Dendrogram penyebaran morfometrik - HASIL DAN PEMBAHASAN

DAFTAR LAMPIRAN

III. HASIL DAN PEMBAHASAN

3.2.0. Dendrogram penyebaran morfometrik

3.1.9. Indeks kemiripan

Analisis kemiripan populasi berdasarkan karakter morfometrik (Tabel 10) menunjukkan tingkat homogenitas 100% pada populasi Sumatera dan Kalimantan, sedangkan karakter morfometrik populasi ikan betok Jawa memiliki indeks kemiripan dengan populasi ikan betok Sumatera sebesar 10% .

Tabel 10. Indeks kemiripan (sharing components) morfometrik (%)

Jawa Sumatera Kalimantan Total

Jawa 90,0 10,0 0,0 100,0

Sumatera 0,0 100,0 0,0 100,0 Kalimantan 0,0 0,0 100,0 100,0

3.2.0. Dendrogram penyebaran morfometrik

Analisis dendrogram karakter morfometrik ketiga populasi ikan betok menunjukkan kemiripan antara populasi Jawa dan Sumatera (Gambar 8).

3.2. Pembahasan

Profil RAPD setiap populasi ikan betok menunjukkan keragaman yang berbeda berdasarkan panjang dan ukuran fragmen DNA teramplifikasi pada lokus OPA-2, OPC-2, dan OPC-5. Perbedaan tingkat keragaman genetik suatu populasi menggambarkan keunikan komposisi alelik menyusun genom. Pita DNA hasil amplifikasi merupakan pasangan antara nukleotida primer dengan nukleotida sampel (Soewardi, 2007). Panjang fragmen pita DNA yang teramplifikasi pada ikan betok berkisar antara 100 sampai 2000 bp. Tingkat polimorfisme tertinggi terdapat pada populasi betok Kalimantan yaitu sebesar 25,93% dan yang terendah adalah populasi betok Jawa (18,52%). Secara teoritis polimorfisme dipengaruhi oleh perubahan aliran materi genetik yang dibawa oleh gamet dalam pembentukan generasi baru melalui proses reproduksi. Selain itu, dinamika perubahan susunan materi genetik dapat berlangsung melalui proses inversi, delesi, substitusi, dan insersi basa nukleotida penyusun gen. Dalam pemetaan genotip, inversi DNA yang berukuran besar pada dua situs penempelan primer bisa menyebabkan ukuran basa atau jarak amplifikasi menjadi terlalu besar sehingga berakibat hilangnya fragmen, sedangkan delesi pada bagian genom yang membawa dua situs penempelan primer bisa mengakibatkan tidak ada fragmen yang teramplifikasi. Sementara, substitusi nukleotida dapat mengubah homolog antara primer dengan DNA genom yang mengakibatkan hilangnya polimorfisme atau mengubah ukuran fragmen. Sebaliknya, insersi atau delesi fragmen kecil DNA dapat mengubah ukuran fragmen yang diamplifikasi (Weising et al, dalam Kurniawirawan, 2007). Polimorfisme genetik pada ikan budidaya lebih rendah dibandingkan dengan populasi di perairan umum. Hal ini karena aktifitas seleksi induk yang tidak terkontrol dan kemungkinan terjadinya inbreeding akibat jumlah induk yang semakin terbatas pada sistem budidaya bisa mereduksi tingkat keragaman genetik populasi. Nilai heterozigotas rata-rata pada ikan betok dari populasi Jawa adalah paling rendah 0,088 dibandingkan dengan populasi ikan betok dari Sumatera (0,095) dan Kalimantan (0,109). Kecenderungan ada peningkatan keseragaman populasi pada ikan betok di Jawa dan Sumatera diduga terkait dengan pola distribusinya yang terbatas sehingga pertukaran materi genetik tidak meningkatkan variasi. Sedangkan heterozigositas yang semakin tereduksi

sesuai dengan kondisi alami populasi ikan betok di Kalimantan diduga menjadi penyebab terjadinya genetic drift karena beberapa populasi diduga terperangkap dalam area yang tertutup (sistem budidaya) sehingga mengakibatkan rendahnya variasi gen. Pengujian Fst keragaman genetik antar populasi menunjukkan perbedaan yang nyata antara populasi ikan betok Kalimantan dengan Sumatera dan Jawa. Sedangkan antara populasi ikan betok Sumatera dan ikan betok Jawa menunjukkan kesamaan populasi atau mencerminkan distribusi unsur genetik yang sama.

