Analisis gen mitokondria penyandi protein pada amphibia

(1)

ANALISIS GEN MITOKONDRIA PENYANDI PROTEIN

PADA AMPHIBIA

JOHANSON SIMARMATA

DEPARTEMEN BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

(2)

(3)

PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN

SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*

Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Analisis Gen

Mitokondria Penyandi Protein pada Amphibia adalah benar karya saya dengan

arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada

perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya

yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam

teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini.

Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut

Pertanian Bogor.

Bogor, Agustus 2014

Johanson Simarmata

(4)

ABSTRAK

JOHANSON SIMARMATA. Analisis Gen Mitokondria Penyandi Protein pada

Amphibia. Dibimbing oleh ACHMAD FARAJALLAH dan R.R. DYAH

PERWITASARI.

Aktivitas transkripsi gen sebagian besar terjadi pada utas H, terdiri dari 2

gen penyandi rRNA, 14 gen penyandi tRNA dan 12 gen penyandi protein yang

memiliki laju mutasi yang beda. Evolusi dan laju mutasi yang

berbeda-beda dapat menyebabkan penyimpangan pengelompokan taksa. Penelitian ini

bertujuan menganalisis runutan nukleotida gen penyandi protein yang

ditranskripsi dari utas H pada genom mitokondria Amphibia. Data runutan

nukleotida diunduh dari portal data NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/). Data

diolah menggunakan piranti lunak Textpad dan dianalisis menggunakan MEGA 5.

Hasil analisis menggunakan metode Neighbor-Joining dan Net Between Group

Mean Distances dengan model Kimura 2-parameter dan Number of Differences

menunjukkan bahwa hubungan kekerabatan Ordo Anura-Caudata lebih jauh

dibanding Anura-Gymnophiona maupun Caudata-Gymnophiona. Nilai rasio

transisi-transversi lebih dari 1 menunjukkan bahwa laju mutasi transisi lebih

tinggi dari laju transversi. Kodon awal yang digunakan pada 12 gen penyandi

protein mtDNA Amphibia terdiri dari ATA, ATC, ATG, ATT, GTG dan TTG.

Kodon akhir yang digunakan antara lain AGA, AGG, TAA, TAG, TA- dan T--.

ATG, GTG, TAA dan T-- merupakan kodon awal dan kodon akhir yang lebih

dominan digunakan.

Kata kunci: Amphibia, DNA, gen penyandi protein, mitokondria, mutasi

ABSTRACT

JOHANSON SIMARMATA. Analysis of Mitochondrial Protein-coding Genes on

Amphibian. Supervised by ACHMAD FARAJALLAH and R.R. DYAH

PERWITASARI.

Activity of gene transcription occurs largely in the H-strand, consisting of

two genes coding for rRNA, 14 tRNA-coding and 12 protein-coding that have the

difference of mutation rates. Evolution and difference of mutation rates can lead

to deviations of t

axa’s grouping.

This study aimed to analyze the nucleotide

sequences of protein-coding genes transcribed from the genome mitochondrial

Amphibians H-strand. Nucleotide sequences were downloaded from NCBI

database. Data were processed using Textpad and analyzed using MEGA 5

software. Results of the analysis using Neighbor-Joining and Net Between Group

Mean Distances method with Kimura 2-parameter and Number of Differences

models indicated that relationship of Order Anura-Caudata was distantly separated

Gymnophiona-Anura and Caudata-Gymnophiona. Number of

transition-transversion ratio more than 1 (>1) revealed that transition rate are higher than

transversion. Start codons used in 12 protein-coding genes consist of ATA, ATC,

ATG, ATT, GTG and TTG. Stop codons are used among others AGA, AGG,

TAA, TAG, TA-and T--. ATG, GTG, TAA and T-- are start codons and stop

codons are used more dominant.

(5)

Skripsi

sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar

Sarjana Sains

pada

Departemen Biologi

ANALISIS GEN MITOKONDRIA PENYANDI PROTEIN

PADA AMPHIBIA

JOHANSON SIMARMATA

DEPARTEMEN BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

(6)

(7)

Judul Skripsi : Analisis Gen Mitokondria Penyandi Protein pada Amphibia

Nama

: Johanson Simarmata

NIM

: G34070030

Disetujui oleh

Dr Ir Achmad Farajallah, MSi

Pembimbing I

Dr Ir R.R. Dyah Perwitasari, MSc

Pembimbing II

Diketahui oleh

Dr Ir Iman Rusmana, MSi

Ketua Departemen

(8)

(9)

PRAKATA

Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Tuhan Yang Maha Esa atas segala

karunia-Nya sehingga karya ilmiah ini berhasil diselesaikan dalam memenuhi

salah satu syarat mendapatkan gelar Sarjana Sains di Departemen Biologi FMIPA

IPB. Tema yang dipilih dalam penelitian yang dilaksanakan sejak bulan Oktober

2013 ini adalah analisis DNA mitokondria, dengan judul Analisis Gen

Mitokondria Penyandi Protein pada Amphibia.

Terima kasih penulis ucapkan kepada Bapak Dr Ir Achmad Farajallah, MSi

dan Ibu Dr Ir R.R. Dyah Perwitasari, MSc selaku pembimbing yang senantiasa

bersabar dalam membimbing dan memberi arahan. Terima kasih kepada Bapak

Prof Dr Ir Alex Hartana, MSc sebagai penguji karya ilmiah. Terima kasih kepada

seluruh staf Departemen Biologi IPB atas bimbingannya selama penulis menjalani

studi di Departemen Biologi IPB. Terima kasih penulis sampaikan kepada Bunda

beserta seluruh keluarga, yang senantiasa memberi dukungan, doa dan kasih

sayang, terutama kepada Juspen Simarmata, Januardi Simarmata, Onanto Silalahi,

Eva Netty, Marissa Kristina dan Pahotan Simarmata yang tiada hentinya

memberikan semangat dan dukungan materi. Penulis juga sampaikan terima kasih

kepada Bapak Dame RG, Ariston Simarmata, Dewi Putri Basani dan Ika Indah

Sari yang selalu memberikan semangat, dan terlebih kepada teman-teman

angkatan 44 yang telah banyak membantu selama masa studi di IPB.

Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.

