Penelitian ini termasuk jenis penelitian observasional berbantukan komputer untuk mendesain modihikasi struktur coumestrol yang mampu menjadi
5 2.1. Bahan Penelitian
Protokol yang telah dikembangkan oleh Anita et al. (2012) dan divalidasi oleh Setiawatiet al.(2014), dan protokolpost docking analysisoleh Istyastono (2015). Desain struktur tiga dimensi senyawa modihikasi struktur coumestrol yang didapat dari luaran Open Babel. BKChem0.13.0 (Istyastono, Anita, dan Sundowo, 2012) untuk membuat desain modihikasi struktur coumestrol, Open Babel (Anita et al., 2012) untuk menambahkan atom hidrogen dan membuat menjadi struktur 3D, SPORES (Brink dan Exner, 2009) untuk menyiapkan senyawa yang akan ditambatkan ke PLANTS1.2 (Korb, Stutzle, dan Exner, 2009), PLANTS1.2 (Korb et al., 2009) untuk mensimulasikan penambatan molekuler sehingga didapatkan skor ChemPLP, PyPLIF (Radiharet al., 2013) untuk mengidentihikasi protein-ligan interaction fingerprint, PyMOL1.7.2.1 (Lill dan Danielson, 2011) untuk menghasilkan gambar molekuler, dan R 3.2.1 (R Foundation, 2015) untuk analisis statistik. 2.2. Alat atau Instrumen Penelitian
Server Fakultas Farmasi Universitas Sanata Dharma dengan nomor alamat IP 103.247.10.66 (pharcomp.web.id), laptop ACER Aspire V5-122 dengan spesihikasi: prosesor AMD quad core A6-1450 (1.0 GHz), RAM 6 GB, 32-bit Operating System, Linux Ubuntu 15.10.
2.3. Prosedur Penelitian
2.3.1.Preparasi desain modihikasi strukturcoumestrol
Berdasarkan inspeksi visual pada superposisi senyawa coumestrol hasil penelitian Felicia (2015) pada kantung ikatan REα dengan menggunakan PyMOL1.7.2.1, dibuat desain modihikasi dari senyawa coumestrol dengan menggunakan BKChem0.13.0. dan didapatkan file dalam bentuk .mol. Struktur .mol ditambahkan atom hidrogen pada pH 7,4
menggunakan Open Babel, kemudian dilakukan generate 3D dengan menggunakan Open Babel yang akan mendapatkan file berupa .mol2. Struktur .mol2 disiapkan untuk ditambatkan pada perangkat lunak PLANTS1.2 (Korb et al., 2009) menggunakan aplikasi SPORES (Brink dan Exner, 2009).
2.3.2. Penambatan desain modihikasi strukturcoumestrol
Luaran dari SPORES ditambatkan dengan menggunakan PLANTS1.2 dengan konhigurasi mengacu pada protokol PVBS Setiawati et al. (2014). Iterasi penambatan molekuler dilakukan tiga kali. Luaran berupa 3 x 50 pose berupa skor ChemPLP dipilih satu dengan skor ChemPLP terbaik (terendah). Prosedur penambatan desain modihikasi
struktur coumestrol direplikasi lima kali, sehingga diperoleh lima pose terbaik dari modihikasi desain strukturcoumestrolpada REα.
2.3.3.Post docking analysis
Hasil penambatan berupa skor ChemPLP dan PLIFbitstringyang dimasukan pada decision tree (Gambar 3) melalui metode RPART dengan aplikasi statistik R versi 3.2.1 (R Foundation, 2015). Data hasil analisis dari decision tree akan memperlihatkan desain modihikasi struktur coumestrol aktih sebagai ligan atau tidak aktih. Jika hasil analisis desain modihikasi struktur coumestrol adalah ligan aktih maka akan dilanjutkan dengan analisis diskoneksi. Tetapi jika ligan inaktih, maka prosedur diulang dari preparasi desain modihikasi struktur coumestrol hingga didapatkan ligan aktih dari desain modihikasi struktur coumestrol. Pose dari desain modihikasi struktur coumestrol di visualisasi secara virtual menggunakan PyMOL1.7.2.1 (Lill dan Danielson, 2011).
