BAB 6 KESIMPULAN DAN SARAN
6.2 Saran
Mengidentifikasi jenis kelamin pada burung tidak dapat dilakukan hanya dengan melihat karakteristik eksternal tetapi harus didukung dengan metode PCR terutama pada jenis burung monomorfik.
RINGKASAN
Yustisianti Fitrian. Penelitian dengan judul “ IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus
undulatus) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE
PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)” dibawah Prof. Dr. Fedik A. Rantam, drh selaku pembimbing utama dan Dr. Abdul Samik, drh., M.Si selaku pembimbing serta. Penelitian ini bertujuan untuk membuktikan bahwa sampel bulu dari burung parkit dapat mengidentifikasi gen CHDZ dan CHDW dalam menentukan jenis kelamin dengan teknik polymerase chain reaction.
Jenis kelamin merupakan informasi yang penting dalam budidaya unggas dan penangkaran burung. Penentuan jenis kelamin pada sebagian burung sulit dilakukan karena memiliki ciri-ciri fenotipik yang sangat mirip antara jantan dan betina, bahkan setelah mencapai dewasa kelamin (monomorfik). Hal ini menjadi suatu permasalahan bagi para breeder karena mereka belum yakin dengan jenis kelamin burung yang mereka identifikasi. Penentuan jenis kelamin secara molekuler merupakan suatu solusi efektif bagi para breeder karena dapat dilakukan untuk burung yang sulit dibedakan jenis kelaminnya terutama pada burung monomorfis yang dapat dideteksi dari DNA sehingga hasilnya lebih akurat. Teknik dalam membedakan jenis kelamin pada aves telah berkembang sangat pesat salah satunya adalah dengan menggunakan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR).
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
PCR merupakan suatu teknik perbanyakan (amplifikasi) potongan DNA secara in vitro
Penelitian ini menggunakan dua ekor burung parkit yang sudah diketahui jantan dan betina dilihat secara empiris menurut pendapat penjual dan peternak burung. Sampel penelitian ini diperoleh dari bulu (calamus) yang kemudian diekstraksi untuk mendapatkan DNA total. Sampel bulu (calamus) diekstraksi dengan menggunakan kit Cat no. 69504 Qiagen Germany yang dielektroforesis pada gel agarose 1%. Elektroforesis menggunakan gel agarose dapat menghasilkan satu band pada burung dengan jenis kelamin jantan dan pada betina menghasilkan dua band (Griffiths et al., 1998; Fridolffson and Ellegren 1999). Pembedahan dilakukan sebelum dilakukan proses PCR untuk memastikan jenis kelamin burung parkit.
pada daerah spesifik yang dibatasi oleh dua buah primer oligonukleotida. Proses PCR memerlukan sekurang-kurangnya dua macam primer yakni primer forward dan primer reverse (Suwarno, 2005). Banyak primer yang telah didesain untuk mengenali ukuran intron yang berbeda pada gen CHD. Namun primer yang paling sering digunakan untuk mengidentifikasi jenis kelamin pada aves yaitu P2 dan P8 (Griffiths et al., 1998).
Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa sampel DNA dari bulu (calamus) dengan metode polymerase chain reaction dapat digunakan untuk mengindentifikasi jenis kelamin burung parkit terutama pada burung jenis monomorfik yang hasilnya lebih cepat dan akurat.
DAFTAR PUSTAKA
Archawaranon M. 2004. R apid S exing H ill M ynah Gracula R eligiosa by S ex Chromosomes. Biotechnology3: 160-164.
Ariani, I. B.2013.Penentuan J enis K elamin B urung K enari ( Serinus C anaria) Menggunakan ba han B ulu D engan M etode P CR ( Polimerase Chain Reaction) [Skripsi] Kedokteran Hewan, Universitas Airlangga.
Bramwell R. K. 2003. Sexing Chicks in The Backyard Flock. Avian Advice 5: 45. Cerit H. and Avanus. 2007. S ex I dentification in A vian S pecies U sing D NA
Typing Methods. World’s Poultry Science Journal, Vol. 63.
Cerit H. and K. Avanus. 2006. Sex Identification in Avian Species Using DNA Typing Methods. World's Poultry Science Journal,63, pp 91100.