Keragaman genetik mempengaruhi kemampuan spesies untuk merespon perubahan lingkungan baik buatan maupun alami dalam proses adaptasi agar bertahan hidup. Setiap kombinasi gen memiliki respons yang berbeda terhadap perubahan lingkungan, dalam hal ini keberagaman gen memberikan peluang yang lebih baik untuk dapat merespon perubahan lingkungan tersebut. Reduksi variasi genetik yang berlangsung dalam waktu lama dapat mengarah pada penurunan produktifitas populasi yang berdampak pada penurunan profit. Untuk mengatasi hal tersebut perlu dilakukan revitalisasi stok induk dengan mengintroduksi ragam genetik di lingkungan budidaya maupun restocking di perairan umum (Tave, 1983)

Hubungan kekerabatan antar populasi yang digambarkan menurut jarak genetik menunjukkan bahwa semakin kecil jarak genetik maka semakin tinggi kemiripan populasi tersebut, dan sebaliknya. Jarak genetik antara ketiga populasi ikan betok berkisar antara 0,279-0,551 yang menunjukkan bahwa ikan betok Jawa dengan Sumatera memiliki kemiripan yang lebih tinggi dibandingkan dengan populasi dari Kalimantan. Selain itu, lingkungan perairan rawa di Kalimantan diduga mempengaruhi perbedaan variasi genetik tersebut terkait dengan parameter kualitas air, terutama alkalinitas dan pH yang lebih rendah dibandingkan dengan perairan lingkungan budidaya di Jawa dan Sumatera (Pellokila, 2009)

Tingkah laku migrasi pada ikan betok, biasanya setelah hujan lebat ikan ini terlihat bergerak di daratan menuju kawasan perairan lain. Migrasi umumnya terjadi pada malam hari dan setelah hujan. Saat berpindah tempat mereka menggunakan ekor dan tutup insangnya yang berduri. Tujuan migrasi yang paling utama adalah karena faktor kelaparan dan untuk memijah. Ikan betok bersifat

ovipar, memijah sepanjang tahun dengan puncak pemijahannya pada musim penghujan (musim banjir) di tepi tumbuhan air. Puncak pemijahan terjadi pada bulan Oktober-Desember, dengan telur telur mengapung bebas (egg layer). Suhu air yang cocok untuk pemijahan ikan betok adalah 28°C dengan pH 7. Pada musim kemarau, ikan ini membenamkan diri ke dalam lumpur dan muncul kembali saat musim penghujan (Pellokila, 2009). Selain itu, di perairan rawa, fluktuasi air tinggi dalam setahun sangat besar, hal ini terkait dengan siklus hidrologi. Akibat adanya peningkatan kedalaman dan penggenangan daratan, habitat berkembang sangat luas. Semakin luas habitat, semakin beragam pula sebaran makhluk hidup yang hidup di dalamnya karena semakin beragam pula ketersediaan makanan yang terdapat di sana. Hal ini sesuai dengan tangkapan ikan betok yang diperoleh (Setiadi dan Dewi 1989). Hasil tangkapan terbanyak terdapat pada bulan Desember saat kedalaman air tinggi. Pada populasi ikan betok dari Kalimantan, perubahan kondisi lingkungan diduga juga dipengaruhi oleh kerusakan lingkungan seperti kerusakan hutan, penebangan hutan bakau dan pencemaran lingkungan, sehingga mengakibatkan penurunan kualitas air yang berdampak pada semakin kritisnya peluang hidup ikan betok, dan memperkecil adanya migrasi maupun interaksi dengan populasi ikan betok dari tempat lain (Christanty, 2009)

