Disparitas pembangunan ekonomi antar wilayah kabupaten/kota di Provinsi Papua Barat merupakan fenomena umum yang terjadi dalam proses pembangunan ekonomi daerah. Perbedaan PDRB per kapita, Jumlah Penduduk dan IPM merupakan faktor utama penyebab disparitas meskipun diluar model kondisi geografi dan potensi sumberdaya ekonomi wilayah, mobilitas barang dan jasa, konsentrasi kegiatan ekonomi dan aspek sejarah turut berperan dalam pembentukan disparitas pembangunan wilayah.
Berdasarkan hasil analisis sebelumnya bahwa perkembangan wilayah di Provinsi Papua Barat terus menunjukan trend yang positif selama periode penelitian, terlihat dari menaiknya nilai indeks entropi wilayah baik di tingkat kabupaten/kota maupun di tingkat provinsi. Disparitas pembangunan yang diukur dengan Indeks Williamson dan Indeks Theil juga menunjukan perkembangan yang semakin membaik (disparitas terus mengalami penurunan selama periode penelitian) dalam wilayah pengembangan maupun antar wilayah pengembangan. Untuk mempertahankan kondisi perekonomian dan disparitas pembangunan wilayah yang konvergen perlu dilakukan peningkatan diversifikasi dengan mendorong investasi terhadap sektor-sektor perekonomian di Provinsi Papua Barat, terutama sektor pertanian, sektor pertambangan dan penggalian, sektor
industri pengolahan dan sektor jasa, sektor bangunan dan kontruksi serta sektor perdagangan hotel dan restoran.
Ketimpangan proporsional pada PDRB per kapita menunjukan ketidakmerataan, tingginya produktifitas penduduk bekerja yang datang dari luar wilayah Provinsi Papua Barat dengan skill dan ketrampilan yang lebih baik telah memberikan kontribusi nyata terhadap pertumbuhan perekonomian daerah. Namun untuk menghindari kecemburuan sosial dengan penduduk asli yang justru bisa mengakibatkan divergensi pembangunan wilayah akibat adanya gap kesejahteraan, pemerintah daerah seharusnya memberikan perhatian yang afirmatif dan proporsional serta tidak diskriminatif kepada masyarakat lokal dalam memacu perkembangan perekonomian wilayah. Demikian pula dengan populasi penduduk yang tidak berimbang antar kabupaten/kota khususnya konsentrasi penduduk pada Kabupaten Manokwari sebagai ibu kota Provinsi Papua Barat dan Kota Sorong sebagai pusat jasa. Kebijakan dapat dilakukan oleh pemerintah daerah kabupaten/kota dalam menanggulangi konsentrasi penduduk dengan menciptakan iklim investasi yang kondusif di daerah kabupaten/kotanya sehingga mampu merangsang masuknya investor ke daerah tersebut dan mempengaruhi kenaikan mobilitas penduduk baik dari dalam maupun dari luar kabupaten/kota. Selain itu pemerataan konsentrasi penduduk dapat pula dilakukan melalui transmigrasi lokal antar wilayah kabupaten/kota di Provinsi Papua Barat. Akses masyarakat perlu ditingkatkan terhadap fasilitas kesehatan dan pendidikan umum dengan penyediaan sarana dan prasarana pendidikan dan kesehatan yang lebih memadai. Mengantisipasi kebocoran wilayah kabupaten/kota (brain drain) dari segi sumber daya manusia ke wilayah lainnya, dapat dilakukan oleh pemerintah daerah kabupaten/kota maupun pihak swasta dengan merangsang terciptanya lapangan pekerjaan baru dengan memanfaatkan sumber daya lokal (sumber daya manusia dan sumber daya alam).
Sektor unggulan untuk tiap wilayah kabupaten/kota dapat berbeda tetapi hal itu berdampak pada keterkaitan regional secara horisontal sebagai basis pengembangan wilayah. Untuk terus meningkatkan perkembangan wilayah dan mengurangi disparitas pembangunan di Provinsi Papua Barat kedepan dilakukan dengan mengedepankan keterkaitan wilayah antara lain dengan mendorong
pemerataan investasi pada semua sektor perekonomian dan semua wilayah secara simultan sehingga infrastruktur wilayah bisa berkembang, sesuai dengan penelitian yang dilakukan oleh Sodik dan Nuryadin (2005) bahwa investasi baik melalui Penanaman Modal Dalam Negeri maupun Penanaman Modal Asing sangat berpengaruh positif terhadap pertumbuhan ekonomi regional. Strategi pembangunan wilayah dapat diarahkan kepada pembangunan regional berbasis pada pemanfaatan sumberdaya wilayah/kawasan baik sektor maupun sub sektor berdasarkan keunggulan komparatif dan kompetitif di masing-masing wilayah.
