1. Penelitian lebih lanjut dapat dilakukan dengan menggunakan marker dari mitokondria DNA selain gen sitokrom b
2. Penelitian lebih lanjut dapat dilakukan menggunakan metode PCR seperti droplet digital (ddPCR) yang mampu mendeteksi secara akurat dan sensitif meskipun melalui proses pemanasan dan tekanan dalam daging olahan
DAFTAR PUSTAKA
Aini, A.N., Ria, P., Aminin, A.L.N., 2011. Pemurnian DNA Plasmid Puc19 Menggunakan Kolom Silika dengan Denaturan Urea. Jurnal Sains dan Matematika, 19(2), 47–53.
Andriyani, E., Fais, N.L., Muarifah, S., 2019. Perkembangan Penelitian Metode Deteksi Kandungan Babi untuk Menjamin Kehalalan Produk Pangan Olahan. Journal of Islamic Studies and Humanities, 4(1), 104–126.
Bintang, M., 2018. Biokimia : Teknik Penelitian, 2nd ed. Penerbit Erlangga, Jakarta.
Butler, J.M., 2005. Forensic DNA Typing, Elsevier Academic Press.
Cahyono, H.B., Yuliastuti, R., Amanati, L., 2018. Pengaruh Penggorengan Terhadap Kandungan Nitrit Dalam Kornet. Jurnal Teknologi Proses dan Inovasi Industri, 3(2), 57–62.
Calderón-Franco, D., Lin, Q., van Loosdrecht, M.C.M., Abbas, B., Weissbrodt, D.G., 2020. Anticipating Xenogenic Pollution at the Source: Impact of Sterilizations on DNA Release From Microbial Cultures. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 8(171), 1–13.
Chandrika, M., Maimunah, M., Zainon, M.., Son, R., 2010. Identification of The Species Origin of Commercially Available Processed Food Products by Mitochondrial DNA Analysis. International Food Research Journal, 17(1), 867–875.
Che Man, Y.B., Aida, A.A., Raha, A.R., Son, R., 2007. Identification of Pork Derivatives in Food Products by Species-Specific Polymerase Chain Reaction (PCR) for Halal Verification. Food Control, 18(7), 885–889.
Che Man, Y.B., Mustafa, S., Khairil Mokhtar, N.F., Nordin, R., Sazili, A.Q., 2012. Porcine-Specific Polymerase Chain Reaction Assay Based on Mitochondrial D-loop Gene for Identification of Pork in Raw Meat. International Journal of Food Properties, 15(1), 134–144.
Crisafuli, F.A.P., Ramos, E.B., Rocha, M.S., 2015. Characterizing the Interaction between DNA and GelRed Fluorescent Stain. European Biophysics Journal, 44(1), 1–7.
Desler, C., Marcker, M.L., Singh, K.K., Rasmussen, L.J., 2011. The Importance of Mitochondrial DNA in Aging and Cancer. Journal of Aging Research, 2011(17), 1–10.
Erwanto, Y., 2018. Molecular Based Method Using PCR Technology on Porcine Derivative Detection for Halal Authentication, in: Abdurakhmonov, I. (Ed.), Genotyping. IntechOpen, pp. 65–84.
Fadhlurrahman, Wardani, A.K., Endrika, W., 2015. Deteksi Gelatin Babi Pada Soft Candy Menggunakan Metode PCR-RFLP Sebagai Salah Satu Pembuktian Kehalalan Pangan. Jurnal Teknologi Pertanian, 16(2), 81–88. Farias, I.P., Ortí, G., Sampaio, I., Schneider, H., Meyer, A., 2001. The
Cytochrome b Gene as a Phylogenetic Marker: The Limits of Resolution for Analyzing Relationships Among Cichlid Fishes. Journal of Molecular Evolution, 53(2), 89–103.
33
Farmawati, D., Wirajana, I., Chandra Yowani, S., 2015. Perbandingan Kualitas Dna Dengan Menggunakan Metode Boom Original Dan Boom Modifikasi Pada Isolat Mycobacterium Tuberculosis 151. Jurnal Kimia, 9(1), 41–46. Fatchiyah, Arumingtyas, E.L., Widyarti, S., Rahayu, S., 2011. Biologi Molekular
Prinsip Dasar Analisis.
Fibriana, F., Widianti, T., Retnoningsih, A., Susanti, 2012. Deteksi Daging Babi Pada Produk Bakso di Pusat Kota Salatiga Menggunakan Teknik Polymerase Chain Reaction. Biosantifika, 4(2), 106–112.