Pada penelitian ini, populasi ikan betok Kalimantan menunjukkan perbedaan yang paling besar terhadap populasi Jawa dan Sumatera. Kombinasi gen yang dimiliki populasi Kalimantan diduga menunjukkan kemampuan adaptif yang berbeda bila populasi berada dalam lingkungan yang baru. Organisme yang sejak semula menduduki suatu area geografi tertentu dan merupakan suatu populasi diduga tetap mewakili golongan tempat asalnya meski muncul dan hilangnya variasi gen diantara berbagai frekuensi gen yang sudah ada sejak permulaan (Stansfield, 1991). Populasi ikan betok yang baru terbentuk bisa saja tereduksi menjadi populasi yang lebih kecil pada berbagai waktu sehingga mekanisme “leher botol” (bottle neck) bisa mempengaruhi perubahan frekuensi gen baru (fiksasi gen) dan membentuk populasi lain anggota populasi satu dengan lainnya tidak lagi dapat kawin (Stansfield, 1991). Selain itu, jika suatu spesies terpapar dalam lingkungan yang berfluktuasi dalam periode waktu yang cukup

lama, maka kemampuannya untuk bertahan hidup menjadi bergantung pada kelengkapan keragaman genetiknya dengan munculnya genotip-genotip baru yang memiliki toleransi baru sehingga memungkinkan spesies tersebut untuk bertahan hidup dan mengembangkan jenisnya (Stansfield, 1991)

Keragaman morfometrik ikan betok Kalimantan lebih rendah dibandingkan dengan populasi betok Jawa dan Sumatera. Berdasarkan uji signifikansi karakter morfometrik diketahui 3 fenotip, yaitu karakter B5-7 (awal sirip perut-akhir sirip anal), B10-6 (akhir sirip punggung-awal sirip anal) dan C8-9 (awal sirip ekor atas-awal sirip ekor bawah), menunjukkan perbedaan populasi betok Kalimantan dengan populasi Jawa dan Sumatera. Dalam hal ini, 18 karakter yang tidak berbeda nyata dapat digunakan sebagai penciri jenis ikan betok. Perbedaan habitat masing masing populasi dapat menjadi penyebab adanya perbedaan pada ketiga karakter tersebut. Selain perbedaan habitat, faktor ragam lingkungan seperti pakan, kepadatan populasi, ukuran dan umur induk, ukuran telur, dan teknik pendederan juga dapat mempengaruhi (Alawi et al, 2006).

Hasil analisis fungsi kanonikal (Gambar 7) memperlihatkan bahwa karakter morfologi ikan betok dari Jawa dan Sumatera tidak bersinggungan dengan ikan betok Kalimantan. Karakter morfometrik ikan betok Jawa berada di kuadran 1. Sedangkan karakter morfometrik ikan betok Sumatera dan betok Kalimantan berada di kuadran 3 dan 4. Persinggungan yang terjadi antara ikan betok Jawa dan Sumatera menunjukkan adanya kemiripan diantara kedua populasi tersebut. Karakter ikan betok Jawa dan Sumatera hanya sedikit yang bersinggungan, sedangkan ikan betok Kalimantan sama sekali tidak bersinggungan dengan ikan betok Jawa dan betok Sumatera. Hal ini menunjukkan adanya perbedaan morfometrik antara ikan betok Kalimantan dengan betok Jawa dan Sumatera.

IV. KESIMPULAN DAN SARAN

4.1. Kesimpulan

Populasi ikan betok dari Kalimantan memiliki tingkat polimorfisme yang paling tinggi (25,92%) dan hubungan kekerabatan genetik yang paling jauh terhadap populasi ikan betok dari Jawa (0,551) dan Sumatera (0,398). Karakter morfometrik populasi ikan betok Jawa memiliki indeks kemiripan dengan populasi ikan betok Sumatera sebesar 10%.

