BOGOR
2013
Lampiran 1 Susunan nukleotida (683 bp) sebagian gen protein selubung (CP) dan
3‟UTRPotyvirus asal tanaman nilam di Indonesia [BGR01, BGR02,
CMS01, CMS02, GRT01, GRT02, PSM01, PSM02, JMB02, GNB01 dan MNK01], beberapa Potyvirus [Telosma mosaic virus (TeMV1),
Bean common mosaic virus isolat R (BCMV1), Peace lily mosaic virus isolat Haiphong (PeLMV), Wisteria vein mosaic virus isolat Beijing (WiVMV), dan Wild potato mosaic virus (WiPMV)] dari GenBank.
BGR01 CGTGTGGGTC AT-GATGGAC GGAGAAGAAC AAGTTG-AAT ACCCATTG-- BGR02 CCAGAGGGTC AT-GATGGAC GGAGAAGAAC AAGTTG-AAT ACCCATTG-- CMS01 CGTGTGGGTG AT-GATGGAC GGAGAAGA-C AAGTTG-AAT ACCCACTG-- CMS02 CCCGAGGGTG AT-GATGGAC GGAGAAGAAC AAGTTG-AAT ACCCACTG-- GRT01 CGTGTGGGTG AT-GATGGAC GGAGAAGAAC AAGTTG-AAT ACCCACTG-- GRT02 CGTGTGGGTG -T-GATGGAC GGAGAAGAAC AAGTTG-AAT ACCCACTG-- PSM01 CTG--GGCGT AT-GATGGAC GGA-GTAGAC AGGTTG-AAT ACCCACTA-- PSM02 CCTGAGGGTT AT-GATGGAC GGAGAAGAAC AAGTTG-AAT ACCCACTA-- MNK01 CAAAAGGGCT AAAGATGGAC GGAGAAGAAC AAGTTGGAAT ACCCATCCTG JMB02 CCCAAAAATC AT-GATGGAC GGAGAAGAAC AAGTTG-AGT ACCCACTG-- GNB01 TTT--GGCTT AT-GCTGGAT GGATACGAGC AGGTGT-TCC ACTTGCT--- TeMV1 TGTGTGGGTA AT-GATGGAC GGAGATGAAC AAGTTG-AAT ACCCATTG-- PeLMV AGAGTGGGTT AT-GATGGAT GGTGAGGAAC AAGTCA-CAT ATCCACTC-- BCMV1 CACATGGGTG AT-GATGGAT GGAGACGAGC AAGTTG-AGT ACCCACTC-- WiVMV TGTTTGGGTT AT-GATGGAT GGAGAACAAC AAGTTG-AAT ATCCACTT-- WiPMV AGTTTGGACT AT-GATGGAT GGTGAAGACC AAGTTG-AGT TCCCACTA-- BGR01 -AAACCAATG GTTGAAAATG CAAAGCCAAC ACTGAGACAA ATCATGCATC BGR02 -AAACCAATG GTTGAAAATG CAAAGCCAAC ACTGAGACAA ATCATGCATC CMS01 -AAGCCAATG GTTGAAAATG CAAAGCCGAC ATTGAGACAA ATAATGCATC CMS02 -AAGCCAATG GTTGAAAATG CAAAGCCGAC ATTGAGACAA ATAATGCATC GRT01 -AAGCCAATG GTTGAAAATG CAAAGCCGAC ATTGAGACAA ATAATGCATC GRT02 -AAGCCAATG GTTGAAAATG CAAAGCCGAC ATTGAGACAA ATAATGCATC PSM01 -CAGCCAATG GTTGAAAATG CAAAGCCGAC ATTGAAACAA TTCATGCTTC PSM02 -AAGCCAATG GTTGAAAATG CAAAGCCGAC ATTGAGACAA ATCATGCATC MNK01 CAAACCAATG GTTGAAAATG CAAAGCCAAC ACTGAGACAA ATCATGCATC JMB02 -AAGCCAATG GTTGAAAATG CAAAGCCGAC ATTGAGACAA ATCATGCATC GNB01 -CGTCCCAGG GTTTCATCTG CCATGCCCAC TTTTCGTCAG GTCATGTGCC TeMV1 -AAACCAATG GTTGAGAATG CAAAGCCGAC ATTGAGACAA ATCATGCATC PeLMV -AAACCAATA ATTGAGAACG CTAAGCCGTC ATTTCGACAA ATCATGCATC BCMV1 -AAACCAATG GTTGAAAATG CAAAGCCAAC ACTCCGTCAA ATCATGCACC WiVMV -AAACCCATA GTTGAAAATG CCAAGCCAAC TCTGAGACAA ATCATGCATC WiPMV -AAGCCAGTG GTAGAGAACG CAAAGCCTAC TTTTAGGCAA ATTATGGCGC BGR01 ATTTCTCAGA TGCGGCTGAA GCATACATAG AAATGAGGAA CTCTGAGGGA BGR02 ATTTCTCAGA TGCGGCTGAA GCATACATAG AAATGAGGAA CTCTGAGGGA CMS01 ACTTTTCAGA TGCGGCTGAA GCATATATTG AAATGAGGAA TTCTGAGGGA CMS02 ACTTCTCAGA TGCGGCTGAA GCATATATTG AAATGAGGAA TTCTGAGGGA GRT01 ACTTTTCAGA TGCGGCTGAA GCATATATTG AAATGAGGAA TTCTGAGGGA GRT02 ACTTTTCAGA TGCGGCTGAA GCATATATTG AAATGAGGAA TTCTGAGGGA PSM01 ATTTCTCAAA TGCGGTTGAA