Tanya Jawab Seputar R +
2. INSTALASI DAN PENGGUNAAN
2.1. Dimana saya bisa mendapatkan versi terbaru R?
Anda dapat ke situs CRAN (lihat http://cran.r-project.org/mirrors.html) , dan pilih menu download R platform Windows. Atau lihat pembahasan III.1
2.2 . Bagaimana cara menginstal R di Windows
Untuk instalasi, lihat sub bab III.2.
2.3. Bagaimana cara memeriksa corrupt/gagal atau tidaknya installasi?
Jalankan program bin\md5check.exe . Program tersebut akan membandingkan checksum pada semua file yang terinstall dan akan memberi laporan apabila ada perubahan atau file yang hilang.
2.4. Bagaimana saya menjalankan R?
Untuk menjalankannya, klik dua kali ikon shotcut R yang terinstall.
Anda juga dapat menjalankan R pada command prompt, sebagai contoh pada ‘MS-DOS’ (Windows 9x/ME)
2.5. Dapatkah saya menjalankan R dari CD atau drive USB?
YA, anda dapat menjalankan R dari CD atau drive USB. Instalasi dasar dapat direlokasi, jadi anda dapat membakar (burn) image pada instalasi R di harddisk anda atau menginstal langsung pada removable storage (misal USB flashdisk).
Catatan: Menjalankan R tidak mengharuskan akses ke direktori temporary dan direktori home.
2.6. Bagaimana cara meng-uninstall R?
Untuk uninstalasi, lihat sub bab III.2.2
2.7. Adakah cara terbaik untuk men-upgrade R?
Relatif adalah jawabannya, perbedaanya adalah masalah selera dan kebiasaan. Untuk kebanyakan orang yang dilakukan adalah meng-uninstal nya, kemudian install versi terbaru, lalu men-copy semua paket yang terinstal ke folder library di instalasi yang baru, kemudian jalankan update.packages() dalam instalasi R atau ‘Update packages’ di menu R pada gambar berikut:
122 Gambar 1: Menu Update paket
kemudian delete/hapus semua sisa file yang ada di folder instalasi yang lama. 2.8. Benarkah ada pembatasan memori yang digunakan!
YA, benar ada pembatasan memori. Hal tersebut diatur oleh command-line flag --max-mem-size -- yang defaultnya akan lebih kecil dari RAM fisik dalam mesin dan 1 Gb. Juga dapat diatur lebih besar dari 16 M. Perlu diperhatikan, biasanya Windows punya batasan maksimum memory virtual untuk penggunanya sekitar 2 GB.
Ketik ?Memory dan ?memory.size untuk memeriksa penggunaan memory. Pembatasan /limit bisa ditingkatkan dengan menuliskan memory.limit pada saat menjalakan sesi R.
R dapat dikompilasikan untuk menggunakan different memory manager yang akan membuatnya lebih baik pada penggunaan memory yang besar, namun secara substansi akan lebih lambat (membuat R lebih lambat ketika mengerjakan beberapa perintah).
2.10. Bagaimana cara mencetak /print file dari R?
Tergantung apa yang akan anda cetak.
• Untuk mencetak grafik windows dari menu atau dengan menggunakan perintah dev.print
dengan argument yang sesuai (lihat halaman help: bisanya dev.print(win.graph) dapat bekerja dengan baik).
• Anda dapat mencetak dari konsol R atau ke menu File | Print. • And dapat mencetak file help dari pager atau browser HTML.
• Jika anda telah mengkonfigurasi RHOME\bin\helpPRINT.bat dan sudah menginstal and have LaTeX installed, anda dapat file help dengan menuliskan perintah help(fn_name,
offline=TRUE).
2.11. Dapatkah saya menggunakan R CMD BATCH?
YA: gunakan R CMD BATCH --help or ?BATCH untuk lebih jelas.
Anda juga dapat mengatur atau menaikkan batch file dengan menggunakan Rterm.exe. Suatu sample batch file kemungkinanan mengandung (suatu baris)
path_to_R\bin\Rterm.exe --no-restore --no-save < %1 > %1.out 2>&1
Maksud dari 2>&1 adalah untuk redirect warnings dan errors ke file yang sama sebagai output normal output, dan pengguna Windows 95/98/ME's default command.com `shell' akan
123 membutuhkannya mengacuhkannya. (Program tersebut tidak bermaksud untuk men- redirect stderr, dan Rterm.exe mengirim peringatan dan error ke file output normal pada systems.) 2.12. Dapatkah saya menggunakan versi R dengan ESS dan (X)emacs?
