INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2012

IDENTIFIKASI KERAGAMAN D-LOOP DNA MITOKONDRIA PADA SAPI POTONG DI INDONESIA

DAFTAR PUSTAKA

Abdullah, M. A. N. 2008. Karakterisasi genetik sapi Aceh menggunakan analisis keragaman fenotipik, daerah D-loop DNA mitokondria dan DNA mikrosatelit. Disertasi. Sekolah Pascasarjana, Institut Pertanian Bogor, Bogor.

Abdullah, M. A. N., R. R. Noor, & E. Handiwirawan. 2008. Identifikasi penanda genetik daerah D-loop pada sapi aceh. J. Indon. Trop. Anim. Agric. 33 : 1. Albert, J., J. Wahlberg, T. Leitner, D. Escamilla, & M. Uhlen. 1994. Analysis of

rape case by direct sequencing of the human immunodeficiency virus type 1 pol and gag genes. J. Virol 68: 5018-5024.

Alves, E., A. I. Ferna´ ndez-, A. Ferna´ ndez-Rodrı´guez, D. Pe´ rez-Montarelo, R. Benitez, C. O´ vilo, C. Rodrı´guez, & L. Silio´. 2009. Identification of mitochondrial markers for genetic traceability of European wild boars and Iberian and Duroc pigs. J. Anim. : 1-8.

Anderson, S., M. H. de Bruijn, A. R. Coulson, I. C. Eperon, F. Sanger, & I. G. Young. 1982. Complete sequence of bovine mitochondrial DNA. Conserved features of the mammalian mitochondrial genome. J. Biol. 156: 683–717. Blakely, J. & D. H. Blade. 1992. The Science of Animal Husbandry. Prentice-Hall

Inc, New Jersey.

Carter, R. E. 2000a. General Molecular Biology. In : Bakker, A. J. (Ed.). Molecular Methods in Ecology. Black Well Science, Oxford.

Carter, R. E. 2000b. DNA Fingerprinting using Minisatellite Probes. In : Bakker, A. J. (Ed.). Molecular Methods in Ecology. Black Well Science, Oxford. Clayton, D. A. 1992. Transcription and replication of animal mitochondrial DNAs.

Int. Rev. Cytol. 141: 217-222.

Dawkin, R. 2000. Mekanisme Evolusi. In: Camphell, N.A., J.B. Reece, & L.G. Mitchell. Biologi. Edisi ke-5. Terjemahan: Lestari, R., E.I.M. Adil, N. Anita, Andri, W.F. Wibowo, & W. Manalu. Erlangga, Jakarta.

Departemen Penelitian dan Pengembangan Pertanian, Nangroe Aceh Darussalam. 2011. Sapi Aceh. http://nad.litbang.go.id. [8 Mei 2012]

Direktorat Jenderal Peternakan, Departemen Pertanian. 2011a. Sapi Pesisir. http://ditjennak.deptan.go.id. [8 Mei 2012]

Direktorat Jenderal Peternakan. Departemen Pertanian. 2011b. Sapi Madura. Departemen Pertanian. http://ditjennak.deptan.go.id. [8 Mei 2012]

Duryadi D. 1994. Peran DNA mitokondria (mtDNA) dalam studi keragaman genetik dan biologi populasi pada hewan. J. Hayati 1 (1) : 1-4.

Febriana, A. 2011. Filogeni berdasarkan sekuen DNA mitokondria gen cytochrome oxidase (gen COI) pada beberapa bangsa sapi lokal Indonesia. Skripsi.

38 Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Institut Pertanian Bogor, Bogor.

Hartaningsih, N. 2008. Bali cattle. http://balicattle.com/aboutus.html. [8 Mei 2012] Hartl, D. 2000. A Primer of Population Genetics. 3^rd (Ed). Sinauer Associates, Inc.,

Sunderland.

Hartl, D. L. & A. G. Clark. 1989. Principles of Population Genetics. 2^nd Edit. Sinauer Associates, Inc. Sunderland, Massachusetts.

Hassan, A. A., S. M. El Nahas, S. Kumar, P. S. Godithala, & K. Roushdy. 2009. Mitochondrial D-loop nucleotide sequences of Egyptian river buffalo: variation and phylogeny studies. Livestock Sci. 125 : 37–42.

Hayashi, Y., T. Nishida, J. Otsuka, & I.K. Abdulgani. 1980. Measurement of the skull of native cattle and banteng in Indonesia. The Origin and Phylogeny of Indonesia Native Livestock. 404315 : 19-27.

Jakaria. 2008. Keragaman genetik gen hormon pertumbuhan pada sapi pesisir Sumatera Barat. Disertasi. Sekolah Pascasarjana Institut Pertanian Bogor, Bogor.

Jusuf, M. 2001. Genetika I Struktur dan Ekspresi Gen. Institut Pertanian Bogor (IPB)-Press, Bogor.

King, M. C. 2002a. Organisasi dan Pengontrolan Genom Eukariotik. Dalam: Camphell, N. A., J. B. Reece, & L. G. Mitchell. Biologi. Edisi ke-5. Terjemahan: Lestari, R., E. I. M. Adil, N. Anita, Andri, W. F. Wibowo, & W. Manalu. Erlangga, Jakarta.

King, M. C. 2002b. Meiosis dan Siklus Hidup Seksual. Dalam: Camphell, N. A., J. B. Reece, & L. G. Mitchell. Biologi. Edisi ke-5. Terjemahan: Lestari, R., E. I. M. Adil, N. Anita, Andri, W.F. Wibowo, & W. Manalu. Erlangga, Jakarta. King, M. C. 2002c. Pengklonan DNA. Dalam: Camphell, N. A., J. B. Reece, & L.

G. Mitchell. Biologi. Edisi ke-5. Terjemahan: Lestari, R., E.I.M. Adil, N. Anita, Andri, W.F. Wibowo, & W. Manalu. Erlangga, Jakarta.

Lai, S. J., Y. P. Liu, Y. X. Liu, X. W. Li, & Y. G.Yao. 2005. Genetic diversity and origin of Chinese cattle revealed by mtDNA D-loop sequence variation. Molecular Phylogenetics and Evolution 38 : 146–154.

Lenstra, J. A. & D. G. Bradley. 2006. Systematics and Phylogeny of Cattle. In : Fries, R. & A. Ruvinsky (Eds.). The Genetics of Cattle. CABI Publishing, New York.