7 2.3.4. Tata Cara Analisis Hasil
Analisis hasil dilakukan dengan menguji lima pose hasil penambatan menggunakan aplikasi statistik R versi 3.2.1 (R Foundation, 2015) dengan protokol post docking analysis oleh Istyastono (2015). Luaran yang diperoleh berupa bitstring yang akan menunjukkan aktih tidaknya suatu pose. Dengan tarah kepercayaan 95%, data bitstring diolah untuk menentukan apakah senyawa uji aktih sebagai ligan pada REα.
Visualisasi pose dengan PyMOL1.7.2.1. (Lill dan Danielson, 2011) dilakukan dengan memilih pose dengan kriteria:
1. Pose denganbitstring320 aktih dan skor ChemPLP terendah 2. Pose dengan skor ChemPLP terendah
3. Tidak ada pose yang aktih pada bitstring 320, sehingga dipilih pose dengan ChemPLP terendah saja.
Tabel II. PLIFbitstringpenting dalamdecision tree(Istyastono, 2015)
No.bitstring Residu Tipe Interaksi
320 GLY420 Ikatan hidrogen (protein sebagai akseptor) 242 ARG394 Ikatan hidrogen (protein sebagai donor) 117 GLU353 Ikatan hidrogen (protein sebagai akseptor) 411 GLY521 Ikatan hidrogen (protein sebagai akseptor) 473 CYS530 Ikatan hidrogen (protein sebagai donor) 105 ASP351 Ikatan elektrostatik (protein sebagai anion) 201 LEU387 Ikatan hidrogen (protein sebagai akseptor) 470 CYS530 Interaksi nonpolar
170 TRP383 Aromatik muka-muka (face to face) 171 TRP383 Aromatik sisi-muka (edge to face) 323 MET421 Interaksi nonpolar
2.3.5. Analisis diskoneksi dan penentuan jalur sintesis
Analisis diskoneksi dilakukan terhadap desain modihikasi struktur coumestrol yang telah terbukti sebagai ligan aktih pada REα sampai didapatkan senyawa sederhana (starting material) yang tersedia dalam
database Sigma Aldrich kemudian disusun rute sintesisnya berdasarkan starting materialyang tersedia tersebut.
Gambar 4. Alur tahapan prosedur 3. Hasil dan Pembahasan
Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan desain modihikasi struktur coumestrol yang aktih sebagai ligan pada REα berdasarkan protokol penambatan PVBS yang telah divalidasi oleh Setiawati et al. (2014) dan dilanjutkan dengan post docking analysis berdasarkan penelitian Istyastono (2015) serta mengetahui jalur sintesis dari desain modihikasi strukturcoumestrol.
Berdasarkan hasil inspeksi visual dari senyawa coumestrol hasil penelitian Felicia (2015), peneliti mendapatkan 22 desain modihikasi struktur coumestrolpada Gambar 5 dan Gambar 6.
Inspeksi Visual
Desain senyawa modihikasicoumestrol
Penambatan senyawa modihikasicoumestrol
Post docking analysismenggunakandecision tree
Inaktih Aktih
9
11
Tabel III. Nama IUPAC dua puluh dua desain modihikasi strukturcoumestrol
Kode Nama IUPAC
Coumestrol_A 6-hydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)-1-benzofuran-3-carboxylicacid Coumestrol_B 6-hydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)-1-benzofuran-3-carboxamide Coumestrol_C heptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-14-yl5-(4-hydroxybenzoyloxy)-9-oxo-8,17-dioxatetracyclo
4-hydroxybenzoate
Coumestrol_D 14-(4-aminobenzoyloxy)-9-oxo-8,17-dioxatetracycloheptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-5-yl 4-aminobenzoate
Coumestrol_E 5-[(methylcarbamoyl)oxy]-9-oxo-8,17-dioxatetracycloheptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-14-yl N-methylcarbamate
Coumestrol_F 14ca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-5-yl-[(2-hydroxyacetyl)oxy]-9-oxo-8,17-dioxatetracycloheptade2-hydroxyacetate Coumestrol_G 5,14-bis(3-hydroxy-4-methoxyphenoxy)-8,17-dioxatetracycloheptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-9-one Coumestrol_H heptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-9-one5,14-bis(4-hydroxyphenoxy)-8,17-dioxatetracyclo
Coumestrol_I 5,14-bis({[1,1'-biphenyl]-5-loxy})-8,17-dioxatetracycloheptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-9-one Coumestrol_J heptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-9-one5,14-bis(4-aminophenoxy)-8,17-dioxatetracyclo Coumestrol_K 5,14-bis(4-amino-3-methoxyphenoxy)-8,17-dioxatetracycloheptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-9-one Coumestrol_L 5,14-bis(3-hydroxy-2-methylphenoxy)-8,17-dioxatetracycloheptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-9-one Coumestrol_M 9-oxo-5-(2,3,4-trihydroxybenzoyloxy)-8,17-dioxatetracycloheptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-14-yl
