V. DAFTAR PUSTAKA
2. Pelacakan Tetua Kelapa Dalam Mapanget No.32 Melalui Aliran Gen (Gene Flow) Berdasarkan Penanda Mikrosatelit (SSR)
Hasil analisis SSR DNA kelapa DMT-32 S2, DMT-32 S3, dan DMT-32 S4 menggunakan 15 primer menunjukkan polimorfisme dengan ukuran alel berbeda, setiap primer terdiri atas 3-6 alel sehingga seluruhnya berjumlah 60 alel. Setiap individu memiliki 1-2 pita yang merupakan tipikal bagi penanda SSR yang bersifat kodominan bagi organisme diploid (Gambar 4). Mikrosatelit (SSR) adalah suatu jenis penanda DNA yang dapat digunakan untuk mempelajari genotipe individu (Mullis & Faloona 1987).
Pita-pita DNA dibuat dalam simbol genotipe menggunakan angka, dari generasi hasil penyerbukan tertutup kelapa 32 S2, 32 S3, dan DMT-32 S4. Data genotipe tersebut digunakan dalam melacak pohon kelapa tetua dari kelapa DMT-32 S3 dan DMT-32 S4. Semua genotipe dari generasi kedua, ketiga,
dan keempat populasi kelapa DMT-32 (DMT-32 S2, DMT-32 S3, dan DMT-32 S4) digunakan dalam melacak tetua kelapa DMT-32 S3 dan DMT-32 S4. Pelacakan dilakukan berdasarkan pola pewarisan alel dari setiap lokus dari tetua kepada zuriatnya. Untuk memudahkan pelacakan tetua digunakan program Cervus 2.0.
Keterangan : 1 - 9 = nomor pohon
1-3 = posisi pita nomo r 1, 2, dan 3 M = penanda
Gambar 4. Contoh pita SSR CnCirA3 pada kelapa DMT-32 S2
Contoh Pembuatan Data Biner dan Data Genotipe individu berdasarkan pita-pita SSR pada Gambar 4 disajikan pada Tabel 8 dan Tabel 9 berikut :
Tabel 8. Contoh Data Biner Lokus CnCirA3 pada DMT-32 S2
Tabel 9. Contoh Data Genotipe Lokus CnCirA3 pada DMT-32 S2
Pada pelacakan tetua betina dan jantan tanaman kelapa DMT-32, mula-mula dilakukan pelacakan tetua betina dengan membandingkan genotipe zuriat dengan genotipe generasi tetuanya. Pembandingan dilakukan terhadap setiap primer yang digunakan. Setelah genotipe tetua betina diketahui kemudian
No. Pohon 1 2 3 4 5 6 7 8 9 Pita 1 2 3 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 No. Pohon 1 2 3 4 5 6 7 8 9 Genotipe 1 1 1 2 1 1 1 2 1 2 2 2 2 2 2 2 3 3
dianalisis untuk mengetahui genotipe tetua jantan dari setiap individu generasi zuriat dengan generasi tetuanya. Pelacakan tetua jantan dilakukan dengan membandingkan genotipe zuriat dengan genotipe tetua betina yang telah diketahui dengan individu tetua yang memiliki genotipe paling sesuai sebagai pasangan tetua.
Mikrosatelit sebagai penanda kodominan juga telah digunakan untuk menganalisis tetua akasia (Prihatini et al. 2006), Cervus elaphus (Pemberton et al.
1992), dan ikan Lepomis macrochirus (Neff et al. 2000). Menurut Marshall et al
(1998) beberapa faktor yang menyebabkan pelacakan tetua tidak berhasil adalah jumlah kandidat tetua yang besar, hubungan kekerabatan (relatedness) kandidat tetua yang tinggi, dan kesalahan dalam pelaksanaan penelitian.
Untuk menganalisis kandidat tetua jantan digunakan likelihood ratio.
Individu dengan nilai likelihood ratio tertinggi (the most likely male parent)
merupakan kandidat utama tetua jantan. Untuk memudahkan analisis digunakan program Cervus 2.0 (Meagher 1986; Marshall et al. 1998).
Hasil pelacakan tetua DMT-32 S3 dan DMT-32 S4 menggunakan program Cervus 2.0 disajikan pada Tabel 10 dan Tabel 11.