Fitrilia, Deswinar, Raihana, N., 2017. Deteksi Kandungan Gen Sitokrom b (Cyt b) Babi pada Bakso yang Beredar di Kota Jambi Menggunakan Teknik Polymerase Chain Reaction 6(01), 21–25.
Fitriya, R.T., Ibrahim, M., Lisdiana, L., 2015. Keefektifan Metode Isolasi DNA Kit dan CTAB/NaCl yang Dimodifikasi pada Staphylococcus aureus dan Shigella dysentriae. LenteraBio, 4(1), 87–92.
Gao, L., Xia, W., Ai, J., Li, M., Yuan, G., Niu, J., Fu, G., Zhang, L., 2015. Development of Multiplex PCR Assay for Authentication of Cornu Cervi Pantotrichum in Traditional Chinese Medicine Based on Cytochrome b and C oxidase Subunit 1 Genes. The Journal of DNA Mapping, Sequencing, and Analysis, 27(4), 2989–2992.
Gay, L.R., Mills, G.E., Airasian, P.W., 2012. Educational Research : Competencies for Analysis and Applications. Pearson, New Jersey.
Hariyadi, S., Narulita, E., Rais, M.A., 2018. Perbandingan Metode Lisis Jaringan Hewan dalam Proses Isolasi DNA Genom pada Organ Liver Tikus Putih ( Rattus norvegicus ) The Comparison Lysis Methods of Animal Tissue in Genomic DNA Isolation Process in Liver Organ of White Rat ( Rattus Norvegicus ). Proceeding Biology Education Conference, 15(1), 689–692. Hidayat, T., 2017. DNA Mitokondria (mtDNA) Sebagai Salah Satu Pemeriksaan
Alternatif Untuk Identifikasi Bayi Pada Kasus Infantisida. Jurnal Kesehatan Andalas, 6(1), 213–221.
Hidayati, H., Saleh, E., Aulawi, T., 2016. Identifikasi Keragaman Gen BMPR-1B (Bone Morphogenetic Protein Receptor IB) pada Ayam Arab, Ayam Kampung dan Ayam Ras Petelur Menggunakan PCR-RFLP. Jurnal Peternakan, 13(1), 1.
Hutami, R., Bisyri, H., Sukarno, S., Nuraini, H., Ranasasmita, R., 2018. Ekstraksi DNA dari Daging Segar untuk Analisis dengan Metode Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP). Jurnal Agroindustri Halal, 4(2), 209– 216.
Iqbal, M., Buwono, I.D., Kurniawati, N., 2016. Analisis Perbandingan Metode Isolasi DNA Untuk Deteksi White Spot Syndrome Virus (WSSV) pada Udang Vaname (Litopenaeus vannamei). Jurnal Perikanan Kelautan, 7(1), 54–65.
Irekhore, O.T., 2012. General Overview of Pig Production, Enterprise Selection Establishment.
Irianto, K., 2017. Biologi Molekuler. Penerbit Alfabeta, Bandung.
Jain, S., Brahmbhatt, M.N., Rank, D.N., Joshi, C.G., Solanki, J. V., 2007. Use of cytochrome b gene variability in detecting meat species by multiplex PCR
assay. Indian Journal of Animal Sciences, 77(9), 880–881.
Kamaliah, K., 2017. Perbandingan Metode Ekstraksi Dna Phenol-Chloroform Dan Kit Extraction Pada Sapi Aceh Dan Sapi Madura. BIOTIK: Jurnal Ilmiah Biologi Teknologi dan Kependidikan, 5(1), 60.
Lackie, J.M., Blackshaw, S.., Brett, C.., Curtis, A.S.G., Dow, J.A.T., Edwards, J.G., Lawrence, A.J., Moores, G.R., 2007. The Dictionary of Cell and Molecular Biology, 4th ed. Academic Press, California.
Ladoukakis, E.D., Zouros, E., 2017. Evolution and Inheritance of Animal Mitochondrial DNA: Rules and Exceptions. Journal of Biological Research-Thessaloniki, 24(2), 1–7.
Langga, I.F., Restu, M., Kuswinanti, T., 2012. Optimalisasi suhu dan Lama Inkubasi dalam Ekstraksi DNA Tanaman Bitti (Vitex cofassus Reinw) serta Analisis Keragaman Genetik dengan Teknik RAPD-PCR. Jurnal Sains & Teknologi, 12(3), 265–276.
Maftuchah, Winaya, A., Zainudin, A., 2014. Teknik Dasar Analisis Biologi Molekuler. deepublish, Yogyakarta.
Maitriani, L.K.B., Wirajana, I.N., Yowani, S.C., 2015. Desain Primer untuk Amplifikasi Fragmen Gen inhA Isolat 134 Multidrug Resistance Tuberculosis (MDR-TB) dengan Metode Polymerase Chain Reaction. Cakra Kimia (Indonesian E-Journal of Applied Chemistry), 3(2), 89–96.