GCATACATAG AAATGAGGAT TTCTGAGGGA PSM02 ATTTCTCAGA TGCGGCTGAA GCATACATAG AAATGAGGAA CTCTGAGGGA MNK01 ATTTCTCAGA TGCGGCTGAA GCATACATAG AAATGAGGAA CTCTGAGGGA JMB02 ATTTCTCAGA TGCGGCTGAA GCATACATAG AAATGAGGAA CTCTGAGGGA GNB01 ATTTTCAATA CGCCGGGGTC CTCAACATAG AAATGAGGAA CTCTGAGGGA TeMV1 ATTTCTCAGA TGCGGCTGAA GCATACATTG AAATGAGGAA TTCTGAGGGA PeLMV ACTTCTCAGA TGCGGCTGAA GCGTACATTG AGATGAGAAA CAGAGAGAGA BCMV1 ATTTCTCAGA TGCAGCTGAG GCATACATTG AGATGAGAAA TTCCGAGAAA WiVMV ATTTCTCAGA TGCAGCTGAG GCATACATTG AAATGAGGAA TGCTGAAGGA WiPMV ATTTTTCCGA TGTAGCCGAA GCGTACATTG AGATGCGCAA CAAAAGCGAA BGR01 TTGTACATGC CTAGGTATGG TCTCCTCAGG AACCTGAGGG ATAGAAGTCT BGR02 TTGTACATGC CTAGGTATGG TCTCCTCAGG AACCTGAGGG ATAGAAGTCT CMS01 TTATACATGC CTAGGTATGG TCTCCTTAGG AACCTGAGGG ATAAAAGTCT
CMS02 TTATACATGC CTAGGTATGG TCTCCTTAGG AACCTGAGGG ATAAAAGTCT GRT01 TTATACATGC CTAGGTATGG TCTCCTTAGA AACCTGAGGG ATAAAAGTCT GRT02 TTATACATGC CTAGGTATGG TCTCCTTAGA AACCTGAGGG ATAAAAGTCT PSM01 TTATACATGC CTAGGTATGG TCTTCTCAGG AACCTGAGGG ATAGAATTCT PSM02 TTGTACATGC CTAGGTATGG TCTTCTCAGG AACCTGAGGG ATAGAAGTTT MNK01 TTGTACATGC CTAGGTATGG TCTCCTCAGG AACCTGAGGG ATAAAAGTCT JMB02 TTGTACATGC CTAGGTATGG TCTCCTCAGA AACTTGAGGG ATAGAAGTTT GNB01 TTGTACATGC CTAGGTATGG TCTCCTCAGG AACCTGAGGG ATAGAAGTCT TeMV1 TTGTACATGC CTAGGTATGG TCTCCTTAGA AACCTGAGGG ATAAGAGTCT PeLMV CCGTACATGC CTCGGTATGG TCTGATCAGA AATTTGAGGG ACATGTCGTT BCMV1 CCGTACATGC CTAGGTACGG ATTGCTTCGG AATTTGAGGG ATAAAAATCT WiVMV CCATATATGC CTAGGTATGG TCTGTTAAGG AATTTGAGGG ACAGGGACTT WiPMV CCATACATGC CACGGTATGG TCTGGTGAGA AATCTGCGAG ATATGAGCTT BGR01 GGCGCGATAT GCATTCGATT TCTATGAGGT GAACTCTAAG ACGTCAGACA BGR02 GGCGCGATAT GCATTCGATT TCTATGAGGT GAACTCTAAG ACGTCAGACA CMS01 GGCGCGATAT GCTTTCGATT TCTATGAGGT AACCTCTAAG ACGTCAGACA CMS02 GGCGCGATAT GCTTTCGATT TCTATGAGGT AACCTCTAAG ACGTCAGACA GRT01 GGCGCGATAT GCTTTCGATT TCTATGAGGT AACCTCTAAG ACGTCAGACA GRT02 GGCGCGATAT GCTTTCGATT TCTATGAGGT AACCTCTAAG ACGTCAGACA PSM01 GGCGCAATAT GCATTCAATT TCTATGAGGT GAACTCTAAA ACTTCAGATA PSM02 GGCGCGATAT GCATTCGATT TCTATGAGGT GAACTCTAAG ACGTCAGACA MNK01 GGCGCGATAT GCATTCGATT TCTATGAGGT GAACTCTAAG ACGTCAGACA JMB02 GGCGCGATAT GCATTCGATT TCTATGAGGT GAACTCTAAG ACGTCAGACA GNB01 GGCGCGATAT GCATTCGATT TCTATGAGGT GAACTCTAAG ACGTCAGACA TeMV1 GGCGCGATAT GCTTTCGATT TCTATGAGGT GAACTCTAAG ACGTCGGACA PeLMV AGCTAGGTAT GCGTTTGATT TCTATGAGAT CAATTCGCGC ACTCCAGTAC BCMV1 AGCTCGCTAC GCTTTTGATT TCTATGAGGT GACATCCAAA ACATCGGATC WiVMV AGCTCGCTAT GCTTTTGATT TTTATGAAGT CACTTCAAAG ACTCCAAATA WiPMV AGCTCGATAT GCATTTGATT TTTACGAAAT CACATCTCGC ACATCCGTCC BGR01 GAGCTAAAGA AGCTGTCACA CAAATGAAGG CAGCCGCCCT CGTTGGCACT BGR02 GAGCTAAAGA AGCTGTCACA CAAATGAAGG CAGCCGCCCT CGTTGGCACT CMS01 GAGCTAAAGA AGCTGTCACA CAGATGAAGG CAGCCGCCCT CGTTGGCACT CMS02 GAGCTAAAGA AGCTGTCACA CAGATGAAGG CAGCCGCCCT CGTTGGCACT GRT01 GAGCTAAAGA AGCTGTCACA CAGATGAAGG