Hasil
Sampel jaringan tubuh dari delapan jenis burung lokal yaitu ayam kampung, bondol jawa, bondol peking, cucak kutilang, merbah cerukcuk, manyar jambul, dederuk jawa dan itik di ekstraksi menggunakan metode ekstraksi jaringan presipitasi amonium asetat, kemudian dilakukan amplifikasi fragmen sitokrom b dari DNA mitokondria menggunakan primer universal L1484/H15149 (Kocher et al. 1989) melalui metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dan menghasilkan DNA hasil PCR (amplikon) dengan ukuran sebesar 359 pasangan basa (pb). Ukuran amplikon dapat dilihat pada gambar 11.
Gambar 11 DNA ladder (a) serta amplikon delapan jenis burung lokal yaitu; bondol jawa (b), bondol peking (c), merbah cerukcuk (d), cucak kutilang (e), dederuk jawa (f), manyar jambul (g) dan itik (h).
Amplikon yang sudah diperoleh kemudian dicerna/dipotong dengan menggunakan enzim restriksi endonuklease Hinf I dan Rsa I sehingga diperoleh fragmen restriksi. Pengukuran fragmen hasil pemotongan/fragmen restriksi
dilakukan secara manual sehingga dapat diperoleh prediksi ukuran fragmen restriksi. Hasil dari amplikon dan fragmen restriksi dari delapan jenis burung lokal dapat dilihat pada tabel 2.
Semua amplikon dari delapan sampel jaringan tubuh burung lokal dapat dipotong menjadi 2 fragmen dengan menggunakan enzim restriksi endonuklease
Hinf I, sedangkan enzim restriksi endonuklease Rsa I hanya dapat digunakan
untuk memotong tujuh amplikon dari delapan amplikon sampel burung. Amplikon sampel burung yang tidak dapat terpotong dengan enzim restriksi endonuklease
Rsa I adalah itik (Anas domesticus).
Burung manyar jambul (Ploceus manyar) dan bondol peking (Lonchura
punctulata) mempunyai lokasi yang sama dalam pemotongan dengan enzim
restriksi endonuklease Hinf I tetapi mempunyai lokasi yang berbeda dalam pemotongan dengan menggunakan enzim restriksi endonuklease Rsa I. Ayam kampung (Gallus gallus domesticus) dan merbah cerukcuk (Pycnonotus goiavier) mempunyai persamaan lokasi pemotongan dengan menggunakan enzim restriksi endonuklease Rsa I, hal ini juga tejadi pada manyar jambul (Ploceus manyar) dan dederuk jawa (Streptopelia bitorquata).
Burung merbah cerukcuk (Pycnonotus goiavier) yang mempunyai amplikon berukuran 359 pb akan terpotong menjadi dua fragmen dengan pemotongan menggunakan enzim restriksi endonuklease Hinf I dan Rsa I. Fragmen restriksi hasil pemotongan dengan menggunakan enzim restriksi endonuklease Hinf I berukuran 183 pb dan 176 pb (Gambar 12), serta fragmen restriksi hasil pemotongan dengan enzim restriksi endonuklease RSA I berukuran 200 pb dan 159 pb (Gambar 13). Amplikon burung cucak kutilang (Pycnonotus
aurigaster) yang dipotong dengan enzim restriksi endonuklease Hinf I terpotong
menjadi dua fragmen yang masing-masing diperkirakan berukuran 300 pb dan 59 pb dimana dapat dilihat pada Gambar 12, fragmen yang diperkirakan berukuran 59 pb pada gambar tidak terlihat karena berat molekul DNA terlalu kecil sehingga bergerak lebih cepat. Sedangkan pemotongan amplikon cucak kutilang dengan menggunakan enzim restriksi endonuklease Rsa I menghasilkan dua fragmen restriksi yang masing-masing berukuran 209 pb dan 150 pb (Gambar 13).
Gambar 12 DNA ladder (a), fragmen restriksi merbah cerukcuk (b) dan fragmen restriksi cucak kutilang (c) yang dipotong dengan menggunakan
Hinf I.