Hasil pelacakan tetua menggunakan program Cervus 2.0 menunjukkan bahwa sebanyak 21 zuriat DMT-32 S3 dapat dilacak tetuanya dengan tingkat kesesuaian 95% dan 19 zuriat lainnya pada tingkat kesesuaian 80% (Tabel 10). Sedangkan pada DMT-32 S4 sebanyak 23 zuriat dapat dilacak tetuanya pada tingkat kesesuaian 95% dan 15 zuriat lainnya pada tingkat kesesuaian 80% (Tabel 11).
Hasil pelacakan tetua DMT-32 S3 memperlihatkan bahwa ada tiga individu yang benar-benar hasil penyerbukan tertutup dari satu pohon yaitu dua pohon kelapa DMT-32 S3 No.25 dan No.39 merupakan zuriat dari DMT-32 S2 No.8, dan satu pohon yaitu DMT-32 S3 No.26 merupakan zuriat dari DMT-32 S2 No.3. Hasil pelacakan tetua dari DMT-32 S4 menunjukkan bahwa ada 5 individu yang benar-benar merupakan hasil penyerbukan dan zigot dengan polen yang berasal dari pohon tertentu. Tiga pohon kelapa yang merupakan zuriat dari pohon DMT-32 S3 No.28 adalah DMT-32 S4 No.8, No.10, dan No.22, satu pohon
adalah zuriat dari DMT-32 S3 No.32 yaitu DMT-32 S4 No.11, dan satu pohon adalah zuriat DMT-32 S3 No.35 yaitu DMT-32 S4 No.30 (Tabel 11).
Tabel 10. Pelacakan Tetua betina dan jantan Kelapa DMT-32 generasi S3 berdasarkan 15 lokus mikrosatelit (SSR)
Generasi S3 Tetua Betina Tetua jantan Ket. Generasi S3 Tetua Betina Tetua jantan Ket. S3-1 S2-7 S2-9 * S3-21 S2-9 S2-8 S3-2 S2-2 S2-6 * S3-22 S2-1 S2-4 S3-3 S2-7 S2-5 * S3-23 S2-1 S2-5 S3-4 S2-8 S2-3 * S3-24 S2-2 S2-9 S3-5 S2-5 S2-3 * S3-25 S2-8 S2-8 * S3-6 S2-1 S2-4 S3-26 S2-3 S2-3 * S3-7 S2-2 S2-6 * S3-27 S2-8 S2-4 * S3-8 S2-1 S2-9 S3-28 S2-8 S2-5 S3-9 S2-3 S2-5 S3-29 S2-8 S2-7 * S3-10 S2-5 S2-8 S3-30 S2-7 S2-9 S3-11 S2-3 S2-1 S3-31 S2-2 S2-8 S3-12 S2-7 S2-1 * S3-32 S2-4 S2-7 S3-13 S2-8 S2-5 S3-33 S2-5 S2-7 * S3-14 S2-3 S2-9 * S3-34 S2-3 S2-2 * S3-15 S2-3 S2-7 * S3-35 S2-2 S2-6 S3-16 S2-6 S2-3 * S3-36 S2-2 S2-7 * S3-17 S2-7 S2-1 S3-37 S2-7 S2-3 * S3-18 S2-2 S2-9 * S3-38 S2-5 S2-3 S3-19 S2-2 S2-8 * S3-39 S2-8 S2-8 S3-20 S2-8 S2-5 S3-40 S2-1 S2-4 *
Keterangan : * sesuai pada taraf 95% tanpa * sesuai pada taraf 80%
S2 dan S3 = hasil penyerbukan generasi kedua dan ketiga Angka dibelakang S2 dan S3= nomor pohon masing- masing generasi
Individu- individu pohon kelapa yang mempunyai yang mempunyai pohon kelapa tetua betina dan jantan yang sama pada populasi DMT-32 S3 adalah No.6, No.22, dan No.40 zuriat dari persilangan pohon 32 S2 No.1 x No.4: DMT-32 S3 No.2, No.7, dan No.35 zuriat dari persilangan pohon DMT-DMT-32 S2 No.2 x No.6; DMT-32 S3 No.18 dan No.24 zuriat dari persilangan pohon DMT-32 S2 No.2 x No.9; 32 S3 No.19 dan No.31 zuriat dari persilangan pohon DMT-32 S2 No.2 x No.8; DMT-DMT-32 S3 No.13, No.20, dan No.28 zuriat dari persilangan pohon DMT-32 S2 No.8 x No.5; DMT-32 S3 No.1 dan No.30 zuriat dari persilangan pohon DMT-32 S2 No.7 x No.9; DMT-32 S3 No.12 dan No.17 zuriat
dari persilangan pohon DMT-32 S2 No.7 x No.1; DMT-32 S3 No.5 dan No.38 zuriat dari persilangan pohon DMT-32 S2 No.5 x No.3 (Tabel 10).
