IV. HASIL DAN PEMBAHASAN
4.2.2. Karakterisasi Jenis Berdasarkan Analisis Penanda Genetik
4.1.2.2. Variasi Genetik antar Populasi
Berdasarkan hasil analisis penanda genetik antar populasi diperoleh jarak genetik populasi S. parvifolia dengan populasi Shorea sp . sebesar 0.0703 sedangkan jarak dari populasi Shorea sp .terhadap populasi S. leprosula sebesar 0.1149, serta jarak dari populasi S. parvifolia terhadap populasi S. leprosula
sebesar 0.1926. Selain itu diketahui pula nilai Hs sebesar 0.1752, Ht sebesar 0.2402, Gst sebesar 0.2708.
Analisis kedekatan genetik antar populasi dapat diketahui dari dendrogram yang disajikan dalam Gambar 10. Untuk menguatkan dalam klarifikasi jenis dilakukan analisis penanda ADN berdasarkan individu. Hasil dari uji penanda ADN berdasarkan individu disajikan dalam Gambar 11. Sedangkan dari Tabel 8 dapat menjelaskan bahwa jarak genetik terkecil dimiliki oleh S. parvifolia 2 terhadap Shorea sp nomor 3 dan jarak dari Shorea sp . nomor 2 terhadap Shorea sp . nomor 3 yaitu 0,0972. Jarak genetik terbesar ditunjukkan oleh Shorea sp .
nomor 8 terhadap S. lep 1 yaitu sebesar 0,7710.
Gambar 10 Dendrogram Kedekatan Genetik antar Populasi
Tabel 8 Jarak Genetik dari Masing-masing Individu
Individu S.spar1 S.spar2 S.spar3 S.spar4 S.spar5 S.sp1 S.sp2 S.
sp3 S.sp4 S.sp5 S.sp6 S.sp7 S.sp8 S.sp9 S.sp
10 S.lep1 S.lep2 S.lep3 S.lep4 S.lep5
S.spar1 0.000 S.spar2 0.139 0.000 S.spar3 0.139 0.118 0.000 S.spar4 0.182 0.118 0.118 0.000 S.spar5 0.300 0.325 0.325 0.182 0.000 S.sp1 0.300 0.275 0.325 0.228 0.251 0.000 S.sp2 0.182 0.118 0.205 0.118 0.182 0.182 0.000 S.sp3 0.160 0.097 0.182 0.182 0.300 0.205 0.097 0.000 S.sp4 0.118 0.182 0.139 0.139 0.251 0.251 0.182 0.205 0.000 S.sp5 0.275 0.300 0.251 0.351 0.493 0.325 0.351 0.325 0.325 0.000 S.sp6 0.139 0.251 0.205 0.300 0.325 0.378 0.251 0.228 0.182 0.251 0.000 S.sp7 0.351 0.493 0.434 0.493 0.657 0.523 0.555 0.463 0.406 0.325 0.434 0.000 S.sp8 0.351 0.434 0.434 0.555 0.588 0.588 0.555 0.463 0.351 0.493 0.275 0.351 0.000 S.sp9 0.351 0.275 0.275 0.378 0.588 0.463 0.434 0.300 0.351 0.434 0.325 0.463 0.406 0.000 S.sp10 0.300 0.228 0.228 0.325 0.523 0.463 0.325 0.251 0.351 0.378 0.275 0.657 0.523 0.251 0.000 S.lep1 0.378 0.406 0.463 0.463 0.555 0.555 0.351 0.434 0.434 0.588 0.523 0.693 0.555 0.770 0.555 0.000 S.lep2 0.493 0.406 0.406 0.463 0.555 0.493 0.463 0.378 0.434 0.406 0.406 0.555 0.378 0.434 0.434 0.523 0.000 S.lep3 0.378 0.406 0.406 0.351 0.378 0.434 0.406 0.434 0.325 0.406 0.406 0.555 0.493 0.622 0.434 0.351 0.351 0.000 S.lep4 0.523 0.622 0.622 0.622 0.588 0.523 0.555 0.523 0.406 0.555 0.434 0.588 0.351 0.657 0.588 0.493 0.275 0.378 0.000 S.lep5 0.351 0.378 0.434 0.434 0.523 0.406 0.378 0.300 0.406 0.434 0.493 0.523 0.463 0.588 0.523 0.434 0.139 0.378 0.251 0.000 29
4.2. Pembahasan
