ANALISIS KEKERABATAN BAWANG MERAH (Allium cepa L. Aggregatum Group) BERDASARKAN MARKA MOLEKULAR
RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA (RAPD)
Oleh: Agus Handoko NIM 4123220001 Program Studi Biologi
SKRIPSI
Diajukan Untuk Memenuhi Syarat Memperoleh Gelar Sarjana Sain
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS NEGERI MEDAN
ii
RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di kota Medan provinsi Sumatera Utara, pada tanggal
17 Agustus 1994, yang bernama Agus Handoko. Ibu bernama Suriaty dan ayah
bernama Rachmad, dan merupakan anak pertama dari dua bersaudara. Pada tahun
2000 penulis memulai pendidikan pertamanya di SD PAB 6 Medan, dan lulus
pada tahun 2006. Pada tahun 2006 penulis melanjutkan pendidikan ke MTS
Negeri 3 di Medan, dan lulus pada tahun 2009. Pada tahun 2009 penulis
melanjutkan pendidikan di SMA Negeri 15 Medan, dan lulus pada tahun 2012.
Pada tahun 2012, penulis diterima di Program Studi Biologi Jurusan Biologi,
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Negeri Medan dan
lulus ujian pada tahun 2012. Selama kuliah penulis pernah aktif di Komunitas
Ilmuan Muda Biologi dan pernah turut serta dalam berbagai kegiatan Himpunan
iii
ANALISIS KEKERABATAN BAWANG MERAH (Allium cepa L. Aggregatum Group) BERDASARKAN MARKA MOLEKULAR
RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA (RAPD)
Agus Handoko (4123220001) Email : AgusHandoko400@gmail.com
ABSTRAK
Penelitian ini bertujuan untuk menganalisa variasi marka molekular RAPD, untuk dapat dijadikan sebagai landasan dalam menganalisis kekerabatan bawang merah introduksi dan lokal. Bawang merah varietas introduksi (Peking, India dan Birma) dan lokal (Samosir, Biru, Tiron dan Crok Kuning). Ekstraksi DNA menggunakan metode CTAB (Cetyltrimethylammonium Bromide). Analisis RAPD dilihat ada atau tidak adanya pita DNA dengan melakukan skoring yaitu bila ada pita diberi skor 1, bila tidak ada pita diberi skor 0 dari setiap individu tanaman pada ukuran tertentu untuk setiap primer, sehingga diketahui jumlah dan presentase lokus polimorfik. Hubungan kekerabatan genetik antar varietas dapat dianalisis dengan perangkat lunak Numerical Taxonomy and Mulivariate Analysis System (NTSYS) 2.02 dengan hasil akhir berupa dendogram. Seleksi primer yang dilakukan memilih tujuh primer yang menghasilkan pita DNA yang polimorfis, yaitu OPA 4, 5, 7, 8, 10, 11, dan 13. Persentase lokus polimorfis masing-masing primer berkisar antara 80 – 100%. Keragaman gen tertinggi ditunjukkan oleh primer OPA 4, dengan nilai 0,412. Sedangkan keragaman gen terendah ditunjukkan oleh primer OPA 11 dengan nilai 0,300. Bawang merah introduksi (India, Birma dan Peking) berkerabat jauh dengan bawang merah lokal (Samosir, Biru dan Tiron). Bawang merah introduksi (Peking) berkerabat dekat dengan bawang merah lokal (Crok Kuning). Kekerabatan paling dekat adalah varietas India dan Birma dengan koefisien kemiripan 0,72.
