Dua hal penting yang diandalkan oleh para ahli biologi evolusi ketika mereka menyatakan Archaeopteryx sebagai bentuk peralihan, adalah cakar pada sayap burung itu dan giginya.
Memang benar bahwa Archaeopteryx memiliki cakar pada sayapnya dan gigi pada mulutnya, tetapi ciri ini tidak berarti bahwa hewan ini memiliki hubungan dengan reptilia. Disamping itu, dua spesies
burung yang hidup sekarang ini, touraco dan hoatzin, memiliki cakar yang membuat mereka bisa berpegangan pada dahan pohon. Hewan-hewan ini adalah burung sepenuhnya, tanpa ciri reptilia. Itulah sebabnya sangatlah tidak berasalan untuk menyatakan bahwa Archaeopteryx adalah bentuk peralihan hanya karena cakar pada sayapnya.
Tidak pula gigi dalam paruh Archaeopteryx yang berarti bahwa hewan ini adalah bentuk peralihan. Evolusionis telah salah ketika mengatakan bahwa gigi-gigi ini adalah ciri-ciri reptilia, karena gigi bukan merupakan ciri khas dari reptilia. Saat ini, beberapa reptilia memiliki gigi sementara yang lain tidak. Lebih jauh lagi, Archaeopteryx bukanlah satu-satunya spesies burung yang memiliki gigi. Memang benar bahwa tidak ada burung bergigi yang hidup saat ini, tetapi ketika kita melihat pada rekaman fosil, kita melihat bahwa selama masa Archaeopteryx dan sesudahnya, dan bahkan hingga hampir baru-baru ini, terdapat satu
kelompok burung yang bisa dikategorikan sebagai ―burung dengan gigi.‖
Hal terpenting adalah bahwa struktur gigi Archaeopteryx dan burung-burung yang mempunyai gigi lainnya sangat berbeda dengan gigi yang dimiliki hewan yang dianggap sebagai nenek moyang mereka, yaitu dinosaurus. Ahli Ornitologi terkenal, L.D. Martin, J.D. Stewart, dan K.N. Whetstone meneliti bahwa Archaeopteryx dan burung-burung sejenis lainnya memiliki gigi tak berceruk dengan dasar sempit dan berakar luas. Sementara gigi dinosaurus theropoda, yang dianggap sebagai nenek moyang burung ini, bergerigi dengan akar yang lurus.127 Para peneliti ini juga membandingkan tulang pergelangan kaki Archaeopteryx dengan yang dimiliki oleh hewan yang dianggap sebagai nenek moyang mereka, dinosaurus, dan tidak menemukan adanya kesamaan di antara mereka.128
Studi yang dilakukan oleh ahli anatomi seperti S. Tarsitano, M.K. Hecht, dan A.D. Walker telah mengungkapkan bahwa beberapa persamaan yang terlihat oleh John Ostrom dan yang lainnya antara tungkai Archaeopteryx dengan dinosaurus pada kenyataannya adalah kesalahan penafsiran.129 Sebagai contoh, A.D. Walker telah menganalisa bagian telinga dari Archaeopteryx dan menemukan bahwa ia sangat mirip dengan yang dimiliki burung-burung modern.130
Lebih jauh lagi, J. Richard Hinchliffe, dari Institute of Biological Sciences pada University of Wales, mempelajari anatomi burung dan reptilia yang dianggap sebagai nenek moyangnya dengan menggunakan teknik isotop moderen dan menemukan bahwa tiga jari tungkai depan dari dinosaurus adalah I-II-III, sementara jari sayap burung adalah II-III-IV. Hal ini menjadi masalah besar bagi para pendukung mata rantai Archaeopteryx-dinosaurus.131 Hinchliffe menerbitkan kajian dan pengamatannya dalam majalah Science pada tahun 1997, di mana ia menulis:
Keraguan tentang homologi antara jari theropoda dan burung mengingatkan kita pada beberapa
permasalahan dalam hipotesis ―berasal dari-dinosaurus.‖ Ini meliputi hal-hal sebagai berikut: (i) Tungkai depan theropoda yang jauh lebih kecil (relatif terhadap ukuran tubuh) jika dibandingkan dengan sayap Archaeopteryx. Tungkai sekecil itu tidak meyakinkan sebagai bakal sayap bagi asal mula terbang dinosaurus yang relatif besar. (ii) Jarangnya ditemukan pada theropoda tulang pergelangan semilunate, hanya diketahui pada empat spesies (termasuk Deinonychus). Kebanyakan theropoda mempunyai banyak bagian penyusun pergelangan, yang sulit untuk dicari padanannya dengan yang dimiliki Archaeopteryx. (iii) Adanya paradoks waktu karena kebanyakan dinosaurus theropoda dan khususnya domaeosaurus yang mirip burung semuanya muncul dalam rekaman fosil jauh setelah Archaeopteryx.
Seperti yang ditulis Hinchliffe, ―paradoks waktu‖ adalah salah satu kenyataan yang memberikan
pukulan telak pada anggapan para evolusionis tentang Archaeopteryx. Dalam bukunya Icons of Evolution, ahli biologi Amerika Jonathan Wells mengatakan bahwa Archaeopteryx telah menjadi ―simbol‖ bagi teori evolusi, sementara bukti dengan jelas menunjukkan bahwa hewan ini bukan nenek moyang primitif burung. Menurut Wells, salah satu petunjuk dalam hal ini adalah bahwa dinosaurus theropoda—yang dianggap sebagai nenek moyang Archaeopteryx—sebenarnya lebih muda dari pada Arhcaeopteryx:
‖Reptilia berkaki dua yang berlari di atas tanah, dan memiliki ciri-ciri lain yang diharapkan ada pada nenek moyang Archaeopteryx, [ternyata] muncul lebih kemudian.‖132
Semua penemuan ini menunjukkan bahwa Archaeopteryx bukanlah mata rantai peralihan, melainkan hanyalah sejenis burung yang termasuk dalam kelompok ―burung bergigi.‖ Menghubungkan hewan ini
dengan dinosaurus theropoda sama sekali tidaklah berdasar. Dalam sebuah artikel yang berjudul ―The Demise of the 'Birds Are Dinosaurs' Theory‖ ahli biologi Amerika Richard L. Deem menulis tentang Archaeopteryx dan pernyataan evolusi burung-dinosaurus sebagai berikut:
Hasil dari kajian terbaru menunjukkan bahwa tangan dinosaurus theropoda berasal dari jari I, II, dan III, sedangkan sayap burung, walaupun terlihat mirip dalam hal struktur, sebenarnya berasal dari jari II, III,
IV… Ada permasalahan lain dengan teori ―burung adalah dinosaurus.‖ Tungkai depan theropoda lebih
kecil (relatif terhadap ukuran tubuh) daripada Archaeopteryx. ―Bakal-sayap‖ yang kecil dari theropoda tidaklah begitu meyakinkan, khususnya mengingat besarnya bobot dari dinosaurus ini. Sebagian besar dari theropoda tidak memiliki tulang pergelangan semilunate, dan memiliki banyak unsur penyusun pergelangan yang lain yang tidak ada hubungan padanannya dengan tulang-tulang Archaeopteryx. Sebagai tambahan, pada hampir semua theropoda, saraf V1 keluar dari tengkorak melalui samping, bersama dengan beberapa saraf yang lain, sementara pada burung, saraf-saraf ini keluar dari depan tengkorak, melalui lubang khusus. Ada juga permasalahan kecil karena sebagian besar theropoda muncul setelah kemunculan dari Archaeopteryx.133