4.2. Saran

Untuk meningkatkan deskripsi keragaman genetik dan kemiripan ikan uji sebaiknya dilakukan penambahan jumlah dan variasi ukuran sampel yang dianalisis. Tingkat keragaman genetik yang tinggi dapat dipertimbangkan sebagai dasar seleksi populasi dalam pembentukan calon induk untuk kegiatan budidaya.

DAFTAR PUSTAKA

Alawi H, Nuraini, Sukendi. 2006. Genetika dan Pemuliaan Ikan. Uni Press. Pekanbaru.

[Anonim]. 2011. Ikan Betok .www.wikipedia.com [7 Agustus 2011].

[Anonim]. 2011. Ilmuwan IPB Rekayasa Genetik Ikan Betok. www.kompas.com [5 Agustus 2011].

Brzesky VJ, Doyle RW. 1988. A morphometric criterion for sex discrimination in tilapia. In Pullin, R.S.V., T. Bukaswan, K. Tonguthai, and J.L. Maclan (Eds.). The Second ISTA, Bangkok, Thailand. ICLARM Conf. Proc. 15:439-444.

Christanty L. 2009. Sumber Daya Alam : Ciptaan Tuhan Yang Harus Dilestarikan. Coremap II-LIPI. Jakarta.

Kurniawirawan A. 2007. Analisis Keragaman Genetik Beberapa Populasi Ikan Batak (Tor soro) dengan Metode Random Amplified Polymorphism DNA (RAPD) [Skripsi]. Jurusan Manajemen Sumberdaya Perairan. Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan. Institut Pertanian Bogor.

Miller MP. 1997. A Windows Program for the Analysis of Allozym and Molecular Population Genetic Data. Departmen of Biological Sciences Northern Arizona University Box 5640 Flagstaff, AZ 86011-5640.

Muladno. 2002. Seputar Teknologi Rekayasa Genetik. Pustaka Wirausaha Muda. Bogor.

Pellokila NAY. 2009. Biologi Reproduksi Ikan Betok (Anabas testudineus Bloch, 1792) di Rawa Banjiran Das Mahakam, Kalimantan Timur. [Skripsi]. Departemen Manajemen Sumberdaya Perairan, Institut Pertanian Bogor. Bogor.

Raymond ML, Rousset F. 1995. An exact test for population differentiation. Evolution 49: 1280-1283.

Rogers JS. 1972. Measures of genetic similarity and genetic distance. p. 145-154 in "Studies in Genetics VII". University of Texas Publication no. 7213, Austin.

Setiadi D, Dewi. 1989 . Dasar Dasar Ekologi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Pusat Antar Universitas Ilmu Hayat Institut Pertanian Bogor. Bogor.

Soewardi K. 2007. Pengelolaan Keragaman Genetik Sumberdaya Perikanan dan Kelautan.Departemen Manajemen Sumberdaya Perairan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Institut Pertanian Bogor. Bogor.

Stansfield WD. 1991. Genetika Edisi Kedua. Penerbit Erlangga, Jakarta.

Tave D. 1983. Genetics for Fish Managers. The AVI Publ. Comp. Inc. NY, USA.418. pp.

Wright S. 1978. Evolution and the Genetics of Populations, vol. 4. Variability Within and Among Natural Populations. University of Chicago Press, Chicago.

www.fishbase.org. Anabas testudineus Bloch 1792. [terhubung berkala]. www. Fishbase.com/PopDyn/PopCharList.php?ID=495&GenusName=Anabas&S peciesName=testudineus&fc=426. [14 November 2011].

Yuwono T. 2006. Teori dan Aplikasi Polymerase Chain Reaction. Penerbit Andi Yogyakarta.

