Matriks Jarak - Identifikasi Kekerabatan Jenis-jenis Virus Ebola

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Identifikasi Kekerabatan Jenis-jenis Virus Ebola

4.1.3 Matriks Jarak

Berdasarkan hasil pensejajaran yang diperoleh untuk mendapatkan matriks jarak. Matriks jarak diperoleh dengan cara menentukan beda (penalti) dan jarak evolusi.

1. Menentukan matriks penalti.

Dalam data contoh 4.1 untuk sekuens { Diperoleh hasil skor penalti untuk dan adalah 1. 2. Jarak evolusi

Perhitungan jarak ini menggunakan program dinamik, yaitu

Dalam data contoh 4.1 diperoleh hasil skor jarak evolusi untuk dan adalah

Tabel 4.1 Hasil Jarak Evolusi Pasangan Sekuens Data Uji

No Pasangan Sekuens Panjang sekuens Beda (penalti) Jarak evolusi

1 sekuens dan 8 1 0,125 2 sekuens dan 8 6 0,75 3 sekuens dan 8 4 0,5 4 sekuens dan 8 5 0,625 5 sekuens dan 8 3 0,375 6 sekuens dan 8 6 0,75 7 sekuens dan 8 6 0,75 8 sekuens dan 8 5 0,625 9 sekuens dan 8 5 0,625 10 sekuens dan 8 3 0,375 11 sekuens dan 8 5 0,625 12 sekuens dan 8 3 0,375 12 sekuens dan 8 2 0,25 13 sekuens dan 8 5 0,625 14 sekuens dan 8 1 0,125 15 sekuens dan 8 3 0,375 16 sekuens dan 8 5 0,625 17 sekuens dan 8 3 0,375 18 sekuens dan 8 4 0,5 19 sekuens dan 8 3 0,375 20 sekuens dan 8 6 0,75

Adapun perintah untuk penskoran matriks dari hasil pensejajaran sebagai berikut.

sekuen=handles.sekuen;

dist = seqpdist(sekuen,'ScoringMatrix',gonnet);

data={''}; k=0; for i=1:length(sekuen) for j=i+1:length(sekuen) k=k+1; data(k,1)={sekuen(i).Header}; data(k,2)={sekuen(j).Header}; data(k,3)={dist(k)}; end end

coln=[{'Sekuen A','Sekuen B','Skor'}];

set(handles.uitable1,'Data',data,'ColumnName',coln);

Adapun hasil jarak evolusi pasangan sekuens protein yang diperoleh dari hasil pensejajaran sekuens menggunakan Metode Progressive dengan bantuan Matlab secara ringkas dapat dilihat pada tabel 4.2.

