DAFTAR PUSTAKA

metode analisis komunitas menyebabkan perlunya kehati-hatian dalam interpretasi hasil penelitian. Meskipun demikian, penelitian ini dapat menjadi informasi awal mengenai dampak domestikasi terhadap keragaman endofit terutama pada

Zingibercaeae yang masih perlu diperkuat dengan penambahan jumlah sampel serta analisis komunitas dengan pendekatan metagenomik agar hasil yang diperoleh lebih akurat.

4 SIMPULAN DAN SARAN

Simpulan

Berdasarkan analisis cendawan yang dapat dikulturkan, domestikasi dua spesies Zingiberaceae di kawasan Taman Nasional Halimun Salak (Alpinia malaccensis dan Horstendia conica) mengindikasikan adanya dampak yang signifikan terhadap keragaman cendawan endofitnya.Tanaman domestikasi memiliki populasi endofit yang lebih tinggi dibandingkan dengan spesies yang sama pada ekosistem alaminya. Zingiberaceae liar memiliki keragaman cendawan endofit yang lebih tinggi dibandingkan dengan Zingiberaceae yang telah didomestikasi. Beberapa spesies cendawan hanya ditemukan pada tanaman yang didomestikasi dan beberapa lainnya hilang sebagai akibat domestikasi. Namun, domestikasi Zingiberaceae di TNHS tidak mempengaruhi keberadaan endofit dominan, Co. boninense.

Saran

Penelitian lebih lanjut dengan penambahan jumlah sampel Zingiberaceae

serta analisis molekuler cendawan endofit dengan tambahan gen diperlukan untuk mengkonfirmasi dampak domestikasi Zingiberaceae dan keragaman endofitnya.

DAFTAR PUSTAKA

Asgari B, Zare R. 2011. The genus Chaetomium in Iran, a phylogenetic study including six new species. Mycologia 103(4): 863-882.

Arnold AE, Lutzoni F. 2007. Diversity and host range of foliar fungal endophytes : are tropical leaves biodiversity hotspots?. Ecol 88(3):541-549.

Brensch K, Braun U, Groenewald JZ, Crous PW. 2012. The genus Cladosporium. Stud Mycol 72: 1-401.

Bussaban B, Lumyong S, Lumyong P, McKenzie EHC, Hyde KD. 2001. Endophytic fungi from Amomum siamese. Can J Microbiol. 47:943-948. Bussaban B, Lumyong P, McKenzie KHC, Hyde KD, Lumyong S. 2002. Index of

fungi described from Zingiberaceae. Mycotaxon 83:165-182.

Bussaban B, Lumyong S, Lumyong P, Seelanan T, Park DC, McKenzie EHC, Hyde KD. 2005. Molecular and morphological characterization of

Pyricularia and allied genera. Mycologia 97(5): 1002-1011.

Cannon PF, Simmons CM. 2002. Diversity and host preference of leaf endophytic fungi in the Iwokrama Forest Reserve, Guyana. Mycologia 94(2): 210-220. Cannon PF, Damm U, Johnston PR, Weir BS. 2012. Colletotrichum - current

19

Chlebicki A. 2009. Some endophytes of Juncus trifidus from Tatra Mts. in Poland. Acta Mycol 44(1): 11-17.

Crous PW, Groenewald JZ. 2013. A phylogenetic re-evaluation of Arthrinium.

IMA Fungus 4(1): 133-154.

Davies EC, Franklin JB, Shaw AJ, Vilgalys R. 2003. Endophytic Xylaria

(xylariaceae) among liverworts and angiosperms: phylogenetics, distribution, and symbiosis. Am J Bot 90(11): 1661-1667.

Gerard PR, Husson C, Pinon J, Frey P. 2006. Comparison of Genetic and Virulence Diversity of Melampsora larici-populina Populations on Wild and Cultivated Poplar and Influence of the Alternate Host. APS 96 (9) : 1027-1036.

Glienke C, Pereira OL, Stringari D, Fabris J, Kava-Cordeiro1 V, Galli-Terasawa L, Cunnington J, Shivas RG, Groenewald JZ, Crous PW. 2011. Endophytic and pathogenic Phyllosticta species, with reference to those associated with Citrus Black Spot. Persoonia 26: 47-56.

Gomes RR, Glienke C, Videira SIR, Lombard L, Groenewald JZ, Crous PW. 2013. Diaporthe: a genus of endophytic, saprobic and plant pathogenic fungi. Persoonia 31: 1-41.

