Simpulan
Beberapa simpulan yang dapat dikemukakan berdasarkan hasil penelitian ini ialah:
1. Benih kubis impor kultivar Green Hero terdeteksi positif terinfeksi bakteri
Xanthomonas campestris pv. campestris. Secara morfologi X. campestris pv. campestris menunjukkan karakter koloni hijau kekuningan pada media SX.
PCR menggunakan pasangan primer XCF dan XCR berhasil mengamplifikasi fragmen DNA dari gen hrpF X. campestris pv. campestris dengan ukuran 535 bp.
2. Ekstrak sirih 2%, ekstrak cengkih 3%, dan kitosan 0.5% mampu menghambat pertumbuhan bakteri sebesar 100% secara in vitro pada media NB dan mampu menekan lebih dari 99% kepadatan inokulum bakteri pada 50 menit perendaman benih.
3. Perlakuan menggunakan ekstrak sirih 2% dan cengkih 3% mampu menekan tingkat infeksi pada benih, berturut-turut sebesar 84% dan 97.33%, sedangkan kitosan 0.5% tidak memberikan pengaruh dalam menekan tingkat infeksi. Perlakuan tersebut juga tidak menyebabkan kemundurun viabilitas benih yang ditunjukkan dengan tingkat perkecambahan benih lebih dari 95%.
Saran
Perlu dilakukan uji lapang terhadap benih yang telah diberi perlakuan ekstrak tumbuhan dan kitosan untuk mengevaluasi pengaruhnya terhadap pertumbuhan tanaman dan tingkat infeksi yang timbul pada tanaman kubis di lapangan.
Perlu juga dilakukan penelitian untuk OPTP lainnya baik dari golongan bakteri maupun patogen lain yang terbawa pada berbagai macam benih.
33
DAFTAR PUSTAKA
Agrios GN. 2004. Plant Pathology. 5th ed. San Diego (US): Academic Press. Agusta A. 2000. Minyak Atsiri Tumbuhan Tropika Indonesia. Bandung (ID):
Penerbit ITB.
Atmaja DA. 2008. Pengaruh ekstrak kunyit (Curcuma domestica) terhadap gambaran mikroskopik mukosa lambung mencit balb/c yang diberi parasetamol [karya tulis ilmiah]. Semarang(ID): Fakultas Kedokteran, Universitas Diponegoro.
Anwar A, Sudarsono, Ilyas S. 2005. Perbenihan sayuran di Indonesia: kondisi terkini dan prospek benih sayuran. Bul Agron. 33(1):38-47.
Awadalla OA, Mahmoud YAG. 2005. New chitosan derivates induces resistance to fusarium wilt disease through phytoalexin (gossypol) production.
Malaysiana sains. 34(1):141-146.
Bajpai VK, Kang S, Xu H, Lee SG, Baek KH, Kang SC. 2011. Potential role of essential oils on controlling plant pathogenic bacteria Xanthomonas species: a review. Plant Pathol J. 27(3):207-224.
[Bappenas] Badan Perencanaan Pembangunan Nasional. 2008. Produksi dan Luas Panen Kubis [internet]. [diunduh 2011 Okt 11]. Tersedia pada: http://www.bappenas.go.id/node/138/ 369/produksi-dan-luaspanen-kubis. [Barantan] Badan Karantina Pertanian. 2011. Electronic Plant Quarantine
System.
CAB International. 2007. Crop Protection Compendium (CD-ROM). Wallingford (GB). CAB International. 2 CD-ROM dengan penuntun di dalamnya.
Chung YC, Su YP, Chen CC, Jia G, Wang HL, Wu JGC, Lin JG. 2004. Relationship between antibacterial activity of chitosan and surface characteristic of cell wall. J Acta Pharm Sin. 25(7):932-936.
Cowan MM. 1999. Plants extracts as antimicrobial agents. J Clinic Microbiol. 12(4):564-582.
Dadang, Prijono D. 2008. Insektisida Nabati: Prinsip, Pemanfaatan, dan
Pengembangan. Bogor [ID]: Departemen Proteksi Tanaman, Institut
Pertanian Bogor.
Darwis SN. 1991. Tumbuhan Obat Famili Zingiberaceae. Bogor [ID]: Puslitbang Tanaman Industri.