iv
SHALLOT (Allium cepa L. Aggregatum Group) RELATIONSHIP ANALYSIS BY MOLECULAR MARKERS RANDOM AMPLIFIED
POLYMORPHIC DNA (RAPD)
Agus Handoko (4123220001) Email: AgusHandoko400@gmail.com
ABSTRACT
This study aims to analyze the variation of RAPD molecular markers, to be used as a foundation in analyzing relationship of local and introduction shallot. The shallot consist of introduction varieties (Peking, India and Burma) and local varieties (Samosir, Biru, Tiron and Crok Kuning). DNA extraction using CTAB (Cetyltrimethylammonium Bromide) method. RAPD analysis views the presence or absence of DNA bands by scoring that if there is tape was given a score of 1, if there isn’t tape is given a score of 0 on each individual of plant at a specific size for each primer, so that be known the number and percentage of polymorphic loci. The genetic relationship between varieties can be analyzed with the software Numerical Taxonomy and Mulivariate Analysis System (NTSYS) 2.02 with the final result is dendogram. The primary selection conducted choose seven primary produce polymorphic DNA bands, it’s namely OPA 4, 5, 7, 8, 10, 11, and 13. The percentage of polymorphic loci each primer ranged between 80-100%. The highest gene diversity shown by primer OPA 4, with a value of 0.412. While the diversity shown by the lowest gene primer OPA 11 with a value of 0.300. The introduction shallot (India, Burma and Peking) distantly related to the local shallot (Samosir, Biru and Tiron). The introduction shallot (Peking) is closely related to the local shallot (Crok Kuning). The closest relationship are varieties of India and Burma by the similarity coefficient of 0.72.
v
KATA PENGANTAR
Puji dan syukur penulis ucapkan kepada Tuhan Yang Maha Kuasa atas
segala rahmat dan karuniaNya sehingga penulis dapat menyelesaikan skripsi ini
tepat pada waktunya.
Skripsi ini merupakan hasil penelitian penulis yang berjudul “Analisis Kekerabatan Bawang Merah (Allium cepa L. Aggregatum Group) berdasarkan
Marka Molekular Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD).” Penelitian ini
dilaksanakan pada bulan Januari sampai Maret 2016 di Laboratorium Penelitian
Genetika dan Pemuliaan Tanaman Universitas Gadjah Mada Yogyakarta.
Dalam proses penyusunan skripsi ini penulis telah memperoleh banyak
kritik, saran, dan motivasi. Oleh karena itu, pada kesempatan ini penulis
menyampaikan ucapan terimakasih kepada Ibu Dr. Tumiur Gultom, S.P., M.P.
selaku Dosen Pembimbing Skripsi yang telah membantu dari segi material dan
non material terhadap penulis. Penulis juga mengucapkan terimakasih kepada Ibu
Dr. Fauziyah Harahap, M.Si., Ibu Dr. Melva Silitonga, M.S., Ibu Endang
Sulistyarini Gultom, S.Si., M.Si., Apt. selaku Dosen Penguji yang telah
memberikan banyak saran dan masukan dalam perbaikan skripsi ini. Terimakasih
kepada Bapak Drs. Lazuardi, M.Si. sebagai Dosen Pembimbing Akademik yang
telah memberikan bimbingan dan motivasi kepada penulis selama masa
perkuliahan. Penulis juga mengucapkan terimakasih kepada Bapak Dr. H.
Hasruddin, M.Pd., selaku Ketua Jurusan Biologi, Ibu Dr. Melva Silitonga, M.S.,
selaku Ketua Program Studi Biologi Non Kependidikan, serta kepada seluruh
Bapak dan Ibu Dosen, beserta para pegawai di Jurusan Biologi yang telah
membantu penulis dalam menyelesaikan skripsi ini.
Teristimewa ucapan terimakasih untuk keluarga besar penulis yang selalu
memberikan doa dan dukungan baik material maupun non material, yaitu
Ayahanda Rachmad dan Ibunda Suriaty, Nenek Siti Asmah, Nenek Wasila, dan
kakek Paidi serta seluruh keluarga besar penulis.
Terimakasih juga kepada teman-teman terkasih penulis di Biologi
Nondik A dan B 2012, untuk kebersamaan yang terjalin hingga saat ini, terkhusus
vi
Diniandra yang telah memberi bantuan dan motivasi kepada penulis. Terimakasih
kepada Bapak Dr. Ir. Aziz Purwantoro, M.Sc., Pak Sumbogo, dan seluruh
teman-teman di Laboratorium Penelitian Genetika dan Pemuliaan Tanaman Universitas
Gadjah Mada Yogyakarta.