Marwayana, O.N., 2015. Ekstraksi Asam Deoksiribonukleat (DNA) dari Sampel Jaringan Otot. Oseana, 15(2), 1–9.
Matsunaga, T., Chikuni, K., Tanabe, R., Muroya, S., Shibata, K., Yamada, J., 1999. A Quick and Simple Method For The Identification of Meat Species and Meat Products by PCR Assay 51(1), 143–148.
Mulyani, Y., Purwanto, A., Nurruhwati, I., 2011. Perbandingan Beberapa Metode Isolasi Dna Untuk Deteksi Dini Koi Herpes Virus (Khv) Pada Ikan Mas (Cyprinus Carpio L.). Jurnal Akuatika Indonesia, 2(1), 244185.
NCBI, 2013. Sus scrofa Mitochondrion Complete Genome. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000845.1?report=genbank,
diakses pada tanggal 15 Desember 2020
NCBI, 2009. Bos Taurus Mitochondrion, Complete Genome. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_006853.1?report=fasta&from=14 514&to=15653, diakses pada tanggal 14 Mei 2021
Nollet, L.M.L., Toldrá, F., 2011. Safety Analysis of Foods of Animal Origin. CRC Press, New York.
Novitasari, D.A., Elvyra, R., Roslim, D.I., 2014. Teknik Isolasi dan Elektroforesis DNA Total Pada Kryptopterus apogon (Bleeker 1851) dari Sungai Kampar Kiri dan Tapung Hilir Kabupaten Kampar Provinsi Riau. Jurnal Online Mahasiswa FMIPA, 1(2), 258–261.
Prakoso, S.P., Wirajana, I.N., Suarsa, I.W., 2016. Amplifikasi Fragmen Gen 18S rRNA Pada DNA Metagenomik Madu Dengan Teknik PCR (Polymerase Chain Reaction). Indonesian Journal of Legal and Forensic Sciences, 2(3), 45–47.
Primasari, A., 2011. Sensitivitas Gen Sitokrom B ( Cyt b ) Sebagai Marka Spesifik Pada Genus Rattus dan Mus Untuk Menjamin Keamanan Pangan.
35
Puspitasari, R.L., Elfidasari, D., Perdana, A.T., 2019. Deteksi Kandungan Babi pada Makanan Berbahan Dasar Daging di Kampus Universitas Al Azhar Indonesia. Jurnal Al-Azhar Indonesia Seri Sains dan Teknologi, 5(2), 66. Rachmawati, Y., Rokhim, S., Munir, M., Agustina, E., 2018. Deteksi Kontaminan
Fragmen DNA Pengkode cyt b Babi Pada Sampel Softgelcandy Tak Berlabel Halal. Indonesia Journal of Halal, 1(1), 25–30.
Rahayu, W.P., Dianti, A.R.W., Nurjanah, S., Pusparini, N., Adhi, W., 2020. Detection of DNA Pork in Processed Meat Products with Real-Time Polymerase Chain Reaction. Food Research, 4(5), 1719–1725.
Rau, C.H., Yudistira, A., Simbala, H.E.I., 2018. Isolasi, Identifikasi Secara Molekuler Menggunakan Gen 16S rRNA, Dan Uji Aktivitas Antibakteri Bakteri Simbion Endofit Yang Diisolasi Dari Alga Halimeda opuntia. Pharmacon, 7(2), 53–61.
Solihin, D.D., 1994. Peran DNA Mitokondria (mtDNA) dalam Studi Keragaman Genetik dan Biologi Populasi pada Hewan. HAYATI Journal of Biosciences, 1(1).
Swindle, M.M., 2007. Swine in The Laboratory.
Utami, S.T., Kusharyati, D.F., Pramono, H., 2013. Pemeriksaan Bakteri Leptospira pada Sampel Darah Manusia Suspect Leptospirosis menggunakan Metode PCR (Polymerase Chain Reaction). Balaba, 9(02), 74–81.
Wandia, I.N., 2001. Genome Mitokondria. Jurnal Veteriner,.
Wardani, A.K., Sari, E.P.K., 2015. Deteksi Molekuler Cemaran Daging Babi pada Bakso Sapi di Pasar Tradisional Kota Malang Menggunakan PCR (Polymerase Chain Reaction). Jurnal Pangan dan Agroindustri, 3(4), 1294– 1301.
Widayanti, R., Solihin, D.D., Sajuthi, D., 2004. Kajian Penanda Genetik Gen Cytochrome B pada Tarsius sp. Jurnal Sain Veteriner, 24(1), 1–8.
