Keragaman Ruas Ekson 2 dan 3 Gen Penyandi Enzim α-Keto Dehidrogenase E1-α Rantai Asam Amino Bercabang (bckdha) pada sapi madura

(1)

KERAGAMAN RUAS EKSON 2 DAN 3 GEN PENYANDI

ENZIM

α

-KETO DEHIDROGENASE E1-

α

RANTAI ASAM

AMINO BERCABANG (BCKDHA) PADA SAPI MADURA

RIA MARIA

DEPARTEMEN BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

(2)

(3)

PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN

SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA

Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Keragaman Ruas Ekson 2 dan 3 Gen Penyandi Enzim α-Keto Dehidrogenase E1-α Rantai Asam Amino Bercabang (BCKDHA) pada Sapi Madura adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini.

Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut Pertanian Bogor.

(4)

ABSTRAK

RIA MARIA. Keragaman Ruas Ekson 2 dan 3 Gen Penyandi Enzim α-Keto Dehidrogenase E1-α Rantai Asam Amino Bercabang (BCKDHA) pada Sapi Madura. Dibimbing oleh ACHMAD FARAJALLAH dan DYAH PERWITASARI.

Sapi madura merupakan sapi lokal Indonesia dari hasil persilangan sapi india (Bos indicus) dan banteng (Bos javanicus). Kompleks enzim Branched chain α-keto acid dehydrogenase (BCKDH) terdapat di membran bagian dalam mitokondria sel eukariot. yang berperan dalam mengubah branched chain amino acids (BCAAs), yaitu isoleusin, leusin, dan valin ke bentuk α-keto. Kompleks enzim ini terdiri atas tiga subunit yang salah satunya adalah subunit E1-α yang disebut branched chain α-keto acid dehydrogenase E1-α (BCKDHA). Maple syrup urine disease (MSUD) merupakan kelainan genetik yang salah satunya diakibatkan oleh kejadian mutasi pada subunit E1-. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman ruas ekson 2 – 3 gen penyandi enzim BCKDHA pada sapi madura. Hasil analisis keragaman ruas ekson 2 – 3 gen BCKDHA ditemukan dalam populasi sapi madura J adalah identik antar individunya. Selain itu ruas ekson 2 – 3 gen BCKDHA sapi madura juga identik dengan sapi taurin (Bos taurus).

Kata kunci: BCKDHA, ekson 2 – 3, ruminants, sapi madura.

ABSTRACT

RIA MARIA. Diversity of Segment Exon 2 and 3 encoding genes enzymes α-Keto dehydrogenase E1-α Branched Chain Amino Acids (BCKDHA) in Madura Cattle. Supervised by ACHMAD FARAJALLAH and DYAH PERWITASARI.

Madura cattle is a cattle from the local Indonesian cattle crossbreeding India (Bos indicus) and banteng (Bos javanicus). Enzyme complex branched chain α-keto acid dehydrogenase (BCKDH) located in the inner mitochondrial membrane of eukaryotic cells. BCKDH has a role in changing branched chain amino acids (BCAAs), which is isoleucine, leucine and valine to α-keto form. This enzyme complex consists of three enzyme subunits, one which is E1- α subunit called branched chain α-keto acid dehydrogenase E- α (BCKDHA). Maple syrup urine disease (MSUD) is a genetic disorder caused by one occurrence of mutation in the E1- α subunit. This study aimed to determine the diversity of segment 2 – 3 exon encoding BCKDHA gene in madura cattle. The result revealed that segment of exon 2 – 3 BCKDHA gene in madura cattle J population were found to be identical among them. Furthermore the segment of exon 2 – 3 BCKDHA gene madura cattle J was identical with taurine cattle (Bos taurus).