4.2.1. Klarifikasi Jenis S. parvifolia dan S. leprosula Berdasarkan Morfologi Daun dengan Penanda RAPD
Karakter morfologi selama ini sering digunakan dalam diagnosis jenis. Adapun karakter morfologi yang paling sering digunakan adalah morfologi organ daun. Selain mudah dan cepat dilakukan, juga banyak literatur mengenai morfologi daun. Namun disisi lain diagnosis jenis dengan menggunakan karakter morfologi daun terdapat beberapa kelemahan, terutama pada jenis yang memiliki morfologi daun yang mirip. Kemiripan bentuk morfologi daun dapat terjadi, hal ini disebabkan karena morfologi merupakan fenotipe, dimana fenotipe memiliki ketidakstabilan terhadap faktor lingkungan. Hal serupa juga disampaikan Finkeldey (2005) yang menjelaskan bahwa karakter morfologi tidak dapat secara tepat membedakan satu jenis dengan jenis yang lain. Karena morfologi dari satu jenis merupakan ekspresi dari faktor genetik dan faktor lingkungan.
Sebagaimana ditunjukkan dalam Gambar 7, dengan menggunakan karakter morfologi daun, muncul klaster Shorea sp . yang berada diantara jenis S. parvifolia dan S. leprosula. Implikasi dari munculnya daerah tersebut menandakan adanya beberapa jenis yang didiagnosis meragukan antara kedua jenis. Diagnosis daerah yang meragukan tersebut akan menyebabkan keakuratan pendugaan jenis dengan menggunakan karakter morfologi rendah, dan sebaliknya kesalahan diagnosis jenis menjadi besar. Kesalahan diagnosis jenis akan berakibat fatal baik dalam jangka panjang maupun jangka pendek, terutama jika berkaitan tentang kegiatan pemuliaan pohon, pengadaan bibit yang berkualitas dll.
Menurut Finkeldey (2005) dijelaskan bahwa untuk membedakan jenis dapat digunakan penanda genetik. Penanda genetik lebih stabil terhadap faktor lingkungan. Dengan kemajuan teknologi genetika molekuler sekarang ini penanda genetik dapat dilihat dari lokus penanda atau gen penanda yang hanya dapat dilihat dengan teknologi penanda ADN. Ada beberapa teknik penanda ADN yang sekarang dikembangkan antara lain RLFP, RAPD, AFLP, mikrosatelit dll.
Hasil RAPD dari primer OPY-13 (Gambar 8) menunjukkan bahwa lokus 1 merupakan lokus penanda, sehingga dengan lokus 1 dapat digunakan untuk melakukan klarifikasi jenis. Berdasarkan lokus penanda tersebut, dari 20 individu
klarifikasi yang terdiri dari 5 individu S. parvifolia dan S. leprosula serta 10
individu dari klaster Shorea sp , dapat diklasifikasikan menjadi 14 individu
S. parvifolia dan 6 individu S. leprosula. Secara lebih terperinci individu nomor 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11,13,14,15 masuk dalam jenis Shorea parvifolia. Sedangkan jenis Shorea leprosula meliputi individu nomor 12,16,17,18,19 dan 20. Secara umum hasil dari klarifikasi berdasarkan lokus penanda pada primer OPY-13, sebagian besar klaster Shorea sp . masuk dalam jenis S. parvifolia.