[Ditlinhorti] Direktorat Perlindungan Tanaman Hortikultura. 2010. Kebijakan dan Strategi Perlindungan Hortikultura Tahun 2005-2010 [internet]. [diunduh 2012 Mei 4]. Tersedia pada: http://www.deptan.go.id/ditlinhorti/ images/data/tulisan/kebijakan.htm
34
Gitaitis R, Walcott R. 2007. The epidemiology and management of seedborne bacterial diseases [abstract]. Annu Rev Phytopatol. [internet]. [diunduh
2012 Jan 23]; 45(1):371-379. Tersedia pada:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17474875.
Gomes KA, Gomes AA. 1995. Prosedur Statistik untuk Penelitian Pertanian. Sjamsudin E, Baharsjah JS, penerjemah. Jakarta (ID): UI Press. Terjemahan dari: Statistical Procedures for Agricultural Research.
[HDC] Horticultural Development Company. 2009. Evaluation of disinfectants, biological and natural products for control of brassica black rot (Xanthomonas campestris pv campestris). Final Report of Agriculture and
Horticulture Development Board [internet]. [diunduh 2011 Nov 17].
Tersedia pada: http://www.planthealth.co.uk/projects/project-archive.php. Herliana P. 2010. Potensi khitosan sebagai antibakteri penyebab periodontitis. J
Sains Teknol. 1(1):12-24.
Hidayaningtias P. 2008. Perbandingan efek antibakteri air seduhan daun sirih (Piper bettle Linn) terhadap Streptococcus mutans pada waktu kontak dan konsentrasi yang berbeda [skripsi]. Semarang (ID): Fakultas Kedokteran, Universitas Diponegoro.
Hidayat, Anggoro HP, Muharam A. 2007. Kubis Lokal Berpotensi Menunjang Substitusi Impor Benih Kubis Hibrida. [internet]. [diunduh 2011 Sept 16]. Direktorat Perlindungan Tanaman Tersedia pada: http://pustaka.litbang. deptan.go.id/publikasi/ wr264043.pdf.
Hudayani M. 2008. Efek antidiare ekstrak etanol rimpang kunyit (Curcuma
domestica Val) pada mencit jantan galur swiss webster. [skripsi]. Surakarta
(ID): Fakultas Farmasi, Universitas Muhammadiyah Surakarta.
[IPPC] International Plant Protection Convention. 2009. International Standart
for Phytosanitary Measures. Food and Agriculture Organization of The
United Nations.
Juliantina F, Citra DA, Nirwani B, Nurmasitoh T, Bowo ET. 2011. Manfaat sirih merah (Piper crocatum) sebagai agen antibakterial terhadap bakteri gram positif dan gram negatif. J Kedok Kes Indones [internet]. Tersedia pada: http://journal.uii.ac.id/index.php/JKKI/article/viewFile/543/467.
Kamil J. 1979. Teknologi Benih 1. Padang (ID): Angkasa Raya.
Kardinan A. 2002. Pestisida Nabati: Ramuan dan Aplikasi. Ed ke-4. Jakarta (ID): Penebar Swadaya.
[Kementan] Kementerian Pertanian Republik Indonesia. 2010. Penyakit busuk hitam pada budidaya kubis [internet]. [diunduh 2011 Mei 4]. Tersedia pada: http://www.indopetani.com.
Khunaifi M. 2010. Uji aktivitas antibakteri ekstrak daun binahong (Anredera
cordifolia) terhadap bakteri Staphylococcus aureus dan Pseudomonas aeruginosa [skripsi]. Malang (ID): Fakultas Sains dan Teknologi,
35 Kohl J, Wolf JVD. 2005. Alternaria brassicicola and Xanthomonas campestris
pv. campestris in organic seed production of brassicae: epidemiology and seed infection [internet]. [diunduh 2011 Sept 25]. Plant Research International B.V. Tersedia pada: http://edepot.wur.nl/17130.
Kotchoni OS, Torimiro N, Gachomo EW. 2007. Control of Xanthomonas
campestris pv. vignicola in cowpea following seed and seedling treatment
with hydrogen peroxide and N-heterocyclic pyridium chlorochromate.
