HASIL DAN PEMBAHASAN - Lama Waktu Kolonisasi Lactobacillus sp F213 pada Saluran Pencernaan Dian

Penyegaran strain Lactobacillus sp F213

Lactobacillus sp F213 disegarkan dari stok beku (-50^oC). Strain di segarkan dalam MRS broth dan diinkubasi dalam keadaaan anaerob selama 24 jam pada suhu 37^oC. Setelah tumbuah, strain di streak pada MRS agar dan koloni yang tumbuah (Gambar 4A) diisolasi secara tunggal (single colony isolation) untuk menjamin kemurnian strain yang dipergunakan dalam penelitian ini. Konfirmasi strain dilakukan dengan mengamati pembutukan gas pada MRS broth serta pengecatan Gram (Gambar 4B).

Gambar 4A. Morfologi koloni

Lactobacillus sp F213 pada media MRS agar

Gambar 4B. Morfologi mikroskopik

Lactobacillus sp F213 pada media MRS both

Isolasi Genomic DNA

Genomik DNA diisolasi dari 2,5 ml kultur Lactobacillus sp F213 (strain no 1 dan no 6). Dengan metode isolasi sekala kecil ini, diperoleh DNA yang masih mengandung RNA, walaupun pita DNA genomik pada gel tidak tampak dengan jelas (Gambar 5), tetapi hasil analisis menunjukkan bahwa konsentrasi DNA Lactobacillus sp F213 (2) dan

Lactobacillus sp F213 (6) yang berhasil diperoleh sebanyak masing-masing 37,5 ng/ul dan 26,5 ng/ul.

Gambar 5. Genomik DNA dari Lactobacillus sp F213 (no 1 adalah

Lactobacillus sp F213 strain no 2); no 2 adalah Lactobacillus sp F213 strain no 6. M : DNA ladder (100 bp). Pita DNA genom (ditunjukkan dengan tanda panah, tidak begitu jelas pada foto gel), sementara RNA tampak seperti smear

pada bagian bawah gel.

Amplifikasi Intragenic Spacer Region (IGS) Lactobacillus sp. F213

Primer yang dipergunakan dalam amflifikasi IGS Lactobacillus sp F213 dapat dilihat pada Tabel 2.

1 2 M

RNA

DNA

Tabel 2. Sekuen primer yang dipakai pada PCR IGS Lactobacillus sp F213. Name Seq 5’->3’ Referensi

FGPS1490F TGC GGC TGG ATC ACC TCC TT Laguere et al., 2006 FGPS132R CCG GGT TTC CCC ATT CGG

L1F GAA GTC GTAACA AGG Jensen et al., 1993 Lt1-R CAA GGC ATCCAC CGT

Nour 514F TGG ATC ACC TCC TTT CTA Nour, 1998(*) Nour 601R GTG CGC CCT TTA TTA ACT T

(*) belum dilakukan karena primer sedang disintesis oleh suplier

Hasil PCR dengan primer FGPS1490F/FGPS132R terlihat bahwa Lactobacillus

sp. F213, Lactobacillus rhamnosus dan Pediococcus spp., menunjukkan pita ganda, sementara hanya non bakteri asam laktat (Isolat B3) menunjukkan pita tunggal (Gambar 6A). Lactobacillus sp. F213 menghasilkan pita dnegan ukuran 500bp dan 400 bp; Lactobacillus rhamnosumenghasilkan pita 500 bp dan 350; Pediococcus spp. Menhasikan pita dengan ukuran 400 bp dan 350bp, semantar non bakteri asam laktat (Isolat B3) menghasilkan pita tunggal dnegan estimasi ukuran 700 bp.

Laguere et al 2003) juga menemukan pita ganda dan tunggal pada beberapa species bakteri Rhyzobium yang diteliti. Dalam peleitian ini dilakukan konfirmasi kembali khususnya optimasi suhu annealing guna menghindari terjadinya miss-priming pada primer FGPS1490F/FGPS132R.