Hasil skoring (Lampiran 3) setelah dilakukan analisis dengan software
POPGENE versi 32 dan NTSys lebih menguatkan diagnosis jenis berdasarkan lokus penanda. Berdasarkan Gambar 10 dalam analisis variasi genetik antar populasi, dapat dijelaskan bahwa jarak genetik antara populasi S. leprosula
terhadap populasi Shorea sp . lebih jauh dibandingkan jarak genetik S. parvifolia
terhadap populasi Shorea sp , yang lebih jelas digambarkan dalam diagram pohon bahwa populasi S. parvifolia bergabung dengan populasi Shorea sp . diawal diagram pohon.
Hasil analisis penanda ADN berdasarkan individu (Gambar 11) juga menguatkan klarifikasi jenis berdasar lokus penanda. Sebagian besar individu
Shorea sp . masuk dalam populasi S. parvifolia. Dendrogram menjelaskan bahwa dari 20 individu dibagi menjadi 2 klaster, yaitu klaster S. parvifolia yang terdiri dari 13 individu dan klaster S. leprosula terdiri 7 individu. Klarifikasi penanda ADN berdasarkan individu lebih spesifik dalam klasifikasi jenis.
Berdasarkan nilai Gst dari penelitian yang dilakukan oleh Finkeldey (2005) jenis dan tempat yang hampir sama, diperoleh nilai Gst dari S. parvifolia
sebesar 0.3121 sedangkan jenis S. leprosula nilai Gst sebesar 0.2355. Pada penelitian yang dilakukan didapatkan nilai Gst sebesar 0.2708. Sehingga dapat disimpulkan bahwa nilai Gst dari penelitian ini tidak jauh berbeda, dan masih berada pada selang Gst jenis S. parvifolia dan S. leprosula yang telah dilakukan penelitian sebelumnya.
4.2.2. Implikasi Klarifikasi Jenis S. parvifolia dan S. leprosula Berdasarkan Morfologi Daun dengan RAPD
Diagnosis jenis S. parvifolia dan S. leprosula pada dasarnya adalah kegiatan idnetifikasi klon S. parvifolia dan klon S. leprosula. Dalam mempelajari klon masing-masing jenis dapat lebih terperinci melalui variasi genetik dalam populasi. Variasi satu jenis dalam satu populasi akan lebih kecil jika dibandingkan dengan variasi genetik berbeda jenis dengan populasi yang sama. Walaupun jenis
S. parvifolia dan S. leprosula pada umumnya sering ditemukan pada daerah yang sama (lingkungan yang hampir sama), namun keragaman antara jenis S. parvifolia
dan S. leprosula tetap akan berbeda terutama dari segi genetik. Hal ini dibuktikan dari analisis dalam populasi kedua jenis (Tabel 6), jenis S. parvifolia memiliki lokus polimorfik yang secara umum lebih sedikit dibandingkan dengan jenis
S. leprosula, begitu pula pada nilai keragaman genetiknya. Berdasarkan nilai keragaman genetik S. leprosula yang lebih tinggi menjelaskan bahwa jenis frekuensi munculnya pita pada S. leprosula lebih tinggi dari pada S. parvifolia.
Berdasarkan diagram pohon UPGMA (Nei, 1979) dalam Gambar 11, ditunjukkan bahwa S. mix7 dan S. mix8 bergabung diawal dan baru bergabung dengan klaster jenis S. parvifolia dan S. leprosula. Berdasarkan koefisien jarak genetik, diperoleh nilai 0,83 yang diperoleh dari hasil penjumlahan jarak genetik antara S. mix7 dan S. mix 8 ditambah dengan panjang koefisien jarak genetik yang menghubungkan matrik S. mix7 dan S. mix8 dengan matrik pertemuan antara S. parvifolia dan S. leprosula. Jika diperhatikan dari besarnya jarak genetik ada kemungkinan dua individu tersebut dari jenis yang berbeda atau bisa juga hibrid. Kemungkinan tersebut diperkuat pada Gambar 9c, pada nomor 12 dan 13 yang diperlihatkan bahwa pita kedua individu tersebut berbeda dengan individu yang lain. Untuk menguji lebih lanjut dibutuhkan penelitian yang lebih spesifik tentang keberadaan hibrid atau jenis lain dalam penelitian ini.
