BAB IV : IMPLEMENTASI DAN ANALISA HASIL
4.2. Implementasi Antar – Muka yang Digunakan Dalam Sistem
Halaman ini merupakan halaman pertama saat program dijalankan. Pada halaman ini mempunyai 5 menu utama yaitu menu skenario 1 dan 2, menu consensus non HMMER, menu Fasta to Stockholm, dan menu pengenalan mencit dan tikus, serta satu menu bantuan. Implementasi halaman depan dapat dilihat pada gambar 4.2 berikut ini.
Gambar 4.2. Implementasi Halaman Depan.
2. Halaman Multiple Sequence Alignment ( MSA ).
Halaman MSA merupakan halaman yang berfungsi untuk mengubah multiple sequence yang panjangnya tidak sama diubah menjadi sama panjang yang lalu disebut multi sequence alignment. Dalam halaman ini, terdapat input sequence yang berbentuk text area yang akan menampilkan multi sequence hasil dari load file dari tombol ambil data dan jumlah sequence yang diload pada text jumlah. Sedangkan tombol proses MSA digunakan untuk proses pembentukan multiple sequence alignment, setelah itu hasil akan ditampilkan pada text area
yang mempunyai nama header multiple sequence alignment dan menampilkan
banyaknya sequence juga. Tombol simpan digunakan untuk menyimpan hasil proses MSA berupa file dengan format fasta, dan tombol reset digunakan untuk membersihkan data yang sudah diproses sebelumnya. Dan tombol kembali befungsi untuk kembali ke menu utama atau halaman depan. Implementasi halaman depan dapat dilihat pada gambar 4.3 berikut ini.
Gambar 4.3. Implementasi Halaman MSA. 3. Halaman Sequence Consensus.
Halaman sequence consensus merupakan halaman untuk memproses data
multiple sequence alignment membentuk suatu sequence consensus yang akan mewakil seluruh sequence yang ada dalam multiple sequence alignment. Dalam halaman ini data inputan diambil dari tombol ambil MSA, yang berupa data multiple sequence alignment dengan format fasta. Dan akan ditampilkan pada text
area yang mempunyai header yang bernama input data MSA serta jumlah
sequence dalam MSA. Tombol proses consensus digunakan untuk proses
pembentukan sequence model /consensus, setelah itu hasilnya akan ditampilkan
dalam text area yang berheader sequence consensus. Lalu tombol simpan
digunakan untuk menyimpan sequence consensus yang nantinya akan digunakan sebagai model dalam proses pengenalan. Pada halaman ini juga terdapat tombol reset yang berfungsi untuk membersihkan data yang sudah diproses, dan tombol kembali untuk menuju halaman depan. Implementasi halaman sequence consensus ditunjukan pada Gambar 4.4.
Gambar 4.4. Implementasi Halaman Consensus.
4. Halaman konversi Fasta Format to Stockholm Format.
Halaman ini berfungsi sebagai untuk konversi format file fasta menjadi Stockholm yang akan digunakan untuk data multiple sequence alignment untuk
tool HMMER yang akan membentuk sequence consensus yang digunakan
sebagai model untuk proses pengenalan. Dalam halaman ini terdapat tombol ambil data untuk mengambil file yang berformat fasta yang akan ditampilkan pada text area yang berheader Fasta Format. Tombol convert digunakan untuk proses perubahan format file dari fasta menjadi Stockholm, yang akan ditampilkan pada text area yang berheader Stockholm format. Pada halaman ini juga terdapat tombol reset yang berfungsi untuk membersihkan data yang sudah diproses, dan tombol kembali untuk menuju halaman depan. Implementasi halaman konversi Fasta Format to Stockholm Format ditunjukan pada Gambar 4.5.
Gambar 4.5. Implementasi Halaman Fasta to Stockholm. 5. Halaman Pengenalan Tunggal Galur Mencit dan Tikus.
