Lampiran 1. Silabus Mata Kuliah
PUSTAKA PENDUKUNG
UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN FAKULTAS BIOLOGI
PROGRAM STUDI ILMU BIOLOGI (S-3) SILABUS SINGKAT MATA KULIAH Nama Bioinformatika Kode B3W1103 Kredit 3 sks Semester 1
DESKRIPSI MATA KULIAH
Mata Kuliah Bioinformatika adalah mata kuliah interdisipliner pendukung penelitian yang dilakukan oleh kandidat doktor. Bahasan kuliah meliputi penggunaan aplikasi teknologi komputer dalam penelitian biologi yang meliputi pemahaman konsep dan algoritma serta konversi bigdata hasil penelitian biosains ke dalam database dan melakukan organisasi, visualisai, dan interpretasi data menjadi informasi yang bisa dipahami; termasuk di antaranya adalah rekonstruksi filogenetik, dan analisis genetika populasi. Pembelajaran dilakukan melalui penelusuran referensi, penyusunan artikel ilmiah, dan presentasi oral.
CAPAIAN PEMBELAJARAN LULUSAN PRODI YANG DIBEBANKAN PADA MATAKULIAH
P1 Menguasai filosofi keilmuan biologi dalam menemukan konsep untuk pengelolaan biodiversitas tropis
P2 Menguasai filosofi keilmuan biologi dalam mengembangkan konsep untuk pengelolaan biodiversitas tropis
P3 Menguasai filosofi keilmuan biologi dalam mengintegrasikan konsep-konsep untuk pengelolaan biodiversitas tropis
P4 Menguasai keterampilan dalam menemukan dan mengembangkan metode untuk pengelolaan biodiversitas tropis
KU1 Mampu menemukan teori baru atau mengembangkan konsep teoritis melalui literasi data dan literasi teknologi serta literasi manusia yang berkontribusi pada pengembangan serta pengamalan ilmu pengetahuan dan/atau teknologi dengan memperhatikan dan menerapkan nilai humaniora di bidang Biologi
KU2 Mampu menghasilkan penelitian ilmiah mutakhir interdisiplin, multidisiplin atau transdisiplin berdasarkan metodologi ilmiah, pemikiran logis, kritis, sistematis, dan kreatif yang dituangkan dalam bentuk disertasi, dan makalah yang diterbitkan di jurnal internasional bereputasi
KU3 Mampu mengembangkan pengetahuan baru di dalam bidang
biodiversitas tropis dan praktek profesionalnya melalui riset, hingga menghasilkan karya kreatif, original, dan teruji
KU4 Mampu mengembangkan dan/atau menghasilkan penyelesaian masalah di bidang biodiversitas tropis, berdasarkan hasil kajian tentang
ketersediaan sumberdaya internal maupun eksternal
KU5 Mampu menunjukkan kepemimpinan akademik dalam pengelolaan, pengembangan dan pembinaan sumberdaya serta organisasi yang berada dibawah tanggung jawabnya;
KU6 Mampu bekerja berdasarkan informasi yang tersedia pada big data melalui penguasaan literasi data, teknologi, dan literasi manusia KU7 Mampu mengembangkan dan memelihara hubungan kolegial dan
kesejawatan di dalam lingkungan sendiri atau melalui jaringan kerjasama dengan komunitas peneliti di luar lembaga
KU8 Mampu melakukan transfer ilmu dan teknologi tentang biodiversitas tropis untuk pemangku kepentingan
KU9 Mampu melakukan diseminasi dan publikasi hasil penelitian dan pengembangan dalam bidang biodiversitas tropis sesuai kompetensi khususnya, baik pada forum nasional dan internasional maupun pada jurnal ilmiah nasional terakreditasi dan internasional bereputasi KK1 Mampu memanfaatkan literasi data, teknologi, dan literasi manusia
untuk mendukung penelitian disertasi doktor bidang biodiversitas tropis
KK2 Mampu memanfaatkan literasi data dan literasi teknologi untuk
menyelesaikan permasalahan dalam bidang biodiversitas tropis melalui pendekatan inter-, multi-, dan trans-disiplin
KK3 Mampu memanfaatkan literasi teknologi secara komprehensif untuk melakukan analisis dengan berbagai metode guna memecahkan permasalahan terkait dengan biodiversitas tropis
KK4 Mampu mengembangkan kompetensi transfer ilmu pengetahuan bidang biodiversitas tropis dengan memanfaatkan literasi data, teknologi, dan literasi manusia kepada semua pemangku kepentingan
KK5 Mampu mendiseminasikan hasil penelitian bidang biodiversitas tropis dengan memanfaatkan literasi data, teknologi, dan literasi manusia kepada semua pemangku kepentingan
CAPAIAN PEMBELAJARAN MATA KULIAH (CPMK)
CPMK1 Mahasiswa menguasai filosofi keilmuan biologi dalam menemukan konsep untuk pengelolaan biodiversitas tropis melalui literasi data dan literasi teknologi serta literasi manusia menggunakan bioinformatika [P1]
CPMK2 Mahasiswa menguasai filosofi keilmuan biologi dalam mengembangkan konsep untuk pengelolaan biodiversitas tropis melalui literasi data dan literasi teknologi serta literasi manusia menggunakan bioinformatika [P2]
CPMK3 Mahasiswa menguasai filosofi keilmuan biologi dalam mengintegrasikan konsep-konsep untuk pengelolaan biodiversitas tropis melalui literasi data dan literasi teknologi serta literasi manusia menggunakan bioinformatika [P3]