CAGCCGCCCT CGTTGGCACT GRT02 GAGCTAAAGA AGCTGTCACA CAGATGAAGG CAGCCGCCCT CGTTGGCACT PSM01 AAGCTAAAGA AGCTGTCCCA CAGATGAAGG CAGCCGCCCT CGTTGGCACT PSM02 GAGCTAAAGA AGCTGTCACA CAGATGAAGG CAGCCGCCCT CGTTGGCACT MNK01 GAGCTAAGGA AGCTGTCACA CAAATGAAGG CAGCCGCCCT CGTTGGCACT JMB02 GAGCTAAAGA AGCTGTCACA CAGATGAAGG CAGCCGCCCT CGTTGGCACT GNB01 GAGCTAAAGA AGCTGTCACA CAGATGAAGG CAGCCGCCCT CGTTGGCACT TeMV1 GAGCTAAAGA AGCTGTCACA CAAATGAAGG CAGCCGCCCT CGTTGGCACT PeLMV GAGCTCGTGA AGCAATTGTG CAAATGAAAG CGGCAGCCCT TACAAATGTT BCMV1 GAGCCAGAGA AGCAGTAGCA CAGATGAAGG CAGCAGCCCT CAGCAACGTT WiVMV GAGCAAGAGA AGCAATAGCG CAAATGAAAG CTGCAGCCCT CACGGGAGTT WiPMV GGGCAAGAGA AGCTCATATT CAGATGAAAG CAGCAGCTCT CAAAACTGCT BGR01 ACGAATAAAA TGTTTGGATT GGATGGTAGT GTCAGCACAA ATGGCGAAGA BGR02 ACGAATAAAA TGTTTGGATT GGATGGTAGT GTCAGCACAA ATGGCGAAGA CMS01 ACGAATAAGA TGTTTGGATT GGATGGTAGT GTCAGCACAA CTGGCGAAGA CMS02 ACGAATAAGA TGTTTGGATT GGATGGTAGT GTCAGCACAA CTGGCGAAGA GRT01 ACGAATAAGA TGTTTGGATT GGATGGTGGT GTCAGCACAA CTAGCGAAGA GRT02 ACGAATAAGA TGTTTGGATT GGATGGTGGT GTCAGCACAA CTGGCGAAGA PSM01 ACGAATAAAA TGTTTGGATT GGATGGTAGT GTCAGCACAA ATGGCGAAAA PSM02 ACGAATAAAA TGTTTGGATT GGATGGTAGT GTCAGCACAA ATGGCGAAGA MNK01 ACGAATAAAA TGTTTGGATT GGATGGTAGT GTCAGCACAA ATAGCGAAAA JMB02 ACGAATAAAA TGTTTGGATT GGATGGTAGT GTCAGCACAA ATGGCGAAGA GNB01 ACGAATAAAA TGTTTGGATT GGATGGTAGT GTCAGCACAA ATGGCGAAGA TeMV1 ACGAATAGAA TGTTTGGATC GGATGGTAGT GTCAGCACAG CTTGCGAAGA PeLMV TCCAACAAAA TGTTTGGTCT TGATGGGAAC GTTACTAATA CAACGGAAGA BCMV1 AGCAGCAAGT TGTTTGGACT TGATGGTAAT GTTGCAACAA CCAGCGAAAA WiVMV AACAGCAAGT TGTTTGGACT TGATGGTAAT ATCTCAACAA ATGTCGAGAA WiPMV CAAACTCGTT TGTTTGGATT GGATGGTGGC ATTAGTACAC AGGAGGAAAA
BGR01 TACTGAGAGG CACACTGCAA GAGATGTTAA TCAGAACATG CACTCCTTGC BGR02 TACTGAGAGG CACACTGCAA GAGATGTTAA TCAGAACATG CACTCCTTGC CMS01 TACTGAAAGG CACACTGCTA GAGACGTGAA TAAAAACATG CATTCCTTGC CMS02 TACTGAAAGG CACACTGCTA GAGACGTGAA TAAAAACATG CATTCCTTGC GRT01 TACTGAAAGG CACACTGCGA GAGACGTGAA TCAAAACATG CATTCCTTGC GRT02 TACTGAAAGG CACACTGCGA GAGACGTGAA TCAAAACATG CATTCCTTGC PSM01 TACTGAAAGG CACACTGCAA GAGATGTTAA TCAGAACATG CTCTCCTTGC PSM02 TACTGAAAGG CACACTGCAA GAGATGTTAA TCAGAACATG CACTCCTTGC MNK01 TACTGAAAGG CACACTGCAA GAGATGTTAA TCAGAACATG CACTCCTTGC JMB02 TACTGAAAGG CACACTGCAA GAGATGTTAA TCAGAACATG CACTCCTTGC GNB01 TACTGAAAGG CACACTGCAA GAGATGTTAA TCAGAACATG CACTCCTTGC TeMV1 TACTGAGAGG CACACTGCAA GAGATGTGAA TCAGAACATG CATACCCTGC PeLMV CACTGAGAGG CACACGGCTT CTGATGTTAA TGCCCGTATG CATCATCTTA BCMV1 TACTGAGAGG CACACTGCAA GGGACGTCAA TCAAAACATG CACACACTTC WiVMV TACTGAAAGG CATACTGCAA GAGATGTCAA TCAAAATATG CATACTCTTT WiPMV CACAGAGAGG CACACCACTG AAGACGTGGC CCCCAATCTG CATACCATGC BGR01 TCGGAGTGGG CTCCGTGCAG TAA--AGGCT AGGTAAACTG --GCCACAGT BGR02 TCGGAGTGGG CTCCGTGCAG TAA--AGGCT AGGTAAACTG --GCCACAGT CMS01 TTGGAGTAAG CTCTGTGCAG TAA--AGGCT