YA. Versi terakhir ESS (e.g. 5.2.x) mendukung versi R ini, dan terdapat dukungan untuk menginterupsi proses R dari ESS (dengan C-c C-c).
Untuk bantuan dengan ESS, kirim email ke ESS-help@stat.ethz.ch.
2.13. Apa yang dimaksud dengan HOME dan direktori kerja?
Beberapa dokumentasi menggunakan pengertian dan terminologi berikut.
Direktori kerja (working directory) adalah direktori pada saat Rgui atau Rterm dijalankan, kecuali menjalankan shortcut pada menu ‘Start’. Untuk memanggil working directory gunakan getwd().
Home directory adalah kumpulan dari hal berikut: jika variabel lingkungan R_USER di-set, maka nilainya (user) digunakan. Lain hal, jika variabel HOME di-set, maka nilai di HOME tersebut yang digunakan. Dari dua user-controllable setting, maka R akan mencari direktori home yang didefiniskan sebelumnya. Langkah pertama, R akan menggunakan direktori “pribadi” Windows (misal C:\Documents and Settings\username\My Document di
Windows XP) . Jika langkah pertama gagal, namun jika dua variabel lingkungan
HOMEDRIVE dan HOMEPATH di-set (dan biasanya variabel tersebut berbasis Windows NT/2000/XP/2003), nilainya adalah ${HOMEDRIVE}${HOMEPATH}. Dan jika semua langakah sebelumnya masih gagal, direktori kerja yang terakhir dipakai yang digunakan..
Anda dapat mencarinya dari kode R dengan perintah Sys.getenv("R_USER").
2.14 Bagaimana cara mengatur/set variabel lingkungan (environment variables)?
Variabel lingkungan dapat di-set untuk RGui.exe dan Rterm.exe dengan tiga cara yang berbeda.
Pada baris perintah yakni sebagai pasangan name=value. Sebagai contoh dalam shortcut untuk RGui anda mempunyai path berikut:
"path_to_R\bin\Rgui.exe" HOME=p:/ R_LIBS=p:/myRlib
Dalam file lingkungan (environment). Renviron dalam direktori kerja atau direktori home, sebagai contoh pada baris berikut:
R_LIBS=p:/myRlib
Jika anda punya hak akses untuk melakukan hal tersebut, anda juga dapat membuat file lingkungan etc\Renviron tentukan lokasi dan atur variabel lingkungan dalam file tersebut dengan cara yang sama. Variabel tersebut harus diatur untuk semua user dan semua penggunaannya pada saat instalasi R.
124 Untuk pengguna di Windows, untuk setting variable lingkungan pada Windows 9x dapat mengesetnya dalam file autoexec.bat atau dalam window MS-DOS tempat anda menjalankan aplikasi Rgui / Rterm. Untuk sistem Windows NT/2000/XP/2003, anda dapat menggunakan control panel atau klik kanan dan pilih properties pada `My Computer'. Pada Windows ME, anda dapat menggunakan System Configuration Utility (klik Start Menu>Programs>Accessories>System Tools). Kemudian anda harus log off atau reboot agar perubahan penyetting berfungsi.
2.16 Apakah R menggunakan Registry?
TIDAK.
Installer mengatur beberapa entri untunk melakukan dan memberi akses untuk uninstalasi. Sebgai tambahan (secara default, namun bisa juga tidak dipilih defaultnya), installer akan menset Registry key LOCAL_MACHINE\Software\R-core\R sesuai dengn versi R yang digunakan dan path instalasi. Untuk lebih lengkap mengenai penjelasan ini lihat http://cran.r-project.org/other-software.html). Anda dapat menambahkan entri Registry dengan menjalankan file RSetReg.exe yang ada dalam folder bin dan menghapus registry dengan menjalan argument /U.
Sebagai catatan, semua setting/pengaturan tersebut adalah untuk per mesin dan bukan untuk per user.
2.17 Apakah R menunjang/support automasi (OLE, COM)?
TIDAK secara langsung.
Terdapat server (D)COM server yang dibuat oleh Thomas Baier dan bisa didapat di situs CRAN (http://cran.r-project.org/other-software.html) yang bekerja dengan Rproxy.dll (dalam distribusi R) dan R.dll untuk menunjang transfer data ke dan dari R dan mengendalikan dari jarak jauh eksekusi perintah-perintah R, dan terdapat dalam window R. Antar muka /interface R-Excel membuat penggunaan server DCOM termasuk dalam distribusi R.