Hancock JF. 2005. Contributions of domesticated plant studies to our understanding of plant evolution. Ann Bot 96: 953-963.

He Y, Zhang Z. 2012. Diversity of organism in the Usnea longissima lichen.

African J of Microbiol Res 6: 4797-4804.

Higgins KL, Arnold AE, Miadlikowska J, Sarvate SD, Lutzoni F. 2007. Phylogenetic relationships, host affinity, and geographic structure of boreal and arctic endophytes from three major plant lineages. Mol Phylogenet and Evol 42: 543-555.

Ho MY, Chung WC, Huang HC, Chung WH, Chung WH. 2012. Identification of endophytic fungi of medicinal herbs of lauraceae and Rutaceae with antimicrobial property. Taiwania 57(3) : 229-241.

Houbraken JAMP, Frisvad JC, Samson RA. 2010. Taxonomy of Penicillium citrinum and related species. Fungal Divers 44:117-133.

Huang WY, Cai YZ, Surveswaran S, Hyde KD, Corke H, Sun M. 2009. Molecular phylogenetic identification of endophytic fungi isolated from three Artemisia species. Fungal Divers 36: 69-88.

Hyde KD, Bussaban B, Paulus B, Crous PW, Lee S, McKenzie EHC, Photota W, Lumyong S. 2007. Diversity of saprobic microfungi. Biodivers Conserv

16:7-35.

Khan SA, Hamayun M, Yoon H, Kim HY, Suh SJ, Hwang SK, Kim JM, Lee IJ, Choo YS, Yoon UH, Kong WS, Lee BM, Kim J. 2008. Plant growth promotion and Penicillium citrinum. BMC Microbiol 8:231-241.

Khan R, Shahzad S, Choudhary MI, Khan SA, Ahmad A. 2010. Communities of endophytic fungi in medicinal Plant Withania somnifera. Pakistan J Bot

42(2): 1281-1287.

Kruys A, Castlebury LA. 2012. Molecular phylogeny of Sydowiellaceae-resolving the position of Cainiella. Mycologia 104(2): 419-426.

Lebarbenchon C, Brown SP, Poulin R, Gauthier-Clerc M, Thomas F .2008. Evolution of pathogens in a man-made world. Mol Ecol 17:475-484

Li T, Liu MJ, Zhang XT, Zhang HB, Sha T, Zhao ZW. 2011. Improved tolerance of maize (Zea mays L.) to heavy metals by colonization of a dark septate endophyte (DSE) Exophiala pisciphila. Sci of The Tot Env 409 : 1069-1074.

Martin-Shanchez PM, Novakova A, Bastian F, Alabouvette C, Saiz-Jimenez C. 2012. Two new species of the genus Ochroconis, O. lascauxensis, and O. anomala isolated from black stains in Lascaux Cave, France. Fungal Biol

116: 574-589.

Mishra A, Surendra KG, Kumar A, Sharma VK, Verma SK, Kharwar RN, and Sieber TN. 2012. Season and Tissue Type Affect Fungal Endophyte Communities of the Indian Medicinal Plant Tinospora cordifolia More Strongly than Geographic Location. Microb Ecol 64(2): 388-398.

Moricca S, Ginetti B, Ragazzi A. 2012. Species and organ specificity in endophytes colonizing healthy and declining Mediterranean oaks.

Phytopathol Mediterr 51(3): 587-598.

Munkacsi AB, Stoxen S, May G. 2008. Ustilago maydis populations tracked maize through domestication and cultivation in the Americas. Proc Biol Sci 275 :1037-1046.

Okane I, Lumyong S, Nakagiri A, Ito T. 2003. Extensive host range of an endophytic fungus, Guignardia endophyllicola (anamorph: Phyllosticta capitalensis). Mycoscience 44: 353-363.

Okane I, Praset I, Kyoko T, Thomas L, Somsak S, Nigel HJ, Akira N, Wanchern P, Suzuki K. 2008. Study of endophytic Xylariaceae in Thailand: diversity and taxonomy inferred from rDNA sequence analyses with saprobes forming fruit bodies in the field. Mycoscience 49: 359-3772.

Paul NC, Yu SH. 2008. Two species of endophytic Cladosporium in pine trees in Korea. Mycobiology 36(4) : 211-216.

Posada F, Aime M, Peterson SW, Rehner SA, Vega F . 2007. Inoculation of coffee plants with the fungal entomopathogen Beauveria bassiana (Ascomycota: Hypocreales). Mycol Res 111:748-757.