Plant Pathol J. 89(3):361-367.
Li B, Wang X, Chen R, Huangfu W, Xie G. 2008. Antibacterial activity of chitosan solution against Xanthomonas pathogenic bacteria isolated from
Euphorbia pulcherrima. Carb Pol J. 72(2):287-292.
Li XF, Feng XQ, Yang S. 2010. A mechanism of antibacterial activity of chitosan against gram-negative bacteria. Biol Chem J. 31(13):148-153.
Meidina, Sugiyono, Jenie S L, Suhartono M T. 2011. Aktivitas antibakteri oligomer kitosan yang diproduksi menggunakan kitonase dari isolat B.
Licheniformis MB-2 [internet]. [diunduh 2011 Nov 2]. Tersedia pada:
http://www.iptek.net.id/ind/pustaka_pangan/pdf/prosiding/oral/GB06-Meidina.pdf.
Murison J, Napier T. 2006. Cabbage growing. Primefact J [internet]. [diunduh 2011 Nov 17]. Tersedia pada: www.dpi.nsw.gov.au/primefacts.
Park YJ, Lee BM, Ho-Hahn J, Lee GB, Park DS. 2004. Sensitive and specific detection of Xanthomonas campestris pv campestris by PCR using species-specific primer based on hrpF gene sequences. Microb Res J. 159(10): 419-423.
Parwata OA, Dewi PFS. 2008. Isolasi dan uji aktivitas antibakteri minyak atsiri dari rimpang lengkuas (Alpinia galanga L.). J Kimia. 2 (2):100-104. Pundir RK, Jain P. 2010. Comparative studies on the antimicrobial activity of
black pepper (Piper nigrum) and turmeric (Curcuma longa) extracts. Int J
Appl Biol Pharm Technol. 1 (2):492-501.
Radiastuti N, Sukandar D, Khotimah FK. 2011. Efektivitas antibakteri minyak atsiri bunga cengkeh (Syzygium aromaticum) terhadap B. subtilis, B. cereus,
S. aureus, E. coli, dan P. aeruginosa serta isolasi senyawa aktifnya. Hayati.
4C(1):31-35.
Randhawa PS, Schaad NW. 1984. Selective isolation of Xanthomonas
campestris pv. campestris from crucifer seeds. Phytophatol J.
74(1):268-272.
Robert SJ. 2005. Transmission and spread of Xanthomonas campestris pv.
campestris in brassica trans-plants: implications for seed health standar. Seed Health Symposium [internet]. [diunduh 2011 Sept 12]. Tersedia pada:
http://www.planthealth.co.uk/downloads/Roberts_2009_BCPC_Xanthomon as.pdf.
36
Robert S. 2010. Biological control for seed-borne bacteria pathogen [internet]. [diunduh 2012 April 8]. Tersedia pada: http://www.aab.org.uk/images/ roberts.pdf.
Sharp JL, Hallman GJ. 1994. Quarantine treatment for pests and food plants [internet]. [diunduh 2012 Mei 8]. San Francisco (US): Westview Press. Tersedia pada: http://www-naweb.iaea.org/nafa/ipc/SA_94_EJang.pdf. Schaad NW, Jones JB, Chun W. 2001. Laboratory Guide for Identification of
Plant Pathogenic Bacteria. 3th ed. St. Paul (US): APS Press.
Semangun H. 2001. Pengantar Ilmu Penyakit Tumbuhan. Cetakan ke-2. Yogyakarta [ID]: Gadjah Mada University Press.
Sumarti T. 2009. Pengembangan metode deteksi Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis [tesis]. Bogor(ID): Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor.
Suppakul P, Sanla-ead N, Phoopuritham P. 2006. Antimicrobial and antioxidant activity of betel oil. Kasetsart J. 40(1):91-100.
Taufik M, Triatmojo S, Erwanto Y, Santoso U, Kristanti ND. 2011. Aktivitas antibakteri minyak cengkeh terhadap bakteri patogen [internet]. [diunduh 2011 okt 12]. Tersedia pada: http://stpp-malang.ac.id/PDF/Aktivitas% 20mikroba%20cengkeh.pdf.