Server (D)COM lainnya bisa didapat di situs http://www.omegahat.org/, yang mempunyai fitur yang mengijinkan mengekspor objek R sebagai nilai COM. Di situs tersebut juga tersedia paket RDCOMClient dan SWinTypeLibs yang memungkinkan R bekerja sebagai (D)COM client.
2.18 Mengapa fungsi download internet gagal!
Sebagai contoh, untuk menu yang ada dalam paket menu yakni update.packages() jika tidak koneksi dengan internet atau pun gagal untuk mendownload.
Ada bebrapa laporan yang kami terima diantaranya adalah (berikut solusinya):
(a) Periksa koneksi Internet anda, apakah kabel Internet terpasang (dengan baik) atau periksa apakah koneksi internet dalam status terhubung.
(b) Gunakan cara internet2.dll dengan memulai menjalankan R dengan flag – yang menggunakan browser internet internal (misal Internet Explorer 4 atau terbaru).
Catatan: hal ini tidak bekerja dengan proxies yang membutuhkan autentikasi.
(b) Anda perlu mengatur/menset proxy: lihat ?download.file. Adapun gambarnya sebagai berikut:
125 Gambar 2: Deskripsi download.file
dan berikut ini adalah dua versi suatu contoh baris perintah pada shortcut: "path_to_R\bin\RGui.exe" http_proxy=http://user:pass@gannet:80/
"path_to_R\bin\RGui.exe" http_proxy=http://gannet/ http_proxy_user=ask
Versi kedua akan mem- prompt pengguna untuk proxy username dan password pada saat pertama kali digunakannya download HTTP.
2.19 Mengapa ketika saya memasukkan karakter tertentu, Rgui menjadi crash!.
Hal tersebut biasanya jarang terjadi. Namun apabila terjadi biasanya berkaitan dengan masalah msvcrt.dll dan telah dilakukan perbaikan pada versi R terbaru.
Namun apabila tetap terjadi, cobalah mengekstrak msvcrt.dll agar dapat ditemukan dalam self-extracting archive ftp://ftp.microsoft.com/softlib/mslfiles/msvcrt.exe dan letakkan dalam direktori in the rw2011\bin . Pindahkan msvcrt.dll dari direktori tersebut dan set ke dalam keadaan standar. Dan sepertinya dalam beberapa versi Windows (tidak termasuk Windows 2000/XP/2003) anda juga perlu meletakkan direktori the rw2011\bin pada path anda.
Halphal di atas biasanya akan bekerja dengan baik. Namun apabila masih terjadi masalah, hal yang sering dilakukan adalah menginstall ulang Windows anda. ☺
126 3. PAKET
3.1 Apakah saya dapat menginstall paket di R?
YA.
Untuk lebih jelas caranya, silakan melihat di situs r-project pada alamat berikut: http://cran.r-project.org/bin/windows/contrib/ReadMe, atau
http://www.murdoch-sutherland.com/Rtools/ untuk mendapatkan tools install paket serta untuk manual dalam pdf/HTML anda dapat melihat Writing R Extensions pada menu windows R anda.
Atau anda bisa merujuk pada Bab III tentang Menu dalam R di buku ini.
3.2 Apa dan bagaimana jika saya tidak mempunyai hak untuk mengakses/ (hak tulis) ke dalam direktori rw#versi\direktori library?
Anda dapat meng-install paket dimana saja yang anda mau dan menggunakan variabel lingkungan R_LIBS (lihat bagian Bagaimana cara mengatur variabel lingkungan) untuk menentukan lokasi library.
Anggap saja paket anda ter-instal di p:\myRlib. Kemudian anda dapat melakukan pengaturan varibael R_LIBS ke path p:\myRlib sebelum memulai menjalankan R atau anda dapat juga menggunakan suatu paket, seperti paket library(mypkg, lib.loc="p:/myRlib") 3.3 Paket yang saya instal tidak muncul dalam sistem help HTML!
Untuk memperbaharui/update HTML help, jalankan perintah di prompt R dengan menuliskan.
>link.html.help()
Perintah di atas biasanya secara otomatis ada ketika anda meng-instal dari Menu Packages atau dengan menuliskan install.packages(), dan ketika menjalankan perintah help.start, perintah-perintah tadi memungkinkan anda untuk mempunyai hak tulis di rw2011.