MacHugh, D. E. 1996. Molecular biogeography and genetic strukture of domesticated cattle. Doctor Degree. Departemen of Genetics, Trinity College, University of Dublin.

39 Mannen, H., S. Tsuji, R. T. Loftus, & D. G. Bradley. 1998. Mitochondrial DNA variation and evolution of Japanese black cattle (Bos taurus). J. Genetics 150: 1169–1175.

Martojo, H. 1992. Peningkatan Mutu Genetik Ternak. Departeman Pendidikan dan Kebudayaan, Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi, Pusat Antar Universitas Bioteknologi, Institut Pertanian Bogor, Bogor.

Martojo, H. 2003. Indigenous Bali Cattle: The Best Suited Cattle Breed for Sustainable Small Farms in Indonesia. Laboratory of Animal Breeding and Genetics, Fac. Anim. Sci., Bogor Agric. Univ., Indonesia.

Meirelles, F. V., A. J. M. Rosa, R.B. Lôbo, J. M. Garcia, L.C. Smith, & F. A. M. Duarte. 1999. Is the American zebu really Bos indicus. Genet. Mol. Biol. 22: 4.

Miretti M. M., H. A. Pereira jr., M. A. Poli, E. P. B. Contel, & J. A. Ferro. 2002. African-derived mitochondria in South American native cattle breeds (Bos taurus): evidence of a new taurine mitochondrial lineage. Heredity. 93 (5): 323-30.

Mohamad, K, M. Olsson, H. T. A. Van Tol, S. Mikko, B. H. Vlaming, G.

Andersson, H. Rodrı´guez-Martı´nez, B. Purwantara, R. W. Paling, B.

Colenbrander, & J. A. Lenstra. 2009. On the Origin of Indonesian Cattle. Plosone. 4 : 5.

Muladno. 2006. Seputar Teknologi Rekayasa Genetika. Pustaka Wirausaha Muda, Bogor.

Nakamura, Y., M. Leppert, F. Bardakci, D. O. Skibinski , G. R. Carvalho, & G. C. Mair. (1987). Variable number tandem repeat (VNTR) marker for human gene mapping. Science 235 : 1616-1622.

Namikawa, T., Y. Matsuda, K. Kondo, B. Pangestu, & H. Martojo. 1980. Blood group and blood protein polymorphisms types of the cattle in Indonesia. The Origin and Phylogeny of Indonesia Native Livestock. 404315 : 35-45.

Nei, M. & S. Kumar. 2000. Molecular Evolution and Phylogenetics. Oxford University Press, New York.

Nijman, I. J., M. Otsen, E. L. C. Verkaar, C. de Ruijter, E. Hanekamp, J. W. Ochieng, S. Shamshad, J. E. O. Rege, O. Hanotte, M. W. Barwegen, T. Sulawati, & J. A. Lenstra. 2003. Hybridization of banteng (Bos javanicus) and zebu (Bos indicus) revealed by mitochondrial DNA, satellite DNA, AFLP and microsatellites. Nature. 90 : 10-16.

Noor, R. R. 2010. Genetika Ternak. Penebar Swadaya, Jakarta.

Noor, R. R., Muladno, B. Benyamin, Z. Hedah, & Herliantin. 2000. Uji kemurnian sapi Bali melalui protein, DNA mikrosatelit, struktur bulu dan kromosom. Laporan penelitian. Kerjasama penelitian Fapet IPB dengan Balai Inseminasi Buatan Singosari-Malang.

40 Otsuka, J., K. Kondo, S. Simamora, S.S. Manjoer, & H. Martojo. 1980. Body measurements of the Indonesian native cattle. The Origin and Phylogeny of Indonesia Native Livestock. 404315 : 35-45.

Payne, W. J. A. & J. Hodges. 1997. Tropical Cattle : Origin, Breeds and Breeding Policies. Black Well Science, Oxford.

Payne, W. J. A. & Rollinson D. H. L. 1973. Bali cattle. World Anim. Rev.7:13-21. Randi, E. 2000. Mithocondrial DNA. In : Bakker, A. J. (Ed.). Molecular Methods in

Ecology. Black Well Science, Oxford.

Ratnayani, K., I. N. Wirajana, & A. A. I. A. M. Laksmiwati. 2007. Analisis variasi nukleotida daerah D-loop DNA mitokondria pada satu individu suku bali normal. Jurnal Kimia 1(1) : 7-14.

Ridley, M. 1991. Masalah-Masalah Evolusi. Terjemahan: Saifuddin, A. F. Universitas Indonesia Press, Jakarta.

Saladin, R. 1983. Penampilan sifat-sifat produksi dan reproduksi sapi lokal Pesisir Selatan di Propinsi Sumatera Barat. Disertasi. Sekolah Pascasarjana, Institut Pertanian Bogor, Bogor.

Sarbaini. 2004. Kajian keragaman karakteristik eksternal dan DNA mikrosatelit sapi Pesisir Sumatera Barat. Disertasi. Sekolah Pascasarjana, Institut Pertanian Bogor, Bogor.

Selwood, S. P., Z. M. A. Chrzanowska-Lightowlers, & R. N. Lightowlers. 2000. Does the mitochondrial transcription-termination complex play an essential role in controlling differential transcription of mitochondrial DNA?. Biochemical Society Transactions 28 (2) : 154-159.

Talib, C., A. Entwistle, S. Siregar, Budiarti, Turner, & D. Lindsay. 2002. Survey of population and production dynamics of Bali cattle and existing breeding programs in Indonesia. In: K. Entwistle and D.R. Lindsay (Eds.). Strategiesto Improve Bali Cattle in Eastren Indonesia, Canberra.

Tamura, K., J. Dudley, M. Nei, & S. Kumar. 2007. MEGA 4: Molecular evolutionary genetics analysis (MEGA) software version 4.0. Mol. Biol Evol 24 : 1596-1599.

Uggla, C. M. 2008. Investigating genetic variability within specific indigenous Indonesian cattle breeds. Institutionen för husdjursgenetik, sweden.

Vaisanen, J. & P. Jensen. 2003. Social versus exploration and foraging motivation in young red jungle fowl (Gallus gallus) and white leghorn layers. Appl. Anim. Behaviour Sci. 84: 139-158.