Tshikalange TE. 2007. In vitro anti-HIV-1 properties of ethnobotanically selected South African plants used in the treatment of sexually transmitted diseases. Ethnopharmacol J. 96(1):515-519.
Wardaniati RA, Setyaningsih S. 2011. Pembuatan chitosan dari kulit udang dan aplikasinya untuk pengawetan bakso. [karya tulis ilmiah]. Semarang [ID]: Fakultas Teknik, Universitas Diponegoro.
Wibisono H. 2011. Analisis Efisiensi Usahatani Kubis [tesis]. Semarang [ID]: Fakultas Ekonomi, Universitas Diponegoro.
Wiratno. 2010. Beberapa formula pestisida nabati dari cengkih [internet]. [diunduh 2011 Okt 12]. Tersedia pada: http://pustaka.litbang.deptan.go.id/ inovasi/kl10101.pdf.
Yusman DA. 2006. Hubungan antara aktivitas antibakteri kitosan dan ciri permukaan dinding sel bakteri [skripsi]. Bogor [ID]: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Institut Pertanian Bogor.
Zainal A, Anwar A, Ilyas S, Sudarsono, Giyanto. 2010. Efektivitas ekstrak tumbuhan untuk mengeliminasi Clavibacter michiganensis subsp.
37
38
Lampiran 1 Kompisisi bahan untuk media SX (Schaad et al. 2001)
Bahan Jumlah/L Starch (soluble-potato) 10 g Beef extract 1 g Ammonium chloride 5 g K2HPO4 2 g Methyl violet 1 ml Methyl green 2 ml Agar 15 g
Setelah diautoclave ditambahkan 5 ml cycloheximide
Lampiran 2 Komposisi bahan untuk media YDC (Schaad et al. 2001)
Bahan Jumlah/L
Yeast extract 10 g
Dekstrosa 20 g
CaCO3 20 g
Agar 15 g
Lampiran 3 Sidik ragam pengaruh konsentrasi ekstrak sirih terhadap bakteri
Xanthomonas campestris pv. campestris secara in vitro
Sumber keragaman derajat bebas Jumlah kuadrat Kuadrat tengah F hitung P Perlakuan 5 1.2 x 1023 2.4 x 10 22 69.14 0.000** Galat 12 4.2 x 1021 3.5 x 1020 Total 17 1.2 x 1023
** berbeda sangat nyata (1%)
Lampiran 4 Sidik ragam pengaruh konsentrasi ekstrak cengkih terhadap bakteri
Xanthomonas campestris pv. campestris secara in vitro
Sumber keragaman derajat bebas Jumlah kuadrat Kuadrat tengah F hitung P Dosis 5 1.2 x 1023 2.4 x 10 22 69.13 0.000** Galat 12 4.2 x 1021 3.5 x 1020 Total 17 1.2 x 1023
39 Lampiran 5 Sidik ragam pengaruh konsentrasi kitosan terhadap bakteri
Xanthomonas campestris pv. campestris secara in vitro
Sumber keragaman Derajat bebas Jumlah kuadrat Kuadrat tengah F hitung P Perlakuan 4 1.8 x 10 11 4.5 x 1010 9.55 0.002** Galat 10 4.7 x 1010 4.7 x 109 Total 14 2.2 x 1011
** berbeda sangat nyata (1%)
Lampiran 6 Sidik ragam pengaruh waktu perendaman benih menggunakan ekstrak sirih terhadap kepadatan inokulum
Sumber keragaman Derajat bebas Jumlah kuadrat Kuadrat tengah F hitung P Perlakuan 5 58.3087 11.6617 459.76 0.000** Galat 12 0.3044 0.0254 Total 17 58.6131
** berbeda sangat nyata (1%)
Lampiran 7 Sidik ragam pengaruh waktu perendaman benih menggunakan ekstrak cengkih terhadap kepadatan inokulum
Sumber keragaman Derajat bebas Jumlah kuadrat Kuadrat tengah F hitung P Perlakuan 5 63.8367 12.7673 771.21 0.000** Galat 12 0.1987 0.0166 Total 17 64.0354
** berbeda sangat nyata (1%)
Lampiran 8 Sidik ragam pengaruh waktu perendaman benih menggunakan kitosan terhadap kepadatan inokulum
