Karakteristik habitat perairan karang lunak dicirikan oleh parameter- parameter fisik-kimia perairan yang meliputi kedalaman, kekeruhan, arus, posfat, substrat, nitrat, suhu, salinitas dan pH air. Di perairan terbuka karang lunak ditemukan lebih beragam dibandingkan dengan perairan tertutup, tetapi persentase tutupan lebih rendah. Hal ini menunjukkan bahwa distribusi dan jenis-jenis karang lunak sangat dipengaruhi oleh faktor-faktor lingkungan (Wolanski 2010). Pertumbuhan karang mengalami penurunan dengan bertambahnya kedalaman (Birkeland 1997). Karang lunak diketahui lebih mampu bertahan terhadap kekeruhan dibandingkan karang keras (Fabricius et al. 2012). Keberagaman karang ditemukan lebih tinggi di arus kencang dan konstan, karena ia dapat berfungsi untuk mensirkulasi limbah dan penyuplai makanan bagi karang (Fabricus dan Alderslade 2001). Kandungan nutrient seperti nitrat dan posfat yang masih di bawah baku mutu lingkungan serta tipe subtrat batu berpasir ditemukan baik untuk pertumbuhan karang Sinularia sp dan Lobophytum sp (Handojo 2006). Suhu pertumbuhan optimal karang berkisar 26-28 oC (Birkeland 1997). Parameter pH air dan salinitas masih dalam kisaran optimum untuk pertumbuhan karang, ini mengacu pada (Nybakken 1982). Peningkatan pH dan salinitas yang kecil tidak begitu memberikan dampak pada pertumbuhan karang lunak (Fabricus dan Alderslade 2001).
Aktivitas antibakteri dari keseluruhan sampel karang lunak ditemukan kemampuan daya hambat secara bervariasi. Aktivitas antibakteri umumnya ditemukan pada ekstrak dalam pelarut etil asetat dan sebagian alam pelarut metanol. Hal ini serupa dengan ekstrak Nephthea sp yang ditemukan ekstrak dalam pelarut semipolar (Patra dan Majumdar 2003). S. flexibilis diperoleh ekstrak dalam pelarut semipolar (Lin et al. 2009). L. sarcophytoides yang diperoleh ekstrak dalam EtOAc (Lu et al. 2010). Sarcophyton infundibuliforme
ditemukan ekstrak dalam pelarut EtOH (Wang et al. 2011). Ini bermakna bahwa potensi senyawa bioaktif ini bersifat semi polar dan sebagian polar.
Dari ke empat genus karang lunak ditemukan aktivitas tertinggi pada genus
Sinularia dengan kategori kuat, diikuti Lobophytum dan Nephthea dengan kategori sedang. Aktivitas antibakteri genus Sacrophyton cenderung pada kategori lemah. Aktivitas antimikrobial ditemukan juga pada senyawa aktif diterpenes Flexibilide dan Sinulariolide dari S. flexibilis (Aceret et al. 1998). Di sisi lain bahwa senyawa kimia yang dihasilkan S. polydactyla berperan sebagai antipredator dan antimikroba jenis Vibrio sp (Slattery et al. 1999). Senyawa diterpenoid baru dari genus Sarcophyton yang tidak aktif sebagai antibiotik Longeon et al. (2002). Senyawa bioaktif dari Sarcophyton glaucum di Laut Merah ditemukan pada kategori lemah (Kelman et al 2006). Ada pengaruh kenaikan nutrient perairan terhadap tingkat strees Sarcophyton ehrenbergi, sehingga
kandungan terpen meningkat mencapai ≥ 2 kali dari kondisi normal (Fleury et al.
2000).
Berdasarkan hasil zona hambat yang diperoleh dari aktivitas antibakteri dapat ditentukan bahwa potensi terbaik pada spesies S. polydactyla dan S. flexibilis. Aktivitas antibakteri spesies S. polydactyla diperoleh konsentrasi hambat minimum (MIC) mencapai 7,8 µg.L-1 (untuk bakteri B. subtilis) dan 62,5 µg.L-1 (untuk bakteri E. coli) (Aboutabl et al. 2013). Produksi kandungan
metabolit sekunder mengalami peningkatan pada perubahan kondisi perairan ekstrim yang menimbulkan stress dan kembali menurun pada kondisi normal (Khalesi et al. 2009).
Spesies S. polydactyla umumnya ditemukan di semua perairan, baik di tempat yang jernih maupun yang keruh pada kedalaman dari rataan terumbu sampai ke kedalaman 15 m. Ciri khas koloni ialah bila terjadi retraksi (tertarik masuk) dari polip dan koloni berkerut. Permukaan dan interior tangkai spikula berbentuk kumparan dan ada cabang diujungnya (Manuputty 2002). Spesies ini dijumpai di kedalaman 10 m di Laut Merah Pesisir Hurghada (Shaaban et al.
2013).
Koloni spesies S. flexibilis ditemukan pada kedalaman berkisar 1-5 m di P. Merak dengan koloni besar (diameter 1-2 m) (Manuputty 2002). Warna pada genus Sinularia sangat dipengaruhi oleh warna zooxanthella-nya (Fabricus dan Alderslade 2001). Spesies S. flexibilis ini juga ditemukan pada kedalaman 10-15 m di perairan Atoll Dongsha, Laut Cina Selatan (Shih et al. 2012). Spesies ini ditemukan pada kedalaman 15-20 m di perairan Teluk Yalong Cina (Chen et al.