2,3,4-trihydroxybenzoate
Coumestrol_N heptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-9-one5,14-bis(3,4-diaminophenoxy)-8,17-dioxatetracyclo Coumestrol_O 5,14heptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-9-one-bis(3,4-diamino-2-methylphenoxy)-8,17-dioxatetracyclo Coumestrol_P 5,14-bis(3,4-diamino-5-methylphenoxy)-8,17-dioxatetracycloheptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-9-one
Kode Nama IUPAC
Coumestrol_Q 5,14-bis(4-amino-3-methylphenoxy)-8,17-dioxatetracyclo ]heptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-9-one Coumestrol_S 5,14-bis(4-hydroxy-3-methoxyphenoxy)-8,17-dioxatetracycloheptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-9-one Coumestrol_T heptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-9-one5,14-bis(3,4-dihydroxyphenoxy)-8,17-dioxatetracyclo Coumestrol_U 5,14-bis(4-hydroxy-2-methylphenoxy)-8,17-dioxatetracycloheptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-9-one Coumestrol_V 5-(4-amino-3-hydroxybenzoyloxy)-9-oxo-8,17-dioxatetracycloheptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-14-yl
4-amino-3-hydroxybenzoate
Dua puluh dua desain modihikasi struktur coumestrol tersebut ditambatkan berdasarkan protokol PVBS yang telah divalidasi oleh Setiawati et al. (2014) dan dilanjutkan dengan post docking analysis berdasarkan penelitian Istyastono (2015) dan didapatkan skor ChemPLP serta inhormasi mengenai bitstring yang aktih seperti pada Tabel IV. Berdasarkan hasil dari post docking analysis dengan tarah kepercayaan 95% maka diperoleh tiga desain modihikasi struktur coumestrol yang merupakan ligan aktih terhadap REα yaitu desain modihikasi dengan kode Coumestrol_T, Coumestrol_U dan Coumestrol_V. Desain modihikasi dengan kode Coumestrol_T, Coumestrol_U dan Coumestrol_V memiliki skor ChemPLP terendah dari lima replikasi berturut-turut yaitu -108,653; -115,007 dan -85, 6117. Selanjutnya dapat dilihat alur decision tree dari ketiga desain modihikasi struktur tersebut seperti pada Gambar 7, ketiga desain modihikasi tersebut memiliki alur decision tree yang sama.
13
Tabel IV. Hasil penambatan desain modihikasi strukturcoumestrol
*Ket: 1 = Aktih, 0 = Tidak aktih Kode Bitstring Ket. 3 2 0 2 4 2 1 1 7 4 1 1 4 7 3 1 0 5 2 0 1 4 7 0 1 7 0 1 7 1 3 2 3 Coumestrol_A 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 Inaktih Coumestrol_B 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 Inaktih Coumestrol_C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 Inaktih Coumestrol_D 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 Inaktih Coumestrol_E 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 Inaktih Coumestrol_F 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 Inaktih Coumestrol_G 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 Inaktih Coumestrol_H 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 Inaktih Coumestrol_I 0 0 1 0 0 0 0 1 0 1 1 Inaktih Coumestrol_J 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 Inaktih Coumestrol_K 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 Inaktih Coumestrol_L 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 Inaktih Coumestrol_M 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 Inaktih Coumestrol_N 0 0 1 0 0 0 1 0 0 1 0 Inaktih Coumestrol_O 0 0 1 0 0 0 1 1 0 1 0 Inaktih Coumestrol_P 0 0 1 0 0 0 0 1 0 1 0 Inaktih Coumestrol_Q 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 Inaktih Coumestrol_R 0 0 1 0 0 0 1 0 0 1 0 Inaktih Coumestrol_S 0 0 1 0 0 0 1 0 0 1 0 Inaktih Coumestrol_T 0 1 1 0 0 0 1 0 0 1 0 Aktif Coumestrol_U 0 1 0 0 0 0 1 0 0 1 0 Aktif Coumestrol_V 0 1 0 0 0 0 1 0 0 1 0 Aktif
Berikut adalah gambar alur decision tree dari desain modihikasi kode Coumestrol_T, Coumestrol_U dan Coumestrol_V.