Weissensteiner, T. 2004. Optimizing PCR with the Aid of Experimental Design. In: Weissensteiner, T., H. G. Griffin, & A. Griffin (Eds.). PCR Technology Current Inovations. Second edition. CRC Press, London.

Williamson, G. & W. J. A. Payne. 1993. Pengantar Peternakan di Daerah Tropis. Gadjah Mada University Press, Yogyakarta.

Wilson, A.C., R.L. Cann, & S.M. Carr. 1985. Mitochondrial DNA and two prespectives on evolutionary genetics. Biological Journalof the Linnean Society 26: 375-400.

Wood, N. J. & S. H. Phua. 1996. Variation in the control region sequence of the sheep mitochondrisl genome. Anim. Genet. 27: 25-33.

43 Lampiran 1. Modifikasi Metode Isolasi DNA Menggunakan Genomic DNA Mini Kit

(Geneaid) Sampel darah Sentifugasi 3500 rpm, 10 menit DW ± 1000 µl Sentrifugasi 5000 rpm, 10 menit Buang cairan

+ DW sampai 5000 µl, kocok perlahan, diamkan 10 menit Sentrifugasi 7000 rpm, 10 menit Supernatan dibuang + 1× STE sampai 350 µl + 5 mg/ml proteinase Inkubasi 56^oC, 1 jam +10 % SDS 40 µl + Buffer GB 250 µl Inkubasi 70 ^oC, 10 menit + Ethanol 250 µl Pindahkan ke GD column Sentrifugasi 10000 rpm, 3 menit Cairan ditabung penampung dibuang

+ Buffer W1 400 µl

Sentrifugasi 10000 rpm, 1 menit Cairan ditabung penampung dibuang

+ Buffer pencuci 600 µl

Sentrifugasi 10000 rpm, 1 menit Cairan ditabung penampung dibuang

Dipindahkan GD column ke tabung 1,5 ml + Buffer pengelusi 100 µl

Sentrifugasi 1000 rpm, 1 menit Didapatkan cairan berisis DNA dalam tabung 1,5 ml

44 Lampiran 2. Elektroforesis Produk PCR sebelum Sekuensing

M B1 B2 B3 M1 M2 M3 P1 P2 P3 M (marker) = ladder 250, 500, 750, 1000, 1500, 2000, 2500, 3000 3500, 4000, 5000,6000, 8000, 10000 B = Bali M = Madura P = PO 1000 bp bp

45 Lampiran 3. Lokasi Penempelan Primer Forward dan Reverse pada Sekuen Basa

Nukleotida Gen D-loop parsial Sapi Asli dan Sapi Lokal Indonesia

Sekuen CYT B (15604-15656) .…

Sekuen tRNA Thr (15661-15729) .…

Sekuen tRNA Pro (15729-15794) .…

Sekuen D-loop (15795..16341,1..366) .…

Pasangan primer Forward dan Reverse(15604-15623, 388-407) ... ….

Sekuen tRNA Phe (367-407) .…

TAGTACTAATACCAACAGCCGGCACAGTTGAAAACAAATTACTAAAATGAAGACAGGTCTTTGTAGTA CATCTAATATACTGGTCTTGTAAACCAGAGAAGGAGAACAACTAACCTCCCTAAGACTCAAGGAAGAA ACTGTAGTCTCACCGTCAACCCCCAAAGCTGAAGTTCTATTTAAACTATTCCCTGAACACTATTAATA TAGTTCCATAAATGCAAAGAGCCTTATCAGTATTAAATTTATCAAAAATCCCAATAACTCAACACAGA ATTTGCACCCTAACCAAATATTACAAACACCACTAGCTAACATAACACGCCCATACACAGACCACAGA ATGAATTACCCAGGCAAGAGGTAATGTACATAACATTAATGTAATAAAGACATGATATGTATATAGTA CATTAAATTATATACCCCATGCATATAAGCAAGTACATGATCTCTATAATAGTACATAATACATACAA TTATTAATTGTACATAGTACATTATATCAAATCCATCCTCAACAACATATCTACTATATACCCCTTCC ACTAGATCACGAGCTTAATTACCATGCCGCGTGAAACCAGCAACCCGCTAAGCAGAGGATCCCTCTTC TCGCTCCGGGCCCATAGACCGTGGGGGTCGCTATTTAATGAATTTTACCAGGCATCTGGTTCTTTCTT CAGGGCCATCTCATCTAAAGTGGTCCATTCTTTCCTCTTAAATAAGACATCTCGATGGACTAATGACT AATCAGCCCATGCTCACACATAACTGTGCTGTCATACATTTGGTATTTTTTTATTTTGGGGGATGCTT GGACTCAGCTATGGCCGTCAAAGGCCCCGACCCGGAGCATCTATTGTAGCTGGACTTAACTGCATCTT GAGCACCAGCATAATGATAGGCATGGGCATTACAGTCAATGGTCACAGGACATAAATTACATTATATA TCCCCCCCTTCATAAAAACCTCCCCCTTAAATATTCACCACCACTTTTAACAGACTTTTCCCTAGATA CTTATTTAAATTTTCCACACTTTCAATACTCAATTTAGCACTCCAAACAAAGTCAATATATAAACGCA GGCCCCCCCCCCCCCCGTTGATGTAGCTTAACCCAAAGCAAGGCACTGAAAATGCC

46 Lampiran 4. Contoh Hasil Sekuensing pada Sapi Bali

47 Lampiran 5. Contoh Hasil Sekuensing pada Sapi Madura

48 Lampiran 6. Contoh Hasil Sekuensing pada Sapi Pesisir

49 Lampiran 7. Contoh Hasil Sekuensing pada Sapi Aceh

50 Lampiran 8. Contoh Hasil Sekuensing pada Sapi PO

51 Lampiran 9. Situs-situs Delesi dan Insersi Basa-basa Nukleotida D-loop parsial 584 bp

#MEGA !Title ; !Format

DataType=Nucleotide CodeTable=Standard NSeqs=19 NSites=613

Identical=. Missing=? Indel=-;

!Domain=Data property=Coding CodonStart=1;