Bogor, Agustus 2014

(10)

DAFTAR ISI

DAFTAR TABEL

vii

DAFTAR GAMBAR

vii

PENDAHULUAN

1

Tujuan Penelitian

1

METODE

2

Bahan

2

Analisis Data

2

HASIL DAN PEMBAHASAN

3

Pengunduhan data

3

Analisis laju substitusi

4

Analisis jarak genetik

6

Analisis Neighbor-Joining (NJ)

7

SIMPULAN

10

DAFTAR PUSTAKA

10

LAMPIRAN

12

(11)

DAFTAR TABEL

1 Hasil seleksi data yang digunakan dalam analisis gen-gen penyandi

protein pada genom mtDNA Amphibia

3

2 Jenis-jenis kodon awal yang digunakan pada 12 gen penyandi protein

mtDNA Amphibia

4

3 Jenis-jenis kodon akhir yang digunakan pada 12 gen penyandi

protein mtDNA Amphibia

4

4 Kode genetik mitokondria vertebrata

5

5 Hasil analisis laju substitusi pada basa pertama, kedua, dan ketiga

genom penyandi protein pada mtDNA Amphibia menggunakan

Nucleotide Pair Frequencies

6

6 Analisis jarak genetik antar kelompok ordo Amphibia berdasarkan

basa pertama dan kedua pada 12 gen-gen penyandi protein mtDNA

Amphibia menggunakan model NoD dan K2P

7

DAFTAR GAMBAR

1

Pohon filogeni hasil analisis Neighbor-joining kelompok ordo Anura,

Caudata dan Gymnophiona menggunakan basa pertama dan kedua

setiap kodon dengan model evolusi K2P dan NoD

8

2

Pohon filogeni hasil analisis NJ tingkat famili yang tergolong dalam

Kelas Amphibia menggunakan metode K2P dan NoD

9

DAFTAR LAMPIRAN

1

Contoh data runutan nukleotida mtDNA yang diunduh dari portal

(12)

(13)

PENDAHULUAN

Amphibia merupakan hewan vertebrata yang pada saat fase berudu

menetap di dalam air, dan pindah ke daratan pada saat fase dewasa. Amphibia

dikelompokkan ke dalam tiga Ordo, yaitu Anura, Caudata dan Gymnophiona

(Pough

et al.

2005). Hubungan filogenetik antar ketiga Ordo tersebut relatif stabil

berdasarkan berbagai jenis data, mulai dari data morfologi, gen-gen fungsional

yang ada di inti sel, sampai data DNA mitokondria (Frost

et al.

2006).

DNA mitokondria (mtDNA) merupakan DNA yang hanya diturunkan dari

induk betina tanpa mengalami rekombinasi (Brown 1983). Perbedaan mtDNA

antar individu disebabkan oleh mutasi gen (Nei dan Kumar 2000). DNA

mitokondria memiliki sifat khusus dibandingkan dengan DNA inti, yaitu: jumlah

kopi yang tinggi, ukurannya relatif kecil (14-39 kb), dan memiliki laju kecepatan

evolusi yang tinggi (Kocher

et al.

1989).

Keunikan lainnya dari mtDNA

dibandingkan dengan DNA inti adalah perbedaan penyandian kode genetik. Kodon

UGA tidak dibaca sebagai kodon akhir melainkan sebagai triptofan, kodon AGA dan

AGG tidak dibaca sebagai arginin melainkan sebagai kodon akhir, dan AUA dibaca

sebagai methionin (Nei dann Kumar 2000).

DNA mitokondria sudah dibuktikan dan

diyakini oleh banyak peneliti dapat digunakan sebagai penanda molekuler dalam

mempelajari keragaman genetik, baik pada tingkat individu, populasi, maupun

pada level taksonomi yang lebih tinggi pada hewan (Avise dan Lansman 1983;

Brown 1983). DNA mitokondria merupakan DNA utas ganda yang terdiri dari

utas

heavy

(H) dan utas

light

(L). Utas H memiliki berat molekul yang lebih besar

dibanding utas L karena utas H memiliki lebih banyak kandungan basa purin

(Anderson

et al

. 1981).

Menurut Brown (1983), mtDNA memiliki 13 gen penyandi protein, 2 gen

penyandi rRNA dan 22 gen penyandi tRNA. Sebagian besar gen-gen tersebut

ditranskripsi dari untai H, yaitu 2 gen penyandi rRNA, 14 gen penyandi tRNA,

dan 12 gen penyandi protein. Setiap gen dari genom mitokondria memiliki laju

evolusi yang berbeda-beda. Perbedaan laju evolusi bagian gen tersebut dapat

digunakan untuk mempelajari proses evolusi, hubungan kekerabatan antar

individu atau kelompok taksa. Bagian-bagian gen yang memiliki laju mutasi

tinggi biasanya digunakan untuk menganalisis hubungan intraspesies, misalnya

menguji paternitas dan mempelajari pola penyebaran. Ruas gen-gen yang

memiliki laju mutasi rendah digunakan untuk menganalisis hubungan

interspesifik , misalnya hubungan kekerabatan antar taksa.

Tujuan Penelitian

(14)

2

METODE

Bahan

Bahan yang digunakan adalah data sekunder berupa runutan nukleotida

DNA mitokondria taksa Amphibia yang diunduh dari portal data nukleotida

National Centre for Biotechnology Information (NCBI). Portal data NCBI

menyatukan data runutan nukleotida dari DNA Data Bank of Japan (DDBJ) dan

European Molecular Biology Laboratory (EMBL). Data yang diunduh memuat

informasi tentang kode akses, definisi data, referensi, hirarki taksonomi organisme,

runutan nukleotida, beserta posisi gen-gen penyandi protein, tRNA dan rRNA,

dan

beberapa “features” lainnya.

(Lampiran 1).

Analisis Data

Data runutan nukleotida mtDNA taksa Amphibia diunduh dari portal data

NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) pada Oktober 2013. Kata kunci pencarian

yang digunakan pada opsi pencarian nukleotida

adalah “amphibia mitochondri*

cytochrome Val Glu”.

Penggunaan

wildcard

“*” bertujuan untuk menentukan

pilihan kata yang

diawali oleh “mitochondri”, sepe

rti mitochondria,

mitochondrion dan mitochondrial.

Sedangkan “cytochrome Val Glu” untuk

mencakup

whole genome mitochondria

. Hasil pencarian disimpan dalam bentuk

format “

GenBank (full)

”.

Data diseleksi berdasarkan kode akses data. Data yang akan digunakan

adalah data dengan kode akses NC. Kode akses NC menunjukkan bahwa data

tersebut telah diverifikasi oleh kurator NCBI. Jika ada lebih dari satu data runutan

lengkap genom mitokondria yang di-

upload

oleh lebih dari satu penulis atau

lembaga, maka kurator NCBI akan memilih satu data yang dianggap sebagai

referensi data untuk spesies tersebut.

