Aritonang KV, Siregar IZ, Yunanto T. 2007. Manual Analisis Genetik Tanaman Hutan di Laboratorium Silvikultur Fakultas Kehutanan Institut Pertanian Bogor. Laboratorium Silvikultur Fakultas Kehutanan: Institut Pertanian Bogor.
Azrai M. 2005. Pemanfaatan markah molekuler dalam proses seleksi pemuliaan tanaman.Jurnal Agro Biogen1(1):26-37.
Balitbanghut. 2009. Mindi. Brosur Balai Penelitian dan Pengembangan Kehutanan.
Bonbouza H, Jaquemin JM, Baudoin JP, dan Mergeai G. 2006. Optimization of a realible, fast, cheap and sensitive silver staining method to detect SSR markers in polyacrylamide gels.Biotechnol Agron Soc Environ10 (2): 77-81.
Boontong C, Pandey M, Changtragoon S. 2008. Isolation and characterization of microsatellite markers in Indian neem (Azadirachta indica var. indica A. Juss) and cross-amplification in Thai neem (A. Indica var siamensis
Valenton).Conserv GenetDOI 10.1007/s10592-008-9610-5.
Davidson. 2001. Microsatellite DNA Methodology. Departement of Biology: Davidson college.
Doyle JJ, Doyle JL. 1990.Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus 12: 12-15
Esau K. 1976. Anatomy of Seed Plants. 2 nd edition John Wiley & Sons.
Estoup A, Jarne P, Cornent JM. 2002. Homoplasy and mutation model at microsatellite loci and their consequences for population genetic analysis. Mol. Ecol.11: 1591-1604
Fahmi ZI. 2011. Pemanfaatan teknologi DNA molekuler dalam identifikasi dan verifikasi varietas tanaman perkebunan. Surabaya: Balai Besar Perbenihan dan Proteksi Tanaman Perkebunan.
Finkeldey R. 2005. Pengantar Genetika Hutan Tropis. Jamhuri E, Siregar IZ, Siregar UJ, Kertadikara AW, penerjemah. Gottingen: Institute of Forest Genetics and Forest Tree Breeding Georg-August-Univerity-Gottingen. Terjemahan dari: An Introduction to Tropical Forest Genetics.
Khan AV, Athar AK, Indu S . 2008. In VitroAntibacterial Potential ofMelia azedarachCrude Leaf Extracts Against Some Human Pathogenic Bacterial Strains. Ethnobotanical Leaflets 12: 439-445. 2008.
Korzun, V. 2003. Molecular markers and their applications in cereals breeding. marker assisted selection : a fast track to increase genetic gain in plant and animal breeding? page 18-22.
Kusnawan FS.6 kota impian. 2011. http://cocokusnawan.blogspot.com/2011/07/6-kota-impian.html. [ 3 November 2011]
Lemes MR, Brondani RPV, Grattapaglia D. 2002. Multiplexed Systems of Microsatellite Markers for Genetic Analysis of Mahogany, Swietenia macrophylla King (Meliaceae), a Threatened Neotropical Timber Species. The Journal of Heredity 93(4)
Mahfudz, Na’iemM, Sumardi, Hardiyanto EB. 2010. Analisis Sistem Perkawinan Merbau (Intsia bijuga O.Ktze) Berdasarkan Penanda Isoenzim.J Pemuliaan Tanaman Hutan. Edisi November 2010, Vol 4: 157-165.
Mardiningsih O. 2002. Teknik kultur in vitro dan variasi genetik Jabon (Anthocephalus cadamba Roxb.) [skripsi]. Fakultas kehutanan : Institut Pertanian Bogor.
Mulyadiana A. 2010. Keragaman genetik Shorea laevis Ridl. Di Kalimantan berdasarkan penanda mikrosatelit [skripsi]. Fakultas kehutanan : Institut Pertanian Bogor.