[ 111 111 111 122 222 222 223 333 333 333 444 444 444 455 555 555 556 666 666 666 777 777 777 ] [ 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 ] #Nellore_(GB) A-- --- --- --- --- --- ACA CTA TTA ATA TAG TTC CAT AAA TGC AAA GAG CCT TAT CAG TAT TAA ATT TAT CAA AAA #Aceh_1 .-- --- --- --- --- --- ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Aceh_2 .-- --- --- --- --- --- ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Pesisir_1 .-- --- --- --- --- --- ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Pesisir_2 .-- --- --- --- --- --- ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Bali_1 .TT TGA ACT ATT TCC TAA G.. ... ... ... ... ... ... ... C.. ... ... ... .GC ... ... ... ... ..C ... ... #Bali_2 .TT TGA ACT ATT TCC TAA G.. ... ... ... ... ... ... ... C.. ... ... ... .GC ... ... ... ... ..C ... ... #Bali_3 .TT TGA ACT ATT TCC TAA G.. ... ... ... ... ... ... ... C.. ... ... ... .GC ... ... ... ... ..C ... ... #Bali_4 .TT TGA ACT ATT TCC TAA G.. ... ... ... ... ... ... ... C.. ... ... ... .GC ... ... ... ... ..C ... ... #Bali_5 .TT TGA ACT ATT TCC TAA G.. ... ... ... ... ... ... ... C.. ... ... ... .GC ... ... ... ... ..C ... ... #Bali_6 .TT TGA ACT ATT TCC TAA G.. ... ... ... ... ... ... ... C.. ... ... ... .GC ... ... ... ... ..C ... ... #Madura_1 .TT TGA ACT ATT TCC TAA G.. ... ... ... ... ... ... ... C.. ... ... ... .GC ... ... ... ... ..C ... ... #Madura_2 .TT TGA ACT ATT TCC TAA G.. ... ... ... ... ... ... ... C.. ... ... ... .GC ... ... ... ... ..C ... ... #Madura_3 .TT TGA ACT ATT TCC TAA G.. ... ... ... ... ... ... ... C.. ... ... ... .GC ... ... ... ... ..C ... ... #Madura_4 .TT TGA ACT ATT TCC TAA G.. ... ... ... ... ... ... ... C.. ... ... ... .GC ... ... ... ... ..C ... ... #PO_1 .TT TGA ACT ATT TCC TAA G.. ... ... ... ... ... ... ... C.. ... ... ... .GC ... ... ... ... ..C ... ... #PO_2 .TT TGA ACT ATT TCC TAA G.. ... ... ... ... ... ... ... C.. ... ... ... .GC ... ... ... ... ..C ... ... #PO_3 .TT TGA ACT ATT TCC TAA G.. ... ... ... ... ... ... ... C.. ... ... ... .GC ... ... ... ... ..C ... ... #PO_4 .TT TGA ACT ATT TCC TAA G.. ... ... ... ... ... ... ... C.. ... ... ... .GC ... ... ... ... ..C ... ...

52 Lanjutan

[ 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 ] [ 788 888 888 889 999 999 999 000 000 000 011 111 111 112 222 222 222 333 333 333 344 444 444 445 555 555 ] [ 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 ] #Nellore_(GB) TCC CAA TAA CTC AAC ACA GAA TTT GCA CCC TAA CCA AAT ATT ACA AAC ACC ACT AGC TAA CAT AAC ACG CCC --- --- #Aceh_1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... --- --- #Aceh_2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... --- --- #Pesisir_1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... --- --- #Pesisir_2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... --- --- #Bali_1 .TT ... C.G ... ... ... ... ... .T. ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... T.A C.. ... ... CCC ACT #Bali_2 .TT ... ..G ... ... ... ... ... .T. ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... T.A C.. ... ... CCC ACT #Bali_3 .TT ... ..G ... ... ... ... ... .T. ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... T.A C.. ... ... CCC ACT #Bali_4 .TT ... ..G ... ... ... ... ... .T. ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... T.A C.. ... ... CCC ACT #Bali_5 .TT ... C.G ... ... ... ... ... .T. ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... T.A C.. ... ... CCC ACT #Bali_6 .TT ... C.G ... ... ... ... ... .T. ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... T.A C.. ... ... CCC ACT #Madura_1 .TT ... C.G ... ... ... ... ... .T. ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... T.A C.. ... ... CCC ACT #Madura_2 .TT ... ..G ... ... ... ... ... .T. ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... T.A C.. ... ... CCC ACT #Madura_3 .TT ... C.G ... ... ... ... ... .T. ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... T.A C.. ... ... CCC ACT #Madura_4 .TT ... C.G ... ... ... ... ... .T. ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... T.A C.. ... ... CC- ACT #PO_1 .TT ... C.G ... ... ... ... ... .T. ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... T.A C.. ... ... CCC ACT #PO_2 .TT ... C.G ... ... ... ... ... .T. ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... T.A C.. ... .T. CCC ACT #PO_3 .TT ... C.G ... ... ... ... ... .T. ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... T.A C.. ... ... CCC ACT #PO_4 .TT ... ..G ... ... ... ... ... .T. ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... T.A C.. ... ... CCC ACT

