6.48 | 1 |# 39 | -6.43 | 29 | -6.43 | 1 |# _____|___________|_____|___________|_____|_____________________________ _________
Number of multi-member conformational clusters found = 4, out of 50 runs.
Run = 21
USER Cluster Rank = 1
USER Number of conformations in this cluster = 5 USER
USER RMSD from reference structure = 63.792 A USER
USER Estimated Free Energy of Binding = -10.04 kcal/mol [=(1)+(2)+(3)-(4)]
USER Estimated Inhibition Constant, Ki = 43.44 nM (nanomolar) [Temperature = 298.15 K]
USER
USER (1) Final Intermolecular Energy = -10.61 kcal/mol USER vdW + Hbond + desolv Energy = -6.54 kcal/mol USER Electrostatic Energy = -4.07 kcal/mol USER (2) Final Total Internal Energy = -2.72 kcal/mol USER (3) Torsional Free Energy = +2.74 kcal/mol USER (4) Unbound System's Energy = -0.55 kcal/mol
EDE
CLUSTERING HISTOGRAM ____________________
_________
| | | | | Clus | Lowest | Run | Mean | Num | Histogram -ter | Binding | | Binding | in | Rank | Energy | | Energy | Clus| 5 10 15 20 25
30 35 _____|___________|_____|___________|_____|____:____|____:____|____:____ |____:___ 1 | -8.96 | 17 | -8.76 | 4 |#### 2 | -8.76 | 44 | -8.58 | 2 |## 3 | -8.61 | 35 | -8.44 | 3 |### 4 | -8.59 | 42 | -8.37 | 2 |## 5 | -8.57 | 3 | -8.57 | 1 |# 6 | -8.55 | 43 | -8.26 | 4 |#### 7 | -8.50 | 10 | -8.50 | 1 |# 8 | -8.45 | 49 | -8.07 | 3 |### 9 | -8.42 | 26 | -8.42 | 1 |# 10 | -8.19 | 12 | -8.19 | 1 |# 11 | -8.19 | 32 | -8.19 | 1 |# 12 | -8.17 | 6 | -8.17 | 1 |# 13 | -8.16 | 18 | -8.07 | 2 |## 14 | -8.14 | 8 | -8.14 | 1 |# 15 | -8.06 | 45 | -8.06 | 1 |# 16 | -8.04 | 16 | -8.04 | 1 |# 17 | -7.87 | 7 | -7.87 | 1 |# 18 | -7.82 | 20 | -7.53 | 2 |## 19 | -7.46 | 38 | -7.46 | 1 |# 20 | -7.41 | 23 | -7.41 | 1 |# 21 | -7.40 | 22 | -7.40 | 1 |# 22 | -7.28 | 36 | -7.28 | 1 |# 23 | -7.24 | 27 | -7.24 | 1 |# 24 | -7.09 | 15 | -7.09 | 1 |# 25 | -7.08 | 29 | -7.08 | 1 |# 26 | -7.03 | 2 | -7.03 | 1 |# 27 | -6.86 | 48 | -6.86 | 1 |# 28 | -6.82 | 21 | -6.82 | 1 |# 29 | -6.78 | 4 | -6.78 | 1 |# 30 | -6.77 | 47 | -6.77 | 1 |# 31 | -6.72 | 34 | -6.72 | 1 |# 32 | -6.66 | 50 | -6.66 | 1 |# 33 | -6.62 | 39 | -6.62 | 1 |# 34 | -6.61 | 40 | -6.61 | 1 |# 35 | -6.17 | 41 | -6.17 | 1 |# 36 | -5.96 | 33 | -5.96 | 1 |# _____|___________|_____|___________|_____|_____________________________ _________
Number of multi-member conformational clusters found = 8, out of 50 runs.