Ruas-ruas gen penyandi protein dipisahkan menggunakan piranti lunak

Textpad v7 berdasarkan informasi batas gen-gen y

ang tercantum dalam “

features”

data. Runutan nukleotida tiap jenis gen disejajarkan (

alignment

) menggunakan

MUSCLE yang tertanam dalam MEGA5 dengan kode genetik “

vertebrate

mitochondrial

”

(Tamura

et al

. 2011). Pemeriksaan hasil pensejajaran dilakukan

secara manual dibantu oleh hasil deduksi asam aminonya. Jumlah kodon awal

diperoleh dari hasil pensejajaran yang diedit sedemikian rupa dan dihitung

menggunakan piranti lunak Microsoft Office Excel 2007. Hasil pensejajaran

diubah ke dalam format MEGA (.

meg

) dan selanjutnya dilakukan analisis

keragaman nukleotida, antara lain analisis laju mutasi menggunakan Nucleotide

Pair Frequencies, jarak genetik dengan metode Net Between Group Mean

Distances dan Neighbor-Joining (NJ) dengan menggunakan model substitusi

Number of Differences (NoD) dan Kimura 2-parameter (K2P), dengan pengujian

topografi pohon filogeni berdasarkan bootstrap 1000 kali pengulangan (Tamura

et

al.

2011). Model substitusi Number of Differences memberikan bobot yang sama

(15)

3

HASIL DAN PEMBAHASAN

Pengunduhan data

Jumlah data

mitochondrial whole genome

taksa Amphibia dari hasil

pencarian data yang tersedia di basis data hingga Oktober 2013 berjumlah 447

entri. Data hasil seleksi yang dianalisis lebih lanjut sebanyak 145 entri (Tabel 1).

Dari hasil seleksi data pengelompokan gen penyandi protein, runutan nukleotida

penyandi gen ND5 pada organisme

Hoplobatrachus rugulosus

(NC_019615)

mengalami duplikasi. Duplikasi gen merupakan kejadian bergandanya suatu

daerah bagian DNA yang berfungsi sebagai gen. Kopi kedua dari gen sering kali

terbebas dari tekanan seleksi dan tidak memiliki efek negatif terhadap inang.

Runutan nukleotida gen ND5 yang digunakan dari data NC_019615 dipilih salah

satu. Spesies

Polipedates megachepalus

(NC_006408) tidak memiliki runutan

nukleotida penyandi gen ND5 dan ATP8 di dalam data. Oleh karena itu, data

NC_006408 tidak digunakan lebih lanjut.

Penggunaan kodon awal pada runutan nukleotida gen penyandi protein

mtDNA Amphibia bervariasi (Tabel 2), antara lain ATA, ATC, ATG, ATT, GTG

dan TTG. Pada umumnya kodon awal yang paling banyak digunakan adalah ATG

(85,11%), sedangkan kodon awal yang paling sedikit digunakan adalah ATC

(0,35%). Penggunaan kodon awal pada gen Sitokrom C oksidase subunit 1 (CO1)

didominasi oleh kodon GTG (106 kodon), lalu diikuti oleh ATA dan ATG dengan

jumlah masing-masing 28 dan 11 kodon. Penggunaan kodon akhir secara

keseluruhan (Tabel 3) didominasi oleh TAA dan kodon akhir tidak lengkap T--,

dengan jumlah kodon masing-masing 694 dan 711. Kodon akhir TAA dominan

digunakan pada gen ATP6, ATP8, CO1, ND4L dan ND5 sedangkan T-- dominan

digunakan pada gen CO2, CO3, CytB, ND1, ND2, ND3 dan ND4. Adapun kodon

lain yang digunakan sebagai kodon akhir antara lain TA-, TAG, AGA dan AGG

dengan jumlah masing masing 123, 114, 55 dan 43 kodon.

Sebagian besar kodon awal pada 13 gen penyandi protein mtDNA

Amphibia menggunakan kodon awal ATG (Roe

et al.

1985), namun penggunaan

kodon awal ATG tidak dominan pada gen CO1. Gen CO1 pada Chordata (kecuali

Mamalia) dominan menggunakan GTG sebagai kodon awal (Zardoya dan Meyer

2000)

Tabel 1 Hasil seleksi data yang digunakan dalam analisis gen-gen penyandi

protein pada genom mtDNA Amphibia

Pemilihan Data

Jumlah Entri

Data yang diunduh dari basis data nukleotida

447

Seleksi data dengan kode akses NC

146

(16)

4

Analisis laju substitusi

Mutasi yang terjadi pada basa pertama dan kedua dari setiap kodon akan

menyebabkan peluang perubahan jenis asam amino yang ditranslasi menjadi lebih

besar. Namun jika mutasi terjadi pada basa ketiga setiap kodon, seringkali kodon

yang baru tetap menyandikan protein yang sama dengan kodon awal sebelum

mutasi. Hal tersebut disebabkan oleh adanya kesamaan asam amino yang dibawa

oleh tRNA meskipun basa ketiga berbeda (Tabel 4). Kodon-kodon yang

Tabel 3 Jenis-jenis kodon akhir yang digunakan pada 12 gen penyandi protein

mtDNA Amphibia

Gen

Kodon akhir

AGA

AGG

TAA

TAG

TA-

1

T--

1

ATP6

0

102

2

13

28

ATP8

1

0

137

7

0

CO1

13

35

66

22

2

7

CO2

2

0

11

1

7

124

CO3

0

2

1

24

118

CytB

5

0

29

6

21

84

ND1

1

0

13

20

43

68

ND2

5

3

50

18

3

66

ND3

0

48

17

3

77

ND4

6

1

18

2

0

118

ND4L

1

0

138

4

2

0

ND5

21

4

80

14

5

21

Total

55

43

694

114

123

711

Persentase (%)

3,16

2,47

39,89

6,55

7,07

40,86

1

Incomplete stop codon

Tabel 2 Jenis-jenis kodon awal yang digunakan pada 12 gen penyandi protein

mtDNA Amphibia

Gen

Kodon awal

ATA

ATC

ATG

ATT

GTG

TTG

ATP6

3

0

136

0

5

1

ATP8

1

0

142

0

2

0

ND1

6

1

113

6

10

9

ND2

8

3

113

19

2

0

ND3

14

0

118

4

9

0

ND4

2

0

142

0

1

0

ND4L

2

0

139

0

4

0

ND5

5

2

134

1

3

0

CO1

28

0

11

0

106

0

CO2

1

0

114

0

CO3

0

145

0

CytB

1

0

144

0

Total

71

6

1481

30

142

10

(17)

5

menghasilkan jenis asam amino yang sama dinamakan kodon sinonim (Nei dan

Kumar 2000).