53 Lanjutan

[ 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 122 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 ] [ 555 666 666 666 677 777 777 778 888 888 888 999 999 999 900 000 000 001 111 111 111 222 222 222 233 333 ] [ 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 ] #Nellore_(GB) --- --A TAC ACA GAC CA- -CA GAA TGA AT- --- --T ACC CAG GCA AGA GGT AAT GTA CAT AAC ATT AAT GTA ATA AAG #Aceh_1 --- --. ... ... ... ..- -.. ... ... ..- --- --. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Aceh_2 --- --. ... ... ... ..- -.. ... ... ..- --- --. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Pesisir_1 --- --. ... ... ... ..- -.. ... ... ..- --- --. ... ... ... ... ..G ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Pesisir_2 --- --. ... ... ... ..- -.. ... ... ..- --- --. ... ... ... ... ..G ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Bali_1 ACA GA. .G. ..C CT. ..A GTG .G. .A. G.A CAT AAC .TT A.T .T. .T. A.. .-- --- --- --- --- --- --- --- -.. #Bali_2 ACA GA. .G. ..C CT. ..A GTG .G. .A. G.A CAT AA. .TT A.T .T. .T. A.. ..A ... ... ..T ... ... ... ... ... #Bali_3 ACA GA. .G. ..C CT. ..A GTG .G. .A. G.A CAT AA. .TT A.T .T. .T. A.. ..A ... ... ..T ... ... ... ... ... #Bali_4 ACA GA. .G. ..C CT. ..A GTG .G. .A. G.A CAT AA. .TT A.T .T. .T. A.. ..A ... ... ..T ... ... ... ... ... #Bali_5 ACA GA. .G. ..C CT. ..A GTG .G. .A. G.A CAT AA. .TT A.T .T. .T. A.. ..A ... ... ..T ... ... ... ... ... #Bali_6 ACA GA. .G. ..C CT. ..A ATG .G. .A. G.A CAT AA. .TT A.T .T. .T. A.. ..A ... ... ..T ... ... ... ... ... #Madura_1 ACA GA. .G. ..C CT. ..A GTG .G. .A. G.A CAT AA. .TT A.T .T. .T. A.. ..A ... ... ..T ... ... ... ... ... #Madura_2 ACA GA. .G. ..C CT. ..A GTG .G. .A. G.A CAT AA. .TT A.T .T. .T. A.. ..A ... ... ..T ... ... ... ... ... #Madura_3 ACA GA. .G. ..C CT. ..A GTG .G. .A. G.A CAT AA. .TT A.T .T. .T. A.. ..A ... ... ..T ... ... ... ... ... #Madura_4 ACA GA. .G. ..C CT. ..A GTG .G. .A. G.A CAT AA. .TT A.T .T. .T. A.. ..A ... ... ..T ... ... ... ... ... #PO_1 ACA GA. .G. ..C CT. ..A GTG .G. .A. G.A CAT AA. .TT A.T .T. .T. A.. .-- --- --- --- --- --- --- --- --. #PO_2 ACA GA. .G. ..C CT. ..A GTG .G. .A. G.A CAT AA. .TT A.T .T. .T. A.. ..A ... ... ..T ... ... ... ... ... #PO_3 ACA GA. .G. ..C CT. ..A GTG .G. .A. G.A CAT AA. .TT A.T .T. .T. A.. ..A ... ... ..T ... ... ... ... ... #PO_4 ACA GA. .G. ..C CT. ..A GTG .G. .A. G.A CAT AA. .TT A.T .T. .T. A.. ..A ... ... ..T ... ... ... ... ...

54 Lanjutan

[ 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 223 333 333 333 333 ] [ 333 334 444 444 444 555 555 555 566 666 666 667 777 777 777 888 888 888 899 999 999 990 000 000 000 111 ] [ 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 ] #Nellore_(GB) ACA TGA TAT GTA TAT AGT ACA TTA AAT TAT ATA CCC CAT GCA TAT AAG CAA GTA CAT GAT CTC TAT A-A TAG TAC ATA #Aceh_1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .-. ... ... ... #Aceh_2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .-. ... ... ... #Pesisir_1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .-. ... ... ... #Pesisir_2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .-. ... ... ... #Bali_1 ... .A. ... ... ... ... ... ... C.. ..C ... ... ... ... ... ... ... ... .T. ..A ... C.. .G. C.. ... ... #Bali_2 ... .A. ... ... ... ... ... ... C.. ..C ... ... ... ... ... ... ... ... .T. ..A ... C.. .G. C.. ... ... #Bali_3 ... .A. ... ... ... ... ... ... C.. ..C ... ... ... ... ... ... ... ... .T. ..A ... C.. .G. C.. ... ... #Bali_4 ... .A. ... ... ... ... ... ... C.. ..C ... ... ... ... ... ... ... ... .T. ..A ... C.. .G. C.. ... ... #Bali_5 ... .A. ... ... ... ... ... ... C.. ..C ... ... ... ... ... ... ... ... .T. ..A ... C.. .G. C.. ... ... #Bali_6 ... .A. ... ... ... ... ... ... C.. ..C ... ... ... ... ... ... ... ... .T. ..A ... C.. .G. C.. ... ... #Madura_1 ... .A. ... ... ... ... ... ... C.. ..C ... ... ... ... ... ... ... ... .T. ..A ... C.. .G. C.. ... ... #Madura_2 ... .A. ... ... ... ... ... ... C.. ..C ... ... ... ... ... ... ... ... .T. ..A ... C.. .G. C.. ... ... #Madura_3 ... .A. ... ... ... ... ... ... C.. ..C ... ... ... ... ... ... ... ... .T. ..A ... C.. .G. C.. ... ... #Madura_4 ... .A. ... ... ... ... ... ... C.. ..C ... ... ... ... ... ... ... ... .T. ..A ... C.. .G. C.. ... ... #PO_1 ... .A. ... ... ... ... ... ... C.. ..C ... ... ... ... ... ... ... ... .T. ..A ... C.. .G. C.. ... ... #PO_2 ... .A. ... ... ... ... ... ... C.. ..C ... ... ... ... ... ... ... ... .T. ..A ... C.. .A. C.. ... ... #PO_3 ... .A. ... ... ... ... ... ... C.. ..C ... ... ... ... ... ... ... ... .T. ..A ... C.. .G. C.. ... ... #PO_4 ... .A. ... ... ... ... ... ... C.. ..C ... ... ... ... ... ... ... ... .T. ..A ... C.. .G. C.. ... ...