Peningkatan suhu annealing primer, denagn gradient 1oC, dari suhu tengah 55oC dari suhu 48oC sampai 62oC, denan 12 jenis suhu annealing dimuali dari: 48; 48,7; 49,8;51,1; 52,6;54,2;55,8; 57,5; 58,9; 60,2; 61,3; dan 62oC. Dari 12 jenis suhu annealing ini dilakukan PCR Lactobacillsus sp F213 dilakukan pada suhu 55,8 sampai 62^oC. Hasil gradient PCR menggunakan primer ini menujukkan bahwa amplifikasi dengan primer FGPS1490F/FGPS132R semakin berkurang apabila suhu annealing lebih dari 55^oC (Gambar 6B). Hal ini menunjukkan bahwa suhu anneling optimum

primer FGPS1490F/FGPS132R adalah 55^oC sesuai yang dilaporkan oleh FGPS1490F/FGPS132R dimana produk IGS dari Lactobacillus sp F213 selalu ditemukan dua pita. Hasil ini menujukkan bahwa dengan primer ini selalu diperoleh 2 pita IGS dari Lactobacillus sp F213.

Gambar 6B. Optimasi PCR dengan termal gradient.

Keterangan gambar 6B:M: 100 bp DNA ladder. No 1,2 3 4 5,6 adalah suhu annelaing primer FGPS1490F/FGPS132R untuk amplifikasi DNA Lactobacilus sp F213 masing-masing 55,8ôC; 57,4ôC; 58,9ôC; 60,2ôC; 61,3ôC; 62ôC.

Konfirmasi Intragenic Spacer Region (IGS) Lactobacillus sp. F213

Untuk meyakinkan bahwa Lactobacillus sp F213 mempunayi 2 buah IGS yang berbeda, dilakukan PCR dengan mempergunakan primer yang lain. Amplifikasi IGS

Lactobacillus sp F213 dengan primer L1-F (GAA GTC GTAACA AGG) / Lt1-R

500 bp

M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15

400 bp

M 1 2 3 4 5 6

500 bp

A

B

Gambar 6 A. Hasil PCR IGS

Lactobacillusrhamnosus,

Lactobacillus sp F213,

Pedioccocus spp, dan non LAB (isolat B3). M; 100 bp DNA ladder.

(CAA GGC ATCCAC CGT) juga menghasilkan produk IGS dua pita dengan panjang pita sekitar 500 bp dan 400 bp sementara L rahmnosus SKG34 dengan panjang pita sekitar 500 bp dan 350 bp, serta Pediococcus sp dengan pajang pita IGS sekitar 400 bp dan 350 bp (Gambar 7). Hal ini menjukkan kembali bahwa IGS Lactobacillus sp F213 terdiri dari dua buah pita. Hal ini memperkuat dugaan bahwa Lactobacillsus sp F213, L rhamnosus SKG34, dan Pediococcus spp mempunyai 2 helai IGS dengan panjang yang berbeda.

Gambar 7. Panjang IGS Lactobacillus sp F213 (1, 2), L. rhamnosus SKG34 (3) dan

Pediococcus spp (4,5)

Adanya pita IGS ganda dengan ukuran panjang yang berbeda menyebabkan kesulitan kalau dilakukan direct sequencing, sehingga harus dipisahkan terlebih daulu melalui subcloning masing-masing pita atau cara lainnya. Pita IGS dapat dipisahkan menjadi pita tunggal sehingga dilakukan Direct Sequening PCR dengan me-motong gel mengandung IGS selanjutnya DNA pada gel dimurnikan atau di-elusi dari dalam matrik gel. Dalam penelitian ini dicoba dengan meng-elusi DNA dengan memberikan daya magnet sehingga DNA yang bermuatan negatif di tarik dengan magnet kutub positif (Gambar 8). Elusi dilakukan dengan merendam gel di dalam 25 ul buffer TE dan diberikan magnet pada satu sisinya. Elusi dilakukan pada suhu 5^oC selama 12 jam (semalam) dan selanjutnya DNA yang telah keluar gel di PCR dengan mempergunakan primer yang sama dengan primer yang dipergunakan pada saat PCR (L1-F / Lt1-R (Gambar 9).

500 bp

Hasil PCR dari DNA yang telah dielusi dari gel dapat dilihat pada Gambar 9. Setelah re-PCR justru menghasilkan pita tunggal dengan ukuran yang lebih pendek (sekitar 350 bp) dibandingkan dengan panjang pita sebekumnya. Belum diketahui secara pasti kenapa hal ini terjadi dan akan dilakukan sequencing guna memanstikan IGS dari Lactobacillus sp F213 dan IGS L rhamnosus SKG34.

Gambar 8. Teknik elusi DNA dengan memberikan muatan magnetik.