Gambar 7. Alurdecision treedesain modihikasicoumestrolkode Coumestrol_T (warna hijau), Coumestrol_U (warna merah), Coumestrol_V (warna biru)
Hasil dari penambatan tiga desain modihikasi struktur coumestrol yang aktih dilanjutkan dengan melihat visualisasi pose lima replikasi desain modihikasi struktur coumestrol dalam kantung ikatan REα dengan menggunakan PyMOL 1.7.2.1. Lima replikasi desain modihikasi kode Coumestrol_T pada Gambar 8A berikatan dengan asam amino ARG394, GLU353, TRP383 dan LEU387. Interaksi yang terjadi berupa ikatan hidrogen dengan ARG394 dimana protein bertindak sebagai donor atom hidrogen, ikatan hidrogen dengan LEU387 dan GLU353 dimana protein bertindak sebagai akseptor atom hidrogen dan ikatan aromatis edge to face pada TRP383 serta berikatan secara non polar dengan
15
berikatan dengan asam amino ARG394, TRP383, LEU387 dan LEU536. Interaksi yang terjadi berupa ikatan hidrogen dengan ARG394 dimana protein bertindak sebagai donor atom hidrogen, dan ikatan hidrogen dengan LEU387 dan LEU536 dimana protein bertindak sebagai akseptor atom hidrogen dan ikatan aromatis edge to face pada TRP383 serta ikatan non polar dengan LEU387, LEU536 dan TRP383. Lima replikasi desain modihikasi kode Coumestrol_V pada Gambar 10A berikatan dengan asam amino ARG394, TRP383, PHE404, LEU387 dan LEU525. Interaksi yang terjadi berupa ikatan hidrogen dengan ARG394 dimana protein bertindak sebagai donor atom hidrogen, dan ikatan hidrogen dengan PHE404, LEU387 dan LEU525 dimana protein bertindak sebagai akseptor atom hidrogen dan ikatan aromatis edge to face pada TRP383 dan PHE404, serta berikatan secara non polar dengan LEU387, LEU525, PHE404. Skor ChemPLP lima replikasi desain modihikasi Coumestrol_T, Coumestrol_U dan Coumestrol_V terdapat pada tabel V, kemudian dipilih satu pose yang memiliki skor ChemPLP terendah dari lima replikasi tersebut.