Penulis berharap kesediaan pembaca untuk memberikan kritik dan saran
yang membangun bagi penyempurnaan skripsi ini, dan semoga bermanfaat bagi
pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi, serta aplikasi dalam kehidupan
bermasyarakat.
Medan, 29 Maret 2016
Penulis
vii
DAFTAR ISI
Halaman
Lembar Pengesahan i
Riwayat Hidup ii
Abstrak iii
Abstract iv
Kata Pengantar v
Daftar Isi vii
Daftar Gambar ix
Daftar Tabel x
Daftar Lampiran xi
BAB I PENDAHULUAN 1
1.1.Latar Belakang 1
1.2.Identifikasi Masalah 3
1.3.Batasan Masalah 3
1.4.Rumusan Masalah 4
1.5.Tujuan Penelitian 4
1.6.Manfaat Penelitian 4
1.7.Definisi Operasional 5
BAB II TINJAUAN PUSTAKA 6
2.1.Tanaman Bawang Merah 6
2.2.Kekerabatan Genetika 7
2.3.PCR (Polymerase Chain Reaction) 9
2.4.RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) 11
2.5.Ekstraksi DNA 13
BAB III METODE PENELITIAN 14
3.1.Tempat dan Waktu 14
3.2.Alat dan Bahan 14
3.3.Tahapan Penelitian 15
3.4.Pengumpulan Data 19
3.5.Analisis Data 20
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 21
4.1. Kondisi PCR dan Seleksi Primer 21
4.2. Hasil Amplifikasi 23
viii
4.4. Jarak Genetik 29
4.5. Analisis Kekerabatan 30
BAB V KESIMPULAN DAN SARAN 32
5.1. Kesimpulan 32
5.2. Saran 32
DAFTAR PUSTAKA 33
ix
DAFTAR GAMBAR
Halaman
Gambar 2.1. Bagan Proses Polymerase Chain Reaction 10
Gambar 4.1. Hasil Running Genome terhadap 21 Sampel 21
Gambar 4.2. Hasil Seleksi Primer 22
Gambar 4.3. Hasil Amplifikasi DNA Bawang Merah menggunakan
Primer OPA 4 24
Gambar 4.4. Hasil Amplifikasi DNA Bawang Merah menggunakan
Primer OPA 5 24
Gambar 4.5. Hasil Amplifikasi DNA Bawang Merah menggunakan
Primer OPA 7 25
Gambar 4.6. Hasil Amplifikasi DNA Bawang Merah menggunakan
Primer OPA 8 25
Gambar 4.7. Hasil Amplifikasi DNA Bawang Merah menggunakan
Primer OPA 10 26
Gambar 4.8. Hasil Amplifikasi DNA Bawang Merah menggunakan
Primer OPA 11 26
Gambar 4.9. Hasil Amplifikasi DNA Bawang Merah menggunakan
Primer OPA 13 27
x
DAFTAR TABEL
Halaman
Tabel 3.1. Varietas Bawang Merah yang Digunakan 14
Tabel 3.2. Primer yang Digunakan dalam Seleksi 19
Tabel 4.1. Primer yang Digunakan dalam PCR 23
Tabel 4.2. Persentasi Lokus Polimorfik dan Keragaman Gen tiap Primer 27
Tabel 4.3. Keragaman Gen tiap Primer 28
xi
DAFTAR LAMPIRAN
Halaman
Lampiran 1. Uraian Kegiatan 36
Lampiran 2. Desain Isolasi DNA 37
Lampiran 3. Data Biner Hasil RAPD 38
Lampiran 4. Data Keragaman Genetik (h) tiap Primer berdasarkan
Hasil dari POPGENE 3.2 41
Lampiran 5. Dokumentasi 7 Varietas Bawang Merah 43
BAB I PENDAHULUAN
1.1Latar Belakang
Bawang merah (Allium cepa L. Aggregatum group) merupakan salah
satu tanaman sayuran yang umbinya menjadi menu pokok pada hampir semua
jenis masakan dengan fungsi sebagai penyedap masakan. Selain sebagai bumbu
penyedap masakan, bawang merah juga sering digunakan sebagai bahan
obat-obatan untuk penyakit kolestrol (Samadi dan Cahyono, 2005).