Perubahan asam amino disebabkan oleh perubahan urutan basa nukleotida,

akan tetapi perubahan sebuah basa nukleotida pada DNA tidak selamanya

mengubah asam amino karena satu asam amino dapat disandikan lebih dari satu

jenis kodon. Mutasi gen terjadi karena perubahan susunan asam amino akibat

terjadinya penambahan (insersi) atau kehilangan (delesi) pasangan basa, atau

pergantian pasangan basa (substitusi) yang satu dengan jenis basa yang lain.

Insersi dan delesi menghasilkan dampak yang signifikan terhadap produksi

polipeptida. Kehilangan atau penambahan nukleotida pada suatu titik akan

mengubah kerangka baca (

frameshift

) seluruh kodon yang berada di belakang

titik tersebut. Dengan demikian, polipeptida yang dihasilkan akan menyimpang

dari polipeptida yang seharusnya disintesis (Griffiths

et al.

2000

)

. Mutasi akibat

pergantian pasangan basa dibedakan menjadi 2 jenis, yakni transisi dan transversi.

Transisi merupakan mutasi yang terjadi akibat substitusi basa purin (Adenin,

Guanin) dengan purin lainnya, atau basa pirimidin (Sitosin, Timin) dengan

pirimidin lainnya. Sedangkan transversi merupakan mutasi akibat substitusi purin

dengan pirimidin atau sebaliknya (Nei dan Kumar 2000).

Tabel 4 Kode genetik mitokondria vertebrata

1

Kodon Hasil

UUU

Phe

UCU

Ser

UAU

Tyr

UGU

Cys

UUC

Phe

UCC

Ser

UAC

Tyr

UGC

Cys

UUA

Leu

UCA

Ser

UAA

Ter

UGA

Trp (Ter

2

)

UUG

Leu

UCG

Ser

UAG

Ter

UGG

Trp

CUU

Leu

CCU

Pro

CAU

His

CGU

Arg

CUC

Leu

CCC

Pro

CAC

His

CGC

Arg

CUA

Leu

CCA

Pro

CAA

Gln

CGA

Arg

CUG

Leu

CCG

Pro

CAG

Gln

CGG

Arg

AUU

Ile

ACU

Thr

AAU

Asn

AGU

Ser

AUC

Ile

ACC

Thr

AAC

Asn

AGC

Ser

AUA

Met (Ile

2

)

ACA

Thr

AAA

Lys

AGA

Ter (Arg

2

)

AUG

Met

ACG

Thr

AAG

Lys

AGG

Ter (Arg

2

)

GUU

Val

GCU

Ala

GAU

Asp

GGU

Gly

GUC

Val

GCC

Ala

GAC

Asp

GGC

Gly

GUA

Val

GCA

Ala

GAA

Glu

GGA

Gly

GUG

Val

GCG

Ala

GAG

Glu

GGG

Gly

1

Tabel kode genetik mitokondria Vertebrata Nei dan Kumar (2000);

2

Hasil asam amino pada

(18)

6

Analisis laju substitusi (Tabel 5) berdasarkan basa nukleotida pertama,

kedua dan ketiga dari setiap kodon menunjukkan bahwa rentang nilai rasio (R)

antara laju transisi (Si) dengan laju transversi (Sv) berkisar antara 0,5-2,5.

Aktifitas mutasi transisi maupun transversi paling sedikit terjadi pada basa kedua.

Hal tersebut dapat dilihat dari nilai Si dan Sv basa kedua yang lebih kecil dari

nilai Si dan Sv pada basa pertama maupun ketiga. Nilai R rata-rata pada basa

pertama adalah 1,108; pada basa kedua R rata-rata 1,401 dan pada basa ketiga

nilai R rata-rata 0,725. Hasil nilai rata-rata R setiap kodon menandakan bahwa

laju transisi lebih tinggi dibanding laju transversi pada basa pertama dan kedua,

sedangkan pada basa ketiga laju transversi lebih tinggi dibanding laju transisi.

Nilai rata-rata rasio laju transisi dengan transversi sebesar 1,053. Hal tersebut

menandakan bahwa laju transisi lebih dominan dibanding laju translasi (Nei dan

Kumar 2000). Dengan demikian, pada umumnya mutasi transisi lebih sering

terjadi pada runutan nukleotida penyandi protein mtDNA Amphibia.

Analisis jarak genetik

Jarak genetik digunakan untuk melihat kedekatan hubungan genetik antar

Ordo. Tabel 6 merupakan hasil analisis jarak genetik antara Ordo Anura, Caudata

Tabel 5 Hasil analisis laju substitusi pada basa pertama, kedua dan ketiga setiap kodon

genom penyandi protein pada mtDNA Amphibia menggunakan Nucleotide

Pair Frequencies

Gen Basa ke-

Si

Sv Rasio(R)

Gen

Basa ke-

Si

Sv

Rasio(R)

CO1

1

40,0

16,0

2,5 ND3

1

16,0

17,0

0,9

2

7,0

0,9

2

9,0

5,0

1,8

3

136,0

134,0

1,0

3

25,0

37,0

0,7

total

183,0

158,0

1,2

total

50,0

59,0

0,8

CO2

1

24,0

16,0

1,5 ND4L

1

16,0

18,0

0,9

2

9,0

6,0

1,5

2

8,0

7,0

1,2

3

55,0

1,0

3

20,0

32,0

0,6

total

89,0

77,0

1,1

total

44,0

57,0

0,8

CO3

1

24,0

16,0

1,5 ND4

1

68,0

89,0

0,8

2

10,0

5,0

1,9

2

45,0

38,0

1,2

3

61,0

69,0

0,9

3

98,0

158,0

0,6

total

95,0

90,0

1,1

total

211,0

285,0

0,7

CytB 1

38,0

39,0

1,0 ND5

1

75,0

112,0

0,7

2

17,0

11,0

1,6

2

54,0

55,0

1,0

3

95,0

107,0

0,9

3

136,0

196,0

0,7

total

150,0

156,0

1,0

total

265,0

363,0

0,7

ND1

1

40,0

37,0

1,1 ATP6

1

35,0

31,0

1,1

2

17,0

12,0

1,4

2

18,0

9,0

2,1

3

67,0

97,0

0,7

3

48,0

78,0

0,6

total

124,0

146,0

0,9

total

100,0

117,0

0,9

ND2

1

45,0

74,0

0,6 ATP8

1

8,0

12,0

0,7

2

37,0

25,0

1,5

2

6,0

9,0

0,7

3

66,0

122,0

0,5

3

9,0

18,0

0,5

total

147,0

221,0

0,7

total

24,0

39,0

0,6

(19)

7

dan Gymnophiona menggunakan metode Net Between Group Mean Distances

,

model Kimura 2-Parameter dan Number of Differences dengan bootstrap 1000

kali pengulangan. Analisis melibatkan 145 runutan nukleotida. Posisi basa yang

digunakan adalah basa pertama dan kedua setiap kodon. Semua posisi yang

mengandung kesenjangan dan data yang hilang telah dieliminasi. Total posisi basa

dalam data akhir berjumlah 6700. Perkiraan standard error ditunjukkan oleh angka

di belakang tanda ±. Analisis jarak genetik dilakukan menggunakan MEGA5.