Gambar 9. IGS dari Lactobacillus sp F213 (A), L rhamnosus (B) dan hasil PCR pita tunggal dari LbF213(C dan D) dan Lrhamnosus (E dan F). Terlihat PCR pita dengan panjang 500 bp pada A dan B menghasilkan produk PCR dengan ukuran 300 bp (C dan E). M A B C D E F 500 bp 300 bp

(+)

(-)

DNA

Susunan Nukleotida Intragenic Spacer dari Lactobacillus sp F213

Hasil sekuensing IG Lactobacillus sp F213 pita IGS 1 dan 2 diberikan seperti di bawah ini.

>Lactobacillus sp F213 IGS band no 1.

ttgatgatataagtttgagtatgtggctcaaaggccacaagcgattttaaactaattta aaaaactcaaaaaattacgcggggtattttttcggctcaatttatattgattaacaata ttaaatgaatttaaaaatttacaattatgattcagttttcaaagaactaattttgagtg taaatcactcaaaactgaatatcgtttcaacgaatgtgtaggtttcccattttccttat aaaggaggtgatccacccccaggttctcctacggctaccttgttacaacttcaca

Homology BLAST untuk menentukan susunan nukleotida yang paling dekat dengan IGS 1.

Score E Sequences producing significant alignments: (bits) Value

AY342323|AY342323.1 Weissella confusa 16S ribosomal RNA and 23S ... 519 e-144 JX118838|JX118838.1 Lactobacillus brevis strain GDA-4 16S riboso... 446 e-122 KJ880099|KJ880099.1 Weissella cibaria strain C34 16S ribosomal R... 444 e-121 JX118839|JX118839.1 Lactobacillus brevis strain GDA-1 16S riboso... 444 e-121 AF158558|AF158558.1 Lactobacillus sp. GTH2 16S-23S ribosomal RNA... 363 9e-97

>AY342323|AY342323.1 Weissella confusa 16S ribosomal RNA and 23S ribosomal RNA genes, partial sequence.Length = 918

Score = 519 bits (262), Expect = e-144 Identities = 283/290 (97%)

Strand = Plus / Minus

Query: 8 ttgatgatataagtttgagtatgtggctcaaaggccacaagcgattttaaactaatttaa 67 Sbjct: 389 ttgatgatataagtttgagtatgtggctcaaaggccacaagcgattttaaactaatttaa 330 Query: 68 aaaactcaaaaaattacgcggggtattttttcggctcaatttatattgattaacaatatt 127 Sbjct: 329 aaaactcaaaaaattacgcggtgtattttttcggctcaatttatattgattaacaatatt 270 Query: 128 aaatgaatttaaaaatttacaattatgattcagttttcaaagaactaattttgagtgtaa 187 Sbjct: 269 aaatgaatttaaaaatttacaattatgattcagttttcaaagaactaagtttgagtgtaa 210 Query: 188 atcactcaaaactgaatatcgtttcaacgaatgtgtaggtttcccattttccttataaag 247 Sbjct: 209 atcactcaaaactgaatatcgtttcaacgaatgtgtaggtttccgattttccttagaaag 150 Query: 248 gaggtgatccacccccaggttctcctacggctaccttgttacaacttcac 297 Sbjct: 149 gaggtgatccagccgcaggttctcctacggctaccttgttacgacttcac 100

Aligment IGS I dari LbF213 dengan data yang ada pada genbank (BLAST),

menujukkan bahwa IGS LbF213 I mempunyai homologi tertinggi (97%) dengan W confusa. Nukleotida yang berbeda ditunjukkan dengan warna biru.

Sekuen nukleotida Lactobacillus sp F213 IGS band no 2. 304 bp 1st_BASE_1960555_2_L1F.ab1 ccatcttactgacgttgatgatataagtttgagtatgtggctcaaggcccaagcgattt taaactaattaaaaaactcaaaaaataacgcggggtattttttcggctcattttatatt gctaaacaatattaaatgaatttaaaaatttacaattttgattcagttttcaaagacct aagtttgagcgtaaatccctcaaaactgattatcgtttcaacgaatgtggaggtttccc attttccttagaaagggggggatccacccccccgttctcctccggctcccttgttccac ctccacaat

Homology BLAST untuk menentukan susunan nukleotida yang paling dekat dengan IGS 1.