Gambar 13 DNA ladder (a), fragmen restriksi dederuk jawa (d), fragmen restriksi cucak kutilang (e) dan fragmen restriksi merbah cerukcuk (f) yang dipotong dengan enzim Rsa I.
Amplikon burung manyar jambul (Ploceus manyar) yang dipotong dengan menggunakan enzim restriksi endonuklease Hinf I menghasilkan dua fragmen restriksi yang berukuran 255 pb dan 104 pb (Gambar 14), serta amplikon burung manyar jambul yang dipotong dengan menggunakan enzim restiksi endonuklease
RSA I menghasilkan fragmen restriksi yang berukuran 197 pb dan 162 pb
(Gambar 15).
Gambar 14 DNA ladder (a) dan fragmen restriksi manyar jambul (b) yang dipotong dengan enzim Hinf I.
Gambar 15 DNA ladder (a) dan fragmen restriksi manyar jambul (b) yang dipotong dengan enzim Rsa I.
Amplikon burung bondol jawa (Lonchura leucogastroides) yang dipotong dengan menggunakan enzim restriksi endonuklease Hinf I menghasilkan fragmen restriksi yang berukuran 243 pb dan 116 pb (Gambar 16). Sedangkan pemotongan amplikon bondol jawa dengan menggunakan enzim restriksi endonuklease Rsa I menghasilkan fragmen yang berukuran 189 pb dan 170 pb (Gambar 17). Amplikon bondol peking (Lonchura punctulata) yang dipotong dengan menggunakan enzim restriksi endonuklease Hinf I menghasilkan fragmen restriksi yang berukuran 255 pb dan 104 pb (Gambar 16), serta pemotongan amplikon bondol peking menggunakan enzim restriksi endonuklease Rsa I menghasilkan fragmen yang berukuran 182 pb dan 177 pb (Gambar 17).
Gambar 16 DNA ladder (a), fragmen restriksi bondol jawa (b) dan bondol peking (c) yang dipotong dengan Hinf I.
Gambar 17 DNA ladder (a), fragmen restriksi bondol jawa (b) dan bondol peking (c) yang dipotong dengan Rsa I.
Burung dederuk jawa (Streptopelia bitorquata) yang mempunyai ukuran amplikon 359 pb diperkirakan terpotong menjadi dua fragmen yang masing-masing berukuran 271 pb dan 88 pb pada pemotongan menggunakan enzim restriksi endonuklease Hinf I yang dapat dilihat pada Gambar 18 (fragmen yang diperkirakan berukuran 88 pb pada gambar tidak terlihat karena berat molekul DNA terlalu kecil sehingga bergerak lebih cepat), serta berukuran 197 pb dan 162pb pada pemotongan dengan menggunakan enzim restriksi endonuklease Rsa I (Gambar 13).
Gambar 18 DNA ladder (a) serta fragmen restriksi dederuk jawa yang dipotong dengan enzim Hinf I.
Amplikon ayam kampung yang dipotong dengan menggunakan enzim restriksi endonuklease Hinf I menghasilkan fragmen restriksi yang berukuran 198 pb dan 161 pb (Gambar 19). Sedangkan amplikon ayam kampung yang dipotong dengan menggunakan enzim restriksi endonuklease Rsa I menghasilkan fragmen restriksi yang berukuran 200 pb dan 159 pb (Gambar 20).
Gambar 19 Fragmen restriksi ayam kampung yang dipotong dengan Hinf I (a) dan ukuran basa pada DNA ladder (b).
Gambar 20 Fragmen restriksi ayam kampung yang dipotong dengan Rsa I (a) dan ukuran basa pada DNA ladder (b).
Amplikon itik (Anas domesticus) berukuran 359 pb dapat terpotong menjadi dua fragmen yang berukuran 231 pb dan 128 pb dengan enzim restriksi endonuklease Hinf I (Gambar 21). Sedangkan pemotongan amplikon itik menggunakan enzim restriksi endonuklease Rsa I tidak menghasilkan fragmen restriksi (Gambar 22).