Tabel 6 Hasil analisis jarak genetik antar kelompok ordo Amphibia menggunakan

Net Between Mean Group Distances berdasarkan basa pertama dan kedua

setiap kodon pada 12 gen-gen penyandi protein mtDNA Amphibia

menggunakan model K2P dan NoD

Anura

Caudata

Gymnophiona

Anura

-

293,276±9,010

266,094±9,471

Caudata

0,056±0,002

-

283,065±11,745

Gymnophiona

0,052±0,002

0,053±0,002

-

Angka di atas diagonal: Hasil analisis jarak genetik menggunakan model NoD

Angka di bawah diagonal: Hasil analisis jarak genetik menggunakan model K2P

Hasil perhitungan Analisis jarak genetik berdasarkan basa pertama dan

kedua dari setiap kodon (Tabel 6) menggunakan model K2P menunjukkan bahwa

jarak genetik antar kelompok Ordo berkisar antara 0,052 hingga 0,056. Jarak

genetik antara Ordo Anura dengan Caudata adalah 0,056 dengan simpangan baku

sebesar 0,002; Anura-Gymnophiona dan Caudata-Gymnophiona berturut-turut

adalah 0,052 dan 0,053 dengan masing-masing simpangan baku 0,002. Analisis

jarak genetik menggunakan model NoD juga menunjukkan perbandingan nilai

jarak genetik yang sama dengan perhitungan menggunakan model K2P.

Nilai jarak genetik terbesar terdapat pada Ordo Anura-Caudata, yaitu

sebesar 0,056 dengan model K2P dan 293,276 dengan model NoD. Nilai tersebut

lebih tinggi dibanding nilai jarak genetik Anura-Gymnophiona dan

Caudata-Gymnophiona. Semakin besar nilai jarak genetik, maka semakin besar jumlah

perbedaan basa nukleotidanya. Semakin besar jumlah perbedaan basa nukleotida,

maka hubungan kekerabatan semakin jauh. Sebaliknya, semakin kecil nilai jarak

genetik maka semakin sedikit perbedaan basa nukleotidanya sehingga hubungan

kekerabatannya semakin dekat (Febriana 2011). Dengan demikian, Ordo Caudata

dan Gymnophiona memiliki hubungan kekerabatan yang lebih dekat dibanding

Anura-Caudata maupun Anura-Gymnophiona.

Analisis Neighbor-Joining (NJ)

(20)

8

Ordo Anura terbagi ke dalam dua kelompok cabang. Sebagian besar (36

spesies) membentuk kelompok tersendiri yang terpisah dari kelompok Caudata

dan Gymnophiona, sedangkan 22 spesies berada dalam satu kelompok cabang

dengan kelompok ordo Caudata dan Gymnophiona. Topografi pohon filogeni

analisis NJ dengan model mutasi K2P dan NoD yang lebih rinci mengelompokan

organisme dalam tingkat famili beserta jumlah individu dapat dilihat dalam

gambar 2. Angka yang terdapat dalam tanda [ ] merupakan jumlah spesies dari

masing-masing famili.

Analisis NJ dengan model mutasi K2P dan NoD menghasilkan struktur

pohon filogeni yang sama (Gambar 1 dan 2). Masing-masing famili (Gambar 2)

menempati posisi yang sama pada pohon filogeni baik pada Analisis NJ

menggunakan model K2P maupun NoD. Perbedaan hasil analisis dari kedua

model tersebut hanya terdapat pada nilai persentase keakuratan pengelompokan

individu. Nilai persentase keakuratan pengelompokan tersebut ditunjukkan oleh

angka yang terdapat di setiap percabangan.

(21)

9

Jika dibandingkan dengan informasi taksa masing-masing individu yang

tercantum pada bagian “ORGANISM” dari data yang diunduh,

topografi pohon

filogeni NJ tersebut mengalami penyimpangan. Penyimpangan tersebut

disebabkan oleh ketidaksesuaian hubungan kekerabatan ketiga Ordo berdasarkan

topografi pohon filogeni NJ dan hubungan kekerabatan berdasarkan kelompok

taksa. Pengelompokan Ordo Anura dan Caudata seharusnya memiliki hubungan

Gambar 2 Pohon filogeni hasil analisis NJ tingkat famili yang tergolong ke dalam

(22)

10

kekerabatan yang lebih dekat karena berada dalam satu kelompok Superordo,

yakni Batrachia. Menurut Zardoya dan Meyer (1996), gen mitokondria berpotensi

menyesatkan hasil pengelompokan taksa karena tidak semua gen-gen dalam

genom mitokondria dapat merepresentasikan seluruh genom mitokondria. Oleh

karena itu, kualitas representasi gen tunggal terhadap total genom mitokondria

dikelompokkan menjadi tiga kelompok (Zardoya dan Meyer 1996), yaitu:

1.

Baik

(ND2, ND4, ND5, CytB dan COI)

2.

Menengah (CO2, CO3, ND1 dan ND6)

3.

Buruk

(ND3, ND4L, ATP6 dan ATP8).

SIMPULAN

Analisis yang dilakukan terhadap runutan nukleotida gen penyandi protein

pada mtDNA Amphibia menunjukkan bahwa Ordo Caudata memiliki hubungan

kekerabatan yang lebih dekat dengan Gymnophiona dibanding Ordo Anura. Nilai

rasio transisi-transversi lebih besar dari 1 (R>1) yang terdapat pada basa pertama

dan kedua setiap kodon menunjukkan bahwa laju mutasi transisi lebih tinggi dari

laju transversi. Pada basa ketiga laju mutasi transisi lebih rendah dari laju

transversi (R<1). GTG merupakan kodon awal yang dominan pada gen CO1,

sedangkan pada runutan nukleotida gen penyandi protein lainnya kodon awal

yang dominan adalah ATG. Kodon akhir yang dominan digunakan oleh genom

mitokondria Amphibia adalah T-- dan TAA.