2014c).
Biomasa ekstrak diperoleh spesies S. flexibilis lebih tinggi dibandingkan dengan S. polydactyla, terutama pada ekstrak dalam pelarut n-Hex yang mencapai lebih empat kali lipat. Ini menunjukkan bahwa ekstrak spesies S. flexibilis banyak bersifat non polar yang merupakan golongan asam lemak (pati asid). Spesies S. polydactyla ekstrak yang didapatkan relative sedikit, sehingga membutuhkan sampel yang lebih banyak dibandingkan S. flexibilis. Lo et al. (2009), diperoleh jumlah ekstrak yang banyak dari S. flexibilis berkisar 32 g dari 4 kg sampel basah.
Berdasarkan aktivitas antibakteri pada ekstrak S. flexibilis (SFTLS4)dan S. polydactyla (SPTLS2) yang diambil dari perairan sekitar Pulau Tegal Teluk Lampung menunjukkan daya hambat sangat kuat terutama SPTLS2, sedangkan ekstrak SFTLS4 tertinggi ditunjukkan terhadap bakteri B. subtilis. Hal serupa ditemukan mayoritas (83%) karang lunak yang berasal dari Laut Merah menunjukkan aktivitas antibakteri yang kuat (Kelman et al. 2006).
Nilai KHM pada fraksi-fraksi sampel SFTLS4 dan SPTLS2 diperoleh daya hambat antibakteri ditemukkan dengan kategori kuat. Daya hambat ini lebih tinggi dibandingkan dengan ekstrak S. polydactyla yang diambil dari Laut Merah (Aboutabl et al. 2013).
Pada karang lunak spesies S. flexibilis didapatkan dua isolat bakteri simbion yang berhasil diidentifikasi sebagai Pseudomonas diminuta (A1) dan
Edwardsiellla hoshinae (A2). Untuk karang lunak S. polydactyla berhasil diidentifikasi dua isolat bakteri yaitu Edwardsiellla hoshinae (B1) dan
Pseudomonas acidovorans (B4). Isolat bakteri Pseudomonas sp yang diisolat dari
S. polydactyla pernah dilaporkan oleh Radjasa et al. (2007b), namun tidak ada isolat Edwardsiellla hoshinae.
Dari ke-4 isolat bakteri ini diketahui satu isolat P. diminuta (A1) dari S. flexibilis memiliki potensi sebagai antibakteri dengan kategori kuat dan sedang. Untuk isolat bakteri lainnya ditemukan tidak memiliki aktivitas antibakteri, baik
E. hoshinae maupun P. acidovorans. Isolat bakteri Pseudovibrio sp dan Alpha proteobacterium sp dari Sinularia sp yang diambil dari Laut Jawa ditemukan juga memiliki potensi aktivitas antibakteri (Sulistiyani et al. 2010). Hal ini berbeda dengan isolat bakteri dari Nephtheidae sp dan Sarcophyton sp yang dikultur
menunjukkan tidak memiliki aktivitas antibakteri, begitu juga dengan sampel
Sinularia sp yang diambil dari lapangan (Chen et al. 2012b)
Di sisi lain, isolat bakteri simbion lebih banyak ditemukan pada mucus karang keras dibandingkan karang lunak (Shnit-Orland dan Kushmaro 2008). Aktivitas daya hambat bakteri simbion ditemukan lebih kuat terhadap bakteri gram negatif dibandingkan dengan bakteri gram positif (Chen et al. 2012b).
Kandungan senyawa aktif diterpen Sinularin pada S. flexibilis diproduksi oleh bakteri simbionnya P. diminuta (A1), dimana senyawa ini menunjukkan peran sebagai antibakteri. Senyawa diterpen Flexibilide dan Sinulariolide yang diproduksi dari S. flexibilis memiliki aktivitas antimikrobial dengan nilai konsentrasi hambat minimum Flexibilide adalah 5 ppm dengan zona hambat mencapai 25 mm, sedangkan Sinulariolide zona hambat berkisar 12-13 mm (Aceret et al. 1995).
Peran secara ekologi, karang lunak dan keras dapat mempengaruhi kimia larva karang lainnya, interaksi antifouling dan alelopati. Senyawa aktif diterpenes flexibilide (26), dihydro-flexibilide (27), dan sinulariolide (28) dari S. flexibilis
telah diketahui toksik terhadap pembuahan telur karang keras Montipora digitata
dan Acropora tenuis selama 24 jam pertama, tetapi tidak terhadap sperma, telur yang tidak dibuahi, atau larva planula (Aceret et al. 1995). Senyawa diterpen sinularin yang dikandung oleh spesies S. flexibilis juga dilaporkan memiliki aktivitas sebagai antifouling (Changyun et al. 2008). Metabolit sekunder yang diperoleh dari organisme laut ini sering berasal dari alga simbiotik dan / atau bakteri simbiosis (Fukatsu et al. 2007; Kita et al. 2010).