Umbi bawang merah sebagian besar terdiri atas air yang jumlahnya dapat
mencapai 80 – 85%. Pada setiap 100 g, kandungan protein sekitar 15%, lemak
0,3%, karbohidrat 9,2%, β-karoten 50 IU, thiamin 30 mg, niasin 20 mg, riboflavin
0,04 mg, asam karbonat 9 mg, kalium 334 mg, zat besi 0,8 mg dan fosfor 40 mg
(Wibowo, 2006). Dalam umbi bawang merah terdapat senyawa kimia asam amino
yang dikenal sebagai alliin yang karena pengaruh enzim lain dapat berubah
menjadi zat yang mengandung belerang disebut allicin. Dengan vitamin B1
(thiamin), allicin membentuk ikatan kimia allithiamine sehingga lebih mudah
diserap oleh sel tubuh manusia. Senyawa-senyawa lain yang terdapat dalam
minyak atsiri bawang merah diduga dapat bersifat desinfektan terhadap bakteri
dan jamur tertentu (Samadi dan Cahyono, 2005).
Provinsi penghasil utama bawang merah di Indonesia (luas panen >1.000
ha/tahun) adalah Sumatera Utara, Sumatera Barat, Jawa Barat, Jawa Tengah, DIY,
Jawa Timur, NTB dan Sulawesi Selatan.
Produksi bawang merah tahun 2014 sebesar 1,234 juta ton, mengalami
peningkatan sebanyak 223,22 ribu ton (22,08%) dibandingkan tahun 2013.
Peningkatan produksi tersebut disebabkan oleh meningkatnya luas panen di Pulau
Jawa sebesar 15,815 ribu hektar atau sebesar 21,06% dan di luar Pulau Jawa
sebesar 5,952 ribu hektar atau sebesar 24,97% (Badan Pusat Statistik, 2015).
Varietas bawang merah yang ditanam di Indonesia cukup banyak
macamnya, tetapi umur produksi varietas tersebut masih rendah (kurang dari 10
2
didasarkan pada bentuk, ukuran, warna, kekenyalan, aroma umbi, umur tanam,
ketahanan terhadap penyakit serta hujan, dan lain-lain. Varietas bawang merah
yang ada di Indonesia yaitu Varietas Bima Brebes, Samosir, Maja Cipanas, Keling
(Majalengka), Ampenan (Bali), Sumenap (Madura), Kuning, Timor, Lampung,
Banteng (Tangerang), dan lain-lain (Anonim, 2012).
Bawang merah yang sudah terkenal di Sumatera Utara adalah bawang
Samosir. Ukuran umbi bawang merah Samosir yang kecil merupakan salah satu
kekurangan dari bawang tersebut. Benih bawang merah yang diimpor dari
Philiphina, Thailand, Birma, Srilanka, Vietnam, India dan Malaysia memiliki
ukuran umbi yang lebih besar dari bawang Samosir dan diharapkan dapat menjadi
sumber gen untuk ukuran umbi.
Analisis kekerabatan bawang merah sangat perlu dilakukan untuk
melihat jarak genetiknya. Jarak genetik sangat penting diketahui, karena dengan
mengetahuinya akan menentukan keberhasilan dalam persilangan. Persilangan
antar individu yang berkerabat dekat pada tanaman yang menyerbuk silang
cenderung menghasilkan keturunan yang lemah, ukuran lebih kecil, kurang subur,
dan banyak individu yang cacat (Allard, 1960). Persilangan antar individu yang
berkerabat jauh biasanya sulit dilakukan dan sering menghasilkan hibrida yang
sukar berkecambah atau steril, karena adanya pembatas internal dan eksternal
(Hadley dan Openshaw, 1980 dalam Sriyadi et al., 2001). Dengan melakukan
analisis kekerabatan genetik, maka akan diketahui kekerabatan antar varietas
bawang merah yang sesuai untuk menghindari hal tersebut. Dari hal ini perlu
dicari marka yang berhubungan dengan karakter agronomik, tetapi tidak
dipengaruhi lingkungan, seperti marka molekular. Menurut Prana dan Hartati
(2003) dalam Farid et al (2011), marka RAPD memiliki kelebihan yaitu lebih
sederhana, DNA yang dibutuhkan sedikit, mampu menghasilkan polimorfisme
lebih cepat. Kekurangan metoda RAPD adalah tingkat pengulangan yang rendah,
tetapi dapat dijaga dengan konsistensi kondisi PCR. Oleh sebab itu digunakan
marka molekular RAPD.