Tabel V. Skor ChemPLP lima replikasi desain modihikasi Coumestrol_T, Coumestrol_U dan Coumestrol_V
Replikasi Coumestrol_T Skor ChemPLPCoumestrol_U Coumestrol_V 1 -108,442 -115,007 -85,5538 2 -108,595 -114,961 -85,569 3 -108,619 -114,731 -85,3879 4 -108,653 -114,799 -85,5768 5 -108,563 -114,866 -85,6117
(A) (B)
Gambar 8. (A) Pose dari lima replikasi desain modihikasi kode Coumestrol_T (B) Pose dari desain modihikasi replikasi ke-4 kode Coumestrol_T yang
memiliki skor ChemPLP terendah
(A) (B)
Gambar 9. (A) Pose dari lima replikasi desain modihikasi kode Coumestrol_U (B) Pose dari desain modihikasi replikasi ke-1 kode Coumestrol_U yang
memiliki skor ChemPLP terendah
LEU536 LEU536 TRP383 TRP383 LEU387 ARG394 ARG394 LEU387 ARG394 LEU387 GLU353 TRP383 ARG394 LEU387 TRP383 GLU353
17
(A) (B)
Gambar 10. (A) Pose dari lima replikasi desain modihikasi kode Coumestrol_V (B) Pose dari desain modihikasi replikasi ke-5 kode Coumestrol_V yang memiliki
skor ChemPLP terendah
Desain modihikasi dengan kode Coumestrol_T, Coumestrol_U dan Coumestrol_V tersebut dilanjutkan dengan melakukan analisis diskoneksi. Dari hasil analisis diskoneksi desain modihikasi Coumestrol_T didapatkan starting material berupa senyawa coumestrol dan 4-chlorocatechol seperti pada Gambar 11. Hasil analisis diskoneksi desain modihikasi Coumestrol_U didapatkan starting material berupa senyawa coumestrol dan 4-chloro-3-methylphenol yang ditunjukkan pada Gambar 12. Hasil analisis diskoneksi desain modihikasi Coumestrol_V didapatkan starting material berupa senyawa coumestrol dan 4-amino-3-hydroxybenzoic acidyang ditunjukkan pada Gambar 13.
ARG394 LEU387 TRP383 LEU525 PHE404 ARG394 LEU387 TRP383 LEU525 PHE404
Gambar 11. Analisis diskoneksi desain modihikasi kode Coumestrol_T
Gambar 12. Analisis diskoneksi desain modihikasi kode Coumestrol_U
Gambar 13. Analisis diskoneksi desain modihikasi kode Coumestrol_V Selanjutnya dilakukan pembuatan usulan sintesis pembentukan desain modihikasi kode Coumestrol_T, Coumestrol_U dan Coumestrol_V. Usulan sintesis desain modihikasi struktur Coumestrol_T dan Coumestrol_U menggunakan katalis NaOH dengan reaksi substitusi nukleohilik aromatis,
Coumestrol 4-chlorocatechol Coumestrol_T 4-chloro-3-methylphenol Coumestrol Coumestrol_V Coumestrol 4-amino-3-hydroxybenzoic acid Coumestrol_U
19
reaksi esterihikasi. Berikut adalah usulan mekanisme reaksi dari desain modihikasi kode Coumestrol_T (Gambar 14), Coumestrol_U (Gambar 15) dan Coumestrol_V (Gambar 16).
Gambar 14. Usulan mekanisme reaksi sintesis desain modihikasi Coumestrol_T
Gambar 15. Usulan mekanisme reaksi sintesis desain modihikasi Coumestrol_U Coumestrol 4-chlorocatechol Coumestrol_T Coumestrol_T 4-chloro-3-methylphenol Coumestrol Coumestrol_U Coumestrol_U
Gambar 16. Usulan mekanisme reaksi sintesis desain modihikasi Coumestrol_V Kesimpulan
Berdasarkan protokol penambatan PVBS yang telah divalidasi oleh Setiawati et al. (2014) dan dilanjutkan dengan post docking analysis oleh Istyastono (2015), diperoleh tiga desain modihikasi strukturcoumestrolyang aktih sebagai ligan pada REα, yaitu desain modihikasi dengan kode Coumestrol_T
Coumestrol_V
Coumestrol_V
Coumestrol
21
11(16),12,14-heptaen-9-one), Coumestrol_U (5,14-bis(4-hydroxy-2-methyl phenoxy)-8,17-dioxatetracycloheptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-9-one) dan Coumestrol_V (5-(4-amino-3-hydroxybenzoyloxy)-9-oxo-8, 17-dioxatetracycloheptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-14-yl-4-amino -3-hydroxybenzoate). Berdasarkan analisis diskoneksi Coumestrol_T dan Coumestrol_U dapat diusulkan jalur sintesisnya dengan mekanisme reaksi substitusi nukleohilik aromatis sedangkan Coumestrol_V dapat diusulkan jalur sintesisnya dengan mekanisme reaksi esterihikasi.
Daftar Pustaka
American Cancer Society, 2014,Breast Cancer, American Cancer Society, USA. Angelopoulos, N., Barbounis, V., Livadas, S., Kaltsas, D., dan Tolis, G., 2004,
Ehhect oh Estrogen Deprivation due to Breast Cancer Treatment, Endocrine-Related Cancer,11 : 523-535.