Christidis L. 1985. a R apid P rocedure f or O btaining C hromosome P reparations From Birds. Auk 102: 892 - 893.
Dvorak J., J. L. Halverson, P. Gulick, K. A. Rauen, U. K. Abbott, B. J. Kelly, and F. T . S hultz. 1992. c DNA C loning of a Z- and W -linket G ene i n ga l-linaceous Bird. J. Hered. 83: 22-25.
Ellegren H. 1996: First gene on t he avian W chromosome (CHD) provides a tag for universal sexing of non-ratite birds. Proceedings of the Royal Society of London B 263:1635–1641.
Ellegren H. and Carmichael A. : M ultiple and Independent C essation of Recombination Between A vian Sex Chromosomes. G enetics, 2001; 1 58: 325-331.
Ellegren H. 1992. Polymerase-chain-reaction (PCR) Analysis of Microsatellites-a New Approach to Studies of Genetic Relationships in Birds. The Auk 109: 886-895.
Erlich H. A. 1991. B asic M ethodelogi: In P CR T echnologi. P rinciples a nd Application for DNA Amplification. Stockton Press.1-5.
Erlich H. A. 1989. PCR Technology: Principles a nd A pplications f or D NA Amplifications. Stockton P ress, N ew Y ork, London, T okyo, M elbourne, Hong Kong.
Fatchiyah. 2006. Gel Elektroforesis. L aboratorium Sentral Biologi Molekuler & Seluler. Universitas Brawijaya, Malang.
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
Forshaw, J . M . 1989. P arrots of t he W orld. Tird E dn. Lansdowne Editions, Sydney, Australia.
Fridolfsson A. K . a nd H. E llegren. 1999. A s imple a nd uni versal m ethod f or molecular sexing of non-ratite birds. J. Avi. Bio. 30: 116-121.
Graves J., J. Ortega Ruano and P. J. B. Slater. 1993. S ex Ratio of Chicks in The Shag Phalacrocorax ar-istotelis Determinaned by a Female-specific Band in DNA Fingerprinting. Ibis 135: 470-472.
Griffiths, R ., a nd P .W.H. H olland. 1990. A no vel a vian W c hromosome D NA repeat s equence in the L esser B lack-backed G ull ( Larus fuscus). Chromosoma (Berl.) 99: 243-250.
Griffiths R. a nd R . K orn. 1997. A C HD1 gene is Z chromosome l inked i n t he chicken Gallus domesticus. Gene.197: 225-229.
Griffiths, R., S. Daan and C. Dijkstra. 1996. Sex identification in birds using two CHD g enes. P roceedings of t he R oyal S ociety of London B 263: 1251 -1256.
Griffiths R., M.C. Double, K. Orr and R.G.J. Dawson : A DNA Test to Sex Most Birds. Mol. Ecol., 1998; 7: 1071-1075.
Griffiths R. and B. Tiwari : Sex of The Last Wild Spix’s Macaw. Nature, 1995; 375: 454.
Griffits R. 2000. Sex Identification Using DNA Markers. In : Molecular Methods in Ecology (BACKER A. J., Ed.), pp. 295.321, Blackwell Science, London. Griffiths R. 1992. S ex-biased Mortality in The Lesser Black-backet Gull (Larus
fuscus) During The Nestling Stage.Ibis 134: 237-244.
Han J. I., J Hye. H. Kim., S. Kim., S. R. Park., and K. J. Na. 2009. A simple and improved DNA test for avian sex determination. The Auk 126(4):779-783. Handajani, R . 2003. D NA S equencing. Kursus B iologi M olekuler. G ramik F K
Unair, Surabaya 7 Juni 2003: 1-12.
Handley R., E. Barbara and Agren. 2005. V ariation i n T richome D ensity a nd Resistance A gainst S pecialist Insect H erbivore i n Natural Populations of Arabidopssis thaliana. J.Econ. Entomol. 30 (3): 284-292.
Harrap B. S. and E . F.Woods. 1964. S oluble derivatives of f eather k eratin. J Biochem 92:8-18.
Hickman Jr. C. P., L. S. Roberts and F. M. Hickman 1984. Integrated Principles of Zoology S event E dition. T oronto: T imes M irror/Mosby C ollege Publishing.