Priyadi H, Gen T, Irma R, Bambang S, Wim IN, Ismail R. 2010. Five hundred plant species in Gunung Halimun Salak National Park, West Java. A checklist including Sundanese names, distribution and use. Bogor: CIFOR. Rodriguez RJ, White Jr JF, Arnold AE, Redman RS. 2009. Fungal endophytes:

diversity and functional roles. New Phytol 182: 314-330.

Saunders M, Glenn AE, Kohn LM. 2010. Exploring the evolutionary ecology of fungal endophytes in agricultural systems: using functional traits to reveal mechanisms in community processes. Evol Appl. 3: 525-537.

Schardl CL, Leuchtmann A, Spiering MJ. 2004. Symbioses of grasses with seed borne fungal endophytes. Annu Rev Plant Biol 55: 315-340.

Schulz B, Boyle C. 2005. The Endophytic continuum. Mycol Res109:661-668 Seyedmousavi S, Badali H, Chlebicki A, Zhao J, Prenafeta-Blod FX, De Hoog

GS. 2011. Exophiala sideris, a novel black yeast isolated from environments polluted with toxic alkyl benzenes and arsenic. Fungal Biol

115 : 1030-1037.

Silva M, Pereira OL, Braga IF, Leli SM. 2008. Leaf and pseudobulb diseases on

Bifrenaria harrisoniae (Orchidaceae) caused by Phyllosticta capitalensis

21

Stukenbrock EH, McDonald BA.2008. The origins of plant pathogens in agro-ecosystems. Ann Rev Phytopathol 46:75-100.

Sugijanto NE, Dorra BL. 2012. Aktivitas antimikroba fraksi-fraksi dari ekstrak jamur endofit Cladosporium oxysporum yang diisolasi dari Aglaia odorata lour. Ind J of Medicine 4(1): 2012.

Suh MK, Lee HC, Kim DM, Ha GY, Choi JS. 2012. Molecular phylogenetics of

Exophiala Species isolated from Korea. Ann Dermatol 24(3): 2012. Sun JQ, Guo LD, Zang W, Ping W, Chi DF, 2008. Diversity and ecological

distribution of endophytic fungi associated with medicinal plants. Sci China Ser C 51: 751-759.

Suryanarayanan TS, Senthilarasu G, Muruganandam V. 2000. Endophytic fungi from Cuscuta reflexa and its host plants. Fungal Divers 4: 117-123.

Tamura K, Peterson D, Peterson N, Stecher G, Nei M, Kumar S. 2011. MEGA5: Molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol Biol Evol

28:2731-2739.

Thomas CS, Marios JJ, English JT. 1988. The effect of wind speed, temperature, and relative humidity, on development of aerial mycelium and conidia of

Botrytis cinerea on grape. Phytopathology 78:260-265.

Thompson SM, Tan YP, Young AJ, Neate1 SM, Aitken EAB, Shivas RG. 2011. Stem cankers on sunflower (Helianthus annuus) in Australia reveal a complex of pathogenic Diaporthe (Phomopsis) species. Persoonia 27: 80-89.

Toledo-HernándezC, Zuluaga-Montero A, Bones-González, Rodríguez JA, Sabat AM, Bayman P. 2008. Fungi in healthy and diseased sea fans (Gorgonia ventalina): is Aspergillus sydowii always the pathogen? Coral Reefs

[Internet].[diunduh 2014 Jul 14]; 27 (2): 707-714. Tersedia pada : http://link.springer.com/article/10.1007/s00338-008-0387-2.

White TJ, Bruns T, Lee S, Taylor J. 1990. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. In: Innis MA, Gelfand DH, Sninsky JJ, White TJ, editors. PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications. New York: Academic Press. p 315-322.

Wilberforce EM, Boddyc L, Griffiths R, Griffith GW.2003.Agricultural management affects communities of culturable root-endophytic fungi in temperate grasslands. Soil Biol Biochem 35: 1143-1154.

Wulandari NF, To-anun C, Hyde KD, Duong LM, Gruyter J de, Meffert JP,Groenewald JZ, Crous PW. 2009. Phyllosticta citriasiana sp. nov., the cause of Citrus tan spot of Citrus maxima in Asia. Fungal Divers 34: 23-39.

23

Lampiran 1 Pohon filogenetik Arthrinium malaysianum dengan Guignardia citricarpa sebagai outgroup (clade ditunjukkan dengan garis tebal) sekuen ITS dibuat berdasarkan analisis ML dengan model Kimura2+G (1000x ulangan bootstrap). Hanya bootstrap bernilai lebih dari 50% yang ditampilkan.