Anita, Y., Radihar, M., Kardono, L. B. S., Hanahi, M., and Istyastono, E. P., 2012, Structured-Based Design oh Eugenol Analogs as Potential Estrogen Receptor Antagonists,Bioinformation,8 (19), 901–906.
Brink, T. T., dan Exner, T. E., 2009, Inhluence oh Protonation, Tautomeric, and Stereoisomeric States on Protein-ligand Docking Result, Journal of Chemical Information and Modeling,55 (9), 1962–1972.
Felicia, 2015, UjiIn SilicoSenyawa Coumestrol sebagai Ligan Reseptor Estrogen Alha,Skripsi, hal 13–15.
Istyastono, E. P., 2015, Employing Recursive Partition and Regression Tree Method to Increase The Quality oh Structure-based Virtual Screening in The Estrogen Receptor Alpha Ligands Identihication, Asian Journal of Pharmaceutical and Clinical Research,8 (6), 207–210.
Istyastono, E. P., Anita, Y., and Sundowo, A., 2015, Computer-aided Structure-based Design oh 3,3’-Diallyl-[1,1’-biphenyl]-4,4’ diol Analogs oh Eugenol as Potential Ligands hor Estrogen Receptor Alpha, 3rd International Conference on Computation for Science and Technology, pp. 1–3.
Korb, O., Stutzle, T., dan Exner, T.E., 2009, Empirical Scoring Function hor
Advanced Protein-ligand Docking with PLANTS, Journal of Chemical
Information and Modeling,49 (1), 84-98.
Lill, M. A., dan Danielson, M. L., 2011, Computer-aided Drug Design Plathorm Using PyMOL, Journal of Computer-Aided Molecuular Design, 25 (1), 13–19.
R Foundation, 2015, R 3.2.1 is released, http://www.r-statistics.com/ diakses tanggal 15 Januari 2016.
Radihar, M., Yuniarti, N., dan Istyastono, E. P., 2013, PyPLIF : Phyton-based Protein Ligand Interaction Fingerprinting, Bioinformation, 9 (6), 325-328.
Ruddon, R. W., 2007,Cancer Biology, 4thEdition, Oxhord University Press, New York, p. 4.
Setiawati, A., Riswanto, F. D. O., Yuliani, S. H., dan Istyastono, E. P., 2014, Retrospective Validation oh A Structure-based Virtual Screening Protocol to Identihy Ligands hor Estrogen Receptor Alpha and Its Application to Identihy the Alpha-mangostin Binding Pose, Indonesian
23
This, P., A De la Rochehordiere, Clough, K., Fourquet, A., Magdelenat, H., 2001, Phytoestrogen Ahter Breast Cancer, Endocrine-Related Cancer, 8:129-134.
World Health Organization, 2015, World Health Organization,
http://www.who.int/mediacentre/hactsheets/hs297/en/, diakses pada
tanggal 11 Januari 2015.
World Health Organization, 2014, World Health Organization,
http://www.who.int/nmh/countries/idn_en.pdh, diakses pada tanggal 11 Januari 2015.
25
Lampiran 1. Desain modihikasi strukturcoumestrolkode T pada BKChem0.13.0
Lampiran 2. Penambahan atom hidrogen pada pH 7.4 dan generate 3D desain modihikasi strukturcoumestroldengan Open Babel
Lampiran 3. Perintah penambatan berupa file shell script dengan nama file comline.sh
27
Lampiran 5. Upload hile script dan struktur 3D modihikasi struktur kode Coumestrol_T keserver
29
Lampiran 8.Downloadluaran hasil dari penambatan pada PLANTS1.2
Lampiran 10. Visualisasi desain modihikasi kode Coumestrol_T dengan PyMOL1.7.2.1
10.1. Membuka hile Data_R.csv untuk melihat ikatan dengan bitstring penting serta memilih satu replikasi dengan skor ChemPLP terendah
31 10.3.Inputstruktur 3D Reseptor Estrogen Alha
33
10.5. Seleksi pemilihan residu asam amino yang berikatan dengan desain modihikasi kode Coumestrol_T