(5)

Skripsi

sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Sains

pada

Departemen Biologi

KERAGAMAN RUAS EKSON 2 DAN 3 GEN PENYANDI

ENZIM

α

-KETO DEHIDROGENASE E1-

α

RANTAI ASAM

AMINO BERCABANG (BCKDHA) PADA SAPI MADURA

RIA MARIA

DEPARTEMEN BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

(6)

(7)

Judul Skripsi: Keragaman Ruas Ekson 2 dan 3 Gen Penyandi Enzim α-Keto Dehidrogenase E1-α Rantai Asam Amino Bercabang (bckdha) pada sapi madura

Nama : Ria Maria NIM : G34090088

Disetujui oleh

Dr Ir Achmad Farajallah, MSi Pembimbing I

Dr Ir R.R. Dyah Perwitasari, MSc Pembimbing II

Diketahui oleh

Dr Ir Iman Rusmana, MSi Ketua Departemen

(8)

PRAKATA

Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah subhanahu wa ta’ala atas segala karunia-Nya sehingga karya ilmiah ini berhasil diselesaikan. Tema yang dipilih dalam penelitian yang dilaksanakan sejak bulan Januari 2013 ini ialah Genetika Molekuler, dengan judul Keragaman Ruas Ekson 2 dan 3 Gen BCKDHA (branched chain α-keto acid dehidrogenase E1-α) pada Sapi Madura.

Terima kasih penulis ucapkan kepada Bapak Dr Ir Achmad Farajallah MSi dan Ibu Dr Ir R.R. Dyah Perwitasari Msc selaku dosen pembimbing yang telah memberikan arahan dan bimbingannya selama penyelesaian penelitian ini. Terima kasih juga kepada Prof Dr Ir Alex Hartana selaku dosen penguji atas saran dan kritiknya dalam penyelesaian karya ilmiah ini. Ungkapan terima kasih tak terhingga disampaikan kepada ayahanda Achmad Bakrie dan Ibunda Penih beserta keluarga atas segala doa, dukungan dan kasih sayangnya yang memberi semangat kepada penulis. Di samping itu, penghargaan penulis sampaikan kepada segenap penghuni Lab Molekuler Ibu Maria Ulfah MSc Agr dan penghuni Zoo Corner yang saya hormati. Terima kasih juga saya ucapkan kepada teman-teman tercinta Kurrataa’yun, Eci, Elok, Dewi, Yovita dan keluarga Biologi 46 yang terus memberikan saya semangat. Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.

(9)

DAFTAR ISI

DAFTAR TABEL viii

DAFTAR GAMBAR viii

DAFTAR LAMPIRAN viii

PENDAHULUAN 1

Latar Belakang 1

Tujuan Penelitian 2

METODE 3

Sampel DNA 3

Amplifikasi dan Visualisai DNA 3

Perunutan Produk PCR 3

Analisis Data 3

HASIL DAN PEMBAHASAN 4

Hasil 4

Amplifikasi Ruas Ekson 2 – 3 gen BCKDHA 4

Analisis Varian Nukleotida Ruas Ekson 2 – 3 Gen BCKDHA 4

Pembahasan 5

SIMPULAN 6

DAFTAR PUSTAKA 6

LAMPIRAN 8

(10)

DAFTAR TABEL

1 Ukuran ruas ekson 2 – 3 gen BCKDHA pada sapi madura J dan spesies

pembanding. 5

2 Variasi nukleotida ekson 2 – 3 gen BCKDHA dari sampel sapi madura J terhadap nukleotida gen BCKDHA spesies pembanding. 5

DAFTAR GAMBAR

1 Lokasi beberapa kompleks enzim di lintasan metabolisme intermediet karbohidrat, lemak dan asam amino sejak di sitoplasma sampai matriks

mitokondria. 1

2 Amplikon ruas ekson 2 – 3 gen BCKDHA diatas gel poliakrilamida 6%

setelah pewarnaan perak. 4

3 Kromatogram menunjukkan puncak-puncak tunggal pada hasil sekuens. 4

DAFTAR LAMPIRAN

1 Gambar sapi madura 8

2 Database DNA polled samples 8

3 Posisi penempelan primer AF318 dan AF319 pada peta organisasi gen

BCKDHA sapi Bos taurus (NW001493616) 9

(11)