Tabel 4.2. Hasil Jarak Evolusi Pasangan Sekuens Protein

No Pasangan Sekuens Kode Akses Jarak Evolusi 1 Sekuens A dan sekuens B B8XCM7 dan P18272 0,2933 2 Sekuens A dan sekuens C B8XCM7 dan Q5XX08 0,4084 3 Sekuens A dan sekuens D B8XCM7 dan Q8JPY1 0,3913 4 Sekuens A dan sekuens E B8XCM7 dan B8XCM9 1,9198 5 Sekuens A dan sekuens F B8XCM7 dan B8XCN8 1,9723 6 Sekuens A dan sekuens G B8XCM7 dan Q5XX06 2,0278 7 Sekuens A dan sekuens H B8XCM7 dan Q8JPX9 1,18701 8 Sekuens A dan sekuens I B8XCM7 dan Q05128 2,0278 9 Sekuens A dan sekuens J B8XCM7 dan B8XCN0 2,3539 10 Sekuens A dan sekuens K B8XCM7 dan B8XCN9 2,2787 11 Sekuens A dan sekuens L B8XCM7 dan Q5XX02 2,0628 12 Sekuens A dan sekuens M B8XCM7 dan Q77DB4 2,0393 13 Sekuens A dan sekuens N B8XCM7 dan Q05322 2,0393 14 Sekuens A dan sekuens O B8XCM7 dan B8XCP3 2,0747 15 Sekuens A dan sekuens P B8XCM7 dan P0C771 2,0052 16 Sekuens A dan sekuens Q B8XCM7 dan P0C772 2,0052 17 Sekuens A dan sekuens R B8XCM7 dan Q9YMG2 2,0052 18 Sekuens A dan sekuens S B8XCM7 dan Q5XX03 2,0393 19 Sekuens A dan sekuens T B8XCM7 dan Q8JPX6 2,0052 20 Sekuens A dan sekuens U B8XCM7 dan Q77DJ5 2,0991 21 Sekuens B dan sekuens C P18272 dan Q5XX08 0,4043 22 Sekuens B dan sekuens D P18272 dan Q8JPY1 0,3836 23 Sekuens B dan sekuens E P18272 dan B8XCM9 1,9616 24 Sekuens B dan sekuens F P18272 dan B8XCN8 2,0510 25 Sekuens B dan sekuens G P18272 danQ5XX06 2,0393 26 Sekuens B dan sekuens H P18272 dan Q8JPX9 2,0052 27 Sekuens B dan sekuens I P18272 dan Q05128 1,9831 28 Sekuens B dan sekuens J P18272 dan B8XCN0 2,2659 29 Sekuens B dan sekuens K P18272 dan B8XCN9 2,2888 30 Sekuens B dan sekuens L P18272 dan Q5XX02 2,7047 31 Sekuens B dan sekuens M P18272 dan Q77DB4 2,0510 32 Sekuens B dan sekuens N P18272 dan Q05322 2,0052 33 Sekuens B dan sekuens O P18272 dan B8XCP3 1,9405 34 Sekuens B dan sekuens P P18272 dan P0C771 2,0991 35 Sekuens B dan sekuens Q P18272 dan P0C772 2,1497 36 Sekuens B dan sekuens R P18272 dan Q9YMG2 2,0628 37 Sekuens B dan sekuens S P18272 dan Q5XX03 2,0510 38 Sekuens B dan sekuens T P18272 dan Q8JPX6 2,0052 39 Sekuens B dan sekuens U P18272 dan Q77DJ5 2,0510 40 Sekuens C dan sekuens D Q5XX08 dan Q8JPY1 2,4016 41 Sekuens C dan sekuens E Q5XX08 dan B8XCM91 1,9491 42 Sekuens C dan sekuens F B8XCN8 dan B8XCN8 1,9813