Run = 17
USER Cluster Rank = 1
USER Number of conformations in this cluster = 4 USER
USER RMSD from reference structure = 66.091 A
USER Estimated Free Energy of Binding = -8.96 kcal/mol [=(1)+(2)+(3)-(4)]
USER Estimated Inhibition Constant, Ki = 269.07 nM (nanomolar) [Temperature = 298.15 K]
USER
USER (1) Final Intermolecular Energy = -9.53 kcal/mol USER vdW + Hbond + desolv Energy = -5.99 kcal/mol USER Electrostatic Energy = -3.54 kcal/mol USER (2) Final Total Internal Energy = -2.63 kcal/mol USER (3) Torsional Free Energy = +2.74 kcal/mol USER (4) Unbound System's Energy = -0.46 kcal/mol
EED CLUSTERING HISTOGRAM ____________________ _______________________________________________________________________ _________ | | | | | Clus | Lowest | Run | Mean | Num | Histogram -ter | Binding | | Binding | in | Rank | Energy | | Energy | Clus| 5 10 15 20 25
30 35 _____|___________|_____|___________|_____|____:____|____:____|____:____ |____:___ 1 | -8.77 | 11 | -8.27 | 4 |#### 2 | -8.45 | 20 | -8.06 | 2 |## 3 | -8.42 | 13 | -8.23 | 2 |## 4 | -8.37 | 33 | -8.02 | 2 |## 5 | -8.30 | 44 | -8.22 | 2 |## 6 | -8.21 | 38 | -8.21 | 1 |# 7 | -7.95 | 27 | -7.95 | 1 |# 8 | -7.93 | 4 | -7.93 | 2 |## 9 | -7.92 | 49 | -7.92 | 1 |# 10 | -7.89 | 39 | -7.89 | 1 |# 11 | -7.87 | 28 | -7.87 | 1 |# 12 | -7.86 | 31 | -7.81 | 2 |## 13 | -7.86 | 12 | -7.86 | 1 |# 14 | -7.78 | 36 | -7.78 | 1 |# 15 | -7.75 | 32 | -7.75 | 1 |# 16 | -7.72 | 26 | -7.67 | 2 |## 17 | -7.71 | 43 | -7.71 | 1 |# 18 | -7.70 | 41 | -7.70 | 1 |# 19 | -7.55 | 17 | -7.55 | 1 |# 20 | -7.55 | 42 | -7.55 | 1 |# 21 | -7.52 | 29 | -7.13 | 2 |## 22 | -7.34 | 1 | -7.34 | 1 |# 23 | -7.34 | 16 | -7.34 | 1 |# 24 | -7.33 | 3 | -7.33 | 1 |# 25 | -7.21 | 40 | -7.21 | 1 |# 26 | -7.14 | 24 | -7.14 | 1 |# 27 | -7.07 | 47 | -7.07 | 1 |# 28 | -7.05 | 10 | -7.05 | 1 |#
30 | -7.01 | 22 | -7.01 | 1 |# 31 | -6.93 | 25 | -6.93 | 1 |# 32 | -6.92 | 19 | -6.92 | 1 |# 33 | -6.83 | 37 | -6.83 | 1 |# 34 | -6.81 | 45 | -6.81 | 1 |# 35 | -6.80 | 15 | -6.80 | 1 |# 36 | -6.75 | 23 | -6.75 | 1 |# 37 | -6.66 | 46 | -6.66 | 1 |# 38 | -6.61 | 6 | -6.61 | 1 |# 39 | -6.45 | 30 | -6.45 | 1 |# _____|___________|_____|___________|_____|_____________________________ _________
Number of multi-member conformational clusters found = 9, out of 50 runs.