AGGTAAACTG --GCCACAGT CMS02 TTGGAGTAAG CTCTGTGCAG TAA--AGGCT AGGTAAACTG --GCCACAGT GRT01 TTGGAGTAAG CTCTGTGCAG TAA--AGGCT AGGTAAACTG --GCCACAGT GRT02 TTGGAGTAAG CTCTGTGCAG TAA--AGGCT AGGTAAACTG --GCCACAGT PSM01 TTGGAGTGGG CTCTGTGCAG TAA--AGGCT AGGTAAACTG --GCCACAGT PSM02 TTGGAGTGGG CTCTGTGCAG TAA--AGGCT AGGTGAACTG --GCCACAGT MNK01 TCGGGGTGGG CTCCGTGCAG TAA--AGGCT AGGTAAACTG --GCCACAGT JMB02 TTGGAGTGGG CTCTGTGCAG TAA--AGGCT AGGTAAACTG --GTCACAGT GNB01 TTGGAGTGGG CTCTGTGCAG TAA--AGGCT AGGTAAACTG --GCCACAGT TeMV1 TTGGGGTTGG CTCTGTGCAG TAG--AGGCT GGGTAAACCG --GCCACAGT PeLMV TGGGCGTTAC ACAGGGCTAA CTATCAATAT AGTTACTGCA TTATAATATT BCMV1 TTGGCATGGG CTCCCCGCAG TAA--AGGTT GGGTAAACCG --ACCACAGT WiVMV TGGGTATGGG ACCTCCGCAG TGA--AGATC AGGTAAACTG --ATCACAGT WiPMV TTGGGGTCAG GAACATGTAA CTG--AGTGT CTCTGTTCTG GGATGAAAGA BGR01 TAGAACTTCG CGTTGCCTGG TA--TCCAT- TAGTACTTTA -CTTTC--AC BGR02 TAGAACTTCG CGTTGCCTGG TA--TCCAT- TAGTACTTTA -CTTTC--AC CMS01 TAGAACTTTG CGTTGCTTAG TA--GCCCT- TAGTACTTTA -CTTTC--AC CMS02 TAGAACTTTG CGTTGCTTAG TA--GCCCT- TAGTACTTTA -CTTTC--AC GRT01 TAGAACTTTG CGTTGCTTAG TA--GCCCT- TAGTACTTTA -CTTTC--AC GRT02 TAGAACTTTG CGTTGCTTAG TA--GCCCT- TAGTACTTTA -CTTTC--AC PSM01 TAGAACTTCG CGTTGCCTGG TA--TCCAT- TAGTACTTTA -CTTTC--AC PSM02 TAGAACTTCG CGTTGCCTGG TA--CCCAT- TAGTACTTTA -CTTTC--AC MNK01 TAGAACTTCG CGTTGCCTGG TA--TCCAT- TAGTACTTTA -CTTTC--AC JMB02 TATAACTTCG CGTTGCCTGA TA--TCCAT- TAGTACTTTA -CTTTC--AC GNB01 TAGAACTTCG CGTTGCCTGA TA--TCCAT- TAGTACTTTA -TTTTC--AC TeMV1 TAGAACTTCG CGTTGCTTAG TA--GCCCT- TAGTACTTTA -TTTTC--AC PeLMV TAGTTATTTG TGATAATTAG TTTCTTTAT- --GCATTTTA GGTTAGTGGA BCMV1 TAGCATTTCG CGTCGCTGAA TAATTTCATA TAGTAATCT- -TTTAT--GT WiVMV TAGCATCTCG CGTCGTTCTT ATGTTTTCTA TAATATTGTA ATTTAC--AC WiPMV TAAGTATATA TAGTATGTAG TATATATTT- TGGCTTTTCC TCGTACCAGC BGR01 TCTCTTTACT TTCCAGAGTG GTTACACCAC CATGTTCTTA AGTATTGCGA BGR02 TCTCTTTACT TTCCAGAGTG GTTACACCAC CATGTTCTTA AGTATTGCGA CMS01 TCTCTTTACT TTCCAGAGTG GTTATACCAC CATGTTCTTA AGTATTGTGA CMS02 TCTCTTTACT TTCCAGAGTG GTTATACCAC CATGTTCTTA AGTATTGTGA GRT01 TCTCTTTACT TTCCAGAGTG GTTATACCAC CACGTTCTTA AGTATTGTGA GRT02 TCTCTTTACT TTCCAGAGTG GTTATACCAC CACGTTCTTA AGTATTGTGA PSM01 TCTCTTTACT TTCCAGAGTG GTTATACCAC CATGTTCTTA AGTATTGCGA PSM02 TCTCTTTACT TTCCAGAGTG GTTATACCAC CATGTTCTTA AGTATTGCGA MNK01 TCTCTTTACT TTCCAGAGTG GTTATACCAC CATGTTCTTA AGTATTGTGA JMB02 TCTCTTTACT TTCCAGAGTG GTTATACCAC CATGTTTTTA AGTATTGTGA GNB01 TCTCTTTACT TTCCAGAGTG GTTATACCAC CATGTTATTA AGTATTGCGA TeMV1 TCTCTTTACT TTTCAGAGTG GTTACACCAC CATGTTTACA AGTATTGTGA PeLMV TCCCAGCTTT GCATACATTT CATGAAGAGC CAGGGCGGAT GGT-CCGCGA BCMV1 TCTCTTTAGT TT-CAGTGTG GTTACACCAC CTTTGTGTTA C-TATTGTGA