43 Sekuens C dan sekuens G Q5XX08 dan Q5XXC06 1,9491 44 Sekuens C dan sekuens H Q5XX08 dan Q8JPX9 1,9597 45 Sekuens C dan sekuens I Q5XX08 dan Q05128 1,9387 46 Sekuens C dan sekuens J Q5XX08 dan B8XCN0 2,0500 47 Sekuens C dan sekuens K Q5XX08 dan B8XCN9 1,9869 48 Sekuens C dan sekuens L Q5XX08 dan Q5XX02 1,9180 49 Sekuens C dan sekuens M Q5XX08 dan Q77DB4 2,0034 50 Sekuens C dan sekuens N Q5XX08 dan Q05322 2,0146 51 Sekuens C dan sekuens O Q5XX08 dan B8XCP3 2,0260 52 Sekuens C dan sekuens P Q5XX08 dan P0C771 1,8978 53 Sekuens C dan sekuens Q Q5XX08 dan P0C772 2,2291 54 Sekuens C dan sekuens R Q5XX08 dan Q9YMG2 1,9491 55 Sekuens C dan sekuens S Q5XX08 dan Q5XX03 2,0146 56 Sekuens C dan sekuens T Q5XX08 dan Q8JPX6 2,0034 57 Sekuens C dan sekuens U Q5XX08 dan Q77DJ5 2,1349 58 Sekuens D dan sekuens E Q8JPY1 dan B8XCM9 1,9616 59 Sekuens D dan sekuens F Q8JPY1 dan B8XCN8 2,0510 60 Sekuens D dan sekuens G Q8JPY1 dan Q5XX06 2,0165 61 Sekuens D dan sekuens H Q8JPY1 dan Q8JPX9 1,9097 62 Sekuens D dan sekuens I Q8JPY1 dan Q05128 1,9405 63 Sekuens D dan sekuens J Q8JPY1 dan B8XCN0 2,2329 64 Sekuens D dan sekuens K Q8JPY1 dan B8XCN9 2,2150 65 Sekuens D dan sekuens L Q8JPY1 dan Q5XX02 1,9510 66 Sekuens D dan sekuens M Q8JPY1 dan Q77DB4 2,0628 67 Sekuens D dan sekuens N Q8JPY1 dan Q05322 2,0510 68 Sekuens D dan sekuens O Q8JPY1 dan B8XCP3 2,0628 69 Sekuens D dan sekuens P Q8JPY1 dan P0C771 1,9405 70 Sekuens D dan sekuens Q Q8JPY1 dan P0C772 2,0806 71 Sekuens D dan sekuens R Q8JPY1 dan Q9YMG2 2,0278 72 Sekuens D dan sekuens S Q8JPY1 dan Q5XX03 1,9831 73 Sekuens D dan sekuens T Q8JPY1 dan Q8JPX6 2,0747 74 Sekuens D dan sekuens U Q8JPY1 dan Q77DJ5 2,1497 75 Sekuens E dan sekuens F Q8JPY1 dan B8XCN8 0,1174 76 Sekuens E dan sekuens G Q8JPY1 dan Q5XX06 0,2747 77 Sekuens E dan sekuens H Q8JPY1 dan Q8JPX9 0,2830 78 Sekuens E dan sekuens I Q8JPY1 dan Q05128 0,1820 79 Sekuens E dan sekuens J Q8JPY1 dan B8XCN0 1,8860 80 Sekuens E dan sekuens K Q8JPY1 dan B8XCN9 1,9764 81 Sekuens E dan sekuens L Q8JPY1 dan Q5XX02 2,1358 82 Sekuens E dan sekuens M Q8JPY1 dan Q77DB4 2,2598 83 Sekuens E dan sekuens N Q8JPY1 dan Q05322 2,1653 84 Sekuens E dan sekuens O Q8JPY1 dan B8XCP3 2,1358 85 Sekuens E dan sekuens P Q8JPY1 dan P0C771 3,4214 86 Sekuens E dan sekuens Q Q8JPY1 dan P0C772 2,5175 87 Sekuens E dan sekuens R Q8JPY1 dan Q9YMG2 2,2735