USER Run = 11
USER Cluster Rank = 1
USER Number of conformations in this cluster = 4 USER
USER RMSD from reference structure = 67.341 A USER
USER Estimated Free Energy of Binding = -8.77 kcal/mol [=(1)+(2)+(3)-(4)]
USER Estimated Inhibition Constant, Ki = 370.73 nM (nanomolar) [Temperature = 298.15 K]
USER
USER (1) Final Intermolecular Energy = -9.20 kcal/mol USER vdW + Hbond + desolv Energy = -5.70 kcal/mol USER Electrostatic Energy = -3.51 kcal/mol USER (2) Final Total Internal Energy = -3.48 kcal/mol USER (3) Torsional Free Energy = +2.74 kcal/mol USER (4) Unbound System's Energy = -1.17 kcal/mol
DDE CLUSTERING HISTOGRAM ____________________ _______________________________________________________________________ _________ | | | | | Clus | Lowest | Run | Mean | Num | Histogram -ter | Binding | | Binding | in | Rank | Energy | | Energy | Clus| 5 10 15 20 25
30 35 _____|___________|_____|___________|_____|____:____|____:____|____:____ |____:___ 1 | -8.16 | 5 | -8.06 | 2 |## 2 | -8.08 | 7 | -8.04 | 4 |#### 3 | -7.82 | 14 | -7.82 | 1 |# 4 | -7.67 | 32 | -7.67 | 1 |# 5 | -7.57 | 11 | -7.57 | 1 |#
7 | -7.45 | 2 | -7.17 | 5 |##### 8 | -7.36 | 23 | -7.27 | 3 |### 9 | -7.34 | 1 | -7.34 | 1 |# 10 | -7.29 | 3 | -7.28 | 2 |## 11 | -7.28 | 15 | -7.20 | 2 |## 12 | -7.25 | 50 | -7.25 | 1 |# 13 | -7.23 | 19 | -7.22 | 2 |## 14 | -7.12 | 42 | -7.12 | 1 |# 15 | -7.04 | 10 | -7.04 | 1 |# 16 | -7.03 | 24 | -6.99 | 3 |### 17 | -7.03 | 17 | -7.03 | 1 |# 18 | -7.02 | 13 | -6.94 | 2 |## 19 | -6.98 | 35 | -6.94 | 2 |## 20 | -6.97 | 34 | -6.97 | 1 |# 21 | -6.97 | 45 | -6.97 | 1 |# 22 | -6.94 | 33 | -6.94 | 1 |# 23 | -6.88 | 43 | -6.88 | 1 |# 24 | -6.77 | 44 | -6.77 | 1 |# 25 | -6.71 | 31 | -6.71 | 1 |# 26 | -6.69 | 30 | -6.69 | 1 |# 27 | -6.66 | 8 | -6.66 | 1 |# 28 | -6.65 | 18 | -6.65 | 1 |# 29 | -6.65 | 6 | -6.65 | 1 |# 30 | -6.53 | 27 | -6.53 | 1 |# 31 | -6.51 | 47 | -6.51 | 1 |# 32 | -6.35 | 46 | -6.35 | 1 |# 33 | -5.99 | 38 | -5.99 | 1 |# _____|___________|_____|___________|_____|_____________________________ _________
Number of multi-member conformational clusters found = 10, out of 50 runs.
USER Run = 2
USER Cluster Rank = 7
USER Number of conformations in this cluster = 5 USER
USER RMSD from reference structure = 72.177 A USER
USER Estimated Free Energy of Binding = -7.45 kcal/mol [=(1)+(2)+(3)-(4)]
USER Estimated Inhibition Constant, Ki = 3.48 uM (micromolar) [Temperature = 298.15 K]
USER
USER (1) Final Intermolecular Energy = -7.55 kcal/mol USER vdW + Hbond + desolv Energy = -4.33 kcal/mol USER Electrostatic Energy = -3.22 kcal/mol USER (2) Final Total Internal Energy = -2.95 kcal/mol USER (3) Torsional Free Energy = +2.47 kcal/mol USER (4) Unbound System's Energy = -0.59 kcal/mol
DED
____________________
_______________________________________________________________________ _________
| | | | | Clus | Lowest | Run | Mean | Num | Histogram -ter | Binding | | Binding | in | Rank | Energy | | Energy | Clus| 5 10 15 20 25