Gambar 21 DNA ladder (a) dan fragmen restriksi itik (b) yang dipotong dengan enzim Hinf I.
Gambar 22 DNA ladder (a) dan fragmen restriksi itik yang dipotong dengan enzim Rsa I.
Tabel 2 Ukuran Fragmen-fragmen hasil PCR dan pemotongan dengan menggunakan enzim restriksi Hinf I dan Rsa I
No. Spesies Amplikon Hinf I Rsa I
Fragmen 1 Fragmen 2 Fragmen 1 Fragmen 2 1. Cucak Kutilang (Pycnonotus aurigaster) 359 pb 300 pb 59 pb 209 pb 150 pb 2. Merbah Cerukcuk (Pycnonotus goiavier) 359 pb 183 pb 176 pb 200 pb 159 pb 3. Manyar Jambul ( Ploceus manyar) 359 pb 255 pb 104 pb 197 pb 162 pb 4. Bondol Jawa (Lonchura leucogastroides) 359 pb 243 pb 116 pb 189 pb 170 pb 5. Bondol Peking (Lonchura punctulata) 359 pb 255 pb 104 pb 182 pb 177 pb 6. Dederuk Jawa (Streptopelia bitorquata) 359 pb 271 pb 88 pb 197 pb 162 pb 7. Ayam kampung (Gallus gallus domesticus) 359 pb 198 pb 161 pb 200 pb 159 pb 8. Itik (Anas domesticus) 359 pb 231 pb 128 pb 359 pb 0 pb
Pembahasan
Analisis Pemotongan Amplikon Sitokrom b dari DNA Mitokondria Delapan Burung Lokal dengan Menggunakan Enzim Restriksi Endonuklease
Amplikon sitokrom b dari DNA mitokondria (cyt b mtDNA) dari delapan spesies burung lokal yang dipotong dengan menggunakan dua enzim restriksi endonuklease Hinf I dan Rsa I menunjukkan bahwa kedua enzim restriksi endonuklease tersebut menemukan situs pemotongan pada amplikon tersebut, kecuali pada amplikon itik (Anas domesticus) dimana enzim restriksi endonuklease Rsa I tidak dapat menemukan situs pemotongan.
Ukuran fragmen restriksi yang dihasilkan melalui pemotongan amplikon sitokrom b dari DNA mitokondria dari delapan spesies burung lokal dengan menggunakan enzim restriksi endonuklease Hinf I dan Rsa I mempunyai persamaan dan perbedaan. Perbedaan dan persamaan ukuran fragmen restriksi disebabkan oleh perbedaan dan persamaan urutan pasangan basa pada daerah sitokrom b DNA mitokondria masing-masing spesies burung.
Beberapa gambar fragmen yang dihasilkan dari pemotongan amplikon dengan enzim restriksi endonuklease Hinf I dan Rsa I terdapat fragmen yang kurang jelas/terlihat menyebar (gambar 16 dan gambar 19), hal ini kemungkinan disebabkan oleh kualitas DNA yang rendah atau oleh berat molekul regio DNA yang kecil (Nobata et al. 2007).
Identifikasi Fragmen Restriksi Delapan Jenis Burung Lokal melalui Perbedaan Ukuran Basa Sitokrom b Dari DNA Mitokondria
Menurut The Bay Science Foundation (2008), delapan jenis burung lokal (cucak kutilang, merbah cerukcuk, manyar jambul, bondol jawa, bondol peking, dederuk jawa, ayam kampung dan itik) masuk ke dalam kelas aves. Burung merbah cerukcuk masuk ke dalam famili pycnonotidae dan genus pycnonotus. Ordo, famili dan genus dari burung merbah cerukcuk sama dengan burung cucak kutilang. Burung merbah cerukcuk mempunyai nama spesies Pycnonotus goiavier sedangkan burung cucak kutilang mempunyai nama spesies Pycnonotus
Burung merbah cerukcuk dan cucak kutilang mempunyai ciri morfologi yang hampir sama. Menurut Mackinnon (1990) kedua burung ini mempunyai ukuran yang sama besar yaitu 20cm. Persamaan morfologi lainnya adalah bagian dada dan bagian perut berwarna putih serta punggung, sayap dan ekor berwarna coklat. Perbedaan ciri morfologi terdapat pada kepala dan kaki. Burung merbah cerukcuk (Pycnonotus goiavier) mempunyai mahkota kepala berwarna coklat gelap dan alis mata bergaris putih sedangkan pada burung cucak kutilang (Pycnonotus aurigaster) mempunyai kepala berwarna hitam, serta kaki burung merbah cerukcuk (Pycnonotus goiavier) berwarna abu-abu agak merah muda sedangkan kaki pada burung cucak kutilang (Pycnonotus aurigaster) berwarna hitam.