Score E Sequences producing significant alignments: (bits) Value

AY342323|AY342323.1 Weissella confusa 16S ribosomal RNA and 23S ... 355 2e-94 F158558|AF158558.1 Lactobacillus sp. GTH2 16S-23S ribosomal RNA... 317 5e-83 JX118839|JX118839.1 Lactobacillus brevis strain GDA-1 16S riboso... 315 2e-82 JX118838|JX118838.1 Lactobacillus brevis strain GDA-4 16S riboso... 315 2e-82 KJ880099|KJ880099.1 Weissella cibaria strain C34 16S ribosomal R... 307 5e-80 AF158570|AF158570.1 Lactobacillus sp. GTH24 16S-23S ribosomal RN... 307 5e-80 AF158569|AF158569.1 Lactobacillus sp. GTH22 16S-23S ribosomal RN... 295 2e-76

Score = 355 bits (179), Expect = 2e-94

Identities = 260/283 (91%), Gaps = 3/283 (1%) Strand = Plus / Minus

Query: 12 acgttgatgatataagtttgagtatgtggctcaa-ggcc-caagcgattttaaactaatt 69 Sbjct: 392 acgttgatgatataagtttgagtatgtggctcaaaggccacaagcgattttaaactaatt 333 Query: 70 -aaaaaactcaaaaaataacgcggggtattttttcggctcattttatattgctaaacaat 128 Sbjct: 332 taaaaaactcaaaaaattacgcggtgtattttttcggctcaatttatattgattaacaat 273 Query: 129 attaaatgaatttaaaaatttacaattttgattcagttttcaaagacctaagtttgagcg 188 Sbjct: 272 attaaatgaatttaaaaatttacaattatgattcagttttcaaagaactaagtttgagtg 213 Query: 189 taaatccctcaaaactgattatcgtttcaacgaatgtggaggtttcccattttccttaga 248 Sbjct: 212 taaatcactcaaaactgaatatcgtttcaacgaatgtgtaggtttccgattttccttaga 153 Query: 249 aagggggggatccacccccccgttctcctccggctcccttgtt 291 Sbjct: 152 aaggaggtgatccagccgcaggttctcctacggctaccttgtt 110

Aligment IGS I dari LbF213 dengan data yang ada pada genbank (BLAST),

menujukkan bahwa IGS LbF213 II mempunyai homologi tertinggi (91%) dengan W confusa. Nukleotida yang berbeda ditunjukkan dengan warna biru.

Hasil sekuensing pita IGS I dan II pada LbF213 menunjukkan persen homologi yang berbeda. Pita IGS-I menunjukkan homologi sebesar 97% dengan

AY342323|AY342323.1 Weissella confusa 16S ribosomal RNA and 23S ...sementara IGS-type II menujukkan homologi sebesar 91%. Hal ini menujukkan bahwa LbF213 membawa dua IGS dengan ukuran dan sekuen yang berbeda. Perbedaan sekuan yang tinggi ini menjadi target yang baik dalam pengembangan nukleotida untuk mendeksi LbF213.

Diagnostik spesifik F213 yang dapat dikembangkan adalah primer spesifik dan probe spesifik. Untuk tahap awal, dikembangankan beberapa set primer spesifik dnegan mempergunakan berdasarkan apda IGS tipe I dan Tipe II (Table 3). Primer ini selanjutnya dipergunakan untuk mengamplifikasi IGS pada LbF213. Hasil PCR menunjukkan bahwa primer yang dikembangkan mengamplifikisi dua IGS yang berbeda, karena IGS mempunyai susunan nukleetida yang sama /komplementer dengan susunan nukleotida primer, tetapi pada posisi yang berbeda sehingga menghasilkan pita yang berbeda (Gambar 10). Dari set primer yang dikembangkan tersebut (Tabel ...) diperoleh bahwa primer dnegan target IGS-type II menunjuukan hasil yang paling spesifik dimana terbenu 2 pita, yang satu dengan ukuran 300 p dan yang kedua dnegan ukuran sekitar 200 bp. Design primer B2F-R ini dihitung berdasarkan posisi prier pada susuan IGS type II, secara teoritis menghasilkan panjang produk PCR 197bp. Berdasarkan data ini, maka B2F-R secara spesifik dapat mengamplifikasi IGS type II (Gambar ..).

SUSUNAN PRIMER SPESIFIK LbF213

Beberapa set primer spesifik dicoba dikembangakna dari susunan nukleotida pada IGS 1 dan IGS 2 dari LbF213. Primer disusun berdasarkan rekomendasi melalui

www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast (Tabel ...).

Sekuen nukleotida IGS1 pada Lactobacillus sp F213

belakang hijau.