PENDAHULUAN

Latar Belakang

Indonesia memiliki keanekaragaman sumber daya genetik hewan ternak lokal yang tinggi, terutama sapi. Sapi pada umumnya dimanfaatkan manusia sebagai penyedia kebutuhan protein hewani. Jenis sapi lokal yang diternakan di Indonesia salah satunya adalah sapi madura. Sapi madura merupakan hasil persilangan dari sapi zebu (Bos indicus) dan banteng (Bos. javanicus) (Nijman et al. 2003). Sapi madura memiliki ciri kepala bertanduk, gumba berkembang baik pada jantan, warna bulu merah bata, terdapat lingkaran warna putih pada daerah bawah kaki, bokong dan moncong (Lampiran 1) (Huitema 1986). Sapi madura tergolong sebagai sapi potong yang memiliki kualitas daging yang baik, resisten terhadap stres pada lingkungan panas dan infestasi kutu ternak (Payne dan Hodges 1997). Selain itu, sapi madura juga sangat efisien terhadap pakan. Pakan yang biasanya digunakan sederhana dari rumput liar namun kualitas daging dan pertumbuhannya sangat baik. Sapi madura memiliki kemampuan metabolisme makanan yang sangat baik, oleh karena itu efisiensi metabolisme dari sapi madura sangat menarik untuk diteliti. Kelainan genetik pada metabolisme sapi madura juga akan menurunkan kualitas daging dan kesehatan sapi tersebut.

Metabolisme adalah sekumpulan perubahan kimiawi yang mendukung kehidupan dalam sel-sel dari organisme hidup termasuk pencernaan dan transportasi zat ke dalam dan di antara sel yang berbeda. Reaksi enzimatik ini memungkinkan organisme untuk tumbuh dan berkembang biak, menjaga struktur, dan merespon lingkungan. Dalam hal ini serangkaian reaksi dalam sel disebut metabolisme perantara atau metabolisme intermediet. Kompleks enzim branched chain α-keto-acid dehydrogenase (BCKD) merupakan kompleks enzim yang berada di membran dalam mitokondria pada eukariota (Gambar 1) (Hutson 1988).

Keterangan : BCKD - branched-chain α-keto acid dehydrogenase. PDC - pyruvate dehydrogenase complex. _KGDC -ketoglutarate dehydrogenase complex. AA- asam amino, FA- asam lemak, TCA cycle - siklus asam sitrat, BCAA - branched-chain amino acids (Sumber : Patel dan Harris 1995).

(12)

2

Kompleks enzim BCKDH sangat conserved pada Mamalia (Yeaman 1986). Kompleks enzim BCKDH berperan dalam mengubah branched chain amino acids (BCAAs), yaitu isoleusin, leusin, dan valin menjadi bentuk α-keto sehingga bisa masuk ke dalam Siklus Kreb. Kompleks enzim BCKD tersusun empat subunit yaitu 2-oxoisovalerate dehydrogenase (E1-α dan E1-β), dihydrolipoamide acyltransferase (E2), dan dihydrolipoamide dehydrogenase (E3). Subunit E1-α disandikan oleh gen branched chain α-keto-acid dehydrogenase E1-α (BCKDHA) (Pettit et al. 1978). Lokasi gen BCKDHA terletak di kromosom nomor 18 pada sapi taurin (B. taurus) (Elsik et al. 2009). Subunit E1-α dari kompleks enzim metabolisme BCKD disandikan oleh gen yang ada di dalam genom inti, ditranskripsi menjadi RNA, ditranslasikan menjadi polipeptida di sitoplasma dan ditranslokasikan ke matriks mitokondria (Morris 2006). Pada membaran bagian dalam mitokondria, subunit BCKDHA ini bergabung dengan subunit-subunit lainnya membentuk kompleks enzim.

Defisiensi dari enzim BCKDHA dilaporkan oleh Zhang et al. (1989) sebagai penyebab penyakit Maple Syrup Urine Disease (MSUD). Akibat dari akumulasi kadar BCAAs dalam darah akan menjadi racun bagi tubuh. Hal tersebut dapat mengganggu sistem saraf pusat yang ditunjukkan dengan dismyelinasi, edema serebral, dystonia, koma, keterbelakangan mental, masalah kejiwaan, dan bahkan kematian dalam beberapa minggu setelah dilahirkan (Friedrich et al. 2012). MSUD tipe 1A disebabkan mutasi gen BCKDHA di ruas ekson 2 yang menyandikan 2-oxoisovalerate dehydrogenase pada anak sapi Polled Hereford. Mutasi tersebut merupakan mutasi titik akibat terjadinya substitusi nukleotida 248C/T pada kodon 6 dan menyebabkan stop kodon prematur dari sub unit E1-α kompleks BCKD (Zhang et al. 1989; Zhang et al. 1990; Zhang et al. 1991). Mutasi yang terjadi pada gen BCKDHA selain di ruas ekson 2 pada sapi belum pernah dilaporkan (Zhang et al. 1990). Beberapa titik mutasi ruas ekson 2 pada subunit E1-α ini telah dikembangkan menjadi uji klinis penyakit MSUD berbasis PCR pada sapi perah dan manusia (Zhang et al. 1990).