Meskipun banyak persamaan antara burung merbah cerukcuk dan burung cucak kutilang yang masih dalam satu genus ternyata tidak diikuti oleh persamaan situs pemotongan oleh enzim restriksi endonuklease Hinf I dan Rsa I, burung merbah cerukcuk mempunyai dua fragmen hasil pemotongan amplikon cyt b mtDNA dengan enzim restriksi endonuklease Hinf I sebesar 183 pb dan 176 pb, sedangkan burung cucak kutilang mempunyai dua fragmen sebesar 300 pb dan 59 pb. Pemotongan dengan menggunakan enzim restriksi endonuklease Rsa I mempunyai situs pemotongan yang berbeda tetapi memberikan potongan fragmen dengan ukuran yang hampir sama, yaitu 200 pb dan 159 pb untuk burung merbah cerukcuk dan 209 pb dan 150 pb untuk burung cucak kutilang. Hal ini menandakan bahwa enzim restriksi endonuklease Hinf I dan Rsa I dapat digunakan untuk membedakan jenis burung merbah cerukcuk dan cucak kutilang yang mempunyai kemiripan dalam taksonomi dan morfologi, serta dapat digunakan untuk membedakan kedua jenis burung tersebut dengan jenis burung lainnya. Namun, untuk membedakan kedua jenis burung tersebut secara molekuler lebih baik digunakan enzim restriksi endonukleae Hinf I karena fragmen restriksi
Rsa I mempunyai ukuran fragmen yang hampir sama dimana hanya mempunyai
selisih 9 pb.
Burung bondol jawa (Lonchura leucogastroides), bondol peking (Lonchura punctulata) dan manyar jambul (Ploceus manyar) mempunyai persamaan taksonomi sampai tingkatan famili (The Bay Science Foundation
2008[3,4,5]) yaitu passeridae. Burung bondol jawa dan bondol peking masuk ke dalam genus Lonchura sedangkan burung manyar jambul masuk ke dalam genus Ploceus. Ketiga burung tersebut mempunyai ciri morfologi yang hampir sama terutama pada burung bondol jawa dan bondol peking.
Burung bondol jawa dan bondol peking mempunyai ukuran tubuh yang sama yaitu 11cm sedangkan burung ploceus manyar mempunyai ukuran tubuh yang sedikit lebih besar yaitu 14 cm. Persamaan morfologi dari ketiga burung tersebut yang paling utama adalah pada bentuk tubuh burung. Menurut Mackinnon (1990), ciri umum yang dimiliki oleh burung bondol jawa adalah tubuh bagian atas berwarna coklat dan tidak berburik dan bagian dada sampai perut berwarna putih, paruh berwarna coklat dan kaki berwarna abu-abu. Burung bondol peking mempunyai ciri utama tubuh bagian atas berwarna coklat berburik dan tubuh bagian dada sampai perut berwarna putih berburik, paruh berwarna abu-abu gelap dan kaki berwarna hitam abu-abu. Sedangkan burung manyar jambul mempunyai ciri utama mempunyai tutup kepala berwarna emas; bagian kepala, bagian dagu dan kerongkongan berwarna hitam serta tubuh bagian atas berwarna coklat agak hitam dan tubuh bagian bawah berwarna putih dengan burik hitam pada bagian dada. Burung manyar jambul mempunyai warna paruh abu-abu hitam sampai coklat dan warna kaki coklat pucat.