88 Sekuens E dan sekuens S Q8JPY1 dan Q5XX03 2,2598 89 Sekuens E dan sekuens T Q8JPY1 dan Q8JPX6 2,0006 90 Sekuens E dan sekuens U Q8JPY1 dan Q77DJ5 2,1402 91 Sekuens F dan sekuens G B8XCN8 dan Q5XX06 0,2716 92 Sekuens F dan sekuens H B8XCN8 dan Q8JPX9 0,2668 93 Sekuens F dan sekuens I B8XCN8 dan Q05128 0,2008 94 Sekuens F dan sekuens J B8XCN8 dan B8XCN0 1,8753 95 Sekuens F dan sekuens K B8XCN8 dan B8XCN9 1,9883 96 Sekuens F dan sekuens L B8XCN8 dan Q5XX02 2,0794 97 Sekuens F dan sekuens M B8XCN8 dan Q77DB4 2,1072 98 Sekuens F dan sekuens N B8XCN8 dan Q05322 1,9084 99 Sekuens F dan sekuens O B8XCN8 dan B8XCP3 1,8823 100 Sekuens F dan sekuens P B8XCN8 dan P0C771 2,6169 101 Sekuens F dan sekuens Q B8XCN8 dan P0C772 2,5076 102 Sekuens F dan sekuens R B8XCN8 dan Q9YMG2 2,3471 103 Sekuens F dan sekuens S B8XCN8 dan Q5XX03 2,2935 104 Sekuens F dan sekuens T B8XCN8 dan Q9JPX6 2,0794 105 Sekuens F dan sekuens U B8XCN8 dan Q77DJ5 2,1653 106 Sekuens G dan sekuens H Q5XX06 dan Q8JPX9 0,2431 107 Sekuens G dan sekuens I Q5XX06 dan Q05128 0,2778 108 Sekuens G dan sekuens J Q5XX06 dan B8XCN0 1,9646 109 Sekuens G dan sekuens K Q5XX06 dan B9XCN9 1,9646 110 Sekuens G dan sekuens L Q5XX06 dan Q5XX02 1,8823 111 Sekuens G dan sekuens M Q5XX06 dan Q77DB4 2,2272 112 Sekuens G dan sekuens N Q5XX06 dan Q05322 2,0794 113 Sekuens G dan sekuens O Q5XX06 danB8XCP3 2,1358 114 Sekuens G dan sekuens P Q5XX06 dan P07C771 2,7212 115 Sekuens G dan sekuens Q Q5XX06 dan P07C22 2,5610 116 Sekuens G dan sekuens R Q5XX06 dan Q9YMG2 2,2735 117 Sekuens G dan sekuens S Q5XX06 dan Q55XX03 2,0609 118 Sekuens G dan sekuens T Q5XX06 dan Q8JPX6 2,1653 119 Sekuens G dan sekuens U Q5XX06 dan Q77DJ5 2,0346 120 Sekuens H dan sekuens I Q8JPX9 dan Q05128 0,3035 121 Sekuens H dan sekuens J Q8JPX9 dan B8XCN0 1,9883 122 Sekuens H dan sekuens K Q8JPX9 dan B8XCN9 1,9764 123 Sekuens H dan sekuens L Q8JPX9 dan Q5XX02 2,0736 124 Sekuens H dan sekuens M Q8JPX9 dan Q77DB4 2,0736 125 Sekuens H dan sekuens N Q8JPX9 dan Q05322 1,8375 126 Sekuens H dan sekuens O Q8JPX9 dan B8XCP3 1,8803 127 Sekuens H dan sekuens P Q8JPX9 dan P0C771 2,4261 128 Sekuens H dan sekuens Q Q8JPX9 dan P0C772 2,4906 129 Sekuens H dan sekuens R Q8JPX9 dan Q9YMG2 2,2871 130 Sekuens H dan sekuens S Q8JPX9 dan Q5XX03 2,0471 131 Sekuens H dan sekuens T Q8JPX9 dan Q8JPX6 2,1917 132 Sekuens H dan sekuens U Q8JPX9 dan Q77DJ5 2,2825