WiVMV TTCCTTTAAG T-CAAGTGTG GTTACACCAC C-TGCTAGTA CTTATTGTGT WiPMV TTTAATTACA TCGTTTACTA AATATATAGT TAAT-TGGAT AAT-CTCTAC BGR01 TAGCGTGGCA CGGCCACCAG TGTTTGTT-T CCTTAGTACT TT---TTTTG BGR02 TAGCGTGGCA CGGCCACCAG TGTTTGTT-T CCTTAGTACT TT---TTTTG CMS01 TAGTGTGGCA CAGCCACCAG TGTTTGTTAT TTCAAGTACT CT---GA CMS02 TAGTGTGGCA CAGCCACCAG TGTTTGTTAT TTCAAGTACT CT---GA GRT01 TAGTGTGGCA CAGCCACCAG TGTTTGTTAT TTCAAGTACT TT---GA GRT02 TAGTGTGGCA CAGCCACCAG TGTTTGTTAT TTCAAGTACT CT---GA PSM01 TAGCGTGGCA CGGCCACCAG TGTTTGTT-T CTTTAGTACT TT---CTTTG PSM02 TAGCGTGGCA CGGCCACCAG TGTTTGTT-T CTATAGTA-- TT---TT--G MNK01 TAGCGTGGCA CGGCCACCAG TGTTTATT-T CCTTAGTACT TT---TT--G JMB02 TAGCGTGGCA CGGTCACCAG TGTTTGTT-T CCTTAGTACT TT---TT--G GNB01 TAGCGTGGCA CGGCCACCAG TGTTTGTT-T CTTTAGTACT TTT--CTTTG TeMV1 TAGAGTGGCA CAGCCACCAG TGTTTATT-- ATTTAGTACT TT---GTA PeLMV GTGCATA-TG ATTGGATGTA CAGTTGGTTA CTTGCATGTT TTAGATGTTG BCMV1 TAGTGTGGTT GGTCCACCAA CATATTGT-- ---GAGTACT TT---ATGTT WiVMV TAGAGTGGAT TTTCCACCAT TGTGTGTTTT ATATTATAGT TT--- WiPMV AGAGGTAGTC TTTTGACTCA CCATCATTTG AGTAAACTTT GTGGAGAGAG BGR01 GAACTACAGG TGTGAAAAAC -CGTTAAATC AAAAAGCTTC TGTAGTGAGG BGR02 GAACTACAGG TGTGAAAAAC -CGTTAAATC AAAAAGCTTC TGTAGTGAGG CMS01 AAACTACAGG CGTGGAGAAC -CATTAGATC AGAGAGCTTC TGTAGTGAGG CMS02 AAACTACAGG CGTGGAGAAC -CATTAGATC AGAGAGCTTC TGTAGTGAGG GRT01 AAACTACAGG CGTGGAGAAC -CATTAGATC AGAGAGCTTC TGTAGTGAGG GRT02 AAACTACAGG CGTGGAGAAC -CATTAGATC AGAGAGCTCC TGTAGTGAGG PSM01 GAACTATACG GGTGAAAAAA -CGTATTATA TAAGAGCTCC TGTGAAGTGG PSM02 GAACTACAGG TGTGAAGAAC -CGTTAGATC AAAGAGCTTC TGTAGTGAGG MNK01 GAACTACAGG TGTGAAGAAC -CTTTAGATC AGAGAGCTTC TGTAGTGAGG JMB02 GAACCACTTG TGTGAAGAAC -CTTTATATC AAATAGCTTC TGTAGTGATG GNB01 GAGCCACAGG TGTGAAGAAC -CGTTAGATC AGAGAACTTC TGTAGTGAGG TeMV1 AAACTACAGG CGTGGAGAAC -CATTAGATC ACAGAGCTCT TGTAGAGAGG PeLMV GAT-CCTAGC CTTGCATA-- ----CACTTC AGGAGAGTGA GAGTGGATTG BCMV1 TATGAGTAGG CCGGAAGAAC -CATTGCAAT GGTGAGGGCA TGCAGAGTGA WiVMV --ATGTGGAG CAGGAAGAAC -CATTGCAAT GTCGGAGTTT T-CAGGGTGA WiPMV TTCATTTTGT TTTGCATGGG GTGGCTGTGC GACACACTCA CACAGGTAAA BGR01 TCGAACCTT- CGATGGAGTT ATCT-GCCTT AAC
BGR02 TCGAACCTT- CGATGGAGTT ATCT-GCCTT AAC CMS01 TTGAACCTC- CAATGAAGTA ATCT-GCCTT AAT CMS02 TTGAACCTC- CAATGAAGTA ATCT-GCCTT AAT GRT01 TTGAACCTC- CAATGAAGTA ATCT-GCCTT AAT GRT02 TTGAACCTC- CAATGGAGTA ATCT-GCCTT AAT PSM01 AGTAACCCC- TGAAGTAGTC TTTTTTCCTG TAC PSM02 TTGAACCTT- CGATGGAGTT ATTT-GCCTT AAC MNK01 TCAAACCTT- CTATGGAGTT ATCT-GCCTT AAT JMB02 TTGAACCTTT CTATGGAGTT ATTTTGCCTT AAT GNB01 TTGAACCTT- CGATGGGAGT TATCTGCCTT AAC TeMV1 TCACACCTC- CAATAGAGTA ATGT-GCCTT AAT PeLMV TCCATGTGTG CCCTTGACTG GATGTGCGGT TAG BCMV1 TTTGATCACG CGTCATGAGG TAGCCACGGC AAT WiVMV TCATATCACG CGTATTATCC GAGACACGGC AAT WiPMV CTCATGTATG C--TTAACTG TATG-GCGAT TGG
Lampiran 2. Susunan nukleotida (249 bp) daerah 3‟UTR Potyvirus asal tanaman nilam di Indonesia [BGR01, BGR02, CMS01, CMS02, GRT01, GRT02, PSM01, PSM02, JMB02, GNB01 dan MNK01] dengan
Potyvirus [Telosma mosaic virus (TeMV1), DQ851493].