Persamaan taksonomi sampai tingkatan famili dan ciri morfologi yang hampir sama juga diikuti oleh persamaan molekuler. Burung bondol peking dan burung manyar jambul mempunyai situs pemotongan yang sama oleh enzim restriksi endonuklease Hinf I dengan menghasilkan dua fragmen restriksi yaitu sebesar 255 pb dan 104 pb, sedangkan pada burung bondol jawa dengan enzim restriksi yang sama menghasilkan dua fragmen sebesar 243 pb dan 116 pb. Pemotongan dengan enzim restriksi endonuklease Rsa I, ketiga burung tidak mempunyai situs pemotongan yang sama tetapi pada burung bondol jawa dan bondol peking mempunyai ukuran fragmen yang berdekatan yaitu 189 pb dan 170 pb pada burung bondol jawa serta 182 pb dan 177 pb pada burung bondol peking. Sedangkan pada burung manyar jambul dengan enzim restriksi yang sama mempunyai ukuran fragmen restriksi yang berbeda jauh yaitu sebesar 197 pb dan 162 pb. Enzim restriksi endonuklease Hinf I dapat digunakan untuk membedakan
antara burung manyar jambul dan bondol jawa atau antara bondol jawa dan bondol peking walaupun kedua burung tersebut secara taksonomi dan morfologi mempunyai kemiripan. Sedangkan enzim restriksi endonuklease Rsa I dapat digunakan untuk membedakan ketiga spesies burung tersebut. Namun, antara burung bondol jawa dan bondol peking masih mempunyai kedekatan ukuran fragmen Rsa I sehingga lebih baik digunakan enzim restriksi endonuklease Hinf I untuk membedakannya.
Burung dederuk jawa secara taksonomi masuk ke dalam ordo columbiformes, famili columbidae dan genus streptopelia. Dederuk jawa mempunyai nama spesies Streptopelia bitorquata (The Bay Science Foundation 2008[8]) sehingga dari ciri taksonomi, burung dederuk jawa berbeda dari ketujuh burung lokal lainnya. Secara morfologi, burung dederuk jawa berbeda dengan ketujuh burung lokal lainnya. Ciri umum burung dederuk jawa menurut Mackinnon (1990) adalah burung dederuk jawa mempunyai ukuran tubuh 39cm. Ciri umum lainnya adalah tubuh mirip burung tekukur dan burung merpati, warna tubuh didominasi oleh warna coklat merah jamu dengan ekor yang agak panjang. Secara molekuler, burung dederuk jawa mempunyai perbedaan situs pemotongan
cytochrome b mtDNA yang dipotong dengan menggunakan enzim restriksi
endonuklease Hinf I dengan ketujuh burung lokal lainnya. Namun, burung dederuk jawa mempunyai situs pemotongan dan ukuran fragmen restriksi yang sama sebesar 197 pb dan 162 pb dengan burung manyar jambul (Ploceus manyar) ketika dipotong dengan enzim restriksi endonuklease Rsa I. Hal ini menandakan bahwa terdapat lokasi pemotongan yang sama oleh enzim restriksi endonuklease
Rsa I pada sitokrom b DNA mitokondria antara burung dederuk jawa dan manyar
jambul.
Ayam kampung mempunyai ordo galliformes, famili phasianidae, genus gallus dan nama spesiesnya adalah Gallus gallus domesticus. Berdasarkan urutan taksonomi tersebut ayam kampung tidak mempunyai persamaan taksonomi dengan tujuh burung lokal lainnya di bawah tingkatan kelas. Selain itu menurut ciri morfologinya, ayam kampung mempunyai perbedaan dari tujuh burung lokal lainnya. Perbedaan morfologi dapat dilihat dari ayam jantan yang berukuran 70 cm, mempunyai jengger, gelambir dan muka berwarna merah, serta ciri lain
adalah mempunyai bulu tengkuk, bulu penutup ekor dan bulu primer berwarna merah, bulu ekor berukuran panjang dan penutup sayap berkilau hitam kehijau-hijauan, bagian bawah berwarna keabu-abuan gelap. Sedangkan ciri ayam betina adalah berukuran 42 cm berwarna coklat suram dengan coretan-coretan hitam pada leher dan tengkuk. Iris ayam jantan dan betina berwarna merah, paruh berwarna kuning gading dan kaki berwarna abu-abu kebiruan (Mackinnon 1990).