Keragaman yang dipelajari dalam penelitian ini adalah keragaman ruas ekson 2 – 3 gen BCKDHA terkait pengaruhnya terhadap kendali fungsi pengikatan antar subunit dan juga terkait efisiensi metabolisme makanan pada sapi madura. Gen BCKDHA memiliki ruas peptida transit yang disandikan oleh bagian ujung 5’ ekson 1 dan ruas bagian ujung 3’ pada ekson 2 – 9 yang akan menyandikan polipeptida untuk membentuk struktur kuartener dengan sub unit lainnya (Chuang et al. 1993). Jika terdapat mutasi pada nukleotida bagian ekson maka akan mempengaruhi efisiensi pada peptida transit, situs pelekatan dengan subunit lainnya dan situs katalitik. Perubahan-perubahan ketiganya ditunjukkan dengan kisaran efisiensi BCKDH dalam memetabolisme BCAAs.

Tujuan Penelitian

(13)

3

METODE

Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Juni-Oktober 2013 di bagian Fungsi Hayati dan Perilaku Hewan, Departemen Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Institut Pertanian Bogor.

Sampel DNA

Sampel DNA sapi madura yang digunakan adalah koleksi dari Dr. R.R Dyah Perwitasari, FMIPA IPB, yang diperoleh dari kabupaten Bangkalan, Madura. Sebanyak 10 sampel DNA yang diekstraksi dari sampel darah dicampur menjadi satu (pooled DNA samples) yang kemudian diberi label J (Lampiran 2).

Amplifikasi dan Visualisai DNA

Amplifikasi ruas ekson 2 – 3 gen BCKDHA dilakukan secara in vitro menggunakan mesin PCR ESCO Swift Maxi Thermal Cycler. Pereaksi PCR yang digunakan untuk volume reaksi 25 μl terdiri atas sampel DNA sekitar 50 ng sebanyak 1 µ l, GoTaq® Green Master Mix 2X (Promega) (1 unit Taq Polimerase, 400 μM dNTP, 3 mM MgCl2), primer forward AF318 (5’-agcacccccacaggtggcag-3’) dan

primer reverse AF319 (5’-cctgtcttgtggtccttagacc-3’) (lampiran 3) masing-masing 0,1 μM. Kondisi PCR yang digunakan adalah: predenaturasi 95 °C dua menit, kemudian dilanjutkan 30 siklus terdiri dari denaturasi 95 °C 45 detik, suhu penempelan primer 58 °C satu menit, pemanjangan DNA pada suhu 72 °C satu menit, dan diakhiri pemanjangan DNA pada suhu 72 °C lima menit. Produk PCR diamati menggunakan metode polyacrilamide gel electrophoresis (PAGE) dengan konsentrasi akrilamid 6% yang dilanjutkan dengan pewarnaan perak (Byun et al. 2009). Komposisi penyusun gel adalah larutan akrilamid (akrilamid:bis akrilamid = 29:1) dan larutan buffer 1x TBE (Tris HCl 10 mM, asam borat 1M, EDTA 0,1 mM, pH 8.0).

Perunutan Produk PCR

Produk PCR yang berupa pita tunggal di atas gel poliakrilamid dan berukuran 516 pasang basa (pb) dijadikan sampel dalam reaksi perunutan nukleotida. Reaksi PCR perunutan nukleotida menggunakan primer yang sama seperti amplifikasi awal dengan metode sequencing big dye terminator. Output perunutan nukleotida berupa kromatogram yang dilakukan oleh lembaga komersial jasa sequencing. Pembacaan runutan nukleotida menggunakan program ABI Prism 3700-Avant Generic Analyzer. Analisis Data

(14)

4

HASIL DAN PEMBAHASAN

Hasil

Amplifikasi Ruas Ekson 2 – 3 genBCKDHA

Ruas ekson 2 – 3 gen BCKDHA pada sapi madura J berhasil diamplifikasi dengan metode PCR menggunakan pasangan primer forward AF318 dan reverse AF319 dengan panjang amplikon sekitar 516 pb (Gambar 2) (Lampiran 4).