30 35 _____|___________|_____|___________|_____|____:____|____:____|____:____ |____:___ 1 | -8.93 | 12 | -8.60 | 5 |##### 2 | -8.21 | 43 | -8.12 | 2 |## 3 | -8.15 | 35 | -7.86 | 3 |### 4 | -8.02 | 11 | -7.74 | 2 |## 5 | -7.94 | 30 | -7.94 | 1 |# 6 | -7.81 | 19 | -7.81 | 1 |# 7 | -7.71 | 31 | -7.46 | 3 |### 8 | -7.63 | 49 | -7.19 | 5 |##### 9 | -7.39 | 36 | -7.39 | 1 |# 10 | -7.39 | 20 | -7.39 | 1 |# 11 | -7.31 | 23 | -7.20 | 2 |## 12 | -7.31 | 39 | -7.31 | 1 |# 13 | -7.28 | 7 | -7.28 | 1 |# 14 | -7.23 | 32 | -7.23 | 1 |# 15 | -7.20 | 8 | -7.20 | 1 |# 16 | -7.18 | 27 | -7.18 | 1 |# 17 | -7.13 | 26 | -7.03 | 2 |## 18 | -7.04 | 40 | -7.04 | 1 |# 19 | -7.03 | 22 | -6.94 | 3 |### 20 | -7.02 | 42 | -7.02 | 1 |# 21 | -6.96 | 47 | -6.96 | 1 |# 22 | -6.75 | 2 | -6.75 | 1 |# 23 | -6.74 | 38 | -6.74 | 1 |# 24 | -6.69 | 50 | -6.69 | 1 |# 25 | -6.62 | 14 | -6.62 | 1 |# 26 | -6.58 | 48 | -6.58 | 1 |# 27 | -6.49 | 24 | -6.49 | 1 |# 28 | -6.43 | 33 | -6.43 | 1 |# 29 | -6.33 | 41 | -6.33 | 1 |# 30 | -6.21 | 4 | -6.21 | 1 |# 31 | -6.14 | 13 | -6.14 | 1 |# 32 | -5.87 | 29 | -5.87 | 1 |# _____|___________|_____|___________|_____|_____________________________ _________
Number of multi-member conformational clusters found = 9, out of 50 runs.
USER Run = 12
USER Cluster Rank = 1
USER Number of conformations in this cluster = 5 USER
USER RMSD from reference structure = 64.882 A USER
[=(1)+(2)+(3)-(4)]
USER Estimated Inhibition Constant, Ki = 283.43 nM (nanomolar) [Temperature = 298.15 K]
USER
USER (1) Final Intermolecular Energy = -10.19 kcal/mol USER vdW + Hbond + desolv Energy = -6.43 kcal/mol USER Electrostatic Energy = -3.76 kcal/mol USER (2) Final Total Internal Energy = -1.80 kcal/mol USER (3) Torsional Free Energy = +2.47 kcal/mol USER (4) Unbound System's Energy = -0.59 kcal/mol
EDD CLUSTERING HISTOGRAM ____________________ _______________________________________________________________________ _________ | | | | | Clus | Lowest | Run | Mean | Num | Histogram -ter | Binding | | Binding | in | Rank | Energy | | Energy | Clus| 5 10 15 20 25
30 35 _____|___________|_____|___________|_____|____:____|____:____|____:____ |____:___ 1 | -9.47 | 17 | -8.94 | 3 |### 2 | -8.34 | 15 | -8.08 | 2 |## 3 | -8.31 | 8 | -8.31 | 1 |# 4 | -8.27 | 3 | -8.27 | 1 |# 5 | -8.21 | 32 | -7.83 | 2 |## 6 | -8.09 | 43 | -8.09 | 1 |# 7 | -8.01 | 5 | -7.86 | 2 |## 8 | -7.93 | 20 | -7.93 | 1 |# 9 | -7.77 | 40 | -7.77 | 1 |# 10 | -7.77 | 13 | -7.43 | 6 |###### 11 | -7.76 | 41 | -7.76 | 1 |# 12 | -7.72 | 30 | -7.72 | 1 |# 13 | -7.71 | 4 | -7.71 | 1 |# 14 | -7.71 | 6 | -7.26 | 2 |## 15 | -7.67 | 16 | -7.67 | 1 |# 16 | -7.63 | 9 | -7.54 | 2 |## 17 | -7.56 | 34 | -7.54 | 2 |## 18 | -7.55 | 19 | -7.35 | 2 |## 19 | -7.50 | 37 | -7.24 | 2 |## 20 | -7.49 | 50 | -7.49 | 1 |# 21 | -7.32 | 26 | -7.32 | 1 |# 22 | -7.30 | 39 | -7.30 | 1 |# 23 | -7.13 | 49 | -7.13 | 1 |# 24 | -7.06 | 24 | -7.06 | 1 |# 25 | -7.02 | 27 | -7.02 | 1 |# 26 | -7.01 | 23 | -7.01 | 1 |# 27 | -6.78 | 25 | -6.78 | 1 |# 28 | -6.78 | 31 | -6.78 | 1 |# 29 | -6.68 | 1 | -6.68 | 1 |#
31 | -6.49 | 12 | -6.49 | 1 |# 32 | -6.41 | 48 | -6.41 | 1 |# 33 | -6.28 | 38 | -6.28 | 1 |# 34 | -6.27 | 10 | -6.27 | 1 |# 35 | -6.12 | 35 | -6.12 | 1 |# _____|___________|_____|___________|_____|_____________________________ _________
Number of multi-member conformational clusters found = 10, out of 50 runs.
