Tentu saja, dinamika konflik dan beragam pemikiran Salafi yang terjadi di Timur Tengah, khususnya di Arab Saudi seperti yang sudah diuraikan di atas, telah membawa pengaruh dan bergema secara cepat pada pembentukan karakter kontemporer faksi-faksi Salafi di negara-negara seluruh dunia, khususnya di Indonesia ketika faktor-faktor domestik bersinggungan dengan perubahan sosial-politik dan ideologi kawasan. Untuk memudahkan dalam memahami arah gerakan dan pola jejaring gerakan ini, setidaknya ada tiga kelompok besar Salafi di Indonesia yang patut diketahui, meskipun pembagian ini masih saja menuai beragam kritik (Ali, 2013: 105–142; Pall, 2013: 24; Wahid, 2014), diantaranya: Salafi Rejeksionis, Salafi Haraki, dan Salafi Jihadi. Secara berturut-turut, kelompok pertama merepresentasikan sebagian besar pemahaman ulama-ulama Saudi yang menekankan ketaatan tanpa syarat kepada para penguasa Muslim dan menolak serta mengkritik secara tegas kelompok-kelompok yang tergabung dalam IM maupun organisasi jihad. Umumnya kelompok ini mengambil sikap apolitis dan non-kekerasan. Kelompok kedua merupakan kelompok Salafi yang lebih dinamis dan pragmatis dibandingkan kelompok pertama seperti dengan tidak menolak secara keseluruhan pemikiran tokoh-tokoh IM. Oleh karenanya sebagaimana yang dilakukan oleh tokoh-tokoh dan pengikut IM di negeri asalnya, Mesir, mereka tidak segan-segan untuk mengritik pemerintah dan terkadang terlibat dalam partisipasi politik dan demokrasi. Sementara, kelompok ketiga merupakan perefleksian, setidaknya sebagian, pergeseran dari kelompok kedua ke arah aksi-aksi revolusioner, radikal, dan militan. Dengan membenarkan aksinya sebagai jihad (perang suci) melalui
pengambilan referensi secara selektif di dalam al-Quran, kelompok terakhir ini meyakini bahwa aksi kekerasan dan teror termasuk aksi bom bunuh diri disanjung sebagai instrumen utama melancarkan jihad dan cara jitu membalikkan gelombang sejarah untuk menebus dan mengeluarkan kaum Muslim bebas dari segala penderitaan yang berkepanjangan di bawah hegemoni Barat.
Kelompok Salafi rejeksionis di Indonesia nampak pada awal perkembangan dakwah Salafi di tahun 1990-an ketika figur-figur utama mereka seperti Ustaz Ja’far Umar Thalib, Ustaz Yazid Abdul Qadir Jawaz, dan Ustaz Abu Nida berpindah haluan metode gerakan dakwah mereka dari IM ke Salafi. Ini bermula dari pelbagai pergulatan ilmiah yang mereka alami hingga mendapatkan pengetahuan baru mengenai dakwah Salafi dan ulama-ulamanya terutama terjadi melalui pengalaman jihad mereka yang dramatis di Afghanistan dengan tergabung di bawah faksi mujahidin Salafi pimpinan Syaikh Jamillurahman. Dari sini, mereka mulai membuka hubungan dan mengembangkan saluran kontak dan jejaring dengan ulama-ulama di Saudi, Yaman, dan Yordania. Sebut saja mereka yang menonjol adalah Syaikh Abd al-‘Aziz ibn Baz, Syaikh Muhammad ibn Shalih al-Utsaimin, Syaikh Nashir al-Din al-Albani, dan Syaikh Muqbil ibn Hadi al-Wadi’i. Banyak santri-santri mereka yang selanjutnya dikirim untuk belajar ke institusi-institusi yang dipimpin dan berafiliasi dengan ulama-ulama tersebut, seperti di Universitas Islam Madinah dan Mahad ‘Ilmi di Unaizah, keduanya di Saudi dan Dar al-Hadits di Dammaj Yaman.
Meskipun beberapa kali terjadi konflik internal di antara figur-figur utama Salafi sejak awal perkembangannya, dari masalah doktrinal hingga merembet pada persoalan personal dan bahkan finansial (Krismono, 2017), setidaknya ada dua jaringan kuat dalam
tubuh Salafi rejeksionis ini, yakni jaringan Salafi Yamani dan Turotsi. Jaringan pertama merupakan eksponen Salafi yang sebagian besar pemahaman keagamaannya mengambil referensi dari ulama-ulama Salafi Yaman seperti Syaikh Muqbil ibn Hadi al-Wadi’i dan beberapa ulama yang bercorak dengannya sebut saja salah satunya Syaikh Rabi ibn Hadi al-Madhkali yang sekarang berdomisili di Saudi. Kelompok ini menekankan ketaatan secara penuh kepada pemerintah, termasuk menolak segala aktivitas politik yang bertujuan untuk mendirikan negara Islam. Oleh karenanya, tidak akan ditemukan sama sekali mereka melakukan kritik secara terbuka terhadap pemerintah. Bahkan, mereka mengutuk keras aksi-aksi demonstrasi di jalan-jalan yang dianggap sebagai bentuk perlawanan terhadap pemerintah (khurūj) dan penyerupaan (tasyabbuh) terhadap orang-orang kafir dalam cara menasehati pemerintah (Salafy.or.id, 2003). Namun dalam beberapa aspek tertentu, mereka cenderung untuk tidak mengikuti aturan-aturan pemerintah, semisal keenganannya mengadopsi kurikulum pendidikan pemerintah untuk sekolah-sekolah yang mereka dirikan, menolak upacara bendera dan perayaan hari-hari besar nasional. Karakteristik lainnya tampak dalam eksklusivisme keberagamaannya dengan menonjolkan simbol-simbol identitas ke ruang publik melalui pengekspresiannya terhadap gaya hidup Islam puritan (a puritan Islamic lifestyle) dan pada klaim kebenaran (truth claim)
dengan menuduh selain kelompoknya sebagai mubtadi’ (ahli bid’ah) yang sesat (Krismono, 2018a; 206–212).