Widowati, E.W., 2013. Desain Primer Sitokrom B (cyt b) Sebagai Salah Satu Komponen PCR (Polymerase Chain Reaction) Untuk Deteksi DNA Babi, Laporan Penelitian Individual.
Wijaya, H., Darmawati, S., Kartika, A.I., 2018. Deteksi Daging Babi pada Tiga Merek Kornet Sapi Berdasarkan Gen Cytochrome b dengan Metode PCR. Prosiding Seminar Nasional Mahasiswa Unimus, 1(1), 157–162.
Zulfahmi, 2015. Deteksi Kontaminan Babi Pada Produk Makanan Menggunakan Teknologi DNA Molekuler. Kutubkhanah: Jurnal Penelitian Sosial Keagamaan,.
37
Lampiran 1. Perhitungan Jumlah Sampel
Menurut Gay dkk. (2012), penentuan jumlah sampel pada penelitian deskriptif, yaitu minimal 10% dari jumlah populasi yang luas, dan minimal 20% dari jumlah populasi yang relatif kecil (kurang dari sama dengan 30). Berdasarkan hasil survey terkait jumlah populasi kornet sapi yang tersebar di Daerah Istimewa Yogyakarta yaitu 19-23 merk, sehingga perhitungan sampelnya sebagai berikut.
20% × 19-23 merk = 3,8-4,6 merk ~ 3-5 merk
Jumlah sampel yang digunakan pada penelitian ini adalah 5 merk kornet sapi. Dengan demikian, jumlah ini sudah memenuhi persyaratan sampel untuk penelitian deskriptif. Hal ini diperkuat pada penelitian Wijaya dkk. (2018) yang juga merupakan penelitian deskriptif menggunakan 3 sampel kornet sapi, dimana jumlah 3 ini sudah berada di rentang populasi sampel kornet sapi pada perhitungan di atas.
Lampiran 2. Hasil elektroforesis isolat DNA
39
Lampiran 3. Hasil elektroforesis Produk PCR
43
45
BIOGRAFI PENULIS
Penulis skripsi dengan judul “Identifikasi Gen Sitokrom b (Cyt b) Babi Hutan Pada Kornet Sapi di Yogyakarta dengan Metode Polymerase Chain Reaction” memiliki nama lengkap Laurensia Kusumaningtyas Theodorus. Penulis lahir di Sorong pada tanggal 11 September 1999 dan merupakan anak kedua dari pasangan Hengky Theodorus dan Skolastika Anugerah Witanti. Pendidikan formal yang telah ditempuh penulis yaitu TK Santa Agnes Kota Sorong (2003-2005), SD Willibrordus I Kota Sorong (2005-2011), SMP YPPK St. Don Bosco Kota Sorong (2011-2014) dan SMA YPPK Agustinus Kota Sorong (2014-2017). Penulis melanjutkan pendidikan sarjana S1 pada tahun 2017 di Fakultas Farmasi Universitas Sanata Dharma Yogyakarta. Selama masa perkuliahan, penulis aktif mengikuti organisasi dan kegiatan kemahasiswaan. Organisasi yang diikuti penulis adalah Unit Kegiatan Mahasiswa (UKM) Jalinan Kasih Mahasiswa Katolik (JKMK) sebagai Wakil Ketua UKM JKMK periode 2018/2019 dan Badan Eksekutif Mahasiswa Farmasi (BEMF) sebagai contact person BEMF sekaligus koordinator Hubungan Masyarakat periode 2018/2019 serta sebagai wakil gubernur eksternal BEMF periode 2019/2020. Kegiatan kemahasiswaan yang pernah diikuti penulis seperti anggota Divisi Acara Pelepasan Wisuda II 2017, anggota Divisi Bandzen TITRASI 2018, anggota Divisi Pendamping Kelompok TITRASI 2019 dan steering committee FACTION#4 2019. Penulis juga aktif mengikuti Unit Kegiatan Fakultas (UKF) Paduan Suara Farmasi (PSF) “Veronika” dan berpartisipasi dalam lomba Vocal Group pada acara USD Talent 2019 dan berhasil meraih juara 1. Penulis juga berpartisipasi dalam kegiatan Pengabdian Masyarakat sebagai Volunteer Traditional Medicine Campaign 2017 dan pernah menjadi salah satu peserta Student Exchange Program 2020 di Mahasarakham University (MSU) Thailand. Selain itu, penulis aktif sebagai asisten dosen dalam Praktikum Biologi Sel Molekuler 2018 dan 2019, Praktikum Mikrobiologi 2019 dan 2021, dan Praktikum Pharmaceutical Care 3 2021.