USER Run = 13
USER Cluster Rank = 10
USER Number of conformations in this cluster = 6 USER
USER RMSD from reference structure = 67.804 A USER
USER Estimated Free Energy of Binding = -7.77 kcal/mol [=(1)+(2)+(3)-(4)]
USER Estimated Inhibition Constant, Ki = 2.03 uM (micromolar) [Temperature = 298.15 K]
USER
USER (1) Final Intermolecular Energy = -8.99 kcal/mol USER vdW + Hbond + desolv Energy = -4.37 kcal/mol USER Electrostatic Energy = -4.61 kcal/mol USER (2) Final Total Internal Energy = -1.54 kcal/mol USER (3) Torsional Free Energy = +2.47 kcal/mol USER (4) Unbound System's Energy = -0.29 kcal/mol
DDD CLUSTERING HISTOGRAM ____________________ _______________________________________________________________________ _________ | | | | | Clus | Lowest | Run | Mean | Num | Histogram -ter | Binding | | Binding | in | Rank | Energy | | Energy | Clus| 5 10 15 20 25
30 35 _____|___________|_____|___________|_____|____:____|____:____|____:____ |____:___ 1 | -8.35 | 21 | -7.87 | 16 |################ 2 | -7.65 | 38 | -7.25 | 3 |### 3 | -7.59 | 49 | -7.52 | 2 |## 4 | -7.35 | 20 | -7.30 | 2 |## 5 | -7.34 | 44 | -7.34 | 1 |# 6 | -7.34 | 36 | -7.34 | 1 |# 7 | -7.21 | 29 | -7.21 | 1 |# 8 | -7.16 | 17 | -7.16 | 1 |# 9 | -7.14 | 6 | -7.14 | 1 |# 10 | -7.13 | 35 | -7.07 | 3 |### 11 | -7.07 | 46 | -7.07 | 1 |# 12 | -7.03 | 7 | -7.03 | 1 |#
14 | -6.98 | 47 | -6.98 | 1 |# 15 | -6.98 | 50 | -6.98 | 1 |# 16 | -6.92 | 26 | -6.92 | 1 |# 17 | -6.91 | 10 | -6.91 | 1 |# 18 | -6.90 | 16 | -6.90 | 1 |# 19 | -6.82 | 8 | -6.82 | 1 |# 20 | -6.82 | 28 | -6.82 | 1 |# 21 | -6.81 | 12 | -6.81 | 1 |# 22 | -6.75 | 22 | -6.75 | 1 |# 23 | -6.74 | 24 | -6.74 | 1 |# 24 | -6.73 | 9 | -6.73 | 1 |# 25 | -6.50 | 3 | -6.50 | 1 |# 26 | -6.40 | 31 | -6.40 | 1 |# 27 | -6.33 | 5 | -6.33 | 1 |# 28 | -6.22 | 48 | -6.22 | 1 |# 29 | -6.18 | 40 | -6.18 | 1 |# _____|___________|_____|___________|_____|_____________________________ _________
Number of multi-member conformational clusters found = 5, out of 50 runs.