55 Lanjutan

[ 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 ] [ 111 111 122 222 222 223 333 333 333 444 444 444 455 555 555 556 666 666 666 777 777 777 788 888 888 889 ] [ 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 ] #Nellore_(GB) ATA CAT ACA ATT ATT AAT TGT ACA TAG TAC ATT ATA TCA AAT CCA TCC TCA ACA ACA TAT CTA CTA TAT ACC CCT T-C #Aceh_1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .-. #Aceh_2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .-. #Pesisir_1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .-. #Pesisir_2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .-. #Bali_1 G.. ... TA. TCC .C. ... C.. ... ... ... ... .C. ... ... .T. C.. .TG ... ... .GC --- --- -.. .T. ... .-. #Bali_2 G.. ... TA. TCC .C. ... C.. ... ... C.. ... ... ... ... .T. ... .TG ... ... .GC --- --- -.. .T. ... .-. #Bali_3 G.. ... TA- --- --- --- --- --- --- --- --- -.. ... ... .T. ... .TG ... ... .GC --- --- -.. .T. ... .-. #Bali_4 G.. ... TA. TCC .C. ... C.. ... ... C.. ... ... ... ... .T. ... .TG ... ... .GC --- --- -.. .T. ... .-. #Bali_5 G.. ... TA. TCC .C. ... C.. ... ... ... ... .C. ... ... .T. C.. .TG ... ... .GC --- --- -.. .T. ... .-. #Bali_6 G.. ... TA. TCC .C. ... C.. ... ... ... ... .C. ... ... .T. C.. .TG ... ... .GC --- --- -.. .T. ... .-. #Madura_1 G.. ... TA. TCC .C. ... C.. ... ... ... ... .C. ... ... .T. C.. .TG ... ... .GC --- --- -.. .T. ... .-. #Madura_2 G.. ... TA. TCC .C. ... C.. ... ... C.. ... ... ... ... .T. ... .TG ... ... .GC --- --- -.. .T. ... .-. #Madura_3 G.. ... TA. TCC .C. ... C.. ... ... ... ... .C. ... ... .T. C.. .TG ... ... .GC --- --- -.. .T. ... .-. #Madura_4 G.. ... TA. TCC .C. ... C.. ... ... ... ... .C. ... ... .T. C.. .TG ... ... .GC --- --- -.. .T. ... .-. #PO_1 G.. ... TA. TCC .C. ... C.. ... ... ... ... .C. ... ... .T. C.. .TG ... ... .GC --- --- -.. .T. ... .-. #PO_2 G.. ... TA. TCC .C. ... C.. ... ... ... ... .C. ... ... .T. C.. .TG ... ... .GC --- --- -.. .T. ... .-. #PO_3 G.. ... TA. TCC .C. ... C.. ... ... ... ... .C. ... ... .T. C.. .TG ... ... .GC --- --- -.. .T. ... .-. #PO_4 T.. ... TA. TCC .C. ... C.. ... ... C.. ... ... ... ... .T. ... .TG ... ... .GC --- --- -.. .T. ... .-.

56 Lanjutan

[ 333 333 333 444 444 444 444 444 444 444 444 444 444 444 444 444 444 444 444 444 444 444 444 444 444 444 ] [ 999 999 999 000 000 000 011 111 111 112 222 222 222 333 333 333 344 444 444 445 555 555 555 666 666 666 ] [ 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 ] #Nellore_(GB) CAC TAG ATC ACG AGC TTA ATT ACC ATG CCG CGT GAA ACC AGC AAC CCG CTA AGC AGA GGA TCC CTC TTC TCG CTC CGG #Aceh_1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Aceh_2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Pesisir_1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Pesisir_2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... #Bali_1 ... ... ... ... ..A ... .CC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .A. ... C.. .C. ... ... ... ... #Bali_2 ... ... ... ... ..A ... .CC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .A. ... C.. .C. ... ... ... ... #Bali_3 ... ... ... ... ..A ... .CC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .A. ... C.. .C. ... ... ... ... #Bali_4 ... ... ... ... ..A ... .CC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .A. ... C.. .C. ... ... ... ... #Bali_5 ... ... ... ... ..A ... .CC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .A. ... C.. .C. ... ... ... ... #Bali_6 ... ... ... ... ..A ... .CC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .A. ... C.. .C. ... ... ... ... #Madura_1 ... ... ... ... ..A ... .CC ... ... ... ... ... -.. ... ... ... ... ... ... ... C.T .C. ... ... ... ... #Madura_2 ... ... ... ... ..A ... .CC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .A. ... C.. .C. ... ... ... ... #Madura_3 ... ... ... ... ..A ... .CC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .A. ... C.. .C. ... ... ... ... #Madura_4 ... ... ... ... ..A ... .CC ... ... ... ... ... .A. ... ... ... ... ... TA. ... C.. .C. ... ... ... ... #PO_1 ... ... ... ... ..A ... .CC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .A. ... C.. .C. ... ... ... ... #PO_2 ... ... ... ... ..A ... .CC ... ... ... ... ... ... .A. ... ... ... ... .A. ... C.. .C. ... ... ... ... #PO_3 ... ... ... ... ..A ... .CC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .A. ... C.. .C. ... ... ... ... #PO_4 ... ... ... ... ..A ... .CC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... C.. .C. ... ... ... ...

57 Lanjutan

[ 444 444 444 444 444 444 444 444 444 444 455 555 555 555 555 555 555 555 555 555 555 555 555 555 555 555 ] [ 677 777 777 778 888 888 888 999 999 999 900 000 000 001 111 111 111 222 222 222 233 333 333 334 444 444 ] [ 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 ] #Nellore_(GB) GCC CAT AGA CCG TGG GGG TCG CTA TTT AAT GAA TTT TAC CAG GCA TCT GGT TCT TT- CTT CAG GGC CAT CTC ATC TAA #Aceh_1 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..- ... ... ... ... ... ... ... #Aceh_2 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..- ... ... ... ... ... ... ... #Pesisir_1 ... ... ... ... ... ... ... ... .G. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..- ... ... ... .-. ... ... ... #Pesisir_2 ... ... ... ... ... ... ... ... .G. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..- ... ... ... .-. ... ... ... #Bali_1 ... ... GA. TT. ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... A.. ... ... ... ..T ... ... ... ... .C. ... .T. #Bali_2 ... ... GA. TT. ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... A.. ... ... ... ..- ... ... ... ... .C. ... ... #Bali_3 ... ... GA. TT. ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... A.. ... ... ... ..- ... ... ... ... .C. ... ... #Bali_4 ... ... GA. TT. ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... A.. ... ... ... ..- ... ... ... ... .C. ... ... #Bali_5 ... ... GA. TT. ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... A.. ... ... ... ..- ... ... ... ... .C. ... ... #Bali_6 ... ... GA. TT. ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... A.. ... ... ... ..- ... ... ... ... .C. ... ... #Madura_1 ... ... GA. TT. C.. ... ... ... ... ... ... ... ..T ... A.. ... ..A ... ..- ... ... ... ... .C. ... ... #Madura_2 ... ... GA. TT. ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... A.. ... ... ... ..- ... ... ... ... .C. ... ... #Madura_3 ... ... GA. TT. ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... A.. ... ... ... ..- ... ... ... ... .C. ... ... #Madura_4 ... ... GA. TT. ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... A.. ... ... ... ..- ... ... ... ... .C. ... ... #PO_1 ... ... GA. TT. ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... A.. ... ... ... ..- ... ... ... ... .C. ... ... #PO_2 ... ... GA. TT. ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... A.. ... ... ... ..- ... ... ... ... .C. ... ... #PO_3 ... ... GA. TT. ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... A.. ... ... ... ..- ... ... ... ... .C. ... ... #PO_4 ... ... GA. TT. ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... A.. ... ... ... ..- ... ... ... ... .C. ... ...