Lampiran 1. Amplifikasi DNA pada 3 populasi ikan betok

Amplifikasi OPA-02 sampel ke 4,5,6 pada ikan betok Jawa,

Sumatera, Kalimantan

Amplifikasi OPA-02 sampel ke 7,8,9 pada ikan betok Jawa,

Sumatera, Kalimantan

Amplifikasi OPC-02 sampel ke 1,2,3 pada ikan betok Jawa,

Sumatera, Kalimantan

Amplifikasi OPC-02 sampel ke 7,8,9 pada ikan betok Jawa,

Sumatera, Kalimantan

Amplifikasi OPC-05 sampel ke 4,5,6 pada ikan betok Jawa,

Sumatera, Kalimantan

Amplifikasi OPC-05 sampel ke 7,8,9 pada ikan betok Jawa,

Lampiran 2. Uraian statistik

9/12/2011 4:47:15 AM

Analysis of C:\TFPGA\BETOK.DAT

Data set contains genotypes of individuals sampled from populations. Organism Type: Diploid

Marker Type: Dominant H-W Equilibrium Assumed.

Allele frequencies estimated based on the square root of the frequency of the null (recessive) genotype. DESCRIPTIVE STATISTICS

******************************************************** RESULTS FOR EACH POPULATION.

POPULATION 1

Locus 1 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 2 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Amplifikasi OPA 02, OPC-02, OPC 05 sampel ke 10 pada ikan betok Jawa, Sumatera, Kalimantan

Locus 3 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 4 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.000

Locus 5 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 7 0.4523 4.9545 0.4954 2 3 0.5477 4.9545 0.4954 Heterozygosity: 0.4954

Heterozygosity (unbiased): 0.5215 Heterozygosity (direct count): 0.4954

Locus 6 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 7 0.4523 4.9545 0.4954 2 3 0.5477 4.9545 0.4954 Heterozygosity: 0.4954

Heterozygosity (unbiased): 0.5215 Heterozygosity (direct count): 0.4954

Locus 7 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 8 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 9 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 10 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 11 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 12 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 13 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 14 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 15 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 16 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 17 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 4 0.2254 3.4919 0.3492 2 6 0.7746 3.4919 0.3492 Heterozygosity: 0.3492

Heterozygosity (unbiased): 0.3676 Heterozygosity (direct count): 0.3492

Locus 18 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 19 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 20 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 21 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 22 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 8 0.5528 4.9443 0.4944 2 2 0.4472 4.9443 0.4944 Heterozygosity: 0.4944

Heterozygosity (unbiased): 0.5204 Heterozygosity (direct count): 0.4944

Locus 23 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 9 0.6838 4.3246 0.4325 2 1 0.3162 4.3246 0.4325 Heterozygosity: 0.4325

Heterozygosity (unbiased): 0.4552 Heterozygosity (direct count): 0.4325

Locus 24 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 25 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 26 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 27 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

--- Results over all loci

Ave. sample size: 10.0000 Ave. heterozygosity: 0.0840

Ave. heterozygosity (unbiased): 0.0884 Ave. heterozygosity (direct count): 0.0840 % polymorphic loci (no criterion): 18.5185 % polymorphic loci (99% criterion): 18.5185 % polymorphic loci (95% criterion): 18.518 POPULATION 2

Locus 1 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 9 0.6838 4.3246 0.4325 2 1 0.3162 4.3246 0.4325 Heterozygosity: 0.4325

Heterozygosity (unbiased): 0.4552 Heterozygosity (direct count): 0.4325

Locus 2 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 3 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 4 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 5 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 6 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000 Locus 7 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 8 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 9 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 9 0.6838 4.3246 0.4325 2 1 0.3162 4.3246 0.4325 Heterozygosity: 0.4325