Tabel 11. Pelacakan Tetua betina dan jantan Kelapa DMT-32 generasi S4 berdasarkan 15 lokus mikrosatelit (SSR)
Generasi S4 Tetua Betina Tetua Jantan Ket Generasi S4 Tetua Betina Tetua Jantan Ket S4-1 S3-28 S3-12 S4-20 S3-34 S3-8 S4-2 S3-28 S3-26 S4-21 S3-33 S3-14 S4-3 S3-8 S3-32 * S4-22 S3-28 S3-28 * S4-4 S3-34 S3-33 * S4-23 S3-12 S3-35 S4-5 S3-1 S3-18 * S4-24 S3-1 S3-3 S4-6 S3-4 S3-28 * S4-25 S3-8 S3-32 * S4-7 S3-32 S3-10 * S4-26 S3-28 S3-12 S4-8 S3-28 S3-28 * S4-27 S3-5 S3-36 * S4-9 S3-28 S3-12 * S4-28 S3-11 S3-32 * S4-10 S3-28 S3-28 S4-29 S3-10 S3-6 * S4-11 S3-32 S3-32 S4-30 S3-35 S3-35 * S4-12 S3-4 S3-8 * S4-31 S3-28 S3-4 S4-13 S3-3 S3-14 * S4-32 S3-33 S3-36 S4-14 S3-33 S3-1 * S4-33 S3-34 S3-5 * S4-15 S3-23 S3-35 S4-34 S3-35 S3-26 S4-16 S3-23 S3-6 * S4-35 S3-4 S3-34 S4-17 S3-18 S3-1 * S4-36 S3-1 S3-14 * S4-18 S3-18 S3-5 * S4-37 S3-3 S3-14 * S4-19 S3-34 S3-1 * S4-38 S3-3 S3-21 Keterangan : * sesuai pada taraf 95%
tanpa * sesuai pada taraf 80%
S3 dan S4 = DMT-32 generasi ketiga dan keempat
Angka dibelakang S3 dan S4= nomor pohon masing- masing generasi
Dari Tabel 11 dapat dilihat individu-individu pohon kelapa pada DMT-32 S4 yang merupakan zuriat dari persilangan pohon DMT-32 S3 No.28 x No.12 adalah No.1, No.9, dan No.26. Sedangkan zuriat dari persilangan pohon DMT-32 S3 No.8 x No.32 adalah DMT-32 S4 No.3 dan No.25.
Hasil penelusuran menunjukkan pula bahwa semua individu pada generasi DMT-32 S2 menjadi tetua dari DMT-32 S3, sedangkan pada populasi DMT-32 S3 beberapa nomor pohon tidak menjadi tetua dari zuriat DMT-32 S4. Hasil ini dapat dipahami karena sebelum dilakukan penyerbukan pada setiap generasi, diseleksi
terlebih dahulu pohon-pohon yang berproduksi tinggi. Nomor- nomor pohon yang berproduksi rendah tidak digunakan sebagai tetua. Hasil penelusuran ini jika dikaitkan dengan data produksi buah per pohon per tahun yang diamati selama penelitian, menunjukkan bahwa pada populasi DMT-32 S2 semua pohon masih berpotensi produksi lebih dari 100 butir per pohon per tahun sehingga semuanya digunakan sebagai tetua untuk DMT-32 S3. Sedangkan pada DMT-32 S3 beberapa pohon di antaranya berproduksi rendah yaitu berpotensi produksi kurang dari 80 butir per pohon per tahun sehingga tidak digunakan sebagai tetua untuk generasi DMT-32 S4 (Tabel 12).
Berdasarkan hasil pelacakan menggunakan program Cervus 2.0 pada Tabel 10 dan Tabel 11, maka dapat dibuat silsilah dari setiap nomor pohon pada populasi kelapa DMT-32 generasi selfing kedua seperti pada Gambar 5 sampai dengan Gambar 13.