DAFTAR PUSTAKA

Anderson S

et al

. 1981. Sequence and organization of the human mitochondrial

genome.

Nature

290:457-465.

Avise JC, Lansman RA. 1983. Polymorphism of mitochondrial DNA in

populations of higher animals.

Sinaeuer Associates Inc Publ

8: 147-164.

Brown WM. 1983. Evolution of animal mitochondrial DNA.

Sinaeuer Associates

Inc Publ

8: 62-88.

Febriana A. 2011. Filogeni berdasarkan sekuens DNA mitokondria gen

cytochrome oxidase I (gen COI) pada beberapa bangsa sapi lokal Indonesia

[skripsi]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.

Griffiths AJF, Miller JH, Suzuki DT, Lewontin RC, Gelbart WM. 2000.

An

Introduction to Genetic Analysis. 7

th

Edition

. New York: W.H. Freeman.

Frost DR

et al

. 2006. Amphibia tree of life.

Bul Am Mus Nat Hist

297:1-370.

Kocher TD, Thomas WK, Meyer A, Edwards SV, Paabo S, Villablanca FX,

Wilson AC. 1989. Dynamics of mtDNA evolution in animals: amplification

and sequencing with conserved primers.

Proc Natl Acad Sci USA

86:

6196-6200.

(23)

11

Pough FH, Janis CM, Heiser JB. 2005.

Vertebrate Life. 6

th

Edition.

New Jersey:

Pearson Education Inc.

Roe BA, Ma D, Wilson RK, Wong JF. 1985. The complete nucleotide sequence

of the

Xenopus laevis

mitochondrial genome.

J Biol Chem

260: 9759-9774.

Tamura K, Peterson D, Peterson N, Stecher G, Nei M, Kumar S. 2011. MEGA5:

Molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood,

evolutionary distance, and maximum parsimony methods.

Mol Biol Evol

28: 2731-2739.

Zardoya R, Meyer A. 1996. Phylogenetic performance of mitochondrial

protein-coding genes in resolving relationships among vertebrates.

Mol Biol Evol

13(7):933-942.

(24)

12

(25)

13

Lampiran 1 Contoh data runutan nukleotida mtDNA yang diunduh dari portal data

NCBI

LOCUS NC_021850 14972 bp DNA linear VRT 06-SEP-2013 DEFINITION Sooglossus thomasseti mitochondrion, partial genome.

ACCESSION NC_021850

VERSION NC_021850.1 GI:526118395 DBLINK BioProject: PRJNA212996 KEYWORDS RefSeq.

SOURCE mitochondrion Sooglossus thomasseti (Thomasset's Seychelles frog) ORGANISM Sooglossus thomasseti

Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Amphibia; Batrachia; Anura; Neobatrachia; Sooglossoidea;

Sooglossidae; Sooglossus. REFERENCE 1 (bases 1 to 14972)

AUTHORS Zhang,P., Liang,D., Mao,R.L., Hillis,D.M., Wake,D.B. and Cannatella,D.C.

TITLE Efficient Sequencing of Anuran mtDNAs and a Mitogenomic Exploration of the Phylogeny and Evolution of Frogs

JOURNAL Mol. Biol. Evol. 30 (8), 1899-1915 (2013) PUBMED 23666244

REFERENCE 2 (bases 1 to 14972) CONSRTM NCBI Genome Project TITLE Direct Submission

JOURNAL Submitted (22-JUL-2013) National Center for Biotechnology Information, NIH, Bethesda, MD 20894, USA

REFERENCE 3 (bases 1 to 14972)

AUTHORS Zhang,P., Liang,D., Mao,R.-L., Hillis,D.M., Wake,D.B. and Cannatella,D.

TITLE Direct Submission

JOURNAL Submitted (29-AUG-2012) School of Life Sciences, Sun Yat-Sen University, Guangzhou, Guangdong 510006, China

COMMENT PROVISIONAL REFSEQ: This record has not yet been subject to final NCBI review. The reference sequence is identical to JX564895.

##Assembly-Data-START##

Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END##

COMPLETENESS: full length. FEATURES Location/Qualifiers source 1..14972

/organism="Sooglossus thomasseti" /organelle="mitochondrion"

/mol_type="genomic DNA" /specimen_voucher="RAN 25162" /db_xref="taxon:8425"

rRNA 1..924

/product="12S ribosomal RNA" tRNA 925..997

/product="tRNA-Val" rRNA 998..2617

/product="16S ribosomal RNA" tRNA 2618..2692

/product="tRNA-Leu" /codon_recognized="UUR" gene 2695..3655

/gene="ND1"

/db_xref="GeneID:16793038" CDS 2695..3655

/gene="ND1"

/note="TAA stop codon is completed by the addition of 3' A residues to the mRNA"

/codon_start=1

/transl_except=(pos:3655,aa:TERM) /transl_table=2

(26)

14

Lampiran 1 (lanjutan)

GGFTLSNFLVTQQHTWLIIPLWPLTIMWFTSTLAETNRTPFDLVEGESELVSGFNVEY AGGPFALFFLAEYSNILMMNTLSTIMFLGPLTISIGISPTIILMLKASLMSLIFLWIR ASYPRYRYDQLMHLVWKNFLPITLAFTIWHISTPTSLLLTPPTH"

tRNA 3656..3726

/product="tRNA-Ile" tRNA complement(3727..3795) /product="tRNA-Gln" tRNA 3796..3864

/product="tRNA-Met" gene 3865..4903

/gene="ND2"

/codon_start=1

/product="NADH dehydrogenase subunit 2" /protein_id="YP_008318029.1" /db_xref="GI:526118397" /db_xref="GeneID:16793036" /translation="MNPTALSMLLASLALGTIITTTSYHWLFAWIGLEINTLAIMPLI SKTPHPRAIEAATKYFLTQAAASMLILFSTTLNAWVTGQWAINLQLLPLPTTLLTISL LMKLGLAPLHFWLPEVLQGSNLITGLILSTWQKIAPMALLLQIHQFINLNLMLLIGII SALIGGWGGINQTQLRKLLAFSSIAHFGWMTMILKFSPQLSMLNFTLYIIMSSSIFLT LTNLSSTTMLSMSNAWPKAPTLIVLTMMSLLSLGGLPPLSGFTPKWLIINELINQETT ALASIMMMSALLSLFFYIRLSYSTTLTLFPNPSFSSNSWSYKQNPTSLIPPLIILSSL LLPMSTTLLHLL"

tRNA 4904..4972

/product="tRNA-Trp" tRNA complement(4973..5041) /product="tRNA-Ala" tRNA complement(5043..5115) /product="tRNA-Asn" rep_origin complement(5116..5144) /note="L-strand origin" tRNA complement(5142..5205) /product="tRNA-Cys" tRNA complement(5207..5277) /product="tRNA-Tyr" gene 5279..6821