Heterozygosity (unbiased): 0.4552 Heterozygosity (direct count): 0.4325

Locus 10 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 11 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 12 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 13 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 14 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 15 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 16 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 17 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 18 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 19 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 20 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 21 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 22 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 2 0.1056 1.8885 0.1889 2 8 0.8944 1.8885 0.1889 Heterozygosity: 0.1889

Heterozygosity (unbiased): 0.1988 Heterozygosity (direct count): 0.1889

Locus 23 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 6 0.3675 4.6491 0.4649 2 4 0.6325 4.6491 0.4649 Heterozygosity: 0.4649

Heterozygosity (unbiased): 0.4894 Heterozygosity (direct count): 0.4649

Locus 24 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 25 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 10 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 26 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 7 0.4523 4.9545 0.4954 2 3 0.5477 4.9545 0.4954 Heterozygosity: 0.4954

Heterozygosity (unbiased): 0.5215 Heterozygosity (direct count): 0.4954

Locus 27 # obs. at locus= 10

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 9 0.6838 4.3246 0.4325 2 1 0.3162 4.3246 0.4325 Heterozygosity: 0.4325

Heterozygosity (unbiased): 0.4552 Heterozygosity (direct count): 0.4325

--- Results over all loci

Ave. sample size: 10.0000 Ave. heterozygosity: 0.0906

Ave. heterozygosity (unbiased): 0.0954 Ave. heterozygosity (direct count): 0.0906 % polymorphic loci (no criterion): 22.2222 % polymorphic loci (99% criterion): 22.2222 % polymorphic loci (95% criterion): 22.2222

POPULATION 3

Locus 1 # obs. at locus= 9

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 0 0.0000 0.0000 0.0000 2 9 1.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 2 # obs. at locus= 9

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 9 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 3 # obs. at locus= 9

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 9 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 4 # obs. at locus= 9

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 9 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 5 # obs. at locus= 9

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 9 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 6 # obs. at locus= 9

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 9 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 7 # obs. at locus= 9

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 9 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 8 # obs. at locus= 9

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 5 0.3333 4.0000 0.4444 2 4 0.6667 4.0000 0.4444 Heterozygosity: 0.4444

Heterozygosity (unbiased): 0.4706 Heterozygosity (direct count): 0.4444

Locus 9 # obs. at locus= 9

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 5 0.3333 4.0000 0.4444 2 4 0.6667 4.0000 0.4444 Heterozygosity: 0.4444

Heterozygosity (unbiased): 0.4706 Heterozygosity (direct count): 0.4444

Locus 10 # obs. at locus= 9

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 9 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 11 # obs. at locus= 9

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 9 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 12 # obs. at locus= 9

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 9 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 13 # obs. at locus= 9

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 5 0.3333 4.0000 0.4444 2 4 0.6667 4.0000 0.4444 Heterozygosity: 0.4444

Heterozygosity (unbiased): 0.4706 Heterozygosity (direct count): 0.4444

Locus 14 # obs. at locus= 9

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 9 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 15 # obs. at locus= 9

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 9 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 16 # obs. at locus= 9

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 9 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 17 # obs. at locus= 9

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 9 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 18 # obs. at locus= 9

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 7 0.5286 4.4853 0.4984 2 2 0.4714 4.4853 0.4984 Heterozygosity: 0.4984

Heterozygosity (unbiased): 0.5277 Heterozygosity (direct count): 0.4984

Locus 19 # obs. at locus= 9

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 8 0.6667 4.0000 0.4444 2 1 0.3333 4.0000 0.4444 Heterozygosity: 0.4444

Heterozygosity (unbiased): 0.4706 Heterozygosity (direct count): 0.4444

Locus 20 # obs. at locus= 9

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 9 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 21 # obs. at locus= 9

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 9 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 22 # obs. at locus= 9

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 2 0.1181 1.8745 0.2083 2 7 0.8819 1.8745 0.2083 Heterozygosity: 0.2083