BGR01.3UTR AGGCTAGGTA AACTGGCCAC AGTTAGAACT TCGCGTTGCC TGGTATCCAT BGR02.3UTR AGGCTAGGTA AACTGGCCAC AGTTAGAACT TCGCGTTGCC TGGTATCCAT CMS01.3UTR AGGCTAGGTA AACTGGCCAC AGTTAGAACT TTGCGTTGCT TAGTAGCCCT CMS02.3UTR AGGCTAGGTA AACTGGCCAC AGTTAGAACT TTGCGTTGCT TAGTAGCCCT GRT01.3UTR AGGCTAGGTA AACTGGCCAC AGTTAGAACT TTGCGTTGCT TAGTAGCCCT GRT02.3UTR AGGCTAGGTA AACTGGCCAC AGTTAGAACT TTGCGTTGCT TAGTAGCCCT PSM01.3UTR AGGCTAGGTA AACTGGCCAC AGTTAGAACT TCGCGTTGCC TGGTATCCAT PSM02.3UTR AGGCTAGGTG AACTGGCCAC AGTTAGAACT TCGCGTTGCC TGGTACCCAT MNK01.3UTR AGGCTAGGTA AACTGGCCAC AGTTAGAACT TCGCGTTGCC TGGTATCCAT JMB02.3UTR AGGCTAGGTA AACTGGTCAC AGTTATAACT TCGCGTTGCC TGATATCCAT GNB01.3UTR AGGCTAGGTA AACTGGCCAC AGTTAGAACT TCGCGTTGCC TGATATCCAT TeMV1.3UTR AGGCTGGGTA AACCGGCCAC AGTTAGAACT TCGCGTTGCT TAGTAGCCCT BGR01.3UTR TAGTACTTTA CTTTCACTCT CTTTACTTTC CAGAGTGGTT ACACCACCAT BGR02.3UTR TAGTACTTTA CTTTCACTCT CTTTACTTTC CAGAGTGGTT ACACCACCAT CMS01.3UTR TAGTACTTTA CTTTCACTCT CTTTACTTTC CAGAGTGGTT ATACCACCAT CMS02.3UTR TAGTACTTTA CTTTCACTCT CTTTACTTTC CAGAGTGGTT ATACCACCAT GRT01.3UTR TAGTACTTTA CTTTCACTCT CTTTACTTTC CAGAGTGGTT ATACCACCAC GRT02.3UTR TAGTACTTTA CTTTCACTCT CTTTACTTTC CAGAGTGGTT ATACCACCAC PSM01.3UTR TAGTACTTTA CTTTCACTCT CTTTACTTTC CAGAGTGGTT ATACCACCAT PSM02.3UTR TAGTACTTTA CTTTCACTCT CTTTACTTTC CAGAGTGGTT ATACCACCAT MNK01.3UTR TAGTACTTTA CTTTCACTCT CTTTACTTTC CAGAGTGGTT ATACCACCAT JMB02.3UTR TAGTACTTTA CTTTCACTCT CTTTACTTTC CAGAGTGGTT ATACCACCAT GNB01.3UTR TAGTACTTTA TTTTCACTCT CTTTACTTTC CAGAGTGGTT ATACCACCAT TeMV1.3UTR TAGTACTTTA TTTTCACTCT CTTTACTTTT CAGAGTGGTT ACACCACCAT BGR01.3UTR GTTCTTAAGT ATTGCGATAG CGTGGCACGG CCACCAGTGT TTGTTTCCTT BGR02.3UTR GTTCTTAAGT ATTGCGATAG CGTGGCACGG CCACCAGTGT TTGTTTCCTT CMS01.3UTR GTTCTTAAGT ATTGTGATAG TGTGGCACAG CCACCAGTGT TTGTTATTTC CMS02.3UTR GTTCTTAAGT ATTGTGATAG TGTGGCACAG CCACCAGTGT TTGTTATTTC GRT01.3UTR GTTCTTAAGT ATTGTGATAG TGTGGCACAG CCACCAGTGT TTGTTATTTC GRT02.3UTR GTTCTTAAGT ATTGTGATAG TGTGGCACAG CCACCAGTGT TTGTTATTTC PSM01.3UTR GTTCTTAAGT ATTGCGATAG CGTGGCACGG CCACCAGTGT TTGTTTCTTT PSM02.3UTR GTTCTTAAGT ATTGCGATAG CGTGGCACGG CCACCAGTGT TTGTTTCTAT MNK01.3UTR GTTCTTAAGT ATTGTGATAG CGTGGCACGG CCACCAGTGT TTATTTCCTT JMB02.3UTR GTTTTTAAGT ATTGTGATAG CGTGGCACGG TCACCAGTGT TTGTTTCCTT GNB01.3UTR GTTATTAAGT ATTGCGATAG CGTGGCACGG CCACCAGTGT TTGTTTCTTT TeMV1.3UTR GTTTACAAGT ATTGTGATAG AGTGGCACAG CCACCAGTGT TTATTATTT- BGR01.3UTR -AGTACTTTT TT-TGGAACT ACAGGTGTGA AAAACCGTTA AATCAAAAAG BGR02.3UTR -AGTACTTTT TT-TGGAACT ACAGGTGTGA AAAACCGTTA AATCAAAAAG CMS01.3UTR AAGTACTCTG ----AAAACT ACAGGCGTGG AGAACCATTA GATCAGAGAG CMS02.3UTR AAGTACTCTG ----AAAACT ACAGGCGTGG AGAACCATTA GATCAGAGAG GRT01.3UTR AAGTACTTTG ----AAAACT ACAGGCGTGG AGAACCATTA GATCAGAGAG GRT02.3UTR AAGTACTCTG ----AAAACT ACAGGCGTGG AGAACCATTA GATCAGAGAG PSM01.3UTR -AGTACTTTC TT-TGGAACT ATACGGGTGA AAAAACGTAT TATATAAGAG PSM02.3UTR -AGTATTT-- ---TGGAACT ACAGGTGTGA AGAACCGTTA GATCAAAGAG MNK01.3UTR -AGTACTTTT ---TGGAACT ACAGGTGTGA AGAACCTTTA GATCAGAGAG JMB02.3UTR -AGTACTTTT ---TGGAACC ACTTGTGTGA AGAACCTTTA TATCAAATAG GNB01.3UTR -AGTACTTTT CTTTGGAGCC ACAGGTGTGA AGAACCGTTA GATCAGAGAA TeMV1.3UTR -AGTACTTTG T---AAAACT ACAGGCGTGG AGAACCATTA GATCACAGAG BGR01.3UTR CTTCTGTAGT GAGGTCGAAC CTTCGAT-GG AGTTATCT-G CCTTAACGT BGR02.3UTR CTTCTGTAGT GAGGTCGAAC CTTCGAT-GG AGTTATCT-G CCTTAACGT CMS01.3UTR CTTCTGTAGT GAGGTTGAAC CTCCAAT-GA AGTAATCT-G CCTTAATGT CMS02.3UTR CTTCTGTAGT GAGGTTGAAC CTCCAAT-GA AGTAATCT-G CCTTAATGT GRT01.3UTR CTTCTGTAGT GAGGTTGAAC CTCCAAT-GA AGTAATCT-G CCTTAATGT GRT02.3UTR CTCCTGTAGT GAGGTTGAAC CTCCAAT-GG AGTAATCT-G CCTTAATGT PSM01.3UTR CTCCTGTGAA GTGGAGTAAC CCCTGAA-GT AGTCTTTTTT CCTGTACGT