Dari Gambar 5 dapat dilihat bahwa DMT-32 S2 No.1 merupakan tetua betina dan jantan dari masing- masing empat individu DMT-32 S3. Lima dari zuriatnya adalah tetua betina dan jantan dari 13 individu DMT-32 S4. Zuriat DMT-32 S2 No.1 merupakan tetua betina dari pohon kelapa DMT-32 S3 No.6 dan No.8 artinya benih dari pohon-pohon kelapa tersebut dipanen dari DMT-32 S2 No.1, sedangkan pohon kelapa DMT-32 S2 No.1 sebagai tetua jantan dari
DMT-32 S3 No.11, No.12 dan No.23. Tiga nomor pohon kelapa DMT-32 S3 yang lain yaitu No.17, No.22, dan No.40 tidak menjadi tetua dari DMT-32 S4. Sebanyak tujuh pohon kelapa DMT-32 S4 dipanen dari zuriat DMT-32 S2 No.1, sedangkan enam nomor pohon kelapa DMT-32 S4 lainnya menerima polen dari DMT-32 S2 No.1. Dengan demikian 13 individu pohon kelapa generasi DMT-32 S4 merupakan zuriat dari DMT-32 S2 No.1.
Dari Gambar 6 dapat dilihat bahwa DMT-32 S2 No. 2 adalah tetua betina dari delapan individu DMT-32 S3 dan tetua jantan dari satu individu DMT-32 S3, artinya delapan zuriat tersebut dipanen dari pohon kelapa DMT-32 S2 No.2 dan satu pohon lainnya DMT-32 S2 No.2 menyumbang polen pada pohon kelapa yang lain. Empat nomor DMT-32 S3 yaitu pohon No.18, No.34, No.35, dan No.36 adalah tetua dari DMT-32 S4 sedangkan 5 nomor pohon yang lain tidak menjadi tetua dari DMT-32 S4. Dengan demikian 14 individu pohon kelapa generasi DMT-32 S4 merupakan zuriat dari DMT-32 S2 No.2. Pada DMT-32 S4 ditemukan satu nomor pohon yaitu DMT-32 S4 No.30 merupakan hasil penyerbukan dan zigot dengan polen yang berasal dari pohon yang sama yaitu DMT-32 S3 No.35.
Dari Gambar 7, menunjukkan bahwa DMT-32 S2 No.3 merupakan tetua betina dari dua individu DMT-32 S3, tetua jantan dari delapan individu DMT-32 S3, dan menjadi tetua betina dan sekaligus tetua jantan dari satu individu DMT-32 S3 yaitu DMT-32 S3 No.26. Enam nomor pohon kelapa zuriat dari DMT-32 S2 No.3 menjadi tetua betina dan jantan dari 18 individu DMT-32 S4, dan 5 nomor pohon tidak menjadi tetua dari DMT-32 S4. Dari Gambar 7 juga dapat dilihat ada delapan pohon dari populasi DMT-32 S4 yang dipanen dari zuriat DMT-32 S2 No.3. Pohon-pohon kelapa DMT-32 S4 pohon No.6, No.12, dan No.35 dipanen dari DMT-32 S3 No.4; DMT-32 S4 pohon No.27 dipanen dari DMT-32 S3 No.5; DMT-32 S4 pohon No.28 dipanen dari DMT-32 S3 No.11; dan DMT-32 S4 pohon No.4, No.19, dan No.29 dipanen dari DMT-32 S3 No.34. Sedangkan 10 nomor pohon kelapa DMT-32 S4 lainnya dipanen dari pohon kelapa DMT-32 S3 yang lain, zuriat DMT-32 S2 No.3 berfungsi sebagai tetua jantan.
Gambar 8, memperlihatkan bahwa DMT-32 S2 No.4 memiliki 5 zuriat yaitu sebagai tetua betina dari satu individu dan tetua jantan dari empat individu DMT-32 S3, artinya hanya DMT-32 S3 No.32 yang benihnya dipanen dari pohon DMT-32 S2 No.4. Dua dari lima zuriat DMT-32 S2 No.4 yaitu DMT-32 S3 No.6 dan No.32 menjadi tetua betina dan jantan dari enam individu DMT-32 S4. DMT-32 S3 No.6 berperan sebagai tetua jantan, sedangkan DMT-32 S3 No.32 berperan sebagai tetua betina DMT-32 S4 dari No.7 dan No.11 artinya benih dari
kedua pohon tersebut dipanen dari pohon kelapa DMT-32 S3 No.32, dan sebagai tetua jantan dari DMT-32 S4 pohon No.3 dan No.25.