Halaman ini berfungsi untuk pengenalan tunggal galur mencit dan tikus dengan sequence model /consensus dari skenario ke – 6. Pada halaman ini terdapat tombol ambil data sequence yang merupakan sequence tunggal dengan format file fasta, lalu akan ditampilkan pada text area dengan header sequence DNA baru. Tombol proses pengenalan digunakan untuk proses pengenalan
sequence DNA dengan ke lima model tikus dan mencit pada panel sequence
model /consensus. Setelah proses selesai akan ditampilkan pada panel hasil yang berisi gambar dan nama induvidu yang dikenali, serta waktu tempuh yang diperlukan untuk proses pengenalan dan panjang sequence yang akan dikenali. Pada halaman ini juga terdapat tombol tombol kembali untuk menuju halaman depan. Implementasi halaman pengenalan tunggal galur mencit dan tikus ditunjukan pada Gambar 4.6.
Gambar 4.6. Implementasi Halaman Pengenalan Tikus dan Mencit.
6. Halaman Bantuan Program.
Halaman bantuan program digunakan untuk membantu penguna mempergunakan sistem dapat berjalan dengan lancar. Halaman ini menjelaskan menu – menu yang ada pada halaman utama /depan dan kegunaannya. Implementasi Halaman Bantuan Program ditunjukan pada Gambar 4.7.
7. Halaman Open File dan Save File.
Halaman open file digunakan untuk memasukan data sequence DNA yang berformat fasta, halaman ini terdapat dua tombol open dan cancel. Open untuk membuka file sequence DNA seperti terlihat pada Gambar 4.8.
Gambar 4.8. Implementasi Halaman open file.
Halaman save file ini dirancang untuk melakukan penyimpanan data sequence hasil pemrosesan, dengan format fasta. Implementasi Halaman Save ditunjukan pada Gambar 4.9.
8. Halaman eror handling dan progress bar.
Halaman eror – handling digunakan untuk menangani kemungkinan
terjadinya kesalahan yang dilakukan oleh user. Implementasi eror handling adalah sebagai berikut :
a. Eror – Handling save.
Eror – handling save digunakan untuk menangani ketika user ingin
menyimpan data sequence hasil dari sebuah proses. Eror handling save
ditunjukan pada Gambar 4.10.
Gambar 4.10. Eror – Handling Save 1.
Jika user menekan tombol cancel pada halaman save akan memberikan pesan seperti yang ditunjukan pada Gambar 4.11.
Gambar 4.11. Eror – Handling Save 2.
Dan jika tombol yes yang dipilih maka akan memberikan konfirmasi seperti pada Gambar 4.12. Sedangkan jika tombol No yang dipilih maka halaman save akan kembali muncul.
Gambar 4.12. Eror – Handling Save 3.
b. Eror – Handling pada proses MSA.
Eror – Handling pada proses MSA terdapat satu eror – handling sebagai peringatan bahwa file yang dimasukan bukan multi sequence. Peringatan eror handling ditunjukan pada Gambar 4.13.
Gambar 4.13. Eror Handling Peringatan pada MSA.
c. Eror – Handling pada Halaman Consensus.
Dalam halaman consensus terdapat dua halaman eror – handling sebagai peringatan pada saat pengambilan data, yaitu halaman peringatan bahwa yang data harus lebih dari 2 sequence, seperti yang ditunjukan pada Gambar 4.14. Dan
halaman peringatan bahwa data yang dimasukan harus multiple sequence
Gambar 4.14. Eror Handling pada Halaman Consensus 1.
Gambar 4.15. Eror – Handling pada Halaman Consensus 2.
Halaman progress bar digunakan untuk menunggu sebuah proses sampai selesai yang memerlukan waktu relative lama. Misalkan proses pembentukan
multiple sequence alignment dan proses pengenalan tunggal. Implementasi
progress bar adalah sebagai berikut :
a. Progress bar pada halaman proses MSA.
Dalam proses MSA terdapat dua progress bar yang ditampilkan. Pertama progress bar untuk menunggu proses perhitungan jarak antar sequence, seperti yang ditunjukan pada Gambar 4.16. sedangkan progress bar yang kedua
berfungsi untuk menunggu proses progressive alignment yaitu proses
pembentukan multi sequence dari tree yang sudah dibentuk, seperti pada Gambar 4.17.
Gambar 4.16. Progress Bar Perhitungan Jarak.
Gambar 4.17. Progress Bar Progressive Alignment.
b. Progress bar Pada Halaman Pengenalan Tunggal.
Dalam proses pengenalan tunggal hanya memerlukan sebuah progress bar untuk menuggu proses pengenalan sequence yang akan di kenali dengan kelima sequence model. Implementasi progress bar ditunjukan pada Gambar 4.18.