Ada beberapa penelitian mengenai marka RAPD, seperti yang telah
3
fragmen DNA 400 bp hasil amplifikasi dengan primer OPP-08 (OPP-08400) dapat
digunakan sebagai penanda jenis kelamin untuk membedakan tanaman salak
jantan dan betina pada fase bibit (vegetatif), khususnya pada tanaman salak asal
biji (seedling). Selanjutnya penanda RAPD juga digunakan pada penelitian
Sriyadi et al (2001) menyimpulkan bahwa dari 45 tanaman F1 teh, ternyata 40
klon memiliki hubungan kekerabatan yang dekat dengan klon PS 1, menggunakan
11 primer, yang salah satunya adalah OPB 1. Penelitian pada bawang merah
menggunakan variasi marka molekular RAPD belum banyak dilakukan, sehingga
dilakukan pada penelitian ini agar dapat dijadikan sebagai landasan dalam
menganalisis kekerabatan antara bawang merah introduksi terhadap lokal. Oleh
sebab itu, penelitian perlu dilakukan untuk menganalisis kekerabatan bawang
merah berdasarkan marka RAPD.
1.2 Identifikasi Masalah
Berdasarkan latar belakang di atas, dapat diidentifikasi permasalahan
sebagai berikut:
1. Dampak gagal panen terhadap kerugian yang dialami petani.
2. Tidak ada varietas bawang merah yang sesuai (unggul) untuk ditanam di
Sumatera Utara.
3. Tidak adanya informasi genetik yang dapat dijadikan landasan mengenai
hubungan kekerabatan bawang merah dengan lokasi dimana varietas
bawang merah cocok ditanam.
4. Marka yang berhubungan dengan karakter agronomik, tetapi tidak
dipengaruhi lingkungan, seperti marka molekular RAPD.
1.3 Batasan Masalah
Dari permasalahan yang teridentifikasi dalam penelitian ini dibatasi pada
pertumbuhan dan produktivitas tanaman, dengan batasan sebagai berikut:
1. Jenis tanaman yang digunakan adalah tanaman bawang merah (Allium cepa
L. Aggregatum group).
2. Varietas yang diteliti yaitu 7 varietas, yaitu: Samosir, Biru, Tiron, Crok
4
3. Analisis yang dilakukan menggunakan sampel daun dari masing-masing
varietas.
4. Marka molekular yang digunakan adalah marka RAPD.
5. Analisis kekerabatan bawang merah ini melihat jarak genetik antara varietas
introduksi terhadap varietas samosir.
1.4 Rumusan Masalah
Berdasarkan latar belakang di atas, dapat dirumuskan permasalahan
sebagai berikut:
1. Bagaimana variasi marka molekular RAPD, sebagai landasan dalam
menganalisis kekerabatan bawang merah?
2. Bagaimana kekerabatan bawang merah introduksi dan lokal berdasarkan
marka RAPD?
1.5 Tujuan Penelitian
Penelitian ini dilakukan dengan tujuan sebagai berikut:
1. Untuk mengetahui variasi marka molekular RAPD, sebagai landasan dalam
menganalisis kekerabatan bawang merah.
2. Untuk menganalisa kekerabatan bawang merah introduksi dan lokal
berdasarkan marka RAPD.
1.6 Manfaat Penelitian
Beberapa manfaat yang diperoleh dari penelitian ini, yaitu:
1. Bagi peneliti khususnya, penelitian ini bermanfaat untuk memperoleh
informasi genetik dan kekerabatan dari bawang merah introduksi dan lokal.
2. Bagi peneliti lanjutan, penelitian ini memberikan ulasan mengenai
penerapan analisa genetik berdasarkan marka molekular RAPD.