PSM02.3UTR CTTCTGTAGT GAGGTTGAAC CTTCGAT-GG AGTTATTT-G CCTTAACGT MNK01.3UTR CTTCTGTAGT GAGGTCAAAC CTTCTAT-GG AGTTATCT-G CCTTAATGT JMB02.3UTR CTTCTGTAGT GATGTTGAAC CTTTCTATGG AGTTATTTTG CCTTAATTT GNB01.3UTR CTTCTGTAGT GAGGTTGAAC CTTCGATGGG AGTTATCT-G CCTTAACGT TeMV1.3UTR CTCTTGTAGA GAGGTCACAC CTCCAAT-AG AGTAATGT-G CCTTAATGT
RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Bukittinggi pada tanggal 4 April 1967 sebagai anak kelima di antara tujuh bersaudara dari Ayah (Abdul Aziz BA) dan Ibu (Nursiah). Tahun 1997, penulis menikah dengan Mendrizal Zaini. Pendidikan sarjana ditempuh di Jurusan Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Andalas, lulus tahun 1991. Tahun 2000, penulis diterima di Departemen Plant Pathology University of Philipines at Los Banos (UPLB) dan lulus pada tahun 2003 dengan biaya kerjasama penelitian dari Asean Development Bank (ADB). Tahun 2008, penulis melanjutkan ke program doktor dengan biaya pendidikan yang diberikan oleh Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian, Kementrian Pertanian Republik Indonesia dan terdaftar di Program Studi Entomologi-Fitopatologi Departemen Proteksi Tanaman Fakultas Pertanian IPB. Tahun 1993-1995 penulis bekerja sebagai staf teknis di Pusat Penelitian Tanaman Industri Bogor. Kemudian sejak pertengahan tahun 1995 sampai sekarang penulis bekerja sebagai staf peneliti penyakit tanaman di Balai Penelitian Tanaman Rempah dan Obat (Balittro) Bogor. Pada tanggal 14 April - 31 Mei 2012, mendapat kesempatan mengikuti Sandwich-Like Programme yang dilaksanakan di Tokyo University of Agriculture (TUA) selama 1,5 bulan, dari beasiswa Badan Litbang Pertanian, Jakarta.
Empat aktikel bagian dari disertasi ini sudah diterbitkan, artikel pertama berjudul Potyvirus Associated with Mosaic Disease on Patchouli Plants in Indonesia, dipublikasikan pada Journal of ISSAAS Vol 18 Number 1 Juni 2012. ISSN: 0859-3132. Artikel kedua berjudul Pengaruh infeksi virus terhadap produksi dan kadar minyak pada tiga varietas nilam (Pogostemon cablin Benth.), dipublikasikan padaBuletin Penelitian Tanaman Rempah dan Obat Vol 23 Nomor 1, 2012. ISSN:0215-0824. Artikel ketiga berjudul Eliminasi Potyvirus penyebab penyakit mosaik pada tanaman nilam (Pogostemon cablin Benth.) dengan kultur meristem apikal dan perlakuan air panas, dipublikasikan pada Jurnal Penelitian Tanaman Industri Vol 18 Nomor 1, 2012. ISSN: 0853-8212. Artikel keempat berjudul Penularan Potyvirus melalui serangga vektor Aphis gossypii
dipublikasikan pada Jurnal Fitopatologi Indonesia Vol 8 Nomor 3 Juni 2012. ISSN: 0215-7950.
Bagian dari penelitian ini telah disampaikan pada tiga pertemuan ilmiah international yaitu: (1) International Seminar and the 20th National Congress of Indonesian Phytopathological Society di Makassar dengan judul “Detection Potyvirus Causing Mosaic Disease on Patchouli Plants in West Java”; (2) ISSAAS International Congress 2010 Agricultural Adaptation Response to Climate Change di Denpasar-Bali dengan judul “Identification of A Potyvirus Associated with Mosaic Disease on Patchouli Plants in Indonesia”; (3) International Seminar and the 21st National Congress of Indonesian Phytopathological Society di Solo dengan judul “Transmission of mosaic virus on patchouli plant by its aphid vector”. Kemudian juga disampaikan pada satu pertemuan ilmiah nasional yaitu
“Kongres VIII dan Seminar Nasional Perhimpunan Entomologi Indonesia” di Bogor judul Identifikasi Kutudaun sebagai Vektor yang Menularkan Potyvirus
RITA NOVERIZA. Penyakit Mosaik pada Tanaman Nilam dan Identifikasi
Telosma mosaic virus yang Berasosiasi serta Pengendaliannya. Dibimbing oleh GEDE SUASTIKA, SRI HENDRASTUTI HIDAYAT, dan UTOMO KARTOSUWONDO.