Selama periode penelitian, pembangunan wilayah di Provinsi Papua Barat berdasarkan keunggulan komparatif dan kompetitif telah menunjukan pertumbuhan yang pesat dan cepat atau merupakan kawasan yang berpotensi tumbuh dengan cepat sehingga memerlukan prioritas penanganan yang terus menerus dalam jangka pendek, jangka menengah dan jangka panjang. Aspek- aspek lainnya yang perlu diperhatikan oleh pemerintah daerah dalam keberimbangan pembangunan wilayah (regional balance) dalam jangka pendek, jangka menengah dan jangka panjang adalah pemanfaatan sumberdaya alam, tingkat kemiskinan, tata kelola dan kelembagaan. Meskipun tidak dibahas dalam hasil penelitian ini namun kedepannya sangat berkaitan dengan keberlanjutan pembangunan suatu wilayah sesuai dengan Millenium Development Goals (MDGs) bahwa pengelolaan sumberdaya alam yang berkelanjutan juga menuntut perlakuan dan cara pandang yang berbeda untuk berbagai karakteristik sumberdaya alam. Fauzi (2006), mengatakan bahwa pembangunan ekonomi yang berbasis sumberdaya alam yang tidak memperhatikan aspek lingkungan pada dasarnya akan memberikan dampak negatif pada lingkungan dan memperbesar disparitas pembangunan. Hal ini disebabkan karena perkembangan ekonomi dalam konteks regional akan sangat dibatasi oleh ketersediaan sumberdaya alam, dengan kata lain ketersediaan sumberdaya alam yang terbatas menyebabkan arus barang dan jasa yang dihasilkan dari sumberdaya alam tidak akan bisa dilakukan secara terus menerus dalam suatu proses pembangunan. Pengelolaan sumberdaya alam dalam proses pembangunan juga sangat ditentukan oleh sikap mental dan cara pandang manusia tehadap sumberdaya alam tersebut. Pandangan yang konservatif akan menyebabkan sikap manusia yang sangat berhati-hati didalam
memanfaatkan sumberdaya alam dan sebaliknya untuk pandangan yang eksploitatif.
Selain itu fungsi dan peranan kelembagaan (institution) sebagai aturan main (rule of game) dan organisasi, berperan penting dalam tata kelola alokasi sumberdaya secara efisien, merata dan berkelanjutan yang meliputi akuntabilitas, transparansi dan partisipasi masyarakat. Kelembagaan organisasi yang berbasis masyarakat lokal dapat diarahkan untuk pengembangan ekonomi lokal (local economic development) yaitu dengan mengembangkan kapasitas dan kegiatan ekonomi masyarakat di daerah untuk meningkatkan derajat kemajuan ekonomi wilayah dan mengurangi disparitas pembangunan ekonomi secara keseluruhan di masing-masing kabupaten/kota di Provinsi Papua Barat. Bertitik tolak dari kondisi tersebut, maka paradigma baru pendekatan pembangunan wilayah dalam mengurangi disparitas adalah upaya memperkuat kemampuan masyarakat lokal (local institution) dengan menumbuhkan inisiatif dan prakarsa sesuai dengan local knowledge yang dimiliki oleh masyarakat.
Pembangunan ekonomi di Provinsi Papua Barat harus mengupayakan agar kualitas hidup manusia sebagai individu atau masyarakat di daerah harus terus menerus meningkat. Pembangunan menghendaki terjadinya peningkatan kualitas hidup penduduk yang lebih baik secara fisik, mental maupun spiritual. Bahkan secara ekplisit pembangunan yang dilakukan menitik beratkan pada pembangunan sumberdaya manusia secara fisik dan mental mengandung makna peningkatan kapasitas dasar penduduk yang kemudian akan memperbesar kesempatan untuk dapat berpartisipasi dalam proses pembangunan yang berkelanjutan.