Dari Gambar 9 dapat dilihat bahwa DMT-32 S2 No.5 merupakan tetua betina dari 4 individu DMT-32 S3 dan tetua jantan dari 6 individu DMT-32 S3, artinya empat nomor pohon kelapa DMT-32 S3 dipanen dari individu DMT-32 S2 No.5, sedangkan lainnya dipanen dari pohon lain yang diserbuki dengan polen individu DMT-32 S2 No.5. Enam nomor pohon diantaranya menjadi tetua betina
dan jantan dari 24 individu individu DMT-32 S4, dan empat lainnya tidak menjadi tetua dari DMT-32 S4 yaitu pohon No.9, No.13, No.20, No.38. DMT-32 S3 No.3 adalah tetua dari DMT-32 S4 yaitu pohon No.13, No.24, No.37, dan No.38. Pohon kelapa DMT-32 S4 No.8 dan No.22 merupakan hasil zigot dengan polen yang berasal dari pohon yang sama yaitu DMT-32 S3 No.28.
Dari Gambar 10, dapat dilihat bahwa dari DMT-32 S2 No.6 memiliki 4 zuriat yaitu DMT-32 S3 pohon No.2, No.7, No.16 dan No.35. Hanya DMT-32 S3 No.35 yang menjadi tetua dari 4 individu DMT-32 S4 yaitu pohon No.15, No.23, No.30 dan No.34. Pohon kelapa DMT-32 S4 No.30 dan No.34 dipanen dari individu DMT-32 S3 No.35, sedangkan individu DMT-32 S4 No.30 adalah hasil penyerbukan dan zigot dengan polen yang berasal dari pohon kelapa yang sama yaitu DMT-32 S3 No.35.
Dari Gambar 11, terlihat bahwa DMT-32 S2 No.7 merupakan tetua betina dan jantan dari masing- masing lima individu DMT-32 S3. Lima individu pohon kelapa DMT-32 S3 merupakan tetua dari 20 individu pohon kelapa DMT-32 S4, sedangkan lima individu pohon lainnya tidak menjadi tetua dari DMT-32 S4. Pada populasi kelapa DMT-32 S3 ada lima nomor pohon yang benihnya dipanen dari DMT-32 S3 No.7. Pada DMT-32 S4 masing- masing ada tiga nomor pohon yang benihnya dipanen dari DMT-32 S3 No.1 dan No.33, satu pohon dari DMT-32 S3 No.12, dan dua pohon dari DMT-32 S3 No.32 merupakan hasil zigot dengan
polen yang berasal dari pohon itu sendiri. Sedangkan 11 pohon DMT-32 S4 lainnya dipanen dari pohon-pohon kelapa 32 S3 yang bukan zuriat DMT-32 S2 No.7.
Gambar 12, dapat dilihat bahwa DMT-32 S2 No.8 memiliki 12 zuriat pada DMT-32 S3. Empat individu diantaranya adala h tetua dari 15 individu DMT-32 S4, dan delapan individu lainnya tidak menjadi tetua dari DMT-32 S4. Lima dari zuriat tersebut benihnya dipanen dari DMT-32 S2 No.8 artinya pohon kelapa No.8 dari generasi kedua berperan sebagai tetua betina, sedangkan tujuh nomor pohon lainnya dipanen dari pohon lainnya yang diserbuki dengan polen DMT-32 S2 No.8 (tetua jantan). Dapat dilihat pula pada populasi kelapa DMT-32 generasi ketiga ada dua pohon yaitu DMT-32 S3 No.25 dan No.39 merupakan zigot hasil penyerbukan denga n polen yang berasal dari pohon yang sama yaitu DMT-32 S2 No.8. Sedangkan pada populasi kelapa DMT-32 generasi keempat ada tiga pohon yaitu DMT-32 S4 No.8, No.10, dan No.22 merupakan zigot hasil penyerbukan dengan polen yang berasal dari pohon itu sendiri yaitu pohon kelapa DMT-32 S3 No.28.
Dari Gambar 13, dapat dilihat bahwa DMT-32 S2 nomor 9 merupakan tetua tetua betina dari satu individu, dan tetua jantan dari 6 individu DMT-32 S3. Hanya satu pohon yang benihnya dipanen dari pohon DMT-32 S2 No.9. Enam pohon yang lainnya merupakan hasil penyerbukan yang polennya berasal dari DMT-32 S2 No.9. Empat dari zuriat DMT-32 S2 No.9 merupakan tetua betina dan jantan dari 17 individu DMT-32 S4, tiga lainnya tidak menjadi tetua dari
32 S4. Pada 32 S4 ada tiga pohon yang benihnya dipanen dari DMT-32 S3 No.1, dua pohon benihnya dipanen dari pohon DMT-DMT-32 S3 No.8, dan dua pohon individu kelapa populasi DMT-32 S3 No.18, sedangkan DMT-32 S3 No. 14 berperan sebagai tetua jantan artinya tidak ada benih yang dipanen dari pohon tersebut.