Keterangan: J = Kode sampel sapi madura dan M = Penanda DNA 100 pb.

Gambar 2 Amplikon ruas ekson 2 – 3 gen BCKDHA diatas gel poliakrilamida 6% setelah pewarnaan perak.

Analisis Varian Nukleotida Ruas Ekson 2 – 3 Gen BCKDHA

Puncak-puncak setiap nukleotida yang ada dalam kromatogram hasil perunutan nukleotida adalah tunggal dan tidak ada satupun yang tumpang tindih (Gambar 3). Nukleotida tunggal yang diwakili oleh setiap puncak adalah sangat jelas walaupun terdiri atas banyak sampel. Hal ini menunjukkan bahwa runutan nukleotida dari ke-sepuluh sampel yang dicampur menjadi satu adalah sama persis. Dengan kata lain, dari sepuluh sampel sapi madura yang digunakan dalam penelitian ini tidak ditemukan adanya varian nukleotida.

Gambar 3 Kromatogram menunjukkan puncak-puncak tunggal pada hasil sekuens. Runutan nukleotida gen BCKDHA sapi madura J yang diperoleh dalam penelitian ini meliputi: ekson 2 sepanjang 168 nukleotida (nt), intron 2 sepanjang 106 nt, ekson 3 sepanjang 87 nt, dan intron 3 diperkirakan lebih dari 113 nt (Tabel 1). Data ini menunjukkan bahwa organisasi gen BCKDHA di ruas 2 – 3 pada ruminansia relatif sama dilihat dari ukuran panjang ruas ekson 2 – 3 gen BCKDHA.

J M

516 pb 500 pb

(15)

5 Tabel 1 Ukuran ruas ekson 2 – 3 gen BCKDHA pada sapi madura J dan spesies

pembanding.

Spesies Nomor aksesi Kategori

data

Panjang ruas (dalam nt)

Ekson 2 Intron 2 Ekson 3 Intron 3

Sapi madura J - DNA 168 106 87 >113

Bos taurus NW_001493616 DNA 168 106 87 >113

Camelus ferus NW006211451 DNA 168 101 87 >112

Capra hircus NC_022310 DNA 168 105 87 >113

Ovis aries NC_019471 DNA 168 105 87 >113

Sumber: Database GenBank (http://ncbi.nlm.nih.gov).

Variasi nukleotida yang diperoleh dalam penelitian ini meliputi 10 nt pada ekson 2, 23 nt pada intron 2 dan 5 nt pada ekson 3 (Tabel 2).

Tabel 2 Variasi nukleotida ekson 2 – 3 gen BCKDHA dari sampel sapi madura J terhadap nukleotida gen BCKDHA spesies pembanding.

Keterangan: Nomor situs nukleotida dibaca secara vertikal. Tanda titik menunjukkan nukleotida yang sama dengan nukleotida pada sapi madura J. Nomor aksesi spesies dalam Tabel 2 sama dengan nomor aksesi spesies dalam Tabel 1.

Pembahasan

(16)

6

desain penelitian ini, yaitu semua sampel dijadikan satu (DNA pooling). Teknik DNA pooling juga dilakukan oleh Sham (2002), Mahfud (2009) dan Herodita (2009).

Ukuran ruas ekson 2 – intron 3 gen BCKDHA pada hewan ruminansia relatif sama (Tabel 1). Variasi nukleotida menunjukkan bahwa Sapi madura J identik dengan Bos taurus (NW001493616). Sebagaimana gen-gen vital bagi metabolisme, nilai keragaman ruas-ruas ekson gen BCKDHA sangat rendah (Ibeagha-Awemu et al. 2008) karena bersifat sangat conserved. Keragaman yang dipelajari dalam penelitian ini adalah keragaman ruas ekson 2 – 3 gen BCKDHA terkait pengaruhnya terhadap kendali fungsi pengikatan antar subunit dan juga terkait efisiensi metabolisme makanan pada sapi madura.