Nurjahjaningsih ILG. 2010. Sistem perkawinan di kebun benihPinus merkusii di Jember. Makalah dalam prosiding Ekspose Hasil-Hasil Penelitian Balai Besar Penelitian Bioteknologi dan Pemuliaan Tanaman Hutan: Jogjakarta. Orwa C, Mutua A, Kindt R, Jamnadass R, Simons A. 2009. Agroforestree
Database:a tree reference and selection guide version 4.0 (http://www.worldagroforestry.org/af/treedb/)
Pramono AA, Danu, Rohandi A, Royani H, Abidin AZ, Supardi E, Nurokhim N. 2008. Sebaran Potensi Sumber Benih jenis Potensial (Mindi) di Jawa Barat. Laporan Hasil Penelitian. Balai Penelitian Teknologi Perbenihan. Bogor. Pramono AA. 2008. Buah mindi (Melia azedarach) masak: Forest seed.
http://treesseed.blogspot.com/2008/10/mewaspadai-penyebab-benih-yang-abcd.html [3 November 2011]
Rambey R. 2011. Pengetahuan lokal sistem agroforestri mindi (Melia azedarach
Linn) (Studi kasus di Desa Selaawi, Kecamatan Talegong, Kabupaten Garut, Propinsi Jawa Barat [tesis]. Sekolah Pascasarjana: Institut Pertanian Bogor. Rohlf FJ. 1998. Numerical Taxonomy and Analysis System (NTSYSpc) Version
2.0. New York: Departement of Ecology and Evolution Sate University of New York.
28
Ritland K. 1996. Multilocus Mating System Program. MLTR. Departement of Biology : University of Toronto.
Stanley TD, Ross EM. 1983. Flora of south-eastern Queensland. Vol. 1 Queensland Department of Primary Industries. Brisbane. Australia
Sedgley M, Griffin AR. 1989. Sexual Reproduction of Tree Crops. Academic Press. Sydney.
Schmidt L. 2000. Guide to handling of Tropical and Subtropical Forest Seed. Danida Forest Seed Centre. Humlebaek. Denmark.
Siregar IZ. 2000. Genetic aspects of the reproductive system of Pinus merkusii Jungh.et de Vriese in Indonesia. Cuvillier Verlag, Gottingen.
Weising K, Nybom H, Wolff K, Kahl. 2005. DNA Fingerprinting in Plants: Principle, Methods and Applications. London: CRC Press.
Yeh FC, Yang R. 1999. POPGENE Version 1.31: User guide. Centre for Internasional Forestry Research: University of Alberta.
Yulianti. 2011. Strategi pengembangan Sumber Benih Mindi (Melia azedarach L.) pada Hutan Rakyat Provinsi Jawa Barat [disertasi]. Bogor: Sekolah Pascasarjana Institut Pertanian Bogor.
Yunanto T. 2010. Uji Lapang Lacak Balak Kayu Meranti Balau (Shorea laevis Ridl.) dengan Penanda Mikrosatelit. [Tesis]. Bogor: Program Pascasarjana, Institut Pertanian Bogor
Zulfahmi. 2006. Variasi DNA kloroplas Shorea spp (S. acuminata, S. leprosula
Miq, dan S. parvifolia Dyer) Berdasarkan penanda Mikrosatelit [tesis]. Bogor: Sekolah Pascasarjana, Institut Pertanian Bogor.