Dengan diketahuinya silsilah masing- masing individu kelapa DMT-32 hasil penyerbukan sendiri generasi ketiga (DMT-32 S3) dan keempat (DMT-32 S4) secara jelas, maka peneliti kelapa yang akan mempelajari sifat-sifat tertentu yang berkaitan dengan produksi, ketahanan terhadap hama dan penyakit, kekeringan, protein, asam lemak dan lain- lain dapat memanfaatkan informasi ini. 3. Identikasi Pita Spesifik Terpaut Dengan Karakter Produksi Buah Pada
Tanaman Kelapa Berdasarkan Penanda Mikrosatelit (SSR)
Hasil pengamatan pada setiap generasi hasil penyerbukan tertutup dari pohon-pohon terseleksi pada setiap generasi kelapa 32 (32 S2, DMT-32 S3, dan DMT-DMT-32 S4), terhadap produksi buah per pohon per tahun dan jumlah tandan per pohon per tahun telah menunjukkan telah terjadi penurunan rata-rata produksi buah per pohon per tahun. Pada DMT-32 S2, pohon yang memiliki produksi buah per pohon per tahun paling rendah adalah DMT-32 S2 No.5 yaitu 104 butir. Pada DMT-32 S3, pohon yang memiliki produksi buah paling rendah adalah DMT-32 S3 No.38 yaitu 48 butir. Sedangkan pada DMT-32 S4 ditemukan 16 pohon yang sampai dengan umur 11 tahun setelah tanam tidak/belum berbuah. Data produksi buah per tandan per pohon dan jumlah tandan per pohon per tahun untuk generasi DMT-32 S2, DMT-32 S3, dan DMT-32 S4 disajikan pada Tabel 12.
Untuk mengetahui ada atau tidaknya pita spesifik yang berkaitan dengan produksi buah kelapa, maka populasi pohon kelapa tiap generasi DMT-32 dibuat pengelompokan berdasarkan produksi buah per pohon per tahun. Untuk DMT-32 S2 hanya mengelompok dalam satu kelompok karena semua pohon memiliki produksi di atas 100 butir. Pada DMT-32 S3 dalam empat kelompok yaitu > 100 butir/pohon, 80-99 butir/pohon, 60-79 butir/pohon, 40-59 butir/pohon. Pada
DMT-32 S4 mengelompok menjadi empat kelompok yaitu : > 100 butir/pohon, 8-60 butir/pohon, bertandan tanpa buah, dan tanpa tandan.
Tabel 12. Produksi buah dan tandan per pohon per tahun pada setiap generasi menyerbuk sendiri kelapa DMT-32
No. Poho n
Produksi buah per pohon per tahun
Produksi tandan per pohon per tahun S2 S3 S4 S2 S3 S4 1. 156 120 0 13 15 0 2. 105 60 24 15 15 8 3. 117 134 27 13 15 9 4. 165 84 48 14 14 11 5. 104 105 48 13 15 12 6. 135 118 12 15 16 6 7. 156 135 0 13 15 0 8. 136 98 0 17 14 0 9. 119 56 0 17 14 0 10. 112 20 16 10 11. 98 0 14 0 12. 120 0 15 0 13. 105 35 15 11 14. 128 44 16 10 15. 63 14 9 7 16. 66 0 11 6 17. 112 60 14 12 18. 122 33 12 11 19. 55 40 11 10 20. 55 18 11 9 21. 98 36 11 8 22. 108 0 11 0 23. 96 0 12 5 24. 55 55 11 11 25. 66 0 11 8 26. 96 0 12 6 27. 61 8 9 8 28. 114 10 13 5 29. 64 0 14 0 30. 65 0 13 0 31. 70 0 14 0 32. 104 0 15 0 33. 90 36 15 9 34. 84 12 14 4 35. 97 0 14 4 36. 105 105 15 15 37. 78 16 13 8 38. 48 18 12 9 39. 62 12 40. 69 13
Campuran DNA dari pohon-poho n kelapa yang produksinya ada dalam satu kelompok yang sama dicampur dan diPCR. Pita DNA yang spesifik adalah pita yang ditemukan selalu ada atau tidak ada pada pohon-pohon yang berbuah banyak atau tidak atau belum berbuah selama penelitian. Kalau ditemukan pita yang selalu ada pada pohon-pohon yang berbuah banyak atau tidak berbuah akan sangat membantu dalam melakukan seleksi bibit-bibit yang berpotensi produksi tinggi sejak dini.