Sumber keragaman Derajat bebas Jumlah kuadrat Kuadrat tengah F hitung P Perlakuan 5 19.28828 3.85766 910.70 0.000** Galat 12 0.05083 0.00424 Total 17 19.33911
** berbeda sangat nyata (1%)
Lampiran 9 Sidik ragam pengaruh waktu perendaman benih menggunakan ekstrak sirih terhadap persentase benih terserang
Sumber keragaman Derajat bebas Jumlah kuadrat Kuadrat tengah F hitung P Perlakuan 5 86.40 17.28 9.96 0.001** Galat 12 20.83 1.74 Total 17 107.23
40
Lampiran 10 Sidik ragam pengaruh waktu perendaman benih menggunakan ekstrak cengkih terhadap persentase benih terserang
Sumber keragaman Derajat bebas Jumlah kuadrat Kuadrat tengah F hitung P Perlakuan 5 160.082 32.016 58.74 0.000** Galat 12 6.540 0.545 Total 17 166.622
** berbeda sangat nyata (1%)
Lampiran 11 Sidik ragam pengaruh waktu perendaman benih menggunakan kitosan terhadap persentase benih terserang
Sumber keragaman Derajat bebas Jumlah kuadrat Kuadrat tengah F hitung P Perlakuan 5 19.419 3.884 6.85 0.003** Galat 12 6.808 0.567 Total 17 26.227
** berbeda sangat nyata (1%)
Lampiran 12 Sidik ragam pengaruh waktu perendaman benih menggunakan ekstrak sirih terhadap persentase benih berkecambah
Sumber keragaman Derajat bebas Jumlah kuadrat Kuadrat tengah F hitung P Perlakuan 5 0.16087 0.03217 7.43 0.002** Galat 12 0.05198 0.00433 Total 17 0.21285
** berbeda sangat nyata (1%)
Lampiran 13 Sidik ragam pengaruh waktu perendaman benih menggunakan ekstrak cengkih terhadap persentase benih berkecambah
Sumber keragaman Derajat bebas Jumlah kuadrat Kuadrat tengah F hitung P Perlakuan 5 0.04475 0.00895 1.40 0.292 TN Galat 12 0.07676 0.00640 Total 17 0.12151
TN: tidak berbeda nyata
Lampiran 14 Sidik ragam pengaruh waktu perendaman benih menggunakan kitosan terhadap persentase benih berkecambah
Sumber keragaman Derajat bebas Jumlah kuadrat Kuadrat tengah F hitung P Perlakuan 5 0.14820 0.02964 4.82 0.012* Galat 12 0.07384 0.00615 Total 17 0.22204 * berbeda nyata (5%)
41 Lampiran 15 Prosedur ekstraksi DNA kultur bakteri berdasarkan protokol
Qiagen yang dimodifikasi
1 loop bakteri dari kultur berumur 48 jam dimasukkan dalam dimasukkan tabung ependorf berisi 400µl akuades
Suspensi ditambahkan 400µl bufer AP 1 kemudian diinkubasi pada 65oC selama 10 menit
Tambahkan 4µl proteinase-K, diinkubasi pada 37oC selama 1 jam
Tambahkan 130 µl bufer AP2 diinkubasi pada es selama 5 menit
Sentrifus pada 14.000 rpm selama 5 menit, cairan diambil dipindahkan ke kolom ungu
Sentrifus pada 14.000 rpm selama 2 menit, cairan diambil ditambahkan bufer AP3 sebanyak 1.5 volume
Suspensi dimasukkan pada kolom putih dan disentrifus pada 8.000 rpm selama 1 menit
Kolom dipindahkan pada tabung penampung baru, ditambahkan 500µl bufer AW dan disentrifus pada 8.000 rpm selama 1 menit
Cairan dibuang, ditambahkan 500µl bufer AW dan disentrifus pada 14.000 rpm selama 2 menit
Kolom dipindahkan pada tabung ependorf 1.5 ml, ditambahkan 100µl bufer AE, inkubasi pada suhu ruang selama 5 menit dan disentrifus pada 8.000 rpm selama 1 menit
Kolom dibuang, DNA yang tersaring segera dielektroforesis atau disimpan pada suhu -20oC