/gene="COX1"

/codon_start=1

/product="cytochrome c oxidase subunit I" /protein_id="YP_008318030.1" /db_xref="GI:526118398" /db_xref="GeneID:16793029" /translation="MMITRWVLSTNHKDIGTLYLIFGAWAGMIGTALSLLIRAELSQP GTLLGDDQVYNVVVTAHAFVMIFFMVMPVMIGGFGNWLIPLMIGAPDMAFPRMNNMSF WLLPPSFLLLLSSSTIEAGAGTGWTVYPPLASNLAHAGPSVDLAIFSLHLAGVSSILG AINFITTTLNMKPPLMTQYQTPLFIWSVLITAILLLLSLPVLAAGITMLLTDRNLNTT FFDPGGGGDPILYQHLFWFFGHPEVYILILPGFGMISHIVAFYSNKKEPFGYMGMVWA MLSIGLLGFIVWAHHMFTTDLNVDTRAYFTSATMIIAIPTGVKVFSWLATMHGSIIKW DAAMLWALGFIFLFTVGGLTGIVLANSSLDIVLHDTYYVVAHFHYVLSMGAVFAIMAG FIHWFPLFTGFTLHNSWTKIHFTMMFIGVNLTFFPQHFLGLSGMPRRYSDYPDAYTFW NTVSSIGSAISLIAVILMMFIIWEAFVMKRSLHASELTSSNVEWALGSPPPHHTFEEA TFSQMS"

tRNA complement(6825..6893) /product="tRNA-Ser" /codon_recognized="UCN" tRNA 6896..6964

(27)

15

Lampiran 1 (lanjutan)

gene 6965..7652 /gene="COX2"

/gene="COX2"

/codon_start=1

/product="cytochrome c oxidase subunit II" /protein_id="YP_008318031.1" /db_xref="GI:526118399" /db_xref="GeneID:16793040" /translation="MAQPTQMGFQDAITPVMEELLHFHDHALMAVFLISTLVLYILST LVTTKLSNTITIDAQEIEMVWTMMPAVTLIVIALPSLRILYLMDEINDPGLTIKAIGH QWYWSYEYSDFMNLGFDSYMVPTKDLLPGQLRLLEVDNRVLTPIGTTIRTLVTAEDVL HSWAIPSLGVKTDAIPGRLSQTSFMISQPGIYYGQCSEICGANHSFMPIVIESLPMNK FFNWSMTMKDS"

tRNA 7653..7721

/product="tRNA-Lys" gene 7722..7886

/gene="ATP8"

/gene="ATP8" /codon_start=1 /transl_table=2

/product="ATP synthase F0 subunit 8" /protein_id="YP_008318032.1"

/db_xref="GI:526118400" /db_xref="GeneID:16793037"

/translation="MPQLTLSPWFLIFMWTWMIMLLMLPLKITNSAHPNKLQIRYHKL TKTNWPWPWL"

gene 7877..8560 /gene="ATP6"

/gene="ATP6" /codon_start=1 /transl_table=2

/product="ATP synthase F0 subunit 6" /protein_id="YP_008318033.1" /db_xref="GI:526118401" /db_xref="GeneID:16793039" /translation="MTLSLFNQFASPTLLGLPLIIIAIITPWLLIKSPNSQWLTNRPT SFQMWFYKLYTKQIFTPLNTKAYNWAALLTALATFLLSMNLLGLLPYTFTPTTQLSLN MGLAVPLWLATVAIGLRNQPTTSIGHLLPEGTPDLLIPILVVIETISLLIRPLALGVR LTANLTAGHLLIQLISMTTLYLTATQPILSLASFTMLTLLTMLEIAVAMIQAYVFTLL LSLYLQENT"

gene 8560..9343 /gene="COX3"

/gene="COX3"

/codon_start=1

/product="cytochrome c oxidase subunit III" /protein_id="YP_008318034.1" /db_xref="GI:526118402" /db_xref="GeneID:16793041" /translation="MAHQMHPFHMVNPSPWPITGATAALLLTTGLAMWFHFNSTTTLF MGLTLMILTMIQWWRDVIREGTLQGHHTPPVQKGLRYGMILFITSEIFFFLGFFWAFY NASLAPTPEIGECWPPTGITPLSPFEVPLLNTAVLLASGVSVTWAHHSIMQSNRKEAI QALTLTITLGLYFTTLQAMEYYEAPFTIADSIYGTTFFVATGFHGLHVIIGSLFLLTC LLRQTLYHFTSEHHFGFEAAAWYWHFVDVVWLFLYISIYWWGS"

tRNA 9344..9412

(28)

16

Lampiran 1 (lanjutan)

gene 9413..9752 /gene="ND3"

/gene="ND3"

/codon_start=1

/product="NADH dehydrogenase subunit 3" /protein_id="YP_008318035.1" /db_xref="GI:526118403" /db_xref="GeneID:16793031" /translation="MIIYTYITVLLTTMLALISFWLPTINPTGEKLSPYECGFDPLGS ARLPFSMRFFLVAILFLLFDLEIALLLPTPWAIQLLSPTQTSTLASIILIFLTLGFIY EWMQGGLEWAE"

tRNA 9753..9821

/product="tRNA-Arg" gene 9823..10113

/gene="ND4L"

/gene="ND4L" /codon_start=1 /transl_table=2

/product="NADH dehydrogenase subunit 4L" /protein_id="YP_008318036.1"

/db_xref="GI:526118404" /db_xref="GeneID:16793035"

/translation="MAPLTLYGPLPLAMIGFTIYRTHLLSALLCLESMMLSLFIMLTT WSQFTNSTLQIMTPIMLLTFSACETGLGLSLMIATARTHGNDHLNTLNLLQW" gene 10107..11474

/gene="ND4"