Sekuen DNA pengapit SSR dirakit menjadi primer untuk digunakan mengamplifikasi lokus- lokus SSR tertentu menggunakan PCR. Setiap pita DNA mewakili satu alel dari suatu lokus. Perbedaan panjang pita DNA terjadi karena perbedaan jumlah unit pengulangan pada lokus-lokus mikrosatelit (SSR) tertentu (Gupta et al. 1996; Karp et al. 1997; Liu 1998).
Hasil PCR-SSR yang diperoleh divisualisasikan menggunakan PAGE (Polyacrylamide Gel Electrophoresis) dengan pewarnaan perak (Creste et al
2001). Primer yang memberi informasi adanya pita yang khas pada hasil PCR campuran DNA berdasarkan penge lompokan yang telah dibuat, dibandingkan dengan hasil PCR pada DNA masing- masing individu pohon kelapa DMT-32 populasi DMT-32 S2, DMT-32 S3, dan DMT-32 S4. Hasil visualisasi 15 primer (lokus) SSR menggunakan PAGE pada pengelompokan DNA, ditemukan ada dua primer dari 15 primer yang digunakan memiliki pita khas yaitu CNZ21 dan CNZ51. Visualisasi SSR primer (lokus) CNZ21 pada campuran DNA berdasarkan pengelompokan (Gambar 14) dan pada generasi DMT-32 S4 (Gambar 15), sedangkan primer (lokus) CNZ51 pada campuran DNA (Gambar 16) dan pada generasi DMT-32 S4 (Gambar 17).
Gambar 14. Pita spesifik yang berkaitan dengan produksi buah pada kelapa DMT-32 menggunakan primer CNZ-21
Dari Gambar 14 dapat dilihat pola pita lokus CNZ21 pada DNA dari pohon kelapa yang dikelompokkan berdasarkan produksi buah. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pada lokus CNZ-21 kelapa DMT-32 yang bertandan tanpa buah dan yang tanpa tandan kehilangan pita berukuran 270 bp. Hasil ini kemudian dikonfirmasi dengan profil pola pita lokus yang sama pada generasi DMT-32 S4 (Gambar 15). Hasil penelitian menunjukkan bahwa nomor-nomor pohon yang tidak berbuah sampai dengan umur 11 tahun setelah tanam kehilangan pita tersebut.
Keterangan : 1-38 = nomor pohon DMT-32 S4 M = Marker 100 bp DNA ladder
Gambar 16. Pita spesifik yang berkaitan dengan produksi buah pada kelapa DMT-32 menggunakan Lokus CNZ51
Dari Gambar 16 dapat dilihat bahwa pada lokus CNZ51 kelapa DMT-32 yang bertandan tanpa buah dan yang tanpa tandan kehilangan pita berukuran 110 bp. Pita yang hilang kemudian dikonfirmasi dengan profil pola pita lokus yang sama pada generasi DMT-32 S4 yang beberapa nomor pohon diantaranya sampai dengan umur 11 tahun tidak atau belum berbuah (Gambar 17). Ternyata pada pohon-pohon yang tidak berbuah (Tabel 12) kehilangan pita berukuran 110 bp pada lokus CNZ51 (Gambar 16 dan Gambar 17).
Gambar 17. Profil Pola Pita Lokus CNZ51 pada populasi DMT-32 S4
Pita-pita yang hilang pada lokus CNZ21 berukuran 270 bp dan CNZ51 berukuran 110 diduga berkaitan dengan sifat tidak berbuah atau paling tidak
sampai dengan umur 11 tahun setelah tanam nomor- nomor pohon kelapa tersebut belum berbuah.
Untuk mengetahui korelasi antar lokus yang dipakai dalam penelitian ini dan korelasi antara sifat morfologi dengan penanda molekular dilakukan analisis korelasi Pearson dengan Program komputer Minitab 14. Berdasarkan hasil analisis korelasi antar alel dari 15 lokus yang digunakan ternyata tidak saling berkaitan, tetapi antara alel (pita) dalam lokus yang sama saling berkorelasi pada taraf nyata >95% (Tabel 13).
Penanda mirosatelit (SSR) telah digunakan untuk pemetaan kromosom berbagai tanaman seperti peach (Dirlewangger et al. 1998), gandum (Kojima et al.