133 Sekuens I dan sekuens J Q05128 dan B8XCN0 1,9883 134 Sekuens I dan sekuens K Q05128 dan B8XCN9 2,0126 135 Sekuens I dan sekuens L Q05128 dan Q5XX02 2,0048 136 Sekuens I dan sekuens M Q05128 dan Q77DB4 2,0524 137 Sekuens I dan sekuens N Q05128 dan Q05322 2,0794 138 Sekuens I dan sekuens O Q05128 dan B8XCP3 1,9758 139 Sekuens I dan sekuens P Q05128 dan P0C771 2,3890 140 Sekuens I dan sekuens Q Q05128 dan P0C722 2,2489 141 Sekuens I dan sekuens R Q05128 dan Q9YMG2 2,3073 142 Sekuens I dan sekuens S Q05128 dan Q5XX03 2,2598 143 Sekuens I dan sekuens T Q05128 dan Q8JPX6 2,0794 144 Sekuens I dan sekuens U Q05128 dan Q77DJ5 2,1958 145 Sekuens J dan sekuens K B8XCN0 dan B8XCN9 0,3125 146 Sekuens J dan sekuens L B8XCN0 dan Q5XX02 2,0894 147 Sekuens J dan sekuens M B8XCN0 dan Q77DB4 2,0502 148 Sekuens J dan sekuens N B8XCN0 dan Q05322 2,1878 149 Sekuens J dan sekuens O B8XCN0 dan B8XCP3 2,1444 150 Sekuens J dan sekuens P B8XCN0 dan P0C771 1,1137 151 Sekuens J dan sekuens Q B8XCN0 dan P0C772 1,1916 152 Sekuens J dan sekuens R B8XCN0 dan Q9YMG2 1,0839 153 Sekuens J dan sekuens S B8XCN0 dan Q5XX03 2,0126 154 Sekuens J dan sekuens T B8XCN0 dan Q8JPX6 1,9764 155 Sekuens J dan sekuens U B8XCN0 dan Q77DJ5 2,0502 156 Sekuens K dan sekuens L B8XCN9 dan Q5XX02 2,1878 157 Sekuens K dan sekuens M B8XCN9 dan Q77DB4 2,0250 158 Sekuens K dan sekuens N B8XCN9 dan Q05322 2,0250 159 Sekuens K dan sekuens O B8XCN9 dan B8XCP3 2,0003 160 Sekuens K dan sekuens P B8XCN9 dan P0C771 1,0948 161 Sekuens K dan sekuens Q B8XCN9 dan POC772 1,1762 162 Sekuens K dan sekuens R B8XCN9 dan Q9YMG2 1,0747 163 Sekuens K dan sekuens S B8XCN9 dan Q5XX03 2,0375 164 Sekuens K dan sekuens T B8XCN9 dan Q55JPX6 1,9189 165 Sekuens K dan sekuens U B8XCN9 dan Q77DJ5 1,9530 166 Sekuens L dan sekuens M Q5XX02 dan Q77DB4 0,2861 167 Sekuens L dan sekuens N Q5XX02 dan Q05322 0,2969 168 Sekuens L dan sekuens O Q5XX02 dan B8XCP3 0,3301 169 Sekuens L dan sekuens P Q5XX02 dan P0C771 2,1050 170 Sekuens L dan sekuens Q Q5XX02 dan P0C722 2,3684 171 Sekuens L dan sekuens R Q5XX02 dan Q9YMG2 1,9878 172 Sekuens L dan sekuens S Q5XX02 dan Q5XX03 2,0554 173 Sekuens L dan sekuens T Q5XX02 dan Q8JPX6 2,1127 174 Sekuens L dan sekuens U Q5XX02 dan Q77DJ5 2,0860 175 Sekuens M dan sekuens N Q77DB4 dan Q05322 0,2086 176 Sekuens M dan sekuens O Q77DB4 dan B8XCP3 0,2700 177 Sekuens M dan sekuens P Q77DB4 dan P0C771 2,0005