58 Lanjutan

[ 555 555 555 555 555 555 555 555 555 555 555 555 555 555 555 555 555 556 666 666 666 666 6] [ 444 555 555 555 566 666 666 667 777 777 777 888 888 888 899 999 999 990 000 000 000 111 1] [ 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 3] #Nellore_(GB) AGT GGT CCA TTC TTT CCT CT- TAA ATA AG- ACA TC- TCG ATG GAC TAA TGA CTA ATC AGC CCA TGC T #Aceh_1 ... ... ... ... ... ... ..- ... ... ..- ... ..- ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... . #Aceh_2 ... ... ... ... ... ... ..- ... ... ..- ... ..- ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... . #Pesisir_1 ... ..C ... ... ... ... ..- ... ... ..- ... ..- ... ... ... ... ... ... .G. ... ... ... . #Pesisir_2 ... ..C ... ... ... ... ..- ... ... ..- ... ..- ... ... ... ... ... ... .G. ... ... ... . #Bali_1 .A. T.. ... C.. ... ... ..T ... ... ..G ... ..- ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ..T C #Bali_2 .-. -.. ... C.. ... ... .-- ... ... ..- ... ..- ... ... ..T -.. ... ... -.. ... ... ... C #Bali_3 .-. T.. .-. C.. ..C .TC T-- -.. ... ..- ... ..C ... ... ..T ..- ... ... -.. ... .-. ... C #Bali_4 .A. T.. ... C.. ... ... ..- ... ... ..- ... ..- ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... C #Bali_5 .A. T.. ... C.. ... ... ..- ... ... ..- ... ..- ... ... ..T ..G ... ... ... ... ... ... C #Bali_6 .A. T.. ... C.. ... ... ..- ... ... ..- ... ..- ... ... ..T ..G ... ... ... ... ... ... C #Madura_1 .-. T.. .T. C.. ... ... .G- ... ... G.- ... ..- ... ... ..T ..G ... ... C.. ... ... ... - #Madura_2 .A. T.. ... C.. ... ... ..- ... ... ..- ... ..- ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... C #Madura_3 .A. T.. ... C.. ... ... ..- ... ... ..- ... ..- ... ... ..T ..G ... ... ... ... ... ... C #Madura_4 .A. T.. ... C.. ... ... ..- ... ... ..- ... ..- ... ... ..T ..G ... ... ... ... ... ... C #PO_1 .A. T.. ... C.. ... ... ..- ... ... ..- ... ..- ... ... ..T ..G ... ... ... ... ... ... C #PO_2 .A. T.. ... C.. ... ... ..- ... ... ..- ... ..- ... ... ..T ..G ... ... ... ... ... ... C #PO_3 .A. T.. ... C.. ... ... ..- ... ... ..- ... ..- ... ... ..T ..G ... ... ... ... ... ... C #PO_4 .A. T.. ... C.. ... ... ..- ... ... ..- ... ..- ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... C

59 Lampiran 10. Jumlah Nukleotida Sapi Bali, Madura, Aceh, Pesisir, dan PO dan Sapi

Pembanding dari GenBank

Sampel ^{Jumlah nukleotida yang} teramplifikasi

Jumlah nukleotida yang dapat diamati Nellore (GB) 913 571 Ongole (GB) 910 571 Sahiwal (GB) 917 571 Angus (GB) 911 571 Red Angus (GB) 911 571 Charolais (GB) 910 571 Simental (GB) 911 571 Aceh 1 950 571 Aceh 2 950 571 Pesisir 1 950 570 Pesisir 2 950 570 Bali 1 950 580 Bali 2 950 596 Bali 3 950 569 Bali 4 1140 601 Bali 5 1330 601 Bali 6 1180 601 Madura 1 950 598 Madura 2 1230 601 Madura 3 1160 601 Madura 4 1200 600 PO 1 950 576 PO 2 1200 601 PO 3 1170 601 PO 4 1340 601 Rata-rata 1035,32 584

Lampiran 11. Motif Ulangan pada sapi Bali, Madura, Pesisir, Aceh, dan PO

a) CCA--CAGAATGAAT---TACCCAGGCAAGAGGTA---ATGTACATAACATTAATGTAATAA---b) CCA--CAGAATGAAT---TACCCAGGCAAGAGGTA---ATGTACATAACATTAATGTAATAA---c) CCA--CAGAATGAAT---TACCCAGGCAAGAGGGA---ATGTACATAACATTAATGTAATAA---d) CCA--TGGAATGAAT---TACCCAGGCAGGAGGGA---ATGTACATAACATTAATGTAATAA---e) CCACGTGGGATAAGTACATAACATTAATGTAATAAGCACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAA---f) CCAAGTGGGATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAACATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAA---g) CCAAGTGGGATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAA---h) CCAAGTGGGATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAA---i) CCAAGTGGGATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAA---j) CCAAATGGGATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAA---k) CCAAGTGGGATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATA l) CCAAGTGGGATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAA---m) CCAAGTGGGATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAA---n) CCAAGTGGGATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAAGACATAAT o) p) CCAAGTGGGATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAA---q) CCAAGTGGGATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAA---r)

CCAAGTGGGATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAAGTACATAATATTAATGTAATAA---Keterangan : a) Sapi Aceh 1 k) Sapi Madura 1

b) Sapi Aceh 2 l) Sapi Madura 2

c) Sapi Pesisir 1 m) Sapi Madura 3

d) Sapi Pesisir 2 n) Sapi Madura 4

e) Sapi Bali 1 o) Sapi PO 1

f) Sapi Bali 2 p) Sapi PO 2

g) Sapi Bali 3 q) Sapi PO 3

h) Sapi Bali 4

i) Sapi Bali 5

j) Sapi Bali 6

Lampiran 11. Motif Ulangan pada sapi Bali, Madura, Pesisir, aceh, dan PO

Keterangan : : satu motif ulangan

Warna yang berbeda menunjukkan motif ulangan yang berbeda

a) Sapi Aceh 1 k) Sapi Madura 1

b) Sapi Aceh 2 l) Sapi Madura 2

c) Sapi Pesisir 1 m) Sapi Madura 3

d) Sapi Pesisir 2 n) Sapi Madura 4

e) Sapi Bali 1 o) Sapi PO 1

f) Sapi Bali 2 p) Sapi PO 2

g) Sapi Bali 3 q) Sapi PO 3

h) Sapi Bali 4 r) Sapi PO 4

61 Lampiran 12. Nomor Akses Sekuen Daerah D-loop Utuh B. indicus dan B. taurus

Dari Genbank pada Situs NBCI yang Digunakan untuk Membentuk Pohon Filogeni

No Spesies Kode akses mtDNA

1 Nellore (Bos indicus) AY126697 D-loop

2 3 4

Ongole (Bos indicus) Sahiwal (Bos indicus) Angus (Bos taurus)