1998), barley (Davila et al. 1999), dan tomat (Saliba-Colombani et al. 2000). Lebrun at al (2001) membuat peta keterpautan (linkage map) pada kelapa Dalam RIT (Rennell Island Tall) dan menemukan 16 kelompok keterpautan, hasil ini sesuai dengan genom haploid kelapa. Tanaman kelapa merupakan tanaman diploid dengan jumlah kromosom 2 x = 32. Kelima belas lokus SSR yang digunakan dalam penelitian ini dibuat peta keterpautan (linkage map) menggunakan MAPMAKER dengan nilai LOD 3. Hasil pemetaan menunjukkan bahwa 15 lokus SSR terbagi ke dalam 15 kelompok artinya tidak ada lokus yang terpaut dengan yang lain dalam satu kelompok. Jika setiap kelompok dianggap sebagai kromosom, maka hasil pengelompokan (group) 15 lokus yang digunakan tersebar di lima belas kromosom berbeda pada tanaman kelapa DMT-32. Hasil pengelompokan ini tidak menggambarkan keseluruhan jumlah kromosom kelapa karena lokus SSR yang digunakan tidak cukup banyak. Menurut Herran et al
(2000) dan Lebrun et al (2001) untuk membuat peta keterpautan maka diperlukan jumlah lokus SSR dan zuriat yang cukup banyak. Rendahnya korelasi antar lokus diduga karena lokus- lokus tersebut tersebar pada kromosom yang berbeda.
Tabel 13 Korelasi antar alel (pita) dari lokus CNZ21 dan CNZ51 Korelasi CNZ21-1 CNZ21-2 CNZ21-3 CNZ51-1 CNZ51-2 CNZ21-2 0.726 0.002 CNZ21-3 0.721 0.166 0.849 0.020 CNZ51-1 -0.174 0.107 0.197 0.067 0.213 0.047 CNZ51-2 0.095 0.379 -0.077 0.479 -0.201 0.062 0.691 0.000 CNZ51-3 0.028 0.495 -0.063 0.564 -0.026 0.509 0.578 0.099 0.760 0.015 Keterangan:
Nilai pada bagian atas setiap kolom adalah nilai korelasi antar alel dari lokus CNZ21 dan CNZ51
Nilai pada bagian atas bawah kolom adalah tingkat kepercayaan (Pearson)
Hasil korelasi antara sifat morfologi dengan penanda molekular lokus CNZ21 menunjukkan bahwa pita yang hilang pada lokus tersebut yaitu pita CNZ21-3 yang berukuran 270 bp berkorelasi negatif dengan jumlah buah, sedangkan pita berukuran 250 bp dan 238 bp berkorelasi positif dengan jumlah buah pada tingkat kepercayaan 99%. Artinya jika pita CNZ21-270bp tidak ada maka pohon kelapa DMT-32 sampai dengan umur 11 tahun setelah tanam belum berbuah, sedangkan jika pita CNZ21-250bp dan CNZ21-238bp ada maka pohon-pohon kelapa DMT-32 sampai umur 11 tahun setelah tanam memiliki buah.
Tabel 14. Korelasi antara sifat generatif dengan Lokus CNZ21 Karakter CNZ21-1 CNZ21-2 CNZ21-3 buah/pohon/tahun 0.538 0.027 0.502 0.004 -0.744 0.154 tandan/pohon/tahun -0.164 0.129 0.279 0.009 -0.117 0.595 jumlah bunga betina -0.239 0.025 0.175 0.105 -0.536 0.043 panjang tangkai tandan -0.086 0.428 0.182 0.092 0.158 0.145 Panjang bunga jantan -0.209 0.052 0.071 0.516 0.202 0.060 lebar tangkai tandan -0.256 0.017 0.261 0.014 0.005 0.665 Keteranga n:
Nilai pada bagian atas setiap kolom adalah nilai korelasi antar alel dan karakter generatif
Nilai pada bagian atas bawah kolom adalah tingkat kepercayaan (Pearson)
Hasil korelasi antara sifat morfologi dengan penanda molecular lokus CNZ51, menunjukkan bahwa pita yang hilang pada lokus CNZ51-1 berkorelasi dengan sifat tidak atau belum berbuah sampai dengan umur 11 tahun setelah tanam. Lokus CNZ51-1 berukuran 110 bp berkorelasi dengan jumlah buah per pohon per tahun, jumlah tandan per pohon, dan jumlah bunga betina pada tingkat kepercayaan >99% (Tabel 14 dan Tabel 15). Hasil penelitian ini memperlihatkan