Sementara itu, kelompok Salafi Turotsi identik dengan jaringan Salafi yang mempunyai hubungan ideologis umumnya dengan ulama-ulama Saudi melalui aktivismenya yang didukung oleh Yayasan Ihya’ at-Turots yang bermarkas di Kuwait. Untuk menguatkan hubungan dengan yayasan tersebut, didirikanlah Yayasan Majelis at-Turots
al-Islamy pada 1994 di Yogyakarta. Yayasan ini mengkoordinasi banyak institusi dakwah dan pendidikan berbasis Salafi yang tersebar hampir di 27 kota di seluruh Indonesia. Bermula dari Mahad Jamilurahman as-Salafi di Wirokerten Bantul pimpinan Ustaz Abu Nida (nama lengkap Chamsaha Safwan) yang kemudian berkembang di wilayah sekitarnya menjadi pemukiman Salafi, yayasan ini selanjutnya melebarkan pengaruhnya dengan mendirikan Islamic Center Bin Baz (ICBB) di Piyungan Bantul pada tahun 2000. Melalui pesantren ini sekarang telah dibuka sekolah-sekolah formal Islam yang sudah mengadopsi kurikulum pemerintah dengan pelbagai jenjang, dari sekolah pendidikan anak usia dini (PAUD) sampai universitas. Sebagai bentuk pelayanan kepada masyarakat luas, didirikan pula Rumah Sakit Umum At-Turots al-Islamy yang terletak di Seyegan Sleman pada tahun 2000 yang secara bertahap menjadi cikal bakal dibangunnya Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Madani (StiKes Madani) pada 2009 (lihat, www.atturots.or.id).
Untuk memerluas laju aktivisme gerakan, menurut Chaplin (2018), para ustaz yang berafiliasi dengan at-Turots memainkan peranan penting dalam mengorganisasi beberapa kajian, yayasan, dan program keagamaan berorientasi mahasiswa yang nantinya akan membawa kepada kemandirian untuk mereka sendiri. Pada tataran ini, mereka sudah mulai merintis jalan untuk mengupayakan pendanaan secara independen tanpa terikat lagi ataupun menggantungkan dana bantuan dari Timur-Tengah. Menjadi fokus di sini adalah didirikannya organisasi ekstra-kampus, Yayasan Pendidikan Islam al-Atsari (YPIA) pada 2002 dan diresmikan secara formal pada 2007 oleh ustaz-ustaz Salafi jaringan Turotsi dan beberapa mahasiswa yang tergabung dalam kelompok-kelompok keagamaan di masjid-masjid seputaran UGM. Aktivisme mereka awalnya meliputi penyebaran buletin Jumat
at-Tauhid setiap pekannya dengan basis jaringan takmir-takmir masjid
hingga terus berkembang dengan membangun sekolah-sekolah Islam, mengelola situs-situs keislaman seperti situs web www.muslim.or.id dan www.muslimah.or.id., mengoperasikan radio dakwah seperti Radio Muslim, dan yang terpenting adalah menciptakan wirausaha baru berupa perusahaan online berbasis Salafi terbesar di Indonesia dengan nama Yufid Group pada 2009. Didukung oleh tim operasional dengan basis pendidikan IT di UGM yang semuanya dipertemukan dalam kajian-kajian Salafi yang dijalankan YPIA, Yufid Group terus menciptakan usahanya yang mencakup yufidia.com yang menyediakan pencarian secara online ensiklopedi Islam, yufidedu. com semacam kursus pembelajaran online dengan topik bahasa Arab, matematika, dan fisika, hingga Yufid.TV yang menayangkan video-video singkat kajian keislaman oleh para ustaz Salafi melalui kanal youtube dan tersedia juga melalui aplikasi iPhone, iPad dan Android (Chaplin, 2016, 2018).
Dalam perkembangannya, YPIA tidak hanya mempunyai perhatian khusus pada dakwah di kalangan segmen menengah perkotaan yang mampu dijangkau oleh kemudahan akses internet, jaringan komunikasi, dan transportasi, tetapi juga sudah melebarkan pengaruhnya hingga ke desa-desa terpencil di pegunungan Jawa yang dikenal sebagai kawasan abangan (kejawen). Dalam konteks ini, YPIA telah memelopori berdirinya yayasan-yayasan lainnya berbasis sosial-keagamaan melalui kerjasamanya dengan pesantren-pesantren di bawah payung Yayasan Majelis Ihya’ at-Turots al-Islamy seperti Yayasan Muslim Merapi pada 2010 dan diikuti oleh Yayasan Sahabat Insan Merapi-Merbabu (YASINMU) pada 2016. Selain dimaksudkan untuk membekali masyarakat sekitar kepada pemahaman ajaran Islam yang benar dan murni serta membentengi dari pengaruh gerakan