3. Bagi petani, penelitian ini dapat dijadikan sebagai referensi dalam
5
1.7 Definisi Operasional
1. dNTPs merupakan campuran yang terdiri atas dATP (deoksiadenosin
trifosfat), dTTP (deoksitimidin trifosfat), dCTP (deoksisitidin trifosfat) dan
dGTP (deoksiguanosin trifosfat).
2. Enzim Polimerase DNA merupakan katalis untuk reaksi polimerisasi DNA
yang berperan dalam proses ekstensi DNA.
3. GeneQuant merupakan alat yang digunakan untuk menghitung konsentrasi
dan kemurnian DNA maupun RNA dari sampel.
4. Melting temperature merupakan temperatur di mana 50% untai ganda DNA
terpisah (berpengaruh dalam pemilihan suhu anneling proses PCR.
5. Mesin Vortex merupakan alat yang digunakan untuk mencampurkan
suatu bahan yang sudah dihancurkan dengan mortar pestle dengan larutan
buffer, atau hanya untuk mencampurkan beberapa jenis larutan agar
homogen.
6. Mikropipet merupakan alat yang digunakan untuk memindahkan cairan
dalam jumlah kecil secara akurat.
7. Primer merupakan urutan DNA yang telah diketahui atau urutan protein
yang dituju, berfungsi sebagai pembatas fragmen DNA target yang akan
diamplifikasi dan sekaligus menyediakan gugus hidroksi (-OH) pada ujung
3` yang diperlukan untuk proses ekstensi DNA.
8. Purifikasi DNA merupakan proses pembersihan hasil ekstrak DNA jika
masih mengandung komponen pengotor (RNA, Fenol, dll).
9. Templat DNA merupakan cetakan untuk membentuk molekul DNA baru
yang sama.
10. Sentrifuge merupakan alat yang digunakan untuk sentrifugasi larutan
sehingga dapat dipisahkan antara substansi padatan maupun cairan
supernatan.
11. UV transluminator merupakan alat yang digunakan untuk melihat hasil
elektroforesis pada agarosa.
12. Elektroforesis merupakan proses migrasi molekul bermuatan dalam
DAFTAR PUSTAKA
Allard, R. W., (1960), Principle of Plant Breeding, Wiley & Sons Inc, New York London-Sydney.
Anggereini, E., (2008), Random Amplified Polymorphyc DNA (RAPD), suatu Metode Analisis DNA dalam Menjelaskan berbagai Fenomena Biologi, Biospecies, 1(2).
Anonim, (2012), Jenis-jenis Varietas Bawang Merah, www.smilecry.com.
Ashari, S., (2006), Hortikultura Aspek Budaya, Universitas Indonesia, Jakarta.
Badan Pusat Statistik dan Direktorat Jenderal Hortikultura, (2015), Produksi Bawang Merah, www.pertanian.go.id/ap_pages/mod/datahorti.
Doyle, J.J. dan J.L. Doyle, (1990), Isolation of plant from tissue, Focus 12: 13-15.
Farid, N., Sugiharto, A.N., Purwito, A., Herison, C., dan Sutjahyo, S.H., (2011), Pendugaan Jarak Genetik Bawang Merah Hasil Persilangan Berdasarkan Agronomik dan Primer Random Amplified Polymorphyc DNA (RAPD), Agronomika, 11 (2): 2.
Gultom, T., Purwantoro, A., Sulistyaningsih, E., dan Nasrullah, (2012), Estimating of RAPD Marker Associated to Color Gene in Zinnia Elegans Jacq, ARPN Journal of Agricultural and Biological Science, 7, (11), 959 – 961.
Handoyo, D. dan Rudiretna, A., (2001), Prinsip Umum dan Pelaksanaan Polymerase Chain Reaction (PCR), Unitas, 9 (1): 18 – 20.
Indhirawati, R., Purwantoro, A., dan Basunanda, P., (2015), Karakterisasi
Morfologi dan Molekuler Jagung Berondong Stroberi dan Kuning (Zea
mays L. Kelompok Everta), Vegetalika, 4(1), 102 – 114.