/gene="ND4" /codon_start=1 /transl_table=2

/product="NADH dehydrogenase subunit 4" /protein_id="YP_008318037.1" /db_xref="GI:526118405" /db_xref="GeneID:16793032" /translation="MMTLPLLMTATLAITWTLPQTRLWSTTTTLSFLTALIMTPLFYL KDPTTAHNELIIMDQLSTPLILLTLWLLPLTILASQDTIFYEPLKRQQTYISTLIVLQ LTTALTFMASNLILLFVMFETTLIPILFIITRWGSRHQRLLAGSYFVFYTLFFSAPLL ISLIYLNTTTQSLNLMMLTMLPNHLTKTSSLTIWWLTCHCAFLAKLPMYGLHLWLPKA HVEAPAAGSMLLAGTLLKLGGYGLIRISTIFPESPKMALPAILIWTLIGMVMASMICL RQTDIKAMIAYSSVSHMGLVITACLIQTPWSHTGAIVLMISHGLTSSALFYLATTAYQ RMNSYTLLMINGMQIFFPLATAWWLMINLMNMALPPSLNFTAEMTIMTTLFHWSNMSI ILTGLTMIITTAYTLYLFWKTQRGPNSPHWMKIPFSLTREHLLLTFHLTPAILLILNP NNIFY"

tRNA 11487..11557 /product="tRNA-His" tRNA 11558..11625 /product="tRNA-Ser" /codon_recognized="AGY" gene 11640..13454

/gene="ND5"

/gene="ND5" /codon_start=1 /transl_table=2

(29)

17

Lampiran 1 (lanjutan)

YFARCNTEAAALQAVLYNRIGDIGFMLSLCWLFINTNSVNIQHLLSTPPPLPILFALI TAAASKSAQFSLHPWLASAMEGPTPVSALLHSSTMVVAGIFLLIRIHPIITTSTTALS ACLCLGAISTAFAATCALTQNDVKKIIAYSTSSQLGLMMVAIGLNFPQLAFFHICTHA FFKAMLFLCSGSIIHNLNNEQDIRKMGGLQNTLPITTTCTSIGSLTLMGTPFLAGFFS KDMIIETLMTSHINAWALILTLIATTFTAVYSLRIVFFSSMKQPRFTPLPTINENNIL IINPIKRLAYGSIAAGLTIHQLILPNNPMTLTMPLTVKMMALIITVLGLLAALDLAKL SWTTSPSKFNNTKLLDTSFLPATMHRLIPLTALSFSLKTSTQLMNTIWLEKMGPSSMT NLHLPPIKTLQKTQQGFIKTYLCIFILTILLTTISQLA"

gene complement(13438..13932) /gene="ND6"

/db_xref="GeneID:16793030" CDS complement(13438..13932) /gene="ND6"

/codon_start=1 /transl_table=2

/product="NADH dehydrogenase subunit 6" /protein_id="YP_008318039.1" /db_xref="GI:526118407" /db_xref="GeneID:16793030" /translation="MSMLYEFSLVVGVFIVSSNPSPYYAALGLVVVAGVGCLGVMGCG FVYLSLVLFLVYLGGMMVVFGYSAALTAEPYPGVRGDKTVVVYLVLYLMWVFVGLAGE LFYERVGEGGGVYCVMGDWWGVSSLYSEGGLALMVCGWALLLTLFVVLEVVRGHYSGV LRAV"

tRNA complement(13933..14001) /product="tRNA-Glu" gene 14004..>14972 /gene="CYTB"

/db_xref="GeneID:16793033" CDS 14004..>14972

/gene="CYTB" /codon_start=1 /transl_table=2 /product="cytochrome b" /protein_id="YP_008318040.1" /db_xref="GI:526118408" /db_xref="GeneID:16793033" /translation="MAPVMRKTHPLFKIMNHSLIDLPTPSNISLWWNFGSLLGMCLIT QIATGLFLTMHYSPDTSLAFSSITHICRDVNNGWLLRNLHANGASIFFICIYLHLGRG LYYGSYLFKETWNVGVMLLFIIMITAFVGYVLPWGQMSFWGATVITNLLSAFPYIGTN LVQWVWGGFSVDNATLTRFFTFHFLLPFIATGMTMIHLLFLHQTGSSNPTGLNSNMDK VPFHTYYTYKDATGFITLLTILTLMATFSPNILGDPDNFTLANPMTTPPHIKPEWYFL FAYAILRSIPNKLGGVVALLCSIMILLIPPLTHTSNMRSHIFRPPTK" ORIGIN

(30)

18

Lampiran 1 (lanjutan)

(31)

19

Lampiran 1 (lanjutan)

(32)

20

(33)

21

14461 ccttcccata tattggcaca aaccttgtcc aatgggtctg aggtggattc tctgtggata 14521 acgccaccct cacacgattc ttcaccttcc actttctcct cccatttatc gccaccggta 14581 taactataat ccacctcctt tttctacatc aaacaggctc ctcaaaccca accggattaa 14641 actcaaacat agacaaagta ccctttcata cctattacac ctacaaagac gccaccgggt 14701 ttattacact actcaccatt ctcaccctta tagcaacttt ctcgccaaac atcctaggtg 14761 acccagacaa tttcaccctc gccaatccca taacaacccc cccacacatt aaaccagaat 14821 gatacttctt atttgcatat gctatcttac gatctatccc caacaaactc ggcggcgttg 14881 tagccttact atgttcaatc ataatcctac tcatcccccc actaacacac acctctaaca 14941 tacggagcca tatcttccga ccccccacaa aa

(34)

22

RIWAYAT HIDUP

Penulis lahir pada tanggal 25 Mei 1989 di desa Simarmata, kecamatan

Simanindo, kabupaten Samosir Sumatera Utara, dan merupakan anak kelima dari

pasangan Mangihut Simarmata dan Rusmani Sipayung.

Penulis mulai masuk bangku pendidikan sekolah dasar di SDN 173803

Simanindo pada tahun 1995. Setelah selesai menempuh pendidikan tingkat dasar

pada tahun 2001, penulis melanjutkan pendidikan tingkat menengah di SMPN 2

Simanindo. Pendidikan tingkat menengah diselesaikan oleh penulis pada tahun

2004. Pada tahun 2004 hingga tahun 2007, penulis masuk pendidikan tingkat

akhir di SMAN 2 di kabupaten Samosir Sumatera Utara. Pada tahun 2007, penulis

diterima di Program Studi Biologi Institut Pertanian Bogor melalui jalur

Undangan Seleksi Masuk IPB (USMI).

Selama masa studi di IPB, penulis aktif dalam organisasi Koperasi

Mahasiswa (KOPMA), Komisi Pelayanan Anak (KPA) PMK, Organisasi

Mahasiswa Daerah Samosir dan sebagai editor di Majalah Cephalos. Penulis

pernah mengikuti Studi Lapang di Wana Wisata Cangkuang, Sukabumi Jawa

Barat dengan judul laporan “Tumbuhan Antidiabetes yang

Terdapat di Lokasi

Wana Wisata Cangkuang”.

Pada bulan Juli-September 2010 penulis melakukan

kegiatan Praktik Lapang di Taman Bunga Keong Emas, Taman Mini Indonesia