Heterozygosity (unbiased): 0.2205 Heterozygosity (direct count): 0.2083

Locus 23 # obs. at locus= 9

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 0 0.0000 0.0000 0.0000 2 9 1.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 24 # obs. at locus= 9

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 0 0.0000 0.0000 0.0000 2 9 1.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 25 # obs. at locus= 9

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 3 0.1835 2.6969 0.2997 2 6 0.8165 2.6969 0.2997 Heterozygosity: 0.2997

Heterozygosity (unbiased): 0.3173 Heterozygosity (direct count): 0.2997

Locus 26 # obs. at locus= 9

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 0 0.0000 0.0000 0.0000 2 9 1.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

Locus 27 # obs. at locus= 9

allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 0 0.0000 0.0000 0.0000 2 9 1.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000

Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000

--- Results over all loci

Ave. sample size: 9.0000 Ave. heterozygosity: 0.1031

Ave. heterozygosity (unbiased): 0.1092 Ave. heterozygosity (direct count): 0.1031 % polymorphic loci (no criterion): 25.9259 % polymorphic loci (99% criterion): 25.9259 % polymorphic loci (95% criterion): 25.9259

Lampiran 3. Pengukuran 21 karakter morfometrik ikan betok Jawa, Sumatera, dan Kalimantan (cm)

Lampiran 4. Koefisien keragaman morfometrik 3 populasi ikan betok

Karakter yang

diukur ^Jawa ^{A1-2 24,98 A1-4 6,86 A2-3 21,33 A1-5 20,47 A1-3 26,77 A4-5 10,20 A2-5 17,44 A3-5 111,24 A3-4 15,51 A2-4 ^29,98 ^{B10-4 10,09 B6-4 ^13,32 ^{B5-7 ^15,65 ^{B5-6 19,86 B10-6 ^8,91 ^{C10-9 ^24,87 ^{C10-7 ^14,47 ^{C7-8 ^57,06 ^{C8-9 ^22,41 ^{C10-8 ^15,31 ^{C7-9 ^22,37 ^Sumatera ^Kalimantan ^Rataan 17,30}}}}}} 15,85 ^19,37 27,99}} 11,24 ^15,36 17,39} 19,51 ^19,41 18,96 26,32 ^21,91 31,44 16,98 ^25,06 9,23 20,97 ^13,46 6,73 17,10 ^13,75 35,67 36,14 61,01 10,67 17,69 ^14,62 40,37} ^26,20 ^32,18 3,24 7,33 6,88 4,70 ^17,62 ^11,88 5,35 ^9,74 ^10,24 12,48 19,34 17,22 6,27 ^14,16 ^9,78 119,13 ^16,04 ^53,34 20,80 ^14,51 ^16,59 48,28 ^13,85 ^39,73 16,11 ^12,59 ^17,03 20,12 ^8,54 ^14,65 12,98 ^14,44 ^16,59

HUBUNGAN 3 POPULASI IKAN BETOK (Anabas testudineus)

BERDASARKAN ANALISIS RAPD (Random Amplified

Polymorphic DNA) DAN KARAKTER MORFOMETRIK

PEMBARUAN SIREGAR

SKRIPSI

DEPARTEMEN BUDIDAYA PERAIRAN

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

BOGOR

DAFTAR PUSTAKA

Alawi H, Nuraini, Sukendi. 2006. Genetika dan Pemuliaan Ikan. Uni Press. Pekanbaru.

[Anonim]. 2011. Ikan Betok .www.wikipedia.com [7 Agustus 2011].

[Anonim]. 2011. Ilmuwan IPB Rekayasa Genetik Ikan Betok. www.kompas.com [5 Agustus 2011].

Christanty L. 2009. Sumber Daya Alam : Ciptaan Tuhan Yang Harus Dilestarikan. Coremap II-LIPI. Jakarta.

Dalam dokumen Hubungan 3 populasi ikan betok (Anabas testudineus) berdasarkan analisis RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) dan karakter morfometrik (Halaman 48-95)