AY378135 L27732 AY676858 D-loop D-loop D-loop

5 Red Angus (Bos taurus) DQ520591 D-loop

RINGKASAN

SRI RAHAYU. D14080212. 2012. Identifikasi Keragaman D-loop DNA Mitokondria pada Sapi Potong Di Indonesia. Skripsi. Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor.

Pembimbing Utama : Dr. Jakaria, S.Pt., M.Si. Pembimbing Anggota : Prof. Dr. Ir. Muladno, MSA.

Sapi Bali merupakan salah satu sumber daya genetik asli Indonesia, sumber daya genetik lain yang dimiliki oleh Indonesia pada ternak sapi yaitu hasil silangan sapi asli dan sapi luar yang masuk ke Indonesia yang telah menjadi sapi lokal seperti sapi Madura, Pesisir, Aceh, dan PO. Persilangan/perkembangan jenis sapi tersebut menyebabkan muncul keragaman genetik dan keterkaitan/hubungan kekerabatan (filogenetik) pada sapi asli dan sapi lokal Indonesia, termasuk keragaman di DNA mitokondria (mtDNA) di daerah D-loop. Keragaman pada mtDNA penting untuk diketahui, yaitu sebagai informasi dasar tentang mtDNA khususnya di daerah D-loop

(data base) pada sapi-sapi Indonesia, mengingat sapi-sapi tersebut sudah diakui oleh dunia.

Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan sekuen mtDNA daerah D-loop

pada sapi dan mengetahui keragaman daerah D-loop mtDNA pada sapi Bali, Madura, Pesisir, Aceh dan PO di Indonesia. Tujuan lain yaitu untuk mengetahui hubungan genetik (filogenetik) antara sapi Bali, Madura, Pesisir, Aceh, dan PO.

Sampel darah sapi yang digunakan sebanyak 18 sampel yaitu dua sampel dari sapi Bali yang berasal dari BIB dan empat sampel dari BPTU sapi Bali pulau Bali, masing-masing dua sampel sapi Madura yang berasal dari Sapudi dan Kabupaten Sampang, dua sampel sapi Pesisir dari Kabupaten Pesisir Selatan, dua sampel sapi Aceh dari Kabupaten Aceh Besar, dan masing-masing dua sampel sapi PO yang berasal dari Kab. Kebumen dan kandang A Fakultas Peternakan IPB. Sampel darah tersebut diamplifikasi dengan PCR (Polymerase Chain Reaction) dan dilanjutkan dengan sekuen. Data sekuen D-loop disejajarkan berganda dengan sekuen acuan Bos indicus dari GenBank (kode akses AY126697) menggunakan program Clustal W

yang terdapat dalam program MEGA 5.0. Hitungan jarak genetik antara sapi penelitian menggunakan perhitungan pairwise distance dan analisis filogeni dengan menggunakan metode bootstrapped Neighboor-Joining (NJ) dengan 1000 kali pengulangan.

Hasil PCR pada suhu 60 ^oC menghasilkan produk amplifikasi sebesar 1145 bp, namun yang dapat dianalisis sepanjang 584 bp. Hasil amplifikasi tersebut didapatkan sekuen basa nukleotida sebesar 22 bp (GTACATAATATTAATGTAATAA)

sebagai motif ulangan dan ditemukan pada sapi Bali, Madura, dan PO. Motif ulangan lain sepanjang 22 bp yaitu GTACATAATATTAATGTAATAA juga ditemukan pada sapi Pesisir, Aceh, Bali 1, dan Bali 2. Hasil analisis D-loop mtDNA dengan sekuen acuan Bos indicus, menunjukkan bahwa sapi Aceh satu klaster dengan sapi Pesisir, mempunyai jarak genetik yang lebih dekat dengan sapi Bos indicus, sedangkan sapi Bali, Madura, dan PO membentuk klaster sendiri yang memiliki jarak genetik lebih dekat dengan sapi Bali.

iii

ABSTRACT

Identification of Genetic Variation D-loop of mtDNA in Indonesian Beef Cattles

Rahayu, S., Jakaria, Muladno

Indonesia have indigenouse genetic resources especially in Bali cattle, in addition there is others local cattle genetic resource which is the cross breeding from indigenouse cattle and foreign cattle like Madura, Aceh, and Pesisir cattle. The impact from cross breedingare necessary to know the genealogy and their relationships (phylogenetic) of the cattle. The aims of this study were to determine the diversity from the D-loop of mtDNA sequences and phylogenetic relationship from Bali, Madura, Pesisir, and Aceh cattle through GenBank. A total of 18 sampels from the 6 Bali cattles (Bali island), 4 Madura cattles (Madura island), 2 Pesisir cattles (south Pesisir), 2 Aceh cattles (Aceh Besar), and from 4 PO cattles as out group were analyzed by Polimerase Chain Reaction (PCR) amplification and subsequently sequenced. The data were aligned refer to Bos indicus sequences from GenBank using Cluscal W programme and analyzed by MEGA5 programme. The result of PCR product of D-loop sequences by 60 ^oC annealing temperature were 1145 bp length which could be analyzed 584 bp. On the other hand, amplification nukeotide sequence was 22 bp length as repeat tandem which found in Bali, Madura, Pesisir, Aceh, and PO cattle. From the D-loop mtDNA analysis indicated that Aceh cattle had the same cluster as Pesisir cattle which have closer genetic distance to Bos indicus, on the other hand Bali, Madura and PO cattle had the same cluster in different group which have closer genetic distance to Bali cattle.

Dalam dokumen Identification of Genetic Variation D-loop of mtDNA in Indonesian Beef Cattles (Halaman 109-136)