TTGATGATATAAGTTTGAGTATGTGGCTCAAAGGCCACAAGCGATTTTAAACTAATTTAAAAAACTCAAAAAATTACGCGGGGTATTTTT TCGGCTCAATTTATATTGATTAACAATATTAAATGAATTTAAAAATTTACAATTATGATTCAGTTTTCAAAGAACTAATTTTGAGTGTAA

ATCACTCAAAACTGAATATCGTTTCAACGAATGTGTAGGTTTCCCATTTTCCTTATAAAGGAGGTGATCCACCCCCAGGTTCTCCTACGG

CTACCTTGTTACAACTTCACA

Sekuen nukleotida IGS2 pada Lactobacillus sp F213

Targt primer (wrana merah, 197 bp), Susunan nukleotida primer yang diberi latar belakang hijau.

CCATCTTACTGACGTTGATGATATAAGTTTGAGTATGTGGCTCAAGGCCCAAGCGATTTTAAACTAATTAAAAAACTCAAAAAATAACGC GGGGTATTTTTTCGGCTCATTTTATATTGCTAAACAATATTAAATGAATTTAAAAATTTACAATTTTGATTCAGTTTTCAAAGACCTAAG

TTTGAGCGTAAATCCCTCAAAACTGATTATCGTTTCAACGAATGTGGAGGTTTCCCATTTTCCTTAGAAAGGGGGGGATCCACCCCCCCG

TTCTCCTCCGGCTCCCTTGTTCCACCTCCACAAT

Tabel 3 . Susuan primer spesifik yang untuk mendeteksi Lactobacillus sp F213.

TARGET Name Seq. 5’ 3’ Produc size

BAND-1 F213B1F1 TTGAGTATGTGGCTCAAAGGC F213B1R1 GGGGTGGATCACCTCCTTTA 241 F213B1F2 TCAAAGGCCACAAGCGATTTTA F213B1F3 CTCAAAGGCCACAAGCGATTTTA F213B1F4 GTTTGAGTATGTGGCTCAAAGGC F213B1R4 AGGAGAACCTGGGGGTGGAT BAND-2 F213B2F CTCAAGGCCCAAGCGATTTT 197 bp F213B2R TGGGAAACCTCCACATTCGT

SPESIFISITAS PRIMERS

Spesifisitas primer diuji dengan mempergunakan DNA LbF213. PCR dilakukan mempergunakan PCR kit (Kappa PCR Master Mix 2X) dengan campuran reaksi PCR sebegai berikut : PCR master mix 12,5 ul; DNA 1 ul; primer F dan primer R masing-masing 2,5 ul (konsntrasi primer 2 mM), dan akuades sampai volume 25 ul. PCR dilakukan pada pre-denaturasi pada suhu 94ôC selama menit, diikuti sebanak 30 siklus yang terdiri dari denaturasi 2 menit pada suhu 94ôC, annealng pada suhu 60ôC selama 30 detik; elongasi pada suhu 72ôC selama 30 detik. Siklus terkahir diikuiti dengan ekstensi selama 2 menit pada suhu 72ôC. Hasil PCR dielektrofooresisi pada agarose gel 2%, diwarnai dnegan EtBr dan divisualisasi dengan UV iluminator.

Gambar 10. Spesifisitas primer spesifik IGS LbF213. Hhanya primer B2FR yang memberikan panjang produk PCR sesuai dengan yang diharapkan (berdasarkan susuan nukleotida IGS2)

Dari 6 set primer yang diuji, tenraynata hanaya B2FR (primer dnegan target IGS2 dari LbF213) menunjukkan hasil ynag spesifik dansesuai dengan ukuran pandajnag DNA yang diharapkan (197 bp). M : 100 bp DNA Ladder 1. B1F1-B1R1 2. B1F2-B1R4 3. B1F3-B1R4 4. B2F-B2R 5. B1F2 –B1R4 6. B1F3-B1R4 4 3 2 1 M 4 6 5 M 197 bp

SPESIFISITAS PRIMER B2FR PADA SPESIES LAINNYA

Spesifisitas B2FR selanjutnya diuji pada DNA dari beberapa spesies BAL lainnya (L rhamnosus, Pediococcus) an non BAL (Gambar 11).

Gambar 11. Spesifisitas primer B2FR terhadap beberapa species bakteri asam laktat dan non-bakteri asam laktat. Terlihat primer B2FR hanya memberikan hasil positif dnegan LbF213 (tanda panah).

Gambar 12. Spesifisitas primer B2FR terhadap DNA feses. Terlihat primer B2FR memberikan hasil positif dengan eberapa DNA feses yytetapi hasil hanya dneagn DNA LbF213 diperoleh ukuran pita yang berbeda dneagn DNA lainnhya (tanda panah).