Innis M. A. and D. H. Gelfand, 1990. in PCR Protocols: a Guide to Methods and Applications. Academic Press Inc., San Diego, New York, London, Sydney, Tokyo, Toronto. Innis, M.A., Gelfand, D.H., Sninsky, J.J. and White, T.J. (eds.), pp. 3–12.
Kahn N. W., J . J ohn and T. Q uinn. 1998. C hromosome-specific int ron size differences i n t he A vian C HD gene p rovide an e fficient m ethod for s ex identification in birds. The Auk.115: 1074 -1078.
Klug W. S . and M . R . C ummings. 1994. C oncepts of G enetics. 4th Edition. Prentice Hall. Engle Wood Cliffs. Pp. xvi + 779.
Lafeber Company. The Parakeet. LafeberCares Web site. Available at :
16, 2011.
Lane T. and Valencia. 2004. DNeasy Tissue Handbook.USA: Qiagen. Inc. Animal Tissue. 18-20.
Leeton P., L. Christidis and M. Westerman. : Feathers from museum bird skins: a good source of DNA for phylogenetic studies. The Condor, 1993; 95: 465-466.
Longmire J. L. M., Maltbie R.W., Pavelka L. M., Smith S. M., Witte O. A., Ryder D. L., Ellsworth and R. J. Baker. 1993. Gender Identification in Birds Using Microsatellite DNA Fingerprint Analysis. Auk 110: 378-381.
Malago Jr. W., M. F. Heitor., Jr. E. Matheucci., A. Medaglia and F. Hendrique-Silva. 2002. L arge S cale S ex T yping of O striches U sing D NA E xtracted from Feathers. BMC Biotechnology2: 19.
Millar C. D., D. M. Lambert., A. R. Bellamy., P. M. Stapleton and E. C. Young. 1992. Sex-specific Restriction Fragment and Sex Ratios Revealet by DNA Fringerprinting in The Brown Skua. J. Hered. 83: 350-355.
Minardi, D . A .2013.Penentuan J enis K elamin B urung G elatik J awa ( Padda oryzivora) M enggunakan B ulu ( calamus)Dengan T eknik P CR ( Polimerase Chain Reaction) [Skripsi] Kedokteran Hewan, Universitas Airlangga.
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
Muladno. 2002. Teknik Rekayasa Genetika. Bogor: Pustaka Wirausaha Muda dan USESE Foundation. Bogor.
Morinha F., Carvalho M., Ferro A., Guedes-Pinto H., Rodrigues R. and Bastos E.
2011 M olecular s exing a nd a nalysis of CHD1-Z and CHD1-W sequence
variations i n w ild c ommon qua il (Coturnix c. coturnix) and domesticated
Japanese quail (Coturnix c. japonica). J. Genet.90, e39–e43.
Newton C. R. and A. Graham. 1994. PCR. UK: Bios Scientific Publishe.
Nicholas, F . W. 2004. P engantar k e G enetika Veteriner. T erjemahan: M uladno. Pustaka Wirausaha Muda, Bogor.
Pratiwi R. 2001. Mengenal M etode E lektroforesis. Oseana. Volume X XVI. Nomer 1: 25-31.
Prus S. E. and S.M. Schmutz S. M. 1987. C omparative Efficiency and Accuracy of Surgical and Cytogenetic Sexing in Psittacines. Avian Dis. 31: 420.4. Questiau., N . Escaravage., M . C. Eybert and P . Taberlet. 2000. Nestling S ex
Ratios in a Population o f B luethroats Luscinia S vecica Inferned from AFLP™ Analysis, Journal of Avian Biology 31: 8-14.
Quinn T.W., F. Cooke and B. N. White. 1990. Molecular Sexing of Geese Using A Cloned Z to the W Chromosome. Auk, 107: 199-202.
Quintana, F., C. L. Gabriela and S. Gustavo. 2008. A Cheap and Quick Method for DNA-based Sexing of Birds. Waterbirds 31 (3) :485-488.
Rantam F. A. 2007. Dasar-Dasar Polymerase Chain Reaction. Workshop Aplikasi PCR di Bidang Kesehatan dan Kedokteran.FKH Unair. Surabaya.
Riyadi, W., 2010. P arameter Penting D esain P rimer. tanggal 08 Februari 2014].