Lampiran 2 Pohon filogenetik Aspergillus spp.dengan Diaporthe angelica sebagai outgroup (clade ditunjukkan dengan garis tebal) sekuen ITS dibuat berdasarkan analisis ML dengan model Kimura2+G (1000x ulangan bootstrap). Hanya bootstrap bernilai lebih dari 50% yang ditampilkan.

Lampiran 3 Pohon filogenetik Chaetomium globosum dengan Achaetomium strumarium sebagai outgroup (clade ditunjukkan dengan garis tebal) sekuen ITS dibuat berdasarkan analisis ML dengan model Kimura2+G (1000x ulangan bootstrap). Hanya bootstrap bernilai lebih dari 50% yang ditampilkan.

25

Lampiran 4 Pohon filogenetik Cladosporium spp. dengan Cercospora beticola sebagai outgroup(clade ditunjukkan dengan garis tebal) sekuen ITS dibuat berdasarkan analisis ML dengan model Kimura2+G (1000x ulangan bootstrap). Hanya bootstrap bernilai lebih dari 50% yang ditampilkan.

Clade cliviae

Lampiran 5a Pohon filogenetik spesies kompleks dari genus Colletotrichum (A,B,C) dengan Monilochaetes infuscans sebagai outgroup (clade ditunjukkan dengan garis tebal) sekuen ITS dibuat berdasarkan analisis ML dengan model Kimura2+G (1000x ulangan bootstrap). Hanya bootstrap bernilai lebih dari 50% yang ditampilkan.

27

Clade boninense Clade gleosporioides

Lampiran 5b Pohon filogenetik spesies kompleks dari genus Colletotrichum (A,B,C) dengan Monilochaetes infuscans sebagai outgroup (clade ditunjukkan dengan garis tebal) sekuen ITS dibuat berdasarkan analisis ML dengan model Kimura2+G (1000x ulangan bootstrap). Hanya bootstrap bernilai lebih dari 50% yang ditampilkan.

Lampiran 6 Pohon filogenetik (A;B;C) Diaporthe sp., D. gardenia, dan D. anacardii (clade ditunjukkan dengan garis tebal) sekuen ITS+EF dibuat berdasarkan analisis Bayesian dengan 6x10⁶ ulangan bootstrap. Hanya bootstrap bernilai lebih dari 50% yang ditampilkan.

A

C B

29

Lampiran 7 Pohon filogenetik Exophiala spp. dengan Rhinocladiella aquaspersa sebagai outgroup (clade ditunjukkan dengan garis tebal) sekuen ITS dibuat berdasarkan analisis ML dengan model Kimura2+G (1000x ulangan bootstrap). Hanya bootstrap bernilai lebih dari 50% yang ditampilkan.

Lampiran 8 Pohon filogenetik Guignardia mangiferae dengan Botryospaeria dothidea sebagai outgroup (clade ditunjukkan dengan garis tebal) sekuen ITS dibuat berdasarkan analisis ML dengan model Kimura2+G (1000x ulangan bootstrap). Hanya bootstrap bernilai lebih dari 50% yang ditampilkan.

Lampiran 11 Pohon filogenetik Pyriculariacostina dengan Tumularia aquatic sebagai outgroup (clade ditunjukkan dengan garis tebal) sekuen ITS dibuat berdasarkan analisis ML dengan model Kimura2+G (1000x ulangan bootstrap). Hanya bootstrap bernilai lebih dari 50% yang ditampilkan.

Lampiran 12 Pohon filogenetik Sydowiellaceae dengan Pyricularia parasitica sebagai outgroup, analisis ML dengan model Kimura2+G dan 1000x ulangan bootstrap. Hanya bootstrap bernilai lebih Lampiran 9 Pohon filogenetik Ochroconis gallopava dengan Aspergillus tabanicus sebagai outgroup (clade

ditunjukkan dengan garis tebal) sekuen ITS dibuat berdasarkan analisis ML dengan model Kimura2+G (1000x ulangan bootstrap). Hanya bootstrap bernilai lebih dari 50% yang ditampilkan.

Lampiran 10 Pohon filogenetik Penicillium citrinum dengan Arthrinium malaysianum sebagai outgroup (clade ditunjukkan dengan garis tebal pendek adalah galur yang teridentifikasi sebagai Penicillium aff. citrinum GL-7) sekuen ITS dibuat berdasarkan analisis ML dengan model Kimura2+G (1000x ulangan bootstrap). Hanya bootstrap bernilai lebih dari 50% yang ditampilkan.

31