Ciri ayam kampung secara molekuler berupa amplikon sitokrom b dari DNA mitokondria yang dipotong dengan enzim restriksi endonuklease Hinf I mempunyai dua fragmen sebesar 198 pb dan 161 pb, besarnya ukuran fragmen ini berbeda dari tujuh burung lokal lainnya yang dipotong dengan enzim yang sama sehingga enzim restriksi endonuklease Hinf I dapat digunakan untuk membedakan jenis antara ayam kampung (Gallus gallus domesticus) dengan jenis burung lainnya.
Ayam kampung mempunyai fragmen amplikon cyt b mtDNA sebesar 200 pb dan 159 pb yang dipotong dengan enzim restriksi endonuklease Rsa I, dengan enzim yang sama pada burung merbah cerukcuk menghasilkan ukuran fragmen yang sama. Sehingga enzim restriksi endonuklease Rsa I tidak dapat digunakan untuk membedakan antar ayam kampung dan burung merbah cerukcuk (Pycnonotus goiavier). Merbah cerukcuk secara taksonomi hanya mempunyai persamaan dalam tingkatan kelas dengan ayam kampung dan masuk ke dalam ordo passeriformes yang jelas berbeda dengan ordo ayam kampung yaitu galliformes (The Bay Science Foundation 2008[7]) serta perbedaan ini terlihat jelas pada ciri morfologinya.
Itik mempunyai tingkatan taksonomi dan morfologi yang berbeda dari ketujuh jenis burung lokal lainnya. Berdasarkan tingkatan taksonomi, itik mempunyai persamaan dengan jenis-jenis burung lainnya dalam tingkat kelas (aves), sedangkan untuk tingkatan di bawah kelas menunjukkan perbedaan. Itik masuk ke dalam ordo anseriformes, famili dari itik adalah anatidae dan genus itik adalah anas, serta nama spesies dari itik adalah Anas platyrhynchos domesticus Linnaeus (The Bay Science Foundation 2008[1]), sedangkan menurut anonim (2009[2]), nama spesies itik adalah Anas domesticus.
Menurut anonim (2005[5]), itik merupakan kelas aves yang berhasil dijinakkan oleh manusia. Ciri morfologi itik menurut anonim (2009[2]) adalah itik mempunyai bulu berwarna putih serta kaki dan paruh berwarna kuning. Itik mempunyai telapak kaki berselaput yang tidak terdapat pada ketujuh burung lokal lainnya. Itik (Anas domesticus) mempunyai situs pemotongan yang berbeda dengan jenis burung lain dengan enzim restriksi endonuklease Hinf I, serta amplikon itik tidak dapat terpotong dengan menggunakan enzim restriksi endonuklease Rsa I. Hal ini menandakan bahwa enzim restriksi endonuklease
Rsa I tidak mempunyai situs pemotongan pada cytochrome b mtDNA.
Berdasarkan hasil yang diperoleh, terdapat dua jenis burung yang mempunyai ukuran fragmen restriksi Hinf I yang sama, yaitu burung manyar jambul dan burung bondol peking. Selain itu terdapat empat jenis burung yang mempunyai ukuran fragmen restriksi Rsa I yang sama, yaitu burung dederuk jawa dengan manyar jambul, serta ayam kampung dengan merbah cerukcuk. Pembedaan jenis-jenis burung yang mempunyai ukuran fragmen yang sama dapat dilakukan pemotongan amplikon dengan menggunakan enzim yang lain, sehingga semakin banyak enzim yang menghasilkan ukuran fragmen yang berbeda antara dua jenis burung maka kedua jenis burung tersebut berkerabat jauh atau berbeda jenisnya. Metode lain untuk membedakan jenis juga dapat dilakukan melalui pemetaan fragmen DNA serta sekuensing DNA.