Sambrook J., EF. Fritch and T. Maniatis. 1989. Molecular cloning: A laboratory manual Vol 1-3 second edition. Cold Spring Harbor Laboratory Press. Cold Spring Harbor.
Sefc K. M., R. B. Payne and M. D. Sorenson : Microsatellite Amplification from Museum F eather S amples : E ffects of Fragment Size and Template Concentration On Genotyping Errors. The Auk, 2003; 120: 982-989.
Smith E. F. G., P. Arctander., J. Fjeldsa and O. G. Amir.1991. a New Species of Shrike (Laniidae: Laniarius) from Somalia, verified by DNA Sequence Data from The Only Known Individual. Ibis 133: 227-235.
Sulandari S . a nd M. S. A. Z ein. 2003. P anduan P raktis Laboratorium D NA. Bidang Zoologi, Puslit Biologi, LIPI.
Suwarno. 2005. D isertasi: K arakterisasi Molekuler P rotein Serta G en Penyandi Nucleuprotein dan Glycoprotein Virus R abies da ri B eberapa D aerah Geografik di Indonesia. Program Doktor Ilmu Kedokteran. Program Pasca Sarjana. Universitas Airlangga. Surabaya.
Suwarno. 2007. Isolasi R NA/DNA unt uk T ujuan Identifikasi F ragment/Full Genom Organisme dengan Polymerase Chain Reaction.Workshop Aplikasi PCR di Bidang Kesehatan dan Kedokteran.FKH Unair.Surabaya.
Swengel S. R. (1996) Special Techniques, C: Sex Determination In: Cranes: Their Biology, H usbandry, and C onservation; E llis, D .H.; G ee, G.F.; M irande, C.M. E ds.; N ational Biological S ervice/International C rane F oundation: United States of America, pp223-231.
Taberlet et a l. 1996. R eliable G enotyping o f Samples wi th Very Low DNA Quantities Using PCR. Nuc Acids Res 24: 3189–3194.
Viljoen G . J ., L . H . Nel and J. R . C rowther. 2005. M olecular D iagnostic P CR Handbook. Springer, Dordrecht, Netherland.
Widodo W. 2002. Parkit. Jakarta: Penebar Swadaya.
Williams J. L. 2005. T he us e of M arker-assisted Selection in Animal B reeding and Biotechnology. Rev. Sci. Tech. Off. Int. Epiz. 24 (1): 379-391.
The Parakeet. LafeberCares Web site. Accessed February 5, 2014.
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
L A M P I R A N Lampiran 1. Bahan Penelitian
Bulu (calamus) yang digunakan sebagai sampel DNA
Proteinase K (A) berfungsi untuk
jaringan yang akan diekstraksi
memotong-motong atau memutus ikatan peptida dari protein-protein sel, Buffer ATL (B) untuk melisiskan
Buffer AW1 (A) dan AW2 (B) digunakan untuk membersihkan dari residu ethanol selama proses pemurnian
calamus
B A
Ethanol yang digunakan pada proses ekstraksi
Super Master Mix yang terdiri dari Taq polymerase, DNTPs, PCR reaction buffer, Gel loading buffer
Primer yang digunakan untuk proses PCR yaitu primer P2 dan P8
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
Ethidium Bromide sebagai pewarna fluorescent yang digunakan untuk pewarnaan asam nukleat
Bubuk agarosa digunakan untuk proses elektroforesis
Lampiran 2. Alat Penelitian
Microcentrifuge tube eppendorf sebagai penampung DNA pada saat dilakukan isolasi
Collection tube eppendorf tabung yang ada filternya dan digunakan untuk menyaring DNA
Tips (A), dan Mikropipet eppendorf (B) yang digunakan untuk memindahkan secara akurat suatu larutan dalam ukuran yang kecil
A B
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
Vortex (A) dan Spin down (B) untuk homogenisasi pada saat melakukan isolasi DNA
Microcentrifuge (A) dan stavolt (B) digunakan untuk homogenisasi DNA dengan kecepatan yang tinggi.
A B
B A
Dry bath Lab stuff yang digunakan untuk inkubasi sampel DNA
Mesin PCR Bio Rad yang digunakan dalam penelitian
Alat elektroforesis
Skripsi IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
Transiluminator UV yang digunakan untuk visualisasi gel agarose