8 7 6 5 4 3 2 1 M 1. L rhamnosus GME10 2. L rhamnosus SMM53 3. Pediococcus sp M58 4. Pediococcus sp GMB30 5. L rhamnosus SMM55 6. L rhamnosus Skg34 7. B3 (non LAB) 8. F213 9. M ladder 11 10 9 8 7 6 5 4 3 2 1 M 1. F213 2. DNA feses 51 3. DNA feses 52 4. DNA feses 53 5. DNA feses 54 6. DNA feses 55 7. DNA feses 56 8. DNA feses 57 9. DNA feses 58 10. DNA feses 59 11. DNA feses 60

Pada kondisi pennelitian, dimana annealing pada suhu 60^oC primer B2FR tidak menghasilkan pita dengan strain lain selain LbF213. Selanjutnya ditemukan bahwa B2FFR mengasilkan pita dari DNA yang diisolasi dari feses manusia, tetapi dengan pola yang berbeda dengan DNA LbF213 (Gambar 12). Hal ini menunjukkan bahwa B2FR dapat dipakai sebagai pendeteksi spesifik keberadaan LbF213 dalam konsorsium mikroorganisme.

Selanjutnya untuk lebih meyakinkan kehandalan dari primer ini serta limit deteksi B2FR (konsnetrasi DNA yang masih dapat di amplifikasi) maka dilakuakn isolasi DNA feses yang telah ditambahkan dengan LbF213. Dengan memeprgunakan B2FR tdiak terdeteksi keberadaan LbF213 pada DNA feses, walaupun sebelum diisolasi dnegan MoBioSOOIL KIT feses sudah ditambahkan 50 dan 100 ul kultur LbF213 (setelah diinkubasis leama 48 jam). Seanjutnya setelah dilakukan PCR ternyata masih terbentuk pita pada konsnetrasi DNA 3,75 piko gram (Gambar 13). Hal ini menjukkan bahwa hasil negatif pada Gambar 13., disebabkan karena DNA LbF213 todak daat diektraksi pada campuran konsorsium mikorb feses (DNA lebih rendah dari 3,7 piko gram). Hal ini mungkin sbeagia akibat rendahnya jumlah LbF213 pada feses.

Deteksi LbF213 pada DFNA feses 1. DNA feses 2. DNA Feces 3. PCR DNA F213 4. PCR DNA feses dgn B2FR 5. PCR DNA feses +F213 dgn B2FR 6. PCR DNA fese dgn 27F-520R 7. PCR DNA fese dgn 27F-520R 8. PCR DNA feses dgn B2FR 9. PCR DNA feses dgnB2FR 10. PCR DNA F213 dgn B2FR M : 100 bp DNA marker

Gambar 13. Deteksi LbF213 pada DNA feses dengan primer B2FR. Primer B2FR tidak memberikan hasil positif pada DNA yang diisolasi dari feses yang ditambahkan LbF213. Hal ini menunjukkan bahwa DNA dari LbF213 tidak dapat ter-ekstraski.

Gambar 14. Limit deteksi primer B2FR.

Gambar 14 di atas menunjukkan bahwa B2FR masih menunjukkan pita positif pada kosnnetrasi LbF213 sebedar 3,75 pg. Jika satu (1) sel bakteri mengandung 1,6-2,4 fg DNA (1 fg = 1x10-12 g). (Lars Reier Bakken, Rolf Arnt Olsen. Soil Biology and

1 2 M 3 4 5 6 7 8 9 10 M 1. 3,75 pg 2. 37,5 pg 3. 375 pg 4. 3,75 ng 5. 37,5 ng M : 100 bp DNA marker 1 2 3 4 5 M

Biochemistry, 21(6): 789–793 (1989) maka 3,57 pg = 3.570 f gr yang setara dnegna +- 1.487 sel. Tetai, walaupun LbF213 ditamvahkab pada feses tetapi tdiak menunjukkan pita dnegan B2FR. Hal ini menunjukkan recovery DNA LbF213 pada feses dangat rendah.

Dalam dokumen Lama Waktu Kolonisasi Lactobacillus sp F213 pada Saluran Pencernaan Dianalisis Menggunakan Sidik DNA Mikrobiomik Feses Dalam Pengembangan Probiotik Untuk Menurunkan Kolesterol (Ketua). (Halaman 24-38)