Sapi madura umumnya merupakan hasil persilangan dari sapi zebu sebagai induk dan banteng sebagai pejantan, namun ada beberapa jenis sapi madura yang merupakan hasil persilangan dari sapi zebu sebagai induk betina dan sapi taurine sebagai pejantan. Kesamaan fenotipe dapat dilihat dari warna bulu antara sapi taurin dengan sapi madura yang berwarna merah kecoklatan (Maksum 1993). Berdasarkan kromosom Y ditemukan beberapa sampel sapi madura merupakan keturunan dari sapi taurin (Kusdiantoro et al. 2009).

SIMPULAN

Pada populasi sapi madura tidak ditemukan keragaman di ruas ekson 2 – 3 gen BCKDHA. Organisasi gen BCKDHA pada ruas ekson 2 – 3 pada sapi madura sama dengan anggota ruminansia lainnya dari segi ukuran, komposisi runutan nukleotida dan fungsinya. chain α-ketoacid dehydrogenase complex. J Biol Chem. 268(11):8309-8316. Elsik CG, Tellam RL, Worley KC. [Bovine Genome Sequencing and Analysis

Consortium]. 2009. The genome sequence of taurine cattle: a window to ruminant biology and evolution. Science. 324(5926):522-528.

Friedrich T, Lambert AM, Masino MA, Downes GB. 2012. Mutations of zebrafish dihydrolipoamide branched-chain transacylase E2 results in motor dysfunction and models maple syrup urine disease. Disease Model and Mechanism. 5:248-258. Herodita LU. 2009. Identifikasi defisiensi bovine leucocite adhesion deficiency

(17)

7 Hutson SM, Fenstermacher D, Mahar C. 1988. Role of mitochondrial transamination in branched chain amino acid metabolism. The Journal of Biological Chemistry. 263(8):3618-3625.

Huitema H. 1986. Peternakan di Daerah Tropis; Arti Ekonomi dan Kemampuannya, Penelitian di Beberapa Daerah di Indonesia. Terjemahan: Peni Hardjosworo. Jakarta (ID): Yayasan Obor Indonesia.

Ibeagha-Awemu EM, Kgwatalala P, Ibeagha AE, Zhao X. 2008. A critical analysis of disease-associated DNA polymorphisms in the genes of cattle, goat, sheep, and pig. Mamm Genome. 19:226-245.

Kusdiantoro M, Olsson M, Tol HTA, Mikko S, Vlamings BH, Andersson G, Martinez HR, Purwantara B, Paling W, Colender B et al. 2009. The origin of indonesian cattle. PLoS ONE. 4:1-5.

Mahfud K. 2009. Deteksi Dini Kelainan Genetik Complex Vertebral Malformation dan Factor XI Deficiency pada Sapi Perah Friesian-Holstein [tesis]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.

Maksum K. 1993. Hasil-hasil penelitian sapi madura di Sub Balai Penelitian Ternak Grati-Pasuruan. Di dalam: Hasil Penelitian dan Pengembangan Sapi Madura. Prosiding Pertemuan Ilmiah; Sumenep (ID), 11-12 Oktober 1992.

Morris SM. 2006. Branched-chain amino acids: metabolism, physiological function, and application. The Journal of Nutrition. 136:254-255.

Nijman IJ, Otsen M, Verkaar ELC, de Ruijter C, Hanekamp E, Ochieng JW, Shamshad S, Rege JEO, Hanotte O, Barwegen MW et al. 2003. Hybridization of banteng (Bos javanicus) and zebu (Bos indicus) revealed by mitochondrial DNA, satellite DNA, AFLP and microsatellites. Heredity. 90:10-16.

Patel MS, Harris RA. 1995. Mammalian α-keto acid dehydrogenase complexes: gene regulation and genetic defects [review]. FASEB J. 9: 1164-1172.

Payne WJA, Hodges J. 1997. Tropical Cattle: Origins, Breed, and Breeding Policies. Oxford: Blackwell Science Ltd.

Pettit FH, Yeaman SJ, Reed LJ. 1978. Purification and characterization of branched chain α- ketoacid dehydrogenase complex of bovine kidney. Proc NatL Acad Sci. 75:4881-4885.

Sham P, Bader JS, Craig I, O’Donovsan M, Owen M. 2002. DNA pooling: a tool for a larfe-scale association studies. Nar Rev Genet. 3(11):862:871.