127 Gambar 3: Mirror CRAN
Namun apabila anda tidak memiliki hak tulis di R, maka anda akan ada peringatan dan paket yang anda install sebelumnya tidak akan muncul dalam daftar paket-paket ataupun pada system pencarian (search).
3.4 Fungsi yang saya miliki tidak dapat ditemui oleh fasilitas sistem pencarian help HTML!
Apabila hal tersebtu terjadi, anda harus memeriksa apakah kondisi berikut ini sudah terpenuhi, yaitu:
• Suatu paket mengandung file CONTENTS dalam direktori paling tinggi (top-level directory).
• Anda telah memperbaharui (update) indikasi-indikasi sebagaimana dijelaskan dalam pertanyaan sebelumnya (lihat pertanyaan Paket yang saya instal tidak muncul dalam sistem help HTML)
128 Sebagai catatan: jika anda tidak dapat memperbaharui (update) indikasi-indikasi (dimana anda memerlukan hak tulis dalam direktori rw2011), hanya fungsi dalam paket yang ter-instal dalam library utama yang akan muncul, selainnya tidak.
Kasus lain, jika system pencarian help tidak berfungsi sama sekali, kemungkinan bahwa Java support tidak ter-instal atau status un-enable pada browser anda.
Halawan web pencarian (search page) mengandung link ke bagian manual R Installation and Administration. Contoh pada gambar berikut:
Gambar 4: Menu manual instalasi dan administrasi R
3.5 Loading paket gagal!
Sebelumnya, periksa dahulu apakah paket dikompilasi dari versi R yang sama? Karena kebanyakan paket harus dikompilasi untuk R versi terbaru.
Anda dapat melihat versi dari paket yang terkompilasi dengan menggunakan perintah Built:
line in its DESCRIPTION file atau pada tab Version file DLL-nya dalam direktori libs. Atau yang paling mudah dengan meng-klik kanan pada file DLL di Windows Explorer dan pilih tab Version di Properties seperti pada gambar berikut:
129 Gambar 5: Versi property R
(selain prosedur di atas anda ada dapat menggunakan fungsi DLL.version di R.)
3.6 Paket TclTk tidak berfungsi!
Supaya paket tcltk dapat berfungsi (coba tuliskan perintah demo(tkdensity) atau
demo(tkttest) setelah anda menuliskan perintah library(tcltk) di R windows) anda
harus memastikan Tcl sudah terinstal.
Tahap ini adalah bagian pilihan (optional) dari proses instalasi dan biasanya merupakan default ketika anda meng-instal.
Apabila anda menjumpai pesan berikut: Tcl/Tk support files tidak terinstal
Maka file pilihan tidak ter-instal dan anda harus kembali ke installer dan meng-instalnya kembali.
Cara lainnya, jika anda memiliki variabel lingkungan MY_TCLTK maka atur/set ke bentuk nilai non-empty, dan hal ini diasumsikan bahwa anda ingin menggunakan instalasi Tcl/Tk 8.4.x
Klik kanan
130 yang berbeda, dan hal ini akan diatur/set up secara benar (dengan file DLLs dalam path anda dan pengaturan pada TCL_LIBRARY ).
Dan apabila anda tidak memerlukan file pendukung Tcl/Tk ter-instal , sebagai catatan anda tidak memerlukan file 8.4.x dan file 8.3.x.
3.7 Kadang-kadang Hyperlinks di HTML tidak berfungsi?
Hyperlink tidak berfungsi dikarenakan paket di-install di dalam library yang berbeda.
Masalah tersebut dapat diatasi dalam system operasi Unix menggunakan simbol links (dimana pada Windows hal tersebut tidak dapat dilakukan).
Untuk membetulkan link HTML, help.start() akan membetulkannya ke dalam paket umum standar dengan syarat anda mempunyai hak tulis system. Berikut adalah gambaran dalam R:
Gambar 6: Hyperlinks HTML
131 Gambar 7: Browser Help dalam format HTML
Sampai saat ini, link ke paket base, datasets, utils, grDevices, graphics dan
stats telah diperbaiki.
3.8. update.packages() gagal !
Anda tidak dapat memperbaharui paket pada saat digunakan: Windows secara otomatis akan `mengunci' paket DLL pada saat proses load. Oleh karena itu gunakan perintah
update.packages() untuk sesi yang baru.
Jika anda meletakkan library(foo) di dalam .Rprofile , anda harus memulai R untuk memperbaharui/update paket foo. Jika anda mengatur R_DEFAULT_PACKAGES untuk memasukkan foo, anda perlu meng-unset nya sementara.