USER Run = 21
USER Cluster Rank = 1
USER Number of conformations in this cluster = 16 USER
USER RMSD from reference structure = 64.661 A USER
USER Estimated Free Energy of Binding = -8.35 kcal/mol [=(1)+(2)+(3)-(4)]
USER Estimated Inhibition Constant, Ki = 756.87 nM (nanomolar) [Temperature = 298.15 K]
USER
USER (1) Final Intermolecular Energy = -9.31 kcal/mol USER vdW + Hbond + desolv Energy = -4.44 kcal/mol USER Electrostatic Energy = -4.87 kcal/mol USER (2) Final Total Internal Energy = -1.49 kcal/mol USER (3) Torsional Free Energy = +2.20 kcal/mol USER (4) Unbound System's Energy = -0.25 kcal/mol
DEE
atom1 atom2 overlap distance UNK 1 O ILE 797.A HN 0.723 1.757 UNK 1 H1 ASP 663.A OD1 0.640 1.840 UNK 1 C SER 796.A CB 0.612 3.148 UNK 1 O ARG 729.A 1HH2 0.586 1.894 UNK 1 C SER 710.A HG 0.544 2.336 UNK 1 C ASP 664.A CB 0.543 3.217 UNK 1 O ARG 737.A 2HH2 0.442 2.038 UNK 1 O SER 796.A HG 0.405 2.075 UNK 1 N SER 710.A HG 0.378 2.247 UNK 1 O ILE 797.A CG1 0.354 3.006 UNK 1 C ILE 797.A CG1 0.347 3.233 UNK 1 O ILE 797.A N 0.341 2.764 UNK 1 O ARG 729.A NH2 0.315 2.790 UNK 1 N ASP 663.A OD1 0.298 2.807 UNK 1 C SER 796.A CB 0.287 3.473 UNK 1 C HIS 798.A CD2 0.227 3.413 UNK 1 H SER 710.A HG 0.218 1.782 UNK 1 C SER 710.A HG 0.206 2.494 UNK 1 S SER 661.A O 0.202 3.060 UNK 1 C SER 710.A OG 0.166 3.214 UNK 1 O ILE 797.A CG1 0.162 3.198 UNK 1 H1 ASP 663.A CG 0.156 2.544 UNK 1 H SER 710.A CB 0.155 2.725 UNK 1 C ASP 663.A OD1 0.151 3.209 UNK 1 N SER 710.A OG 0.125 3.000 UNK 1 O SER 796.A CA 0.119 3.241 UNK 1 C SER 796.A OG 0.116 3.084 UNK 1 O ARG 737.A NH2 0.099 3.006 UNK 1 C SER 796.A CB 0.095 3.485 UNK 1 N SER 710.A CB 0.029 3.476 UNK 1 C ASP 664.A OD1 0.018 3.342 UNK 1 C SER 796.A HG 0.017 2.683 UNK 1 S ASP 664.A CB 0.015 3.647 UNK 1 N SER 710.A HG 0.009 2.616 UNK 1 S ASP 663.A OD1 0.009 3.253 UNK 1 C SER 796.A CB 0.009 3.751 UNK 1 C SER 796.A CB 0.008 3.572 UNK 1 C HIS 711.A CE1 0.004 3.456 UNK 1 C HIS 711.A CE1 0.003 3.637 UNK 1 H SER 710.A OG -0.004 2.504 UNK 1 C ILE 797.A HN -0.006 2.706 UNK 1 O SER 796.A OG -0.018 2.998 UNK 1 O LEU 511.A CD2 -0.024 3.384 UNK 1 O HIS 798.A CD2 -0.025 3.265 UNK 1 C HIS 798.A NE2 -0.037 3.557 UNK 1 C ASP 664.A CG -0.046 3.626 UNK 1 O SER 796.A OG -0.055 3.035 UNK 1 S SER 661.A OG.A -0.075 3.357 UNK 1 N SER 710.A OG -0.077 3.202 UNK 1 C SER 710.A OG -0.084 3.284 UNK 1 C THR 794.A OG1 -0.085 3.465 UNK 1 S HIS 798.A NE2 -0.089 3.511 UNK 1 C SER 796.A HG -0.090 2.970 UNK 1 C SER 796.A OG -0.098 3.478 UNK 1 O ILE 797.A CD1 -0.134 3.494