Yeaman SJ. 1986. The mammalian 2-oxoacid dehydrogenases: a complex family. Trends Biochem Sci: 11:293-296.

Zhang B, Edenberg HJ, Crabb DW, Harris RA. 1989. Evidence for both a regulatory mutation and a structural mutation in a family with maple syrup urine disease. J Clin Invest. 83(4):1425-9.

Zhang B, Healy PJ. Zhao Y, Ciabb DW, Hams RA. 1990. Premature translation termination of the pre-Ela subunit of the branched chain a-ketoacid dehydrogenase as a cause of maple syrup urine desease in Polled Hereford calves. J. Biol. Chem. 265:2425-2427.

(18)

8

LAMPIRAN

Lampiran 1 Gambar sapi madura

(Sumber: http://ditjennak.deptan.go.id)

Lampiran 2 Database DNA polled samples Kode

sampel

Sumber ektraksi

Darah yang diambil

Asal Tipe Sapi

S1 Darah 200 µl Bangkalan Pedaging

(19)

9 Lampiran 3 Posisi penempelan primer AF318 dan AF319 pada peta organisasi gen

BCKDHA sapi Bos taurus (NW001493616)

Lampiran 4 Posisi penempelan primer AF318 dan AF319

1 agcaccccca caggtggcag caacagcagc acttctcgtc cctggatgac AF318-primer forward

51 aagccgcagt tcccaggggc ctcagcggag ttcatagaca agctcgaatt 101 catccagccc aatgtcatct ctgggatccc catctaccgg gtcatggacc 151 ggcagggcca gatcatcaac cccagcgagg atccccacgt aagaggccac 201 ctccccccga ccctgtgcct cccatgccca agccccttgc ccatctcctc 251 tctggcccca gctggcccac gtctgtctgt gcctctgtct gcagctgccc 301 caggagaagg tgctcaaatt ctacaagagc atgaccctgc tcaacaccat 351 ggaccgcatc ctctatgaat cccagaggca ggtgcgtggg gacaggctag 401 ggagggggcc tgggattacc tgaggtcctg cccaccctac ctgtgtctgg 451 gccaaaagac agcgcccaaa gaagagggag tggaatggag atccctgtct

AF319- 501 tgtggtcctt agacc

(20)

10

RIWAYAT HIDUP

Penulis dilahirkan di Bekasi pada tanggal 30 September 1991. Penulis merupakan putri bungsu dari empat bersaudara dari pasangan Bapak Achmad Bakrie dan Ibu Penih.

Penulis lulus dari SMAN 1 Tambun Utara, Bekasi pada tahun 2009 dan melanjutkan pendidikan di Departemen Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Institut Perttanian Bogor melalui jalur Undangan Seleksi Masuk IPB (USMI).

Selama masa studi di IPB penulis aktif di berbagai organisasi kemahasiswaan. Pada tahun 2009 sebagai anggota Klub Cinta Lingkungan dan Dewan Mushola Asrama Putri A3 TPB, tahun 2010-2011 sebagai sekretaris divisi Biosains Himpunan Mahasiswa Biologi (HIMABIO) dan pengurus rohis kelas biologi angkatan 46, tahun 2011 sebagai anggota UKM bela diri Taekwondo IPB. Penulis juga terlibat dalam beberapa kepanitiaan kegiatan kampus pada tahun 2010 seperti Lomba Cepat Tepat Biologi (LCTB) “Pesta Sains Nasional 2010” divisi Publikasi, Dekorasi dan Dokumentasi, Green Society divisi Dana Usaha dan Konsumsi, Masa Pengenalan Departemen Biologi angkatan 47 (MORFOLOGI 47) divisi Pendamping Junior Kelas, tahun 2011 sebagai sekretaris divisi LCTB, sekretaris pada acara Seminar Nasional; “Kesehatan Reproduksi Manusia”, sekretaris Pesta Karya ilmiah Mahasiswa club (PKM club), Musyawarah Wilayah Jawa I Ikatan Himpunan Mahasiswa Biologi Indonesia (IKAHIMBI) divisi penginapan, Panitia Pemilihan Raya Himabio 2011 divisi acara dan tahun 2012 sebagai panitia IPB Green Living Movement (IGLM) 2nd divisi Photography and Film Contest.