Jamsari, Nitzt, I., Reamon-Buttner, S.M., Jung, C., (2004), The Use of BAC-Based Large Insert Library for Development of Gender Diagnostic Marker in Asparagus (Asparagus officinalis L.) Theor and Appl, Genetic, 10(8): 1140 – 1146.
34
Kartikaningrum, S., Hermiati, N., Baihaki, A., Karmana, M.H., dan Mathius, N.T., (2003), Kekerabatan 13 Genotip Anggrek Subtribe Sarchanthinae berdasarkan Karakter Morfologi dan Pola Pita DNA, J. Hort, 13 (1): 7 – 15.
Komar, T.E., (1999), Petunjuk Teknis Analisa DNA dengan Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD), Balai Penelitian dan Pengembangan Tanaman Hutan, Yogyakarta.
Kuckuck, H., G. Kobabe, dan G. Wenzel, (1991), Fundamentals of Plant Breeding, Springer-verlag, Berlin.
Lefebvre, V., Goffinet, B., Chauvet, J., Caromel, B., Signoret, P., Brand, R., dan palloix, A., (2001), Evaluation of Genetic Distance Between Pepper Inbred Lines for Cultivar Protection Purposes: Comparison of AFLP, RAPD and Phenotypic Data. Theor. Appl. Genet. 102: 741-75.
Mustaqim, (2011), Keragaman dan Segregasi Genetik Populasi M2 Bunga Kertas (Zinnia elegans jacq.) berdasar Penanda RAPD, Fakultas Pertanian, Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta.
Nei, M. dan Li, W., (1979), Mathematical Model for Studying Genetic Variation in Terms of Restriction Endonucleases. Proceeding of National Academic of Science, USA, 76: 5269-5273.
Palupi, E.R., Rosliani, R., dan Hilman, Y., (2015), Peningkatan Produksi dan Mutu Benih Botani Bawang Merah (True Shallot Seed) dengan Introduksi Serangga Penyerbuk (Increasing of True Shallot Seed Production and Quality by Pollinator Introduction), J. Hort. 25(1): 26 – 36.
Parjanto, Moeljopawiro, S, Artama, W.T., dan Purwantoro, A., (2006), Identifikasi Penanda RAPD untuk Penentuan Jenis Kelamin Tanaman Salak (Salacca zalacca GART. VOSS.), Berkala Ilmiah Biologi, 5 (1), 57 – 63.
Pharmawati, M., (2009), Optimalisasi Ekstraksi DNA dan PCR RAPD pada Grevillea spp. (Proteaceae), Jurnal Biologi, 13 (1) : 12 -16.
Poespodarsono, S., (1988), Dasar-dasar Ilmu Pemuliaan Tanaman, PAU-IPB, Bogor.
Samadi dan Cahyono, (2005), Bawang Merah Intensifikasi Usaha Tani, Kanisius, Yogyakarta.
35
Sumarni, N. dan Hidayat, A., (2005), Budidaya bawang merah, Balai Penelitian Tanaman Sayuran, Bandung, ISBN 979-8304-49-7.
Surzycki, S., (2000), Basic Techniques in Molecular Biology, Springer-Verlay,
Berlin Heidelberg, Germany.
Weising, K., Nybom, H., Wolff, K., dan Kahl, G., (2005), DNA Fingerprinting in Plants: Principles, Methods, and Applications, Second Edition, Taylor & Francis Group, Boca Raton.
Wibowo, S. B., (2006), Budidaya Bawang, Penebar Swadaya, Jakarta.
William, J.G.K., Kubelik, A.R., Livak, K.J., Rafalski, J.A., dan Tingey, S.V., (1990), DNA Polymorphism Amplified by arbitrary Primers are useful as genetic marker. Nucleic Acids Research, 18: 6531-6535.
Yulianti, E., (2006), Pengembangan Teknik Isolasi DNA Tumbuhan
menggunakan Detergen Komersial, Seminar Nasional MIPA UNY.
Yuwono, T., (2006), Teori dan Aplikasi Polymerase Chain Reaction, Penerbit Andi, Yogyakarta.