178 Sekuens M dan sekuens Q Q77DB4 dan P0C772 2,2276 179 Sekuens M dan sekuens R Q77DB4 dan Q9YMG2 2,1029 180 Sekuens M dan sekuens S Q77DB4 dan Q5XX03 2,1792 181 Sekuens M dan sekuens T Q77DB4 dan Q8JPX6 2,1404 182 Sekuens M dan sekuens U Q77DB4 dan Q77DJ5 1,9644 183 Sekuens N dan sekuens O Q05322 dan B8XCP3 0,1323 184 Sekuens N dan sekuens P Q05322 dan P0C711 2,0005 185 Sekuens N dan sekuens Q Q05322 dan P0C772 2,3312 186 Sekuens N dan sekuens R Q05322 dan Q9YMG2 2,3456 187 Sekuens N dan sekuens S Q05322 dan Q5XX03 1,9737 188 Sekuens N dan sekuens T Q05322 dan Q8JPX6 1,9374 189 Sekuens N dan sekuens U Q05322 dan Q77DJ5 1,8900 190 Sekuens O dan sekuens P B8XCP3 dan P0C711 1,9064 191 Sekuens O dan sekuens Q B8XCP3 dan P0C772 2,3360 192 Sekuens O dan sekuens R B8XCP3 dan Q9YMG2 2,1387 193 Sekuens O dan sekuens S B8XCP3 dan Q5XX03 1,8650 194 Sekuens O dan sekuens T B8XCP3 dan Q8JPX6 1,9876 195 Sekuens O dan sekuens U B8XCP3 dan Q77DJ5 2,0210 196 Sekuens P dan sekuens Q P0C771 dan P0C772 0,3623 197 Sekuens P dan sekuens R P0C771 dan Q9YMG2 0,4549 198 Sekuens P dan sekuens S P0C771 dan Q5XX03 2,1917 199 Sekuens P dan sekuens T P0C771 dan Q8JPX6 2,4711 200 Sekuens P dan sekuens U P0C771 dan Q77DJ5 2,1619 201 Sekuens Q dan sekuens R P0C772 dan Q9YMG2 0,4770 202 Sekuens Q dan sekuens S P0C772 dan Q5XX03 2,3312 203 Sekuens Q dan sekuens T P0C772 dan Q8JPX6 2,6797 204 Sekuens Q dan sekuens U P0C772 dan Q77DJ5 2,4896 205 Sekuens R dan sekuens S Q9YMG2 dan Q5XX03 1,9069 206 Sekuens R dan sekuens T Q9YMG2 dan Q8JPX6 2,6298 207 Sekuens R dan sekuens U Q9YMG2 dan Q77DJ5 2,3712 208 Sekuens S dan sekuens T Q5XX03 dan Q77DJ5 0,4543 209 Sekuens S dan sekuens U Q5XX03 dan Q8JPX6 0,3687 210 Sekuens T dan sekuens U Q8JPX6 dan Q77DJ5 03790

Berdasarkan hasil perhitungan jarak evolusi tersebut, kemudian disusun menjadi matriks jarak. Matriks jarak data uji dalam contoh 4.1 dapat dilihat pada tabel 4.3 dan Matriks jarak pasangan sekuens protein pada tabel 4.4.

Tabel 4.3 Matriks Jarak Pasangan Sekuens Data Uji

A B C D E F G A 0 0,125 0,75 0,5 0,625 0,375 0,75 B 0,125 0 0,75 0,625 0,625 0,375 0,625 C 0,75 0,75 0 0,375 0,25 0,625 0,125 D 0,5 0,625 0,375 0 0,375 0,625 0,375 E 0,625 0,625 0,25 0,375 0 0,5 0,375 F 0,375 0,375 0,625 0,625 0,5 0 0,75 G 0,75 0,625 0,125 0,375 0,375 0,75 0

Tabel 4.4 Matriks Jarak Pasangan Sekuens Protein

A B C D E F G ... U A 0 0,2933 0,4084 0,3913 1,9198 1,9723 2,0278 2,0991 B 0,2933 0 0,4043 0,3836 0,9616 2,0510 2,0393 2,0510 C 0,4084 0,4043 0 2,4016 1,9491 1,9813 1,9491 2,1349 D 0,3913 0,3836 2,4016 0 1,9616 2,0510 2,0165 2,1497 E 1,9198 0,9616 1,9491 1,9616 0 0,1174 0,2747 2,1402 F 1,9723 2,0510 1,9813 2,0510 0,1174 0 0,2716 2,1653 G 2,0278 2,0393 1,9491 2,0165 0,2747 0,2716 0 2,0346 U 2,0991 2,0510 2,1349 2,1497 2,1402 2,1653 2,0346 0

Dalam dokumen APLIKASI METODE UPGMA UNTUK IDENTIFIKASI KEKERABATAN JENIS VIRUS DAN PENYEBARAN EPIDEMI EBOLA MELALUI PEMBENTUKAN POHON FILOGENETIK - ITS Repository (Halaman 69-76)