Minyak nilam (patchouli alcohol) yang dihasilkan oleh tanaman nilam (Pogostemon cablin Benth) merupakan salah satu bahan baku parfum multifungsi yang bernilai tinggi. Namun, didalam proses budidaya dan pengembangan komoditas nilam ini terkendala oleh serangan Organisme Pengganggu Tanaman terutama penyakit. Beberapa penyakit penting nilam yang saat ini sudah tersebar di Indonesia yaitu budok, layu bakteri, penyakit yang ditimbulkan akibat nematoda, penyakit akar putih dan bercak daun dan penyakit mosaikyang disebabkan oleh virus.
Penelitian ini bertujuan (1) untuk memetakan keberadaan penyakit mosaik pada pertanaman nilam di daerah sentra produksi nilam Indonesia, (2) untuk mengukur penurunan produksi tanaman nilam akibat penyakit mosaik, (3) untuk mengidentifikasi virus-virus yang berasosiasi dengan penyakit mosaik, (4) untuk mengidentifikasi spesies kutudaun yang mengkoloni tanaman nilam di lapangan, (5) untuk mengidentifikasi dan mengkarakterisasi secara molekuler virus yang berasosiasi dengan penyakit mosaik pada tanaman nilam, (6) untuk menganalisis keragaman genetik virus mosaik isolat nilam, (7) untuk mengetahui kisaran inang virus yang menginduksi gejala mosaik pada tanaman nilam, (8) untuk mengetahui hubungan kutudaun yang mengkoloni tanaman nilam dengan penyakit mosaik, dan (9) untuk mendapatkan bibit nilam bebas virus dengan metode kultur meristem apikal dan perendaman air panas.
Penelitian ini dilakukan melalui survei penyakit di lapangan, percobaan di rumah kaca dan laboratorium, yang terdiri atas: (1) determinasi karakter biologi virus pada tanaman nilam, meliputi: a) pengamatan kejadian penyakit dan keragaman gejala virus pada tanaman nilam di beberapa daerah sentra produksi nilam, b) deteksi virus yang berasosiasi dengan penyakit mosaik secara serologi, c) respon tanaman indikator terhadap infeksi virus, dan d) kajian penularan virus dengan serangga vektor kutudaun; (2) kajian pengaruh infeksi virus terhadap kuantitas dan kualitas beberapa varietas nilam; (3) determinasi karakter molekular
Potyvirus, meliputi: penentuan keragaman molekular Potyvirus isolat Indonesia, meliputi: ekstraksi RNA, amplifikasi DNA (RT-PCR), perunutan fragmen gen
coat protein (CP) Potyvirus, dan analisis filogenetika; dan (4) pembebasan virus dari tanaman nilam yang terinfeksi melalui kultur meristem apikal dan perendaman setek dalam air panas.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa penyakit mosaik ditemukan terdapat di seluruh sentra produksi nilam di Jawa dan Sumatera. Penurunan produksi terna basah, terna kering, kadar minyak dan patchouli alcohol nilam akibat penyakit ini pada panen pertama berturut-turut mencapai 35%, 40%, 9% dan 5%. Dua spesies kutudaun yaitu Aphis gossypii Glover dan Brachycaudus sp. ditemukan mengkoloni tanaman nilam di seluruh lokasi survei. Berdasarkan uji serologi,
Potyvirus ditemukan dominan berasosiasi dengan gejala mosaik tersebut. Kajian kisaran inang dan cara penularan dengan kutudaun menguatkan bahwa virus yang
genom Potyvirus mengungkapkan bahwa spesies Potyvirus tersebut adalah
Telosma mosaic virus (TeMV). Virus ini pertama kalinya dilaporkan keberadaannya di Vietnam pada tahun 2008 dan menyebabkan penyakit mosaik pada tanaman Telosma cordata. Saat ini ditemukan menyebabkan penyakit mosaik pada tanaman nilam di Indonesia. Virus ini sangat cepat menyebar ke seluruh pertanaman nilam di Indonesia karena tanaman nilam diperbanyak melalui setek.
Teknik kultur meristem apikal berpotensi menghasilkan bibit nilam bebas virus. Eliminasi TeMV pada tiga varietas tanaman nilam (Sidikalang, Lhokseumawe, Tapak Tuan) telah berhasil dilakukan dengan menggunakan teknik kultur meristem apikal. Pada varietas Lhokseumawe, berhasil didapatkan tanaman bebas virus mencapai 90.9% dengan ukuran meristem apikal 0.5-1 mm; dan kemudian diikuti oleh varietas Sidikalang dan Tapak Tuan yang berturut-turut sebesar 66.7% dan 33.3%. Namun, perendaman setek batang nilam pada air panas yang bersuhu 50-60⁰C belum mampu mengeliminasi TeMV yang menginduksi gejala mosaik pada tanaman nilam, tetapi dapat memperlambat munculnya gejala. Suhu air panas yang terlalu tinggi mempengaruhi pertumbuhan setek nilam. Daya tumbuh setek ketiga varietas nilam yang direndam pada suhu 50⁰C mencapai kisaran 42.9–90.9%.
Kata Kunci: Nilam, Telosma mosaic virus, Aphis gossypii, kultur meristem apikal, perlakuan air panas.
RITA NOVERIZA. Telosma mosaic virus associated with mosaic disease of patchouli plant: Identification and Control Approach. Under direction of GEDE
SUASTIKA, SRI HENDRASTUTI HIDAYAT, and UTOMO
KARTOSUWONDO.
Patchouli oil (patchouli alcohol) produced by patchouli plant (Pogostemon cablin Benth.) is one of the raw materials of high value multifunctional perfume. However, in the process of cultivation and development of this commodities are attacked by plant pest organisms, especially diseases. Some important diseases of patchouli, which is now spread in Indonesia, namely budok, bacterial wilt, diseases caused by nematodes and viruses.
This study aimed (1) to map the presence of mosaic disease on patchouli plantation in patchouli production centers of Indonesia, (2) to measure product reduction of patchouli plants due to mosaic disease, (3) to identify viruses