KERAGAMAN GENETIK DAN SISTEM PERKAWINAN DI TEGAKAN BENIH MINDI (Melia azedarachLinn.) WANAYASA, PURWAKARTA
AZIZAH
DEPARTEMEN SILVIKULTUR
FAKULTAS KEHUTANAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
iii Keragaman Genetik dan Sistem Perkawinan pada
Tegakan Benih Mindi (Melia azedarachLinn.) di Wanayasa, Purwakarta
Oleh :
Azizah dan Iskandar Z. Siregar
ABSTRAK
Mindi merupakan salah satu jenis cepat tumbuh dari famili Meliaceae yang berpotensi untuk dikembangkan di Hutan Rakyat. Upaya peningkatan produktivitas mindi memerlukan informasi dasar terkait keragaman genetik dan sistem perkawinannya. Sifat bunga hermaprodit mindi menimbulkan pertanyaan tentang bagaimana sistem perkawinan yang terjadi dalam populasi mindi. Untuk itu diperlukan analisis keragaman genetik dan tipe perkawinan mindi yang dapat diduga dengan bantuan teknik mikrosatelit. Penelitian ini bertujuan untuk i) mengetahui amplifikasi silang primer mikrosatelit jenis Mahoni (Swietenia spp) dan Mimba (Azadirachta indica) pada jenis Mindi (Melia azedarach Linn.), ii) menduga variasi genetik indukan dan anakan dari tegakan benih Mindi serta iii) mengkarakterisasi parameter sistem perkawinan di tegakan benih Wanayasa (Purwakarta). Sampel yang digunakan terdiri atas 10 pohon induk mindi dan keturunannya masing-masing sebanyak 5 anakan. Primer spesifik Ai-05 dan Ai-34 (jenis mimba) serta SM45 (jenis mahoni) dapat diamplifikasikan pada mindi. Analisis data menggunakan software POPgene versi 1.31 menunjukkan rata-rata keragaman genetik (He) dalam populasi sebesar 0.565. Analisis sistem perkawinan dilakukan dengan bantuan software MLTR (Multilocus Mating System Program) yang menunjukkan nilai outcrossing tm=ts=1,000 berdasarkan metode Expected Maximum (MLTR). Nilai tersebut menunjukkan bahwa mindi di tegakan benih Wanayasa secara umum melakukan perkawinan silang. Informasi mengenai sistem perkawinan ini dapat dimanfaatkan untuk mengetahui cara efektif yang diperlukan untuk tujuan pengelolaan sumber benih.
Keywords: mindi, mikrosatelit, sistem perkawinan, kebun benih, keragaman genetik
Genetic diversity and mating system in a seed stand of Mindi (Melia azedarachLinn.), Wanayasa,
Purwakarta By :
Azizah and Iskandar Z. Siregar
ABSTRACT
Mindi is a fast growing species belonging to family Meliaceae which is potential to be developed in community forest. Efforts to increase productivity of mindi seed stand require basic knowledge on genetic diversity and mating system. The sexual flower character of mindi is of hermaphrodite type raising a question about the mating system of Mindi. Genetic diversity and mating system characteristics of mindi can be analyzed by microsatellite. This study was aimed to i) cross-amplify microsatellite primers of Mahogany (Swietenia spp) and Neem (Azadirachta indica) in Mindi, ii) estimate genetic variation of mother trees and their offspring and iii) characterize the parameters of mating system of a mindi seed stand. The samples for DNA analysis were 10 mother trees and their respective offspring (n=5). Specific primers Ai-05 and Ai-34 from Neem and SM45 from Mahogany was successfully amplified in Mindi. Data analysis using POPgene version 1.31 showed the average values of genetic diversity of He=0.565 in the seed stand population. Mating system analysis analyzed by multilocus mating system program showed outcrossing values of tm= ts = 1.00 based on the method of expected maximum (EM). These findings indicated that Mindi in the seed stand Wanayasa is predominantly outcrosser. Basic information on the mating system characteristics of Mindi may be used for effective management for increasing the productivity of seed stands.
ii KERAGAMAN GENETIK DAN SISTEM PERKAWINAN DI TEGAKAN
BENIH MINDI (Melia azedarachLinn.) WANAYASA, PURWAKARTA
AZIZAH
Skripsi
Sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Kehutanan Pada Fakultas Kehutanan
Institut Pertanian Bogor
DEPARTEMEN SILVIKULTUR
FAKULTAS KEHUTANAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR