pasca Pemutihan berdasarkan waktu inkubasi 10 hari dalam media pengkayaan zooxanthellae;
Uji diversitas DNA zooxanthellae pada Goniastrea aspera pasca pemutihan berdasarkan waktu inkubasi dilakukan dengan cara mengeramkan obyek penelitian pada media yang telah diperkaya kepadatan zooxanthellae selama kurun waktu tertentu. Inkubasi Goniastrea aspera pasca pemutihan pada periode pertama ini dilakukan dalam kurun waktu waktu 10 hari. Waktu inkubasi pendek selama 10 hari didasarkan kepada hasil analisis pada uji degradasi jaringan polip karang dan ketahanannya pasca pemutihan pada sekuen penelitian sebelumnya. Dalam hal ini indikasi pemulihan (recovery) dapat berlangsung dalam kurun waktu 2 minggu, sementara itu Lenhoff (1974) mengemukakan bahwa proses recognisi zooxanthellae hingga transduksinya pada jaringan polip karang yang terjadi secara acak dapat berlangsung selama 7 hari. Hal yang sama diinformasikan oleh Glasson (1993) meskipun tidak menyebutkan waktu bahwa dalam kondisi terjadi pemutihan parsial dengan dukungan ketersediaan nutrisi dan menurunnya tekanan lingkungan maka dengan cepat karang dapat pulih kembali.
Hewan uji yang telah dikenakan pengeraman pada media yang diperkaya zooxanthellae dalam kurun waktu 10 hari selanjutnya dipisahkan dalam dua kondisi, yaitu lingkungan perairan alami (daerah terumbu karang di Selatan Pulau panjang Jepara) dan di lingkungan binaan yang disesuaikan dengan kondisi alami. Setelah tiga (3) minggu dan enam (6) minggu sejak awal inkubasi pasca pengeraman dilakukan analisis diversitas DNA untuk mengevaluasi keberhasilan translokasi. Penempatan contoh pasca pengeraman di lingkungan perairan alami kawasan terumbu karang selatan Pulau Panjang Jepara dilakukan pada lokasi kedalaman antara 3 meter hingga 5 meter.
Dari hasil amplifikasi PCR terhadap contoh DNA zooxanthellae yang diekstrak dari masing-masing media pengkayaan zooxanthellae diperoleh pita-pita yang bervariasi (Gambar 29).
A. Minggu Awal
B. Minggu Ketiga setelah mengalami pengkayaan zooxanthellae
Pengkayaan Clade A
Pengkayaan Clade B
Pengkayaan Clade C
C. Minggu Keenam setelah mengalami pengkayaan zooxanthellae
Pengkayaan Clade A Pengkayaan Clade B Pengkayaan Clade C
Gambar 29. Pola Pita DNA Zooxanthellae pada Jaringan Polip Goniastrea aspera yang diperkaya dengan Zooxanthellae Clade A, B dan C pada masa inkubasi 10 hari.
Dari pita pemotretan analisis DNA dapat diketahui besarnya pasangan basa masing-masing contoh. Analisis phylogenik untuk mengetahui kekerabatan DNA contoh dilakukan terhadap semua tahapan pengujian DNA, yaitu waktu pengujian awal, minggu ketiga dan minggu keenam. Hasil analisis phylogenik tersebut didasarkan kepada indikasi pasangan basa dari masing-masing pengukuran DNA dengan pembandingan nilai pasangan basa beberapa clade yang diperoleh dari Genbank. Kode akses pembanding adalah EU449053 (Clade A); EU449026 (Clade A); EU449070 (Clade B); EU449072 (Clade B); EU449066 (Clade B); EU333740 (Clade C); EU333737 (Clade C); EU333735 (Clade C); EU333707 (Clade D) dan EU333708 (Clade D). Hasil analisis phylogenik tersebut adalah seperti terlihat pada Gambar 30.
Hasil analisis phylogenik di atas memperlihatkan bahwa konsentrasi tipe zooxanthellae lebih dominan dari jenis Clade A, yaitu sebesar 94,7% dari keseluruhan zooxanthellae yang diuji sejak dari awal pengujian hingga minggu keenam setelah inang Goniastrea aspera diinkubasikan di perairan alami maupun binaan. Clade B, Clade C dan Clade D hanya ditemukan tertransduksi pada 4 inang Goniastrea aspera atau 5,3% dari total pengujian DNA. Hasil rekapitulasi analisis phylogenik berdasarkan waktu pengujian, media pengkayaan serta lokasi inkubasi adalah sebagaimana disajikan pada Tabel 16.
Tabel 16. Diversitas DNA pada Polip Goniastrea aspera pasca pemutihan dalam masa pengeraman 10 hari media Pengkayaan Zooxanthellae
Waktu Pengukuran Media Berdasarkan
Jenis Clade Lokasi Inkubasi Diversitas DNA pada Contoh :
1 2 3 4
Awal Pasca pemutihan Media Binaan A A A A
Minggu III A Perairan Alami A A A A
Media Binaan A A A A
B Perairan Alami A A A A
Media Binaan A A A A
C Perairan Alami A A A A
Media Binaan A A A A
Minggu VI A Perairan Alami A A A/C A/B
Media Binaan A A A A
B Perairan Alami A A A/D A
Media Binaan A A A A
C Perairan Alami A A A A/B
Media Binaan A A A A
Keterangan :
1. Contoh diinkubasi pada perairan alami terumbu karang selatan Pulau Panjang Jepara. Contoh 1 dan 2 diinkubasi pada kedalaman 3 meter, sedangkan contoh 3 dan 4 diinkubasi pada kedalaman 5 meter. 2. Uji diversitas didasarkan kepada sekuen pembacaan hasil penghitungan nilai pasangan basa serta analisis
T1 : O-Apa1; T1 : 3-Amb2 T1 : 3-Bpa2; T1 : 3-Bpa4 T1 : 3-Bmb2; T1 : 3-Cpa2 T1 : 3-Cpa4; T1 : 3-Cmb2 T1 : 6-Apa1; T1 : 6-Bpa1 T1 : 6-Bpa3; T1 : 6-Bmb2 T1 : 6-Cpa1; T1 : 6-Cmb2 T1 : 3-Apa2; T1 : 3-Apa3 T1 : 3-Amb1; T1 : 3-Bpa3 T1 : 3-Cpa3; T1 : 6-Bpa2 T1 : 6-Cpa3 T1 : 3-Apa1; T1 : 3-Apa4 T1 : 6-Apa5; T1 : 6-Bpa5 T1 : 6-Bmb3; T1 : 3-Bmb1 T1 : 3-Bmb3 T1 : 3-Bmb4 T1 : 3-Cpa1 T1 : 3-Cmb1 T1 : 3-Cmb3; T1 : 3-Cmb4 T1 : 6-Apa2; T1 : 6-Apa3 T1 : 6-Amb1; T1 : 6-Amb2 T1 : 6-Amb3 T1 : 6-Amb4; T1 : O-Apa2 T1 : O-Apa3; T1 : O-Apa4 T1 : 3-Amb3; T1 : 3-Amb4 T1 : 3-Bpa1; T1 : 6-Bmb1 T1 : 6-Bmb4 T1 : 6-Cpa2 Clade A : EU449026 T1 : 6-Cpa4 T1 : 6-Cmb1 T1 : 6-Cmb3 T1 : 6-Cmb4 Clade A : EU449053 T1 : 6-Apa6 Clade B : EU449066 T1 : 6-Cpa5 Clade B : EU449079 Clade B : EU449072 T1 : 6-Apa4 Clade C : EU333740 Clade C : EU333737 Clade C : EU333735 T1 : 6-Bpa4 Clade D : EU333707 Clade D : EU333708 4 3 2 1 0
Minimun distance between clusters
Gambar 30. Hubungan kekerabatan DNA beberapa jenis zooxanthellae pada tahap uji diversitas DNA zooxanthellae pada media pengkayaan zooxanthellae selama masa inkubasi 10 hari. Outgrup diakses dari Genbank; Clade A dengan kode EU449053 dan EU449026; Clade B adalah EU449070, EU449072 dan EU449066; Clade C adalah EU333740, EU333737 dan EU333735; Clade D adalah EU333707 dan EU333708. T1 = Tahap 10 hari; 0 = peneraan awal; 3 = peneraan minggu ketiga dan 6 = peneraan minggu keenam. A, B dan C = media dengan pengkayaan Clade A, Clade B dan Clade C terhadap Goniastrea aspera pasca pemutihan; pa merupakan tempat inkubasi pada perairan alami; bm merupakan tempat inkubasi pada media binaan, pa merupakan tempat inkubasi di perairan alami dan 1, 2 ... merupakan jumlah contoh biota uji.
Hasil analisis diversitas DNA yang tertransduksi pada Goniastrea aspera berdasarkan periode pengeraman 10 hari dan inkubasi 3 serta 6 minggu berbagai tingkat clade diperoleh keterangan bahwa :
1. Pada awal pemutihan tingkat kualitas DNA homogen yaitu clade A 2. Pada media clade A terjadi transduksi alami dengan clade B dan C 3. Pada media clade B terjadi transduksi alami dengan clade D 4. Pada media clade C terjadi transduksi alami dengan clade B 5. Pada media binaan (laboratorium) tidak terjadi transduksi 6. Terdapat konsistensinya kandungan clade A
7. Transduksi alami terjadi pada kedalaman 5 meter, sedang pada kedalaman 3 meter tidak terjadi transduksi alami
Hasil analisis diversitas tahap ini sebagaimana diperlihatkan pada tabel di atas menunjukkan bahwa masa pengeraman selama 10 hari belum memperlihatkan potensi transduksi secara buatan. Namun demikian selama periode 6 minggu diindikasikan terjadi transduksi alami. Transduksi terjadi pada perairan alami terumbu karang pada kedalaman 5 meter.