CPMK4 Mahasiswa menguasai keterampilan dalam menemukan dan
mengembangkan metode untuk pengelolaan biodiversitas tropis melalui literasi data dan literasi teknologi serta literasi manusia menggunakan bioinformatika [P4]
CPMK5 Mahasiswa mampu menemukan teori baru atau mengembangkan konsep teoritis melalui literasi data dan literasi teknologi serta literasi manusia yang berkontribusi pada pengembangan serta pengamalan ilmu pengetahuan dan/atau teknologi dengan memperhatikan dan menerapkan nilai humaniora di bidang Biologi menggunakan bioinformatika [KU1]
CPMK6 Mahasiswa mampu menghasilkan penelitian ilmiah mutakhir
interdisiplin, multidisiplin atau transdisiplin berdasarkan metodologi ilmiah, pemikiran logis, kritis, sistematis, dan kreatif yang dituangkan dalam bentuk disertasi, dan makalah yang diterbitkan di jurnal internasional bereputasi menggunakan bioinformatika [KU2]
CPMK7 Mahasiswa mampu mengembangkan pengetahuan baru di dalam bidang biodiversitas tropis dan praktek profesionalnya melalui riset, hingga menghasilkan karya kreatif, original, dan teruji menggunakan bioinformatika [KU3]
CPMK8 Mahasiswa mampu mengembangkan dan/atau menghasilkan
penyelesaian masalah di bidang biodiversitas tropis, berdasarkan hasil kajian tentang ketersediaan sumberdaya internal maupun eksternal menggunakan bioinformatika [KU4]
CPMK9 Mahasiswa mampu menunjukkan kepemimpinan akademik dalam pengelolaan, pengembangan dan pembinaan sumberdaya serta
organisasi yang berada dibawah tanggung jawabnya dalam pemanfaatan dan pengembangan bioinformatika [KU5]
CPMK10 Mahasiswa mampu bekerja berdasarkan informasi yang tersedia pada big data melalui penguasaan literasi data, teknologi, dan literasi manusia melalui bioinformatika [KU6]
CPMK11 Mahasiswa mampu mengembangkan dan memelihara hubungan kolegial dan kesejawatan di dalam lingkungan sendiri atau melalui jaringan kerjasama dengan komunitas peneliti di luar lembaga dalam pemanfaatan dan pengembangan bioinformatika [KU7]
CPMK12 Mahasiswa mampu melakukan transfer ilmu dan teknologi bioinformatika tentang biodiversitas tropis untuk pemangku kepentingan [KU8]
CPMK13 Mahasiswa mampu melakukan diseminasi dan publikasi hasil penelitian bioinformatika dan pengembangan dalam bidang biodiversitas tropis sesuai kompetensi khususnya, baik pada forum nasional dan
internasional maupun pada jurnal ilmiah nasional terakreditasi dan internasional bereputasi [KU9]
CPMK14 Mahasiswa mampu memanfaatkan literasi data, teknologi, dan literasi manusia untuk mendukung penelitian disertasi doktor bidang
biodiversitas tropis menggunakan bioinformatika [KK1]
CPMK15 Mahasiswa mampu memanfaatkan literasi data dan literasi teknologi untuk menyelesaikan permasalahan dalam bidang biodiversitas tropis melalui pendekatan inter-, multi-, dan trans-disiplin menggunakan bioinformatika [KK2]
CPMK16 Mahasiswa mampu memanfaatkan literasi teknologi secara komprehensif untuk melakukan analisis dengan berbagai metode khususnya bioinformatika guna memecahkan permasalahan terkait dengan biodiversitas tropis [KK3]
CPMK17 Mahasiswa mampu mengembangkan kompetensi transfer ilmu
pengetahuan bioinformatika dalam bidang biodiversitas tropis dengan memanfaatkan literasi data, teknologi, dan literasi manusia kepada semua pemangku kepentingan [KK4]
CPMK18 Mahasiswa mampu mendiseminasikan hasil penelitian bidang biodiversitas tropis yang dilakukan dengan bioinformatika dengan memanfaatkan literasi data, teknologi, dan literasi manusia kepada semua pemangku kepentingan [KK5]
MATERI PEMBELAJARAN (teknik pembelajaran mandiri)
1 Referensi mata kuliah 2 Penugasan dari dosen
3 Referensi yang digunakan untuk penyusunan ujian kualifikasi dan seminar proposal
PUSTAKA UTAMA
1 Gollery M. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, David W. Mount. Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004, 692 pp., $75.00, paperback. ISBN 0-87969-712-1. Clinical Chemistry. 2005 Nov 1;51(11):2219-.
PUSTAKA PENDUKUNG
1 Swofford DL. PAUP: Phylogenetic Analysis Using Parsimony, Version 4.0 b10 Sinauer Associates. Inc., Sunderland, MA. 1998.
2 Kumar S, Stecher G, Li M, Knyaz C, Tamura K. MEGA X: molecular evolutionary genetics analysis across computing platforms. Molecular biology and evolution. 2018 Jun 1;35(6):1547-9.
3 Schneider S, Roessli D, Excoffier L. Arlequin ver. 2.000. A software for population genetics data analysis. Genetics and Biometry Laboratory, University of Geneva, Switzerland. 2000 Mar.
UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN FAKULTAS BIOLOGI
PROGRAM STUDI ILMU BIOLOGI (S-3) SILABUS SINGKAT
MATA